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广西极小种群野生喙核桃遗传多样性分析

热带亚热带植物学报 2025年第1期33卷 25-32页

作者：邓丽丽邹蓉杨一山蒋运生韦霄史艳财广西壮族自治区中国科学院广西植物研究所广西桂林541006

喙核桃(Annamocarya sinensis)为国家二级重点保护野生植物和极小种群野生植物。阐明广西喙核桃野生种群遗传多样性和遗传变异,可为广西喙核桃遗传多样性保护及管理策略制定提供指导。该研究筛选出6对稳定性和多态性良好的SSR引物,对广... 详细信息

喙核桃(Annamocarya sinensis)为国家二级重点保护野生植物和极小种群野生植物。阐明广西喙核桃野生种群遗传多样性和遗传变异,可为广西喙核桃遗传多样性保护及管理策略制定提供指导。该研究筛选出6对稳定性和多态性良好的SSR引物,对广西4个喙核桃野生种群(共47个个体)的遗传多样性和遗传变异进行了分析。结果表明,4个喙核桃野生种群的观测等位基因数平均为2.125,有效等位基因数平均为1.581,Shannon信息指数平均为0.477,观测杂合度平均为0.310,期望杂合度平均为0.286,等位基因丰富度平均为1.677,广西喙核桃的遗传多样性水平较低。群体间遗传呈中度分化(0.120),种群间遗传变异占20%,种群内遗传变异占80%。Structure和UPGMA分析表明,47份样品大致分为3类,样品间彼此相互混杂,遗传背景丰富。桂林市永福县种群的群体遗传多样性最高(He=0.339,I=0.598),应把该种群作为重点保护单元。

关键词：喙核桃濒危植物 SSR标记遗传多样性遗传变异

纤维肌痛综合征生物标记物的筛选及免疫细胞浸润分析

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中国组织工程研究 2025年第5期29卷 1091-1100页

作者：刘雅妮杨静欢陆慧慧易玉芳李智翔欧阳福吴璟莉魏兵桂林医学院附属医院全科医疗科广西壮族自治区桂林市541001 桂林医学院附属医院呼吸与危重症医学科广西壮族自治区桂林市541001 广西师范大学计算机科学与工程学院广西壮族自治区桂林市541000 桂林医学院附属医院老年病科广西壮族自治区桂林市541001

背景:纤维肌痛综合征作为常见风湿病,其发病与中枢敏化及免疫异常有关,但具体过程尚未阐明,缺乏特异性诊断标志物,不断探索该病的发病机制具有重要的临床意义。目的:基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)等生物信息学方法和机器学习算法... 详细信息

背景:纤维肌痛综合征作为常见风湿病,其发病与中枢敏化及免疫异常有关,但具体过程尚未阐明,缺乏特异性诊断标志物,不断探索该病的发病机制具有重要的临床意义。目的:基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)等生物信息学方法和机器学习算法筛选纤维肌痛综合征潜在的诊断相关标志基因,并分析其免疫细胞浸润特征。方法:对来自基因表达综合数据库(GEO)的纤维肌痛综合征数据集转录谱进行差异分析和WGCNA分析,整合筛选出差异共表达基因,进一步采用机器学习套索回归(LASSO)算法、支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)机器学习算法来识别核心生物标志物,并绘制受试者工作特征(ROC)曲线以评估诊断价值。最后,采用单样本基因集富集分析(ssGSEA)和基因集富集分析(GSEA)评估纤维肌痛综合征的免疫细胞浸润情况及通路富集。结果与结论:①对GSE67311数据集按照log2|(FC)|>0,P研究。

关键词：纤维肌痛综合征生物信息学机器学习免疫浸润加权基因共表达网络分析套索回归支持向量机递归特征消除算法单样本基因集富集分析基因集富集分析

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中国县域医共体研究热点与前沿分析

中国全科医学 2025年第1期28卷 83-88页

作者：王舒云梁夏李霞林琳冯启明黄照权广西医科大学卫生与健康政策研究中心广西壮族自治区南宁市530021 广西医科大学广西壮族自治区南宁市530021

背景推进县域医共体建设是推动构建分级诊疗秩序的重要举措,国内学术界在县域医共体领域开展了丰富的理论和实证研究,但对现有研究成果的归纳与总结不足。运用文献计量学方法系统梳理该领域相关文献的研究进展,可以为全面推进县域医共... 详细信息

背景推进县域医共体建设是推动构建分级诊疗秩序的重要举措,国内学术界在县域医共体领域开展了丰富的理论和实证研究,但对现有研究成果的归纳与总结不足。运用文献计量学方法系统梳理该领域相关文献的研究进展,可以为全面推进县域医共体高质量发展提供借鉴与参考。目的基于中国县域医共体领域的文献数据进行可视化分析,探讨该领域的研究热点和前沿趋势。方法于2024-02-25,系统检索中国知网收录的县域医共体相关文献,检索时限为2016-2023年。采用CiteSpace软件对文献的发表年份、作者和机构,以及关键词共现、聚类、时间线分布、突现等情况开展文献计量学可视化分析。结果共纳入文献481篇,该领域的发文量受政策因素驱动呈递增趋势,2016-2019年发文65篇(13.51%),2020-2021年发文167篇(34.72%),2022-2023年发文249篇(51.77%)。发文量排在前3位的作者分别为陈迎春、王芳、郑英,发文量均为8篇。关键词的中心度和聚类规模排在前2位的是“医共体”和“分级诊疗”。时间线分布提示,“分级诊疗”是该领域出现最早且延续性最好的研究热点,此外,“医防融合”“绩效考核”“对策”“患者”等聚类也为研究热点。关键词突现分析显示,“医保基金”“慢性病”“管理模式”“发展策略”“乡村医生”是该领域近年来的研究热点和未来方向。结论关注分级诊疗制度建设,聚焦慢性病和公共卫生医防融合服务,探索绩效考核路径是县域医共体的研究热点。未来该领域在深化政策内涵研究,以县域医共体建设推动构建分级诊疗秩序、推进医防融合创新、强化绩效考核与优化内部管理领域表现出较强的研究趋势。

关键词：县域医共体分级诊疗文献计量学可视化

股骨头坏死手术治疗知识图谱:2005-2024数据的文献计量学分析

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中国组织工程研究 2025年第33期29卷 7250-7260页

作者：王勇李宏宇刘雨航王丰幸广西骨伤医院广西壮族自治区南宁市530000 广西中医药大学广西壮族自治区南宁市530000

背景:股骨头坏死是一种会导致股骨头塌陷和关节退化的严重疾病,通常会导致严重的髋关节疼痛,并且会累及膝关节和同侧臀部。手术干预仍然是治疗晚期股骨头坏死的主要手段,但该领域的研究热点和趋势正在不断变化,且目前还没有对这一研究... 详细信息

背景:股骨头坏死是一种会导致股骨头塌陷和关节退化的严重疾病,通常会导致严重的髋关节疼痛,并且会累及膝关节和同侧臀部。手术干预仍然是治疗晚期股骨头坏死的主要手段,但该领域的研究热点和趋势正在不断变化,且目前还没有对这一研究领域进行文献计量学分析。目的:通过文献计量学分析,全面概述2005-2024年全球关于股骨头坏死手术治疗的研究趋势、知识结构和新兴热点。方法:在Web of Science核心合集(WoSCC)及中国知网(CNKI)数据库中检索2005-09-01/2024-09-01与股骨头坏死手术治疗相关的出版物。采用VOSviewer、CiteSpace和R软件包“Bibliometrix”进行文献计量学分析。结果与结论:①根据特定关键词检索以及相关剔除条件检索文献后导入文献计量学软件,使用软件去重之后得到WoSCC数据库相关文献539篇;CNKI数据库相关文献1039篇;②在WoSCC数据库中,中国和美国为主要发文国家;2005-2024年间,出版物数量总体呈上升趋势,2016年和2022年达到2个高峰;上海交通大学、四川大学、Hospital for Special Surgery(HSS)、北京大学为主要研究机构;J PEDIATR ORTHOP、CLIN ORTHOP RELAT RES、J ORTHOP SURG RES是该领域最受欢迎的期刊;J BONE JOINT SURG AM、CLIN ORTHOP RELAT R、J BONE JOINT SURG BR是该领域被引最频繁的期刊;这些出版物来自2498位作者,其中何伟、SIEBENROCK,KLAUS A、KLINGELE,KEVIN E、孙伟发文量最多,MONT MA、LIEBERMAN JR、DELANOIS RE、MARKER DR的文章被引次数最多;股骨头坏死手术治疗中avascular necrosis、hip、femoral-head是主要话题及新兴研究热点的关键词;③在CNKI数据库中,上海交通大学附属第六人民医院骨科(8篇)、华中科技大学同济医学院附属协和医院骨科(7篇)以及中国中医科学院望京医院(7篇)为主要发文机构;《中国矫形外科杂志》(36篇)、《中国骨与关节损伤杂志》(36篇)为发文量最多的期刊;发文作者前3名的为何伟(14篇)、陈卫衡(9篇)、刘欣伟(5篇);关键词前5名的为手术治疗(49次)、内固定(25次)、治疗(23次)、综述(22次)、髓芯减压(22次);④此文为全面总结手术治疗股骨头坏死的研究动态和进展的文献计量学研究,指出了最近的研究前沿和热点方向,将为相关学术研究提供依据并为临床决策者提供参考。

关键词：股骨头坏死手术文献计量学可视化分析 Bibliometrix 研究趋势生物材料

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基于机器学习脑卒中功能恢复及预后预测模型的系统评价

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中国组织工程研究 2025年第29期29卷 6317-6325页

作者：王嘉孺张瑛杨永祁文肖华业马秋平杨连招罗自维何雅青张江银韦嘉雯孟媛谭思连广西中医药大学广西壮族自治区南宁市530200 广西中医药大学赛恩斯新医药学院广西壮族自治区南宁市530222 广西壮族自治区妇幼保健院广西壮族自治区南宁市530021

目的:如今机器学习算法逐渐被应用于预测脑卒中和心血管疾病方面。与传统回归模型相比,机器学习可以通过探索大量预测特征与结果变量之间的灵活关系,从数据中学习,以实现高预测准确性,为个体化治疗和康复方案的制定提供了新的方法。此... 详细信息

目的:如今机器学习算法逐渐被应用于预测脑卒中和心血管疾病方面。与传统回归模型相比,机器学习可以通过探索大量预测特征与结果变量之间的灵活关系,从数据中学习,以实现高预测准确性,为个体化治疗和康复方案的制定提供了新的方法。此文旨在系统评价基于机器学习脑卒中功能恢复及预后的预测模型,综合评估其预测性能及临床应用潜力,为相关预后预测模型的构建、应用及推广提供参考。方法:按照PRISMA指南进行系统评价。通过检索PubMed、EMbase、Web of Science核心数据库、中国知网、万方和中国生物医学文献数据库,筛选出使用机器学习方法进行脑卒中预后预测的相关文献,检索时限为2014-01-01/2024-07-01。由2名研究人员严格按照纳入与排除标准独立筛选文献、提取数据,使用预测模型偏倚风险评价工具评价模型质量。结果:①初步检索共获取3126篇文献,经过筛选和排除,最终纳入18篇研究,共运用13种机器学习方法构建了150个预测模型,其中应用次数最多的3种方法为逻辑回归、随机森林和极限梯度提升(XGBoost);仅有1项研究开展了外部验证;有8项研究报告了缺失数据的处理方法;②结局指标方面有8项研究采用了临床数据与影像学数据结合来构建模型,9项研究仅运用临床数据构建模型,1项研究仅用影像学数据构建模型;③18项研究均给出了研究中最重要的特征,其中被提及最多的是美国国立卫生研究院卒中量表和年龄;所有研究均报告了曲线下面积值,范围0.74-0.96,最高为0.96;所有模型的总体偏倚风险均为高偏倚风险,模型分析领域高偏倚风险是导致所有模型总体偏倚风险高的主要原因;④Meta分析结果显示年龄和美国国立卫生研究院卒中量表评分对脑卒中预后影响显著,年龄[MD=8.49,95%CI(6.24,10.75),P研究院卒中量表评分[MD=4.78,95%CI(2.56,7.00),P研究系统评价了基于机器学习的脑卒中功能恢复及预后预测模型,模型均具有良好的预测潜力。但未来研究应增加纳入模型样本量,采用前瞻性研究,并且添加对模型的外部验证以提高模型的稳定性和预测准确性,控制偏倚风险,以帮助模型在实际临床应用中的验证和推广,同时应对缺失值的插补更透明和精准。虽然现有的机器学习模型显示出良好的预测性能,但也要注重模型的功能性和可用性,纳入特征多会降低易用性。应开发简便易用的模型接口和用户友好的临床工具,使医护人员能够更好地应用模型进行临床决策。

关键词：机器学习脑卒中预后预测功能恢复系统评价

加味逍遥散通过外泌体miRNA途径发挥抗肝癌作用

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中国组织工程研究 2025年第19期29卷 4052-4062页

作者：刘晓明程金来黎如霜李妞妞秦秋云夏猛姚春广西中医药大学广西壮族自治区南宁市530200 广西中医药大学第一附属医院广西壮族自治区南宁市530200

背景:在课题组先前研究中发现加味逍遥散具有明显的抗肝癌作用,但具体作用机制不明。目的:基于高通量测序结合生物信息学,探讨加味逍遥散对二乙基亚硝胺慢性诱导的原发性肝癌模型大鼠血浆外泌体miRNA水平的调节作用。方法:将SD大鼠随机... 详细信息

背景:在课题组先前研究中发现加味逍遥散具有明显的抗肝癌作用,但具体作用机制不明。目的:基于高通量测序结合生物信息学,探讨加味逍遥散对二乙基亚硝胺慢性诱导的原发性肝癌模型大鼠血浆外泌体miRNA水平的调节作用。方法:将SD大鼠随机分为空白对照组、肝癌模型组、加味逍遥散组。以二乙基亚硝胺持续给药12周诱导肝癌模型,从第17周开始,加味逍遥散组大鼠给予加味逍遥散灌服,每日1次,直至第20周末停药,空白对照组和肝癌模型组大鼠给予等量生理盐水灌胃,通过检测大鼠肝组织的形态结构、肝癌标志物Glypican-3蛋白和血清甲胎蛋白表达验证抗肝癌效应。使用超速离心法分离提取各组大鼠血浆外泌体,利用高通量测序技术筛选出大鼠血浆外泌体中差异表达的miRNA,生物信息学预测加味逍遥散通过肝癌血浆来源外泌体miRNA发挥抗肝癌作用的潜在生物标志物,并进行功能分析。结果与结论:①加味逍遥散对肝癌模型大鼠肝组织的形态结构有显著改善作用,与肝癌模型组相比,加味逍遥散组肝癌标志物Glypican-3蛋白和血清甲胎蛋白的表达均显著降低;②生物信息学分析显示,加味逍遥散组对肝癌模型组上调的miR-223-3p与基因E2F1、NCOA1存在靶向结合位点,并且与肝癌生存率及预后密切相关。由此可见,加味逍遥散对肝癌有治疗作用,可能是通过肝癌血浆来源外泌体miR-223-3p靶向负调控NCOA1/E2F1进而发挥抗肝癌效应。

关键词：肝癌加味逍遥散外泌体 miRNA 生物信息学 miR-223-3p

中药调控成骨细胞铁死亡治疗激素性股骨头坏死

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中国组织工程研究 2025年第1期29卷 185-192页

作者：张绵钰韩杰曾浩陈相汕高振罡广西中医药大学研究生学院广西壮族自治区南宁市530000 广西中医药大学附属瑞康医院广西壮族自治区南宁市530011

背景:有研究发现成骨细胞铁死亡可作为重要的发病机制诱导激素性股骨头坏死的发生与发展。随着祖国医学的发展,有学者发现某些中药单体、中药复方及中成药等可通过多种通路机制调控成骨细胞铁死亡,最终起到治疗激素性股骨头坏死的作用... 详细信息

背景:有研究发现成骨细胞铁死亡可作为重要的发病机制诱导激素性股骨头坏死的发生与发展。随着祖国医学的发展,有学者发现某些中药单体、中药复方及中成药等可通过多种通路机制调控成骨细胞铁死亡,最终起到治疗激素性股骨头坏死的作用。目的:探讨成骨细胞铁死亡与激素性股骨头坏死的关系及中草药调控成骨细胞铁死亡治疗激素性股骨头坏死的作用机制,为激素性股骨头坏死的诊治提供新的思路。方法:以“铁死亡,激素性股骨头坏死,成骨细胞,中草药,糖皮质激素,铁代谢,活性氧,谷胱甘肽过氧化物酶”为中文检索词,以“ferroptosis,Hormonal necrosis of the femoral head,osteoblast,Chinese herbal medicine,glucocorticoid,iron metabolism,ROS,GPX4”为英文检索词,检索中国知网、Pub Med、万方及维普数据库,筛选各数据库建库至2023年成骨细胞铁死亡与激素性股骨头坏死及中草药干预调控研究相关的文章,最终纳入74篇文献进行综述分析。结果与结论:(1)成骨细胞铁死亡在激素性股骨头坏死发病中起重要作用。(2)成骨细胞铁死亡的发生受到多种机制通路调控,如细胞内铁超载引起铁死亡;细胞发生脂质过氧化损伤细胞膜引起铁死亡;细胞膜上胱氨酸/谷氨酸逆向转运蛋白通过影响谷胱甘肽水平和谷胱甘肽过氧化物酶4活性,从而诱导铁死亡;细胞内发生芬顿反应产生大量活性氧引起铁死亡等。(3)中药单体淫羊藿苷等、中药复方青娥丸等及中成药补肾活血颗粒等均可通过调控成骨细胞铁死亡的发生,有助于防治激素性股骨头坏死。(4)目前关于成骨细胞铁死亡相关机制尚不明确,继续深入探明两者的作用机制,有望为临床治疗激素性股骨头坏死提供新选择。

关键词：股骨头坏死铁死亡中医药成骨细胞糖皮质激素铁代谢活性氧谷胱甘肽谷胱甘肽过氧化物酶脂质过氧化

激素性股骨头坏死衰老关键基因的生物信息学鉴定和验证

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中国组织工程研究 2025年第26期29卷 5608-5620页

作者：丘博元刘飞童思文欧志学王伟伟广西中医药大学研究生院广西壮族自治区南宁市530000 桂林市中医医院关节与运动医学科广西壮族自治区桂林市541000

背景:激素性股骨头坏死与衰老紧密相连,但调控靶点和机制尚不明确。通过生物信息学联合机器学习分析并加以实验验证,确定细胞衰老介导激素性股骨头坏死发生发展的关键基因,将为激素性股骨头坏死的防治提供新思路。目的:使用生物信息学... 详细信息

背景:激素性股骨头坏死与衰老紧密相连,但调控靶点和机制尚不明确。通过生物信息学联合机器学习分析并加以实验验证,确定细胞衰老介导激素性股骨头坏死发生发展的关键基因,将为激素性股骨头坏死的防治提供新思路。目的:使用生物信息学分析筛选激素性股骨头坏死的衰老核心基因并进行实验验证,以探讨其作用机制。方法:从GEO数据库的GPL15207平台获取了GSE123568数据集,其中包含了30例激素性股骨头坏死患者与10名健康对照的外周血清样本基因表达谱;从CellAge数据库获取了279个细胞衰老相关基因的数据。对激素性股骨头坏死基因谱进行差异分析及加权基因共表达网络(WGCNA)分析,两者与衰老相关基因取交集再取并集得到激素性股骨头坏死衰老潜在基因,并进行GO和KEGG富集分析。机器学习方法筛出枢纽基因,构建Nomogram模型,进行共识聚类及免疫浸润分析。最后收集临床股骨头样本通过qPCR及Westernblot检测方法进行验证。结果与结论:①共获得41个潜在基因,主要富集在衰老及氧化应激反应等生物过程,以及FoxO及肿瘤坏死因子信号通路中。②机器学习鉴定后得到枢纽基因过氧化氢酶、结缔组织生长因子、叉头框蛋白O3、胰岛素受体底物2和丝裂原活化蛋白激酶激酶11,Nomogram模型预测能力良好。③共识聚类分析将患者分为a,b和c共3组,过氧化氢酶、叉头框蛋白O3、胰岛素受体底物2和丝裂原活化蛋白激酶激酶11在3个分子亚型之间表达存在差异(P信息学与机器学习深入分析,并进一步实验验证,最终确定了5个激素性股骨头坏死衰老相关枢纽基因,分别是过氧化氢酶、结缔组织生长因子、叉头框蛋白O3、胰岛素受体底物2及丝裂原活化蛋白激酶激酶11,这些基因可能通过调控细胞衰老过程为未来激素性股骨头坏死的预防和治疗提供潜在的分子靶点。

关键词：激素性股骨头坏死衰老 WGCNA分析机器学习免疫浸润分析实验验证

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新橙皮苷治疗骨质疏松症的靶点及对骨髓间充质干细胞成骨分化的作用

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中国组织工程研究 2025年第7期29卷 1437-1447页

作者：章镇宇梁秋健杨军韦相宇蒋捷黄林科谭桢广西医科大学第二附属医院广西壮族自治区南宁市530005 广西医科大学广西再生医学重点实验室广西壮族自治区南宁市530021

背景:前期研究发现新橙皮苷可以延缓去卵巢小鼠的骨丢失,具有治疗骨质疏松症的潜力,但其具体作用机制仍有待探究。目的:基于生物信息学和体外细胞实验探索新橙皮苷治疗骨质疏松症的关键靶点与可能机制。方法:从GEO数据库获得骨质疏松症... 详细信息

背景:前期研究发现新橙皮苷可以延缓去卵巢小鼠的骨丢失,具有治疗骨质疏松症的潜力,但其具体作用机制仍有待探究。目的:基于生物信息学和体外细胞实验探索新橙皮苷治疗骨质疏松症的关键靶点与可能机制。方法:从GEO数据库获得骨质疏松症相关的基因表达数据集,通过R语言筛选和分析差异表达基因,从GeneCards和DisGeNET数据库筛选骨质疏松症的相关靶点,从ChEMBL和PubChem数据库筛选新橙皮苷的相关靶点,三者取交集获得共同靶点,使用String数据库构建交集基因的PPI网络,筛选关键目标靶点,使用DAVID数据库进行GO、KEGG富集分析,运用AutoDock软件对新橙皮苷与目标靶点蛋白进行分子对接验证。检测新橙皮苷对C57小鼠骨髓间充质干细胞成骨分化的影响,以完全培养基为空白对照组、成骨诱导液为对照组,含不同浓度(25,50μmol/L)新橙皮苷的成骨诱导液为实验组,在相应时间检测细胞成骨分化过程中碱性磷酸酶的表达、矿化程度、成骨相关基因及目标靶点基因的表达。结果与结论:(1)筛选出差异表达基因9253个,骨质疏松症相关靶点2161个,新橙皮苷相关靶点326个,三者共同靶点53个,53个基因在骨质疏松症样本中皆上调。PPI网络筛选出具有研究意义的目标靶点基因PRKACA。GO功能与KEGG通路富集分析表明,新橙皮苷通过PRKACA靶点治疗骨质疏松症主要依靠蛋白质磷酸化和蛋白质自身磷酸化等生物过程,作用于内分泌抵抗、癌症中的蛋白聚糖、雌激素信号通路等发挥治疗作用。分子对接结果表明,新橙皮苷与目标靶点PRKACA对应的蛋白有一定的结合能力。(2)碱性磷酸酶染色显示新橙皮苷可以促进间充质干细胞成骨分化早期碱性磷酸酶的表达,茜素红染色显示新橙皮苷可以促进间充质干细胞成骨分化的矿化。RT-qPCR检测结果显示,新橙皮苷可以促进碱性磷酸酶、PRKACA、骨钙素mRNA的表达。(3)结果表明,新橙皮苷可能通过雌激素信号通路上的PRKACA靶点促进成骨分化,从而防治骨质疏松症。

关键词：生物信息学骨质疏松症新橙皮苷骨髓间充质干细胞 PRKACA基因