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LncRNAs调控卵巢癌细胞卡铂耐药的机制和功能研究

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广西医科大学学报 2025年第1期42卷 74-86页

作者：洪旖陈翠兰尹富强刘夏广西医科大学基础医学院转化医学研究中心“长寿与老年相关疾病”教育部重点实验室神经科学研究所“广西脑科学研究”重点实验室广西高校人体发育与疾病研究重点实验室南宁530021 广西医科大学生命科学研究院南宁530021 广西医科大学区域性高发肿瘤早期防治研究教育部重点实验室南宁530021 广西医科大学再生医学与医用生物资源开发应用省部共建协同创新中心广西再生医学重点实验室南宁530021

目的:基于表达谱芯片筛选卵巢癌卡铂耐药中的差异长链非编码RNA(lncRNAs)并进行功能富集分析,从整体上了解lncRNA响应卵巢癌铂类耐药的信号途径;筛选卡铂耐药调控关键lncRNAs并进行相关功能研究,初步探究分子机制。方法:表达谱芯片筛选... 详细信息

目的:基于表达谱芯片筛选卵巢癌卡铂耐药中的差异长链非编码RNA(lncRNAs)并进行功能富集分析,从整体上了解lncRNA响应卵巢癌铂类耐药的信号途径;筛选卡铂耐药调控关键lncRNAs并进行相关功能研究,初步探究分子机制。方法:表达谱芯片筛选两对卵巢癌卡铂耐药和敏感细胞(HeyA8-CBP/HeyA8及SKOV3-CBP/SKOV3)中差异表达lncRNAs;基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对差异表达的lncRNAs进行功能注释和通路富集;实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测lncRNAs的表达,蛋白免疫印迹法(western blotting)检测蛋白表达。慢病毒转染构建lncRNA DAPK1-IT1过表达细胞,克隆形成实验检测细胞增殖能力,流式细胞术检测细胞周期变化。结果:通过表达谱芯片分析,筛选出在两株耐药细胞中稳定差异表达lncRNAs 161个,其中表达上调lncRNAs 107个,表达下调lncRNAs 54个。KEGG通路富集结果表明,差异表达的lncRNAs显著富集于p53信号通路、溶酶体、粘着斑等经典耐药途径以及PPAR免疫相关信号通路。基于表达谱芯片和RT-qPCR验证,筛选出在两株卡铂耐药细胞中表达均显著下调4倍以上的lncRNA DAPK1-IT1进行功能验证。在卡铂处理下,过表达lncRNA DAPK1-IT1的卵巢癌卡铂耐药细胞SKOV3-CBP的克隆形成能力显著降低,并导致细胞周期阻滞于G2/M期;western blotting结果表明,lncRNA DAPK1-IT1显著影响细胞周期和细胞自噬相关蛋白的表达。结论:lncRNA DAPK1-IT1在卵巢癌卡铂耐药细胞中的表达稳定下调,其表达抑制卡铂耐药细胞克隆形成,阻滞细胞周期,影响细胞自噬,是卵巢癌卡铂耐药调控的潜在关键因子,而p53信号通路、溶酶体、PPAR信号通路和IL-18可能是lncRNAs调控卡铂耐药的潜在途径,研究结果为进一步理解卵巢癌耐药调控提供了新的思路。

关键词：卵巢癌卡铂耐药长链非编码RNA DAPK1-IT1

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红桂木凝集素对肿瘤细胞增殖的影响

基因组学与应用生物学 2017年第8期36卷 3352-3357页

作者：刘芳尘尹利君张洋洋言畅魏永钧曾麒燕广西医科大学生物化学与分子生物学教研室南宁530021 广西医科大学基础医学院南宁530021 广西高校生物分子医学研究重点实验室南宁530021

本实验旨在研究红桂木凝集素(Artocarpus lingnanensis lectin,ALL)对人鼻咽鳞癌细胞株CNE1和肝腹水腺癌细胞株SK-Hep-1增殖的影响。利用亲和层析纯化红桂木凝集素;不同浓度ALL处理CNE1和SK-Hep-1细胞48 h后,倒置显微镜观察ALL对CNE1和S... 详细信息

本实验旨在研究红桂木凝集素(Artocarpus lingnanensis lectin,ALL)对人鼻咽鳞癌细胞株CNE1和肝腹水腺癌细胞株SK-Hep-1增殖的影响。利用亲和层析纯化红桂木凝集素;不同浓度ALL处理CNE1和SK-Hep-1细胞48 h后,倒置显微镜观察ALL对CNE1和SK-Hep-1细胞形态的影响,CCK8法检测不同浓度ALL对CNE1和SK-Hep-1增殖的影响。经纯化的红桂木凝集素,凝集红细胞活力为:29~211。倒置显微镜观察发现,随着ALL浓度的增加,细胞形态变小且皱缩,透光性差,出现细胞碎片。CCK8法表明,低剂量ALL对细胞无抑制作用,高剂量ALL明显抑制CNE1和SK-Hep-1细胞的增殖,呈剂量-浓度依赖关系。由此得出高浓度ALL能抑制鼻咽癌细胞株CNE1,肝癌细胞株SK-Hep-1的增殖的结论。

关键词：红桂木凝集素(Artocarpus lingnanensis lectin) 分离纯化鼻咽鳞癌肝腹水腺癌细胞增殖

miR-1307-3p通过靶向ISM1促进乳腺癌细胞的增殖和迁移

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天津医药 2022年第2期50卷 113-119页

作者：陆旭阳刘奕李晓辉黄欣黄翠霞马书祥窦伟瑜曾麒燕广西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室 530021 广西医科大学广西高校生物分子医学研究重点实验室

目的探讨miR-1307-3p通过靶向ISM1促进乳腺癌细胞增殖和迁移的分子机制。方法 (1)利用TCGA数据库分析miR-1307-3p在乳腺癌患者中的表达水平及其与临床指标的关系。(2)利用qPCR、CCK-8实验、细胞划痕实验和流式细胞术检测过表达或沉默miR... 详细信息

目的探讨miR-1307-3p通过靶向ISM1促进乳腺癌细胞增殖和迁移的分子机制。方法 (1)利用TCGA数据库分析miR-1307-3p在乳腺癌患者中的表达水平及其与临床指标的关系。(2)利用qPCR、CCK-8实验、细胞划痕实验和流式细胞术检测过表达或沉默miR-1307-3p后乳腺癌MCF-7细胞miR-1307-3p表达、细胞增殖、迁移和凋亡水平变化。(3)生物信息学分析软件预测miR-1307-3p的靶基因,同时采用双荧光素酶实验进行验证。结果miR-1307-3p在乳腺癌细胞及乳腺癌组织中均显著上调。miR-1307-3p过表达可促进MCF-7细胞增殖和迁移;而miR-1307-3p inhibitor则抑制细胞迁移,并诱导凋亡。ISM1可能是miR-1307-3p的靶基因。乳腺癌组织中ISM1表达水平明显低于正常乳腺组织,且与临床病理分期有关。结论 miR-1307-3p可促进乳腺癌细胞增殖和迁移,可能通过调控ISM1基因而影响乳腺癌的发生发展。

关键词：乳腺肿瘤微RNAs 细胞增殖细胞运动 miR-1307-3p Isthmin 1

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急性髓系白血病患者LINC00324表达水平与染色体核型及预后的关系

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基因组学与应用生物学 2021年第7期40卷 2837-2844页

作者：谢佳莹周吉成蓝玥张洋洋刘芳尘刘奕鲍卫曾麒燕广西医科大学生物化学与分子生物学教研室南宁530021 广西医科大学第一附属医院血液科南宁530021 广西医科大学广西高校生物分子医学研究重点实验室南宁530021

长链非编码RNA LINC00324在急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)发生发展中的作用尚不明确。为探讨AML患者LINC00324表达水平与染色体核型及预后的关系,首先采用实时荧光定量PCR法检测46例AML患者LINC00324的表达水平,并分析其... 详细信息

长链非编码RNA LINC00324在急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)发生发展中的作用尚不明确。为探讨AML患者LINC00324表达水平与染色体核型及预后的关系,首先采用实时荧光定量PCR法检测46例AML患者LINC00324的表达水平,并分析其与染色体核型及基因变化的关系;其次利用cBioPortal数据库分析173名AML患者LINC00324水平与各临床指标的关系。实验结果显示,AML患者LINC00324的表达水平明显降低(P<0.001),尤其在预后不良组显著下调(P<0.05);利用cBioPortal数据库分析也表明LINC00324水平在预后中等组和预后不良组中均显著下调(P<0.01),且预后不良组LINC00324水平更低(P<0.05)。在预后不良组中,单体核型患者LINC00324表达水平比非单体核型患者明显降低(P<0.05)。此外,LINC00324表达水平在FLT3-ITD阳性患者、M0、M1、M2型患者中明显下调(P<0.05);LINC00324水平与WT1表达量、C-KIT表达量和骨髓原始细胞数目均呈显著负相关(P<0.001)。LINC00324可能参与AML的发生和发展,有望作为AML患者预后评估的潜在指标。

关键词：急性髓系白血病长链非编码RNA 染色体核型预后

利用CRISPR-Cas9技术敲除MAS1基因的质粒构建与酶切方案优化的研究

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基因组学与应用生物学 2019年第4期38卷 1552-1559页

作者：孙芳廖维芳张洋洋赵瑞强贺淑嘉廖志红林文珍广西医科大学生物化学与分子生物学教研室南宁530021 广西高校生物分子医学研究重点实验室南宁530021

CRISPR-CAS9技术是新一代基因编辑技术,可简便快捷地对哺乳动物细胞进行指定基因的敲除,实现沉默外源基因表达的目的。但传统的CRISPR-CAS9技术提供的酶切方案没有特异性,致使酶切效率不稳定,影响胶回收率以及后续实验。本实验通过改变... 详细信息

CRISPR-CAS9技术是新一代基因编辑技术,可简便快捷地对哺乳动物细胞进行指定基因的敲除,实现沉默外源基因表达的目的。但传统的CRISPR-CAS9技术提供的酶切方案没有特异性,致使酶切效率不稳定,影响胶回收率以及后续实验。本实验通过改变酶切体系大小,以及酶切反应时间,继而通过胶回收率及测序检测的方法验证最佳酶切条件,最后通过荧光定量PCR和Western blotting实验检测目的基因的表达量,确认是否成功敲除目的基因。研究结果说明:BbsⅠ酶与px459质粒比值为1μL:500 ng,酶切体系为50μL,酶切时间为45 min时,酶切效果最佳、胶回收率最高,且此时目的基因在细胞内的表达量为0,确定该实验条件下目的基因被成功敲除。

关键词： CRISPR-Cas9技术优化酶切效率胶回收效率

青皮苦瓜鲨烯合酶基因ORF序列的克隆和正选择分析

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基因组学与应用生物学 2016年第8期35卷 2114-2124页

作者：钱洁颖马成通晁耐霞陈奇聪蓝秀万孙健吴耀生广西医科大学生物化学与分子生物学教研室南宁530021 广西高校生物分子医学研究重点实验室南宁530021

为研究葫芦科植物中三萜皂苷生物合成通路中的关键酶鲨烯合酶的分子进化,克隆青皮苦瓜鲨烯合酶基因的c DNA序列,并进行正选择分析。根据葫芦科植物之间的同源性设计青皮苦瓜鲨烯合酶引物。采用3'RACE和5'RACE快速扩增技术分两步进行巢式... 详细信息

为研究葫芦科植物中三萜皂苷生物合成通路中的关键酶鲨烯合酶的分子进化,克隆青皮苦瓜鲨烯合酶基因的c DNA序列,并进行正选择分析。根据葫芦科植物之间的同源性设计青皮苦瓜鲨烯合酶引物。采用3'RACE和5'RACE快速扩增技术分两步进行巢式PCR扩增鲨烯合酶ORF序列。根据克隆出来的青皮苦瓜编码框序列以及在Gen Bank数据库中完整的陆生植物鲨烯合酶编码框序列信息,用贝叶斯方法和PAML4软件进行鲨烯合酶的正选择分析。青皮苦瓜鲨烯合酶基因c DNA的克隆,命名为Mc SS,其c DNA序列全长为1 548 bp,ORF 1 251 bp,编码417个氨基酸残基。通过正选择运算,检测到33个正选择位点,其正选择位点主要集中在第二跨膜区及其两侧。本研究成功克隆得到青皮苦瓜鲨烯合酶基因全长c DNA序列并对其正选择分析,在三萜合成通路上为鲨烯合酶的定点突变提供重要参考。

关键词：青皮苦瓜基因克隆鲨烯合酶正选择

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Lnc01089在肝癌细胞中的表达分析

基因组学与应用生物学 2018年第4期37卷 1649-1655页

作者：张洋洋吕智略孙芳周素芳曾麒燕广西医科大学生物化学与分子生物学教研室南宁530021 广西高校生物分子医学研究重点实验室南宁530021

为探讨Lnc01089与肝癌细胞侵袭的关系,本研究分析了Lnc01089在肝癌细胞株和肝癌组织中的表达情况。从肝癌细胞株HepG2、Huh7、SMMC-7721和15例成对的肝癌组织及其癌旁组织中提取总的RNA,经逆转录得到cDNA,通过qRT-PCR实验,分析Lnc01089... 详细信息

为探讨Lnc01089与肝癌细胞侵袭的关系,本研究分析了Lnc01089在肝癌细胞株和肝癌组织中的表达情况。从肝癌细胞株HepG2、Huh7、SMMC-7721和15例成对的肝癌组织及其癌旁组织中提取总的RNA,经逆转录得到cDNA,通过qRT-PCR实验,分析Lnc01089在肝癌组织和这三种肝癌细胞株中的表达水平。结果发现Huh7、SMMC-7721中Lnc01089的表达量明显低于HepG2;肝癌组织中Lnc01089的平均表达量也明显低于癌旁组织,差异均有统计学意义（p〈0.05）。结果提示Lnc01089表达水平的降低与肝细胞的恶性程度有关。因此Lnc01089可能与肝癌的发生、发展有密切联系,有望为肝癌治疗提供新的靶点。

关键词：长链非编码RNA 肝癌 qRT-PCR

优化脂质体对肝癌细胞株HepG2细胞转染效率

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基因组学与应用生物学 2016年第9期35卷 2229-2234页

作者：廖维芳李建玲孙芳吴正远林文珍广西医科大学生物化学与分子生物学教研室南宁530021 广西高校生物分子医学研究重点实验室南宁530021

摸索用Lipofectamine 2000(Lipo)转染质粒pEGFP-C1到肝癌细胞HepG2较为合适的转染条件。以HepG2细胞为研究对象,采用脂质体Lipofectamine 2000转染pEGFP-C1质粒,在24孔板先按每孔0.5μg固定pEGFP-C1质粒用量,摸索Lipo在1μL、1.5μL、2μL、2.5μL量上较为合适的用量,确定Lipo用量后,然后固定Lipo为1μL,摸索质粒用量0.5μg、1μg,确定脂质体与质粒的最佳比例。此外,对转染中培养基是否含血清,Lipofectamine 2000与pEGFP-C1质粒比例为1:0.5的基础上,扩大用量,即Lipofectamine 2000 2μL和pEGFP-C1质粒1μg,以及脂质体复合物孵育细胞时间进行优化。最后,采用荧光倒置显微镜观察细胞转染效率和方差分析及秩和检验的统计学方法进行统计分析。结果显示,pEGFP-C1质粒固定为0.5μg时,Lipo用量在1μL及1.5μL用量组转染效率最好,之后随着Lipo用量加大,转染效率下降;固定Lipo用量1μL,pEGFP-C1质粒0.5μg时转染效率最好(p研究发现培养基是否含血清不影响转染效率。本研究表明在24孔板板中用Lipofectamine 2000转染HepG2细胞时较为合适的转染条件为每孔1μL Lipofectamine 2000和0.5μg质粒,脂质体与质粒的最佳比例为2:1,血清不影响转染效率,用含血清培养基转染后6 h换液培养。

关键词： HepG2细胞 Lipofectamine 2000 转染效率 pEGFP-C1质粒

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白桂木凝集素基因cDNA克隆及其性质预测

基因组学与应用生物学 2015年第6期34卷 1251-1257页

作者：刘小芹罗育蓝秀万廖烈君尹利君曾麒燕广西医科大学生物化学与分子生物学教研室南宁530021 广西高校生物分子医学研究重点实验室南宁530021

为了探索白桂木凝集素在分子水平的作用机制,本研究采用cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends,RACE)方法首次克隆了白桂木凝集素(Atrocarpus hypargyreus lectin,AHL)cDNA序列的全长。序列分析与预测结果表明,AHL cDNA序... 详细信息

为了探索白桂木凝集素在分子水平的作用机制,本研究采用cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends,RACE)方法首次克隆了白桂木凝集素(Atrocarpus hypargyreus lectin,AHL)cDNA序列的全长。序列分析与预测结果表明,AHL cDNA序列全长933 bp,含有一个编码40个氨基酸的信号肽和1个编码235个氨基酸的708 bp开放阅读框(ORF);AHL分子量为25 579.2 Da。同源性分析表明AHL与木菠萝家族相关凝集素氨基酸序列有很高的同源性。

关键词： AHL cDNA克隆 RACE技术生物信息学