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高效液相色谱-质谱技术在蛋白质组学中的应用

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色谱 2024年第7期42卷 601-612页

作者：刘威翁凌霄高明霞张祥民复旦大学化学系上海200438 复旦大学生物医学研究院上海200032

蛋白质组学研究在生物医学领域发挥了重要作用,然而研究面临的主要难点在于其研究对象的复杂性和多样性。随着质谱技术的快速发展,高效液相色谱-质谱(HPLC-MS)分离分析复杂生物样品已经成为蛋白质组学研究的基础工具。蛋白质组学的研究... 详细信息

蛋白质组学研究在生物医学领域发挥了重要作用,然而研究面临的主要难点在于其研究对象的复杂性和多样性。随着质谱技术的快速发展,高效液相色谱-质谱(HPLC-MS)分离分析复杂生物样品已经成为蛋白质组学研究的基础工具。蛋白质组学的研究从肽段分离,延伸到蛋白质和蛋白质复合物的分离,随着分析物的分子质量不断增大,其结构和组成复杂性也持续增加,分子特性也发生改变。面对不同的蛋白质组学研究对象,选择不同的分离模式、分离条件以及固定相参数是进行深度蛋白质组学研究的关键。本文综述了实验室常用的液相色谱分离模式,包括反相色谱(RPLC)、亲水相互作用色谱(HILIC)、疏水相互作用色谱(HIC)、离子交换色谱(IEC)和体积排阻色谱(SEC),以及其不同的组合模式与质谱联用在自下而上(bottom-up)分析、自上而下(top-down)分析、蛋白-蛋白相互作用分析中应用的研究。具体分析了色谱流动相与被分析对象之间的兼容性问题、色谱流动相与质谱兼容性问题,以及多维色谱中不同色谱模式之间流动相的兼容性问题。重点关注存在不兼容问题时研究者所提出的解决方案。此外,本文还评述了HPLC-MS结合样本前处理的方法在外泌体和单细胞蛋白质组学中的应用研究。总之,文章聚焦于近年来HPLC-MS技术在蛋白质组学中的研究进展,旨在为未来蛋白质组学领域的研究提供参考。

关键词：高效液相色谱反相液相色谱亲水相互作用色谱疏水作用色谱离子交换色谱体积排阻色谱蛋白质组学

条件性基因敲除诱导剂他莫昔芬对小鼠肠道微生物群组成的影响

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复旦学报（自然科学版） 2024年第1期63卷 68-76页

作者：余丹妮孙璘复旦大学生命科学学院发育生物学研究所上海200438

他莫昔芬(Tamoxifen)作为一种选择性雌激素受体调节剂,在临床上应用于治疗乳腺癌,在生物遗传学领域研究中充当诱导型Cre-loxP条件性基因敲除系统的时空开关。肠道微生物与宿主基因紧密相连,与宿主肠道吸收、代谢、发育性疾病、肿瘤密切... 详细信息

他莫昔芬(Tamoxifen)作为一种选择性雌激素受体调节剂,在临床上应用于治疗乳腺癌,在生物遗传学领域研究中充当诱导型Cre-loxP条件性基因敲除系统的时空开关。肠道微生物与宿主基因紧密相连,与宿主肠道吸收、代谢、发育性疾病、肿瘤密切相关,利用他莫昔芬诱导特定基因敲除已成为探究微生物与宿主基因互作的主要研究方式。已有研究表明他莫昔芬引发雌激素受体介导的毒性,干扰宿主生物学功能,少有研究报道他莫昔芬本身是否对小鼠肠道微生物群的稳定性造成影响,本研究通过给野生型C57BL/6J小鼠注射他莫昔芬模拟条件性基因敲除以研究其影响及机制。研究结果发现,注射他莫昔芬组与对照组相比,小鼠体重、肠道组织结构与形态及肠道屏障功能无明显差异,但他莫昔芬对小鼠粪便和盲肠内容物中的微生物丰度产生影响。这些结果提示使用他莫昔芬诱导小鼠条件性基因敲除时需要注意肠道菌群改变带来的生理和病理表型,从而减少他莫昔芬带来的干扰。

关键词：他莫昔芬 Cre-loxP条件性基因敲除系统肠道微生物群

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人类发育细胞蓝图的现状和挑战

遗传 2024年第10期46卷 760-778页

作者：阙亦宸刘清泉徐一驰复旦大学基础医学院医学系统生物学系和前沿创新中心上海200032

阐明人类胚胎发育的分子调控机制一直是科学家们努力攻克的重大生物学问题之一。然而,由于人类胚胎样本稀少、样本解剖困难、器官结构复杂等因素,解析人类胚胎发育机制面临重重挑战。近年来,随着单细胞组学技术的迅猛发展,人们可以在中... 详细信息

阐明人类胚胎发育的分子调控机制一直是科学家们努力攻克的重大生物学问题之一。然而,由于人类胚胎样本稀少、样本解剖困难、器官结构复杂等因素,解析人类胚胎发育机制面临重重挑战。近年来,随着单细胞组学技术的迅猛发展,人们可以在中心法则的各个环节,系统地解析细胞分化过程中的动态变化,并在空间维度上进行观测与研究,加快了构建人类发育细胞图谱的进程,最终实现对人类发育的细胞分类体系、命运轨迹和三维动态变化的刻画。本文首先介绍了绘制人类发育细胞图谱所使用的单细胞组学技术,然后总结了胚胎发育图谱的最新进展并提出了该领域目前面临的主要问题和挑战,最后对如何利用人类胚胎发育图谱解决生物学和医学的关键问题进行了探讨,以期为利用单细胞组学技术构建并应用人类发育细胞蓝图提供更好的指导。

关键词：人类胚胎发育单细胞组学细胞图谱

手工艺研究的一些新思考——论非物质文化遗产的物质性与流动性

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云南民族大学学报（哲学社会科学版） 2024年第2期41卷 45-51页

作者：潘天舒郭靖雯复旦大学人类学民族学研究所上海200434

当前手工艺类非物质文化遗产研究多关注无形文化如技艺习得与技艺传承,容易忽略手工艺发展所依托的有形之物,即物质性基础的研究。人类学整体观视角下将非物质文化遗产作为一个整体,统合了物质与非物质,自然与文化。因此,研究者应对手... 详细信息

当前手工艺类非物质文化遗产研究多关注无形文化如技艺习得与技艺传承,容易忽略手工艺发展所依托的有形之物,即物质性基础的研究。人类学整体观视角下将非物质文化遗产作为一个整体,统合了物质与非物质,自然与文化。因此,研究者应对手工艺类非物质文化遗产的物质性与非物质性层面同时进行深度的考察。手工艺类非物质文化遗产作为整体性存在,还包括了流动性与可变性,它并非是凝滞的地方特色产物,其存在与发展始终伴随着与地方社会以外世界的连接与互动。

关键词：非遗手工艺景德镇瓷器地方性物质性与流动性

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中国肤纹表型组的研究现状与对策

人类学学报 2024年第4期43卷 675-686页

作者：张海国复旦大学生命科学院遗传与人类学系现代人类学教育部重点实验室上海200438 上海交通大学医学院基础医学院上海200025

1978年至今,我国民族肤纹学调查研究取得了显著成绩,制定了全国肤纹研究的技术标准和项目标准;完成了全部 56 个民族的指纹和手掌纹的调查研究,我国成为世界上唯一完成全部民族指纹掌纹调查的国家。回顾过去的肤纹表型组成果,我们仍有... 详细信息

1978年至今,我国民族肤纹学调查研究取得了显著成绩,制定了全国肤纹研究的技术标准和项目标准;完成了全部 56 个民族的指纹和手掌纹的调查研究,我国成为世界上唯一完成全部民族指纹掌纹调查的国家。回顾过去的肤纹表型组成果,我们仍有许多肤纹方面的工作要努力做好,其中最主要的就是继续深入开展足纹调查研究。目前,我国已完成 31 个民族的足纹调查研究,还有 25 个民族的足纹调查尚未完成,因此我国仍是肤纹研究不全的国家。表型组肤纹研究仍有诸多任务需要完成,期望研究者的持续努力能使我国表型组肤纹学的研究占据并巩固国际领先地位。

关键词：表型组足纹指纹掌纹

蓝光照射抑制黑色素细胞烟酰胺核苷酸转氢酶基因表达并诱导线粒体形态功能变化和黑色素合成

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复旦学报(自然科学版) 2024年

作者：杨婧漪孙大燕孔祥贞魏阳马彦云王久存复旦大学生命科学学院人类遗传学与人类学系复旦大学遗传工程国家重点实验室首都医科大学附属北京儿童医院新生儿外科复旦大学人类表型组研究院

蓝光能够通过引起黑色素细胞氧化应激来诱导皮肤色素沉积,有研究证明定位于线粒体内膜的核苷酸转氢酶(NNT)介导的黑色素沉积也与氧化还原平衡有关。为了探究上述两种途径是否存在潜在关系,本研究利用小鼠黑素瘤细胞B16-F10和人黑素瘤细... 详细信息

蓝光能够通过引起黑色素细胞氧化应激来诱导皮肤色素沉积,有研究证明定位于线粒体内膜的核苷酸转氢酶(NNT)介导的黑色素沉积也与氧化还原平衡有关。为了探究上述两种途径是否存在潜在关系,本研究利用小鼠黑素瘤细胞B16-F10和人黑素瘤细胞MNT1构建了Nnt(NNT)敲低和蓝光照射两种黑色素沉积模型,检测了蓝光照射对Nnt(NNT)表达及分布的影响,初步探究了两种诱导条件对线粒体功能及形态的影响,并观察了蓝光诱导模型下线粒体与黑素小体的共定位。研究结果显示,蓝光照射和Nnt(NNT)敲低均能引起黑色素细胞的黑色素含量增加,同时蓝光照射还下调了Nnt(NNT)的表达,且蛋白定位向细胞核聚集。线粒体膜电位检测显示蓝光和Nnt(NNT)敲低均能引起线粒体膜电位降低。对线粒体动力学相关蛋白检测发现蓝光和Nnt(NNT)敲低能轻微增加B16-F10细胞中部分线粒体融合相关蛋白(MFN1、MFN2、OPA1)表达并下调线粒体裂变相关蛋白DRP1表达。对线粒体与黑素小体共定位染色结果显示蓝光照射后两者分布更加广泛,并且在核周区域共定位增加。本研究初步揭示了线粒体与黑色素合成之间的潜在关联,为色素沉积的调控机制探索提供新视角。

关键词：黑色素合成 NNT 蓝光线粒体形态

茶及饮茶习俗向北方民族地区和青藏高原的传播

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西北民族研究 2024年第1期 49-64页

作者：刘志扬中山大学历史人类学研究中心及人类学系广州510275

得益于气候和土壤条件,秦岭—淮河以南的酸性土壤地区是茶叶的主要产地,因此北方各民族必须通过与南方产茶区的交易来获取茶叶。茶叶传入北方民族地区和青藏高原的时间较晚,及至宋代,才有关于北方民族饮茶的确切记载,茶马贸易是当时农... 详细信息

得益于气候和土壤条件,秦岭—淮河以南的酸性土壤地区是茶叶的主要产地,因此北方各民族必须通过与南方产茶区的交易来获取茶叶。茶叶传入北方民族地区和青藏高原的时间较晚,及至宋代,才有关于北方民族饮茶的确切记载,茶马贸易是当时农耕民族与游牧民族物质交换的重要形式。元代,入主中原的蒙古人与汉人杂处,农耕文化和游牧文化相互借鉴和影响,出现融合的趋势,蒙古人开始将茶与奶制品结合在一起,创制出适合自己口味的奶茶或酥油茶。茶叶从南方向北方民族地区和青藏高原传播的历史,不仅是中华各民族经济和文化交流的历史,也为各民族融入中华民族大家庭发挥了重要的经济纽带作用。这一历程反映了跨区域、跨文化的物资流通对中华文明的丰富和多元的贡献,也是各民族团结协作、共同发展、利益共享的历史见证。

关键词：茶北方民族地区青藏高原民族交往交流交融

昆虫生理中短神经肽F的功能研究进展（英文）

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Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology) 2024年第5期 389-410页

作者： Marcin CHOLEWI?SKI Szymon CHOWA?SKI Jan LUBAWY Arkadiusz URBA?SKI Karolina WALKOWIAK-NOWICKA Pawe? MARCINIAK 亚当密茨凯维奇大学生物学院动物生理学和发育生物学系

短神经肽F(sNPF)肽家族是参与调控昆虫体内各种生理过程的多功能神经激素。它们广泛分布于生物体中，但前体分子中的异构体数量因物种而异，从一个到四个不等。sNPF受体（sNPFR）属于G蛋白偶联受体家族，在多种昆虫目中已有表征，并被... 详细信息

短神经肽F(sNPF)肽家族是参与调控昆虫体内各种生理过程的多功能神经激素。它们广泛分布于生物体中，但前体分子中的异构体数量因物种而异，从一个到四个不等。sNPF受体（sNPFR）属于G蛋白偶联受体家族，在多种昆虫目中已有表征，并被证明是哺乳动物泌乳素释放肽受体（PrPR）的同源物。sNPF信号通路通过与其他神经激素（例如类胰岛素肽、SIFamide和色素分散因子（PDFs））的相互作用以调控多种生理过程。其主要生理功能涉及摄食的调节，但观察到的效应因物种而异。sNPF还与觅食行为和嗅觉系统的调节相关。其对摄食及能量代谢的影响还可能间接影响其他重要过程，例如繁殖和发育。此外，这些神经激素还参与昆虫的运动活动和昼夜节律的调节。本文回顾并总结了昆虫中sNPF系统的现阶段研究进展。

关键词：昆虫神经肽无脊椎动物神经生物学短神经肽F(sNPF) 摄食神经激素

第三代EGFR-TKI耐药性机制及联合用药治疗的策略

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中国生物化学与分子生物学报 2024年第2期40卷 170-179页

作者：周建宇秦晓红米立志天津大学生命科学学院结构与分子生物学系天津300072

表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)是一种受体酪氨酸激酶,参与如细胞的增殖、分裂和分化等生理过程,并在肿瘤的发生和发展中发挥重要作用。在非小细胞肺癌的靶向治疗中,靶向表皮生长因子受体的酪氨酸激酶抑制剂(... 详细信息

表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)是一种受体酪氨酸激酶,参与如细胞的增殖、分裂和分化等生理过程,并在肿瘤的发生和发展中发挥重要作用。在非小细胞肺癌的靶向治疗中,靶向表皮生长因子受体的酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhibitor,TKI)取得了显著疗效。然而,伴随着EGFR T790M等突变的出现,患者会对第一代和第二代EGFR-TKI治疗产生耐药性。为此,开发的以奥希替尼(Osimertinib)为代表的第三代EGFR-TKI,在治疗携带EGFR T790M突变患者的耐药中取得了良好效果。但部分接受第三代EGFR-TKI治疗的患者仍会产生获得性耐药。目前,已知的耐药机制主要分为EGFR依赖型(EGFR自身激酶结构域突变)和EGFR非依赖型(异常旁路信号的激活、下游信号通路的激活、组织学表型转变)两类。本文对EGFR及第三代EGFR-TKI药物结构、主要的耐药机制和耐药后的治疗策略进行了全面综述与总结,并对未来克服EGFR-TKI耐药性的可能方向进行了分析。

关键词：表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂奥希替尼耐药机制联合用药