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长角血蜱成蜱的毛细管和生物膜2种人工饲喂技术的建立与初步应用

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中国农业大学学报 2024年第11期 131-140页

作者：陈方维郑亚鑫董子榕王冰洁王健瑜陈倩关兴艾缪娟娟黄彬王佳璐赵俊龙贺兰华中农业大学动物科学技术学院动物医学院/农业微生物学国家重点实验室

为开发硬蜱人工感染技术以便于探索其与病原体之间的共生机制及传播机制，本研究将长角血蜱成蜱分为3组，分别为经毛细管饲喂后叮咬小鼠、小鼠体表叮咬后进行生物膜饲喂和小鼠体表叮咬至饱血3种方式，其中小鼠体表叮咬至饱血为对照组。... 详细信息

为开发硬蜱人工感染技术以便于探索其与病原体之间的共生机制及传播机制，本研究将长角血蜱成蜱分为3组，分别为经毛细管饲喂后叮咬小鼠、小鼠体表叮咬后进行生物膜饲喂和小鼠体表叮咬至饱血3种方式，其中小鼠体表叮咬至饱血为对照组。对饱血蜱体重、孕卵期和产卵量，以及3种饱血方式下蜱的存活率、饱血率和产卵率进行分析，最终建立了针对长角血蜱成蜱的毛细管饲喂和生物膜饲喂技术。同时，通过该技术为长角血蜱饲喂吉氏巴贝斯虫，完成了两种长角血蜱饲喂方式在吉氏巴贝斯虫蜱传性评价的初步应用。结果表明：1）毛细管饲喂后接小鼠体表叮咬的饱血方式在饱血成蜱体重、孕卵期和产卵重量3个指标上与对照组相比差异不显著（P>0.05），但在饱血率上低于小鼠生物膜饲喂和小鼠饲喂两种饱血方式。2）生物膜饲喂在产卵率和产卵重量方面略逊于对照组（P组相比差异不显著（P>0.05），饲喂成活率也与对照组一致。3）吉氏巴贝斯虫在长角血蜱成蜱吸血初期和后期均能够入侵卵巢并进入子代虫卵内。综上，本研究建立了长角血蜱毛细管和小鼠生物膜2种饲喂方式，并初步应用于吉氏巴贝斯虫的蜱传性研究。2种人工饲喂方式为探索蜱传病原体与媒介蜱的互作关系，开发杀蜱疫苗和药物筛选提供了技术平台。

关键词：长角血蜱人工饲喂蜱传病吉氏巴贝斯虫

抗大别班达病毒人源单克隆抗体Fab片段的噬菌体展示文库构建

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中国病原生物学杂志 2024年第11期19卷 1251-1254,1259页

作者：徐家馨王静静王琳徐睿杰吴玉龙李波清乔媛媛滨州医学院基础医学院病原生物学教研室山东烟台264003

目的构建具有潜在中和活性的人源抗大别班达病毒(SFTSV)抗体Fab片段的噬菌体展示文库。方法从具有交叉中和活性的SFTS恢复期患者血液样本中分离外周血单个核细胞(PBMC)并提取总RNA,逆转录PCR得到cDNA。以cDNA为模板进行第一轮PCR扩增,... 详细信息

目的构建具有潜在中和活性的人源抗大别班达病毒(SFTSV)抗体Fab片段的噬菌体展示文库。方法从具有交叉中和活性的SFTS恢复期患者血液样本中分离外周血单个核细胞(PBMC)并提取总RNA,逆转录PCR得到cDNA。以cDNA为模板进行第一轮PCR扩增,分别获得抗体重链可变区(VH)和轻链可变区(Vκ和Vλ)序列。以pComb3XTT、pComb3Xλ质粒为模板,分别获得抗体重链恒定区(CH1)和轻链恒定区(Cκ、Cλ)序列。第二轮通过重叠延伸PCR(SOE-PCR)扩增VH和CH1得到Fd重链,同样扩增Vκ和Cκ、Vλ和Cλ得到完整的κ和λ抗体轻链。第三轮以上述扩增产物为模板再次进行SOE-PCR,得到完整的抗体Fab基因片段。将Fab基因片段插入到pComb3XSS噬菌粒中,构建噬菌体展示抗体文库。结果通过三轮PCR扩增出抗体Fab片段的序列,成功构建库容量为1.875×10^(9)的噬菌体展示抗体文库。结论利用具有交叉中和活性的SFTS恢复期患者血源建立了人源抗SFTSV Fab片段的噬菌体展示抗体文库,为下一步筛选特异性单克隆中和抗体建立了可靠的前期基础。

关键词： SFTSV 噬菌体展示抗体文库库容量人源单克隆抗体

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窖泥来源产己酸精简菌群的生料发酵特性

微生物学报 2024年第11期 4153-4170页

作者：秦昊刘志豪任聪徐岩江南大学生物工程学院酿造微生物学与应用酶学研究室江南大学工业生物技术教育部重点实验中国轻工业微生物组学与生态酿造技术重点实验室

【目的】获得高效利用乳酸产己酸的稳定菌群，以实现对白酒酿造废水(黄水)的高值化碳回收处理。【方法】采用平板筛选法获得产己酸精简菌群，评估菌群的底物利用类型，优化菌群的发酵底物浓度、最适pH值和补料策略，并运用基于纳米孔测... 详细信息

【目的】获得高效利用乳酸产己酸的稳定菌群，以实现对白酒酿造废水(黄水)的高值化碳回收处理。【方法】采用平板筛选法获得产己酸精简菌群，评估菌群的底物利用类型，优化菌群的发酵底物浓度、最适pH值和补料策略，并运用基于纳米孔测序技术的宏基因组学分析产己酸精简菌群的结构和稳态特征。【结果】产己酸精简菌群SimpCom1在乳酸条件下具有比葡萄糖条件更优的己酸转化能力；以生料黄水作为发酵原料时，黄水浓度控制在30%-50%、发酵起始pH5.50的方式可实现菌群稳定生长与代谢；以50%黄水浓度、起始pH5.50并在48h后控制pH(6.50≤pH≤7.00)的批次补料发酵方式，四次批次发酵循环的平均己酸累积浓度为16.83 g/L，平均生产效率为3.05 g/(L·d)，平均己酸选择性(己酸占产生总酸比值)为67.27%，乳酸向己酸的平均转化得率为0.42g/g；宏基因组学分析表明，SimpCom1菌群核心物种主要包括解乳酸己小杆菌(Caproicibacterium lactatifermentans)、酸鱼宿主关联乳杆菌(Ligilactobacillusacidipiscis)、酪丁酸梭菌(Clostridium tyrobutyricum)和‘ButyriproducensbaijiuensisBJN0003’，其中解乳酸己小杆菌和‘*** BJN0003’可在生料黄水中有效生长与稳定代谢，在50%稀释度黄水发酵终点的相对丰度分别为45.3%和6.7%。【结论】成功应用含解乳酸己小杆菌和‘***0003’的产己酸精简菌群发酵生料白酒酿造废水，实现高值、高效、低成本碳回收。

关键词：己酸菌生料发酵菌群精简酿造废水资源化

微粒体释义及生物化学教材中相关表述修改建议

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中国生物化学与分子生物学报 2024年第3期40卷 393-398页

作者：毕潇文黄春洪南昌大学江西医学院基础医学院医学遗传与细胞生物学教研室南昌330006 南昌大学江西医学院基础医学院生物化学与分子生物学教研室南昌330006

在部分生物化学教材及科研论文中,常出现“微粒体”这个词,且认为微粒体中含有独特的酶类,发挥生物转化功能。但是,在细胞生物学教材中并未把微粒体作为正常的细胞器。为了教材的统一性和科学性,本论文查阅了国内外主要的“细胞生物学... 详细信息

在部分生物化学教材及科研论文中,常出现“微粒体”这个词,且认为微粒体中含有独特的酶类,发挥生物转化功能。但是,在细胞生物学教材中并未把微粒体作为正常的细胞器。为了教材的统一性和科学性,本论文查阅了国内外主要的“细胞生物学”与“生物化学”教材,“术语在线”和维基百科、Genecard网站等,对于微粒体的定义进行了明确,对生物化学教材相关章节中有关微粒体的表述提出了修改建议。

关键词：微粒体术语在线生物化学教材微粒体乙醇氧化系统

结核分枝杆菌致病相关蛋白Rv2387的生物信息学分析

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细胞与分子免疫学杂志 2024年

作者：乐林芝马涛代禹美杜文雅王国富吴利先大理大学基础医学院微生物与免疫教研室

目的通过生物信息学方法预测分析结核分枝杆菌（Mtb）Rv2387基因编码蛋白的结构和功能。方法从美国国家生物信息数据库(NCBI)数据库中获取Rv2387基因及其编码蛋白的基本信息。利用ProtParam和ProtScale工具对蛋白质进行理化性质及亲/疏... 详细信息

目的通过生物信息学方法预测分析结核分枝杆菌（Mtb）Rv2387基因编码蛋白的结构和功能。方法从美国国家生物信息数据库(NCBI)数据库中获取Rv2387基因及其编码蛋白的基本信息。利用ProtParam和ProtScale工具对蛋白质进行理化性质及亲/疏水性的预测；通过TMHMM-2.0、SignalP-6.0、ProtCompB分析蛋白的跨膜区域、信号肽和亚细胞定位；运用NetPhos-3.1、NetNGlyc-1.0、YinOYang-1.2预测蛋白的磷酸化位点、N-糖基化位点和O-糖基化位点；选择SOPMA、SWISS-MODEL预测蛋白二、三级结构；使用IEDB数据库和SYFPEITHI预测蛋白的B细胞优势表位和T细胞优势表位；通过NCBI中自带的Blast工具对Rv2387氨基酸序列进行比对，运用MEGA11软件构建进化树；采用STRING数据库预测分析蛋白质相互作用。结果Rv2387基因全长1254bp，共编码417个氨基酸。预测结果显示该蛋白有8个开放阅读框。Rv2387蛋白是一种稳定的亲水性跨膜蛋白，其等电点为5.39，不含信号肽，且亚细胞定位显示在细胞膜上。该蛋白经预测具有27个氨基酸磷酸化位点，3个N-糖基化位点和41个O-糖基化位点。二级结构中α-螺旋占比为47.96%，β-转角占比为4.80%，无规则卷曲占比为35.25%，延伸链占比为11.99%；存在多个抗原表位，与Rv2423、Rv2067c、eccD2、Rv3899c和glnB多个蛋白质有相互作用。结论生物信息学预测出Rv2387为亲水性蛋白，存在多个磷酸化位点并能够与多种蛋白相互作用，该蛋白存在多个T、B细胞抗原表位，可作为Mtb的疫苗候选抗原，为Mtb治疗提供新思路。

关键词：结核分枝杆菌(Mtb) Rv2387 抗原表位生物信息学

结核分枝杆菌免疫逃逸相关蛋白Mce2D的生物信息学分析

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中国病原生物学杂志 2024年第8期19卷 917-922页

作者：代禹美杜文雅乐林芝马涛王国富吴利先大理大学基础医学院微生物与免疫教研室云南大理671000

目的应用生物信息学方法分析预测结核分枝杆菌Rv0592基因编码蛋白Mce2D的结构和功能。方法从NCBI网站查询Rv0592基因及其编码蛋白的基本信息,通过Uniprot数据库获取Mce2D蛋白的氨基酸序列。运用ORF Finder、Protpatam、SOPMA、SWISS-M... 详细信息

目的应用生物信息学方法分析预测结核分枝杆菌Rv0592基因编码蛋白Mce2D的结构和功能。方法从NCBI网站查询Rv0592基因及其编码蛋白的基本信息,通过Uniprot数据库获取Mce2D蛋白的氨基酸序列。运用ORF Finder、Protpatam、SOPMA、SWISS-MODEL、ProtScale、Signal IP 4.1 Server、TMHMM、ProtComp、SYFPEITHI、IEDB等生物信息学软件分别对Mce2D蛋白的开放阅读框架、理化性质、二级结构、三级结构、亲疏水性、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、T细胞表位和B细胞表位等生物特征进行预测。结果 Rv0592基因全长1 527 bp,共有8个开放阅读框架,编码蛋白的氨基酸数为508个。Mce2D蛋白的等电点为5.06,总平均亲水性为-0.109,为亲水蛋白。蛋白的二级结构中无规卷曲占42.52%、α-螺旋占41.54%,含有多个T细胞表位和B细胞表位。该蛋白有一个信号肽、跨膜螺旋数为一、亚细胞定位于细胞膜。结论生物信息学预测Mce2D蛋白为含多个的B细胞和T细胞表位,可作为结核病诊断和治疗的有效靶点。

关键词：结核分枝杆菌结核免疫逃逸 Rv0592 Mce2D蛋白生物信息学分析

BRACO-19和TMPyP4在HBV-1.3mer质粒感染模型对HBV转录和复制的抑制作用

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中国病原生物学杂志 2024年第9期19卷 999-1003,1008页

作者：马海洋贺丽娜吕树娟余莉安徽医科大学基础医学院微生物学教研室安徽合肥230032 动物源性传染病安徽省重点实验室

目的探讨G-四链体小分子配体BRACO-19和TMPyP4对乙型肝炎病毒转录和复制的影响。方法利用含有HBV全基因组1.3倍复制子(HBV 1.3-mer)质粒转染HepG2细胞感染模型,BRACO-19和TMPyP4分别作用48 h,酶联免疫吸附试验检测上清表面抗原(HBsAg)和... 详细信息

目的探讨G-四链体小分子配体BRACO-19和TMPyP4对乙型肝炎病毒转录和复制的影响。方法利用含有HBV全基因组1.3倍复制子(HBV 1.3-mer)质粒转染HepG2细胞感染模型,BRACO-19和TMPyP4分别作用48 h,酶联免疫吸附试验检测上清表面抗原(HBsAg)和e抗原(HBeAg)表达水平,实时荧光定量PCR检测细胞内HBV Total RNA、3.5kbRNA以及DNA表达水平,将HBV DNA用plasmid SafeTMATP-Dependent DNase 37℃作用3 h后,定量PCR检测病毒cccDNA的表达;QGRS Mapper软件分析HBV推定的四链体形成序列(putative quadruplex-forming sequences,PQS),并在HBV 1.3-mer质粒DNA上设计PQS区域上下游引物及非PQS区域对照引物,两种小分子配体分别作用HBV 1.3-mer质粒DNA,qPCR stop试验分别定量PQS和非PQS区域DNA扩增水平,1%琼脂糖凝胶电泳可视化验证。结果20μmol/L BRACO-19和TMPyP4作用HepG2转染模型显著抑制HBsAg和HBeAg的表达水平,HBV的Total RNA、3.5 kb RNA、DNA和cccDNA水平相较于对照组均显著下调。通过不同浓度BRACO-19和TMPyP4作用HBV质粒DNA,qPCR stop试验发现随着BRACO-19和TMPyP4药物浓度递增可以显著抑制DNA聚合酶在基因组中三个HBV PQS区域的扩增。结论小分子配体BRACO-19和TMPyP4均能抑制HBV转染模型中的转录和复制,HBV基因存在富含鸟嘌呤的四链体形成序列,BRACO-19和TMPyP4特异性阻滞DNA聚合酶在HBV的PQS区域复制延伸。

关键词：乙型肝炎病毒 BRACO-19 TMPyP4 PCR stop assay

结核分枝杆菌RpfB及RpfE蛋白的生物信息学分析

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微生物学杂志 2024年

作者：杨雨婷杨国平王艳龚丽坤楚雄州中医医院检验科楚雄州彝族医药研究院大理大学基础医学院医学微生物学及免疫学教研室

运用生物信息学方法预测RpfB和RpfE蛋白的生物学特性及抗原表位，并分析其作为新型结核疫苗候选抗原的潜力。从NCBI数据库中获取Rv1009、Rv2450c基因的碱基序列，从Uniprot数据库中获取Rv1009基因编码蛋白RpfB及Rv2450c基因编码蛋白Rpf... 详细信息

运用生物信息学方法预测RpfB和RpfE蛋白的生物学特性及抗原表位，并分析其作为新型结核疫苗候选抗原的潜力。从NCBI数据库中获取Rv1009、Rv2450c基因的碱基序列，从Uniprot数据库中获取Rv1009基因编码蛋白RpfB及Rv2450c基因编码蛋白RpfE的氨基酸序列，运用生物信息学分析软件ORFfinder、ProtParam、ProtScale、TMPRED、TMHMM、SignalP 5.0、NetNGlyc 1.0、YinOYang 1.2、NetPhos 3.1、STRING、SOPMA、SWISS-MODEL、DNAStar、SYFPEITHI、NetCTL 1.2及Net MHCII pan 4.0对RpfB及RpfE蛋白的理化性质、亲疏水性、结构、信号肽、糖基化/磷酸化位点、跨膜结构、互作蛋白及抗原表位进行分析。结果表明，Rv1009基因全长1 089 bp，有5个开放阅读框，其编码蛋白RpfB由362个氨基酸组成，为含有信号肽的疏水性跨膜蛋白，其二级结构以无规则卷曲为主，该蛋白含有1个N-糖基化位点、29个磷酸化位点、8个优势CTL细胞抗原表位、14个优势Th细胞抗原表位及10个优势B细胞抗原表位；Rv2450c基因全长519 bp，有1个开放阅读框，其编码蛋白RpfE由172个氨基酸组成，为含有信号肽的亲水性蛋白，无跨膜结构，其二级结构以无规则卷曲为主，该蛋白含有2个N-糖基化位点、9个磷酸化位点、4个优势CTL细胞抗原表位、6个优势Th细胞抗原表位及7个优势B细胞抗原表位。RpfB及RpfE蛋白具有较好的免疫原性及多个优势T、B细胞抗原表位，可作为Mtb多肽疫苗研制的候选优势蛋白。

关键词：结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,Mtb) RpfB RpfE 生信分析抗原表位多肽疫苗

GFP拆分方法示踪幽门螺杆菌CagA的转运研究

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中国病原生物学杂志 2024年第5期19卷 502-506,513页

作者：吴倩文刘书振张建辉曹新颖孙泽坤贾钰刚张莹李波清赵慧琳季晓飞滨州医学院病原生物学教研室山东烟台264003 滨州医学院第二临床医学院

目的用GFP拆分方法示踪幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染过程中CagA向胃上皮细胞内的转运过程。方法(1)PCR扩增CagA基因的上下游同源臂,连入敲除质粒pSJHK4中,将质粒通过电击转化的方法转入Hp中,利用卡那霉素筛选CagA敲除突变株... 详细信息

目的用GFP拆分方法示踪幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染过程中CagA向胃上皮细胞内的转运过程。方法(1)PCR扩增CagA基因的上下游同源臂,连入敲除质粒pSJHK4中,将质粒通过电击转化的方法转入Hp中,利用卡那霉素筛选CagA敲除突变株ΔCagA。(2)PCR扩增绿色荧光蛋白GFP第11β折叠(GFP11)的基因序列并与CagA基因序列的3′端相连,将融合序列连入Hp-大肠埃希菌穿梭质粒pCHFHp中,并通过电击转化的方法转入ΔCagA中,利用氯霉素筛选CagA与GFP-11的融合表达突变株。(3)PCR扩增GFP第1-10β折叠(GFP1-10)的基因序列,包装慢病毒,利用病毒感染的方法将其转入胃上皮细胞GES-1中。将(2)中构建的Hp突变株以100∶1的感染复数感染(3)构建的表达GFP(1-10)的GES-1细胞体系,利用荧光显微镜观察细胞内的荧光情况,通过Western blot检测细胞内的CagA蛋白含量。结果构建了CagA敲除质粒pSJHK4-cagA,转入Hp中得到CagA敲除突变株ΔCagA。构建了CagA与GFP-11的融合表达质粒pCHFHp-cagAgfp11,转入ΔCagA中获得CagA与GFP-11的融合表达突变株HpG27-cagAgfp11。构建了含有GFP1-10基因序列的慢病毒,感染GES-1细胞后获得GFP1-10稳定表达的细胞株。在HpG27-cagAgfp11感染GES-1模型中,观察到细胞中的绿色荧光,说明CagA被转运到GES-1细胞内部,其融合表达的GFP-11与细胞内表达的GFP1-10结合发出荧光,Western blot结果也证实CagA被转运至胞内。结论在Hp感染GES-1细胞模型中,GFP拆分方法能够示踪CagA向细胞的转运过程,这为CagA的转运研究提供了新方法,有助于HpIV型分泌系统(T4SS)作用机制的深入研究。

关键词：幽门螺杆菌 CagA GFP拆分 T4SS