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LncRNA调控畜禽饲料利用率的研究进展

中国家禽 2024年

作者：丁一凡娄姬英江勇王志秀陈世豪陈国宏常国斌白皓扬州大学动物科学与技术学院扬州大学农业科技发展研究院教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室

饲料利用率性状是畜禽的重要经济性状之一，直接影响畜禽的养殖成本和经济效益。畜禽饲料利用率性状的遗传基础复杂多样，涉及多基因表达、网络调控和信号转导等方面。长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类长度超过200个核... 详细信息

饲料利用率性状是畜禽的重要经济性状之一，直接影响畜禽的养殖成本和经济效益。畜禽饲料利用率性状的遗传基础复杂多样，涉及多基因表达、网络调控和信号转导等方面。长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类长度超过200个核苷酸的RNA分子，其在基因表达调控中扮演着重要角色，与动物的采食、能量代谢、肌肉发育和脂质代谢等过程密切相关，对畜禽的饲料利用率性状具有重要的调控作用。文章对近年来畜禽饲料利用率性状的研究进展进行总结，有助于揭示畜禽饲料利用率性状的分子调控机制，为畜禽饲料利用率的改良与生产效益的提高提供新角度，也为优质畜禽的分子选育工作提供理论基础。

关键词：畜禽饲料利用率 lncRNA 调控机制

猪德尔塔冠状病毒感染新生仔猪的肠道病理及超微结构变化分析

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农业生物技术学报 2024年第7期32卷 1471-1482页

作者：侯宇辰曹亚男杜小妹靳俪雅陈振海吴正常包文斌张帅扬州大学兽医学院扬州大学动物科学与技术学院/江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室扬州大学教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室

猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus, PDCoV)是近年来新发的猪肠道冠状病毒，给养猪业造成了巨大的经济损失。为了解PDCoV感染新生仔猪(Sus scrofa domesticus)的致病性及肠道的病理超微结构变化，本研究对1日龄新生仔猪攻毒PDC... 详细信息

猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus, PDCoV)是近年来新发的猪肠道冠状病毒，给养猪业造成了巨大的经济损失。为了解PDCoV感染新生仔猪(Sus scrofa domesticus)的致病性及肠道的病理超微结构变化，本研究对1日龄新生仔猪攻毒PDCoV CHN-GD16-05毒株后的临床表现、剖检与组织病理学变化、组织嗜性、肠道超微结构变化进行观察及分析。结果发现，新生仔猪攻毒PDCoV后第3天出现严重呕吐、腹泻、精神萎靡、嗜睡等临床症状；剖检发现，攻毒仔猪肠道胀气，肠管扩张，肠壁出血变薄甚至透明，肠腔内积聚黄色液体；PDCoV主要感染仔猪的十二指肠、空肠和回肠；荧光定量PCR和蛋白免疫印迹结果显示，空肠中PDCoV核衣壳蛋白(nucleocapsid, N)基因及其蛋白水平均极显著高于十二指肠和回肠(P<0.01)；进一步空肠组织切片的苏木精伊红染色结果显示，PDCoV感染后破坏肠绒毛结构，引起弥漫性的肠绒毛萎缩甚至融合，隐窝上皮细胞增殖及隐窝深度增加；电镜观察也发现PDCoV感染后的仔猪肠绒毛萎缩，肠上皮细胞的微绒毛断裂脱落，细胞间紧密连接被破坏，胞质空泡状细胞增多，线粒体数目减少且体积增大；此外，PDCoV感染刺激宿主的抗病毒相关基因表达，促进干扰素α (interferon α, IFN-α)、IFN-β、IFN-λ和其下游干扰素刺激基因黏病毒抗性蛋白1 (myxovirus resistance 1, MX-1)、干扰素刺激基因15 (interferon-stimulating gene 15, ISG-15)、干扰素诱导的四肽重复蛋白1 (interferon induced protein with tetratricopeptide repeats 1, IFIT1)、2'-5'-寡腺苷酸合成酶1 (2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, OAS1)、2'-5'寡腺苷酸合成酶样蛋白(2'-5'-oligoadenylate synthetase like, OASL)及炎症因子肿瘤坏死因子α (tumor necrosis factor α, TNF-α)、白细胞介素1β (interleukin 1β, IL-1β)、IL-6、C-C基序趋化因子配体20 (C-C motif chemokine ligand 20, CCL-20)基因的表达。以上结果表明，PDCoV感染新生仔猪后能够迅速入侵小肠，尤其在空肠上皮细胞中大量复制，导致感染的肠上皮细胞变性坏死进而引起肠绒毛萎缩，造成渗透性腹泻。本研究为阐明PDCoV感染仔猪的致病机制提供理论基础。

关键词：猪德尔塔冠状病毒(PDCoV) 新生仔猪肠道超微结构

光暗环境对马铃薯St-RS31基因mRNA可变剪切的影响

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分子植物育种 2024年

作者：侯彬彬胡学运贾婷扬州大学农业科技发展研究院(农业与农产品安全国际合作联合实验室) 扬州大学生物科学与技术学院

光不仅是植物的能量来源，其还通过改变基因的表达在植物的生长发育和环境适应，尤其是在光环境适应等过程中起到非常重要的作用。对前体mRNA的可变剪切是光调控植物基因表达的重要方面。RS31编码植物的一个重要剪切因子，其前体mRNA的... 详细信息

光不仅是植物的能量来源，其还通过改变基因的表达在植物的生长发育和环境适应，尤其是在光环境适应等过程中起到非常重要的作用。对前体mRNA的可变剪切是光调控植物基因表达的重要方面。RS31编码植物的一个重要剪切因子，其前体mRNA的可变剪切也被光环境所调控。RS31前体mRNA的剪切指数在暗环境条件下显著升高，人为降低其剪切指数会导致植物对暗环境的适应能力降低。然而相关研究仅在模式植物拟南芥中有所报道。因此，明确马铃薯(Solanum tuberosum， St) RS31可变剪切的发生和其响应光环境的变化规律对于研究幼苗对光环境的适应机制具有重要意义。本研究首先根据马铃薯模式种DM的基因组信息，从马铃薯品种Desiree的DNA及cDNA中克隆了RS31基因及其剪切异构体。测序结果显示：RS31具有4个内含子，其序列在马铃薯中非常保守。St-RS31主要包含三种剪切异构体，其中mRNA-3全长2 443 bp，保留了内含子1。mRNA-2长1 557 bp，保留了内含子1的部分序列。而mRNA-1长1 145 bp，未保留任何内含子。RT-PCR结果显示：与光照条件下相比，黑暗处理下St-RS31 mRNA3的表达量显著上升，mRNA1的表达量显著下降，而mRNA2的表达量并无明显变化。这导致黑暗条件下与光照条件下相比，St-RS31的剪切指数上升了35.9%。St-RS31与At-RS31的可变剪切方式和响应光暗环境的变化趋势具有高度的保守性。本研究明确了马铃薯RS31的可变剪切方式和其各剪切异构体对光暗环境的响应规律，为进一步研究RS31的可变剪切对马铃薯的光适应性的调控提供科学依据。

关键词：马铃薯 RS31 mRNA 可变剪切光适应

鸡TRIM27.2基因的生物信息学分析及其抗传染性法氏囊病病毒的功能初探

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中国家禽 2024年

作者：尹娜吴双王佳兴平玉宇黄煊白皓陈世豪常国斌扬州大学动物科学与技术学院扬州大学兽医学院扬州大学农业科技发展研究院教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室

试验旨在检测鸡TRIM27.2基因在不同组织中的表达，并探究其在鸡巨噬细胞系HD11细胞中的抗病毒作用。试验对鸡TRIM27.2基因进行克隆、生物信息学分析，利用实时荧光定量、共聚焦显微镜技术以及蛋白质免疫印迹等方法对其功能进行初步分析... 详细信息

试验旨在检测鸡TRIM27.2基因在不同组织中的表达，并探究其在鸡巨噬细胞系HD11细胞中的抗病毒作用。试验对鸡TRIM27.2基因进行克隆、生物信息学分析，利用实时荧光定量、共聚焦显微镜技术以及蛋白质免疫印迹等方法对其功能进行初步分析。结果显示：鸡TRIM27.2基因CDS区长1 431 bp，编码476个氨基酸，属于不稳定、亲水性蛋白，无跨膜结构和信号肽，有35个潜在磷酸化位点和18个泛素化位点；二级结构主要由α-螺旋、β-转角、延伸链及无规则卷曲组成；在三级结构上，鸡TRIM27.2与人TRIM27相似；TRIM27.2基因在鸡多组织中均有表达，心脏中的表达量最高；鸡TRIM27.2蛋白显著抑制传染性法氏囊病病毒（IBDV）复制。研究表明TRIM27.2蛋白具有抑制IBDV复制的作用，试验为进一步揭示鸡TRIM27.2的生物学功能奠定了基础。

关键词：鸡 TRIM27.2基因生物信息学组织表达传染性法氏囊病病毒

circ_1764的鉴定及其在鸡脂肪细胞分化中的功能预测

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中国家禽 2024年第8期46卷 14-21页

作者：庄重娄姬英杨婷王来娣江勇王志秀陈世豪毕瑜林陈国宏常国斌白皓扬州大学动物科学与技术学院江苏扬州225009 扬州大学农业科技发展研究院教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室江苏扬州225009

为探究环状RNA circ_1764在鸡脂肪细胞分化中的重要作用,试验通过PCR扩增和RNase酶消化鉴定鸡circ_1764的存在特性,采用qRT-PCR技术检测circ_1764在鸡组织中的表达情况,利用Miranda、miRDB和Target Scan Human等网站预测鸡circ_1764的... 详细信息

为探究环状RNA circ_1764在鸡脂肪细胞分化中的重要作用,试验通过PCR扩增和RNase酶消化鉴定鸡circ_1764的存在特性,采用qRT-PCR技术检测circ_1764在鸡组织中的表达情况,利用Miranda、miRDB和Target Scan Human等网站预测鸡circ_1764的调控网络,使用DAVID软件可视化预测靶基因的GO和KEGG富集通路,最后通过转染过表达circ_1764载体,验证生物信息学筛选出的调控网络的准确性。结果显示:鸡体内存在circ_1764,并主要在细胞质中表达,在鸡心脏、肝脏、胸腺和脂肪组织中高表达;circ_1764的预测靶miRNA主要为miR-7441-3p、miR-1656、miR-6578-3p、miR-7452-5p、miR-6645-5p、miR-6563-3p、miR-6607-5p和miR-6581-5p,并且circ_1764在DF-1细胞中过表达可以显著降低上述miRNA的表达;circ_1764靶基因主要集中在代谢、泛素介导的蛋白水解以及MAPK通路中。本研究验证了鸡circ_1764的存在,通过生物信息学预测了鸡circ_1764的调控网络,初步探究circ_1764通过吸附miR-1656、miR-6645-5p等miRNA调控靶基因进而影响鸡脂肪细胞分化的分子机制,为进一步阐明circ_1764调控鸡脂肪细胞分化的机理奠定了基础。

关键词：鸡脂肪细胞 circ_1764 鉴定功能预测

不同小体型肉鸭品系生长性能、屠宰性能和肉品质比较

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中国家禽 2024年第5期46卷 12-17页

作者：徐鸣鸿张傲贾雯茜庄重王志秀江勇白皓常国斌陈国宏扬州大学动物科学与技术学院江苏扬州225009 扬州大学农业科技发展研究院教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室江苏扬州225009

为比较“益扬1号”两个专门化品系(H1♂×H1♀、H2♂×H2♀)及其杂交后代(H1♂×H2♀)生长性能、屠宰性能和肉品质,试验采用1日龄“益扬1号”两个专门化品系及其杂交后代各110只进行地面平养,记录生长性能,7周龄进行屠宰与肉品质测定。... 详细信息

为比较“益扬1号”两个专门化品系(H1♂×H1♀、H2♂×H2♀)及其杂交后代(H1♂×H2♀)生长性能、屠宰性能和肉品质,试验采用1日龄“益扬1号”两个专门化品系及其杂交后代各110只进行地面平养,记录生长性能,7周龄进行屠宰与肉品质测定。结果显示:7周龄时,H1♂×H2♀组体重低于H1♂×H1♀组,高于H2♂×H2♀组(P<0.05)。H1♂×H2♀组除胸深外,各项体尺指标均显著高于H2♂×H2♀组(P<0.05)。H1♂×H2♀组的腿比率、瘦肉率、腿肌率和胸肌率显著高于H1♂×H1♀和H2♂×H2♀组(P<0.05),屠宰率、全净膛率和半净膛率显著低于H1♂×H1♀和H2♂×H2♀组(P<0.05)。H1♂×H2♀组胸肌肉色a*显著高于H1♂×H1♀和H2♂×H2♀组(P<0.05),腿肌肉色b*低于H1♂×H1♀和H2♂×H2♀组(P<0.05)。H1♂×H2♀组剪切力显著低于H1♂×H1♀组(P<0.05),水分含量显著低于H2♂×H2♀组(P<0.05)。H1♂×H2♀组胸肌蛋白质含量和腿肌脂肪含量显著高于H1♂×H1♀和H2♂×H2♀组(P<0.05)。研究表明,H1和H2纯系经过杂交,生长性能和肉品质等指标得到改善。

关键词：优质肉鸭生长性能屠宰性状肉品质

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芍药PlSPL1基因克隆与表达特性分析

华北农学报 2024年第2期39卷 55-61页

作者：许华杰卢莉莉汤寓涵赵大球孟家松陶俊扬州大学园艺园林学院江苏扬州225009 扬州大学教育部农业与农产品安全国际联合实验室江苏扬州225009

为研究芍药PlSPL1(SPL)基因的性质和功能,进一步阐明PlSPL1基因在不同物种中的共性与特征差异,探明PlSPL1在芍药茎秆挺直程度中的作用。以芍药红峰茎秆为材料,采用RACE技术获得了芍药PlSPL1基因全长序列,利用生物信息学软件分析预测PlS... 详细信息

为研究芍药PlSPL1(SPL)基因的性质和功能,进一步阐明PlSPL1基因在不同物种中的共性与特征差异,探明PlSPL1在芍药茎秆挺直程度中的作用。以芍药红峰茎秆为材料,采用RACE技术获得了芍药PlSPL1基因全长序列,利用生物信息学软件分析预测PlSPL1的结构、理化性质和亲缘关系,随后利用qRT-PCR技术分析PlSPL1在芍药茎秆不同发育时期的表达量,并通过激光共聚焦扫描显微技术进行了蛋白质亚细胞定位分析。结果表明:PlSPL1基因开放阅读框为3000 bp,编码999个氨基酸。蛋白分子式为C_(4869)H_(7682)N_(1406)O_(1497)S_(43),分子量为111.25 ku,理论等电点为6.26,编码亲水性不稳定酸性蛋白,磷酸化修饰以丝氨酸为主,无信号肽,有跨膜结构,二级结构主要由无规则卷曲组成。系统进化树分析发现,PlSPL1蛋白与牡丹的亲缘关系最近,其次和葡萄有较近的亲缘关系;蛋白序列比对分析发现,PlSPL1蛋白具有SPL转录因子家族特有的SBP保守结构域。相对表达量分析发现,PlSPL1随着茎秆发育逐渐呈现下降趋势,表明PlSPL1负向调控芍药茎秆发育,推测其可能在茎秆挺直程度方面起重要作用;亚细胞定位显示,PlSPL1蛋白定位在细胞核中。上述结果表明,PlSPL1参与芍药茎秆发育过程。

关键词：芍药 SPL 基因克隆表达模式亚细胞定位

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基于酵母双杂交文库鉴定鸡PGCs形成过程中的关键泛素化修饰酶

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中国家禽 2024年第3期46卷 15-22页

作者：姚泽令常梓翊龚威宋彤彤王志秀张亚妮李碧春左其生扬州大学动物科学与技术学院江苏扬州225009 中国教育部国际农业与农产品安全研究联合实验室江苏扬州225009

试验拟筛选与C2EIP互作的蛋白,构建调节PGCs形成过程的泛素化E3连接酶复合体。通过逆转录和同源重组等方法构建鸡PGCs酵母文库;将C2EIP连入诱饵空载体pGBKT7中,并转化酵母感受态细胞进行诱饵载体(C2EIP-pGBKT7)的毒性和自激活检测;将酵... 详细信息

试验拟筛选与C2EIP互作的蛋白,构建调节PGCs形成过程的泛素化E3连接酶复合体。通过逆转录和同源重组等方法构建鸡PGCs酵母文库;将C2EIP连入诱饵空载体pGBKT7中,并转化酵母感受态细胞进行诱饵载体(C2EIP-pGBKT7)的毒性和自激活检测;将酵母文库与诱饵载体菌液共培养后,通过涂板筛选阳性克隆并进行测序和生物信息学分析筛选互作蛋白。结果显示:成功构建了鸡PGCs酵母文库,其滴度为3.0×10^(6)cfu/mL,总库容为1.5×10^(7)cfu,且重组率为100%,符合筛库要求。成功构建无毒性和不能自激活的C2EIP-pGBKT7诱饵载体,能够用于后续的文库筛选。C2EIP-pGBKT7诱饵载体菌液与酵母文库共培养后,通过PCR测序与蛋白序列分析后共筛选了36个C2EIP的互作蛋白,其中RCJMBM04和CCDC174蛋白功能域分析发现分别具有典型的RING功能域和PPXY基序,进行的生物信息学分析发现WWP1和WWP2具有典型的WW功能域,能够与CCDC174结合。研究表明,试验成功鉴定了C2EIP/RCJMB04/CCDC174/WWP泛素化E3连接酶复合体,为后续研究泛素化修饰调控鸡PGCs形成机制奠定理论基础。

关键词：鸡原始生殖细胞泛素化修饰 C2EIP 酵母双杂交文库

PB2蛋白E627K/V突变增强禽流感病毒对哺乳动物适应性研究进展

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中国家禽 2024年

作者：金明霞刘开拓王晓泉刘秀梵扬州大学农业科技发展研究院教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室扬州大学兽医学院(比较医学研究院)

禽流感病毒（Avian influenza virus,AIV）跨越种间屏障感染哺乳动物后须获得适应性突变才能在哺乳动物体内高水平复制，PB2蛋白E627K/V突变（PB2-E627K或PB2-E627V）在其中发挥关键促进作用。在多种亚型AIV感染人病例中，PB2-E627K突... 详细信息

禽流感病毒（Avian influenza virus,AIV）跨越种间屏障感染哺乳动物后须获得适应性突变才能在哺乳动物体内高水平复制，PB2蛋白E627K/V突变（PB2-E627K或PB2-E627V）在其中发挥关键促进作用。在多种亚型AIV感染人病例中，PB2-E627K突变占比均显著增加，该突变主要通过增强病毒在哺乳动物细胞中的聚合酶活性和突破宿主限制性因子的阻碍作用促进AIV在哺乳动物细胞中的复制。H9N2亚型AIV感染人病例中PB2-E627V的占比较高，且该突变在其它亚型人源毒株中同样高频率出现，该突变同样可增强AIV在哺乳动物细胞中的复制，增强在哺乳动物中的致病性和传播性，但其促进作用一般不如E627K显著，E627V被认为是AIV适应哺乳动物的中间状态。文章分析了不同宿主来源的AIV中PB2蛋白第627位氨基酸的多态性，总结了该位点适应哺乳动物的分子机制，强调了加强对禽源和哺乳动物源AIV的分子标记监测对阻止未来可能发生的大流行具有重要意义。

关键词：禽流感病毒哺乳动物适应性 PB2 E627K/V