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高通量低成本检测牛MSTN基因突变的DAVID技术构建

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农业生物技术学报 2025年第1期33卷 208-219页

作者：裴栋超海超赵春生张立果吴迪王德政张鑫怡杨磊李光鹏内蒙古大学省部共建草原家畜生殖调控与繁育国家重点实验室

肌肉生长抑制素(myostatin, MSTN)是骨骼肌生长发育的负调控因子，MSTN基因突变可促进动物肌肉发育。目前Sanger测序是检测MSTN基因突变的经典方法，但此方法存在检测通量低、可视化程度低和检测费用高等缺点。本研究利用二代测序技术... 详细信息

肌肉生长抑制素(myostatin, MSTN)是骨骼肌生长发育的负调控因子，MSTN基因突变可促进动物肌肉发育。目前Sanger测序是检测MSTN基因突变的经典方法，但此方法存在检测通量低、可视化程度低和检测费用高等缺点。本研究利用二代测序技术，通过设计的特异性Barcode序列，能够一次性检测96头牛(Bos taurus)的MSTN基因突变情况。此外，根据测序Fastq结果文件中的Barcode序列，利用异步线程和并发算法，编写了相关的数据分析DAVID(detect and visualize insertion-deletion)软件。利用DAVID软件将96个混合样本的测序数据逐一拆分，并与扩增子序列(amplicon sequence)比对，最终获得MSTN基因突变的图形和统计信息。利用DAVID技术对96头蒙古牛进行检测，结果发现1头牛的MSTN基因11 bp杂合缺失，剩余95头均为野生型，并且通过Sanger测序对11 bp杂合缺失进行了验证。综上，本研究构建了一个检测牛MSTN基因突变的高通量技术体系，为肉牛遗传改良和育种提供技术支撑。

关键词：肌肉生长抑制素(MSTN) 蒙古牛基因突变基因型检测

利用多态微卫星标记进行体细胞核移植山羊的遗传鉴定

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山东农业大学学报（自然科学版） 2010年第2期41卷 234-238页

作者：王玉兰国成张宁波尚友国殷子惠谭景和姜运良山东农业大学山东省动物生殖与育种生物技术重点实验室山东泰安271018

微卫星广泛用于体细胞核移植动物的遗传同一性鉴定。本研究选取36个微卫星位点,首先以2只无亲缘关系的鲁北白山羊个体对这些位点进行PCR扩增和多态性分析,筛选出10个高度多态的位点;然后对3只体细胞核移植山羊进行各位点的基因型分析。... 详细信息

微卫星广泛用于体细胞核移植动物的遗传同一性鉴定。本研究选取36个微卫星位点,首先以2只无亲缘关系的鲁北白山羊个体对这些位点进行PCR扩增和多态性分析,筛选出10个高度多态的位点;然后对3只体细胞核移植山羊进行各位点的基因型分析。结果表明,每只核移植山羊与其供核细胞的基因型完全相同,而与受体母羊的基因型在多数位点上均不同(克隆羊C1、C2和F与其受体母羊的基因型在10个位点中分别有9、10和10个位点不同),证明这3只体细胞核移植山羊均由体细胞克隆而来,与受体母羊无遗传关系。

关键词：体细胞核移植山羊微卫星

小尾寒羊BMPR-ⅠB基因的多态性、效应及连锁分析

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畜牧兽医学报 2006年第5期37卷 510-513页

作者：殷子惠姜运良樊新忠王玉唐辉岳永生山东农业大学动物生殖与育种生物技术省级重点实验室泰安271018

骨形态发生蛋白受体ⅠB(BMPR-ⅠB)的Q249R(A746G)突变使Booroola Merino绵羊的繁殖性能提高。该突变在小尾寒羊群体中也有分布。本研究用PCR-SSCP技术对299只小尾寒羊BMPR-ⅠB基因突变位点的多态性进行了检测,BB、B+和++的基因型频率分... 详细信息

骨形态发生蛋白受体ⅠB(BMPR-ⅠB)的Q249R(A746G)突变使Booroola Merino绵羊的繁殖性能提高。该突变在小尾寒羊群体中也有分布。本研究用PCR-SSCP技术对299只小尾寒羊BMPR-ⅠB基因突变位点的多态性进行了检测,BB、B+和++的基因型频率分别为0.541 8,0.364 5和0.093 7,突变等位基因B的基因频率为0.724 1。对2个小尾寒羊羊场的111只有产羔数记录的小尾寒羊BMPR-ⅠB的Q249R突变对产羔数的效应进行了分析,估计出突变等位基因B对小尾寒羊产羔数的效应为:替代效应和显性效应,在第一胎分别为0.46和0.16,在第二胎分别为0.56和0.11;在第一胎和第二胎BB比++分别多产0.77和1.02羔。对BB基因型小尾寒羊和微卫星标记OARJL36的连锁关系进行了分析,发现在BB基因型小尾寒羊,BMPR-ⅠB的B等位基因与OAR-JL36位点之间仍然存在重组。

关键词：小尾寒羊 BMPR-ⅠB 多态性产羔数效应连锁

猪UCP5基因克隆表达特性及与屠体性状的关联分析

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生物化学与生物物理进展 2010年第12期37卷 1323-1330页

作者：李红霞赵兴波徐宁迎姜运良曹梦刘玉方方迟李宁中国农业大学农业部动物遗传育种与繁殖重点开放实验室农业生物技术国家重点实验室北京100193 浙江大学动物科学学院杭州310029 山东农业大学动物科技学院泰安271018 大连医科大学比较医学教研室大连116000

通过3′和5′cDNA末端快速扩增(RACE)获得了猪UCP5基因全长cDNA序列,通过不同品种猪UCP5基因编码区和调控区单核苷酸多态分析,发现-1 567 bp处存在A→T的突变,从而导致转录因子CdxA、HNF-1、Sox-5、GATA-2结合位点发生了改变.在金华×... 详细信息

通过3′和5′cDNA末端快速扩增(RACE)获得了猪UCP5基因全长cDNA序列,通过不同品种猪UCP5基因编码区和调控区单核苷酸多态分析,发现-1 567 bp处存在A→T的突变,从而导致转录因子CdxA、HNF-1、Sox-5、GATA-2结合位点发生了改变.在金华×皮特兰F2代资源群中,使用PCR限制性片段长度多态性(RFLP)方法,对524头个体进行基因型测定,并与屠体性状关联分析,结果发现,AA型活体重极显著高于BB型(P<0.01),AB型活体重显著高于BB型(0.01

关键词：猪 UCP5 克隆表达特性屠体性状关联分析

肺缺陷的体细胞核移植牛TTF-1 mRNA的低表达与启动子区CpG的甲基化无关

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中国科学：生命科学 2010年第6期40卷 509-515页

作者：丁修良张磊曹贵铃李宁姜运良山东农业大学动物科技学院动物分子遗传育种实验室泰安271018 中国农业大学农学与生物技术学院农业生物技术国家重点实验室北京100094

通过体细胞核移植技术获得克隆哺乳动物的种类在不断增加,但成功率仍然较低,常表现为围产期的高死亡率.其中,肺发育异常是最常见的发育缺陷之一.哺乳动物肺器官的发生受一系列蛋白因子的调控,其中隶属于同源结构域转录因子家族的TTF-1... 详细信息

通过体细胞核移植技术获得克隆哺乳动物的种类在不断增加,但成功率仍然较低,常表现为围产期的高死亡率.其中,肺发育异常是最常见的发育缺陷之一.哺乳动物肺器官的发生受一系列蛋白因子的调控,其中隶属于同源结构域转录因子家族的TTF-1参与肺的发生和出生后功能的维持,是一种重要的转录因子,其表达水平的异常很可能与肺的发育缺陷有关.SCNT胚胎异常的甲基化可能影响发育关键基因的表达.本研究克隆了牛TTF-1基因,包括启动子区(921bp)、外显子1(373bp)、内含子1(932bp)和外显子2的一部分(273bp)在内约2.5kb的核苷酸序列,发现3头肺发育有缺陷的SCNT牛TTF-1mRNA的表达量均显著低于肺发育正常的SCNT牛及对照牛(P0.05),说明肺发育缺陷的体细胞核移植牛TTF-1mRNA的低表达与启动子区CpG的甲基化无关.

关键词：牛体细胞核移植肺发育缺陷甲状腺转录因子基因 mRNA CpG甲基化

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莱芜猪DGAT1基因的多态性研究

畜牧兽医学报 2007年第3期38卷 214-218页

作者：刘源姜运良武英魏述东杨晓慧山东农业大学山东省动物生殖与育种生物技术重点实验室泰安271018 山东省农业科学院畜牧兽医研究所济南250100 山东省莱芜市畜牧局莱芜271100

二酰基甘油酰基转移酶1(Diacylglycerol acyltransferase,DGAT1)是催化酰基化的辅酶A和二酰基甘油合成甘油三脂的关键限速酶。莱芜猪具有较强的脂肪沉积能力,可能与DGAT1基因的活性有关。本研究对莱芜猪DGAT1的外显子6-8共476 bp的序列... 详细信息

二酰基甘油酰基转移酶1(Diacylglycerol acyltransferase,DGAT1)是催化酰基化的辅酶A和二酰基甘油合成甘油三脂的关键限速酶。莱芜猪具有较强的脂肪沉积能力,可能与DGAT1基因的活性有关。本研究对莱芜猪DGAT1的外显子6-8共476 bp的序列进行了克隆、测序(GenBank登录号:DQ289596)和多态性分析,分别在外显子6的第27 bp位点和外显子8的第56 bp位点检测到单核苷酸多态(SNP),均属于沉默突变。克隆了莱芜猪5′调控区737 bp的序列,在-241 bp(相对于起始密码子ATG)发现单个碱基的插入,该多态性位点与莱芜猪脂肪沉积的关系值得进一步探讨。

关键词：莱芜猪二酰基甘油酰基转移酶1基因(DGAT1) 多态性

玉米赤霉烯酮对断奶小母猪卵巢指数及孕激素受体分布和表达的影响

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动物营养学报 2017年第12期29卷 4510-4517页

作者：杨立杰黄丽波李思梦刘法孝姜淑贞杨在宾山东农业大学动物科技学院山东省动物生物工程与疾病防治重点实验室泰安271018

本试验旨在研究不同水平玉米赤霉烯酮(ZEA)污染饲粮对断奶小母猪卵巢指数及孕激素受体的阳性分布和mRNA相对表达量的影响。选择40头35~38日龄健康三元杂交(杜×长×大)断奶小母猪,按平均体重[(14.01±0.86)kg]随机分为4个组,采用单笼饲... 详细信息

本试验旨在研究不同水平玉米赤霉烯酮(ZEA)污染饲粮对断奶小母猪卵巢指数及孕激素受体的阳性分布和mRNA相对表达量的影响。选择40头35~38日龄健康三元杂交(杜×长×大)断奶小母猪,按平均体重[(14.01±0.86)kg]随机分为4个组,采用单笼饲养。对照组饲喂基础饲粮,试验组分别在基础饲粮中添加0.5、1.0和1.5 mg/kg的ZEA,4个组ZEA的测定值分别为0、(0.52±0.07)mg/kg、(1.04±0.03)mg/kg和(1.51±0.13)mg/kg。试验期35 d。结果表明:随着饲粮ZEA水平的升高,断奶小母猪卵巢指数呈一次线性升高(P生殖系统的健康。

关键词：玉米赤霉烯酮断奶小母猪卵巢孕激素受体

奶牛分子系谱构建或亲权鉴定的微卫星标记筛选

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畜牧兽医学报 2017年第4期48卷 595-604页

作者：殷彬岳书俭俞英曹巧巧王中华师科荣山东农业大学动物科技学院山东省动物生物工程与疾病防治重点实验室泰安271018 中国农业大学动物科技学院农业部畜禽遗传育种重点实验室畜禽育种国家工程实验室北京100193

旨在利用较少的经过优化的遗传标记组合达到快速高效的亲缘鉴定,最终可有效应用于奶牛群体亲子鉴定与系谱构建。本研究从国际动物遗传学会(ISAG)数据库中初步选择了18个多态性较高的微卫星位点,经PCR优化验证获得可高效扩增的8个位点,... 详细信息

旨在利用较少的经过优化的遗传标记组合达到快速高效的亲缘鉴定,最终可有效应用于奶牛群体亲子鉴定与系谱构建。本研究从国际动物遗传学会(ISAG)数据库中初步选择了18个多态性较高的微卫星位点,经PCR优化验证获得可高效扩增的8个位点,并检测其在300头中国荷斯坦牛群体中的多态性分布。这些微卫星位点的亲子鉴定效力检测结果表明,8个标记平均等位基因数为14.63,平均多态性信息含量(PIC)为0.747,群体平均观察杂合度(Ho)为0.718,平均期望杂合度(He)为0.773。3种不同情形下进行亲子鉴定时8个位点的结合排除概率(CPE)均≥0.990。8对父子牛亲权鉴定结果表明,利用该8个标记可以识别并剔除系谱中的错误记录。结合排除概率的分析结果表明,当微卫星位点数增加至4个(TGLA227、TGLA122、BMC1207、BM103)时,3种不同情形下的CPE均≥0.949,可以满足个别案例牛亲子鉴定的要求。群体分子系谱构建的结果表明,当微卫星位点数大于或等于6个时,群体内近交系数和总群体近交系数均明显升高。因此,在生产实践中推荐使用TGLA227、TGLA122、BMC1207、BM103、INRA037、INRA134位点进行小规模群体(<200)的分子系谱构建或亲权鉴定。

关键词：中国荷斯坦牛微卫星位点排除概率亲子鉴定

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猪钙蛋白酶抑制蛋白基因的多态性分析

中国畜牧杂志 2006年第19期42卷 8-9页

作者：杨晓慧刘源武英樊新忠姜运良山东农业大学动物生殖与育种生物技术省级重点实验室山东泰安271018 山东省农业科学院畜牧兽医研究所山东济南250100

钙蛋白酶抑制蛋白的638位氨基酸由丝氨酸(Ser)突变为精氨酸(Arg)可改善猪的肉质,是一个有重要育种应用前景的分子标记。本研究采用PCR-RFLP技术对47头莱芜猪,53头大白猪,45头杜洛克和60头商品杂交猪共205个个体钙蛋白酶抑制蛋白Ser638Ar... 详细信息

钙蛋白酶抑制蛋白的638位氨基酸由丝氨酸(Ser)突变为精氨酸(Arg)可改善猪的肉质,是一个有重要育种应用前景的分子标记。本研究采用PCR-RFLP技术对47头莱芜猪,53头大白猪,45头杜洛克和60头商品杂交猪共205个个体钙蛋白酶抑制蛋白Ser638Arg突变的多态性进行了分析。结果表明:4个猪群均检测到AA、CA和CC3种基因型。其中莱芜猪突变等位基因A频率最低,为0.415;大白猪、杜洛克和商品杂交猪A的频率分别为0.632、0.800和0.750。莱芜猪A的基因频率极显著低于其他4个猪种(P0.05)。

关键词：畜牧、兽医科学基础学科钙蛋白酶抑制蛋白 PCR—RFLP 猪