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基于TCGA数据挖掘及网络药理学探讨卤泛群治疗胶质母细胞瘤的潜在机制

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中国药理学通报 2024年第4期40卷 756-764页

作者：曹振程路畅秦祎雄郭勇韩标桂林医学院智能医学与生物技术学院广西桂林541199 桂林医学院生物化学与分子生物学重点实验室广西桂林541199

目的运用癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)基因组学数据挖掘潜在治疗胶质母细胞瘤的药物卤泛群(halofantrine),通过网络药理学方法探讨卤泛群防治胶质母细胞瘤的作用机制,并结合细胞实验对卤泛群防治胶质母细胞瘤的机制进行... 详细信息

目的运用癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)基因组学数据挖掘潜在治疗胶质母细胞瘤的药物卤泛群(halofantrine),通过网络药理学方法探讨卤泛群防治胶质母细胞瘤的作用机制,并结合细胞实验对卤泛群防治胶质母细胞瘤的机制进行验证。方法通过癌症临床公开数据库TCGA挖掘胶质母细胞瘤发生发展的关键基因,利用CMAP数据库寻找潜在治疗胶质母细胞瘤的药物,借助STITCH、Drug bank、Binding DB、BATMAN-TCM、TargetNet、SwissTarget、PubChem检索药物靶点信息,利用Drug bank、DisGeNET、GeneCards,TDD筛选胶质母细胞瘤靶点。通过Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点”可视化网络图,通过进行GO、KEGG和分子对接分析,预测其作用机制。利用CCK-8及qPCR等方法验证卤泛群对胶质母细胞瘤细胞及治疗靶点的作用。结果筛选出潜在治疗胶质母细胞瘤的药物卤泛群,卤泛群有150个作用靶点,胶质母细胞瘤治疗靶点有173个,和药物交集靶点有12个,获得3个核心靶点:EGFR、MAPK14、IGF1R。分子对接结果显示,卤泛群与核心靶点结合的潜能和活性良好。CCK-8和qPCR实验结果表明卤泛群可通过EGFR、MAPK14、IGF1R靶点抑制胶质母细胞瘤细胞增殖。结论卤泛群通过EGFR、MAPK14、IGF1R靶点发挥治疗胶质母细胞瘤的作用。

关键词： TCGA数据库网络药理学胶质母细胞瘤卤泛群分子对接作用机制

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桂林会仙湿地真菌Talaromyces sp. W21的化学成分及其抗炎活性研究

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天然产物研究与开发 2024年

作者：梁琳袁玺冼小雅周先丽王力生邝彤东梁成钦桂林医学院药学院桂林医学院智能医学与生物技术学院桂林医学院广西糖尿病系统医学重点实验室

研究桂林会仙湿地来源真菌Talaromyces sp. W21的化学成分及其抗炎活性。综合运用多种柱色谱、现代波谱技术和理化性质对Talaromyces sp. W21发酵提取物中的化学成分进行分离、纯化和结构鉴定，并从中分离得到10个化合物，分别鉴定为cyt... 详细信息

研究桂林会仙湿地来源真菌Talaromyces sp. W21的化学成分及其抗炎活性。综合运用多种柱色谱、现代波谱技术和理化性质对Talaromyces sp. W21发酵提取物中的化学成分进行分离、纯化和结构鉴定，并从中分离得到10个化合物，分别鉴定为cytospone K(1)、(3S， 4R， 5R)-4-hydroxymethyl-3， 5-dimethyldihydro-2-furanone(2)、lasdiplactone(3)、leptosphaerone C(4)、annularin A(5)、annularin K(6)、cladobotrin V(7)、2-(2’ S-hydroxypropyl)-5-methyl-7-hydroxychromone(8)、bacillisporin A(9)、bacillisporin B(10)。其中，化合物1为新的α-吡喃酮类化合物，化合物2～8为首次从Talaromyces sp.中分离获得。抗炎活性实验结果表明化合物9和10对LPS诱导的RAW 264.7释放NO具有一定的抑制作用，其IC50分别为38.90 ± 0.79、35.02 ± 1.03 μmol/L。

关键词：湿地真菌化学成分 α-吡喃酮抗炎活性

桂林会仙湿地真菌Talaromyces sp.W21的化学成分及其抗炎活性研究

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天然产物研究与开发 2024年第7期36卷 1175-1181页

作者：梁琳袁玺冼小雅周先丽王力生邝彤东梁成钦桂林医学院药学院桂林医学院智能医学与生物技术学院桂林医学院广西糖尿病系统医学重点实验室桂林541199

研究桂林会仙湿地来源真菌Talaromyces sp.W21的化学成分及其抗炎活性。综合运用多种柱色谱、现代波谱技术和理化性质对Talaromyces sp.W21发酵提取物中的化学成分进行分离、纯化和结构鉴定,并从中分离得到10个化合物,分别鉴定为cytospo... 详细信息

研究桂林会仙湿地来源真菌Talaromyces sp.W21的化学成分及其抗炎活性。综合运用多种柱色谱、现代波谱技术和理化性质对Talaromyces sp.W21发酵提取物中的化学成分进行分离、纯化和结构鉴定,并从中分离得到10个化合物,分别鉴定为cytospone K(1)、(3 S,4 R,5 R)-4-hydroxymethyl-3,5-dimethyldihydro-2-furanone(2)、lasdiplactone(3)、leptosphaerone C(4)、annularin A(5)、annularin K(6)、cladobotrin V(7)、2-(2′S-hydroxypropyl)-5-methyl-7-hydroxychromone(8)、bacillisporin A(9)、bacillisporin B(10)。其中,化合物1为新的α-吡喃酮类化合物,化合物2~8为首次从Talaromyces sp.中分离获得。抗炎活性实验结果表明化合物9和10对LPS诱导的RAW 264.7释放NO具有一定的抑制作用,其IC 50分别为38.90±0.79、35.02±1.03μmol/L。

关键词：湿地真菌化学成分 α-吡喃酮抗炎活性

Des(rhamnosyl)verbascoside抗HBV作用的定量蛋白质组学研究

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广西科学 2024年第1期31卷 197-204页

作者：邓洁赵童诗尧牟俊飞梁成钦周先丽桂林医学院智能医学与生物技术学院广西桂林541004 桂林医学院药学院广西桂林541004

为探究des(rhamnosyl)verbascoside体外抗乙型肝炎病毒(HBV)的活性作用和机制,本研究以des(rhamnosyl)verbascoside为实验药物对HepG2.2.15细胞进行干预,实验分为药物干预组和对照组,采用串联质谱标签(Tandem Mass Tag,TMT)蛋白质组学方法对提取的总蛋白进行分析。结果表明,共筛选得到300个差异表达蛋白,其中有109个上调蛋白,191个下调蛋白。基因本体论(Gene Ontology,GO)分析结果显示,差异蛋白主要参与DNA复制(DNA replication)、鞘糖脂代谢(Glycosphingolipid metabolic process)、细胞增殖(Cell proliferation)、寡糖分解代谢(Oligosaccharide catabolic process)等生物学过程,以及DNA聚合酶活性(DNA polymerase activity)、丝氨酸型羧肽酶活性(Serine type carboxypeptidase activity)、DNA引物酶活性(DNA primase activity)等分子功能。京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析结果显示,差异蛋白主要参与细胞代谢(Metabolism)、遗传信息传导(Genetic information processing)、生物系统通路(Organismal systems)等相关信号通路。亚细胞定位分析表明,差异蛋白大多定位在细胞质和细胞核。本研究共筛选出13个与抗HBV密切相关的蛋白。通过定量蛋白组学初步揭示des(rhamnosyl)verbascoside可能通过增加HGF、SORT1、MAN2B1,减少PRIM1、PRIM2、POLA1、POLD3、POLD2、POLD1、POLE、ERCC2、LAMC1、SDC1等蛋白表达来起到体外抗HBV的作用。

关键词： des(rhamnosyl)verbascoside 蛋白组学乙型肝炎病毒生物信息学旱田草

一种新的泛素化-铁死亡相关基因特征用于肝细胞癌患者预后分析

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基因组学与应用生物学 2024年第2期43卷 298-310页

作者：张豪郭泽皓曹骏莫之婧金荣仲桂林医学院智能医学与生物技术学院桂林541199 广西高校生物化学与分子生物学重点实验室桂林541199

本研究通过筛选泛素化-铁死亡相关基因构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后模型,并探究泛素化-铁死亡相关基因对HCC预后的影响。使用R包DESeq2对TCGA-LIHC数据集进行差异分析,获取HCC差异表达基因(HCC_DEGs)。将HCC_DEGs、... 详细信息

本研究通过筛选泛素化-铁死亡相关基因构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后模型,并探究泛素化-铁死亡相关基因对HCC预后的影响。使用R包DESeq2对TCGA-LIHC数据集进行差异分析,获取HCC差异表达基因(HCC_DEGs)。将HCC_DEGs、泛素化相关基因(ubiquitination related genes,URGs)和铁死亡差异表达基因(ferroptosis_differentially expressed genes,FERR_EDGs)取交集获得泛素化和铁死亡相关基因(UBFE_EDGs),将UBFE_EDGs依次进行LASSO回归分析、单因素Cox回归分析和多因素Cox回归分析以筛选出最佳独立预后基因用于构建HCC预后模型(ubiquitination and ferroptosis-related prognostic model,UBFE)。由生存曲线、ROC曲线和校正曲线评估UBFE的预测准确性。单因素Cox回归分析、多因素Cox回归分析评估UBFE风险评分是否为HCC的预后独立危险因素,并构建列线图模型。ssGSEA分析和单细胞测序数据分析用于评估UBFE与泛素化及铁死亡的相关性。结果显示,HCC_DEGs、URGs和FERR_EDGs取交集得到45个UBFE_EDGs,依次进行LASSO回归分析、单因素Cox回归分析和多因素Cox回归分析筛选出2个UBFE_EDGs(DCAF13和UBE2C)用于构建HCC预后模型UBFE。生存曲线、ROC曲线和校准曲线分析显示UBFE高风险评分组(HighUBFE)与HCC患者预后差显著相关,UBFE具有较好的预测准确性。单因素Cox回归分析和多因素Cox回归分析结果显示UBFE风险评分是HCC患者预后的独立危险因素,UBFE联合TNM分期的预测准确性更高,列线图预测HCC患者的1年、2年和3年生存率与实际生存率的一致性较高。ssGSEA分析和单细胞分析的结果均显示UBFE风险评分与泛素化呈正相关性,与铁死亡呈负相关性,UBFE高风险评分组的铁死亡拮抗反应高于UBFE低风险评分组的。本研究构建的UBFE在预测HCC患者的预后方面具有较好的表现,DCAF13和UBE2C可能通过泛素化和铁死亡通路影响肝细胞癌的进展及患者预后。

关键词：肝细胞癌铁死亡泛素化预后

O-PIRTAS翻转课堂在创新创业型人才培养过程中的探索与实践

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医学细胞生物学课程创新创业教育融入探索与实践

科教导刊（电子版） 2024年第11期 38-40页

作者：李勇刘启亮桂林医学院智能医学与生物技术学院细胞与遗传教研室广西桂林 541199 桂林医学院智能医学与生物技术学院生物技术教研室广西桂林 541199

激发学生创新创业潜能、培养学生综合科学素养是落实高校创新创业型人才培养的关键.在传统基础知识课程中融入创新创业教育、能力培养和价值观引领,是"三全育人"大背景下落实立德树人根本任务的必然要求和有效举措.教学团队融合O-PIRTA... 详细信息

激发学生创新创业潜能、培养学生综合科学素养是落实高校创新创业型人才培养的关键.在传统基础知识课程中融入创新创业教育、能力培养和价值观引领,是"三全育人"大背景下落实立德树人根本任务的必然要求和有效举措.教学团队融合O-PIRTAS翻转课堂与创新创业教育、思想政治教育,通过课前、课中、课后三个模块对医学细胞分子遗传学进行了教学改革研究,良好促进了学生创新创业能力与德育素养,为新时代创新人才培养提供了一个良好的改革实践范本.

关键词： O-PIRTAS翻转课堂创新创业

来源：博看期刊评论

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污染环境下具有Markov切换的随机食饵-捕食渔业模型及其最优收获

科教导刊（电子版） 2024年第8期 69-71页

医学细胞生物学是面向临床医学相关专业开设的基础性课程,其理论和实践高度结合,在培养创新思维能力方面发挥重要作用.医学细胞生物学传统理论课程设置与创新创业教育脱节,实验课程内容陈旧、教法单一、创新思维培养缺乏、学生学习思维... 详细信息

医学细胞生物学是面向临床医学相关专业开设的基础性课程,其理论和实践高度结合,在培养创新思维能力方面发挥重要作用.医学细胞生物学传统理论课程设置与创新创业教育脱节,实验课程内容陈旧、教法单一、创新思维培养缺乏、学生学习思维与方法固化、思想政治育人体系仍待完善.因此,医学细胞生物学课程改革刻不容缓,把握理论教学与实验教学两条主线,以"师生同创"与"产教领创"为抓手,探索医学细胞生物学"科—创—德—学—教—议"六维育人体系,尝试构建"专注专业—完成学业—激发创业—对接产业—带动就业"五业融会贯通的创新创业教育新模式,旨在培养利于实现国家经济与教育事业的共同发展进步的"创新创业"人才.

关键词：医学细胞生物学教学改革创新创业

来源：博看期刊评论

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应用数学 2024年第2期37卷 303-320页

作者：钟琪琪韦煜明桂林医学院智能医学与生物技术学院广西桂林541199 广西师范大学数学与统计学院广西桂林541006

本文研究在污染环境中具有白噪声和Markov切换的随机食饵-捕食者渔业模型的最优收获策略.首先证明全局正解的存在唯一性,讨论种群灭绝和持久的阈值.通过构造适当的Lyapunov函数得到遍历平稳分布存在的充分条件.应用遍历方法研究模型的... 详细信息

本文研究在污染环境中具有白噪声和Markov切换的随机食饵-捕食者渔业模型的最优收获策略.首先证明全局正解的存在唯一性,讨论种群灭绝和持久的阈值.通过构造适当的Lyapunov函数得到遍历平稳分布存在的充分条件.应用遍历方法研究模型的最优收获策略.最后,提供一些数值模拟来证明理论分析.分析表明, Markov切换可以抑制种群的灭绝,而白噪声强度和污染物浓度对最优收获策略有明显的负面影响.

关键词：食饵-捕食者模型最优收获环境污染 Markov切换

基于CNKI期刊的分子生物学教学研究文献计量与可视化分析

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华夏医学 2024年第2期37卷 231-237页

作者：高进涛莫之婧陈莉李贤成桂林医学院智能医学与生物技术学院桂林541199

采用CiteSpace文献计量软件对2003—2022年中国知网(CNKI)收录的分子生物学教学研究文献1683篇进行可视化知识图谱分析,探究国内分子生物学教学研究的发展现状、研究热点及未来趋势。研究结果表明,分子生物教学研究整体呈上升趋势;研究... 详细信息

采用CiteSpace文献计量软件对2003—2022年中国知网(CNKI)收录的分子生物学教学研究文献1683篇进行可视化知识图谱分析,探究国内分子生物学教学研究的发展现状、研究热点及未来趋势。研究结果表明,分子生物教学研究整体呈上升趋势;研究者和机构已初具规模,有核心作者群出现,但相互之间合作仍需加强;研究热点主题主要集中在教学改革、实验教学和教学质量等方面;翻转课堂、虚拟仿真、雨课堂、课程思政是近年来研究的重要热点,并有望成为近期持续关注的热点。研究结果有助于了解此领域的研究现状和未来趋势,对我国分子生物学教学研究与实践探索具有借鉴意义。

关键词：分子生物学文献计量发展现状研究热点未来趋势