检索结果-南通市图书馆

3种灵长类动物SAGE1与INTS3相互作用保守性的验证

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

上海交通大学学报（医学版） 2024年第4期44卷 444-453页

作者：李晓畅李明月雷鸣武健上海交通大学医学院附属第九人民医院上海精准医学研究院上海200125

目的·研究恒河猴(Rhesus)、狨猴(Marmoset)、倭狐猴(Mouse Lemur)这3种代表性灵长类动物的癌-睾丸抗原(cancer-testis antigen,CTA)家族成员之一的肉瘤抗原1(sarcoma antigen 1,SAGE1)的进化,及其与整合体复合物(integrator complex,INT)亚基INTS3之间的相互作用的保守性。方法·首先在HEK293T细胞中利用免疫共沉淀(coimmunoprecipitation,Co-IP)的方法验证3种灵长类动物的SAGE1和INTS3相互作用。随后在互作蛋白截短的片段上分别添加His-SUMO和GST标签,并在大肠埃希菌中进行表达,经过系列纯化步骤得到目标蛋白。通过表面等离子体共振(surface plasmon resonance,SPR)实验测定目标蛋白之间的结合强弱,借助广角激光散射凝胶排阻层析(size exclusion chromatographywithmulti-anglelightscattering,SEC-MALS)技术检测复合物的结合比例,并利用分子对接技术预测SAGE1和INTS3截短体的结合模型。分析人类INTS3和SAGE1互作界面,挑选在灵长类中也相对保守的关键互作氨基酸位点,将其突变后再次使用Co-IP分析INTS3和SAGE1的结合情况。结果·通过Co-IP方法,确定3种灵长类动物中INTS3和SAGE1全长蛋白之间存在相互作用。截短体蛋白经过外源诱导表达和多步纯化,获得高纯度蛋白样品;经过SPR对其进行结合和解离检测分析,得到了它们的解离常数在微摩尔级别;并且SEC-MALS结果显示INTS3与SAGE1的结合比例为2∶1。使用分子对接预测SAGE1和INTS3截短体结合模型,发现该复合物具有典型的“蝴蝶型结构”,由INTS3二聚体组成“蝴蝶身体”,由SAGE1组成“蝴蝶头部”,结合界面中疏水相互作用构成了主要的互作模式。分析突变后的SAGE1与INTS3全长蛋白相互作用,它们之间的结合明显减弱。结论·恒河猴、狨猴、倭狐猴中INTS3与SAGE1存在相互作用,并且相互作用具有高度的保守性。

关键词：肉瘤抗原1 整合体复合物亚基3 相互作用

利用秀丽隐杆线虫模型研究CT14在发育中的功能

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

上海交通大学学报（医学版） 2024年第7期44卷 871-882页

作者：杨舒雯陈娟杨琴雷鸣黄晨辉上海交通大学医学院附属第九人民医院上海精准医学研究院上海200125

目的·使用模式生物秀丽隐杆线虫(简称线虫)研究癌-睾丸抗原14(cancer-testis antigen 14,CT14)对其胚胎及幼虫发育的影响,探索CT14在发育中的潜在功能和作用机制。方法·利用显微注射构建可诱导表达人源CT14(HsCT14)、缺失CT14特异性... 详细信息

目的·使用模式生物秀丽隐杆线虫(简称线虫)研究癌-睾丸抗原14(cancer-testis antigen 14,CT14)对其胚胎及幼虫发育的影响,探索CT14在发育中的潜在功能和作用机制。方法·利用显微注射构建可诱导表达人源CT14(HsCT14)、缺失CT14特异性中间序列(CT14-specific intermediate region,CIR)的截短突变体HsCT14_(ΔCIR)及绿色荧光蛋白对照的转基因线虫品系,观察并比较全长和截短突变体CT14表达后对线虫虫卵的胚胎发育及幼虫发育过程的影响。构建可诱导表达食蟹猕猴(Macaca fascicularis)和倭狐猴(Microcebus murinus)CT14的线虫品系,比较异源表达不同灵长类种属来源的CT14对线虫虫卵孵化率及幼虫成虫率的影响。通过Smart-seq转录组测序技术分析CT14表达引起的线虫胚胎的基因表达差异,并采用京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析和基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA),进一步探索线虫胚胎中受CT14影响的相关生物学过程及通路。结果·HsCT14及其截短突变体HsCT14_(ΔCIR)的诱导表达显著降低了线虫虫卵孵化率,其中HsCT14的表达对孵化率的影响较大。微分干涉对比(differential interference contrast,DIC)显微技术观察显示,表达HsCT14的线虫胚胎在发育的comma期表现出明显的形态学异常。HsCT14及其截短突变体HsCT14_(ΔCIR)表达后的线虫幼虫成虫率显著低于绿色荧光蛋白对照组,并出现生长阻滞现象,其中HsCT14的表达对成虫率的影响较大。食蟹猕猴CT14(MfCT14)的表达对线虫虫卵孵化率及幼虫成虫率的影响与人源HsCT14相似,而倭狐猴CT14(MmCT14)的表达对上述指标的影响显著低于HsCT14和MfCT14。Smart-seq转录组测序结果显示,CT14的表达可能影响线虫胚胎的多个生物学过程,涉及ATP依赖的染色质重塑过程和DNA复制通路等。结论·CT14的异源表达显著干扰线虫的胚胎发育和幼虫发育,CIR起了关键的增强作用。推测CT14可能通过影响染色质重塑等多个通路的基因表达,在发育生物学中发挥重要调节作用。

关键词：癌-睾丸抗原癌-睾丸抗原14 秀丽隐杆线虫胚胎发育幼虫发育

CTCF调控小鼠AML12肝细胞系脂质代谢功能与基因表达

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

上海交通大学学报（医学版） 2024年第9期44卷 1069-1082页

作者：陈怀煌左武卞迁上海交通大学医学院附属第九人民医院上海精准医学研究院上海200011

目的·明确CCCTC结合因子(CCCTC-binding factor,CTCF)对肝细胞脂质代谢的调控作用,并探究CTCF调控肝细胞基因表达的作用机制。方法·通过慢病毒将稳定表达Ctcf shRNA的DNA序列整合到小鼠永生化的AML12肝细胞系中,实现对Ctcf的稳定敲低... 详细信息

目的·明确CCCTC结合因子(CCCTC-binding factor,CTCF)对肝细胞脂质代谢的调控作用,并探究CTCF调控肝细胞基因表达的作用机制。方法·通过慢病毒将稳定表达Ctcf shRNA的DNA序列整合到小鼠永生化的AML12肝细胞系中,实现对Ctcf的稳定敲低。通过反转录实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)及蛋白质印迹法(Western blotting)验证Ctcf的敲低效率。碘化丙啶(propidium iodide,PI)染色测定细胞周期,使用CCK-8法绘制细胞生长曲线,检测Ctcf敲低对细胞生长的影响。油红O染色标记细胞内脂质,检测CTCF对AML12细胞脂质代谢和脂滴累积的影响。使用CUT&Tag测序技术分析Ctcf敲低后CTCF在全基因组的结合变化。结合RNA测序(RNA-seq)的转录组数据分析CTCF结合变化后的转录组变化,使用基因本体论(GO)、京都基因和基因组数据库(KEGG)富集分析及基因集富集分析(GSEA)揭示Ctcf敲低对AML12肝细胞基因的表达影响,并探究差异基因与CTCF结合变化间的关联。结果·RT-qPCR结果表明Ctcf在mRNA水平敲低了63.4%,Western blotting验证了CTCF在蛋白表达层面降低了57.7%(均P<0.05)。生长曲线及周期实验确定了Ctcf敲低后细胞增殖阻滞于G1/G0期。并且AML12细胞在Ctcf敲低后自发出现细胞内脂质蓄积(P<0.05)。CTCF在全基因组的结合呈现出显著变化,大多数CTCF结合差异区域表现出CTCF结合减少,但仍有部分区域CTCF结合增加。转录组数据显示Ctcf敲低导致1344个基因出现显著的表达变化,在上调基因中富集出与脂滴堆积相关的脂质代谢通路。CTCF结合上调峰关联的差异基因富集在脂质转运与脂质定位相关通路,而CTCF结合下调峰关联的差异基因主要富集在DNA损伤修复、细胞凋亡、细胞周期等生物学过程,但CTCF在基因组的结合变化并不足以导致邻近基因的表达上调或下调。结论·CTCF通过调控脂质代谢相关基因的表达影响肝细胞的代谢功能,然而CTCF在基因组上的结合变化与邻近基因的表达缺乏显著的相关性,可能主要通过远端调控的方式对基因表达产生影响。

关键词： CCCTC结合因子(CTCF) AML12细胞系脂质代谢转录调控

非经典型多梳抑制复合物1.6的电镜结构分析

维普期刊数据库评论

在线全文

维普期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

上海交通大学学报（医学版） 2024年第9期44卷 1136-1145页

作者：蔡单黄晶上海交通大学医学院附属第九人民医院上海精准医学研究院上海200125

目的·通过负染色及透射电子显微镜(电镜)技术分析非经典型多梳抑制复合物1.6(polycomb repressive complex 1.6,PRC1.6)的蛋白结构,获得人源PRC1.6七元复合物的三维轮廓信息。方法·将PRC1.6复合物中7个组分基因RNF2、PCGF6、RYBP、L3M... 详细信息

目的·通过负染色及透射电子显微镜(电镜)技术分析非经典型多梳抑制复合物1.6(polycomb repressive complex 1.6,PRC1.6)的蛋白结构,获得人源PRC1.6七元复合物的三维轮廓信息。方法·将PRC1.6复合物中7个组分基因RNF2、PCGF6、RYBP、L3MBTL2、CBX3、E2F6和TFDP1分别克隆至N端带有6×His-3×Flag标签的pMLink载体中,利用聚乙烯亚胺瞬时转染的方式在悬浮培养的哺乳动物细胞Expi293F中表达PRC1.6七元复合物,依次使用anti-DYKDDDDK标签亲合树脂、分子筛Superdex 200 Increase 10/300 GL(凝胶过滤层析)和甘油密度梯度离心分离纯化PRC1.6复合物;通过液相色谱-串联质谱法(liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)确认PRC1.6七元复合物组分;利用泛素化活性实验和电泳迁移率变动分析(electrophoretic mobility shift assay,EMSA)对复合物的体外泛素化活性以及与核小体结合亲和力进行验证;使用乙酸双氧铀进行样品制备并通过透射电镜观察蛋白样品,随后通过单颗粒重构技术对PRC1.6复合物的三维结构信息进行分析;利用UCSF Chimera软件将蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,PDB)中的目的蛋白相关原子结构模型与重构获得的PRC1.6电子密度图进行拟合,预测PRC1.6七元复合物中各亚基的定位。结果·通过真核表达、亲和层析、凝胶过滤层析和甘油密度梯度离心,以及LC-MS/MS验证,获得了纯度较高、均一性较好的PRC1.6七元复合物,且泛素化活性实验和EMSA发现该复合物在体外具有泛素化活性和核小体结合亲和力。利用负染色、透射电镜和单颗粒重构技术初步解析了分辨率约为15.2Å(1Å=10-10 m)的PRC1.6七元复合物的三维结构,将已有RNF2、PCGF6、RYBP、L3MBTL2、CBX3和DP1部分氨基酸序列的原子模型以及E2F6的AlphaFold2预测结构与重构获得的电子密度图进行匹配,初步确认了7个亚基在PRC1.6复合物三维结构中的定位情况。结论·使用负染色和透射电镜,以及单颗粒重构技术搭建了人源PRC1.6七元复合物的三维结构模型。

关键词：多梳抑制复合物1 表观遗传调控组蛋白泛素化负染色透射电子显微镜蛋白质三维结构

IEEE 3806—2023《基于区块链的肝胆疾病数据提取与交换标准》的解读

维普期刊数据库评论

在线全文

维普期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

中华消化外科杂志 2024年第7期23卷 895-900页

作者：黎成权王伟铮石柏源付海天冯晓彬清华大学附属北京清华长庚医院/清华大学临床医学院/清华大学精准医学研究院北京102218

全球有>10亿的肝胆疾病患者,但在疾病的数据标准化、整合和共享方面仍缺乏成功的经验和模式。为解决该问题,清华大学附属北京清华长庚医院联合多家医疗、信息化领域机构制订《基于区块链的肝胆疾病数据提取与交换标准》,并成为中国首个... 详细信息

全球有>10亿的肝胆疾病患者,但在疾病的数据标准化、整合和共享方面仍缺乏成功的经验和模式。为解决该问题,清华大学附属北京清华长庚医院联合多家医疗、信息化领域机构制订《基于区块链的肝胆疾病数据提取与交换标准》,并成为中国首个国际肝胆疾病数据应用标准规范,即IEEE 3806—2023标准。笔者就该标准编制背景、适用范围、主体内容及临床意义进行解读,旨在帮助各医疗机构、医药企业等对肝胆疾病数据提取与交换标准的理解,有助于该标准的推广应用。

关键词：肝疾病胆道疾病医疗数据交换区块链数据标准化数据安全性互操作性

癌-睾丸抗原CT57促进肝癌细胞增殖、侵袭、迁移和上皮间质转化

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

上海交通大学学报(医学版) 2024年

作者：罗蓝鸽郑超雷鸣上海交通大学医学院附属第九人民医院精准医学研究院

目的·研究癌-睾丸抗原（cancer-testis antigen,CTA）家族成员CT57对人肝癌细胞增殖、侵袭、迁移和裸鼠皮下成瘤的影响及可能的作用机制。方法·通过生物信息学方法分析CT57在多种肿瘤组织和正常组织中的表达差异及其对肝癌患者预后的... 详细信息

目的·研究癌-睾丸抗原（cancer-testis antigen,CTA）家族成员CT57对人肝癌细胞增殖、侵袭、迁移和裸鼠皮下成瘤的影响及可能的作用机制。方法·通过生物信息学方法分析CT57在多种肿瘤组织和正常组织中的表达差异及其对肝癌患者预后的影响；用慢病毒载体分别构建稳定敲低和过表达CT57的肝癌细胞系模型，并借助Western blotting验证CT57蛋白水平的变化；通过CCK-8细胞增殖实验、软琼脂克隆形成实验和细胞周期实验，检测CT57对肝癌细胞增殖与集落形成能力的影响；通过流式细胞术检测CT57对细胞周期的影响；通过划痕实验和Transwell实验检测CT57对肝癌细胞侵袭和迁移能力的影响；通过实时荧光定量PCR (quantitative real-time PCR,qRT-PCR)检测上皮间质转化（epithelial-mesenchymal transition,EMT）标志物的表达变化；通过在裸鼠皮下注射敲低CT57的肝癌细胞株（实验组）和对照细胞株（对照组）构建皮下成瘤模型，探究CT57在体内环境下的生物学功能。结果·对肿瘤基因组图谱计划（The Cancer Genome Atlas Program,TCGA）数据库中的多种肿瘤和相对应正常组织的生物信息学分析表明，CT57在包括肝癌在内的大部分肿瘤组织中高表达，并且其表达水平与肝癌患者预后相关。细胞增殖实验、软琼脂克隆形成实验和细胞周期实验证明，敲低CT57可抑制肝癌细胞增殖和集落形成，并导致细胞周期阻滞；划痕实验和Transwell实验证明，敲低CT57可抑制肝癌细胞侵袭和迁移，而过表达CT57则促进这些过程；qRT-PCR结果表明，过表达CT57可导致上皮细胞标志物E-钙黏蛋白（E-cadherin,ECAD）和闭合蛋白（occludin,OCLN）表达下调，间质细胞标志物波形蛋白（vimentin,VIM）、Twist相关蛋白1 (twist family bHLH transcription factor 1,TWIST1)和基质金属肽酶2 (matrix metallopeptidase 2,MMP2)表达上调；体内实验表明，敲低CT57可降低肝癌细胞在裸鼠中的成瘤率及肿瘤的体积和质量。结论·敲低肝癌细胞CT57导致细胞周期阻滞，从而抑制肝癌细胞增殖和裸鼠皮下成瘤；CT57可以促进肝癌细胞上皮间质转化，增强其侵袭和迁移能力。

关键词：癌-睾丸抗原肝癌细胞增殖侵袭迁移上皮间质转化

非经典型多梳抑制复合物1.6的电镜结构分析

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

上海交通大学学报(医学版) 2024年

作者：蔡单黄晶上海交通大学医学院附属第九人民医院上海精准医学研究院

目的·通过负染色及透射电子显微镜（电镜）技术分析非经典型多梳抑制复合物1.6 （polycomb repressive complex1.6,PRC1.6）的蛋白结构，获得人源PRC1.6七元复合物的三维轮廓信息。方法·将PRC1.6复合物中7个组分基因RNF2、PCGF6、RYBP... 详细信息

目的·通过负染色及透射电子显微镜（电镜）技术分析非经典型多梳抑制复合物1.6 （polycomb repressive complex1.6,PRC1.6）的蛋白结构，获得人源PRC1.6七元复合物的三维轮廓信息。方法·将PRC1.6复合物中7个组分基因RNF2、PCGF6、RYBP、L3MBTL2、CBX3、E2F6和TFDP1分别克隆至N端带有6×His-3×Flag标签的pMLink载体中，利用聚乙烯亚胺瞬时转染的方式在悬浮培养的哺乳动物细胞Expi293F中表达PRC1.6七元复合物，依次使用anti-DYKDDDDK标签亲合树脂、分子筛Superdex 200 Increase 10/300 GL （凝胶过滤层析）和甘油密度梯度离心分离纯化PRC1.6复合物；通过液相色谱-串联质谱法（liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS）确认PRC1.6七元复合物组分；利用泛素化活性实验和电泳迁移率变动分析（electrophoretic mobility shift assay,EMSA）对复合物的体外泛素化活性以及与核小体结合亲和力进行验证；使用乙酸双氧铀进行样品制备并通过透射电镜观察蛋白样品，随后通过单颗粒重构技术对PRC1.6复合物的三维结构信息进行分析；利用UCSF Chimera软件将蛋白质结构数据库（Protein Data Bank,PDB）中的目的蛋白相关原子结构模型与重构获得的PRC1.6电子密度图进行拟合，预测PRC1.6七元复合物中各亚基的定位。结果·通过真核表达、亲和层析、凝胶过滤层析和甘油密度梯度离心，以及LC-MS/MS验证，获得了纯度较高、均一性较好的PRC1.6七元复合物，且泛素化活性实验和EMSA发现该复合物在体外具有泛素化活性和核小体结合亲和力。利用负染色、透射电镜和单颗粒重构技术初步解析了分辨率约为15.2?(1?=10-10m)的PRC1.6七元复合物的三维结构，将已有RNF2、 PCGF6、RYBP、L3MBTL2、CBX3和DP1部分氨基酸序列的原子模型以及E2F6的AlphaFold2预测结构与重构获得的电子密度图进行匹配，初步确认了7个亚基在PRC1.6复合物三维结构中的定位情况。结论·使用负染色和透射电镜，以及单颗粒重构技术搭建了人源PRC1.6七元复合物的三维结构模型。

关键词：多梳抑制复合物1 表观遗传调控组蛋白泛素化负染色透射电子显微镜蛋白质三维结构

BiFC-SUMO:人类SUMO化修饰位点及非共价结合底物的大规模筛选策略

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

中国科学：生命科学 2024年第9期54卷 1663-1676页

作者：蒋帅梁嘉祺李嘉文曾彦儒谢晨恺马文宾谢宇斌任间中山大学生命科学学院广州510275 中山大学附属第一医院精准医学研究院广州510080

小泛素相关修饰(small ubiquitin-related modification,SUMO)是一种翻译后修饰,在多种生理病理过程中发挥关键作用.SUMO蛋白通过共价键和非共价键的方式与靶蛋白相互作用,分别称为SUMO化修饰和SUMO非共价结合.大多数研究关注SUMO化修饰... 详细信息

小泛素相关修饰(small ubiquitin-related modification,SUMO)是一种翻译后修饰,在多种生理病理过程中发挥关键作用.SUMO蛋白通过共价键和非共价键的方式与靶蛋白相互作用,分别称为SUMO化修饰和SUMO非共价结合.大多数研究关注SUMO化修饰,而对于作用力弱且短暂的SUMO结合,特别是同时检测SUMO化修饰和SUMO结合的研究都十分缺乏.为了克服这一限制,我们基于双分子荧光互补实验(bimolecular fluorescence complementation,BiFC)和深度学习算法DeepSUMO,开发了一个同时鉴定SUMO化修饰和SUMO非共价结合靶蛋白的高通量流程.通过该流程,成功鉴定了1379个非共价和8457个共价SUMO调控靶蛋白,其中超过70%是首次鉴定到的.本研究结果突出了SUMO化修饰和SUMO非共价结合的关键调控作用,可为未来SUMO作用的研究提供宝贵的资源.DeepSUMO已被开发为一个在线工具(http://***)供研究者使用.

关键词： SUMO 双分子荧光互补深度学习翻译后修饰

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

碱基编辑系统的研究进展

生物工程学报 2024年第5期40卷 1271-1292页

作者：钟静丽林健香周建奎乔云波广州大学生命科学学院广东广州510006 上海交通大学医学院附属第九人民医院上海精准医学研究院上海200125

基于可编程核酸酶的基因编辑工具表现出编辑高效、产物纯度高、编辑副产物少的优势,已广泛应用于生物医药研发和作物育种。鉴于研究和应用的需求多样化,开发功能特异的碱基编辑器成为基因编辑领域的研究热点。目前由规律成簇的间隔短回... 详细信息

基于可编程核酸酶的基因编辑工具表现出编辑高效、产物纯度高、编辑副产物少的优势,已广泛应用于生物医药研发和作物育种。鉴于研究和应用的需求多样化,开发功能特异的碱基编辑器成为基因编辑领域的研究热点。目前由规律成簇的间隔短回文重复序列系统及相关蛋白(clustered regularly interspaced short palindromic repeats and CRISPR-associated, CRISPR-Cas)和转录激活因子类效应因子(transcription activator-like effector, TALE)系统衍生的基因编辑系统包括单碱基编辑器、双碱基编辑器、线粒体碱基编辑器和CRISPR相关转座酶系统等。本文全面梳理了碱基编辑系统的发展历程,总结了各类碱基编辑器的特点、脱靶效应、优化和改良策略等,为基因编辑系统的进一步改进和应用提供参考。

关键词：规律成簇的间隔短回文重复序列系统及相关蛋白9(CRISPR-Cas9) 碱基编辑器转录激活因子类效应因子(TALE)系统脱氨酶

同方期刊数据库