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湘西地区猕猴桃溃疡病病原菌分离及其全基因组分析

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微生物学杂志 2024年第1期44卷 58-67页

作者：杨睿汪琳罗沙姚迪唐蕴哲张婧一彭清忠吉首大学生物资源与环境科学学院湖南吉首416000

通过了解湘西地区猕猴桃溃疡病致病菌分类地位和基因类型,初步探讨其致病的分子机理。采用纯培养法分离猕猴桃溃疡病菌;基于16S~23S rRNA基因内转录间隔序列进行病原菌的系统发育分析;通过基因组测序和生物信息学分析解析其致病的分子... 详细信息

通过了解湘西地区猕猴桃溃疡病致病菌分类地位和基因类型,初步探讨其致病的分子机理。采用纯培养法分离猕猴桃溃疡病菌;基于16S~23S rRNA基因内转录间隔序列进行病原菌的系统发育分析;通过基因组测序和生物信息学分析解析其致病的分子机理。从“米良1号”和“红阳”猕猴桃感病枝条中分离获得5株溃疡病菌,编号为L211、L212、L321、L322、L323;通过形态特征和16S~23S rRNA基因内转录间隔序列分析,鉴定5株细菌均为丁香假单胞菌猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidae,Psa)。以菌株L211为代表进行体外猕猴桃枝条接种实验表明能引起典型溃疡病症状。通过菌株L211的全基因组测序和生物信息学分析,获得5741条基因数目,长5412072 bp;基因功能注释发现菌株L211携带121种毒力因子、71个植物互作因子和77个耐药基因;同时,基因组单核苷酸多态性分析发现病原菌L211为基因Ⅲ型Psa。引起湘西地区猕猴桃溃疡病的病原菌是丁香假单胞菌猕猴桃致病变种基因Ⅲ型,与国内外报道的引起猕猴桃溃疡病大流行的致病菌一致。猕猴桃溃疡病发病原因可能是病原菌的多种毒力基因和互作基因协同作用的结果。

关键词：猕猴桃溃疡病丁香假单胞菌猕猴桃致病变种鉴定全基因组测序致病机理

东方田鼠家群个体体重、攻击性及胆量对其扩散的影响

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生态学报 2024年第4期44卷 1539-1548页

作者：胡高鑫黎昌雄李波汪玲王霞覃三立李俊年陶双伦游国洪吉首大学生物资源与环境科学学院吉首416000 镇远文德民族中学凯里556000

扩散作为动物适应生存环境的重要特征之一,受到自身生物学特征及环境等方面的制约。以家群形式生活和子代雄鼠扩散为主的东方田鼠,其成员个体是否因领地食物和空间资源竞争导致体重小、攻击性弱及胆小个体先行扩散。以新鲜马唐叶片构建... 详细信息

扩散作为动物适应生存环境的重要特征之一,受到自身生物学特征及环境等方面的制约。以家群形式生活和子代雄鼠扩散为主的东方田鼠,其成员个体是否因领地食物和空间资源竞争导致体重小、攻击性弱及胆小个体先行扩散。以新鲜马唐叶片构建三块密集均质的食物斑块,在食物斑块周边以透明玻璃设置观测箱,采用透明塑胶管连接三块食物斑块作为动物扩散的通道,构建东方田鼠扩散行为观测装置。将东方田鼠家群子代成员投放至带有自身家群气味的食物斑块,测定成员个体在食物斑块上的觅食行为序列过程和参数,以及向其他食物斑块扩散的行为过程和参数以及家群中先行扩散个体体重、攻击性及胆量占所有家群数的比率,检验成员个体的体重、攻击性及胆量对扩散的影响。结果发现,体重小、攻击性弱和胆小个体的觅食启动时间极显著地大于体重大、攻击性强和胆大个体的,但其先行扩散的比率却显著地大于体重大、攻击性强和胆大个体的;然而体重小、攻击性弱及胆小个体的扩散开始时间显著或极显著地大于体重大、攻击性强及胆大个体的。结果揭示,东方田鼠家群成员随着年龄的增长和对食物及空间资源竞争的加剧,体重大、攻击性强及胆大个体会迫使体重小、攻击性弱及胆小个体先行扩散。

关键词：东方田鼠家群体重攻击性胆量扩散

科尔沁沙地植被重建对土壤固氮和固碳菌群的影响

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应用生态学报 2024年第1期35卷 31-40页

作者：王子擎张颖王扬崔娅楠曹成有东北大学生命科学与健康学院辽宁省生物资源开发利用重点实验室沈阳110169

为掌握风沙土固氮和固碳微生物多样性以及人工植被类型对菌群结构的影响,在科尔沁沙地典型植被重建区选择相同年限的小叶锦鸡儿、差巴嘎蒿、小黄柳、山竹岩黄蓍、小叶杨和樟子松人工固沙林以及毗邻的天然榆树疏林为对象,以nifH和cbbL基... 详细信息

为掌握风沙土固氮和固碳微生物多样性以及人工植被类型对菌群结构的影响,在科尔沁沙地典型植被重建区选择相同年限的小叶锦鸡儿、差巴嘎蒿、小黄柳、山竹岩黄蓍、小叶杨和樟子松人工固沙林以及毗邻的天然榆树疏林为对象,以nifH和cbbL基因为标记,采用高通量测序技术分别研究了不同固沙植被类型土壤固氮和固碳菌群结构和多样性。结果表明:植被类型对土壤理化性质、生物活性、固氮及固碳菌的多样性和菌群结构均有显著影响;小黄柳和小叶杨固沙林土壤固氮菌多样性显著高于其他植被;而樟子松和小叶杨固沙林土壤固碳菌多样性最高;斯克尔曼氏菌属、慢生根瘤菌属、固氮螺菌属和广泛固氮氢自养单胞菌属等是风沙土固氮菌群的优势菌属,平均相对优势度分别为22.3%、21.5%、20.8%和17.8%;假诺卡氏菌属、中慢生根瘤菌属、贪铜菌属、慢生根瘤菌属等是固碳菌群的优势菌属,平均相对优势度分别为22.4%、18.5%、10.5%和6.0%。小叶锦鸡儿植被区土壤固氮菌、小黄柳和小叶杨植被区固碳菌的群落结构已基本恢复到天然榆树疏林水平。影响固氮菌群结构的主要土壤因子为有机质、NH_(4)^(+)-N和全磷,而影响固碳菌群的为pH、土壤含水率和速效磷。研究结果可为沙地植被重建生态效益的评估提供科学依据。

关键词：固沙植被 nifH cbbL 植被类型植被重建

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基于文献计量的料酒研究现状分析

食品工业科技 2024年第3期45卷 378-387页

作者：贺思桥张国泰芦润青唐菁雯向琴耿敬章田洪磊陕西理工大学生物科学与工程学院陕西省资源生物重点实验室陕南秦巴山区生物资源综合开发协同创新中心秦巴生物资源与生态环境重点实验室陕西汉中723000

料酒是我国传统的调味品之一,具有日需性高、调味效果显著等特点。掌握料酒的研究现状及未来发展趋势为后续料酒研究开发提供新思路及理论依据。以文献计量(文献源:CNKI、Web of science等)及关键词分析为方法,对料酒年代发文量、国内... 详细信息

料酒是我国传统的调味品之一,具有日需性高、调味效果显著等特点。掌握料酒的研究现状及未来发展趋势为后续料酒研究开发提供新思路及理论依据。以文献计量(文献源:CNKI、Web of science等)及关键词分析为方法,对料酒年代发文量、国内核心期刊、主要作者、发文机构、专利量、研究现状等进行分析。共检索1982~2022年关于料酒研究的中英文文献130篇,专利468项。分析发现国内发文量显著高于国外;国内料酒研究发展速度缓慢;研究对象为“调味酒”、“工艺”、“风味”等呈多元化趋势,研究内容从简单理化指标的测定向功能活性机制等逐步深入。料酒研究目前处于发展阶段,基于产业升级及营养健康消费观念的改变,料酒研究应兼顾产品营养、风味与功能,本研究可为料酒产业发展提供参考。

关键词：料酒文献研究现状计量分析

黄精对麦曲微生物群落结构及其功能基因的影响

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食品工业科技 2024年第3期45卷 56-64页

作者：张国泰贺思桥蒙倩倩芦润青唐菁雯向琴耿敬章田洪磊陕西理工大学生物科学与工程学院陕西省资源生物重点实验室陕南秦巴山区生物资源综合开发协同创新中心秦巴生物资源与生态环境重点实验室陕西汉中723000

目的:探究分别添加2.5%及5%质量分数的黄精对麦曲微生物群落结构及功能基因的影响,在此基础上为今后黄精麦曲的选择提供理论参考。方法:通过宏基因组学技术对黄精麦曲中的微生物组成及功能基因进行注释,使用主成分分析、堆叠柱状图及聚... 详细信息

目的:探究分别添加2.5%及5%质量分数的黄精对麦曲微生物群落结构及功能基因的影响,在此基础上为今后黄精麦曲的选择提供理论参考。方法:通过宏基因组学技术对黄精麦曲中的微生物组成及功能基因进行注释,使用主成分分析、堆叠柱状图及聚类热图等方法分析黄精对麦曲的微生物群落结构及功能基因的影响。结果:添加质量分数为2.5%的黄精制作的麦曲(HJ100)物种丰富度及均匀度均高于质量分数为5%(HJ200)及未添加黄精的麦曲(PTMQ);三者在属、种水平上均存在差异,其中HJ100的优势属为Aspergillus、Paecilomyces、Rasamsonia、Limosilactobacillus、Rhizopus、Klebsiella、Pantoea及Puccinia;HJ200与PTMQ的优势属均为Asper-gillus、Paecilomyces及Rasamsonia;HJ100优势种为Paecilomyces varioti、Rasamsonia emersonii、Limosilactoba-cillus pontis、Pantoea agglomerans、Rhizopus microsporus及Puccinia striiformis,HJ200与PTMQ的优势种均为Paecilomyces varioti和Rasamsonia emersonii;与HJ200及PTMQ相比,HJ100所注释出的功能基因的相对丰度展现出更高的均匀性,同时又具有高丰度的与碳水化合物代谢、蛋白质和氨基酸代谢的功能基因,该基因与黄酒的品质直接相关;酿造实验表明HJ100酿造的黄酒在总糖和多糖含量等指标上均优于HJ200及PTMQ,可保障黄酒的功能性与品质,且HJ100具有与PTMQ及HJ200相同的发酵能力。结论:添加2.5%质量分数的黄精,能够提高麦曲物种丰富度及均匀度和品质,可用于今后的黄酒酿造。

关键词：黄精麦曲宏基因组学技术功能注释微生物群落组成

5′UTR在植物基因表达调控中的功能研究进展

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植物生理学报 2024年第1期60卷 9-19页

作者：徐志民鄢梦雨兰海燕新疆大学生命科学与技术学院新疆生物资源基因工程重点实验室乌鲁木齐830017

植物5′非翻译区(untranslated region,UTR)存在众多的调控元件,如内部核糖体进入位点、上游开放阅读框、内含子及各种二级结构,在基因表达调控中发挥重要作用。5′UTR还能够通过保留、删除或突变调控元件产生多个mRNA变体,从而影响翻... 详细信息

植物5′非翻译区(untranslated region,UTR)存在众多的调控元件,如内部核糖体进入位点、上游开放阅读框、内含子及各种二级结构,在基因表达调控中发挥重要作用。5′UTR还能够通过保留、删除或突变调控元件产生多个mRNA变体,从而影响翻译效率。本文对植物5′UTR中涉及的各种调控元件及二级结构的作用机制进行了总结归纳,期望较为全面展示植物5′UTR的结构和功能,并为研究植物5′UTR的调控机制提供参考。

关键词： 5′UTR 上游开放阅读框内含子二级结构基因表达调控

抗癌胚抗原(CEA)纳米抗体的筛选鉴定及双纳米抗体夹心ELISA检测CEA

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中国生物工程杂志 2024年第2期44卷 48-58页

作者：王新婷胡倩倩娄楚杨天宁李江伟新疆大学生命科学与技术学院新疆生物资源基因工程重点实验室乌鲁木齐830046

目的:筛选能与癌胚抗原(carcinoembryonic antigen,CEA)高亲和力结合的纳米抗体(nanobodies,Nbs),用于今后开发CEA的快速检测方法。方法:使用人CEA蛋白免疫双峰驼,以淋巴细胞cDNA为模板,采用巢式PCR扩增重链抗体可变区(VHH)基因,连接到p... 详细信息

目的:筛选能与癌胚抗原(carcinoembryonic antigen,CEA)高亲和力结合的纳米抗体(nanobodies,Nbs),用于今后开发CEA的快速检测方法。方法:使用人CEA蛋白免疫双峰驼,以淋巴细胞cDNA为模板,采用巢式PCR扩增重链抗体可变区(VHH)基因,连接到pMECS载体,电转化TG1大肠杆菌,构建VHH cDNA文库。经辅助噬菌体M13K07感染后生成噬菌体展示文库,采用ELISA固相亲和淘洗方法,富集与CEA结合的VHH克隆,通过胞间质可溶性ELISA(PE-ELISA)筛选与CEA高结合的纳米抗体,并在WK6中进行IPTG诱导表达和亲和纯化。ELISA检测纳米抗体与CEA的结合特异性,竞争ELISA筛选配对纳米抗体构建夹心ELISA。结果:构建获得了库容为2.8×10^(8) cfu的VHH文库,菌液PCR表明VHH插入约为100%,随机挑取第2~3轮淘洗富集的90个克隆进行PE-ELISA检测,结果45个克隆为阳性,序列分析表明,它们编码7个纳米抗体序列。在WK6中,这些纳米抗体以可溶形式表达,经Ni亲和层析获得了纯度接近90%的重组纳米抗体。间接ELISA显示7株纳米抗体均特异结合CEA,其中2株纳米抗体3G2和3F4与CEA具有较高亲和力且呈浓度依赖,即使在高浓度(5μg/mL)下也不与无关蛋白溶菌酶结合,表现出较高特异性。竞争ELISA结果显示,3G2和3F4在结合CEA中没有竞争作用,表明3G2和3F4结合在CEA的不同表位。将3F4作为捕获抗体,3G2作为检测抗体,建立了双纳米抗体夹心ELISA方法(2Nbs-ELISA法),其对溶液中CEA的检测限(limit of detection,LOD)为1.8 ng/mL。结论:采用获得的两株CEA特异纳米抗体建立了夹心ELISA检测方法,对CEA的检测具有更高敏感性和特异性。

关键词： CEA 纳米抗体噬菌体展示表位归类双纳米抗体夹心ELISA

荒漠植物表皮毛的凝结水形成及吸收机制研究进展

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干旱区研究 2024年第1期41卷 114-123页

作者：阿拉依·哈那提刘艳霞兰海燕新疆大学生命科学与技术学院新疆生物资源基因工程重点实验室新疆乌鲁木齐830017

荒漠植物适应长期缺水条件形成了从空气吸水并在体表滞留及向体内运输的高度进化的结构特征,其叶片表面附属结构如表皮毛等在收集、储存及运输凝结水方面具有重要的生物学意义。本文基于目前相关研究进展,简要概述了凝结水对荒漠植物的... 详细信息

荒漠植物适应长期缺水条件形成了从空气吸水并在体表滞留及向体内运输的高度进化的结构特征,其叶片表面附属结构如表皮毛等在收集、储存及运输凝结水方面具有重要的生物学意义。本文基于目前相关研究进展,简要概述了凝结水对荒漠植物的生物学效应及生态效应,阐述了叶片表面润湿性与其集水能力相关理论,基于此重点阐述荒漠植物叶表特殊结构(表皮毛)在凝结水形成、运输、吸收过程中的重要作用,并总结了植物体表滞留及吸收凝结水的相关研究方法,为深入理解基于表皮毛结构特征驱动的荒漠植物收集凝结水的策略以及干旱荒漠植物的抗逆机制提供理论依据。

关键词：荒漠植物凝结水叶片表面润湿性表皮毛生态作用

基于文献计量分析药食同源物质缓解酒精性肝损伤研究进展

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食品工业科技 2024年第2期45卷 1-11页

作者：向琴张国泰芦润青唐菁雯贺思桥闵聪耿敬章陕西理工大学生物科学与工程学院陕西省资料生物重点实验室陕南秦巴山区生物资源综合开发协同创新中心秦巴生物资源与生态环境重点实验室陕西汉中723000

目的:分析药食同源物质缓解酒精性肝损伤相关领域的研究现状及热点内容,为学者对药食同源物质缓解酒精性肝损伤的深入研究提供思路。方法:采用文献计量学方法,以CNKI、WOS及PubMed数据库为文献源,对自建库起至2022年12月药食同源物质缓... 详细信息

目的:分析药食同源物质缓解酒精性肝损伤相关领域的研究现状及热点内容,为学者对药食同源物质缓解酒精性肝损伤的深入研究提供思路。方法:采用文献计量学方法,以CNKI、WOS及PubMed数据库为文献源,对自建库起至2022年12月药食同源物质缓解酒精性肝损伤研究领域文献的分布情况进行检索和分析。结果:共检索药食同源物质缓解酒精性肝损伤的中英文文献418篇,专利276项。国内该领域研究起步较晚,但发展速度快,且发文量及专利数量均高于国外,发文量呈指数型结构上升,专利量呈线性结构上升;研究热点主要为葛根、枳椇子、枸杞等药食同源物质缓解酒精性肝损伤的作用机制研究。结论:通过分析药食同源物质缓解酒精性肝损伤文献及专利现状,系统总结了酒精性肝损伤的发病机制,主要与乙醇代谢、氧化应激、免疫炎症反应及肠道屏障受损和菌群失调相关;药食同源物质缓解酒精性肝损伤的作用机制主要与抗脂质过氧化、抗氧化应激反应、抗炎作用及清除自由基、调节肠道菌群有关;未来该领域将以网络药理学、组学技术等技术手段进行更深入的机制研究。

关键词：药食同源物质酒精性肝损伤文献研究现状发病机制作用机制