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赖氨酰氧化酶LOXL2稳定性的理论计算研究

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中国生物化学与分子生物学报 2024年第5期40卷 685-695页

作者：林李锐林凯邹海鹰许丽艳李恩民东庚汕头大学医学院生物化学与分子生物学教研室广东汕头515041 汕头大学医学院生物信息学教研室广东汕头515041 汕头大学医学院医学信息学研究中心广东汕头515041 汕头大学医学院广东省沿海高发地区分子生物学重点实验室广东汕头515041 汕头大学医学院肿瘤研究中心广东汕头515041 汕头市医学科学院广东汕头515041

赖氨酰氧化酶LOXL2是一种依赖于铜离子的胺氧化酶,催化胶原蛋白和弹性蛋白的赖氨酸残基侧链发生氧化脱氨,发挥着稳固细胞外基质的作用。而稳定性是蛋白质的一个重要特性,直接影响蛋白质的分子动态及其正常功能发挥,这与人类的健康和疾... 详细信息

赖氨酰氧化酶LOXL2是一种依赖于铜离子的胺氧化酶,催化胶原蛋白和弹性蛋白的赖氨酸残基侧链发生氧化脱氨,发挥着稳固细胞外基质的作用。而稳定性是蛋白质的一个重要特性,直接影响蛋白质的分子动态及其正常功能发挥,这与人类的健康和疾病密切相关。然而,关于LOXL2的稳定性目前鲜有报道,哪些位点对其稳定性有显著影响尚不清楚。本研究采用冷冻电镜和Alphafold2的数据,建立LOXL2的全长结构,通过分子动力学模拟得到其优化构象。再通过4种方法(mCSM,PremPS,DeepDDG和FoldX),计算所有位点的稳定性属性,筛选出对稳定性有显性影响的位点(定义为关键位点)。结果表明,95个关键位点对LOXL2的稳定性具有显著影响,在5个结构域上的分布数量依次为14、13、8、11和26,而结构域间的连接肽段上也有23个关键位点。在这些关键位点中,类型及数量分别为Leu(24个)、Val(20个)、Ile(12个)、Trp(11个)、Phe(11个)、Tyr(6个)、Cys(6个)、Met(4个)和Arg(1个)。其中大部分关键位点(88个)为疏水性质,这与蛋白质折叠的主要力量为疏水作用的情况是一致的,而Cys两两成对,构成二硫键,对LOXL2的结构及功能发挥重要作用。讨论中,我们将预测结果与实验值进行比较,并用自由能微扰方法,对部分关键位点进行比较,从多方面论证此项工作的可信度。此项研究,可为靶向LOXL2的疾病治疗研究,提供重要指导。

关键词：赖氨酰氧化酶样2 稳定性分子动力学模拟计算预测吉布斯自由能

槐提取物和维生素C组合物对紫外照射诱导的HaCaT细胞光损伤的保护作用

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食品工业科技 2024年第1期45卷 303-309页

作者：孙璇李萍孙静郑嘉妮余丹阳张艳美陈朋仙乐健康科技股份有限公司广东汕头515000 汕头大学医学院药理教研室广东汕头515041

本研究旨在探讨槐提取物和维生素C(Vitamin C,V_(C))对紫外线照射引起的HaCaT细胞光损伤的保护作用。通过体外培养HaCaT细胞并将其分为不同组别:对照组(未接受紫外辐照,无槐提取物、V_(C)或二者组合物处理)、紫外线辐射组、125μg/mL槐... 详细信息

本研究旨在探讨槐提取物和维生素C(Vitamin C,V_(C))对紫外线照射引起的HaCaT细胞光损伤的保护作用。通过体外培养HaCaT细胞并将其分为不同组别:对照组(未接受紫外辐照,无槐提取物、V_(C)或二者组合物处理)、紫外线辐射组、125μg/mL槐提取物(接受紫外辐照及槐提取物处理)、125μg/mL维生素C(接受紫外辐照及维生素C处理)以及125μg/mL组合物组(接受紫外辐照及组合物处理,槐提取物和V_(C)质量比为1:1)。采用荧光染色和酶标仪检测技术来评估槐提取物、V_(C)及二者组合物对紫外照射引起的HaCaT细胞产生的活性氧物质(ROS)和线粒体ROS的抑制率。利用免疫荧光染色和酶联免疫吸附法检测槐提取物、V_(C)和组合物对紫外照射引起的HaCaT细胞中环丁烷嘧啶二聚体(Cyclobutane pyrimidine dimers,CPDs)和细胞炎症因子IL-6的表达水平。结果显示,槐提取物、V_(C)和组合物对UVA处理后HaCaT细胞生成的总ROS抑制率分别为38.23%±9.23%、27.20%±6.87%及64.13%±4.08%,与单独使用槐提取物或V_(C)处理相比,组合物显著提高总ROS抑制率(P<0.01)。槐提取物、V_(C)和组合物对线粒体ROS(Mitochondrial DNA,mtROS)的抑制率分别为50.29%±4.92%、38.81%±8.66%及84.74%±3.68%,与单独使用槐提取物或V_(C)处理相比,组合物极显著提高mtROS抑制率(P<0.01)。此外,在UVB照射后,槐提取物、V_(C)及组合物可极显著减少CPDs的生成(P<0.01),这种效应在组合物组效果更为显著(与槐提取物组比较P<0.05;与V_(C)组比较P<0.01)。同时,槐提取物和组合物显著降低UVA照射后炎症因子IL-6的分泌(P<0.01;P<0.05),表明槐提取物及组合物具有抗炎作用。本研究结果表明槐提取物和维生素C组合物能减轻紫外线引起的氧化应激损伤和炎症反应,为未来体内研究和开发具有健康益处的槐提取物和V_(C)组合物提供实验支持。

关键词：槐提取物维生素C HaCaT细胞抗氧化活性炎症因子

磷酸化或乙酰化修饰使Fascin的促癌功能翻转

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中国生物化学与分子生物学报 2024年第5期40卷 674-684页

作者：李大嘉许丽艳程银伟李恩民汕头大学医学院生物化学与分子生物学教研室潮汕沿海地区高发肿瘤分子生物学广东省高校重点实验室广东汕头515041 汕头大学医学院肿瘤病理研究室广东汕头515041 汕头大学医学院肿瘤研究中心广东汕头515041 汕头市医学科学院肿瘤分子生物学研究室广东汕头515041

大量研究结果表明,食管鳞癌等恶性肿瘤中,Fascin异常高表达并发挥促癌功能,其与癌症患者的不良预后密切相关。近年来,包括本实验室在内,多家实验室的研究结果一致表明,磷酸化或乙酰化修饰可使Fascin的促癌功能翻转,犹如川剧中的“变脸... 详细信息

大量研究结果表明,食管鳞癌等恶性肿瘤中,Fascin异常高表达并发挥促癌功能,其与癌症患者的不良预后密切相关。近年来,包括本实验室在内,多家实验室的研究结果一致表明,磷酸化或乙酰化修饰可使Fascin的促癌功能翻转,犹如川剧中的“变脸”。最近,本室进一步研究发现,Fascin的翻译后修饰明显影响Fascin小分子抑制剂的抑癌效果,提示以Fascin为靶点的抗肿瘤药物研究应该将Fascin翻译后修饰状态纳入是否适合用药的评价体系中。为此,本文在系统评述Fascin促癌功能的基础上,重点讨论了翻译后修饰对Fascin功能的调控作用,以及翻译后修饰对Fascin小分子抑制剂抑癌功效的影响;同时还对相关领域针对Fascin的未来研究趋势进行了展望。

关键词： Fascin 蛋白质翻译后修饰肿瘤微丝成束蛋白抑制剂

1990-2019年中国归因于吸烟因素的食管癌疾病负担分析

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中山大学学报(医学科学版) 2024年

作者：马一楷王耿刘彩霞汕头大学医学院预防医学系公共卫生与预防医学教研室汕头大学医学院附属肿瘤医院外三科

【目的】分析1990-2019年中国归因于吸烟因素的食管癌疾病负担变化趋势。【方法】利用Joinpoint4.***.1.0软件基于GBD2019在1990-2019年归因于吸烟因素的中国食管癌死亡人数、死亡率、伤残寿命调整年（DALY）数据和国家人口数据，描述疾... 详细信息

【目的】分析1990-2019年中国归因于吸烟因素的食管癌疾病负担变化趋势。【方法】利用Joinpoint4.***.1.0软件基于GBD2019在1990-2019年归因于吸烟因素的中国食管癌死亡人数、死亡率、伤残寿命调整年（DALY）数据和国家人口数据，描述疾病负担变化趋势，利用年龄-时期-队列模型分析年龄、时期、队列对归因于吸烟的食管癌疾病负担变化趋势的影响。【结果】Joinpoint分析结果显示，归因于吸烟因素的食管癌标化死亡率和DALY率的平均年变化百分比（AAPC）值分别为-1.42%和-1.72%，女性的标化死亡率和DALY率AAPC值分别为-3.26%和-3.70%，男性的标化死亡率和DALY率AAPC值分别为-1.28%和-1.54%。归因于吸烟因素的年龄别疾病负担变化趋势显示，各年龄段死亡率和DALY率随时间变化整体呈下降趋势。40～45岁段下降速度最快，死亡率和DALY率AAPC值分别为-3.05%和-3.04%，其次为45-49岁年龄段，AAPC值分别为-2.73%和-2.72%。年龄-时期-队列模型分析表明，年龄效应归因于吸烟因素的食管癌死亡率和DALY率随年龄的增大呈先上升后下降。时期效应显示归因于吸烟因素的中国食管癌死亡率随时期发展总体呈上升趋势，除2005到2010时间组下降外其他时间段均随时期推进而上升；归因于吸烟因素的中国食管癌DALY率随时期增加则呈波动变化。队列效应显示归因于吸烟因素的中国食管癌死亡率和DALY率随出生队列的发展均呈下降趋势。【结论】1990-2019年，归因于吸烟因素的食管癌疾病负担存在性别差异，随时间变化整体呈下降趋势。应加强对男性的相应健康教育，尤其是35～39岁等年龄段吸烟者的控烟教育，提高食管癌一级预防的整体水平。

关键词：食管癌吸烟疾病负担 Joinpoint回归模型年龄-时期-队列模型

利用全血红细胞指数鉴别地中海贫血与缺铁性贫血的研究进展

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中华预防医学杂志 2024年第1期58卷 122-127页

作者：崔丽霞纪玲汕头大学医学院临床检验诊断学系汕头515100 北京大学深圳医院检验科深圳518000

地中海贫血是一种常染色体隐性遗传病,是由于基因突变或缺失所致红细胞珠蛋白生成障碍而引起的溶血性贫血。缺铁性贫血是由于人体对铁的需求与供给失衡,体内缺铁引起的贫血。两者的实验室表现均为小细胞低色素性贫血,但治疗方案完全不同... 详细信息

地中海贫血是一种常染色体隐性遗传病,是由于基因突变或缺失所致红细胞珠蛋白生成障碍而引起的溶血性贫血。缺铁性贫血是由于人体对铁的需求与供给失衡,体内缺铁引起的贫血。两者的实验室表现均为小细胞低色素性贫血,但治疗方案完全不同,单从血常规结果上不易将二者鉴别。利用红细胞指数建立公式或模型鉴别诊断二者,早筛查、早诊断、早治疗,预防重度贫血的发生,可为地中海贫血与缺铁性贫血预防提供科学依据。本文将阐述利用红细胞指数鉴别地中海贫血与缺铁性贫血的研究进展。

关键词：地中海贫血缺铁性贫血红细胞指数鉴别诊断

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计算机辅助在关节镜手术诊疗中的应用进展

中国医学影像学杂志 2024年第4期32卷 402-406页

作者：吴根全孙鸿坤伍克州汕头大学医学院第一附属医院运动医学中心广东汕头515041 汕头大学工学院生物医学工程系广东汕头515000 汕头大学医学院口腔医学系广东汕头515041

关节镜是一种临床常用的微创检查和治疗方法,但其视野易受关节内组织遮挡,常需要配合其他影像检查应用。随着医疗设备及计算机图像处理技术的不断发展,基于计算机辅助的手术方式在普外科、骨科等的应用已相对成熟,能在术中提供精确的导... 详细信息

关节镜是一种临床常用的微创检查和治疗方法,但其视野易受关节内组织遮挡,常需要配合其他影像检查应用。随着医疗设备及计算机图像处理技术的不断发展,基于计算机辅助的手术方式在普外科、骨科等的应用已相对成熟,能在术中提供精确的导航。因此,基于计算机辅助的手术方式在关节镜外科手术中的应用逐渐受到重视。本研究对计算机辅助骨科手术的原理和技术进行分析,从术前成像、术中导航、机械臂操作等方面分析计算机辅助关节镜手术的诊疗应用进展以及技术可行性,发掘其潜在的临床应用价值,讨论存在的问题,进一步提升我国关节镜手术诊疗可行性。

关键词：外科手术,计算机辅助手术导航系统关节镜综述

基于多尺度卷积神经网络的CRISPR/Cas9脱靶预测方法

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生物工程学报 2024年第3期40卷 858-876页

作者：谢焕增黄凌泽罗烨张桂珊汕头大学工学院广东汕头515063

规律成簇的间隔短回文重复序列/CRISPR相关蛋白9(clustered regularly interspaced palindromic repeats/CRISPR-associated protein 9,CRISPR/Cas9)是新一代基因编辑技术,该技术依靠单向导RNA识别特定基因位点,并引导Cas9核酸酶对特定位点进行编辑。然而,该技术存在脱靶效应限制了其发展。近年来,运用深度学习辅助CRISPR/Cas9脱靶预测研究是一个新兴的思路,有助于研究者实现更高效安全的基因编辑和基因治疗。而现有的深度学习模型对脱靶预测的准确性仍有提高空间。为此,本文基于多尺度卷积神经网络提出CnnCRISPR模型预测CRISPR/Cas9的脱靶情况。首先,将向导RNA和DNA序列分别进行独热编码,再将两个二值矩阵按位进行或运算。其次,将编码后的序列输入基于Inception模块的网络进行训练和验证分析。最后,输出向导RNA和DNA序列对的脱靶情况。在公开数据集上的实验结果表明,CnnCRISPR模型的性能优于现有的深度学习脱靶预测模型,为脱靶问题的研究提供了有效且可行的方法。

关键词： CRISPR/Cas9 脱靶效应多尺度卷积神经网络

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自噬在毛发再生中的作用

中国组织工程研究 2024年第7期28卷 1112-1117页

作者：黄雨馨梁文姿陈秀文倪娜赵颖琳林常敏汕头大学医学院广东省汕头市515041 汕头大学精神卫生中心广东省汕头市515065

背景:在生物医学界,自噬是一个快速发展的研究热点,许多研究人员正在积极探究多种疾病中自噬的分子调控机制,但是自噬在毛发生长中所起的作用仍存在许多未知。目的:综述目前自噬在毛发生长与再生中的研究进展及应用价值,了解自噬在毛发... 详细信息

背景:在生物医学界,自噬是一个快速发展的研究热点,许多研究人员正在积极探究多种疾病中自噬的分子调控机制,但是自噬在毛发生长中所起的作用仍存在许多未知。目的:综述目前自噬在毛发生长与再生中的研究进展及应用价值,了解自噬在毛发生长中的作用,以探究自噬在病理性脱发中的发病机制,为研究治疗脱发的药物提供新思路。方法:应用计算机在中国知网(CNKI)、PubMed数据库中,以“毛囊生长,毛发生长,毛发再生,自噬相关蛋白,自噬活性,自噬相关基因,自噬”或“hair growth,hair follicle,hair regeneration,autophagy”为检索词进行检索。查阅国内外近年来关于自噬、毛发生长和自噬在毛发生长中作用的研究进展进行总结,排除与文章主题内容不相符的文献,最终纳入78篇文献进行结果分析。结果与结论:(1)自噬是真核生物的正常代谢过程,具有复杂的分子机制和功能特性,既有利于细胞生存,又可促进细胞死亡。(2)脱发相关疾病与自噬活性的改变有关,且自噬活性可调控毛发生长周期;敲除或过表达自噬相关基因可改变毛发生长状态,已发现有多条自噬相关信号通路与毛囊生长有关;自噬的激活剂或抑制剂可用于治疗或预防脱发疾病。

关键词：毛囊毛发毛发再生毛囊再生毛囊生长周期自噬自噬活性自噬激活剂自噬抑制剂

基于学生微课实践的护理解剖学课程辅助活动建设探索

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解剖学研究 2024年第3期46卷 285-287页

作者：张善强李珏黄懿琳黄锦粧谷李铭林常敏陈海滨汕头大学医学院解剖学教研室广东汕头515041 汕头大学医学院教务处广东汕头515041 汕头大学医学院护理学系广东汕头515041 汕头大学医学院外语教研室广东汕头515041 汕头大学医学院微生物与免疫学教研室广东汕头515041 汕头大学医学院组织胚胎学教研室广东汕头515041

在我国高等医学教育数字化转型与智能化发展的要求背景下,汕头大学医学院通过组建多学科指导教师团队于课外指导学生创作以解剖学知识为核心的多学科知识微课,以建设护理解剖学课程辅助活动的形式为完善课程整合教学体系、提升解剖学教... 详细信息

在我国高等医学教育数字化转型与智能化发展的要求背景下,汕头大学医学院通过组建多学科指导教师团队于课外指导学生创作以解剖学知识为核心的多学科知识微课,以建设护理解剖学课程辅助活动的形式为完善课程整合教学体系、提升解剖学教学质量、促进学生主动学习、锻炼学生综合能力、革新视听类教学资源等做出了创新性探索。

关键词：护理解剖学课程辅助活动主动学习微课