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DNA纳米结构自装配的语言能力分析(英文)

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计算机学报 2008年第12期31卷 2160-2167页

作者：陈燕傅岩朱萌北京工业大学应用数理学院北京100124 弗吉尼亚理工学院基因、生物信息学和计算生物学实验室布莱克斯堡va 24061 美国克莱姆森大学计算学院克莱姆森 SC 29634 美国

文中研究了DNA分子杂交的内在计算能力.一方面,文中基于Winfree先前关于线性分子自装配仅能产生正则语言工作的基础上,进一步扩展证明了线性自装配通过杂交分别表示左、右线性派生的线性分子,也能产生线性语言.另一方面,文中定义了一种... 详细信息

文中研究了DNA分子杂交的内在计算能力.一方面,文中基于Winfree先前关于线性分子自装配仅能产生正则语言工作的基础上,进一步扩展证明了线性自装配通过杂交分别表示左、右线性派生的线性分子,也能产生线性语言.另一方面,文中定义了一种新的通过上下文无关语言通过自装配产生线性语言的方法,即证明了等价于上下文无关语言的特定序列集能通过1-,2-,3-粘头分子的混合自装配产生线性语言,同时,这是对Winfree关于树状纳米结构自装配等价于上下文无关语言理论的一个较好的补充.

关键词：自装配语言能力粘头分子

皖南地区埃迪卡拉系皮园村组微体和宏体化石--兼论埃迪卡拉纪-寒武纪界线

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地层学杂志 2012年第3期36卷 600-610页

作者：董琳宋伟明肖书海袁训来陈哲周传明英国石油公司美国得克萨斯休士顿77079 中国科学院南京地质古生物研究所现代古生物学和地层学国家重点实验室江苏南京210008 有色金属华东地质勘查局江苏南京210009 弗吉尼亚理工大学地球科学系美国弗吉尼亚黑堡24061

国际上寒武纪的开始以遗迹化石Treptichnus pedum的首次出现为标志,我国南方通常以小壳化石的出现或者疑源类Asteridium-Comasphaeridium-Heliosphaeridium化石组合的出现作为前寒武纪-寒武纪界线。由于化石保存的不完整性,仅仅依靠寒... 详细信息

国际上寒武纪的开始以遗迹化石Treptichnus pedum的首次出现为标志,我国南方通常以小壳化石的出现或者疑源类Asteridium-Comasphaeridium-Heliosphaeridium化石组合的出现作为前寒武纪-寒武纪界线。由于化石保存的不完整性,仅仅依靠寒武纪化石的首现来确定埃迪卡拉纪-寒武纪界线可能导致其层位偏高,因此需要利用界线之下的埃迪卡拉纪化石对界线进行进一步限定。皖南地区的埃迪卡拉纪-寒武纪界线一直被厘定在皮园村组硅质岩和荷塘组底部磷块岩或黑色页岩交界处,这一划分主要是根据岩石地层的证据和邻区的生物地层资料,但是皮园村组本身缺乏直接的生物地层学资料。为了进一步确定皖南地区的埃迪卡拉纪-寒武纪界线和皮园村组的沉积年龄,系统研究了皖南休宁蓝田剖面皮园村组中的微体化石组合,在皮园村组中发现了埃迪卡拉纪化石***、Palaeopascichnus ***、Palaeopascichnus sp.,以及未定名的纺锤状化石和球形化石。Palaeopascichnus在全球范围的埃迪卡拉纪地层中都有发现,且其仅仅局限在埃迪卡拉纪的晚期。在华北地台西缘的正目观组板岩和华南留茶坡组硅质岩曾报道有Horodyskia minor,***?(有可能为***的同物异名),Palaeopascichnus minimus,***,和***。在皖南Palaeopascichnus ***和Palaeopascichnus sp.出现在皮园村组硅质岩的中上部,***一直延伸到皮园村组的顶部,说明由生物地层所划分的埃迪卡拉纪-寒武纪界线与皮园村组-荷塘组岩石地层的界线基本上是一致的。

关键词：生物地层岩石地层.埃迪卡拉纪寒武纪界线 Palaeopascichnus Horodyskia 皮园村组皖南

陕西汉中梁山乐平统底部王坡页岩中的腕足动物化石

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古生物学报 2016年第2期55卷 192-206页

作者：郭俊锋李勇肖良李相传姚肖永郑亚娟周雪柔长安大学地球科学与资源学院及国土资源部岩浆作用成矿与找矿重点实验室陕西西安710054 美国弗吉尼亚理工学院暨州立大学地球科学系弗吉尼亚州布莱克斯堡24061 中国地质大学长城学院地球科学与资源系河北保定071000

报道陕西汉中梁山瓜德鲁普统与乐平统界线附近王坡页岩(斑脱岩)中的腕足动物化石4属6种:Neochonetes(Huangichonetes)substrophomenoides,Orthothetina ruber,***,***.,?Martinia orbicularis,和Hustedia indica。该腕足动物群以吴家坪期暖水型腕足动物为主,既含有瓜德鲁普世孑遗分子,又具有乐平世吴家坪期新兴分子,显示了过渡类型的特点。陕南吴家坪期初期腕足动物化石群的发现,对识别瓜德鲁普世末期灭绝事件后腕足动物在吴家坪期初期的多样性和乐平世初腕足动物的复苏和辐射提供了重要的化石信息。

关键词：腕足动物王坡页岩乐平统陕西梁山

两水系三角帆蚌亲本及杂交、自交组钩介幼虫形态性状比较

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上海海洋大学学报 2010年第5期19卷 612-614页

作者：闻海波顾若波华丹徐钢春徐跑中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业部淡水鱼类遗传育种与养殖生物学重点开放实验室江苏无锡214081 美国弗吉尼亚理工学院暨州立大学美国弗吉尼亚24061

对采集于长江和淮河水系的三角帆蚌亲本及正反交、自交组的钩介幼虫形态性状进行了测量和比较。结果显示:两个水系的三角帆蚌亲本形态差异显著。太湖三角帆蚌亲本群体较洪泽湖群体的壳顶位置偏向贝壳前端,壳高与壳长、壳宽与壳长的比值... 详细信息

对采集于长江和淮河水系的三角帆蚌亲本及正反交、自交组的钩介幼虫形态性状进行了测量和比较。结果显示:两个水系的三角帆蚌亲本形态差异显著。太湖三角帆蚌亲本群体较洪泽湖群体的壳顶位置偏向贝壳前端,壳高与壳长、壳宽与壳长的比值均极显著低于洪泽湖群体(P<0.01)。综合分析表明太湖三角帆蚌的壳型为长扁型,而洪泽湖三角帆蚌为圆润型。反交组(H0T)成熟钩介幼虫指数为(0.066 7±0.005 9),极显著高于正交组(T0H)和两个自交组(P<0.01),其杂交优势率为2.54%。以太湖三角帆蚌为母本的幼虫壳长与壳高的比值为(0.828 4±0.029 4),极显著低于以洪泽湖群体为母本的比值(0.848 2±0.034 5),而同一母本不同父本之间的钩介幼虫无显著差异(P=0.286,P=0.106),该性状表现为明显的母性遗传,这与已有的贝类杂交研究结论相似。而各组幼虫的寄生成活率、稚贝生长情况有待进一步研究。

关键词：三角帆蚌亲本杂交钩介幼虫形态性状

法舒地尔通过抑制脑内小胶质细胞活化并促进其M2极化而改善APP/PS1双转基因小鼠认知功能

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细胞与分子免疫学杂志 2017年第12期33卷 1585-1593页

作者：尉杰忠谷青芳闫玉清余鸿强郭敏芳刘春云宋国斌柴智王青肖保国张汉霆降雨强马存根山西大同大学脑科学研究所山西大同037009 中国科学院遗传与发育生物学研究所分子发育生物学国家重点实验室北京100101 山西中医药大学神经生物学研究中心山西太原030024 复旦大学附属华山医院神经病学研究所上海200025 美国西弗吉尼亚大学健康科学中心行为医学与精神病学系西弗吉尼亚州wv26506

目的观察Rho激酶抑制剂法舒地尔(fasudil)在治疗阿尔茨海默病(AD)模型淀粉样前体蛋白/早老素1双转基因(APP/PS1 Tg)小鼠中对认知功能及小胶质细胞极化的调控作用。方法采用8月龄雄性APP/PS1 Tg小鼠作为AD模型,随机分为法舒地尔治疗组[... 详细信息

目的观察Rho激酶抑制剂法舒地尔(fasudil)在治疗阿尔茨海默病(AD)模型淀粉样前体蛋白/早老素1双转基因(APP/PS1 Tg)小鼠中对认知功能及小胶质细胞极化的调控作用。方法采用8月龄雄性APP/PS1 Tg小鼠作为AD模型,随机分为法舒地尔治疗组[腹腔注射法舒地尔,25 mg/(kg·d)]、生理盐水组(腹腔注射),持续治疗2个月;同龄同性别野生型为对照组。应用Morris水迷宫(MWM)检测各组小鼠空间认知功能,Western blot法检测小鼠脑组织β淀粉样蛋白(Aβ)、小胶质细胞表面标志CD11b的水平,免疫荧光组织化学染色法检测小鼠脑组织Aβ_(1-42)、CD11b的表达和分布。Western blot法和免疫荧光组织化学染色法检测M1型小胶质细胞[标志物诱导型一氧化氮合酶(iNOS)]和M2型小胶质细胞[标志物精氨酸酶1(ARG1)、CD206]在海马和大脑皮层的表达水平和分布。结果与野生型小鼠相比,10月龄APP/PS1 Tg小鼠生理盐水组的MWM指标[到达平台时间、到达平台的平均距离、第一次进入西南(SW)象限的时间]明显增加,认知功能下降,这些行为变化可被法舒地尔所拮抗。此外,法舒地尔降低APP/PS1 Tg小鼠的海马DG区和CA3区、皮层区的Aβ_(1-42)表达,减少小胶质细胞数量,抑制小胶质细胞iNOS表达,促进ARG1、CD206表达,促进激活的小胶质细胞由M1型向M2型转化。结论法舒地尔通过抑制脑内小胶质细胞活化并促进其M2型极化,改善APP/PS1双转基因小鼠空间认知功能障碍。

关键词： APP/PS1双转基因小鼠 Rho激酶抑制剂小胶质细胞激活

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系统生物学——从生物分子到机体反应过程

生理科学进展 2004年第3期35卷 281-288页

作者：沈树泉管又飞美国麻省理工学院生物信息中心北京大学医学部生理学与病理生理学系北京100083

2003年9月15日,美国国立卫生研究院(NIH)的官方网站上发布了这样一组消息和相关评论(Changing the face of biology: NIGMS funds centers of excellence at Harvard and MIT seeking to unravel the complexities of living systems. http:∥www. ***. gov/news/releases/complex_centers-2003. html):NIH将在今后的五年年中设立两个总量约3100百万美元的特别基金用来资助哈佛大学(Harvard)和美国麻省理工学院(MIT)各自建立一个具有试点性质的研究中心(Center of Excellence).

关键词：系统生物学实验研究人类基因组计划生物医学细胞

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纳米颗粒物：独具特性的地球化学组成

地球科学 2018年第5期43卷 1489-1502页

作者：杨毅周立旻钭斐昀孙笑丽刘敏 Michael F.Hochella Jr. 华东师范大学地理信息科学教育部重点实验室上海200241 华东师范大学地理科学学院上海200241 美国弗吉尼亚理工大学地球科学学院 Blacksburg24061

至少一维尺度上小于100nm的颗粒物均称为纳米颗粒物,在人工纳米颗粒物产生的几十亿年前,地球已经通过其特有的生物地球化学过程合成各类天然纳米颗粒物.这些纳米颗粒物及其次生产物具有独特的理化特性,并参与各种地球化学过程,体现其非... 详细信息

至少一维尺度上小于100nm的颗粒物均称为纳米颗粒物,在人工纳米颗粒物产生的几十亿年前,地球已经通过其特有的生物地球化学过程合成各类天然纳米颗粒物.这些纳米颗粒物及其次生产物具有独特的理化特性,并参与各种地球化学过程,体现其非凡的地球化学意义.从地球化学的角度,解析了环境纳米颗粒物的定义和分类,重点阐述了风化壳与水体中天然和次生纳米颗粒物的形成,并在天然纳米颗粒物中区分了纳米矿物和矿物纳米颗粒物;同时,也讨论了大气纳米颗粒物的来源、成因与环境影响.该综述列举了目前环境中纳米颗粒物表征与鉴别的技术和方法,重点剖析了纳米颗粒物的地球化学功能和环境意义,并对该领域的研究前沿问题进行了概述.

关键词：天然产生纳米颗粒物次生纳米颗粒物纳米矿物地球化学

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PCR引物设计

海洋科学 1995年第5期19卷 9-10页

作者：王艳秋张培军中国科学院海洋研究所实验海洋生物学开放研究实验室青岛266071

多聚酶链式反应(PolymeraseChainReaction,PCR)又称无细胞分子克隆系统,是一种体外扩增特异DNA片断的技术,1985年由美国Cetus公司和加利福尼亚大学联合创建,是90年代分子生物学领域的一项革命性突破,很快地在分子克隆、遗传病的基因诊... 详细信息

多聚酶链式反应(PolymeraseChainReaction,PCR)又称无细胞分子克隆系统,是一种体外扩增特异DNA片断的技术,1985年由美国Cetus公司和加利福尼亚大学联合创建,是90年代分子生物学领域的一项革命性突破,很快地在分子克隆、遗传病的基因诊断、法医学、考古学等方面得到了广泛应用。PCR技术实际上就是在模板DNA(TempleteDNA)引物(Primer)和4种脱氧核糖核苷酸(dATP,***,dTTP)存在的条件下依赖于DNA聚合酶(Taqse)的酶促合成反应…

关键词： PCR 多聚酶链式反应分子克隆系统分子生物学

基于差异共表达邻接网络的癌症致病基因预测算法

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计算机科学 2024年

作者：李志杰廖旭红李青蓝刘丽湖南理工学院信息科学与工程学院宾夕法尼亚大学医学院弗吉尼亚联邦大学医学院

癌症是人类健康的第1杀手。随着测序技术的快速发展，积累了海量的癌症基因表达数据，利用计算方法进行致病基因预测成为癌症研究新的热点。然而，目前致病基因预测大多基于基因相互作用网络等，很少考虑网络局部连接与基因差异表达间... 详细信息

癌症是人类健康的第1杀手。随着测序技术的快速发展，积累了海量的癌症基因表达数据，利用计算方法进行致病基因预测成为癌症研究新的热点。然而，目前致病基因预测大多基于基因相互作用网络等，很少考虑网络局部连接与基因差异表达间的潜在联系。针对上述问题，文中首先利用患病前后基因表达差异数据，通过互信息计算基因间的相关性并构建邻接网络，然后设计特征向量模型用于癌症致病基因预测。向量特征包括候选基因及其近邻的差异表达信息。从TCGA、OMIM和GEO等公共数据库获取癌症相关的致病与非致病基因，以及患病前后基因差异表达数据进行实验，利用邻接网络中基因及其近邻的差异表达信息进行癌症致病基因预测(differential information of gene and nearest neighbor for cancer pathogenic gene prediction， DICPG)。实验结果表明，DICPG癌症基因分类模型的生物学意义明显，分类精度和AUC等性能指标优于同类方法。

关键词：基因差异表达数据邻接网络候选基因基因特征向量癌症致病基因预测