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细粒棘球绦虫3-羟基酰基-CoA脱氢酶基因的克隆及在其不同阶段的差异表达和生物信息学分析

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中国病原生物学杂志 2020年第11期15卷 1289-1294页

作者：县锦雯王炜烨王芸菲陆宝燕张艳艳孟季蒙王正荣薄新文石河子大学动物科技学院新疆石河子832000 省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室新疆农垦科学院畜牧兽医研究所

目的研究细粒棘球绦虫3-羟基酰基-CoA脱氢酶分子特性及其在细粒棘球绦虫不同发育阶段的表达差异。方法通过分析细粒棘球绦虫原头蚴高通量转录组测序文库对Unigene进行KEGG通路分析,筛选出一个脂肪酸代谢酶通路及该通路的一个主要调控基... 详细信息

目的研究细粒棘球绦虫3-羟基酰基-CoA脱氢酶分子特性及其在细粒棘球绦虫不同发育阶段的表达差异。方法通过分析细粒棘球绦虫原头蚴高通量转录组测序文库对Unigene进行KEGG通路分析,筛选出一个脂肪酸代谢酶通路及该通路的一个主要调控基因3-羟基酰基-CoA脱氢酶基因。PCR扩增3-羟基酰基-CoA脱氢酶基因,分析其核苷酸序列及其编码蛋白的结构和功能;通过实时荧光定量PCR分析虫体的原头蚴、成虫发育阶段的mRNA的转录情况。结果细粒棘球绦虫3-羟基酰基-CoA脱氢酶基因具有完整的开放阅读框,cDNA全长为822bp,编码274个氨基酸。生物信息学预测3-羟基酰基-CoA脱氢酶蛋白质的相对分子质量及等电点分别为32.98×10^5和8.87。该蛋白无跨膜螺旋区,具有亲水性,且具有多个潜在的优势抗原表位。氨基酸序列多重比对分析显示其与多房棘球绦虫亲缘关系较近。实时荧光定量PCR检测对该基因在原头蚴和成虫期均有表达,以成虫阶段表达量更高。结论细粒棘球绦虫3-羟基酰基-CoA脱氢酶基因在原头蚴和成虫期高表达,其编码蛋白具有潜在的优势抗原表位该基因可作为细粒棘球绦虫终末宿主抗原候选基因。

关键词：细粒棘球绦虫 3-羟基酰基-CoA脱氢酶基因克隆生物信息学分析差异表达分析

利用单碱基编辑系统定点编辑哈萨克羊MSTN基因的研究

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畜牧兽医学报 2021年第8期52卷 2162-2170页

作者：姚旭东蒙亚琦任秀美奥郭延华唐红张译元王立民周平石河子大学动物科技学院石河子832000 新疆农垦科学院省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室石河子832000

肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)可负调控骨骼肌的发育。本研究利用胞嘧啶碱基编辑器(cytidine base editor,CBE)在哈萨克羊MSTN基因编码区提前引入终止密码子,以期达到敲除MSTN基因的目的。共设计2条靶向哈萨克羊MSTN基因不同外显子的s... 详细信息

肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)可负调控骨骼肌的发育。本研究利用胞嘧啶碱基编辑器(cytidine base editor,CBE)在哈萨克羊MSTN基因编码区提前引入终止密码子,以期达到敲除MSTN基因的目的。共设计2条靶向哈萨克羊MSTN基因不同外显子的sgRNAs,分别连接至pGL3-U6-sgRNA-PGK-puromycin质粒,并与pCMV-AncBE4 max-P2A-GFP质粒共转染哈萨克羊胎儿成纤维细胞,经CruiserTM酶酶切检测、Sanger测序和TA克隆分析。结果显示,成功筛选出可以在哈萨克羊MSTN基因外显子提前引入终止密码子的2条sgRNAs,其中STOPsg-1靶位点编辑效率为26.7%,STOPsg-2靶位点的编辑效率为6.7%。本研究成功运用CBE(AncBE4 max)技术在哈萨克羊胎儿成纤维细胞MSTN基因编码区实现定点编辑,为培育精确编辑MSTN基因的哈萨克羊奠定基础。

关键词：哈萨克羊单碱基编辑 MSTN

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FecB 基因在绵羊繁殖性能上的研究进展

畜牧兽医学报 2023年第4期54卷 1370-1380页

作者：杨初蕾张译元唐红郭延华任秀美奥王立民周平石河子大学动物科技学院石河子832000 新疆农垦科学院省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室石河子832000

绵羊的繁殖性能是一种十分重要的经济性状,绵羊产羔数与每次的排卵数直接相关,绵羊卵子的生长发育受到卵巢内分泌及旁分泌的相互作用。FecB基因是羊上首个被发现的多胎主效基因,携带该基因的绵羊卵巢中BMP信号通路受到损害而活性降低,T... 详细信息

绵羊的繁殖性能是一种十分重要的经济性状,绵羊产羔数与每次的排卵数直接相关,绵羊卵子的生长发育受到卵巢内分泌及旁分泌的相互作用。FecB基因是羊上首个被发现的多胎主效基因,携带该基因的绵羊卵巢中BMP信号通路受到损害而活性降低,TGF-β家族部分成员失活,抑制GCs增殖并提高FSH的敏感性,有效提高绵羊的排卵率和产羔率,有利于扩大养殖规模,提高经济效益。本文对FecB基因的发现、作用机制及其对卵泡发育、繁殖能力和后代生长发育的影响,以及育种方面的应用进行综述,以期为绵羊繁殖性能提升的机理研究和育种工作等提供参考和借鉴。

关键词：绵羊 FecB 繁殖性能

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巴什拜羊骨骼肌不同发育阶段差异表达miRNA研究

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农业生物技术学报 2018年第1期26卷 104-112页

作者：张伟王世银邓双义杨力伟石国庆甘尚权新疆农业职业技术学院新疆农垦科学院畜牧兽医研究所省部共建绵羊遗传改良与健康养殖重点实验室

miRNA在绵羊(Ovis aries)骨骼肌生长发育过程中发挥着重要的调控作用。为了挖掘巴什拜羊骨骼肌不同发育阶段差异表达miRNA,为深入解析miRNA与巴什拜羊优良肉质性状的关联性提供基础数据,本研究应用Solexa测序技术对巴什拜羊胎儿期(40,50... 详细信息

miRNA在绵羊(Ovis aries)骨骼肌生长发育过程中发挥着重要的调控作用。为了挖掘巴什拜羊骨骼肌不同发育阶段差异表达miRNA,为深入解析miRNA与巴什拜羊优良肉质性状的关联性提供基础数据,本研究应用Solexa测序技术对巴什拜羊胎儿期(40,50,60,80,100和120 d)及出生当天和出生后(30,60和90 d)骨骼肌组织混合样品的miRNA表达情况及差异表达miRNA进行了研究。胎儿期和出生后骨骼肌组织中分别测得11.82 M和11.51 M的clean reads,及0.31和0.28 M的unique sequences,其中miRNA序列分别占Unique sequences的20%和17%。通过与miRBase(V21.0)收录的miRNA序列比对,胎儿期和出生后分别获得537个和496个物种间保守miRNA,分别有102个和115个与绵羊miRNA相匹配。剩余序列比对至绵羊表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)数据库,结合Mfold和Mi Pred程序预测miRNA,分别预测到486个和510个新的miRNA。胎儿期和出生后共得到385个差异表达的miRNA(表达量变化2倍以上),其中上调203个,下调182个。采用Target Scan、Pictar和miRanda软件对上调和下调前10位共计20个miRNA的靶基因进行预测,并选择至少出现在两个软件预测结果中的靶基因参与后续分析,共预测3 852个靶基因。进一步分析表明,预测到的靶基因参与促分裂素原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinases,MAPK)、WNT(wingless type MMTV integration site family members)和黏附连接(adherens junction)等重要的信号通路。本研究结果丰富了绵羊骨骼肌中miRNA表达的相关数据,为进一步阐明miRNA在绵羊骨骼肌发育中的调控机制提供了依据。

关键词：巴什拜羊骨骼肌 miRNA 差异表达发育

1株B基因型牛副流感3型病毒的分离鉴定及全基因组序列分析

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中国兽医学报 2024年第1期44卷 44-51页

作者：张倩王旭韩猛立张星星吴桐忠钟发钢黄新张乾义新疆农垦科学院省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室新疆石河子832000 中国兽医药品监察所北京100081

为探究新疆某集约化牛场1~6月龄犊牛群中牛副流感病毒3型(BPIV3)的感染情况,对采集的60份犊牛鼻拭子样品进行RT-PCR检测、病毒分离鉴定及全基因组测序和遗传进化分析。结果显示,样品中BPIV3核酸阳性率为11.67%。从核酸阳性样品中分离获... 详细信息

为探究新疆某集约化牛场1~6月龄犊牛群中牛副流感病毒3型(BPIV3)的感染情况,对采集的60份犊牛鼻拭子样品进行RT-PCR检测、病毒分离鉴定及全基因组测序和遗传进化分析。结果显示,样品中BPIV3核酸阳性率为11.67%。从核酸阳性样品中分离获得1株BPIV3,并命名为XJ21032-1(45),其基因组全长为15512 bp;遗传进化分析表明,XJ21032-1(45)属于BPIV3 B基因型,该分离株与澳大利亚的BPIV3 B基因型参考株Q5592(EU277658)的同源性最高为93.4%。本研究成功分离得到了1株B基因型BPIV3,证实B型毒株在我国的存在和流行,为BPIV3疫苗研发提供了原材料,也有助于我国BPIV3分子进化规律及溯源的进一步研究。

关键词：牛副流感病毒3型 B基因型分离鉴定全基因组序列分析

基于适配体-MOF模拟酶比色检测bPAG9

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分析测试学报 2024年第5期43卷 714-721页

作者：卢春霞刘长彬张振良卢守亮吴世嘉长江师范学院现代农业与生物工程学院重庆408100 新疆农垦科学院省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室新疆石河子832000 江南大学食品学院江苏无锡214122

该研究基于金属有机框架Fe-MIL-101和双适配体夹心原理建立了一种比色检测牛妊娠相关糖蛋白9(bPAG9)的新方法。将生物素化适配体1固定在微孔板上作为捕获探针,Fe-MIL-101功能化的适配体2作为信号探针,当测试样品中含有bPAG9时,适配体1... 详细信息

该研究基于金属有机框架Fe-MIL-101和双适配体夹心原理建立了一种比色检测牛妊娠相关糖蛋白9(bPAG9)的新方法。将生物素化适配体1固定在微孔板上作为捕获探针,Fe-MIL-101功能化的适配体2作为信号探针,当测试样品中含有bPAG9时,适配体1和适配体2与bPAG9结合,在固相载体表面形成双适配体夹心结构,随后适配体2偶联的Fe-MIL-101催化无色过氧化物酶底物产生比色输出信号,通过比色信号的变化即可实现对bPAG9的定性和定量分析。结果显示:在优化条件下,bPAG9在缓冲液中的线性检测范围为0.5~50 ng/mL(r=0.996),检出限为0.13 ng/mL。bPAG9在空白血清中的加标回收率为89.4%~104%,相对标准偏差小于10%。将该方法应用于人工受精28 d的奶牛血清检测,妊娠诊断结果显示,该法的诊断敏感性、特异性和准确率分别为92.5%、90.0%和91.5%。所建方法具有无创、简便、经济等特点,在奶牛早孕检测领域具有良好的应用前景。

关键词：妊娠相关糖蛋白适配体金属有机框架妊娠诊断奶牛

TRAF2和SNED1基因敲低对牛病毒性腹泻病毒复制的影响

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农业生物技术学报 2024年第9期32卷 2150-2158页

作者：刘芯怡权冉刘昱成陈俊贞倪慧莹付强史慧君新疆农业大学动物医学学院新疆草食动物新药研究与创制重点实验室省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室/新疆农垦科学院畜牧兽医研究所

牛病毒性腹泻/粘膜病(bovine viral diarrhea/mucosal disease, BVD/MD)是由牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus, BVDV)引起的接触性传染病，会导致持续性感染，感染犊牛(Bos taurus)会不断向外界排出病毒。本课题组前期使用... 详细信息

牛病毒性腹泻/粘膜病(bovine viral diarrhea/mucosal disease, BVD/MD)是由牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus, BVDV)引起的接触性传染病，会导致持续性感染，感染犊牛(Bos taurus)会不断向外界排出病毒。本课题组前期使用RNA-蛋白质相互作用检测(RNA-protein interaction detection,RaPID)技术，筛选出了与BVDV互作的肿瘤坏死因子受体相关因子2 (tumor necrosis factor receptor associated factor 2, TRAF2)和Sushi、Nidogen和EGF样结构域1 (Sushi, Nidogen and EGF like domains 1,SNED1)基因。为了确定TRAF2和SNED1基因对BVDV复制的影响，本研究利用小干扰RNA (small interfering RNA, siRNA)技术敲低牛肾细胞(madin-darby bovine kidney cells, MDBK)中TRAF2和SNED1基因，通过qPCR检测TRAF2和SNED1基因的敲低效率和BVDV感染TRAF2和SNED1敲低细胞的BVDV 5'UTR RNA水平变化；使用免疫荧光染色法检测BVDV复制的中间产物双链RNA (double stranded RNA, dsRNA)的积累变化；通过荧光倒置显微镜观察致细胞病变效应(cytopathic effect, CPE)，使用Karber法计算子代病毒滴度变化。结果表明，TRAF2和SNED1的mRNA水平显著性降低(P<0.05)，表明成功构建了TRAF2以及SNED1敲低细胞(TRAF2 KD和SNED1 KD);BVDV感染对照组(NC) 36 h开始出现明显的空斑、脱落、死亡等CPE现象，TRAF2 KD细胞和SNED1 KD细胞的CPE现象减弱；与对照组(NC)相比，在BVDV感染TRAF2 KD和SNED1 KD细胞后，BVDV 5'UTR RNA水平在24、36和48 h显著下降(P<0.05)；通过免疫荧光染色检测BVDV复制的中间产物dsRNA形成和累积，在TRAF2 KD和SNED1 KD细胞中36和48 h绿色荧光强度明显降低；BVDV感染TRAF2 KD和SNED1 KD细胞后48 h子代病毒滴度极显著降低(P<0.01)。以上结果表明，敲低TRAF2和SNED1会抑制BVDV复制，本研究为揭示BVDV致病机制提供重要依据。

关键词：牛病毒性腹泻病毒(BVDV) 小干扰RNA (siRNA)技术肿瘤坏死因子受体相关因子2 (TRAF2) Sushi、Nidogen和EGF样结构域1 (SNED1)

绵羊Fsp27基因组织表达、多态性及其与不同绵羊品种尾脂沉积能力的关联性分析

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畜牧兽医学报 2020年第5期51卷 952-964页

作者：张伟王世银高莉徐梦思王新华甘尚权新疆农垦科学院畜牧兽医研究所省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室石河子832000 新疆农业职业技术学院昌吉831100

旨在研究绵羊Fsp27基因的组织表达/多态性及其与不同绵羊品种尾脂沉积能力的关联性。本研究采用qRT-PCR检测了营养充足期阿勒泰羊不同组织中Fsp27基因的表达情况,同时对营养充足期和营养匮乏期阿勒泰羊尾脂组织中Fsp27基因的表达情况进... 详细信息

旨在研究绵羊Fsp27基因的组织表达/多态性及其与不同绵羊品种尾脂沉积能力的关联性。本研究采用qRT-PCR检测了营养充足期阿勒泰羊不同组织中Fsp27基因的表达情况,同时对营养充足期和营养匮乏期阿勒泰羊尾脂组织中Fsp27基因的表达情况进行了定量分析,采用PCR-SSCP结合测序技术检测了5个不同尾脂沉积能力绵羊品种Fsp27基因的突变情况,并分析了相关突变与绵羊尾脂沉积能力的关联性。结果表明,Fsp27基因在营养充足期阿勒泰羊尾脂中高表达,其表达量极显著高于其他组织(P0.05)。另外,营养充足期阿勒泰羊尾脂中Fsp27基因的表达量极显著高于营养匮乏期(P绵羊Fsp27基因在不同尾脂沉积能力品种群体中共检测到25个突变位点,其中位于第3外显子g. 16771741的G/A突变以及第5外显子g. 16774969的C/T突变均为错义突变,且与绵羊尾脂沉积能力高度相关。g. 16771741的G/A突变在尾脂沉积能力较强的阿勒泰羊、小尾寒羊和湖羊群体中以G等位基因为主,分别占到86.8%、83.7%和85.7%,而尾脂沉积能力较差的中国美利奴细毛羊和萨福克羊群体中G等位基因分别仅占30.3%和11.1%。g. 16774969的C/T突变在阿勒泰羊群体中以T等位基因为主,TT基因型占84.7%,CT基因型占15.3%,没有检测到CC基因型;在短脂尾型的小尾寒羊和湖羊群体中,TT和CT基因型也分别占到65.9%、50.4%和22.7%、41.1%,而在长瘦尾的中国美利奴细毛羊和萨福克羊群体中则以CC基因型为主,分别占到97.4%和69.4%,没有检测到TT基因型。以上研究结果表明,Fsp27基因在阿勒泰羊尾脂中高表达,且其在尾脂中的表达量与阿勒泰羊的营养状态密切相关,Fsp27基因第3外显子g. 16771741的G/A突变以及第5外显子g. 16774969的C/T突变与绵羊尾脂沉积能力高度相关,可以作为理想的分子标记用于低脂肪绵羊品种的选育。

关键词：绵羊 Fsp27 尾脂 SNP

5号染色体两候选SNP基因定位以及与绵羊臀尾性状的关联分析

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畜牧与兽医 2016年第9期48卷 16-20页

作者：唐红徐梦思孟季猛周平王立民沈敏高磊石国庆刘守仁王新华杨井泉甘尚权绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室新疆农垦科学院畜牧兽医研究所新疆石河子832000

脂尾(臀)性状是绵羊逆境生存的耐逆性状,其臀尾部大量储积脂肪的基因组变异研究目前仍是空白。本研究以国外新近报道的5号染色体上存在的可能与尾脂性状相关联的两处SNP为研究对象,分别采用PCR-RFLP和PCR-SSCP的方法检测两SNP在我国尾... 详细信息

脂尾(臀)性状是绵羊逆境生存的耐逆性状,其臀尾部大量储积脂肪的基因组变异研究目前仍是空白。本研究以国外新近报道的5号染色体上存在的可能与尾脂性状相关联的两处SNP为研究对象,分别采用PCR-RFLP和PCR-SSCP的方法检测两SNP在我国尾型极端差异的阿勒泰羊、湖羊、细毛羊以及藏羊群体中的多态性、基因型与等位基因分布,验证两SNP是否可作为我国低脂绵羊新品种培育的分子标记。研究结果表明:两SNP在我国脂尾(臀)型阿勒泰羊、湖羊与瘦尾型中国美利奴羊细毛羊和藏羊群体中高度分化,两SNP的T等基因与A等位基因在瘦尾型绵羊品种中高频出现,存在与瘦尾性状密切相关的趋势,提示此两个SNP可作为选育低脂绵羊新品种的有效分子标记。

关键词：多态性脂臀性状分子标记基因型等位基因