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2023年河南省外环境H7N9禽流感病毒的基因组序列分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第5期44卷 377-381页

作者：毋碧聪罗雪卢世栋宋云张白帆卫海燕聂轶飞夏晖万思嘉叶莹黄学勇郭万申马红霞河南省疾病预防控制中心传染病预防控制所河南省传染病病原生物重点实验室郑州450016 许昌市疾病预防控制中心检验检测中心许昌461000

目的分析活禽市场相关环境中检出的H7N9禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)的遗传进化和分子特征。方法采集禽类粪便、污水,以及脱毛机和案板擦拭拭子等标本,实时荧光定量PCR鉴定甲型流感病毒和H7N9亚型。对于H7N9阳性标本以甲型流... 详细信息

目的分析活禽市场相关环境中检出的H7N9禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)的遗传进化和分子特征。方法采集禽类粪便、污水,以及脱毛机和案板擦拭拭子等标本,实时荧光定量PCR鉴定甲型流感病毒和H7N9亚型。对于H7N9阳性标本以甲型流感病毒通用引物扩增病毒全基因组并测序,利用BLAST和MEGA X软件进行序列比对、系统进化和分子特征分析。结果2023年2月采集于许昌市活禽市场的7份外环境标本中检出4份H7N9 AIV阳性,3份H7N9 AIV阳性标本测序成功,其各基因核苷酸一致性较高(98.37%~100.00%)。BLAST分析显示主要与我国2020—2021年国内禽中分离的H7N9毒株一致性最高。遗传进化分析显示3株病毒株聚在同一分支,与最近环境分离株相聚较近,而与最近人/禽感染病毒株关系较远。通过与各时期的代表性病毒株序列比对发现,本研究检出的病毒株呈禽高致病性,裂解位点处插入了4个氨基酸KRAA,病毒株血凝素受体结合位点为QSG,属于禽结合受体,血凝素出现G186I位点突变。聚合酶碱性蛋白2未出现哺乳动物适应性E627K突变。未检测到与神经氨酸酶抑制剂(奥司他韦)和聚合酶酸性蛋白抑制剂(巴洛沙韦)耐药相关的R292K和I38T位点突变,提示病毒对上述药物敏感性未降低。M2蛋白出现S31N突变,提示对烷胺类药物耐药。结论从活禽市场检出的3株H7N9病毒株呈禽高致病性,与既往感染人/禽代表株相比,未明显增加人受体结合力、哺乳动物致病性、病毒传播力和耐药相关分子位点。

关键词：禽流感病毒 H7N9 活禽市场遗传进化突变

哺乳动物呼肠孤病毒σ3蛋白对细胞自噬的调控作用

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中国兽医科学 2024年

作者：白辉盛成荣荣董平安李骁昳莫荣纤李殿玉马婷婷李向茸冯若飞西北民族大学生物医学研究中心细胞基质疫苗关键技术与产业化教育部工程研究中心西北民族大学生物医学研究中心生物工程与技术国家民委重点实验室西北民族大学生命科学与工程学院西北民族大学生物医学研究中心甘肃省动物细胞技术创新中心

采用间接免疫荧光检测哺乳动物呼肠孤病毒(MRV)感染和σ3蛋白对自噬小体形成的影响，以及σ3蛋白与线粒体外膜转位酶20(TOMM20)的共定位情况。利用Western-blotting分析MRV感染和σ3蛋白对LC3B、SQSTM1/p62、Beclin 1、ATG5等自噬标志... 详细信息

采用间接免疫荧光检测哺乳动物呼肠孤病毒(MRV)感染和σ3蛋白对自噬小体形成的影响，以及σ3蛋白与线粒体外膜转位酶20(TOMM20)的共定位情况。利用Western-blotting分析MRV感染和σ3蛋白对LC3B、SQSTM1/p62、Beclin 1、ATG5等自噬标志因子及腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)-哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路因子AMPK、p-AMPK、mTOR、p-mTOR蛋白表达的影响。结果显示，MRV感染或σ3蛋白的存在使mCherry-GFP-LC3B融合蛋白由胞浆转移至自噬小体膜上，促进自噬的早期形成。同时发现MRV感染及σ3蛋白可促使自噬标志因子LC3B-Ⅰ向LC3B-Ⅱ的转变增多，上调Beclin 1、ATG5、ATG7、p-AMPK的蛋白表达，并下调自噬底物SQSTM1/p62及p-mTOR的蛋白表达。本研究揭示了σ3蛋白通过AMPK/mTOR信号轴增强细胞自噬的发生，为深入阐明MRV的致病机制奠定基础，并为由MRV引起的感染性疾病的防控提供科学依据。

关键词：细胞自噬哺乳动物呼肠孤病毒 σ3蛋白

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人体蠕形螨体内细菌群落多样性分析

中国血吸虫病防治杂志 2024年第2期36卷 174-178页

作者：韩忍忍张大存王澜汤非凡曹佳诚王婧璇湛孝东谷生丽皖南医学院医学寄生虫学教研室安徽芜湖241002 山东省九鑫生物工程有限公司安徽省芜湖市螨类检验与防控工程技术研究中心安徽芜湖241002

目的分析人体蠕形螨体内细菌群落多样性,为探究蠕形螨在其所致传染病中的作用提供参考依据。方法2023年6—7月通过透明胶纸法采集芜湖市某高校大学生面部蠕形螨,通过Illumina PE250高通量测序平台扩增16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,1... 详细信息

目的分析人体蠕形螨体内细菌群落多样性,为探究蠕形螨在其所致传染病中的作用提供参考依据。方法2023年6—7月通过透明胶纸法采集芜湖市某高校大学生面部蠕形螨,通过Illumina PE250高通量测序平台扩增16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S r RNA)基因V4区以及核糖体DNA内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)基因,将测序结果根据重叠关系进行拼接、过滤得到有效序列,再进行操作分离单元(operational taxonomic units,OTU)聚类。对得到的OTU进行多样性指数分析,并在不同分类水平对细菌菌落结构进行统计分析。结果 16S r RNA测序获得57 483条有效序列,根据不同相似度水平对其进行OTU分类,得到159个OTUs;对其中97%相似水平的OTU进行分类学水平分析,发现人体蠕形螨体内细菌分属于14个门、20个纲、51个目、72个科、94个属。在门分类水平,变形菌门为优势菌门;在属分类水平上,弧菌属、慢生根瘤菌和贪噬菌属为优势菌属。ITS测序共获得56 362条有效序列及147个OTUs,分属于5个门、17个纲、34个目、68个科、93个属;注释到子囊菌门、担子菌门、壶菌属门和毛囊菌门等,子囊菌门为优势菌门,链格孢菌属、附球菌属、青霉菌属和帚枝霉属为优势菌属。结论蠕形螨体内细菌群落组成具有较高多样性,同时微生物种类较多、物种丰度较高。

关键词：人体蠕形螨细菌群落群落多样性 16S核糖体RNA 内转录间隔区

云南两个花魔芋主产区软腐病害植株腐烂球茎中的菌群组成及特征

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微生物学报 2024年第7期64卷 2434-2452页

作者：张绍智田庆红董坤杨丽萍殷减清张仲凯云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所云南昆明650205 永平县科技统计和成果转换中心云南永平672600 云南省农业科学院富源魔芋研究所云南富源655500 云南海萍农业开发有限公司云南永平672600

【目的】软腐病是侵染魔芋的主要病害,其危害性严重,广泛传播会导致花魔芋绝产,尚无有效防控措施。魔芋软腐病的发生及暴发性传播与病原菌及其菌群有较大相关性。本研究旨在明确云南2个主产区的软腐病害花魔芋球茎及其根际土壤中的主要... 详细信息

【目的】软腐病是侵染魔芋的主要病害,其危害性严重,广泛传播会导致花魔芋绝产,尚无有效防控措施。魔芋软腐病的发生及暴发性传播与病原菌及其菌群有较大相关性。本研究旨在明确云南2个主产区的软腐病害花魔芋球茎及其根际土壤中的主要致病菌和优势微生物种类,分析其菌群结构特征,从而为花魔芋软腐病害的防控提供支撑。【方法】研究采集云南富源和永平2个产区的花魔芋软腐病样品,应用Illumina Nova Seq 6000测序平台进行微生物宏基因组测序和分析。同时采用选择性培养基、多级纯化培养技术以及电镜超微形态解析,分别对病害腐烂球茎中的致病菌及优势菌类进行分离鉴定和观察验证。【结果】两个花魔芋主产区软腐病害植株球茎及土壤中的微生物都非常丰富,共检出107门2502属15721种微生物。这2个产区的花魔芋软腐病害主要致病菌均为胡萝卜软腐坚固杆菌(Pectobacterium carotovorum),此病原菌与嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)的优势生长是2个产区软腐病害植株腐烂球茎中菌群的主要特征。此外,同产区的病害组织与土壤样品之间的菌群组成差异较大,但这2类样品中的优势菌群组成的区域性差异较小。【结论】两个花魔芋主产区软腐病害球茎组织中菌群与该区土壤菌群的相关性较低,土壤菌群区域性差异比相应的病害组织菌群区域性差异要大。因此,主要病原菌和共生菌的优势生长突破了产地差异影响,成为了病害组织菌群的主要特征,使得2个主产区软腐病害花魔芋球茎中的微生物生态系统具有高度相似性。

关键词：花魔芋宏基因组软腐病病原菌微生物群落

江西油菜根肿菌生理小种鉴定及品种抗病性鉴定

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植物保护 2024年第3期50卷 300-306页

作者：吴彩云高春华周继中刘子荣欧阳凤仔张洋孙明珠李晓楠范琳娟姚健姚英娟徐雪亮江西省农业科学院农业应用微生物研究所南昌330200 江西省永新县农技推广中心吉安343400 江西省吉安市农业科学研究所吉安343103 江西省农业科学院作物研究所南昌330200 江西省农业技术推广中心南昌330046 沈阳农业大学园艺学院沈阳110866

油菜根肿病在江西省多市均有分布,尤以上饶婺源、吉安永新、九江瑞昌等地发生严重。为明确江西省油菜主产区根肿菌的生理小种,采用SCD鉴定系统对江西油菜主产区根肿菌进行了生理小种鉴定,结果共鉴定出3个生理小种类型:Pb1、Pb5和Pb12。... 详细信息

油菜根肿病在江西省多市均有分布,尤以上饶婺源、吉安永新、九江瑞昌等地发生严重。为明确江西省油菜主产区根肿菌的生理小种,采用SCD鉴定系统对江西油菜主产区根肿菌进行了生理小种鉴定,结果共鉴定出3个生理小种类型:Pb1、Pb5和Pb12。为筛选出适于江西根肿病发病地区种植的油菜材料,开展了油菜材料对根肿菌的抗性测定。室内盆栽抗性测定表明,育种中间材料‘P360429001’‘2018362481’‘P360924009’‘P360281040’‘中油杂12’‘华油杂62R’和‘华双5R’的病情指数均低于或等于30.00,其中‘华油杂62R’和‘华双5R’表现为中抗水平。田间抗性测定结果表明,‘华油杂62R’‘秦优DK4’‘阳光50’和育种中间材料‘P360429001’‘ZS115R’的根肿病病情指数均低于30.00,但只有‘华油杂62R’对Pb1生理小种表现出中抗水平。本研究针对性地筛选出适于江西油菜根肿病发病地区种植的油菜材料,对江西油菜根肿病的防控和创制抗病性油菜资源提供了科学依据。

关键词：油菜根肿菌分布生理小种抗性

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鸭疫里默氏杆菌耐药基因传播方式的鉴定及分布

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微生物学报 2024年第11期 4455-4465页

作者：杨宇豪姚弈舟朱德康张相德程安春刘马峰西南动物疫病防控技术教育部工程研究中心四川省动物疫病防控国际联合研究中心动物疫病与人类健康四川省重点实验室四川农业大学动物医学院禽病防治研究中心江苏益客食品集团股份有限公司

【目的】鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer, RA)是一种感染鸭、鹅等禽类的革兰氏阴性病原菌。该菌的临床分离株具有多重耐药性，且其耐药性呈现逐年增加的趋势，但关于这些耐药基因在该菌的传播方式尚未被明确鉴定。本研究旨在... 详细信息

【目的】鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer, RA)是一种感染鸭、鹅等禽类的革兰氏阴性病原菌。该菌的临床分离株具有多重耐药性，且其耐药性呈现逐年增加的趋势，但关于这些耐药基因在该菌的传播方式尚未被明确鉴定。本研究旨在鉴定耐药基因在鸭疫里默氏杆菌的传播方式，以及这些耐药基因在该菌临床分离株中的分布情况。【方法】测定参考菌株RA ATCC 11845、临床分离株RA CH-1、RA CH-2对10类28种药物的耐药表型；通过基因组分析和基因缺失株的构建鉴定耐药基因；自然转化实验鉴定其耐药基因传播方式；通过PCR检测这些耐药基因在不同临床菌株的分布情况。【结果】耐药检测结果表明，鸭疫里默氏杆菌RA CH-1株、RA CH-2株对β-内酰胺类、四环素类、大环内酯类、林可胺类及酰胺醇类等药物均具有耐药性，而RA ATCC 11845株对以上药物敏感；13个耐药基因分别缺失后对相关药物变得敏感，表明其参与耐药；以上耐药基因均可通过自然转化方式转移至敏感菌株RA ATCC 11845；相关耐药基因在2017-2023年分离的100株临床株的检出率最低为3%，最高为89%。【结论】耐药基因在鸭疫里默氏杆菌可通过自然转化的形式进行传播，不同耐药基因在该菌临床分离株中的分布不同，其中tet(X)(B739＿0030)耐药基因携带率最高，blaOXA (G148＿1768)耐药基因携带率最低。

关键词：鸭疫里默氏杆菌耐药基因传播方式自然转化

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柑橘沙皮病研究进展

广东农业科学 2024年第6期51卷 22-33页

作者：黄峰彭埃天宋晓兵崔一平凌金锋陈霞李红叶广东省农业科学院植物保护研究所/农业农村部华南果蔬绿色防控重点实验室/广东省植物保护新技术重点实验室广东广州510640 浙江大学生物技术研究所浙江杭州310058

柑橘沙皮病是间座壳属(Diaporthe)真菌在柑橘上引起的一系列病害的统称。已报道柑橘间座壳属真菌超过30种,包括多种重要的病原真菌、内生真菌和腐生真菌,以及具有内生和腐生生活史的潜在病原真菌。其中,柑橘间座壳菌(Diaporthecitri)导... 详细信息

柑橘沙皮病是间座壳属(Diaporthe)真菌在柑橘上引起的一系列病害的统称。已报道柑橘间座壳属真菌超过30种,包括多种重要的病原真菌、内生真菌和腐生真菌,以及具有内生和腐生生活史的潜在病原真菌。其中,柑橘间座壳菌(Diaporthecitri)导致的症状最为复杂,在柑橘果实和叶片上产生的黑点和沙皮症状对柑橘危害最严重。目前,针对柑橘间座壳菌的特异性检测引物和方法已建立,可用于病菌田间动态监测和病害发生规律研究。柑橘间座壳菌在田间的侵害与柑橘受自然伤害的伤口以及连续降雨密切相关,柑橘沙皮病的防治应提倡以农业防治、物理防治为主,同时结合化学防治。农业防治应注重清理由果园枯枝败叶等产生的病菌侵染源,合理修剪和施肥以增强树势;物理防治应注重减少低温冻害、日灼和连续降雨等气象灾害造成的病害暴发;化学防治需注意早期预防、适期防治以及精准用药;生物防治仍处于前期研究阶段,筛选的拮抗菌和有效的抗菌物质对柑橘沙皮病的防治有一定效果,未来可作为化学药剂的重要补充。综述了国内外柑橘沙皮病的主要研究进展,为该病害的防控提供参考。

关键词：柑橘柑橘沙皮病柑橘间座壳菌致病机制防控技术生物防治

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SNP分子标记结合表型性状鉴别小豆种质资源

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江苏农业学报 2024年第6期40卷 975-983页

作者：张明媛冷淼孙伟娜柯希望徐晓丹左豫虎黑龙江省作物有害生物互作生物学及生态防控重点实验室/国家杂粮工程技术研究中心/黑龙江八一农垦大学黑龙江大庆163319

为建立科学可靠的小豆种质资源鉴定方法,本研究利用单核苷酸多态性(SNP)分子标记,对102份小豆种质资源进行聚类分析并构建指纹图谱,同时结合质量性状对小豆种质资源进行鉴定。结果发现,在102份小豆种质资源中26个SNP分子标记表现出多态... 详细信息

为建立科学可靠的小豆种质资源鉴定方法,本研究利用单核苷酸多态性(SNP)分子标记,对102份小豆种质资源进行聚类分析并构建指纹图谱,同时结合质量性状对小豆种质资源进行鉴定。结果发现,在102份小豆种质资源中26个SNP分子标记表现出多态性,平均多态信息含量为0.28。61份小豆种质资源的SNP指纹图谱具有唯一性,可以被准确鉴别,剩余41份小豆种质资源的SNP指纹图谱不唯一。进一步对102份小豆种质资源的6个质量性状进行遗传变异分析,平均遗传多样性指数为1.224 5,6个性状均具有丰富的多态性。结合以上6个性状,可对SNP指纹图谱相同的种质资源进行进一步区分。本研究开发的SNP分子标记结合表型性状的鉴别方法,可为小豆种质资源遗传鉴定和科学利用奠定基础。

关键词：小豆指纹图谱质量性状种质资源鉴定

猴痘Ⅰ型毒株疫情流行新态势及其公共卫生风险应对策略与建议

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病毒学报 2024年

作者：景伟何小兵房永祥陈国华高真贞张亚岭苏洋郭慧琛景志忠中国农业科学院兰州兽医研究所动物疫病防控全国重点实验室甘肃省病原生物学基础学科研究中心农业农村部兽医公共卫生重点实验室(兰州)

猴痘（Monkeypox,Mpox）是由猴痘病毒（Mpox virus,MPXV）感染引起的一种以发热、皮疹和淋巴结肿大为特征的病毒性人兽共患病，现被WHO第二次认定为构成“全球关注的突发公共卫生事件”。2022-Mpox疫情主要由MPXV进化支Ⅱ毒株B1谱系，... 详细信息

猴痘（Monkeypox,Mpox）是由猴痘病毒（Mpox virus,MPXV）感染引起的一种以发热、皮疹和淋巴结肿大为特征的病毒性人兽共患病，现被WHO第二次认定为构成“全球关注的突发公共卫生事件”。2022-Mpox疫情主要由MPXV进化支Ⅱ毒株B1谱系，通过男-男性行为接触方式主要在欧美等地区的人际间流行，但已于2023年5月解除了危机状态。然而，由MPXV进化支Ⅰb毒株谱系自2023年9月前后在刚果民主共和国等非洲地区多个国家大规模暴发流行，并在非洲地区之外的瑞典、泰国等国家首次发现相应的输入病例。由于MPXV进化支Ⅰ型毒株毒力比Ⅱ型更强，致死率更高，传播方式更多，人们担心该疫情可跨国、跨洲际传播，可对全球造成巨大危害和威胁。本文重点通过猴痘Ⅰ型毒株疫情在刚果民主共和国的暴发流行态势、临床特征以及流行毒株遗传演化适应人际间传播关键点的介绍，以期为我国新一波猴痘防控和公共卫生风险提出预警和应对依据。

关键词：猴痘猴痘病毒进化支Ⅰ型毒株流行特征公共卫生风险防控策略