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长非编码RNA PART1抑制喉鳞癌细胞增殖和侵袭（英文）

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中国生物化学与分子生物学报 2024年第7期 976-986页

作者：吴昊张文桃贾峰峰刘铭朱剑军山西医科大学基础医学院医学细胞生物与遗传学教研室太原市技术转移促进中心

长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA) PART1可作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ceRNA)，在多种肿瘤的发生发展中发挥关键作用，然而PART1在喉鳞癌(laryngeal squamous cell carcinoma,LSCC)中的研究尚属空白。我们基于前期lncRNA测序数据发现，PART1在LSCC组织中显著低表达。进一步分析TCGA等公共数据库中的测序和临床数据，共发现了LSCC癌/癌旁组织中146个差异表达的lncRNA(95个上调，51个下调)和2 424个差异表达的mRNA，结果显示，PART1在LSCC中普遍低表达(P <0.0001)，且PART1高表达组预后明显更好(P <0.05)。本文采用生物信息学手段构建了LSCC中PART1的ceRNA调控网络，并确定与之相互作用的miRNA与mRNA。在体外验证了PART1对LSCC细胞的重要性。通过过表达载体，显著提高了PART1在LSCC细胞中的表达量(P <0.001); 5-乙炔基-20-脱氧尿苷染色实验、凋亡分析、划痕愈合实验、Transwell实验和鬼笔环肽染色等研究结果显示，体外过表达PART1可以显著影响LSCC细胞的增殖、凋亡、迁移和侵袭(P <0.001)。因此，PART1可能参与并抑制LSCC的发生和发展。本研究将为阐明PART1在LSCC中的作用提供理论依据。

关键词：喉鳞癌 PART1 TCGA数据库长非编码RNA 生物信息学分析

人源抗c-Met单链抗体腹腔注射可抑制A549肺腺癌荷瘤小鼠移植瘤生长

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细胞与分子免疫学杂志 2024年第6期 549-555页

作者：安然刘明珠张露彭上甄翔程闵静婷李正红蚌埠医科大学公共基础学院生理学教研室蚌埠医科大学生命科学院生理学教研室蚌埠医科大学基础医学院生理学教研室

目的该实验旨在验证间质上皮转化单链抗体(Met scFv)在体内对皮下移植瘤裸鼠的抗肿瘤作用。方法建立裸鼠肿瘤模型，皮下注射A549肺腺癌细胞，成瘤后通过腹腔注射IRDye680 LT N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)酯标记的Met scFv,借助小动物成像仪... 详细信息

目的该实验旨在验证间质上皮转化单链抗体(Met scFv)在体内对皮下移植瘤裸鼠的抗肿瘤作用。方法建立裸鼠肿瘤模型，皮下注射A549肺腺癌细胞，成瘤后通过腹腔注射IRDye680 LT N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)酯标记的Met scFv,借助小动物成像仪进行实时监测以观察该抗体在荷瘤小鼠体内的动态分布情况，检测肿瘤组织细胞c-Met与抗体的亲和力，定期尾静脉注射Met scFv,观察肿瘤体积变化并绘制肿瘤生长曲线。免疫组织化学染色法检测Met scFv是否能有效结合肿瘤组织中的c-Met抗原。结果裸鼠体内分布结果表明，在最初的3 h内，Met scFv主要分布于腹腔内。经过大约48 h,荧光信号开始在肿瘤组织中聚集。瘤体免疫组织化学染色结果显示，肿瘤组织中c-Met高表达；定期尾静脉注射Met scFv,可使小鼠瘤体生长明显减缓。结论 Met scFv在体内特异性识别肿瘤细胞且表现出显著的抗肿瘤活性。

关键词：细胞间质上皮转化(c-Met) 单链抗体(scFv) 抗原识别抗肿瘤活性

新型冠状病毒感染与2型糖尿病共病联系的生物信息学分析

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病毒学报 2024年第1期40卷 65-79页

作者：黄泰于琦穆俊芳刘格良薛丹阳陈浩然常敏静贺培风山西医科大学临床决策研究大数据山西省重点实验室晋中030600 山西医科大学基础医学院晋中030600 山西医科大学管理学院晋中030600

本文基于转录组数据研究了新型冠状病毒感染(Coronavirus disease 2019,COVID-19)和2型糖尿病(Type 2diabetes,T2D)的相互作用机制,寻找疾病的潜在功能模块,为其治疗提供新思路。本文收集了来自GEO(Gene expression omnibus)数据库的10... 详细信息

本文基于转录组数据研究了新型冠状病毒感染(Coronavirus disease 2019,COVID-19)和2型糖尿病(Type 2diabetes,T2D)的相互作用机制,寻找疾病的潜在功能模块,为其治疗提供新思路。本文收集了来自GEO(Gene expression omnibus)数据库的10个COVID-19和T2D基因表达谱数据集,并按照4:6的比例分为训练集和验证集,并进行差异表达基因(Differential expression genes,DEGs)的富集分析和构建蛋白质相互作用(Protein-protein interaction,PPI)网络进行模块化分析,找到了与COVID-19和T2D最紧密相关的关键基因和蛋白质特征模块。基于各组织的DEGs交集结果,本文发现43个共有DEGs,并确定了5个关键基因(HSP90AA1、SRC、EGFR、MAPK3、CDK1),其中CDK1表现出最高的网络连接性。通过XGBoost等6种机器学习算法进行性能检验显示了关键基因对诊断COVID-19和T2D的潜在价值,并通过qPCR实验证实了关键基因在COVID-19患者和正常对照组PBMC中的表达差异。此外,本文基于模块划分算法得到了PPI网络的6个潜在功能模块,这些模块主要与糖类、脂类代谢和细胞复制相关联。最后,本文建立了miRNA-TF-mRNA调控网络,并筛选出TP53和NFIC作为调节共有基因转录的枢纽转录因子(Transcription factor,TF)。总之,本文分析了COVID-19和T2D之间共有的表达特征、生物学通路和调控因子,并探索了基因在转录和翻译中的复杂相互作用,为未来COVID-19和T2D的治疗提供了新思路。

关键词：生物信息学新冠疫情二型糖尿病基因表达谱炎症

索马鲁肽治疗阿尔茨海默病的潜在靶点:沉默信息调节因子1

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中国组织工程研究 2024年第20期28卷 3235-3239页

作者：柴世凡李欣儒叶育采孙俊丽蔡红艳王昭君山西医科大学基础医学院生理学系细胞生理学教育部重点实验室细胞生理学山西省重点实验室山西省太原市030000 山西医科大学麻醉学院山西省太原市030000 山西医科大学基础医学院微生物与免疫教研室山西省太原市030000

背景:研究发现胰高血糖素样肽1及其类似物具有显著的神经保护作用,并且已有部分药物应用到阿尔茨海默病临床三期研究阶段,然而其发挥神经保护作用的具体机制尚不明确,有待进一步探讨阐明。目的:拟通过生物信息学和网络药理学分析方法筛... 详细信息

背景:研究发现胰高血糖素样肽1及其类似物具有显著的神经保护作用,并且已有部分药物应用到阿尔茨海默病临床三期研究阶段,然而其发挥神经保护作用的具体机制尚不明确,有待进一步探讨阐明。目的:拟通过生物信息学和网络药理学分析方法筛选出阿尔茨海默病发病机制的相关基因,以及索马鲁肽(一种胰高血糖素样肽1受体激动剂)治疗阿尔茨海默病的相关靶点,对两者进行综合分析挑选出潜在靶点基因,并在细胞水平加以验证。方法:利用DisGeNET数据库筛选出阿尔茨海默病患者与健康人群的差异基因,利用PubChem在线数据库得到索马鲁肽的化学结构式和2D结构图,利用DAVID在线数据库进行GO/KEGG富集分析,利用STRING数据库进行蛋白互作网络的构建,利用HPA数据库判断目的蛋白在人体各组织中的分布特点,最后使用蛋白印迹技术和免疫荧光技术检测索马鲁肽干预HT22细胞之后的蛋白表达情况。结果与结论:①利用DisGeNET数据库内数据得到3374个阿尔茨海默病患者与健康人群的差异基因,同时获得索马鲁肽潜在药物的101个靶基因,取两者交集得到23个相关基因;结合蛋白互作网络从中筛选出10个关键基因,分别是沉默信息调节因子1(SIRT1)、CASP9、CCND1、CASP1、KEAP1、DLG4、CASP4、GRB2、GRIA1、EDNRA;②GO基因功能分析显示关键基因主要富集在:半胱氨酸型内肽酶的正向调节活动,蛋白溶解的正向调节,半胱氨酸型内肽酶的正向调节,涉及凋亡活动过程的细胞质部分,AMPA谷氨酸受体复合物,炎症复合物,CARD结构域结合,半胱氨酸型内肽酶活性,半胱氨酸型内肽酶活性参与凋亡过程;KEGG信号通路分析结果主要为:结直肠癌,非小细胞癌,子宫内膜癌,上述均与免疫浸润、炎症、自噬凋亡相关;此外,根据关键基因的关联度排名及在HPA在线数据库不同组织中的分布情况,挑选出最显著的差异基因为SIRT1;③细胞实验显示,SIRT1蛋白表达在β-淀粉样蛋白1-42干预后的HT22细胞中显著下调,而经过索马鲁肽处理后明显上升;④结果显示,SIRT1可能是索马鲁肽治疗阿尔茨海默病的靶点基因。

关键词： DisGeNet数据库阿尔茨海默病索马鲁肽 2型糖尿病生物信息学网络药理学沉默信息调节因子1

多元纵向测量的潜在过程模型在轻度认知障碍逆转研究中的应用

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中国卫生统计 2024年第1期41卷 64-67,71页

作者：秦瑶韩红娟刘龙陈杜荣马艺菲崔靖白文琳张荣余红梅山西医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室 030001 山西医科大学基础医学院数学教研室山西医科大学公共卫生学院儿少卫生学教研室重大疾病风险评估山西省重点实验室

目的将多元纵向测量的潜在过程模型应用于轻度认知障碍向认知正常逆转的研究,为慢性病纵向研究提供方法学借鉴。方法基于多个纵向认知标记物共同代表同一个潜在认知过程的假设,构建多元纵向测量的潜在过程模型,捕捉潜在认知过程随时... 详细信息

目的将多元纵向测量的潜在过程模型应用于轻度认知障碍向认知正常逆转的研究,为慢性病纵向研究提供方法学借鉴。方法基于多个纵向认知标记物共同代表同一个潜在认知过程的假设,构建多元纵向测量的潜在过程模型,捕捉潜在认知过程随时间的变化轨迹,量化不同纵向认知标记物解释潜在认知过程的贡献,讨论不同认知标记物用以衡量认知功能的敏感性,及其协变量效应。参数估计采用极大似然法,采用残差分析和不同纵向认知标记物解释潜在认知过程所占百分比进行拟合优度评价。结果性别(P=0.004),受教育年限(P=0.002),随访时间(P<0.001)和随访时间的二次方(P<0.001)与潜在认知过程显著相关。性别(P=0.048)与受教育年限(P=0.013)的不同纵向认知标记物之间有统计学差异。残差分析和潜在过程解释纵向测量变异的比例说明模型拟合良好。结论多元纵向数据潜在过程模型在痴呆等慢性病研究中具有很好的应用价值。

关键词：潜在过程纵向数据轻度认知障碍逆转

胰高血糖素样肽1受体激动剂治疗阿尔茨海默病的潜在靶点预测及验证

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中国组织工程研究 2024年第16期28卷 2568-2573页

作者：韩维娜徐晓庆史晋宁李欣儒蔡红艳邵阳学院普爱医学院(医学部)生理学教研室湖南省邵阳市422000 山西医科大学生理学系山西省太原市030000 山西医科大学基础医学院微生物与免疫教研室山西省太原市030000

背景:阿尔茨海默病的机制探究过程中揭示了生物信息学对共同靶点筛选的重要作用,能够利用其筛选结果为基础,探究药物对该疾病的治疗效果。目的:采用生物信息学与分子生物学等方法预测胰高血糖素样肽1受体激动剂利拉鲁肽治疗阿尔茨海默... 详细信息

背景:阿尔茨海默病的机制探究过程中揭示了生物信息学对共同靶点筛选的重要作用,能够利用其筛选结果为基础,探究药物对该疾病的治疗效果。目的:采用生物信息学与分子生物学等方法预测胰高血糖素样肽1受体激动剂利拉鲁肽治疗阿尔茨海默病的作用靶点。方法:利用DisGeNET数据库及SEA数据库获取阿尔茨海默病和利拉鲁肽作用的共同基因;利用DAVID在线数据库对共同靶点进行GO/KEGG富集分析;使用STRING数据库构建蛋白互作网络;使用CCK-8判断利拉鲁肽的最佳使用剂量;使用免疫荧光和免疫印迹技术对关键蛋白的表达情况进行分析。采用小鼠海马神经元HT22细胞系进行体外实验,细胞被随机分为3组:HT22组、HT22+Aβ组和HT22+Aβ+Lir组。HT22组不做特殊处理,HT22+Aβ组使用Aβ1-42干预HT22细胞系24 h构建Aβ损伤细胞模型,HT22+Aβ+Lir组在HT22+Aβ组的基础上添加利拉鲁肽12 h。结果与结论:①从DisGeNET数据库筛选出阿尔茨海默病相关联的基因,共得到3333个关联基因。再从SEA数据库中,得到利拉鲁肽的潜在作用靶点147个。最后使用R包筛选出阿尔茨海默病与利拉鲁肽共同靶点64个。②用DAVID数据库进行共同靶点的GO/KEGG分析,结果提示共同靶点主要富集在:神经活性配体-受体相互作用、肾素-血管紧张素系统、膀胱癌、内肽酶活性、肽受体活性、G蛋白偶联肽受体活性和转运囊泡等生物进程。③将已经得到的64个共同靶点蛋白导入至SRTING在线数据库进行蛋白互作网络构建,得到排名前3位的基因为基质金属蛋白酶2,9和白细胞介素1β。④采用CCK-8试剂盒检测了培养细胞的活性,确定利拉鲁肽拮抗Aβ1-42的最佳浓度为100 nmol/L。⑤在免疫印迹实验与免疫荧光实验中,较HT22组相比,在HT22+Aβ组内基质金属蛋白酶2,9和白细胞介素1β表达量明显上升(P<0.05);HT22+Aβ+Lir组较HT22+Aβ组相比基质金属蛋白酶2,9和白细胞介素1β的表达量显著下降(P<0.05)。⑥结合上述生物信息学数据及在GEO数据库的差异基因二次验证结果提示,基质金属蛋白酶2,9和白细胞介素1β均可作为利拉鲁肽治疗阿尔茨海默病的潜在作用靶点。

关键词：阿尔茨海默病利拉鲁肽胰高血糖素样肽1受体生物信息学 DisGeNET数据库 SEA数据库 GEO数据库 MMP9 MMP2 白细胞介素1β

多状态Markov模型在阿尔茨海默病自然史中的应用

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中国卫生统计 2024年第2期41卷 227-230,234页

作者：秦瑶韩红娟刘龙陈杜荣王浩基崔靖白文琳余红梅山西医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室 030001 山西医科大学基础医学院数学教研室山西医科大学公共卫生学院儿少卫生学教研室重大疾病风险评估山西省重点实验室

目的将多状态Markov模型应用于阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)自然史研究,为慢性病自然史研究提供方法学借鉴。方法基于美国公共数据库ADNI,构建正常认知(normal cognition,NC)-轻度认知障碍(mild cognitive impairment,MCI)-AD多状态Markov模型,估计不同状态间的转移强度、转移概率、影响因素和各状态的逗留时间,绘制生存曲线,并进行模型拟合优度评价。结果性别、年龄、FAQ、MMSE、CDRSB、ADAS13、TMT-B-Time是AD自然史中重要的影响因素;NC与MCI状态的平均逗留时间分别为7.502年,11.621年。多状态Markov模型拟合结果较好。结论多状态Markov模型在AD等多状态慢性病转归研究中具有很好的应用价值。

关键词：多状态Markov模型阿尔茨海默病慢性病自然史

淋巴结滤泡辅助T细胞淋巴瘤-血管免疫母细胞型临床病理特征和预后因素分析

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重庆医科大学学报 2024年

作者：贺娟王星宇何鸿王立鑫谭艳梅李源鑫黄颖余快赵敏谢涛李丹重庆医科大学基础医学院病理学教研室重庆医科大学附属第一医院第一分院消化内科

目的：探讨淋巴结滤泡辅助T细胞淋巴瘤-血管免疫母细胞型（nodal T-follicular helper cell lymphoma,angioimmunoblastic-type,nTFHL-AI）临床病理特征和预后因素。方法：回顾性分析63例nTFHL-AI患者临床信息，利用免疫组化（immunohistochemistry,IHC）、原位杂交（in situ hybridization,ISH）和抗原受体基因重排评估nTFHL-AI临床病理特征。使用Cox比例风险回归模型评估预后因素。结果：免疫染色提示CD4阳性肿瘤细胞例数明显超过CD8(66%vs. 5%)。Epstein-Barr病毒（Epstein-Barr virus,EBV）编码的小RNA(EBV-encoded small RNA,EBER)阳性患者比EBER阴性患者更易表达CXCL13(P=0.006)。5年总体生存期（overall survival,OS）和无进展生存期（progression-free survival,PFS）分别为31%和16%。CXCL13阳性组OS和PFS显著优于CXCL13阴性组（P=0.003、P=0.040）。相反，BCL6阳性表达与较差的OS和PFS相关（P=0.026、P=0.044）,EBER阴性也与较差的OS和PFS相关（P=0.013、P=0.047）。多因素分析表明EBER阴性是OS和PFS独立不良预后因素（P=0.001、P=0.003）。结论：CXCL13阳性预示nTFHL-AI患者预后良好，而BCL6阳性和EBER阴性与患者预后不良相关，并且EBER阴性是患者预后的独立危险因素。

关键词：淋巴结滤泡辅助T细胞淋巴瘤-血管免疫母细胞型滤泡辅助T细胞表型 Epstein-Barr病毒编码的小RNA 预后

基于网络药理学和体外实验探讨冠心宁注射液改善心肌肥厚的作用

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山西大学学报(自然科学版) 2024年

作者：申晶苗俊秋王德平石建云左琳封启龙曹济民山西医科大学基础医学院细胞生理学教育部重点实验室山西医科大学药学院

本文采用网络药理学方法，对冠心宁（Guanxinning, GXN）注射液改善心肌肥厚的关键靶点及作用机制进行探讨，并在细胞水平上进行验证。首先，利用中药系统药理学数据库分析平台TCMSP对GXN注射液活性成分进行筛选，并结合BATMAN-TCM、Swi... 详细信息

本文采用网络药理学方法，对冠心宁（Guanxinning, GXN）注射液改善心肌肥厚的关键靶点及作用机制进行探讨，并在细胞水平上进行验证。首先，利用中药系统药理学数据库分析平台TCMSP对GXN注射液活性成分进行筛选，并结合BATMAN-TCM、Swiss Target Prediction、OMIM、GeneCards和DisGeNet数据库分析其改善心肌肥厚的潜在靶点。通过String数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建潜在靶点间相互作用网络图并筛选核心靶点。将核心靶点输入Metascape数据库进行GO和KEGG富集分析，探索GXN抗心肌肥厚的潜在机制。其次，采用Autodock平台进行分子对接，预测活性成分与关键靶点的结合度。最后，在细胞水平上对GXN注射液改善心肌肥厚的作用机制进行验证。网络药理学筛选得到GXN注射液活性成分68个，GXN注射液改善心肌肥厚的关键靶点100个，主要MAPK信号通路、JAK-STAT信号通路、钙信号通路等。分子对接结果显示GXN注射液活性成分新隐丹参酮、米尔顿酮和脱氧隐丹参酮与MAPK1、SRC和MAPK3对接较为稳定。细胞实验结果显示，GXN可通过MAPK信号通路抑制心肌细胞肥大。本研究表明GXN注射液改善心肌肥厚具有多成分、多靶点和多途径的特点。

关键词：网络药理学分子对接冠心宁注射液心肌肥厚 MAPK信号通路