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美洲鳗鲡腺瘤病毒(AEAdoV)普通PCR和SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

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水产学报 2024年第4期48卷 214-221页

作者：孔文迪陈曦杨金先葛均青福建省农业科学院生物技术研究所

为建立美洲鳗鲡腺瘤病毒(AEAdoV)的检测方法，根据AEAdoV福建株(AEAdoVFJ)的superfamily 3 helicases (S3H)序列，设计引物，建立了AEAdoV的普通PCR和qPCR检测方法；进一步评价检测方法的灵敏性、特异性及重复性，利用2种方法对美洲鳗... 详细信息

为建立美洲鳗鲡腺瘤病毒(AEAdoV)的检测方法，根据AEAdoV福建株(AEAdoVFJ)的superfamily 3 helicases (S3H)序列，设计引物，建立了AEAdoV的普通PCR和qPCR检测方法；进一步评价检测方法的灵敏性、特异性及重复性，利用2种方法对美洲鳗鲡“出血性烂鳃”病料进行了检测，并对美洲鳗鲡体内不同组织的病毒含量进行分析。结果显示，普通PCR扩增的目的片段长度约300 bp，利用其构建的qPCR质粒标准品，其拷贝数与qPCR阈值循环数(Ct)线性关系良好，线性范围广，标准曲线相关系数(R2)达到0.999，扩增效率为105.067%。建立的普通PCR法和qPCR的最低检测AEAdoV拷贝数分别为100个和10个。2种方法均可特异性检测AEAdoV，而对蛙虹彩病毒(RGV)、鳗鲡疱疹病毒(AngHV)、鲤疱疹病毒(KHV)、对虾白斑综合征病毒(WSSV)、日本鳗鲡内皮细胞坏死病毒(JEAdoV)和花鳗鲡腺瘤病毒(MEAdoV)均无扩增反应。qPCR法的组内和组间变异系数均小于2%，表明其重复性良好。临床应用结果显示，35份美洲鳗鲡“出血性烂鳃”病料，采用普通PCR法的AEAdoV检出率为82.8%，而qPCR法的AEAdoV检出率为97%。对美洲鳗鲡不同组织的病毒含量分析结果显示，心脏、肝脏、鳃、鳍的AEAdoV相对含量较高，而黏液、皮肤和脾脏的病毒含量相对较低。研究表明，建立的AEAdoV的灵敏度高、特异性强的普通PCR和qPCR检测方法，证实AEAdoV与美洲鳗鲡“出血性烂鳃”病密切相关，且在感染鳗鲡主要组织中都存在。实验结果对于研究AEAdoV的致病性，开展其流行情况和病原学情况分析具有重要意义。

关键词：美洲鳗鲡腺瘤病毒(AEAdoV) 普通PCR 荧光定量PCR SYBR GreenⅠ 检测方法

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西番莲花芽分化过程观察及花生长模型的拟合

中国农业科学 2024年第4期57卷 765-778页

作者：田青兰周俊妞吴艳艳刘洁云黄伟华张英俊谢文连韦广谭牟海飞广西农业科学院生物技术研究所

【目的】明确我国南方生态区主栽西番莲品种的花芽分化过程，建立西番莲花芽形态分化的花生长模型，为西番莲促花保花提供参考。【方法】以紫果类主栽品种‘台农1号’(TN)和黄果类广西主推新品种‘壮蜜05’(同‘壮乡蜜宝’，MB)为试验... 详细信息

【目的】明确我国南方生态区主栽西番莲品种的花芽分化过程，建立西番莲花芽形态分化的花生长模型，为西番莲促花保花提供参考。【方法】以紫果类主栽品种‘台农1号’(TN)和黄果类广西主推新品种‘壮蜜05’(同‘壮乡蜜宝’，MB)为试验材料，通过扫描电镜和石蜡切片解剖观察两品种花芽分化过程，观察茎顶端分生组织以下各节位分化进程，并测量各节位花芽的第一苞片长、叶片长、卷须长；通过将茎顶端分生组织以下第7节记为初始标记节位，此时花芽为第一苞片分化期，跟踪调查标记后0—16 d花芽分化进程及标记后至开花的第一苞片长、花蕾长等5个花形态指标的动态变化，构建花生长模型。【结果】供试的两个西番莲品种花芽分化的主要过程包括第一苞片形成期、额外苞片形成期、萼片形成期、花瓣形成期、雄蕊形成期、雌蕊形成期和副花冠形成期等，其中第一苞片形成到雌蕊形成历时10—12 d,TN较MB进程快1—2 d，雌蕊形成是西番莲花芽发育成功的重要标志，此时花芽第一苞片长度为3—4 mm，第一苞片形成到开花历时36—44 d,TN较MB进程快3—4 d。茎顶端分生组织以下第4—5节位可见卷须分化，第6节位花原基分化，着生于卷须旁侧，第7节位可见第一苞片分化，第9节位出现腋生营养分生组织，单独位于卷须和花芽内侧，第10—11节位可见腋芽形成，第14—15节位雌蕊原基分化。利用Origin软件对MB和TN的第一苞片长度、第一苞片宽度、花梗长、花蕾长、花梗和花蕾总长共5个花形态指标和标记后天数进行Logistic模型的非线性回归拟合，决定系数R2为0.9524—0.9988，标准化均方根误差(n RMSE)为8.54%—19.62%，模型方程的拟合效果较好。根据模型参数和实际观察，苞片的长度在标记后即第一苞片形成期后11—12 d进入快速增长期，标记后24—26 d进入缓慢增长期后趋于稳定；之后花梗和萼片迅速生长，萼片长度超过苞片，花蕾和花梗总长在标记后24—25 d进入快速增长期，标记后41—42 d进入缓慢增长期到最大值后开花。【结论】西番莲的花芽与卷须紧靠，而与营养芽分开独立；西番莲花芽分化和形态分化可分为3个阶段，第一苞片形成期到雌蕊形成期，历时10—12 d；苞片生长期，历时12—14 d；花梗和花蕾生长期，历时15—17 d。在西番莲实际生产中，可通过花生长模型预测开花时间，通过苞片长度等形态指标判断花芽分化进程，为促花保花方案提供参考依据。

关键词：西番莲花芽分化花生长模型形态分化

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茭白病害及其病原菌名称的演变

植物保护 2024年第2期50卷 252-260,286页

作者：龚婉肖紫兰李斌郭得平张敬泽浙江大学农业与生物技术学院生物技术研究所杭州310058 浙江大学农业与生物技术学院蔬菜研究所杭州310058

茭白是我国重要的特色水生蔬菜之一,对于丰富菜篮子和提高农民收入起到重要作用。随着大规模的人工栽培,茭白病害日益成为影响茭白产业发展的严重问题。然而,生产中经常存在不能正确使用茭白病害及其病原菌名称的问题,影响了对病害的识... 详细信息

茭白是我国重要的特色水生蔬菜之一,对于丰富菜篮子和提高农民收入起到重要作用。随着大规模的人工栽培,茭白病害日益成为影响茭白产业发展的严重问题。然而,生产中经常存在不能正确使用茭白病害及其病原菌名称的问题,影响了对病害的识别与防治。这是由于不同研究者对病害认识的侧重点不同,导致同一病害在不同国家或地区具有不同的名称;而随着人们对病原菌认识的不断深入,引起病原菌分类地位的不断变化,也使同一种病原菌在分类史上出现不同的名称。正确使用病害及其病原菌名称,可提供病害特征及其病原菌生物学特性的信息,这对指导病害识别与防治尤为重要。本文系统介绍了茭白病害及其病原菌,尤其从病原菌分类史上说明病原菌名称演变的原因以及最新研究进展,为理解和正确使用病原菌名称提供了参考依据。同时,结合我们的研究工作,展望了茭白病害和病原菌未来研究和发展的趋势,提出了潜在病原菌可能传播的植物检疫问题。

关键词：美味黑粉菌稻平脐蠕孢冠单胞锈菌菠萝泛菌菰类腐霉研究进展

新流腺三联灭活疫苗对禽流感病毒和禽腺病毒流行株攻毒的免疫保护试验

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动物医学进展 2024年第2期45卷 90-94页

作者：杨灵芝李本科朱杰李振清李桂芹山东博莱威生物技术研究所山东滨州256606 山东滨州沃华生物工程有限公司山东滨州256606 滨州市农业技术推广中心山东滨州256600 滨州职业学院山东滨州256603

为了验证鸡新城疫、禽流感(H9亚型)、禽腺病毒病(Ⅰ群,4型)三联灭活疫苗对H9亚型禽流感、禽腺病毒(Ⅰ群,4型)流行毒株的免疫保护效果,采用三联灭活疫苗免疫3周龄SPF鸡,免疫后21 d采血测定禽流感H9亚型HI抗体效价,同时分别用H9亚型禽流... 详细信息

为了验证鸡新城疫、禽流感(H9亚型)、禽腺病毒病(Ⅰ群,4型)三联灭活疫苗对H9亚型禽流感、禽腺病毒(Ⅰ群,4型)流行毒株的免疫保护效果,采用三联灭活疫苗免疫3周龄SPF鸡,免疫后21 d采血测定禽流感H9亚型HI抗体效价,同时分别用H9亚型禽流感病毒YT株、HD株、CX株和DL株以及禽腺病毒(Ⅰ群,4型)QD株、NJ株、HA株和CZ株进行攻毒,观察疫苗对H9亚型禽流感及禽腺病毒(Ⅰ群,4型)流行毒株的免疫保护效果。结果显示,免疫组禽流感H9亚型HI抗体效价几何平均值为1∶676~1∶832,对照组试验鸡HI抗体均<1∶2;用H9亚型禽流感病毒YT株、HD株、CX株和DL株攻毒,对照组鸡9/10~10/10发病,免疫组鸡均9/10以上保护;用禽腺病毒(Ⅰ群,4型)QD株、NJ株、HA株和CZ株攻毒,对照组鸡9/10~10/10发病,免疫组鸡均10/10保护。表明新流腺三联灭活疫苗对2020-2022年分离的H9亚型禽流感病毒及禽腺病毒(Ⅰ群,4型)流行毒株感染具有良好的免疫保护效果。

关键词：鸡三联灭活疫苗流行毒株免疫保护

莨菪碱6β-羟化酶，一种潜在的多功能氧化酶催化剂

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生物工程学报 2024年

作者：陈曦吴洽庆朱敦明中国科学院天津工业生物技术研究所国家合成生物技术创新中心

2-酮戊二酸/Fe2+依赖的双加氧酶能够实现复杂结构化合物sp3杂化C-H键的官能化反应，并且反应条件温和，对底物具有高度的区域和立体选择性。莨菪碱6β-羟化酶(hyoscyamine 6β-hydroxylase， H6H)属于此类双加氧酶，是催化合成东莨菪碱... 详细信息

2-酮戊二酸/Fe2+依赖的双加氧酶能够实现复杂结构化合物sp3杂化C-H键的官能化反应，并且反应条件温和，对底物具有高度的区域和立体选择性。莨菪碱6β-羟化酶(hyoscyamine 6β-hydroxylase， H6H)属于此类双加氧酶，是催化合成东莨菪碱的最后两步的关键酶，依次实现莨菪碱的6β-羟化和6，7位的环氧化反应。本文介绍了莨菪碱6β-羟化酶催化机制、底物谱和应用进展，对该酶转化不同结构特点底物的羟化、环氧化等反应的潜在能力进行了评估，为后续对酶的设计改造和应用研究提供理论基础。

关键词： 2-酮戊二酸/Fe 依赖的双加氧酶莨菪碱6β-羟化酶催化机制底物谱

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养鸡场空气微生物污染及工人呼吸暴露风险

环境科学 2024年第3期45卷 1840-1848页

作者：白渔樵孙兴滨仇天雷郭雅杰高敏王旭明东北林业大学林学院哈尔滨150040 北京市农林科学院生物技术研究所北京100097

动物养殖场是空气环境微生物污染的重要来源,然而目前关于养殖场空气中微生物污染特征的时间规律少有报道.针对以上情况,以蛋鸡场为例,采用16S r RNA基因扩增子测序分别对养殖场空气和粪便环境中细菌分布特点及呼吸暴露展开为期80余周... 详细信息

动物养殖场是空气环境微生物污染的重要来源,然而目前关于养殖场空气中微生物污染特征的时间规律少有报道.针对以上情况,以蛋鸡场为例,采用16S r RNA基因扩增子测序分别对养殖场空气和粪便环境中细菌分布特点及呼吸暴露展开为期80余周的研究.结果表明,空气和粪便样本中16S r RNA含量范围分别在6.08×10^(5)~4.90×10^(6)copies·m^(-3)和4.27×10^(8)~1.15×10^(10)copies·g^(-1)之间.空气中细菌浓度的平均值在冬季显著高于夏季,而生物多样性则呈现相反趋势.蛋鸡场空气与粪便中的优势细菌门均为厚壁菌门(Firmicutes).在所调查时间内,空气中前3个优势菌属的种类较为稳定,依次为乳杆菌属(Lactobacillus)、拟杆菌属(Bacteroides)和栖粪杆菌属(Faecalibacterium),而粪便中优势菌属则随养殖时间的增加波动较大.空气和动物粪便中细菌和致病菌群落结构的相关性均不显著,但不同介质中两种目标微生物的含量均显著相关.粪便中细菌的气溶胶化指数随养殖时间的增加而呈上升趋势,而致病菌趋势相反.其中,瘤胃菌科torques属([Ruminococcus]_torques_group)、拟杆菌属(Bacteroides)和栖粪杆菌属(Faecalibacterium)为最易发生气溶胶化的前3个致病菌属.养鸡场工人的细菌呼吸暴露具有季节性差异,其中细菌和致病菌摄入量的平均值分别为2.54×10^(7)copies·d^(-1)和2.87×10^(5)copies·d^(-1).研究结果将为系统评估养殖场空气微生物的污染特征和潜在健康风险,对以及制定相应的职业暴露行业标准和防控措施提供科学依据.

关键词：养殖场细菌气溶胶致病菌属时间规律呼吸暴露

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甘肃紫苏资源遗传多样性分析及核心种质构建

中国油料作物学报 2024年

作者：崔文娟罗俊杰陈军欧巧明甘肃省农业科学院生物技术研究所

为提高紫苏地方种质资源的利用效率，对来自甘肃的5个栽培区的127份紫苏地方种质资源，利用SSR分子标记技术进行遗传多样性分析。根据127份资源的UPGMA聚类结果，应用位点优先取样策略，并结合采集地信息开展核心种质构建。结果表明，... 详细信息

为提高紫苏地方种质资源的利用效率，对来自甘肃的5个栽培区的127份紫苏地方种质资源，利用SSR分子标记技术进行遗传多样性分析。根据127份资源的UPGMA聚类结果，应用位点优先取样策略，并结合采集地信息开展核心种质构建。结果表明，甘肃地方紫苏种质资源具有较低水平的遗传多样性，Nei’s基因多样性指数（H）为0.2366,Shannon多样性指数（I）为0.3724，陇南和天水、平凉和庆阳之间分别具有更高的亲缘关系。最终获得由38份紫苏地方材料组成的核心种质。利用均值、方差、极差、变异系数等指标对紫苏核心种质的7个表型性状、5个油用品质性状检验，表明所构建的核心种质具有较好的代表性和遗传多样性。

关键词：紫苏种质资源 SSR 遗传多样性核心种质

鳗鲡疱疹病毒实时荧光重组酶辅助扩增(RAA)检测方法的建立及应用

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大连海洋大学学报 2024年第2期39卷 234-240页

作者：陈曦杨金先葛均青福建省农业科学院生物技术研究所福建福州350003

为建立鳗鲡疱疹病毒(Anguillid herpesvirus,AngHV)的实时荧光重组酶辅助扩增(recombinase-aided amplification,RAA)检测方法,根据AngHV的ORF 95基因序列设计引物和探针,优化反应温度,确定反应时间,并应用该方法对采集的临床样品进行... 详细信息

为建立鳗鲡疱疹病毒(Anguillid herpesvirus,AngHV)的实时荧光重组酶辅助扩增(recombinase-aided amplification,RAA)检测方法,根据AngHV的ORF 95基因序列设计引物和探针,优化反应温度,确定反应时间,并应用该方法对采集的临床样品进行检测。结果表明:本研究中建立的实时荧光RAA检测方法的最佳反应温度为39℃,反应时间为20 min;实时荧光RAA检测方法的灵敏度、特异性及重复性评价显示,RAA检测AngHV的最低检测量为1×10^(2)copies/μL,可特异性地检测AngHV,与美洲鳗鲡腺瘤病毒(American eel adomavirus,AEAdoV)、蛙虹彩病毒(Rana grylio virus,RGV)、鲤疱疹病毒(Koi herpesvirus,KHV)和对虾白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)均无交叉反应;实时荧光RAA检测方法的组内和组间变异系数均小于5%,表明实时荧光RAA检测方法灵敏度高、特异性强和重复性好;应用该方法对采集的25份临床样品进行检测显示,实时荧光RAA检测方法与qPCR方法的检出率一致,均为92%,高于普通PCR的检出率(76%)。研究表明,本研究中所建立的鳗鲡疱疹病毒实时荧光重组酶辅助扩增RAA检测方法快速、灵敏、可靠、准确,可用于AngHV的临床快速检测和流行病学调查。

关键词：鳗鲡疱疹病毒(AngHV) 实时荧光RAA 快速检测

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赤苍藤WRKY基因家族的全基因组鉴定及表达模式分析

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西南农业学报 2024年

作者：黄诗宇杨天为张向军田姗姗高曼熔李婷石前张尚文广西农业科学院生物技术研究所

【目的】探究赤苍藤WRKY转录因子在不同组织及其生长发育过程中的功能作用，为深入地解析赤苍藤生长发育的分子调控机制提供理论依据。【方法】利用生物信息学方法对赤苍藤WRKY基因家族进行全基因组鉴定，分析赤苍藤WRKY基因家族成员的... 详细信息

【目的】探究赤苍藤WRKY转录因子在不同组织及其生长发育过程中的功能作用，为深入地解析赤苍藤生长发育的分子调控机制提供理论依据。【方法】利用生物信息学方法对赤苍藤WRKY基因家族进行全基因组鉴定，分析赤苍藤WRKY基因家族成员的结构和功能，并通过转录组测序分析WRKYs基因在不同组织的表达模式。【结果】共鉴定66个EsWRKYs基因，在11条染色体中均有分布，亚细胞定位预测有62个EsWRKY蛋白定位在细胞核，系统发育分析将赤苍藤WRKY蛋白家族成员分为三大类（Ⅰ～III），分别有18、44和4个成员，其中Ⅱ类可分为5个亚类（Ⅱa～Ⅱe），分别有3、7、18、8和8个成员，66个EsWRKYs基因的外显子有2～11个，保守基序分析结果显示Motif1和Motif3包含WRKY结构域，Motif1是EsWRKYs蛋白最主要的保守基序，EsWRKYs基因家族成员启动子区有与生长发育、逆境响应、激素响应等相关的19种顺式作用元件。表达模式分析显示EsWRKY14、EsWRKY22、EsWRKY29、EsWRKY30、EsWRKY47和EsWRKY61可能参与赤苍藤茎叶的生长发育过程，多数EsWRKYs基因在种仁发育过程中显著下调，表明这些EsWRKYs基因可能在种仁发育前期发挥主要作用。【结论】66个赤苍藤WRKY基因家族成员的理化性质具有较大差异，均具有WRKY保守结构域，EsWRKYs基因在不同组织中表达模式不同，在生长发育、逆境胁迫及次生代谢过程等方面可能发挥重要作用。

关键词：赤苍藤 WRKY转录因子基因家族生物信息学分析表达模式分析