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多组学分析揭示溃疡性结肠炎缓解期脾虚湿困证与活动期湿热阻滞证间的潜在分子机制及靶向中药预测

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中草药 2024年第9期55卷 3041-3056页

作者：黎祖鸣封杰妮陈雪如陈剑坤卢月李际强冯艳广州中医药大学第二临床医学院广东广州510405 广州中医药大学第二附属医院(广东省中医院) 广东广州510006

目的综合分析溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)相关scRNA-seq和RNA-seq数据集,探讨UC缓解期脾虚湿困证与活动期湿热阻滞证间的潜在分子机制,并挖掘潜在干预中药。方法运用差异基因表达分析和韦恩图鉴定出UC缓解期脾虚湿困证和活动... 详细信息

目的综合分析溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)相关scRNA-seq和RNA-seq数据集,探讨UC缓解期脾虚湿困证与活动期湿热阻滞证间的潜在分子机制,并挖掘潜在干预中药。方法运用差异基因表达分析和韦恩图鉴定出UC缓解期脾虚湿困证和活动期湿热阻滞证相关基因及两者间的对话基因。通过京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)、基因集变异分析(gene set variation analysis,GSVA)及Spearman相关性分析深入探讨对话基因参与的生物过程及潜在功能。通过单细胞转录组分析探讨UC缓解期与活动期的差异情况及对话基因在其中的作用。基于循环算法构建UC缓解期脾虚湿困证向活动期湿热阻滞证发生发展的风险预测模型。运用外部数据集、动物实验与实时定量聚合酶链反应(realtime quantitative polymerase chain reaction,RT-PCR)进一步验证对话基因的表达情况。借助SoFDA数据库构建“基因-中医症状/现代医学症状”网络;借助TCMIP和COREMINE数据库预测对话基因的潜在靶向中药。结果鉴定出31个UC缓解期脾虚湿困证相关基因,其主要富集在代谢相关途径;鉴定出160个UC活动期湿热阻滞证相关基因,其主要富集在炎症免疫相关途径。鉴定出22个UC缓解期脾虚湿困证与活动期湿热阻滞证之间的对话基因,上调对话基因与炎症免疫相关途径呈显著相关性,下调对话基因与代谢途径呈显著相关性。单细胞转录组分析显示,相比于正常对照及UC缓解期,UC活动期中B细胞占比上调;B细胞在UC活动期湿热阻滞证中作用贡献较大,而在UC缓解期脾虚湿困证中的作用贡献较小;UC活动期B细胞的受体信号通路活性明显高于UC缓解期;上调的对话基因CD55在B细胞中表达水平较高,CD55+B细胞与CD55−B细胞之间存在差异的细胞通讯及细胞代谢水平。6个风险预测基因(CD55、PCSK1、SERPING1、ACAT1、SLC26A2、HMGCS2)可以较为准确预测UC缓解期脾虚湿困证向UC活动期湿热阻滞证发展,动物实验及RT-PCR验证了其表达水平。通过数据库检索得到人参、黄芪、枸杞子等45味潜在靶向中药。结论鉴定出22个关键对话基因,它们可能通过影响炎症免疫和代谢相关途径诱导UC缓解期脾虚湿困证向UC活动期湿热阻滞证发展。B细胞在UC缓解期脾虚湿困证向活动期湿热阻滞证发生发展过程中发挥重要作用。CD55可能通过影响炎症免疫和代谢相关途径,促进B细胞活性,从而促进UC缓解期脾虚湿困证向活动期湿热阻滞证发展。22个关键对话基因与UC相关中医症状和现代医学症状关联密切。

关键词：溃疡性结肠炎单细胞转录组转录组缓解期脾虚湿困证活动期湿热阻滞证人参黄芪枸杞子

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1株伤口分离贪铜菌的分类鉴定及生物学特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第6期44卷 510-518页

作者：康世越邓晨晖陈晓慰林美莲屈平华周强广州中医药大学第二临床医学院广州510006 广州中医药大学第二临床医学院/广东省中医院麻醉科广州510006 重庆医科大学检验医学院重庆400016 广州中医药大学第二临床医学院/广东省中医院检验医学部广州510006

目的对从临床伤口标本中分离出的贪铜菌SZY C1进行形态学及分子生物学鉴定和分析,了解其微生物学特性及明确分类学地位。方法将菌株SZY C1复苏培养后,依次进行形态学、生理生化鉴定、16S rRNA基因测序、全基因组测序,并应用生物信息学... 详细信息

目的对从临床伤口标本中分离出的贪铜菌SZY C1进行形态学及分子生物学鉴定和分析,了解其微生物学特性及明确分类学地位。方法将菌株SZY C1复苏培养后,依次进行形态学、生理生化鉴定、16S rRNA基因测序、全基因组测序,并应用生物信息学软件对其基因组和毒力基因进行分析。结果菌株SZY C1为不发酵糖革兰阴性菌,菌体无鞭毛、不形成芽孢,可在哥伦比亚血琼脂平板上培养24 h呈现灰白色、圆形、突起、不透明、边缘整齐的菌落。基于16S rRNA基因序列分析结果显示,菌株SZY C1与耐金属贪铜菌(Cupriavidus metallidurans)的相似度为98.52%。菌株SZY C1测得基因组大小为5515517 bp,G+C含量为67.87%,全基因系统发育分析显示,菌株SZY C1与根际贪铜菌亲缘化关系最近,两者之间平均核苷酸一致性值84.76%,数字DNA-DNA杂交值为29.1%,低于原核生物物种的鉴定阈值。基因预测显示菌株SZY C1携带多种毒力基因、耐药基因和抗重金属基因。结论根据表型和基因组分析,菌株SZY C1为贪铜菌属中潜在的新种。

关键词：贪铜菌属菌种鉴定全基因组测序

皮肤黑色素瘤差异表达基因的生物信息学分析及调控中药预测

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中草药 2024年第2期55卷 551-562页

作者：王梓霞黄羽欣谢锦楠王沐瑶王文辉广州中医药大学第二临床医学院广东广州510006 广州中医药大学第一临床医学院广东广州510499 广州中医药大学东莞医院广东东莞523000

目的通过生物信息学技术分析皮肤黑色素瘤患者皮肤组织与非癌皮肤组织的基因表达微阵列数据,筛选出皮肤黑色素瘤的差异表达基因,预测可用于诊断和治疗皮肤黑色素瘤的生物标志物及潜在中药。方法从基因表达数据库(Gene Expression Omni... 详细信息

目的通过生物信息学技术分析皮肤黑色素瘤患者皮肤组织与非癌皮肤组织的基因表达微阵列数据,筛选出皮肤黑色素瘤的差异表达基因,预测可用于诊断和治疗皮肤黑色素瘤的生物标志物及潜在中药。方法从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)提取GSE3189、GSE114445、GSE46517基因芯片,使用GEO2R工具筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析;使用String数据库构蛋白-蛋白互作网络,应用Cytoscape软件及其插件筛选PPI网络中关键基因,应用GSCA数据库进行关键基因的突变分析。通过Gepia 2.0数据库结合癌症基因组图谱数据集(Cancer Genome Atlas,TCGA)对关键基因进行生存分析。根据度(degree)值和生存分析结果综合筛选出核心基因(集),应用GSCA数据库对核心基因(集)进行泛癌分析和免疫浸润分析,并使用TIMER 2.0数据库对核心基因分别进行免疫浸润分析。使用Coremine Medical数据库预测作用于关键基因的潜在中药。结果共筛选出DEGs 114个,其中上调基因36个,下调基因78个。上调DEGs主要富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用、Toll样受体信号等通路,下调DEGs主要富集在细胞黏附、细胞增殖的正调控等方面。15个关键基因为EGFR、KPNA2、GATA3、AURKA、TYMS、PKP1、SPP1、MMP1、KLF4、EPCAM、KIF23、DTL、CLDN1、LCP2、FGFR2,其中共3个基因KPNA2、AURKA、DTL被视为核心基因(集)。潜在治疗中药有丹参、人参、构皮、高良姜、甘草、蓖麻子、油桐叶等。结论皮肤黑色素瘤中关键基因的突变以FGFR2的错义突变为主,突变方式多为胞嘧啶(C)向胸腺嘧啶(T)的转换。EGFR、KPNA2、GATA3、AURKA、PKP1、DTL、LCP2对皮肤黑色素瘤的生存预后存在显著影响。核心基因集在多种癌症中显著上调,并与自然调节性T细胞(natural regulatory T-cells,nTreg)细胞、树突状细胞、单核细胞等免疫细胞的浸润有关。潜在调控中药包括补虚药、清热解毒药、拔毒生肌药、消肿拔毒药、温里药、健脾利湿药、利水渗湿药、活血化瘀药、安神药9类,在相关古籍中存在对应的中医内外治经验记载,其中药活性成分亦被证明对皮肤黑色素瘤存在一定的调控和抑制作用。

关键词：皮肤黑色素瘤差异表达基因核心基因中药预测生物信息学丹参人参构皮高良姜甘草蓖麻子油桐叶

萆苓止带片治疗脾虚湿盛证外阴阴道假丝酵母菌病的临床疗效及对生殖道微生态的作用机制

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中华中医药杂志 2024年第6期39卷 3235-3240页

作者：陈志霞冯淑仪陈惠超广州中医药大学第二临床医学院广州510006 广东省中医院广州510006

目的:观察萆苓止带片治疗脾虚湿盛证外阴阴道假丝酵母菌病(VVC)患者的疗效,并从生殖道微生态和炎症因子探讨其作用机制。方法:将2021年11月—2022年9月就诊于广东省中医院的单纯性VVC患者分为治疗组(47例)和对照组(44例)。对照组与治疗... 详细信息

目的:观察萆苓止带片治疗脾虚湿盛证外阴阴道假丝酵母菌病(VVC)患者的疗效,并从生殖道微生态和炎症因子探讨其作用机制。方法:将2021年11月—2022年9月就诊于广东省中医院的单纯性VVC患者分为治疗组(47例)和对照组(44例)。对照组与治疗组均予克霉唑栓剂外用,治疗组联用萆苓止带片口服,疗程7 d,分别观察治疗前、治疗7 d和停药7 d时患者真菌转阴率、阴道清洁度、中医证候积分、舒适度评分,并检测生殖道微生态和血清人单核细胞趋化蛋白1、人细胞间黏附分子1和人肿瘤坏死因子α表达情况。结果:治疗组在治疗7 d和停药7 d时真菌转阴率显著高于对照组(P中医证候及舒适度评分较对照组改善更显著(P<0.05)。VVC患者生殖道微生态α多样性等与健康组存在差异,以Pseudomonas(属)和Lactobacillus iners(种)变化最显著,治疗组治疗后可恢复部分生殖道微生态。结论:萆苓止带片治疗脾虚湿盛证VVC疗效显著,可显著提高真菌转阴率、改善症状和舒适度,对生殖道微生态的调节作用可能是其作用机制之一。

关键词：萆苓止带片外阴阴道假丝酵母菌病脾虚湿盛证生殖道微生态菌群多样性

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揿针治疗变应性鼻炎临床疗效的Meta分析

针刺研究 2024年第5期49卷 534-543页

作者：何水恩凌曦淘刘一铭陈汉华广州中医药大学第二临床医学院广州510006 广东省中医院儿科广州510120 广东省中医院罗笑容名医工作室广州510120

目的:运用Meta分析评估揿针治疗变应性鼻炎(AR)的有效性和安全性。方法:检索自建库至2022年11月中国知网、万方数据库、维普中文科技期刊数据库、中国生物医学文献数据库、PubMed、Embase、Web of Science中关于揿针治疗AR的临床研究。... 详细信息

目的:运用Meta分析评估揿针治疗变应性鼻炎(AR)的有效性和安全性。方法:检索自建库至2022年11月中国知网、万方数据库、维普中文科技期刊数据库、中国生物医学文献数据库、PubMed、Embase、Web of Science中关于揿针治疗AR的临床研究。两名研究人员独立筛选文献并提取有关资料,其中总有效率、AR视觉模拟量尺(VAS)评分、鼻结膜炎生存质量评分(RQLQ)、复发率为主要结局指标,次要结局指标包括症状体征量化评分、“四分法”症状评价量表等。用Stata软件对所有纳入的研究数据进行Meta分析。结果:共纳入22篇临床研究,涉及1 491名参与者。Meta分析结果显示,揿针治疗AR的总有效率高于中西医常规疗法[RR=1.20,95%CI(1.14,1.26),P临床研究方案提高证据质量级别。

关键词：变应性鼻炎揿针临床研究临床疗效安全性 Meta分析

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外周血单核细胞预测老年重症流感风险模型的建立及靶向中药预测

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中草药 2024年第10期55卷 3420-3432页

作者：黎祖鸣封杰妮符珊珊陈俊旭甘考卢月陈剑坤刘云涛杨荣源李际强黄涛亮广州中医药大学第二临床医学院广东广州510405 广州中医药大学第一临床医学院广东广州510405 广州中医药大学第二附属医院(广东省中医院) 广东广州510120 广东省中医急症研究重点实验室广东广州510120 中医证候全国重点实验室广东广州510120

目的综合分析老年流感单细胞转录组测序(single cell transcriptome sequencing,scRNA-seq)和转录组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)数据集,构建老年重症流感风险预测模型,并预测调控相关免疫细胞群的中药。通过统计分析中药的... 详细信息

目的综合分析老年流感单细胞转录组测序(single cell transcriptome sequencing,scRNA-seq)和转录组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)数据集,构建老年重症流感风险预测模型,并预测调控相关免疫细胞群的中药。通过统计分析中药的性味归经、药物分类,为中医药治疗老年流感提供理论支持。方法通过scRNA-seq和RNA-seq数据集得到具有较高预测能力的老年流感相关免疫细胞群及其关键基因。基因本体生物学过程(gene ontology biological process,GOBP)、标志性基因集(Hallmark gene set)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)和Reactome生物通路知识库富集分析揭示关键基因参与的生物过程及通路。循环算法用于构建老年重症流感风险预测模型。CTD和COREMINE数据库查找对关键基因有调控作用的化学成分及中药,并通过古今医案云平台统计高频中药的性味归经、药物分类。结果单核细胞及其相关基因对于老年流感具有较高的预测能力。老年流感单核细胞相关基因显著富集在感染、代谢和炎症免疫等生物过程及信号通路。5个基因(BCL6、PLSCR1、FCGR1A、RETN、RPL9)的组合可较为准确预测老年重症流感。根据参考文献筛选出42种化学成分,得到高频中药石斛、灵芝、地骨皮、人参、桑叶等;药性以平、寒、温为主;药味以甘、苦、辛为主;归经以肝、脾、肺经居多;以补虚药、清热药、利水渗湿药、解表药、活血化瘀药、消食药、止咳平喘药为主。结论单核细胞可能在老年流感中发挥重要作用。BCL6、PLSCR1、FCGR1A、RETN、RPL9可能是老年重症流感的潜在诊断及治疗靶标。通过生物信息学分析得出老年流感单核细胞相关基因及对应的高频中药,为治疗老年流感的中药新药开发及临床应用提供了新思路。

关键词：老年重症流感单细胞转录组转录组风险预测模型单核细胞石斛灵芝地骨皮人参桑叶

基于项目反应理论修订中西医结合围手术期康复量表的研究

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中国循证医学杂志 2024年第4期24卷 439-444页

作者：刘冰清温泽淮周莉广州中医药大学第二临床医学院广州510000 广州中医药大学第二附属医院广州510000 广东省中医院中医药临床研究方法学重点研究室广州510000

目的基于项目反应理论(IRT)修订中西医结合围手术期康复量表(PRSIM)。方法在IRT指导下,利用PRSIM在广东省中医院调查时获得的349例患者数据,采用SPSS 18.0软件进行主成分分析,检测其单维性;使用R软件进行参数估计,计算各条目区分度、难... 详细信息

目的基于项目反应理论(IRT)修订中西医结合围手术期康复量表(PRSIM)。方法在IRT指导下,利用PRSIM在广东省中医院调查时获得的349例患者数据,采用SPSS 18.0软件进行主成分分析,检测其单维性;使用R软件进行参数估计,计算各条目区分度、难度和平均信息量,绘制项目特征曲线,评估条目的质量,并对项目功能差异进行估计。同时结合专家咨询、患者评价和核心小组讨论综合筛选。结果所有条目的区分度取值范围为-0.535~2.195;难度的取值范围为-10.343~5.461,条目平均信息量的取值范围为0.043~1.075,根据相应参数的筛选标准共保留9项条目。专家咨询结果显示删除5项条目,修改7项条目。经核心小组讨论后,最终删除5项条目。结论综合项目反应理论和专家咨询意见,经核心小组讨论后,在原20项条目的基础上保留并修改形成15项条目的修订版。

关键词：项目反应理论中西医结合围手术期康复量表条目筛选

以证统病干预性临床研究方法学框架的实施建议

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中医杂志 2024年第13期65卷 1328-1333页

作者：黄仟周莉禤美玲郭晓慧邱幸莹刘冰清曹文聪温泽淮广州中医药大学第二附属医院/广东省中医院广东省广州市510120 广州中医药大学第二临床医学院

以证统病干预性临床研究方法学框架旨在为以证统病模式下的中医药异病同治临床疗效评价研究提供方案设计、评价和实施的技术参考。该方法学框架包括一般原则、研究切入点、研究设计要点3个主干内容,共25个条目。从研究的规范与原则、选... 详细信息

以证统病干预性临床研究方法学框架旨在为以证统病模式下的中医药异病同治临床疗效评价研究提供方案设计、评价和实施的技术参考。该方法学框架包括一般原则、研究切入点、研究设计要点3个主干内容,共25个条目。从研究的规范与原则、选题切入角度,以及研究对象选择、干预措施与对照设置、结局测量、疗程和随访时间、样本方向、设计形式与类型等方面提出实施要求与建议。并结合具体研究实例对该方法学框架的条目内容进行阐释,以期为研究人员提供实践指引和建议。

关键词：证候异病同治干预性研究临床研究方法学疗效评价以证统病

机器人辅助椎弓根置钉临床疗效的系统评价再评价

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中国循证医学杂志 2024年第5期24卷 584-590页

作者：孙文熙高泽辉丘明旺林锐王洪伸陈博来林涌鹏广州中医药大学第二临床医学院广州510405 广东省中医院广州510120 广州中医药大学第二附属医院/中医证候全国重点实验室广州510120

目的对机器人辅助椎弓根置钉疗效的系统评价/Meta分析(SR/MA)进行再评价。方法计算机检索CNKI、VIP、WanFang Data、SinoMed、PubMed、Embase、Cochrane Library、Web of Science数据库,搜集有关机器人辅助椎弓根置钉的SR/MA,检索时... 详细信息

目的对机器人辅助椎弓根置钉疗效的系统评价/Meta分析(SR/MA)进行再评价。方法计算机检索CNKI、VIP、WanFang Data、SinoMed、PubMed、Embase、Cochrane Library、Web of Science数据库,搜集有关机器人辅助椎弓根置钉的SR/MA,检索时限均为建库至2023年4月28日。由2名研究者独立筛选文献、提取资料后,分别使用PRISMA、AMSTAR-Ⅱ、ROBIS和GRADE工具评价纳入研究的报告质量、方法学质量、偏倚风险以及证据质量强度。结果共纳入20篇SR/MA。纳入研究结论显示机器人辅助椎弓根置钉准确性相比徒手置钉可能更高,并发症数量更少。所有SR/MA的报告质量、方法学及置钉疗效的证据质量均为低或极低,偏倚风险为高风险。其主要原因包括纳入研究的异质性偏高,研究方法和选择标准模糊、关键报告流程缺失等。结论机器人辅助椎弓根置钉相比传统徒手置钉可能具有更好的临床疗效,但相关SR/MA的质量较低。

关键词：骨科手术机器人椎弓根螺钉系统评价再评价