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ULK3基因在前列腺癌中的生物信息学分析及其在DU145中的表达

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基因组学与应用生物学 2024年

作者：邹雨轩张云博孙梦李梦佳韩洋洋新疆医科大学基础医学院生物学教研室新疆地方病分子生物学重点实验室

本研究旨在利用生物信息学方法分析ULK3在前列腺癌（prostate cancer，PCa）中的潜在作用，并通过构建稳定敲降ULK3的前列腺癌细胞株DU145，探究ULK3对前列腺癌细胞增殖的影响。通过在线数据库TCGA、UALCAN分析ULK3在PCa中的表达情况；... 详细信息

本研究旨在利用生物信息学方法分析ULK3在前列腺癌（prostate cancer，PCa）中的潜在作用，并通过构建稳定敲降ULK3的前列腺癌细胞株DU145，探究ULK3对前列腺癌细胞增殖的影响。通过在线数据库TCGA、UALCAN分析ULK3在PCa中的表达情况；利用STRING数据库分析ULK3相关的互作蛋白，并对ULK3差异表达基因进行GSEA富集分析；通过GO、KEGG分析，探讨ULK3的潜在作用机制；通过miRNet平台预测了调控ULK3的微RNA（miRNA），并构建PCa中潜在的 ULK3-miRNA-mRNA调控网络；利用TIMER 2.0数据库分析了ULK3在PCa中与免疫浸润的关系。基于上述生物信息学分析，对PCa细胞DU145进行ULK3敲降处理，并通过实时定量PCR（(real-time quantitative PCR，RT-qPCR）和蛋白印迹（Western blot）检测ULK3下调效率；通过划痕实验和MTT法检测ULK3稳定下调对前列腺癌细胞增殖的影响。结果显示，ULK3在PCa癌组织中较正常前列腺组织高表达；通过富集分析，发现ULK3的表达与多种生物学功能有关，其中主要作用的通路有范可尼贫血途径和Notch信号通路；通过免疫浸润分析，发现ULK3高表达时多种免疫细胞的浸润水平显著下降。此外，成功构建敲降ULK3的前列腺癌细胞系DU145，经过划痕实验和MTT法发现敲降ULK3后对DU145细胞的迁移和增殖起到抑制作用。以上结果表明ULK3在前列腺癌中发挥重要生物学作用，敲降其对PCa可能存在抑制作用，这为后续PCa的基础研究与临床治疗提供了新的思路。

关键词： ULK3 前列腺癌(PCa) 生物信息学慢病毒增殖

琐琐葡萄多糖对Aβ_(1-42)诱导HT22细胞氧化损伤的改善作用

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海南医学院学报 2024年第17期30卷 1304-1312页

作者：马心念高培吴妍陈财井维鑫袁芳新疆医科大学基础医学院生物学教研室新疆乌鲁木齐830017 新疆医科大学新疆地方病分子生物学重点实验室新疆乌鲁木齐830017

目的:探讨脱蛋白后琐琐葡萄多糖(DVTP)对Aβ_(1-42)诱导的阿尔兹海默症细胞模型氧化损伤的影响。方法:将HT22细胞分为对照组,模型组(Aβ_(1-42))及Aβ_(1-42)+DVTP(20、40、80μg/mL)组,使用CCK8检测细胞存活率,在光镜、透射电镜下观察... 详细信息

目的:探讨脱蛋白后琐琐葡萄多糖(DVTP)对Aβ_(1-42)诱导的阿尔兹海默症细胞模型氧化损伤的影响。方法:将HT22细胞分为对照组,模型组(Aβ_(1-42))及Aβ_(1-42)+DVTP(20、40、80μg/mL)组,使用CCK8检测细胞存活率,在光镜、透射电镜下观察细胞形态和线粒体结构变化,DCFH-DA和JC-10荧光探针法测定细胞中活性氧(ROS)及线粒体膜电位水平,同时利用RT-qPCR和Western blot分析Keap1、Nrf2、HO-1、NQO1、GCLC的mRNA和蛋白表达水平。结果:与对照组相比,模型组细胞存活率下降,细胞形态及线粒体结构损伤程度较高;ROS水平升高,线粒体膜电位下降;Keap1 mRNA及蛋白表达水平升高,Nrf2、HO-1、NQO1、GCLC表达水平降低。同模型组相比,DVTP预处理后细胞存活率显著提升,细胞形态及线粒体结构损伤程度较低;ROS水平降低,线粒体膜电位升高;Keapl mRNA及蛋白表达水平下降,Nrf2、HO-1、NQO1、GCLC表达水平升高。结论:DVTP可通过调节抗氧化酶的表达水平改善Aβ_(1-42)诱导的氧化损伤,有望成为一种治疗AD的候选药物。

关键词：琐琐葡萄多糖阿尔兹海默症氧化应激

肝癌细胞株-乙型肝炎病毒DNA整合事件的高通量靶向捕获测序分析

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陆军军医大学学报 2024年第2期46卷 110-117页

作者：羊泽锐邓海君胡源重庆医科大学感染性疾病分子生物学教育部重点实验室重庆400016

目的采用探针捕获和高通量测序技术研究HepG2.2.15与HepAD38 2个乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)肝癌细胞系中病毒DNA在宿主基因组中的整合位点特征。方法提取HepG2.2.15与HepAD38细胞基因组DNA,采用探针捕获和高通量测序策略对... 详细信息

目的采用探针捕获和高通量测序技术研究HepG2.2.15与HepAD38 2个乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)肝癌细胞系中病毒DNA在宿主基因组中的整合位点特征。方法提取HepG2.2.15与HepAD38细胞基因组DNA,采用探针捕获和高通量测序策略对2个肝癌细胞株中整合的HBV DNA进行捕获测序,使用Trimmomatic、BBAP、BWA(Burrows-Wheeler Aligner)等生物信息学软件进行数据分析;最后通过聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)及克隆测序对病毒DNA整合特征进行验证。结果利用探针捕获和高通量测序技术分别在HepG2.2.15与HepAD38细胞系中检测出12、7个HBV DNA整合事件,随机分布在chr1、chr2、chr7、chr9、chr16、chr17、chr19、chrX染色体上,整合位点上下游基因出现频率较高的有DPP7、TRIM56、GPC3等。结论成功建立基于探针捕获和高通量测序技术检测HBV DNA在宿主基因组上的整合片段的方法,HepG2.2.15与HepAD38细胞系中HBV整合事件在染色体上随机发生,大部分整合位点发生在HBV基因组上的X基因区域。

关键词：乙型肝炎病毒 HBV整合探针捕获高通量测序克隆测序

卵巢癌结构域蛋白酶-1基因拮抗IFN-α抗病毒效应研究

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第5期44卷 382-389页

作者：周明慧江彦君宋术义胡源重庆医科大学感染性疾病分子生物学教育部重点实验室重庆400016

目的研究卵巢癌结构域蛋白酶-1(ovarian tumor domain-containing protease-1,OTUD1)基因对Ⅰ型干扰素信号通路的影响以及对IFN-α抗病毒效应的影响。方法双荧光素酶报告试验检测OTUD1基因对IFN-α诱导的干扰素刺激应答元件(interferon-... 详细信息

目的研究卵巢癌结构域蛋白酶-1(ovarian tumor domain-containing protease-1,OTUD1)基因对Ⅰ型干扰素信号通路的影响以及对IFN-α抗病毒效应的影响。方法双荧光素酶报告试验检测OTUD1基因对IFN-α诱导的干扰素刺激应答元件(interferon-stimulated response elements,ISRE)启动子转录活性的影响;实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)检测OTUD1对IFN-α诱导的干扰素刺激基因(interferon-stimulated genes,ISGs)表达水平的影响;Western blot检测OTUD1对干扰素信号通路关键分子表达的调控作用,qPCR和ELISA检测其对IFN-α抑制乙型肝炎病毒复制的影响。结果在HEK293T和Huh7.0细胞中,OTUD1下调了干扰素信号通路下游的ISRE启动子转录活性以及ISG15和ISG56等抗病毒基因的表达。在HEK293T细胞中,OTUD1降低了磷酸化蛋白质酪氨酸激酶(phospho-Jak1,p-JAK1)的蛋白质表达水平,但是OTUD1酶活突变体C320S不能调控ISGs和p-JAK1的表达。在Huh7.0细胞中,OTUD1降低了IFN-α抑制乙型肝炎病毒复制的效应。结论OTUD1通过其泛素化酶活性下调p-JAK1的蛋白质表达水平,抑制干扰素JAK-STAT信号通路及ISGs表达。OTUD1拮抗IFN-α抑制病毒复制的效应可能与干扰素诱导的JAK-STAT信号通路有关。

关键词：卵巢癌结构域蛋白酶-1(OTUD1) IFN-α JAK-STAT信号通路抗病毒

CD147通过Akt/mTOR信号通路调控脂肪酸合成对子宫颈癌细胞增殖、侵袭和迁移的影响

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临床与实验病理学杂志 2024年第3期40卷 261-267页

作者：李金秋尚香玉严怡然艾丽努尔·艾尼阿仙姑·哈斯木新疆医科大学基础医学院/新疆地方病分子生物学重点实验室乌鲁木齐836001

目的探讨CD147的表达对子宫颈癌细胞增殖、侵袭、迁移的影响和潜在的分子机制。方法分析UCSC数据库BSG基因(编码CD147蛋白)在子宫颈癌中的表达,采用Log-rank test法评估各组表达的预后差异。应用Western blot法检测CD147在Siha、Hela和H... 详细信息

目的探讨CD147的表达对子宫颈癌细胞增殖、侵袭、迁移的影响和潜在的分子机制。方法分析UCSC数据库BSG基因(编码CD147蛋白)在子宫颈癌中的表达,采用Log-rank test法评估各组表达的预后差异。应用Western blot法检测CD147在Siha、Hela和H8细胞中的表达,通过慢病毒转染Hela细胞下调CD147表达,并验证其转染效率。运用Western blot法检测各组细胞中p-Akt、p-mTOR、ACC1、FASN、E-cadherin和N-cadherin的表达;使用BODIPY染色和脂肪酸试剂盒检测细胞中脂肪酸含量;利用CCK-8、平板克隆和Transwell实验检测细胞增殖、侵袭和迁移能力。sh-CD147组经Akt激动剂(SC79)处理后,Western blot法检测细胞中p-Akt、p-mTOR、ACC1、FASN、E-cadherin和N-cadherin的表达;选用BODIPY染色和脂肪酸试剂盒检测细胞中脂肪酸含量;利用平板克隆实验和Transwell实验分别检测细胞增殖、侵袭和迁移能力。结果UCSC数据库显示CD147在子宫颈癌中的表达高于正常子宫颈组织(P<0.01);CD147过表达的患者预后不良。Western blot检测结果显示,与H8细胞相比,Siha和Hela细胞中CD147蛋白表达增高(P=0.011)。下调CD147表达后,与Hela组相比,sh-CD147组细胞中CD147、ACC1和FASN蛋白表达降低(P<0.001);BODIPY荧光染色减弱,脂肪酸含量下降(P<0.001);细胞集落形成能力、侵袭和迁移能力降低;sh-CD147组细胞中E-cadherin蛋白表达升高,N-cadherin、p-Akt和p-mTOR表达降低。与sh-CD147相比,经Akt激动剂SC-79剂处理后(sh-CD147-SC79)细胞内p-Akt、p-mTOR、ACC1、FASN和N-cadherin表达升高,E-cadherin表达降低,脂质染色和脂肪酸含量检测结果与关键酶表达一致(P<0.01),细胞增殖、侵袭迁移能力显著增强。结论CD147通过Akt/mTOR信号通路调控脂肪酸合成,促进子宫颈癌细胞增殖、侵袭和迁移。

关键词：子宫颈肿瘤脂肪酸合成增殖侵袭迁移 CD147

重组蛋白EgG1Y162-GGGGSGGG-EgG1Y162的原核表达、纯化及鉴定

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中国病原生物学杂志 2024年第7期19卷 784-788页

作者：米热古丽·艾乃都王卫国陈娜菲周彦霞马西智单文豪李艳敏周晓涛新疆医科大学维吾尔医学院新疆乌鲁木齐830011 新疆医科大学基础医学院免疫学教研室新疆医科大学第一附属医院新疆地方病及分子生物学重点实验室

目的利用pET30a-EgG1Y162-GGGGSGGG-EgG1Y162重组质粒,诱导表达、纯化获得EgG1Y162-GGGGSGGG-EgG1Y162目的蛋白,并对其进行鉴定,为后续研究提供前提条件。方法利用双酶切的方法验证pET30a-EgG1Y162-GGGGSGGG-EgG1Y162质粒,并将其转化至*** BL21(DE3)菌株,获得表达菌株。采用不同浓度的IPTG在不同诱导时间及温度下诱导表达重组蛋白,菌液超声破碎后,经SDS-PAGE检测上清及沉淀中蛋白的表达。通过镍柱亲和层析法纯化蛋白并进行Western blot鉴定。结果成功鉴定重组质粒pET30a-EgG1Y162-GGGGSGGG-EgG1Y162;重组蛋白EgG1Y162-GGGGSGGG-EgG1Y162在IPTG终浓度为0.5 mmol/L,28℃条件下诱导6 h,上清中的蛋白表达量最高;300 mmol/L咪唑时洗脱得到的目的蛋白较多,洗脱效果较好;Western blot检测重组蛋白EgG1Y162-GGGGSGGG-EgG1Y162能被相应抗体识别,反应条带在35 ku处,与预期相符。结论成功构建pET30a-EgG1Y162-GGGGSGGG-EgG1Y162重组质粒,表达出相应重组蛋白,为细粒棘球病重组疫苗的研究创造条件。

关键词：细粒棘球蚴重组蛋白EgG1Y162-GGGGSGGG-EgG1Y162 蛋白表达及鉴定

Barnesiella intestinihominis菌的安全性评价

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海南医学院学报 2024年第10期30卷 762-768页

作者：王玲黄冰关亚群热比亚·努力新疆医科大学基础医学院新疆乌鲁木齐830017 新疆地方病分子生物学重点实验室新疆乌鲁木齐830017

目的:对分离自健康成人粪便中且在代谢性疾病发生状态下生长可能受到抑制的Barnesiella(巴恩斯氏菌属)厌氧菌进行体内外生物安全性评价,为今后代谢性疾病的微生态制剂的研发与应用提供基础。方法:通过急性毒性试验,连续14 d给昆明鼠灌... 详细信息

目的:对分离自健康成人粪便中且在代谢性疾病发生状态下生长可能受到抑制的Barnesiella(巴恩斯氏菌属)厌氧菌进行体内外生物安全性评价,为今后代谢性疾病的微生态制剂的研发与应用提供基础。方法:通过急性毒性试验,连续14 d给昆明鼠灌胃不同剂量的Barnesiella intestinihominis(***)菌培养液,观察动物是否出现死亡、中毒现象以及观察体重、生化指标的变化进行体内安全性评价。通过溶血性实验,胃酸和肠液的耐受性实验,以及其对9种抗生素的敏感性实验来进行体外评价。结果:实验组均未出现***菌灌胃导致的死亡,中毒现象,其体重和脏器指数同对照组相比差异无统计学意义(P>0.05),各脏器也未出现任何病理学变化。***菌在哥伦比亚血琼脂平板上不产生溶血环,属于γ溶血;其胃酸耐受性不强,但肠液耐受性良好,对氯霉素、氨苄西林、万古霉素和四环素敏感,但是对链霉素、红霉素、卡那霉素、庆大霉素、克林霉素耐药。结论:口服***菌株对小鼠无毒性作用,具有良好的体内安全性,其胃酸耐受性不强,对革兰阴性菌有作用的抗生素敏感,若作为微生态制剂还需要验证对不同疾病的有益效果以及需要制作保护剂。

关键词：有益菌急性毒性实验安全性评价药敏实验 Barnesiella intestinihominis菌

氨基酸代谢在非酒精性脂肪性肝病中的作用机制

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临床肝胆病杂志 2024年第4期40卷 810-815页

作者：张慧谭明程胜桃陈娟重庆医科大学感染性疾病分子生物学教育部重点实验室重庆010000

非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)是全球最普遍的慢性肝病之一,影响全球约1/4的人口,预计到2030年将成为肝移植的主要适应证。NAFLD可导致包括支链氨基酸在内的多种氨基酸水平显著异常,进而促进NAFLD的发生发展。提示除葡萄糖代谢和脂质代谢外... 详细信息

非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)是全球最普遍的慢性肝病之一,影响全球约1/4的人口,预计到2030年将成为肝移植的主要适应证。NAFLD可导致包括支链氨基酸在内的多种氨基酸水平显著异常,进而促进NAFLD的发生发展。提示除葡萄糖代谢和脂质代谢外,氨基酸代谢也在NAFLD疾病进展中发挥了重要作用。为系统了解氨基酸代谢在NAFLD中的作用及其机制,本文针对氨基酸代谢在NAFLD中的研究进展进行了综述。拟探讨氨基酸代谢在NAFLD疾病进展中发挥的作用及其相关机制,为临床防治提供思路和理论依据。

关键词：非酒精性脂肪性肝病氨基酸类代谢组学

耐药鲍曼不动杆菌噬菌体Abgy202162的分离、鉴定及治疗效果评价

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安徽医科大学学报 2024年第10期 1742-1751页

作者：田询谭文才杨碧刘翔禹文峰齐晓岚江银辉贵州医科大学分子生物学重点实验室贵州医科大学地方病与少数民族疾病教育部重点实验室

目的从地下污水中分离出一株鲍曼不动杆菌噬菌体并对其进行研究，为噬菌体治疗鲍曼不动杆菌感染提供理论基础。方法以鲍曼不动杆菌GY-6为宿主菌，采用双层琼脂平板法分离噬菌体，对其进行生物学特性检测、治疗效果评价及遗传信息分析... 详细信息

目的从地下污水中分离出一株鲍曼不动杆菌噬菌体并对其进行研究，为噬菌体治疗鲍曼不动杆菌感染提供理论基础。方法以鲍曼不动杆菌GY-6为宿主菌，采用双层琼脂平板法分离噬菌体，对其进行生物学特性检测、治疗效果评价及遗传信息分析。结果分离到鲍曼不动杆菌噬菌体Abgy202162。透射电镜(TEM)分析显示，Abgy202162的形态呈二十面体结构。生物学特性分析表明其最佳感染复数为1,潜伏期为5 min,暴发量大小约为每个细胞520 PFU。此外，Abgy202162在不同浓度的三氯甲烷以及不同pH水平和温度下保持稳定。经十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分析，其含有10种蛋白质，分子量为15～100 ku。Abgy202162的双链DNA基因组由40 889 bp组成，G+C含量为38.85%,包含47个开放阅读框(ORFs),其中26个ORFs具有特异性功能，未发现毒力相关基因或抗生素耐药基因。系统发育分析显示，Abgy202162是自转录噬菌体科，拜耶林克噬菌体亚科，弗留纳病毒属的一个新的噬菌体。Abgy202162在大蜡螟幼虫体内模型中表现出了治疗鲍曼不动杆菌感染的能力。结论噬菌体Abgy202162对环境耐受性强、安全性高，提示其有望成为抗生素的代替治疗剂用于治疗鲍曼不动杆菌引起的感染。

关键词：鲍曼不动杆菌噬菌体生物学特性基因组分析治疗效果评价大蜡螟幼虫

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