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结核分枝杆菌致病相关蛋白Rv2387的生物信息学分析

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细胞与分子免疫学杂志 2024年

作者：乐林芝马涛代禹美杜文雅王国富吴利先大理大学基础医学院微生物与免疫教研室

目的通过生物信息学方法预测分析结核分枝杆菌（Mtb）Rv2387基因编码蛋白的结构和功能。方法从美国国家生物信息数据库(NCBI)数据库中获取Rv2387基因及其编码蛋白的基本信息。利用ProtParam和ProtScale工具对蛋白质进行理化性质及亲/疏... 详细信息

目的通过生物信息学方法预测分析结核分枝杆菌（Mtb）Rv2387基因编码蛋白的结构和功能。方法从美国国家生物信息数据库(NCBI)数据库中获取Rv2387基因及其编码蛋白的基本信息。利用ProtParam和ProtScale工具对蛋白质进行理化性质及亲/疏水性的预测；通过TMHMM-2.0、SignalP-6.0、ProtCompB分析蛋白的跨膜区域、信号肽和亚细胞定位；运用NetPhos-3.1、NetNGlyc-1.0、YinOYang-1.2预测蛋白的磷酸化位点、N-糖基化位点和O-糖基化位点；选择SOPMA、SWISS-MODEL预测蛋白二、三级结构；使用IEDB数据库和SYFPEITHI预测蛋白的B细胞优势表位和T细胞优势表位；通过NCBI中自带的Blast工具对Rv2387氨基酸序列进行比对，运用MEGA11软件构建进化树；采用STRING数据库预测分析蛋白质相互作用。结果Rv2387基因全长1254bp，共编码417个氨基酸。预测结果显示该蛋白有8个开放阅读框。Rv2387蛋白是一种稳定的亲水性跨膜蛋白，其等电点为5.39，不含信号肽，且亚细胞定位显示在细胞膜上。该蛋白经预测具有27个氨基酸磷酸化位点，3个N-糖基化位点和41个O-糖基化位点。二级结构中α-螺旋占比为47.96%，β-转角占比为4.80%，无规则卷曲占比为35.25%，延伸链占比为11.99%；存在多个抗原表位，与Rv2423、Rv2067c、eccD2、Rv3899c和glnB多个蛋白质有相互作用。结论生物信息学预测出Rv2387为亲水性蛋白，存在多个磷酸化位点并能够与多种蛋白相互作用，该蛋白存在多个T、B细胞抗原表位，可作为Mtb的疫苗候选抗原，为Mtb治疗提供新思路。

关键词：结核分枝杆菌(Mtb) Rv2387 抗原表位生物信息学

基于委托代理关系的公立医院内部控制建设研究

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中国总会计师 2024年第5期 135-138页

作者：肖婷汕头大学医学院监察审计室

公立医院在运营管理中,存在多种委托代理关系。委托代理关系所带来的信息不对称问题,容易滋生廉政风险。内部控制作为内部管理的重要手段,在医院运营管理中具有不可替代的作用。为规避与防范公立医院因存在委托代理关系可能产生的廉政风... 详细信息

公立医院在运营管理中,存在多种委托代理关系。委托代理关系所带来的信息不对称问题,容易滋生廉政风险。内部控制作为内部管理的重要手段,在医院运营管理中具有不可替代的作用。为规避与防范公立医院因存在委托代理关系可能产生的廉政风险,本文举一反三地剖析公立医院存在的主要委托代理关系及其特征,阐述公立医院加强内部控制建设的必要性,从环境、评估、控制、沟通及监督等五个维度构建公立医院内部控制体系,以期促进公立医院内部治理水平不断提高。

关键词：委托代理关系公立医院内部控制

结核分枝杆菌免疫逃逸相关蛋白Mce2D的生物信息学分析

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中国病原生物学杂志 2024年第8期19卷 917-922页

作者：代禹美杜文雅乐林芝马涛王国富吴利先大理大学基础医学院微生物与免疫教研室云南大理671000

目的应用生物信息学方法分析预测结核分枝杆菌Rv0592基因编码蛋白Mce2D的结构和功能。方法从NCBI网站查询Rv0592基因及其编码蛋白的基本信息,通过Uniprot数据库获取Mce2D蛋白的氨基酸序列。运用ORF Finder、Protpatam、SOPMA、SWISS-M... 详细信息

目的应用生物信息学方法分析预测结核分枝杆菌Rv0592基因编码蛋白Mce2D的结构和功能。方法从NCBI网站查询Rv0592基因及其编码蛋白的基本信息,通过Uniprot数据库获取Mce2D蛋白的氨基酸序列。运用ORF Finder、Protpatam、SOPMA、SWISS-MODEL、ProtScale、Signal IP 4.1 Server、TMHMM、ProtComp、SYFPEITHI、IEDB等生物信息学软件分别对Mce2D蛋白的开放阅读框架、理化性质、二级结构、三级结构、亲疏水性、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、T细胞表位和B细胞表位等生物特征进行预测。结果 Rv0592基因全长1 527 bp,共有8个开放阅读框架,编码蛋白的氨基酸数为508个。Mce2D蛋白的等电点为5.06,总平均亲水性为-0.109,为亲水蛋白。蛋白的二级结构中无规卷曲占42.52%、α-螺旋占41.54%,含有多个T细胞表位和B细胞表位。该蛋白有一个信号肽、跨膜螺旋数为一、亚细胞定位于细胞膜。结论生物信息学预测Mce2D蛋白为含多个的B细胞和T细胞表位,可作为结核病诊断和治疗的有效靶点。

关键词：结核分枝杆菌结核免疫逃逸 Rv0592 Mce2D蛋白生物信息学分析

间充质干细胞来源外泌体在肺部疾病治疗中的研究进展

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细胞与分子免疫学杂志 2024年

作者：马涛乐林芝代禹美杜文雅吴利先大理大学基础医学院微生物与免疫学教研室

肺部疾病作为一类呼吸系统常见疾病，已然成为全球公共卫生的主要问题。由于环境的污染以及职业因素的影响，肺部疾病的发病率正在逐年上升，严重影响了人类的健康和生活质量。间充质干细胞（MSC）具有参与免疫调节、抗菌、抗凋亡的作... 详细信息

肺部疾病作为一类呼吸系统常见疾病，已然成为全球公共卫生的主要问题。由于环境的污染以及职业因素的影响，肺部疾病的发病率正在逐年上升，严重影响了人类的健康和生活质量。间充质干细胞（MSC）具有参与免疫调节、抗菌、抗凋亡的作用，来源于MSC的外泌体携带蛋白质、脂质、核酸等物质在肺部疾病的治疗中展现出良好的效果，受到了医学界的广泛关注。本文综述了不同来源的MSC外泌体在肺部疾病中的作用，为临床诊治应用提供依据。

关键词：间充质干细胞(MSC) 外泌体肺部疾病治疗综述

安徽省部分地区硬蜱蜱种鉴定及蜱携带无形体检测

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中国人兽共患病学报 2024年第4期40卷 302-307页

作者：赵雪 Lerato Khakhane 陆皖晴吴鑫云宋芳菲新宇张莹莹邢晨徐可瀚何茂章柳燕安徽医科大学基础医学院微生物教研室合肥230032

目的了解安徽省部分地区硬蜱蜱种种类、蜱种分布及蜱虫携带无形体情况,为蜱传无形体防控提供参考依据。方法于2023年4月至8月,在安徽省金寨县、含山县、旌德县、巢湖市等地通过布旗法和从动物身上采集硬蜱共计630只。用体式显微镜进行... 详细信息

目的了解安徽省部分地区硬蜱蜱种种类、蜱种分布及蜱虫携带无形体情况,为蜱传无形体防控提供参考依据。方法于2023年4月至8月,在安徽省金寨县、含山县、旌德县、巢湖市等地通过布旗法和从动物身上采集硬蜱共计630只。用体式显微镜进行形态学鉴定,设计蜱特异性引物进行蜱种分子生物学鉴定。设计无形体16S rRNA特异性引物用巢式PCR检测单只蜱虫无形体携带情况。利用MEGA11.0构建系统发育树并分析。结果安徽省金寨县微小扇头蜱占18.8%(18/96)、长角血蜱占81.2%(78/96),含山县、巢湖市均为长角血蜱,旌德县均为微小扇头蜱。长角血蜱携带无形体阳性率为30.9%(102/330),包括牛无形体1.8%(6/330)、嗜吞噬细胞无形体21.8%(72/330)和一种uncultured无形体7.3%(24/330),微小扇头蜱携带嗜吞噬细胞无形体13.6%(18/132)。牛无形体和未培养无形体在游离蜱检测出,在24.4%的寄生蜱和15.8%的游离蜱检测出嗜吞噬细胞无形体。结论安徽省调查县的蜱种包括长角血蜱和微小扇头蜱,长角血蜱和微小扇头蜱及其游离蜱和寄生蜱均携带无形体。

关键词：蜱蜱种鉴定长角血蜱微小扇头蜱无形体安徽省

人类宏基因组变异与疾病发生及个体化治疗的研究进展

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中国科学:生命科学 2024年第11期54卷 2029-2036页

作者：冼晓颖周宏灏张伟中南大学湘雅医院临床药理研究所湖南省药物微生物组重点实验室教育部药物基因组应用技术工程中心汕头大学医学院附属第一医院

人类肠道微生物在影响宿主健康方面起着重要作用.以往的研究多数是在属水平或种水平上探讨肠道微生物及其代谢物对宿主健康的影响,但这种水平的分辨率可能不足以全面了解肠道微生物与人类健康之间的联系.微生物具有广泛的遗传变异,包括... 详细信息

人类肠道微生物在影响宿主健康方面起着重要作用.以往的研究多数是在属水平或种水平上探讨肠道微生物及其代谢物对宿主健康的影响,但这种水平的分辨率可能不足以全面了解肠道微生物与人类健康之间的联系.微生物具有广泛的遗传变异,包括单核苷酸变异(single nucleotide variants, SNVs)或单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms, SNPs)、结构变异(structural variants, SVs)和可移动遗传元件.这些遗传变异可能会导致肠道微生物组成、功能等方面的改变,进而影响微生物与宿主之间的相互作用.本文首次提出药物宏基因组学概念,并系统综述了人类宏基因组变异对宿主生理调节、疾病进展和个体化药物治疗响应的影响,以期了解肠道微生物与人类健康之间复杂的关系,为研究肠道微生物基因多态性对人类健康的影响提供参考,为基于肠道微生物的个体化医疗探索提供方向和依据.

关键词：药物宏基因组学肠道微生物基因多态性单核苷酸变异单核苷酸多态性基因结构变异个体化医疗

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基于蒲公英-桑叶治疗急性髓系白血病潜在机制的网络药理学分析

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吉林大学学报（医学版） 2024年第4期50卷 1087-1097页

作者：周鑫辰董姝含张卓沈明妹汪香君李迎刘丽梅北华大学医学技术学院微生物学检验教研室吉林吉林132000

目的:应用网络药理学分析蒲公英-桑叶在急性髓系白血病(AML)发生发展过程的作用,阐明其治疗AML的活性成分和作用机制。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)筛选蒲公英-桑叶的活性成分,采用SwissTargetPrediction数据库预测其... 详细信息

目的:应用网络药理学分析蒲公英-桑叶在急性髓系白血病(AML)发生发展过程的作用,阐明其治疗AML的活性成分和作用机制。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)筛选蒲公英-桑叶的活性成分,采用SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点,在症状映射(SymMap)数据库、人类基因数据库(GeneCards)、DisGeNET数据库和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库中检索AML相关基因和蛋白靶点。对AML相关基因和蒲公英-桑叶靶基因进行比较,确定富集基因,并进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。采用Cytoscape 3.8.0软件根据靶点信息构建药物-有效成分-靶点网络和蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用CytoNCA插件筛选出核心基因,通过AutoDock软件进行分子对接验证。结果:对数据库检索结果进行筛选后得到39种有效成分,收集蒲公英-桑叶与AML的共同靶点148个。GO功能富集分析主要涉及细胞因子介导的信号传导途径、激酶活性正向调节和氧化应激反应等。KEGG信号通路富集分析主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路和Janus激酶/信号转导和转录激活因子(JAK/STAT)信号通路等。拓扑分析得到信号转导和转录激活因子3(STAT3)、表皮生长因子受体(EGFR)、蛋白激酶B1(AKT1)、重组人表皮生长因子(EGF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、原癌基因MYC、肿瘤蛋白P53(TP53)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3(CASP3)、肉瘤基因SRC、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、连环蛋白B1(CTNNB1)、磷酸肌醇3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、白细胞介素6(IL-6)、TNF、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)和磷酸肌醇3-激酶调节亚基1(PIK3R1)等核心靶点。分子对接,结合亲和力最高的配对结果为蒲公英萜醇(taraxerol)与MYC(-8.74 kcal·mol^(-1)),槲皮素(quercetin)、kaemfprol、木犀草素(luteolin)和artemetin与各个靶点均有很好的结合亲和力。结论:蒲公英-桑叶主要活性成分quercetin、taraxerol、kaemfprol、luteolin和artemetin可能通过调控AKT1、STAT3、HSP90AA1、IL-6和MAPK1发挥抗AML的作用,对PI3K-AKT信号通路的调节是蒲公英-桑叶发挥抗AML作用的重要机制。

关键词：急性髓系白血病蒲公英桑叶网络药理学分子对接

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晚期食管鳞癌患者接受免疫检查点抑制剂治疗的疗效及预后影响因素分析

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中国医院药学杂志 2024年第10期44卷 1199-1204页

作者：吴珊珊谢晓纯黄晓杰高分飞汕头大学医学院药理学教研室广东汕头515041 揭阳市人民医院药学部广东揭阳522000

目的:探讨晚期食管鳞癌患者的临床特征和外周血生物标志物对接受免疫检查点抑制剂(ICIs)治疗的疗效及预后的影响,寻找ICIs治疗前的潜在预测指标。方法:收集2020年1月至2022年6月在揭阳市人民医院接受ICIs治疗的157例晚期食管癌患者资料... 详细信息

目的:探讨晚期食管鳞癌患者的临床特征和外周血生物标志物对接受免疫检查点抑制剂(ICIs)治疗的疗效及预后的影响,寻找ICIs治疗前的潜在预测指标。方法:收集2020年1月至2022年6月在揭阳市人民医院接受ICIs治疗的157例晚期食管癌患者资料,包括临床特征、外周血标志物等,根据纳入和排除标准,剔除治疗周期数小于2次、合并放疗、未规范治疗、资料不全、接受PD-1抑制剂治疗尚不足6个月且未出现进展或死亡的患者,筛选出符合条件的患者65例。评估其与持久临床获益(DCB)、无进展生存期(PFS)之间的关系。结果:共纳入65例晚期食管鳞癌患者,单因素分析显示基线淋巴细胞/单核细胞比值(LMR)≥3.64、白蛋白(ALB)≥38.75 g·L^(–1)和预后营养指数(PNI)≥44.40组的患者DCB更优,具有统计学意义(P<0.05);多因素分析提示基线LMR≥3.64和ALB≥38.75 g·L^(–1)是DCB的独立影响因素(P<0.05)。纳入患者中位PFS为6.7个月(95%CI:4.48~8.86),单因素分析显示基线体力状态(PS)评分0~1分、LMR≥3.64、ALB≥38.75 g·L^(–1)与PFS改善显著相关(P<0.05);多因素Cox回归分析显示基线LMR≥3.64和ALB≥38.75 g·L^(–1)的患者具有更长的PFS(P<0.05)。结论:基线LMR≥3.64和ALB≥38.75 g·L^(–1)与晚期食管鳞癌患者接受ICIs治疗后的预后呈正相关。

关键词：食管癌免疫检查点抑制剂疗效影响因素

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铁死亡在感染性疾病中的作用研究进展

中国比较医学杂志 2024年第7期34卷 175-180页

作者：乐林芝马涛代禹美杜文雅王国富吴利先大理大学基础医学院微生物与免疫教研室云南大理671000

铁死亡是一种新发现的程序性细胞死亡方式,主要以细胞内铁依赖的脂质过氧化累积为主要特征。目前对铁死亡的研究主要集中在癌症领域,但越来越多的证据表明铁死亡与感染性疾病的发生有关,在新型冠状病毒肺炎、结核病及隐球菌性脑膜炎等... 详细信息

铁死亡是一种新发现的程序性细胞死亡方式,主要以细胞内铁依赖的脂质过氧化累积为主要特征。目前对铁死亡的研究主要集中在癌症领域,但越来越多的证据表明铁死亡与感染性疾病的发生有关,在新型冠状病毒肺炎、结核病及隐球菌性脑膜炎等疾病中均发现铁死亡参与。本文就铁死亡在感染性疾病中的作用作一综述,以期为铁死亡相关感染性疾病的防治提供新思路。

关键词：铁死亡病毒细菌真菌