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自转录活性调节区测序技术在增强子发现研究中的应用

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遗传 2024年第8期46卷 589-602页

作者：王纪龙李青战廷正广西医科大学寄生虫学教研室南宁530021 广西医科大学细胞生物学教研室南宁530021 广西高校区域性疾病基础研究重点实验室(广西医科大学) 南宁530021

自转录活性调节区测序(self-transcribing active regulatory region sequencing,STARR-seq)是一种可发现并同时验证全基因组增强子活性的高通量测序方法。其原理为:将待验证序列插入质粒载体并电转入细胞中,该序列在作为增强子提高靶... 详细信息

自转录活性调节区测序(self-transcribing active regulatory region sequencing,STARR-seq)是一种可发现并同时验证全基因组增强子活性的高通量测序方法。其原理为:将待验证序列插入质粒载体并电转入细胞中,该序列在作为增强子提高靶基因转录的同时,其本身也作为靶基因被增强转录。通过对转录组进行测序,并对比未插入片段的测序结果,可获得增强子在基因组位置及活性的信息。在传统增强子研究方法中,通过对染色质开放区域和转录活性区域进行测序以预测增强子,但只能逐一验证预测结果,无法高通量验证增强子活性。STARR-seq技术解决了上述缺陷,可在对全基因组增强子高通量挖掘的同时,对其活性进行可靠的验证。自STARR-seq技术发明以来,已被广泛运用于不同物种与细胞中的增强子发现及活性验证研究。本文对传统增强子预测方法以及STARR-seq技术的基本原理、发展历史和具体运用进行了介绍,并对其发展前景进行展望,以期为后续增强子相关领域研究人员提供参考。

关键词：自转录活性区域测序增强子转录调控单核苷酸多态性

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天然产物通过抑制PI3K信号通路抗肝纤维化的研究进展

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中国药理学通报 2024年第4期40卷 619-624页

作者：朱武嫦莫孝成苏宏梅韦锦斌广西医科大学药学院药理学教研室广西南宁530021

肝纤维化是慢性肝损伤的一种内在反应,其特征是细胞外基质(extracellular matrix,ECM)的合成、降解和沉积失衡,会导致肝细胞受损和肝脏正常结构被破坏。而肝星状细胞(hepatic stellate cells,HSCs)的异常激活被认为是驱动肝纤维化的关... 详细信息

肝纤维化是慢性肝损伤的一种内在反应,其特征是细胞外基质(extracellular matrix,ECM)的合成、降解和沉积失衡,会导致肝细胞受损和肝脏正常结构被破坏。而肝星状细胞(hepatic stellate cells,HSCs)的异常激活被认为是驱动肝纤维化的关键因素。在肝损伤的过程中,HSCs能够活化并向肌成纤维细胞转化进而产生过量的ECM。炎症和氧化应激在HSCs的激活中发挥重要作用,而HSCs凋亡则有利于肝纤维化的消退。抑制磷脂酰肌醇-3-激酶(phosphatidylinositol-3-kinase,PI3K)信号通路可降低炎症反应、氧化应激,诱导HSCs凋亡,从而改善肝纤维化。来源于植物的天然产物,包括黄酮类和萜类可以抑制PI3K信号通路,对肝纤维化的发生发展起到抑制作用。该文旨在综述PI3K信号通路在肝纤维化中的作用,总结近年来黄酮类化合物和萜类化合物通过抑制PI3K信号通路抗肝纤维化作用的证据,为进一步开发能有效防治肝纤维化的药物提供参考。

关键词：肝纤维化肝星状细胞 PI3K信号通路天然产物黄酮类化合物萜类化合物

敲低线粒体转录因子A(TFAM)抑制人宫颈癌细胞及骨肉瘤细胞自噬及增殖、侵袭和迁移

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细胞与分子免疫学杂志 2024年第4期40卷 311-318页

作者：许颖高榴杨靖瑞汪晶蒋旭禹莉蚌埠医科大学检验医学院肿瘤基础研究与临床检验诊断重点实验室安徽蚌埠233030 蚌埠医科大学临床医学院安徽蚌埠233030 蚌埠医科大学临床检验诊断学教研室安徽蚌埠233030 蚌埠医科大学输血学教研室安徽蚌埠233030

目的研究线粒体转录因子A(TFAM)对宫颈癌HeLa细胞及骨肉瘤U2OS细胞的线粒体功能、自噬、增殖、侵袭、迁移的影响。方法HeLa、U2OS细胞转染TFAM小干扰片段(si-TFAM)下调TFAM表达,Mito-Tracker Red CMXRos染色结合激光共聚焦显微镜检测线... 详细信息

目的研究线粒体转录因子A(TFAM)对宫颈癌HeLa细胞及骨肉瘤U2OS细胞的线粒体功能、自噬、增殖、侵袭、迁移的影响。方法HeLa、U2OS细胞转染TFAM小干扰片段(si-TFAM)下调TFAM表达,Mito-Tracker Red CMXRos染色结合激光共聚焦显微镜检测线粒体膜电位(MMP)、MitoSOX^(TM)Red标记法检测线粒体活性氧(mtROS)水平、实时定量PCR检测线粒体DNA(mtDNA)的表达,免疫荧光细胞化学染色检测自噬体数量的变化。Western blot法检测TFAM、微管相关蛋白1轻链3A/B(LC3A/B)、自噬相关基因2A(ATG2A)、ATG2B、ATG9A、锌指转录因子Snail、基质金属蛋白酶2(MMP2)和MMP9的表达。CCK-8法、平板集落形成实验检测细胞增殖,Transwell^(TM)实验、划痕愈合实验检测细胞侵袭、迁移的变化。结果下调TFAM表达导致HeLa及U2OS细胞MMP减少,mtDNA拷贝数减少,mtROS产生量增加。LC3A/B蛋白含量较对照组明显下降,胞质内自噬体数量明显减少,自噬早期阶段蛋白ATG2B、ATG9A表达量明显减少。HeLa及U2OS细胞Snail、MMP2和MMP9蛋白表达均减少。干扰TFAM表达,抑制HeLa及U2OS细胞的增殖、侵袭、迁移能力。结论下调TFAM表达抑制线粒体功能,延缓自噬进程,降低宫颈癌细胞及骨肉瘤细胞的增殖、侵袭、迁移能力。

关键词：宫颈癌细胞骨肉瘤细胞线粒体转录因子A(TFAM) 自噬侵袭迁移

高糖环境下肝细胞外泌体对胰腺癌细胞迁移与侵袭能力的影响

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中国普通外科杂志 2024年第3期33卷 376-385页

作者：杨昊长许永宁廖嘉华杨馨玥秦雯广西医科大学基础医学院病理生理学教研室广西南宁530021 广西医科大学附属武鸣医院病理科广西南宁530199 广西医科大学第二附属医院病理科广西南宁530005

背景与目的:在肿瘤微环境的影响和调控下,一些非肿瘤细胞通过外泌体在肿瘤的转移中起着关键作用。研究表明在胰腺癌中,高糖微环境可以促进其侵袭和转移。肝脏既是糖代谢的重要器官,也是胰腺癌转移的高发器官,胰腺癌肝转移的机制尚不清... 详细信息

背景与目的:在肿瘤微环境的影响和调控下,一些非肿瘤细胞通过外泌体在肿瘤的转移中起着关键作用。研究表明在胰腺癌中,高糖微环境可以促进其侵袭和转移。肝脏既是糖代谢的重要器官,也是胰腺癌转移的高发器官,胰腺癌肝转移的机制尚不清楚。因此,本研究探讨在高糖微环境下肝细胞分泌的外泌体对胰腺癌细胞侵袭、迁移的影响及机制。方法:将永生化肝细胞MIHA分别在高糖与正常糖培养基中培养后,从上清液中提取外泌体,并通过透射电镜、粒径分析和Western blot对两种培养基来源的外泌体进行鉴定;用荧光染料PKH67标记两种培养基来源的外泌体后,分别与荧光染料DAPI标记的胰腺癌细胞PANC-1共培养,通过实时激光扫描共聚焦显微镜观察PANC-1细胞对外泌体的吞噬情况。将PANC-1细胞分别与高糖培养基来源的外泌体(高糖组)及正常糖培养基来源的外泌体(正常糖组)共培养,以未加外泌体培养的PANC-1细胞为阴性对照组,随后分别用划痕试验、Transwell实验检测各组PANC-1细胞的迁移与侵袭能力,用Western blot检测各组PANC-1细胞中上皮-间充质转化(EMT)相关蛋白E-cadherin和N-cadherin的表达。结果:透射电镜显示,从MIHA细胞的两种培养基上清液中均提取出较多具有脂质双层膜结构的球形囊泡,直径为40~150 nm;Western blot显示提取物的外泌体标志蛋白CD9和CD63均为阳性;实时激光扫描共聚焦显微镜观察到两种培养基来源的外泌体均可被PANC-1细胞摄取。划痕试验与Transwell实验结果显示,高糖组PANC-1细胞的迁移率、迁移细胞数、侵袭细胞数均明显高于阴性对照组(均P学意义(均P>0.05)结论:高糖环境下肝细胞来源的外泌体能够促进胰腺癌细胞的侵袭、迁移,其作用机制可能与调控胰腺癌细胞EMT相关蛋白的表达有关。

关键词：胰腺肿瘤肿瘤微环境高血糖症外泌体肿瘤浸润上皮-间质转化

FSHR基因多态性、BMI及性激素与多囊卵巢综合征发病风险的相关性分析

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解放军医学杂志 2024年第1期49卷 50-56页

作者：昝志芳土增荣王淇蓉段毓刘建兵李莉山西医科大学基础医学院医学细胞生物与遗传学教研室山西太原030001 山西医科大学第一医院生殖医学科山西太原030001

目的探讨体重指数(BMI)、性激素及卵泡刺激素受体(FSHR)基因rs2268361和rs2349415位点的单核苷酸多态性(SNP)与多囊卵巢综合征(PCOS)发病风险的相关性。方法收集2021年3-8月山西医科大学第一医院生殖医学科门诊就诊的213例PCOS患者(PCOS... 详细信息

目的探讨体重指数(BMI)、性激素及卵泡刺激素受体(FSHR)基因rs2268361和rs2349415位点的单核苷酸多态性(SNP)与多囊卵巢综合征(PCOS)发病风险的相关性。方法收集2021年3-8月山西医科大学第一医院生殖医学科门诊就诊的213例PCOS患者(PCOS组)与207名健康对照者(对照组)的外周血,随机收集PCOS组与对照组各32例卵泡液。计算PCOS组与对照组的BMI;采用免疫化学发光法检测两组外周血卵泡刺激素(FSH)、黄体生成素(LH)、雌二醇(E_(2))、睾酮(T)、孕酮(P)和泌乳素(PRL)水平;采用聚合酶链式反应(PCR)和高分辨熔解曲线(HRM)分析两组FSHR基因rs2268361和rs2349415位点多态性;采用实时定量PCR检测两组外周血及卵巢颗粒细胞FSHR mRNA表达水平。结果LH与LH/FSH呈明显正相关(r=0.88,P学意义(P<0.05);PCOS组卵巢颗粒细胞中FSHR mRNA表达水平明显高于对照组(P=0.004),其中rs2349415 TT基因型FSHR mRNA表达水平高于CC(P=0.002)和CT基因型(P=0.035)。结论高水平的BMI、LH、E2及rs2349415位点T等位基因可增加PCOS的发病风险。

关键词：多囊卵巢综合征卵泡刺激素受体单核苷酸多态性性激素

TRPV1对肝细胞性肝癌生物学行为的影响及可能的机制预测

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中华疾病控制杂志 2024年第6期28卷 691-701页

作者：韦丽铃刘美良李德远杨钰肖苏洋黎婵华吴思黔宋安华曾小云广西医科大学公共卫生学院南宁530021 广西医科大学公共卫生学院儿少卫生与妇幼保健学教研室南宁530021 广西医科大学公共卫生学院流行病学与卫生统计学教研室南宁530021

目的明确瞬时受体电位香草醛亚家族1(transient receptor potential vanilloid 1,TRPV1)在肝细胞性肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达及与预后的关系,探讨其对HCC细胞生物学行为的影响。方法利用癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)、基因型组织表达(genotype-tissue expression,GTEx)及基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)验证TRPV1在HCC中的表达及与预后的关系。通过CCK-8实验、划痕实验、Transwell实验、流式细胞术检测TRPV1对HCC细胞增殖、迁移、侵袭和细胞周期的影响,蛋白质印迹法(western blot,WB)检测细胞周期调节蛋白激酶4(cyclin-dependent kinase 4,CDK4)、细胞周期素依赖激酶6(cyclin-dependent kinase 6,CDK6)的表达,裸鼠皮下成瘤实验检测肿瘤增殖能力。最后,构建TRPV1共表达网络并进行富集分析。结果TCGA、GTEx和GEO数据库中,TRPV1在HCC组织中表达水平均下调(均P<0.001),且与患者总生存时间更短有关(P=0.032),受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积为0.91。过表达TRPV1可抑制HCC细胞增殖、迁移和侵袭能力,阻滞细胞周期进展,CDK4和CDK6蛋白表达水平下降(均P<0.05),敲低TRPV1则相反(均P<0.05)。稳定过表达TRPV1后裸鼠皮下瘤体体积减小(P=0.015),质量减轻(P=0.033),Ki-67蛋白阳性表达水平下调(P=0.010)。TRPV1共表达基因主要参与核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)剪接、细胞周期蛋白结合、细胞增殖等过程。结论TRPV1抑制了HCC细胞的增殖、迁移和侵袭能力,并阻滞细胞周期的进程,在HCC中发挥抑癌作用,为HCC预后分析、治疗提供了新方向。

关键词： TRPV1 肝癌增殖迁移细胞周期

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过敏性鼻炎和哮喘患者外周血及致敏小鼠血液或肺组织B细胞中TLR9的表达研究

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西安交通大学学报(医学版) 2024年第2期45卷 250-257页

作者：田慧梅何韶衡张慧云锦州医科大学基础医学院免疫教研室锦州医科大学附属第一医院变态反应与临床免疫中心

目的探究过敏性鼻炎(allergy rhinitis, AR)、过敏性哮喘(allergy asthma, AA)、AR合并AA(AR combined with AA,ARA)患者外周血和致敏小鼠血液或肺组织B淋巴细胞(B细胞)中Toll样受体9(Toll-like receptor 9,TLR9)的表达及过敏原对其表达的影响。方法招募来自锦州医科大学附属第一医院门诊和发作急性期住院的100例志愿者，包括点刺实验阴性的19例健康对照(health control, HC)志愿者、点刺实验阳性的40例AR患者、26例AA患者、15例ARA患者。流式分析仪检测经屋尘螨过敏原提取物(home dust mite allergen extract, HDME)、大籽蒿过敏原提取物(Artemisia sieversiana wild allergen extract, ASWE)、梧桐过敏原提取物(Platanus pollen allergen extract, PPE)刺激前后患者外周血B细胞中TLR9的表达；并采用野生(WT)小鼠和FcεRI基因敲除(FcεRI-KO)小鼠建立AR和AA致敏模型，检测过敏原以及FcεRI对B细胞中TLR9表达的影响。结果 AR、AA、ARA患者外周血B细胞中TLR9的表达和平均荧光强度(mean fluorescence intensity, MFI)均较HC组有所增高；过敏原激发后，AR、AA患者血液B细胞中TLR9的表达和MFI升高(P学意义，而几乎每组MFI均升高；与NS对照组相比，过敏原激发后FcεRI基因敲除的AA小鼠肺组织中TLR9+B细胞表达差异无统计学意义，但其MFI升高。FcεRI-KO小鼠与WT小鼠相比，过敏原激发后B细胞中TLR9+MFI较低。结论 B细胞中TLR9可能参与AR、AA的发生，检测B细胞中TLR9的表达可能成为诊断AR、AA的新方向。

关键词： Toll样受体(TLR9) B淋巴细胞(B细胞) 过敏性鼻炎(AR) 过敏性哮喘(AA)

BMP9下调HIF-1α抑制乳腺癌MDA-MB-231细胞的有氧糖酵解和迁移侵袭

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中国药理学通报 2024年第5期40卷 840-846页

作者：余涛陈远香刘施妍余伙梅廖德宇杨诗雨曾涛魏兰张彦重庆医科大学检验医学院临床检验诊断学教育部重点实验室重庆400016

目的研究骨形成蛋白BMP9对三阴性乳腺癌MDA-MB-231细胞有氧糖酵解和迁移侵袭的调控作用。方法实验组使用人BMP9重组腺病毒(AdBMP9)感染MDA-MB-231细胞,对照组用空载的GFP腺病毒感染细胞。采用乳酸、葡萄糖和ATP检测试剂盒检测细胞的葡... 详细信息

目的研究骨形成蛋白BMP9对三阴性乳腺癌MDA-MB-231细胞有氧糖酵解和迁移侵袭的调控作用。方法实验组使用人BMP9重组腺病毒(AdBMP9)感染MDA-MB-231细胞,对照组用空载的GFP腺病毒感染细胞。采用乳酸、葡萄糖和ATP检测试剂盒检测细胞的葡萄糖摄取量、乳酸和ATP生成量;通过GEPIA2数据库,分析BMP9在泛癌中与糖酵解关键酶基因的相关性;qRT-PCR检测过表达BMP9后,MDA-MB-231中糖酵解关键酶GLUT1、HK2、PKM2、LDHA的mRNA表达水平;STRING数据库分析BMP9抑制MDA-MB-231有氧糖酵解潜在靶点;Western blot检测细胞HIF-1α和下游蛋白表达水平;划痕实验和Transwell实验评估不同处理后,细胞的迁移与侵袭能力的改变。结果与对照组相比,BMP9下调乳腺癌MDA-MB-231细胞的葡萄糖摄取、乳酸生成及ATP水平(P<0.01),抑制HIF-1α及其下游蛋白表达;Rescue实验中,过表达HIF-1α能逆转BMP9对MDA-MB-231细胞有氧糖酵解和迁移侵袭的抑制作用。结论BMP9下调HIF-1α抑制乳腺癌细胞MDA-MB-231有氧糖酵解和迁移侵袭能力。

关键词：乳腺癌 BMP9 HIF-1α 有氧糖酵解迁移侵袭

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SNHG3介导的自噬促进乳腺癌细胞的增殖、迁移和侵袭

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中国药理学通报 2024年第6期40卷 1097-1104页

作者：陈远香余伙梅刘施妍廖德宇余涛杨诗雨曾涛张彦重庆医科大学检验医学院临床检验诊断学教育部重点实验室重庆400016

目的探讨LncRNA SNHG3调控自噬对人乳腺癌细胞MCF-7增殖、迁移、侵袭及EMT的影响。方法使用生物信息学方法及实时荧光定量PCR(RT-qPCR)分析SNHG3在乳腺癌及乳腺癌细胞MCF-7中的表达;采用RNAi技术构建敲低SNHG3(siSNHG3)及对照(siNC)的MC... 详细信息

目的探讨LncRNA SNHG3调控自噬对人乳腺癌细胞MCF-7增殖、迁移、侵袭及EMT的影响。方法使用生物信息学方法及实时荧光定量PCR(RT-qPCR)分析SNHG3在乳腺癌及乳腺癌细胞MCF-7中的表达;采用RNAi技术构建敲低SNHG3(siSNHG3)及对照(siNC)的MCF-7重组细胞株,Western blot及细胞免疫荧光检测自噬标志;使用自噬体-溶酶体融合抑制剂BafA1或早期自噬体形成抑制剂3-MA处理敲低或不敲低SNHG3的MCF-7细胞,Western blot检测LC3-Ⅱ或p62表达,观察对自噬囊泡形成或自噬降解的影响;克隆形成实验、CCK-8实验、划痕愈合实验及Transwell实验检测siSNHG3联合或不联合BafA1或3-MA对MCF-7细胞增殖、横向迁移、纵向迁移及侵袭的影响,Western blot检测其对MCF-7细胞EMT的影响。结果生物信息学分析及RT-qPCR证实,SNHG3在乳腺癌及乳腺癌细胞MCF-7中高表达;Western blot及细胞免疫荧光证实,敲低SNHG3可激活乳腺癌的自噬;克隆形成、CCK-8、划痕愈合及Transwell实验证实,下调SNHG3表达可通过激活自噬抑制肿瘤的增殖、迁移和侵袭;Western blot证实,SNHG3通过负调控自噬促进乳腺癌的EMT进程。结论SNHG3在乳腺癌中异常高表达并负调控自噬,并可通过负调控自噬增强乳腺癌细胞的增殖、迁移、侵袭和EMT过程,提示SNHG3是乳腺癌诊断和治疗的潜在靶点。

关键词：乳腺癌长链非编码RNA SNHG3 自噬增殖迁移侵袭 EMT

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