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结核分枝杆菌潜伏相关蛋白Rv2204c的生物信息学分析

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中国病原生物学杂志 2024年第1期19卷 32-35,41页

作者：王文涛姜吉亮王晓强隽中乾付玉荣伊正君潍坊医学院医学检验学院山东潍坊261053 潍坊医学院基础医学院

目的应用生物信息学方法分析结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)潜伏相关蛋白Rv2204c的结构及功能。方法从NCBI数据库中搜索Rv2204c蛋白的氨基酸序列,运用ProtParam, Signal 6.0 Server, ProtScale, TMHMM Server v.2.0,ProtCompB,NetNGlyc-1.0及NetPhos-3.1预测蛋白的理化性质、疏水性、信号肽、跨膜螺旋区、亚细胞定位及糖基化和磷酸化位点;运用SOPMA、SWISS-MODEL预测蛋白的二、三级结构;运用IEDB预测蛋白的B细胞抗原表位;采用SYFPEITHI,RANKPEP,NetMHC和NetCTL预测其细胞毒性T淋巴细胞(CTL)抗原表位;采用SYFPEITHI、RANKPEP预测其辅助性T(Th)淋巴细胞表位;利用MEGA构建Rv2204c蛋白进化树;运用STRING蛋白相互作用数据库预测Rv2204c相互作用蛋白。结果 Rv2204c蛋白氨基酸总数为118,为亲水性稳定蛋白;该蛋白无信号肽,无跨膜螺旋区;亚细胞定位主要为细胞质;无糖基化位点,含5个磷酸化位点;二级结构中α-螺旋(Hh)占23.73%,β-转角(Tt)占10.17%,无规则卷曲(Cc)占39.83%;含多个优势T、B细胞表位;其互作蛋白为Rv0398c, Rv0883c, pyrD(Rv2139),Rv1465,Rv1463,Rv2205c, ppiA(Rv0009),mmsA(Rv0753c),kgd(Rv1248c)和lipA(Rv2218),参与固氮、脂酸盐合成等多个生物过程。结论 Rv2204c为亲水性稳定蛋白,具有多个T、B细胞抗原表位,可能在潜伏结核感染过程中发挥重要作用,可作为结核病诊断的候选蛋白和治疗新靶点。

关键词：结核分枝杆菌结核潜伏感染 Rv2204c 生物信息学

基于免疫信息学的猴痘病毒多表位疫苗设计及免疫效果评价

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中国病原生物学杂志 2024年第8期19卷 869-874,879页

作者：宋浩然辛继莹王亚孙艳丽潍坊医学院医学检验学院山东潍坊261053

目的构建一种以猴痘病毒(monkeypox virus,MPXV)优势保护性抗原为基础的多表位疫苗。方法从NCBI网站获取9种MPXV蛋白的GenBank登录ID及其氨基酸序列;通过ABCpred、NetCTL 1.2和IEDB的MHC-I Immunogenicity模块分别预测9种MPXV蛋白的B、... 详细信息

目的构建一种以猴痘病毒(monkeypox virus,MPXV)优势保护性抗原为基础的多表位疫苗。方法从NCBI网站获取9种MPXV蛋白的GenBank登录ID及其氨基酸序列;通过ABCpred、NetCTL 1.2和IEDB的MHC-I Immunogenicity模块分别预测9种MPXV蛋白的B、CTL及Th细胞(HTL)表位;采用IEDB的MHC I Binding模块预测各CTL表位与特定MHC-I类分子的亲和力;使用VaxiJen v2.0、ToxinPred、AllerTOP v.2.0分别预测所得表位的抗原性、毒性及致敏性,从中筛选出具有最高抗原性但无细胞毒性和致敏性的表位,其中,CTL表位选择IC_(50)值学方法成功构建一种含多个优势抗原表位的MPXV疫苗,可能对猴痘病毒感染有预防作用。

关键词：猴痘病毒(MPXV) 免疫信息学多表位疫苗保护性抗原免疫效果

基于心脑血管疾病发病风险预测的CatBoost算法和贝叶斯网络模型分析

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吉林大学学报（医学版） 2024年第4期50卷 1044-1054页

作者：王爱民王凤琳黄一铭徐雅琪张文婧丛显铸苏维强王素珍高梦瑶李爽孔雨佳石福艳陶恩学山东第二医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室山东潍坊261053 山东第二医科大学基础医学院山东潍坊261053

目的:筛选影响心脑血管疾病发病的主要特征变量,基于排序前10位的特征变量构建心脑血管疾病发病风险贝叶斯网络模型,为心脑血管疾病发病风险预测提供参考。方法:从英国生物样本(UK Biobank)数据库中纳入315896例参与者和相关变量,通过... 详细信息

目的:筛选影响心脑血管疾病发病的主要特征变量,基于排序前10位的特征变量构建心脑血管疾病发病风险贝叶斯网络模型,为心脑血管疾病发病风险预测提供参考。方法:从英国生物样本(UK Biobank)数据库中纳入315896例参与者和相关变量,通过类别型特征提升(CatBoost)算法进行特征选择,将所有参与者按7∶3比例随机分为训练集和测试集,并基于最大最小爬山(MMHC)算法构建贝叶斯网络模型。结果:本研究中人群心脑血管疾病患病率为28.8%。CatBoost算法筛选的排名前10位变量分别为年龄、体质量指数(BMI)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、总胆固醇(TC)、甘油三酯-葡萄糖(TyG)指数、家族史、载脂蛋白A/B比值、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、吸烟状态和性别。CatBoost训练集模型受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)为0.770,模型准确性为0.764;验证集模型AUC为0.759,模型准确性为0.763。临床效能分析,训练集阈值范围为0.06~0.85,验证集阈值范围为0.09~0.81。心脑血管疾病发病风险贝叶斯网络模型分析,年龄、性别、吸烟状态、家族史、BMI和载脂蛋白A/B比值与心脑血管疾病直接相关,是心脑血管疾病发生的重要风险因素,TyG指数、HDL-C、LDL-C和TC通过影响BMI和载脂蛋白A/B比值间接影响心脑血管疾病的发生风险。结论:控制BMI、载脂蛋白A/B比值和吸烟行为,可以降低心脑血管疾病的发病风险。贝叶斯网络模型可用于预测心脑血管疾病发病风险。

关键词：心脑血管疾病 CatBoost算法贝叶斯网络风险推理

大鼠脑缺血再灌注损伤后肠道不同节段内褪黑素受体的变化

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神经解剖学杂志 2024年第3期40卷 295-304页

作者：王洁肖培伦陈雨婷范佳琦张月霞王晓莉于树娜山东第二医科大学基础医学院人体解剖学教研室潍坊261053 山东第二医科大学医学影像学院潍坊261053

目的:脑缺血再灌注损伤(CIRI)可通过脑-肠轴对胃肠道等远隔器官造成损害。已知褪黑素可通过激活特定的受体发挥神经保护作用。然而,脑组织缺血后胃肠道中褪黑素受体的变化及其与肠道损伤的关系仍不清楚。方法:将24只成年雄性SD大鼠随机... 详细信息

目的:脑缺血再灌注损伤(CIRI)可通过脑-肠轴对胃肠道等远隔器官造成损害。已知褪黑素可通过激活特定的受体发挥神经保护作用。然而,脑组织缺血后胃肠道中褪黑素受体的变化及其与肠道损伤的关系仍不清楚。方法:将24只成年雄性SD大鼠随机分为假手术(Sham)组和CIRI组,CIRI组采用Zea-Longa线栓法制备脑缺血再灌注模型,缺血2 h,再灌注24 h后收集大鼠空肠、回肠及结肠组织。采用2,3,5-三苯四唑氯(TTC)染色和HE染色观察CIRI后脑组织和肠组织的损伤程度,免疫荧光染色观察肠道封闭蛋白1(ZO-1)和Claudin5的表达,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)、免疫荧光染色和Western Blot检测褪黑素受体1(MT1)和褪黑素受体2(MT2)的表达变化。通过一般线性回归分析CIRI后褪黑素受体与肠道紧密连接蛋白的相关性。结果:TTC染色显示,CIRI组大鼠脑梗死面积明显高于Sham组;HE染色显示,CIRI组大鼠肠绒毛断裂、缩短,杯状细胞减少。免疫荧光染色结果显示CIRI组大鼠肠组织内ZO-1^(+)和Claudin5^(+)的表达明显低于Sham组(P<0.05);RT-qPCR显示,CIRI组MT1和MT2 mRNA的表达明显低于Sham组(P<0.05),其中,结肠组织的降低最为明显。免疫荧光染色和Western Blot结果也显示,与Sham组相比,CIRI组MT1和MT2蛋白的表达显著降低(P<0.05);一般线性回归分析显示,Sham组与CIRI组的MT1+和MT2+平均荧光强度的差值与两组间Claudin5+和ZO-1+平均荧光强度的差值均呈正相关。结论:CIRI后空肠、回肠和结肠内MT1和MT2的表达均降低,且结肠组织降低的最为显著,提示脑卒中的愈后不良可能与褪黑素受体的降低有一定相关性。

关键词：脑缺血再灌注损伤脑-肠轴肠褪黑素受体大鼠

溶血磷脂酸在巨噬细胞中作用的分子机制及潜在临床价值

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中国生物化学与分子生物学报 2024年

作者：赵嘉怡杨晓杨晓云山东第二医科大学基础医学院生物化学与分子生物学系山东第二医科大学基础医学院智能诊疗与分子疾病协同创新重点实验室山东第二医科大学护理学院护理学基础教研室

巨噬细胞是一类重要免疫细胞，主要来源骨髓中的髓系祖细胞，具有吞噬和抗原呈递、参与先天免疫和炎症反应的功能。溶血磷脂酸（lysophosphatidic acid， LPA）是一种活跃的磷脂信号分子，可以诱导巨噬细胞的分化和极化，可以调节巨噬... 详细信息

巨噬细胞是一类重要免疫细胞，主要来源骨髓中的髓系祖细胞，具有吞噬和抗原呈递、参与先天免疫和炎症反应的功能。溶血磷脂酸（lysophosphatidic acid， LPA）是一种活跃的磷脂信号分子，可以诱导巨噬细胞的分化和极化，可以调节巨噬细胞的迁移和浸润，还可以调节巨噬细胞参与的炎症反应。本文以LPA在巨噬细胞中的作用为切入点，综述了近年来LPA在巨噬细胞中作用的分子机制，LPA通过诱导相关调节因子和细胞因子，在巨噬细胞的分化和极化中发挥重要作用；LPA受体介导相关信号通路调节巨噬细胞的迁移和浸润；ATX/LPA信号轴及相关细胞因子参与巨噬细胞的炎症调节。此外，还综述了LPA在肿瘤相关巨噬细胞和巨噬细胞炎症反应疾病中的调控作用及潜在临床价值。目前，LPA在巨噬细胞中作用的分子机制尚未完全阐明，深入研究LPA在巨噬细胞中的受体表达、生物学作用及调控机制，将为巨噬细胞相关疾病和癌症的治疗提供新的策略。

关键词：溶血磷脂酸巨噬细胞肿瘤免疫癌症细胞信号

HLA和IL基因多态性及其与复发性自然流产的相关性

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中华妇幼临床医学杂志（电子版） 2024年第3期20卷 251-259页

作者：张少华林爱齐张玉董晓云刘红英中国人民解放军海军军医大学长海医院上海200433 中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室青岛266071 淄博市中心医院儿科淄博255000 潍坊医学院生物科学与技术学院遗传学教研室潍坊261053

复发性自然流产(RSA)是由多基因和多种环境因素共同作用所致的多基因遗传病,其中育龄女性遗传因素、免疫异常、内分泌功能异常、生殖系统解剖结构异常和病原微生物感染等,均可导致RSA发生。人类白细胞抗原(HLA)家族与白细胞介素(IL)家... 详细信息

复发性自然流产(RSA)是由多基因和多种环境因素共同作用所致的多基因遗传病,其中育龄女性遗传因素、免疫异常、内分泌功能异常、生殖系统解剖结构异常和病原微生物感染等,均可导致RSA发生。人类白细胞抗原(HLA)家族与白细胞介素(IL)家族基因多态性,在母-胎界面免疫调节中发挥重要作用。HLA和IL基因突变,可致育龄女性免疫调节功能异常,是导致育龄女性发生RSA的主要因素。笔者拟就HLA和IL基因多态性及其与RSA相关性的最新研究现状进行阐述。

关键词：流产,自然流产,习惯性复发性自然流产基因多态性人类白细胞抗原基因白细胞介素基因育龄女性

温针灸联合依帕司他治疗老年糖尿病周围神经病变效果

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中国老年学杂志 2024年第19期 4681-4685页

作者：冯学强相佳宁李泉曹志斌潍坊医学院附属医院血管介入科潍坊医学院附属医院内分泌代谢病科潍坊医学院附属医院中医科

目的探讨老年糖尿病周围神经病变(DPN)采用温针灸联合依帕司他治疗的疗效。方法前瞻性纳入82例老年DPN患者，依据随机数表法分为两组各41例。两组均实施常规治疗+依帕司他，在此基础上对照组实施普通针刺，观察组实施温针灸，连续治疗... 详细信息

目的探讨老年糖尿病周围神经病变(DPN)采用温针灸联合依帕司他治疗的疗效。方法前瞻性纳入82例老年DPN患者，依据随机数表法分为两组各41例。两组均实施常规治疗+依帕司他，在此基础上对照组实施普通针刺，观察组实施温针灸，连续治疗3 w。比较两组疗效，治疗前后中医证候积分、症状改善情况、神经传导速度、实验室指标及生活质量，记录不良反应。结果观察组总有效率显著高于对照组(P学指标水平显著高于观察组，白细胞介素(IL)-β、IL-8水平显著低于对照组，血清一氧化氮(NO)水平显著高于对照组，生活质量评分显著高于对照组(P学差异(P>0.05)。结论温针灸联合依帕司他治疗老年DPN可提高疗效，帮助症状缓解，改善患者神经传导速度、血液流变学及炎症反应，患者生活质量提高，且安全性好。

关键词：依帕司他糖尿病神经病变温针灸

核仁复合孔相关蛋白4在活化后T细胞中的初步功能探索

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生物工程学报 2024年

作者：尹家军郭洁张建华中国科学院微生物研究所中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室山东第一医科大学基础医学院

核仁复合孔相关蛋白4（nucleolar complex associated 4 homolog， NOC4L）是一种重要的核糖体生物发生因子，为从翻译调控方面初步探究其在活化后T细胞中的作用，本研究首先利用构建好的Noc4lmCherry转基因报告小鼠，通过流式细胞术检... 详细信息

核仁复合孔相关蛋白4（nucleolar complex associated 4 homolog， NOC4L）是一种重要的核糖体生物发生因子，为从翻译调控方面初步探究其在活化后T细胞中的作用，本研究首先利用构建好的Noc4lmCherry转基因报告小鼠，通过流式细胞术检测NOC4L在不同状态下的CD4+T细胞中的表达水平；之后进一步检测在Th1和Th17细胞极化条件下，NOC4L随细胞增殖的表达情况；最后通过一系列体外实验检测在Th1和Th17细胞活化过程中与NOC4L相互作用的蛋白质，探究NOC4L发挥作用的可能机制。结果显示，NOC4L在活化的CD4+T细胞中表达水平增加，并且NOC4L的表达与活化后T细胞的增殖水平及分裂特性密切相关；体外实验发现，在T细胞活化过程中，NOC4L与核糖体组装及增殖代谢相关蛋白之间存在相互作用。该结果为进一步探究辅助性T细胞的转录后调控奠定了基础，对深入理解T细胞的活化和调控机制具有重要意义。

关键词：核仁复合孔相关蛋白4 活化T细胞翻译调控细胞增殖

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山东主要蜱种分布现状及蜱携病原的研究进展

中华卫生杀虫药械 2024年第2期30卷 185-190页

作者：于莲琪张本光盛兆安山东第一医科大学山东省医学科学院山东省寄生虫病防治研究所山东济宁272033 济宁医学院基础医学院病原生物学教研室山东济宁272067

蜱是专性吸血的医学节肢动物,是人和动物某些致病性病毒、细菌、原虫的传播媒介,蜱传疾病的流行和传播已成为重要的公共卫生问题。山东地处中国华东地区的沿海,濒临渤海和黄海,气候温暖,四季分明,地形多样,为蜱传疾病的发生提供了便利... 详细信息

蜱是专性吸血的医学节肢动物,是人和动物某些致病性病毒、细菌、原虫的传播媒介,蜱传疾病的流行和传播已成为重要的公共卫生问题。山东地处中国华东地区的沿海,濒临渤海和黄海,气候温暖,四季分明,地形多样,为蜱传疾病的发生提供了便利。就山东主要蜱种分布现状及蜱携病原的研究进展进行综述,总结山东地区现有蜱分布及蜱携病原研究资料。这些结果有助于为制定蜱及蜱传疾病防治方案提供科学依据。

关键词：蜱种蜱传病原山东研究进展