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吊罗山热带雨林不同海拔土壤细菌群落多样性及功能预测

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西南农业学报 2024年

作者：杨家顶刘丰瑜韩雪梅林肖月张苗苗聂鑫热带岛屿生态学教育部重点实验室/海南省热带动植物生态学重点实验室/海南师范大学生命科学学院南阳师范学院生命科学与农业工程学院

【目的】探究热带森林不同海拔下土壤细菌群落特征的分布模式及其环境驱动因素，为微生物生物地理学的理论研究提供数据支撑。【方法】以海南热带雨林国家公园吊罗山片区为研究区域，通过16S rDNA高通量测序技术分析土壤细菌群落组成、... 详细信息

【目的】探究热带森林不同海拔下土壤细菌群落特征的分布模式及其环境驱动因素，为微生物生物地理学的理论研究提供数据支撑。【方法】以海南热带雨林国家公园吊罗山片区为研究区域，通过16S rDNA高通量测序技术分析土壤细菌群落组成、多样性及其功能沿海拔梯度的变化规律，并基于相关性分析来探究其环境驱动因素。【结果】土壤细菌群落多样性随海拔升高而单调下降。α-变形菌纲、γ-变形菌纲和放线菌纲以及黄色杆菌科是优势细菌类群，其相对丰度随海拔升高分别呈单调上升、先上升后下降、先下降后上升趋势。相关性分析表明，细菌群落组成与土壤pH、有机质、全钾、铵态氮、有效磷和有效钾存在显著相关性。PICRUSt功能预测表明，氨基酸运输和代谢、能源生产和转换、翻译/核糖体结构、生物转化以及细胞壁/膜/包膜生物合成等四大类COG功能以及glnA/ GLUL，gltD，cynT/can，gltB，ncd2/npd五种氮循环基因占据优势。nirK、arcC、cah、norB、nirS和nrfH 6种氮循环基因在中海拔的相对丰度显著较高，而GLU/gltS和nrtD/cynD在低海拔的相对丰度较高。【结论】土壤pH和全钾是驱动细菌群落特征沿海拔分布的关键因子，这为热带森林土壤微生物资源的科学保护与合理利用提供数据支撑和理论依据。

关键词：海拔热带雨林热带森林土壤细菌功能预测

基于转录组与代谢组联合分析马尔尼菲篮状菌毒力蛋白Mp1p对巨噬细胞的影响

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中国热带医学 2024年第3期24卷 265-270页

作者：刘宇轩韦吴迪包秀丽陈丽香詹佰丽何小桃叶力蒋俊俊梁浩广西医科大学公共卫生学院广西艾滋病防治研究重点实验室广西南宁530021 广西医科大学生命科学研究院再生医学与医用生物资源开发应用省部共建协同创新中心广西南宁530021

目的通过转录组学联合代谢组学探索Mp1p对宿主巨噬细胞的影响。方法使用慢病毒构建稳定表达Mp1p的THP-1巨噬细胞株(THP-1-Mp1p^(+))。采用RNA高通量测序(RNA sequencing,RNA-Seq)技术,在转录组学分析中,检测细胞内mRNA的表达量,确定差... 详细信息

目的通过转录组学联合代谢组学探索Mp1p对宿主巨噬细胞的影响。方法使用慢病毒构建稳定表达Mp1p的THP-1巨噬细胞株(THP-1-Mp1p^(+))。采用RNA高通量测序(RNA sequencing,RNA-Seq)技术,在转录组学分析中,检测细胞内mRNA的表达量,确定差异表达基因;在代谢组学分析中,通过数据库比对进行代谢物鉴定,对差异代谢物进行通路分析,揭示潜在作用机制。将代谢组学和转录组学结果联合分析,将差异代谢物和差异基因进行联合分析,进一步阐述Mp1p对巨噬细胞的作用机制。结果转录组分析表明,THP-1-Mp1p^(+)组相较于阴性对照组,共有1180个差异基因,上调基因345个、下调基因835个。基因本体论(gene ontology,GO)富集分析显示,差异表达基因有135个,其中BP 105个、CC 28个、MF 2个。京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析结果显示,Mp1p对THP-1巨噬细胞的作用与肿瘤坏死因子信号通路高度相关。代谢组分析发现,正、负离子模式下空白对照组和THP-1-Mp1p^(+)巨噬细胞组在质量控制样本之间都能达到很好的分离。显著差异的阈值为:VIP≥1且T-test P<0.05,筛选出差异代谢物488个,其中正离子模式230个、负离子258个,将鉴定出的代谢产物进行通路富集分析,显著富集到了代谢途径上。联合分析结果显示,发现肿瘤坏死因子信号通路、白介素-17信号通路、NFkappaB信号通路是其中重要的代谢途径。结论毒力因子Mp1p可能通过调节肿瘤坏死因子信号通路、白介素-17信号通路、NF-kappaB信号通路影响宿主巨噬细胞。研究结果有助于进一步理解Mp1p的作用机制,并为未来筛选相关的诊断和治疗靶点提供了可能的方向。

关键词：马尔尼菲篮状菌 Mp1p TNF通路转录组代谢组

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冬青种质资源叶表型多样性分析

南京林业大学学报(自然科学版) 2024年第5期48卷 90-96页

作者：王雪洁周鹏侯思璇方炎明张敏南京林业大学南方现代林业协同创新中心生命科学学院亚热带森林生物多样性保护国家林业和草原局重点实验室江苏省林业科学研究院

【目的】了解冬青种质资源叶表型多样性，揭示冬青种质资源的表型多样性机理，为引种栽培与品种选育提供依据。【方法】对42份冬青种质资源的18个表型性状进行测定，通过差异分析、方差分析、主成分分析和聚类分析研究其表型变异。【结... 详细信息

【目的】了解冬青种质资源叶表型多样性，揭示冬青种质资源的表型多样性机理，为引种栽培与品种选育提供依据。【方法】对42份冬青种质资源的18个表型性状进行测定，通过差异分析、方差分析、主成分分析和聚类分析研究其表型变异。【结果】冬青种质资源叶表型性状变异较大，尤其是叶面积；Shannon多样性指数变化范围为1.00～2.03;冬青种质资源叶表型性状变异丰富，变异主要来源于种间。相关性分析发现，各性状之间存在显著相关，叶片外部性状与叶片解剖性状呈显著负相关；通过主成分分析提取了叶长、叶片紧实度、栅栏组织和气孔密度4个主成分，累计贡献率为85.20%,基本能反映冬青属植物的总体性状表现；聚类分析将42份冬青种质资源分为大叶-大叶柄类、小叶-小叶柄类、中叶-叶硬锯齿类和中叶-叶薄纸质类4大类群。【结论】冬青种质资源叶表型性状变异丰富，属内变异主要来源于物种间。叶片外部性状是冬青种质资源表型分化的主要因素；叶长、叶片紧实度、栅栏组织和气孔密度是划分冬青种质资源的4个主导因子，可作为冬青种质资源的分类鉴定依据。本研究可为冬青属植物的分类、资源利用和栽培繁育提供理论参考。

关键词：冬青属叶表型性状变异聚类分析

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木薯MeMinD的互作蛋白筛选

热带作物学报 2024年第10期 2054-2058页

作者：潘沐陆小花姚远陈银华郭建春王亚杰海南大学生命健康学院中国热带农业科学院热带生物技术研究所/农业农村部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室海南大学热带农林学院

MinD参与质体分裂的精细调控，在质体形态维持中起着关键作用。实验室前期研究发现MeMinD蛋白参与了木薯质体的分裂，然而与MeMinD蛋白协同调控木薯质体分裂的相关蛋白尚未明确。本研究构建了pGBKT7-MeMinD载体，通过酵母双杂交文库筛... 详细信息

MinD参与质体分裂的精细调控，在质体形态维持中起着关键作用。实验室前期研究发现MeMinD蛋白参与了木薯质体的分裂，然而与MeMinD蛋白协同调控木薯质体分裂的相关蛋白尚未明确。本研究构建了pGBKT7-MeMinD载体，通过酵母双杂交文库筛选，共获得MeMinD蛋白的8个候选互作蛋白，点对点验证后发现烟酸磷酸核糖转移酶2(MeNAPRT2)与MeMinD存在互作关系。该研究结果为进一步解析MeMinD参与调控木薯质体分裂的相关机制提供新的信息。

关键词：木薯 MeMinD MeNAPRT2 酵母双杂交质体

广西果树瘿蚊害虫种类比较及形态学和生物学检索表

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植物保护 2024年第5期50卷 246-253,311页

作者：马宁波王远宏韦德卫于永浩穆怡然谷希树卜文俊焦克龙天津农学院园艺园林学院植物保护系天津300392 广西农业科学院植物保护研究所农业农村部华南果蔬绿色防控重点实验室广西作物病虫害生物学重点实验室南宁530007 南开大学生命科学学院天津300071 天津市农业科学院植物保护研究所天津300384

我国广西各类果树资源丰富,且均具有较高的经济价值,而当地的果树瘿蚊害虫常可造成严重危害,因此需要受到高度重视。本文为国内首次详细介绍广西已记载的5属共7种果树瘿蚊害虫的形态特征、地理分布、生物学特性和为害特点并进行比较,编... 详细信息

我国广西各类果树资源丰富,且均具有较高的经济价值,而当地的果树瘿蚊害虫常可造成严重危害,因此需要受到高度重视。本文为国内首次详细介绍广西已记载的5属共7种果树瘿蚊害虫的形态特征、地理分布、生物学特性和为害特点并进行比较,编写广西果树瘿蚊害虫成虫形态学和幼虫生物学分种检索表,以期使读者全面了解这些害虫种类的鉴定方法及其经济重要性,为进一步研究、检疫和防治这些果树瘿蚊害虫提供参考。

关键词：桑波瘿蚊柑橘花蕾蛆梨实浆瘿蚊梨叶瘿蚊桔实雷瘿蚊普瘿蚊果树害虫广西检索表

施用生物炭5年对桂北桉树人工林土壤磷的影响

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西南农业学报 2024年第6期37卷 1159-1170页

作者：王紫卉沈育伊毛馨月褚俊智徐广平陈运霜曹杨张德楠黄科朝孙英杰桂林理工大学环境科学与工程学院/广西环境污染控制理论与技术重点实验室广西桂林541006 广西壮族自治区中国科学院广西植物研究所/广西喀斯特植物保育与恢复生态学重点实验室广西桂林541006 广西壮族自治区中国科学院广西植物研究所/广西植物功能物质与资源持续利用重点实验室广西桂林541006 广西师范大学生命科学学院/广西漓江流域景观资源保育与可持续利用重点实验室广西桂林541006

【目的】研究不同桉树枝条废弃物生物炭施用量对桉树人工林土壤磷形态转化及磷素有效性的影响,评估生物炭对土壤磷素的活化潜力,为生物炭在农林业土壤改良中的应用提供参考依据。【方法】依托2017年开展的桉树人工林生物炭长期定位试验... 详细信息

【目的】研究不同桉树枝条废弃物生物炭施用量对桉树人工林土壤磷形态转化及磷素有效性的影响,评估生物炭对土壤磷素的活化潜力,为生物炭在农林业土壤改良中的应用提供参考依据。【方法】依托2017年开展的桉树人工林生物炭长期定位试验,按生物炭与土壤的质量百分比,设置0(CK)、0.5%(T1)、1.0%(T2)、2%(T3)、4%(T4)和6%(T5)共6个处理,一次性施用生物炭5年后测定不同处理下0~10、10~20和20~30 cm土层中土壤全磷、有效磷、无机磷和有机磷形态的含量。【结果】与CK相比,在0~30 cm土层中,施用生物炭能显著增加土壤全磷、有效磷、二钙磷、铝磷、铁磷、八钙磷、活性有机磷和中等活性有机磷含量并提高磷素活化系数(P生物炭处理下土壤无机磷和有机磷组分含量平均值的大小分别为铁磷>铝磷>闭蓄态磷>八钙磷>二钙磷>十钙磷,中等活性有机磷>活性有机磷>中稳定性有机磷>高稳定性有机磷。随着土层深度的增加,在同一生物炭处理中,土壤全磷、有效磷、无机磷和有机磷组分含量均趋于减少。土壤有效磷分别与pH、有机质、全磷、二钙磷、八钙磷、铝磷、铁磷、活性有机磷和中等活性有机磷之间呈极显著正相关(P生物炭对土壤无机磷组分、有机磷组分和有效磷具有正向作用;与有机磷组分相比,施用生物炭对土壤无机磷组分的影响更大。【结论】桉树枝条废弃物生物炭通过自身中磷素的释放和对土壤理化性质的积极作用,显著增加土壤有效磷和磷组分含量,促进土壤中难溶态磷向有效态磷的转化和有机磷向无机磷的转化,提高桉树林土壤磷素有效性和土壤供磷能力。

关键词：生物炭土壤磷形态土壤磷素有效性桉树人工林

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基于土壤质量指数法的枇杷园土壤健康评价

应用生态学报 2024年

作者：崔鑫涛肖谋良赵玉枭吴愉萍吴碧波齐琳李和孟余朝旭鲁顺保张艳杰葛体达江西师范大学生命科学学院宁波大学植物病毒学研究所农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室浙江农林大学环境与资源学院亚热带森林培育国家重点实验室宁波市农业农村绿色发展中心宁海县林特技术推广站象山县农业农村绿色发展中心

果园经过长时间种植后，果实品质、产量均会出现下降。分析不同种植年限下果园土壤质量的变化，明确造成果园土壤质量下降的关键因素，可为优化果园土壤施肥管理提供科学依据。本研究以浙江省宁海县不同种植年限下（＜10年、10～15年、1... 详细信息

果园经过长时间种植后，果实品质、产量均会出现下降。分析不同种植年限下果园土壤质量的变化，明确造成果园土壤质量下降的关键因素，可为优化果园土壤施肥管理提供科学依据。本研究以浙江省宁海县不同种植年限下（＜10年、10～15年、15～20年、≥20年）枇杷果园土壤为研究对象，分析土壤物理、化学和生物学性质的变化，并运用土壤质量指数、多功能性指数、敏感性和抗性指标，对不同种植年限的枇杷果园土壤进行健康评价。结果表明：种植年限为10～15年和≥20年的果园土壤容重分别比＜10年的果园土壤提高12.8%和13.6%。10～15年、15～20年和≥20年的果园土壤pH与＜10年的相比分别下降8.8%、8.6%和7.5%。随着种植年限的增加，果园土壤微生物生物量碳、可溶性有机碳、可溶性有机氮、有效磷、有效钾、总有机碳、全氮等养分和有机碳组分均有不同程度的下降，果园土壤质量和多功能性指数下降。相较于＜10年的果园，土壤质量指数和多功能性指数在种植10～15年时分别下降20.4%和17.9%，在15～20年时分别下降38.1%和25.2%，种植年限≥20年时分别下降50.7%和35.5%。随机森林模型分析发现，土壤可溶性氮、有效钾、有效磷等有效态养分是影响枇杷果园土壤质量变化的关键因子；而有效态养分中，铵态氮和硝态氮是果园土壤相对敏感的指标。枇杷果园长期种植使土壤质量持续降低、速效养分含量下降。

关键词：果园土壤土壤质量土壤养分土壤健康评价枇杷

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乌鳢三种性腺组织的转录组比较分析

农业生物技术学报 2024年第2期32卷 379-395页

作者：黄苏静吴玉霞夏威威张啸天赵建李凯彬罗青刘海洋费树站陈昆慈欧密中国水产科学研究院珠江水产研究所/农业农村部热带亚热带水产种质资源利用与养殖重点实验室上海海洋大学水产与生命学院

乌鳢(Channa argus)是我国重要的淡水经济鱼类，具有显著的性别二态性。为了研究乌鳢性别分化和性腺发育的分子机制，挖掘精、卵巢差异表达的功能基因和信号通路，本研究采用Illumina HiSeq 2000测序平台对6月龄乌鳢XX雌鱼(XX-F)、XY雄... 详细信息

乌鳢(Channa argus)是我国重要的淡水经济鱼类，具有显著的性别二态性。为了研究乌鳢性别分化和性腺发育的分子机制，挖掘精、卵巢差异表达的功能基因和信号通路，本研究采用Illumina HiSeq 2000测序平台对6月龄乌鳢XX雌鱼(XX-F)、XY雄鱼(XY-M)和YY超雄鱼(YY-M)的性腺组织进行了转录组测序(RNA-seq)分析。性腺组织两两样品的表达量相关性分析显示，XY-M精巢和YY-M精巢具有相似的表达模式，与XX-F卵巢表达模式相差甚远，与性腺的组织学结果一致。三种性腺组织的基因差异表达分析显示，XY-M vs XX-F中有12 317个差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)，其中5 427个上调、6 890个下调；XY-M vs YY-M中有212个DEGs，其中59个上调、153个下调；YY-M vs XX-F中有11 282个DEGs，其中5 038个上调、6 244个下调。利用qRT-PCR对性别分化和性腺发育相关的DEGs进行验证，发现抗缪勒管激素2型受体(anti-müllerian hormone receptor type 2, Amhr2)、抗缪勒管激素(anti-müllerian hormone, Amh)、double sex和mab3相关转录因子1(double sex and mab3-related transcription factor1,Dmrt1)、性腺体细胞衍生因子(gonadal somatic cell-derived factor, Gsdf)等10个基因在XY-M和YY-M精巢中高表达，骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein 15, Bmp15)、性腺型芳香化酶基因Cyp19a1a(cytochrome P450 family 19 subfamily A member 1a)、叉头框转录因子2(forkhead transcription factor gene 2, Foxl2)等9个基因在XX-F卵巢中高表达。qRT-PCR验证结果与转录组分析结果一致，说明Amhr2、Amh、Dmrt1和Gsdf等基因与乌鳢精巢发育调控相关，Bmp15、Cyp19a1a和Foxl2等基因与乌鳢卵巢发育调控相关。另外，对DEGs进行KEGG代谢通路富集分析，发现较多的DEGs富集在性别分化和代谢相关通路，如丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase, MAPK)、无翅型MMTV整合位点家族成员(wingless-type MMTV integration site family, Wnt)以及转化生长因子-β(transforming growth factor-β, TGF-β)信号通路等。本研究筛选出了大量乌鳢性别分化和性腺发育相关的候选基因和信号通路，为后续深入研究乌鳢的性别分化和性腺发育的分子机制及性别相关基因的功能提供了基础资料。

关键词：乌鳢转录组差异表达基因(DEG) 性别分化性腺发育

草鱼不同月龄性腺组织学观察及性别特征基因cyp19a1a和amh的表达分析

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渔业科学进展 2024年

作者：祁博李胜杰杜金星肖小芳张东云朱涛雷彩霞刘志军宋红梅上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心中国水产科学研究院珠江水产研究所农业农村部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室湖州师范学院生命科学学院

为探讨草鱼(Ctenopharyngodon idella)性腺发生、性别分化及发育规律，本研究对1、2、3、4、5、6、12、24、36和48月龄草鱼性腺组织结构以及性别特征基因cyp19a1a和amh的表达差异进行了分析。组织切片结果显示，2月龄时，首次在生殖嵴... 详细信息

为探讨草鱼(Ctenopharyngodon idella)性腺发生、性别分化及发育规律，本研究对1、2、3、4、5、6、12、24、36和48月龄草鱼性腺组织结构以及性别特征基因cyp19a1a和amh的表达差异进行了分析。组织切片结果显示，2月龄时，首次在生殖嵴中观察到原始生殖细胞，标志原始性腺形成。3月龄时，雌性草鱼性腺中观察到卵巢腔和卵巢小叶。4月龄时，观察到卵原细胞，表明其在3月龄时出现解剖学分化，4月龄时出现细胞学分化。4月龄雄性草鱼在性腺中观察到输精导管，5月龄时观察到精原细胞，表明其在4月龄出现解剖学分化，5月龄出现细胞学分化。12、24、36和48月龄草鱼卵巢分别处于发育的第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ期，精巢则分别为发育的第Ⅱ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ期。荧光定量结果显示，雌性特征基因cyp19a1a在卵巢中的表达量总体呈先上升后下降再上升的趋势，2月龄时显著上调(P技术研究奠定了基础。

关键词：草鱼性别分化组织切片基因表达