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豹纹鳃棘鲈生长差异分化相关lncRNA与mRNA加权基因共表达网络分析

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渔业科学进展 2025年第1期46卷 46-58页

作者：高进刘金叶陈傅晓王永波符书源海南省海洋与渔业科学院海南海口571126 海南热带海洋学院崖州湾创新研究院海南三亚572025 海南省热带海水养殖工程技术研究中心海南海口571126

为揭示豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)生长差异分化的分子调控作用机制,该研究利用豹纹鳃棘鲈中间培育过程中不同生长阶段(42、70和91日龄)的18个幼鱼肌肉组织样本进行全转录组测序,获得lncRNA和mRNA基因表达谱数据,采用加权基因... 详细信息

为揭示豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)生长差异分化的分子调控作用机制,该研究利用豹纹鳃棘鲈中间培育过程中不同生长阶段(42、70和91日龄)的18个幼鱼肌肉组织样本进行全转录组测序,获得lncRNA和mRNA基因表达谱数据,采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法构建生长差异分化相关lncRNA和mRNA的共表达网络。通过特异性基因模块中差异表达基因的GO和KEGG富集对模块生物学功能进行分析,运用Cytoscape软件构建基因互作网络,挖掘豹纹鳃棘鲈生长差异分化相关的关键候选基因。结果显示,基因差异表达分析共筛选到6252个差异表达mRNA和367个差异表达lncRNA;共表达网络分析获得MEmagenta、MEgreenyellow和MEblack共3个生长差异分化特异性基因模块;GO和KEGG富集分析显示,特异性模块中差异表达基因显著富集于肌肉蛋白形成、横纹肌组织发育调控、主轴组织形成等生物学过程,参与了蛋白酶体、肌动蛋白细胞骨架调控及肌醇磷酸代谢等与生长差异分化相关的代谢通路;筛选3个特异性模块中权重和连通度高的lncRNA和mRNA构建基因互作网络,得到包括psmd6、nmt1、als2、brcc3、kank1、ada12、at131和hdac3等在内的生长差异分化关键基因和MSTRG.15660、MSTRG.8694、MSTRG.1896等20个lncRNA,为进一步解析豹纹鳃棘鲈生长差异分化的分子机制提供了新思路。

关键词：豹纹鳃棘鲈生长差异分化 WGCNA 共表达网络

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单细胞多组学技术和应用

海军军医大学学报 2024年第2期45卷 161-167页

作者：张静江燕訾晓渊江苏省单细胞测序工程技术研究中心南京市高通量单细胞测序工程技术研究中心南京210016

单细胞多组学技术是指结合多种不同的生物学技术,对单个细胞进行多方面的分析和研究,从而获得更全面、更准确的单细胞数据。该技术包括单细胞基因组学、单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学、单细胞表观组学等。单细胞多组学技术的发展为... 详细信息

单细胞多组学技术是指结合多种不同的生物学技术,对单个细胞进行多方面的分析和研究,从而获得更全面、更准确的单细胞数据。该技术包括单细胞基因组学、单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学、单细胞表观组学等。单细胞多组学技术的发展为我们提供了一种更加精确理解生物体内复杂的细胞类型和功能的方式,尤其是对于异质性细胞群体中少数的特殊细胞类型如干细胞或罕见癌细胞,具有非常重要的应用价值。通过融合不同技术获得的信息,单细胞多组学可以更准确地描述单个细胞在多个生命事件和过程中的状态与变化,为生命科学的研究提供更加全面和深入的视角。本文系统概述了目前代表性单细胞多组学技术的发展现状,总结了其在生物学研究中的重要应用和巨大潜力。

关键词：单细胞测序单细胞多组学基因组学转录组学蛋白质组学表观组学异质性

迷迭香酸在心血管疾病防治中的作用机制研究进展

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药学学报 2025年第01期 12-21页

作者：蔡珂黄圣如高芳芳彭修娟郭盛刘峰段金廒宿树兰南京中医药大学江苏省中药资源产业化过程协同创新中心江苏省方剂高技术研究重点实验室中药资源产业化与方剂创新药物国家地方联合工程研究中心陕西国际商贸学院

随着社会经济的飞速发展和人类生活水平的持续提高,心血管疾病(cardiovascular disease, CVD)的发病率、致死率及复发率逐年上升,严重影响着人们的生命健康。常规的治疗药物对致残率的改善有限,因此,寻求新的治疗药物及作用靶点成为目... 详细信息

随着社会经济的飞速发展和人类生活水平的持续提高,心血管疾病(cardiovascular disease, CVD)的发病率、致死率及复发率逐年上升,严重影响着人们的生命健康。常规的治疗药物对致残率的改善有限,因此,寻求新的治疗药物及作用靶点成为目前研究的热点之一。近年来,天然化合物迷迭香酸(rosmarinic acid, RA)在CVD的治疗作用备受关注,其能够通过调控多条信号通路防治CVD,发挥抗氧化、抗细胞凋亡、抗炎、抗血小板聚集以及抗凝血、保护内皮功能等生理活性。本文系统梳理了RA在CVD防治中的作用,对其作用机制进行归纳分析,以期为深入挖掘RA在CVD中防治价值及进一步开发成为防治药物提供科学依据和重要支撑。

关键词：迷迭香酸心血管抗炎抗氧化抗血小板聚集抗凝血保护内皮功能

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猪XCR1/FMDV双特异纳米抗体融合蛋白的制备与鉴定

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中国农业大学学报 2025年第1期 131-141页

作者：杨利杜露平侯立婷张浩明于晓明李兰乔绪稳张元鹏秦竹王义伟郑其升陈瑾程海卫江苏省农业科学院动物免疫工程研究所/国家兽用生物制品工程技术研究中心/江苏省食品质量与安全重点实兽用生物制品(泰州)国泰技术创新中心

为通过将FMDV抗原靶向提呈至猪DC细胞进而提高疫苗免疫效力，本研究利用原核系统表达了猪XCR1目的蛋白，以该蛋白为免疫原免疫羊驼，提取其外周血淋巴细胞的总m RNA并反转录为c DNA，构建噬菌体展示纳米抗体文库，经过3轮亲和筛选获得猪... 详细信息

为通过将FMDV抗原靶向提呈至猪DC细胞进而提高疫苗免疫效力，本研究利用原核系统表达了猪XCR1目的蛋白，以该蛋白为免疫原免疫羊驼，提取其外周血淋巴细胞的总m RNA并反转录为c DNA，构建噬菌体展示纳米抗体文库，经过3轮亲和筛选获得猪XCR1特异性纳米抗体；利用SOE-PCR技术将该纳米抗体和猪O型FMDV特异性纳米抗体Nb205连接，构建XCR1/FMDV双特异纳米抗体融合蛋白。结果表明：1)成功原核表达猪XCR1目的蛋白，SDS-PAGE和Western blot结果显示，其相对分子量大小约35 ku，符合预期。2)羊驼血清效价为1∶64 000，满足建库要求；构建的噬菌体展示文库库容量约为1.91×108CFU/m L，插入率为91.3%，多样性好；经3轮亲和筛选成功获得了纳米抗体Nb75，间接ELISA结果显示该纳米抗体能特异性与XCR1结合。3)利用SOE-PCR技术成功构建XCR1/FMDV双特异纳米抗体融合蛋白Nb75-205;SDS-PAGE和Western blot显示，该蛋白在大肠杆菌中可溶性表达，且呈现二聚体结构，间接ELISA结果显示Nb75-205能同时与XCR1目的蛋白和FMDV抗原结合。综上，本研究采用噬菌体展示技术成功获得猪XCR1特异性纳米抗体，并构建XCR1/FMDV双特异纳米抗体融合蛋白Nb75-205，且该蛋白为天然二聚体结构，与XCR1目的蛋白和FMDV抗原均具有较好的结合活性，为进一步开展FMDV抗原的猪XCR1靶向提呈研究奠定基础。

关键词：趋化因子受体1 双特异纳米抗体二聚体 FMDV

富血小板血浆来源的血小板细胞外囊泡分离技术与应用

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中国组织工程研究 2025年第1期29卷 156-163页

作者：李娇李晓丰李剑平辽宁省血液中心辽宁省输血医学研究所辽宁省沈阳市110044 中国医科大学药学院辽宁省沈阳市110122 哈尔滨市血液中心黑龙江省哈尔滨市150056 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所江苏省苏州市215000

背景:血小板细胞外囊泡是循环中最丰富的囊泡,富含丰富的生物活性分子、遗传物质及蛋白质等信息分子,参与细胞通讯和物质交换,不仅具有良好的促凝活性,还具有促进组织修复和再生的巨大潜力,在再生医学具有广泛的应用前景。目的:从血小... 详细信息

背景:血小板细胞外囊泡是循环中最丰富的囊泡,富含丰富的生物活性分子、遗传物质及蛋白质等信息分子,参与细胞通讯和物质交换,不仅具有良好的促凝活性,还具有促进组织修复和再生的巨大潜力,在再生医学具有广泛的应用前景。目的:从血小板细胞外囊泡的分泌机制、在再生医学领域的应用及临床转化的限制因素进行阐述,为血小板细胞外囊泡的临床转化提供一些理论支撑。方法:应用计算机检索2005年1月至2023年8月PubMed数据库与血小板细胞外囊泡有关的文章,英文检索词为“platelet-derived,plateletrich plasma,extracellular vesicles,isolated,microvesicles exosomes,applications”,最后纳入符合主题标准的文献62篇进行综述分析。结果与结论:(1)活化的血小板细胞外囊泡可产生血小板微囊泡和血小板外泌体两种类型的囊泡,前者的分泌可能与肌动蛋白细胞骨架的不对称性相关,后者的分泌可能与H^(+)-ATP酶的调节相关。(2)血小板细胞外囊泡是血小板浓缩物和血小板本身的潜在效应物,可能通过促进血管生成、影响细胞行为、促凝与止血以及发挥炎症作用等几方面影响组织再生。(3)血小板细胞外囊泡在组织损伤、肌肉再生、软骨再生、骨关节炎等再生医学领域已有临床前报道,作为伤口愈合的潜在治疗方法已有临床试验数据,但血小板细胞外囊泡的分离方法、样本来源以及激活剂的种类等因素限制了血小板细胞外囊泡在再生医学领域的临床转化。(4)未来血小板细胞外囊泡可能成为再生医学中替代富血小板血浆的无细胞疗法,其临床转化还需要积极寻找鉴别血小板细胞外囊泡和血小板外泌体的特异性标志物,在激活剂刺激血小板细胞外囊泡产生的机制以及血小板细胞外囊泡的最佳收集方式、最佳储存方法、保质期限、临床应用的推荐剂量和最佳临床适应证还需要继续深入研究。

关键词：血小板来源富血小板血浆血小板裂解液细胞外囊泡微泡外泌体分离治疗组织损伤应用

主动脉穿刺型轴流血泵折边结构叶轮的数值模拟及溶血分析

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排灌机械工程学报 2024年第2期42卷 109-117页

作者：荆腾潘爱娣顾发东王秀礼江苏大学国家水泵及系统工程技术研究中心江苏镇江212013

为解决血泵因叶顶间隙泄漏而造成溶血和血栓等问题,引入了一种折边不等间距叶轮,采用计算流体力学(computational fluid dynamics, CFD)进行内部流场的数值模拟,并与非折边不等间距叶轮及折边等间距叶轮进行对比分析,研究了它们的内流... 详细信息

为解决血泵因叶顶间隙泄漏而造成溶血和血栓等问题,引入了一种折边不等间距叶轮,采用计算流体力学(computational fluid dynamics, CFD)进行内部流场的数值模拟,并与非折边不等间距叶轮及折边等间距叶轮进行对比分析,研究了它们的内流场动力学特性和血液相容性.结果表明:折边叶片结构血泵避免了叶顶间隙泄漏流的产生,同时折边不等间距叶轮减少了叶轮入口和出口处的回流和涡流,流道内整体切应力低于其他2种叶轮;3种叶轮的溶血指数HI均满足血泵的溶血设计指标,其中,折边不等间距叶轮血泵壁面切应力在0~150 Pa的占比达96.84%,曝光时间相对集中且满足人工血泵设计要求,溶血指数较非折边不等间距叶轮血泵下降了3.50%,较折边等间距叶轮血泵下降了12.50%,溶血性能最优.提出的折边不等间距叶轮血泵可有效降低红细胞破损概率,减少溶血和血栓的发生,可为轴流血泵的结构设计和优化提供一定参考.

关键词：轴流血泵折边叶轮计算流体力学模拟溶血

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温肾通督方促进小鼠脊髓损伤的修复

中国组织工程研究 2025年第6期29卷 1118-1126页

作者：赵瑞华陈思娴郭杨石磊吴承杰吴毛杨光露张昊恒马勇南京中医药大学中医学院·中西医结合学院江苏省南京市210023 南京中医药大学骨伤修复与重建新技术实验室江苏省南京市210023 南京中医药大学无锡附属医院江苏省中医退行性骨关节病临床医学创新中心江苏省无锡市214071

背景:前期研究证实,温肾通督方可通过抑制脾脏B细胞焦亡、促进微血管内皮细胞吞噬髓鞘碎片、影响小胶质细胞迁移和浸润、促进受损神经元恢复、降低脊髓损伤后神经元凋亡等促进脊髓损伤恢复,但其机制尚不明确。目的:探讨温肾通督方对脊... 详细信息

背景:前期研究证实,温肾通督方可通过抑制脾脏B细胞焦亡、促进微血管内皮细胞吞噬髓鞘碎片、影响小胶质细胞迁移和浸润、促进受损神经元恢复、降低脊髓损伤后神经元凋亡等促进脊髓损伤恢复,但其机制尚不明确。目的:探讨温肾通督方对脊髓损伤小鼠髓系细胞触发受体2(triggering receptor expressed on myeloid cells 2,TREM2)及PI3K/Akt信号通路的影响。方法:取36只C57BL/6小鼠,采用随机数字表法分为假手术组、模型组、温肾通督方组,每组12只。模型组与温肾通督方组采用改良Allen’s法制备小鼠T10脊髓损伤模型,造模后第1天,温肾通督方组灌胃给予温肾通督方,假手术组、模型组灌胃给予生理盐水,每天1次,连续给药28 d。给药期间,通过BMS评分和斜板实验评价各组小鼠运动功能;造模后第7,28天,采用苏木精-伊红染色观察各组小鼠脊髓组织病理变化,免疫荧光染色双标法检测脊髓组织离子化钙结合适配分子1(ionized calcium binding adaptor molecule 1,IBA1)、TREM2蛋白表达,Western blot检测脊髓组织TREM2、PI3K、p-PI3K、Akt、p-Akt、Bcl2、Bax、Caspase3蛋白表达。结果与结论:①BMS评分和斜板实验结果表明,脊髓损伤造模后小鼠后肢运动功能下降,而经过温肾通督方治疗后,脊髓损伤小鼠后肢运动功能明显提升。②苏木精-伊红染色结果显示,与模型组比较,温肾通督方小鼠脊髓组织病理结构明显改善,表现为背侧白质和神经元萎缩程度、细胞质空泡化降低及炎性细胞浸润减少等。③免疫荧光染色结果显示,造模后第7天,模型组IBA1、TREM2蛋白表达均低于假手术组(P细胞TREM2激活PI3K/Akt信号通路,抑制神经元凋亡发挥神经保护作用,进而促进脊髓损伤的修复。

关键词：脊髓损伤温肾通督方小胶质细胞髓系细胞触发受体2 PI3K/Akt信号通路

温肾通络止痛方对小鼠H型骨微血管内皮细胞/骨髓间充质干细胞共培养体系的影响

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中国组织工程研究 2025年第1期29卷 8-15页

作者：周士杰李沐哲员浬张天驰牛园园朱弈桦周勤峰郭杨马勇王礼宁南京中医药大学骨伤修复与重建新技术实验室江苏省南京市210023 南京中医药大学无锡附属医院江苏省中医退行性骨关节病临床医学创新中心江苏省无锡市214071 南京中医药大学中医学院·中西医结合学院江苏省南京市210023

背景:骨骼依赖血管与骨细胞之间的密切连接来维持完整性,骨骼处在生理低氧环境中,因此在低氧环境下研究血管生成与骨生成具有重要意义。目的:探究在低氧环境下温肾通络止痛方对H型骨微血管内皮细胞/骨髓间充质干细胞共培养体系的影响及... 详细信息

背景:骨骼依赖血管与骨细胞之间的密切连接来维持完整性,骨骼处在生理低氧环境中,因此在低氧环境下研究血管生成与骨生成具有重要意义。目的:探究在低氧环境下温肾通络止痛方对H型骨微血管内皮细胞/骨髓间充质干细胞共培养体系的影响及相关机制。方法:运用酶消化法及流式分选技术,分选小鼠H型血管特异型骨微血管内皮细胞;应用骨髓贴壁法分离获取小鼠骨髓间充质干细胞;采用Transwell小室以及缺氧培养工作站建立两种细胞低氧共培养体系,使用50,100μg/m L质量浓度温肾通络止痛方冻干粉进行干预;通过划痕迁移实验与管形成实验评估共培养体系内H型骨微血管内皮细胞的成血管功能;通过碱性磷酸酶染色与茜素红染色评估共培养体系内骨髓间充质干细胞的成骨分化能力;使用Western Blotting与q-PCR检测共培养体系内H型骨微血管内皮细胞中PDGF/PI3K/AKT信号轴相关分子的蛋白表达及mRNA表达。结果与结论:(1)与常氧组相比,低氧组H型骨微血管内皮细胞划痕迁移率及新生血管长度均显著升高(P细胞成骨分化能力增强(P细胞划痕迁移率及新生血管长度进一步提高(P细胞成骨分化能力更强(P<0.05),PDGF/PI3K/AKT信号轴相关分子的蛋白、mRNA表达也进一步升高(P<0.05)。结果表明:低氧条件下H型血管生成及骨生成可能与PDGF/PI3K/AKT信号轴有关,而温肾通络止痛方可能通过激活PDGF/PI3K/AKT信号轴促进“H型血管生成-骨生成”作用从而防治骨质疏松症。

关键词：温肾通络止痛方 H型骨微血管内皮细胞骨髓间充质干细胞低氧血管生成骨生成

不同粒径的免疫磁珠对食源性致病菌捕获效率的影响

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食品与生物技术学报 2020年第9期39卷 46-52页

作者：李静雯杜美红杨寅陈婷陈尔凝赵瑞雪北京市理化分析测试中心北京市食品安全分析测试工程技术研究中心/北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心北京100089

粒径是影响免疫磁珠捕获效率的关键因素。选取微米级(1μm)和亚微米级(300 nm)超顺磁珠,偶联沙门氏菌多克隆抗体制备免疫磁珠。通过流式细胞仪、分光光度计分别测定抗体偶联量和磁回收率。结果表明,与微米级免疫磁珠相比,亚微米级免疫... 详细信息

粒径是影响免疫磁珠捕获效率的关键因素。选取微米级(1μm)和亚微米级(300 nm)超顺磁珠,偶联沙门氏菌多克隆抗体制备免疫磁珠。通过流式细胞仪、分光光度计分别测定抗体偶联量和磁回收率。结果表明,与微米级免疫磁珠相比,亚微米级免疫磁珠抗体偶联量较高,在缓冲液中磁回收率较高,因此捕获率较高(300 nm:55%,1μm:41%);在牛奶中磁回收率较低,导致捕获率明显降低(300 nm:15%,1μm:26%)。因此,需根据待测样本的体积与黏度来确定免疫磁珠的粒径。

关键词：微米级免疫磁珠亚微米级免疫磁珠粒径食源性致病菌捕获效率磁回收率