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2023年河南省外环境H7N9禽流感病毒的基因组序列分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第5期44卷 377-381页

作者：毋碧聪罗雪卢世栋宋云张白帆卫海燕聂轶飞夏晖万思嘉叶莹黄学勇郭万申马红霞河南省疾病预防控制中心传染病预防控制所河南省传染病病原生物重点实验室郑州450016 许昌市疾病预防控制中心检验检测中心许昌461000

目的分析活禽市场相关环境中检出的H7N9禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)的遗传进化和分子特征。方法采集禽类粪便、污水,以及脱毛机和案板擦拭拭子等标本,实时荧光定量PCR鉴定甲型流感病毒和H7N9亚型。对于H7N9阳性标本以甲型流... 详细信息

目的分析活禽市场相关环境中检出的H7N9禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)的遗传进化和分子特征。方法采集禽类粪便、污水,以及脱毛机和案板擦拭拭子等标本,实时荧光定量PCR鉴定甲型流感病毒和H7N9亚型。对于H7N9阳性标本以甲型流感病毒通用引物扩增病毒全基因组并测序,利用BLAST和MEGA X软件进行序列比对、系统进化和分子特征分析。结果2023年2月采集于许昌市活禽市场的7份外环境标本中检出4份H7N9 AIV阳性,3份H7N9 AIV阳性标本测序成功,其各基因核苷酸一致性较高(98.37%~100.00%)。BLAST分析显示主要与我国2020—2021年国内禽中分离的H7N9毒株一致性最高。遗传进化分析显示3株病毒株聚在同一分支,与最近环境分离株相聚较近,而与最近人/禽感染病毒株关系较远。通过与各时期的代表性病毒株序列比对发现,本研究检出的病毒株呈禽高致病性,裂解位点处插入了4个氨基酸KRAA,病毒株血凝素受体结合位点为QSG,属于禽结合受体,血凝素出现G186I位点突变。聚合酶碱性蛋白2未出现哺乳动物适应性E627K突变。未检测到与神经氨酸酶抑制剂(奥司他韦)和聚合酶酸性蛋白抑制剂(巴洛沙韦)耐药相关的R292K和I38T位点突变,提示病毒对上述药物敏感性未降低。M2蛋白出现S31N突变,提示对烷胺类药物耐药。结论从活禽市场检出的3株H7N9病毒株呈禽高致病性,与既往感染人/禽代表株相比,未明显增加人受体结合力、哺乳动物致病性、病毒传播力和耐药相关分子位点。

关键词：禽流感病毒 H7N9 活禽市场遗传进化突变

利福平耐药结核分枝杆菌对氟喹诺酮类药物表型耐药与其基因突变的一致性研究

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中国防痨杂志 2024年第8期46卷 942-950页

作者：于兰陈双双王嫩寒田丽丽赵琰枫樊瑞芳刘海灿李传友代小伟北京市疾病预防控制中心结核病实验室北京100035 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206

目的:研究利福平耐药结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)对氟喹诺酮类药物(fluoroquinolones,FQs)耐药基因突变特征与FQs最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)的关系。方法:选取2016—2021年北京市结核病防治机构及定点医院收治的利福平耐药结核病(rifampicin resistant tuberculosis,RR-TB)患者分离培养阳性菌株进行微孔板法药物敏感性检测,总结RR-TB患者菌株对左氧氟沙星(levofloxacin,Lfx)和莫西沙星(moxifloxacin,Mfx)的MIC值;同时进行一代测序。分析FQs耐药相关基因gyrA和gyrB突变特征与FQs MIC之间的关系;以表型药物敏感性试验(phenotypic drug susceptibility testing,pDST)结果为参照标准,评价基因型药物敏感性试验(genotypic drug susceptibility testing,gDST)对FQs耐药的检测效能;探讨RR-MTB对FQs表型耐药与基因型耐药差异的原因。结果:303株RR-TB患者菌株中,FQs pDST耐药率为27.7%(84/303),gyrA基因突变检出率为25.1%(76/303),未检测到gyrB基因突变。以pDST结果为参照标准,gDST检测RR-MTB的FQs耐药性的敏感度和特异度分别为84.5%(71/84;95%CI:74.6.1%~91.2%)和97.7%(214/219;95%CI:94.5%~99.1%)。两种方法结果不一致的菌株有25株,不一致率为8.3%(25/303)。FQs耐药菌株的MIC主要为2μg/ml,最常见的突变位点发生在第94位点(53.9%,41/76),gyrA基因在第88和94位点突变与pDST耐药完全一致,而第90和91位点突变的pDST耐药一致率分别为95.8%(23/24)和3/5。第88位点的突变与Lfx pDST耐药相关,与Mfx pDST高浓度耐药相关;第90位点的突变以丙氨酸转变为缬氨酸为主(92.3%,24/26),该突变发生的Lfx和Mfx最低MIC为临界浓度(1μg/ml和0.25μg/ml)。第94位点天冬氨酸突变为天冬酰胺均为Lfx和Mfx高浓度耐药(1/1),该位点天冬氨酸突变为酪氨酸与Lfx耐药(1/1)相关,与Mfx高浓度耐药相关(1/1)。结论:北京地区RR-MTB的FQs耐药的主要机制是gyrA基因突变,不同gyrA基因突变提示FQs耐药水平存在差异。FQs pDST和gDST检测RR-MTB的结果高度一致,可及早应用gDST检测RR-TB患者的FQs的耐药性,以指导临床制定合理治疗方案。

关键词：分枝杆菌,结核荧光喹诺酮类微生物敏感性试验 DNA突变分析抗药性,细菌

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2023年深圳市男男性行为人群的猴痘认知现况及影响因素分析

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中华预防医学杂志 2024年第5期58卷 686-689页

作者：夏天龙许舒乐刘少础谢炜程雁鹏郭寅生逯建华张燕深圳市疾病预防控制中心突发公共卫生应急部深圳518055 深圳市疾病预防控制中心艾滋病预防控制所深圳518055 深圳市疾病预防控制中心传染病预防控制所深圳518055

于2023年6月16—30日,将在深圳市罗湖、福田和南山区的艾滋病咨询检测门诊进行咨询检测的MSM人群纳入研究,分析其猴痘认知水平和影响因素。262名研究对象年龄为(34.78±8.94)岁,未婚为主(75.2%),确诊感染HIV者占79.0%;猴痘现状、病原体... 详细信息

于2023年6月16—30日,将在深圳市罗湖、福田和南山区的艾滋病咨询检测门诊进行咨询检测的MSM人群纳入研究,分析其猴痘认知水平和影响因素。262名研究对象年龄为(34.78±8.94)岁,未婚为主(75.2%),确诊感染HIV者占79.0%;猴痘现状、病原体和传染源、传播方式、人群易感性、临床表现和治疗5个一级指标的知晓率分别为68.4%、84.7%、60.3%、87.8%、52.5%;最早传播地(44.7%)、主要传播方式(54.2%)、口罩作用(46.9%)、药物可及性(46.6%)、自限性(38.2%)5个二级指标知晓率低于60%;认为自己被传染可能性(2.76±1.32)、被歧视的可能性(3.87±1.26)得分较低。多因素logistic回归模型分析结果显示,高中或中专学历(OR:3.094,95%CI:1.180~9.299)、大专及以上学历(OR:5.360,95%CI:2.159~15.501)、影响学习或工作题目得分较高(OR:2.196,95%CI:1.409~3.599)是猴痘认知的促进因素,猴痘致死可能性题目得分较高(OR:0.591,95%CI:0.432~0.791)是猴痘认知的阻碍因素。

关键词：猴痘横断面研究男男性行为者认知水平

2005—2021年湖北省肾综合征出血热流行特征及空间异质性分析

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中国人兽共患病学报 2024年第7期40卷 678-688页

作者：吴杨刘天赵婧刘漫童叶青官旭华裴红兵湖北省疾病预防控制中心传染病防治所武汉430079 荆州市疾病预防控制中心传染病防治所荆州434000 中国疾病预防控制中心卫生应急中心北京102206 青山区疾病预防控制中心武汉430080

目的总结2005—2021年湖北省肾综合征出血热(HFRS)流行特征及高发区域变化趋势,为HFRS防控提供科学依据。方法自中国疾病预防控制信息系统收集2005—2021年湖北省HFRS病例个案信息和人口资料,描述HFRS病例的时间、地区和人群分布特征,... 详细信息

目的总结2005—2021年湖北省肾综合征出血热(HFRS)流行特征及高发区域变化趋势,为HFRS防控提供科学依据。方法自中国疾病预防控制信息系统收集2005—2021年湖北省HFRS病例个案信息和人口资料,描述HFRS病例的时间、地区和人群分布特征,采用中位数、率和构成比进行统计描述。joinpoint回归和spearman等级相关用于分析发病率或构成比随年份变化趋势。全局自相关和热点分析用于空间聚集性分析。二分类logistic回归用于分析HFRS死亡的危险因素。结果2005—2021年累计报告5790例,死亡117例,年平均发病率0.57/10万,病死率2.02%。湖北省HFRS发病率整体呈上升趋势(AAPC=4.05%,95%CI:1.32%~6.78%)。病死率随年份整体呈下降趋势(r s=-0.72,P=0.002)。HFRS发病呈双峰型特点,5—7月为春夏季高峰,11月至次年1月为秋冬季高峰;秋冬季高峰略高于春夏季高峰。男性发病率高于女性(RR=2.96,95%CI:2.79~3.14)。发病率前3位年龄组为60~64岁(747例,1.55/10万)、65~69岁(515例,1.39/10万)和55~59岁(762例,1.23/10万);14岁及以下人群发病率、占比随年份无明显趋势变化(95%CI:-0.03%~0.31%;95%CI:-8.79%~1.50%);60岁及以上年龄组发病率、占比随年份呈上升趋势(AAPC发病率=10.52%,95%CI发病率:4.38%~16.66%;AAPC占比=175.98%,95%CI占比:143.20%~208.75%)。HFRS发病均具有明显空间聚集性(P市、随州市、荆门市)等地转移至2020—2021年鄂南部(潜江市、仙桃市、天门市、荆州市)。年龄大(OR=1.02,95%CI:1.01~1.04)、2005—2008年较2017—2021年(OR=0.98,95%CI:0.97~0.99)HFRS死亡风险高。结论近年来湖北省HFRS疫情持续高发。以潜江市等长江中下游地区高发,60岁以上人群逐渐成为高发人群,应制定针对性措施以遏制HFRS上升趋势。

关键词：肾综合征出血热空间分析老龄化湖北省

基于多种机器学习算法的人血浆辐射敏感脂质代谢物模型探索

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中华放射医学与防护杂志 2024年第6期44卷 457-463页

作者：陈琦赵骅蔡恬静高义哲高玲刘青杰中国疾病预防控制中心辐射防护与核安全医学所辐射防护与核应急中国疾病预防控制中心重点实验室北京100088 湖北省疾病预防控制中心传染病防治所急性传染病预防控制部武汉430079

目的通过脂质组学方法联合机器学习(ML)多种算法,探索人外周血辐射敏感脂质代谢物分类模型。方法收集2023年3—9月北京市某综合医院准备接受骨髓移植的25例白血病放射治疗病例,照射前和照射后外周血样本97份,其中对照组24份,为照射前血... 详细信息

目的通过脂质组学方法联合机器学习(ML)多种算法,探索人外周血辐射敏感脂质代谢物分类模型。方法收集2023年3—9月北京市某综合医院准备接受骨髓移植的25例白血病放射治疗病例,照射前和照射后外周血样本97份,其中对照组24份,为照射前血液样本;辐射组73份,为4、8、12 Gy照射剂量下的24、25和24份血液样本。采用基于超高效液相色谱-串联质谱(UPLC⁃MS/MS)平台的靶向脂质组学方法,分析辐射组与对照组差异脂质。线性回归筛选0~12 Gy的剂量范围内辐射剂量响应脂质。采用5种机器学习方法构建训练集辐射分类模型,验证集进行模型的验证和评价。结果与对照组相比,辐射组敏感的脂质代谢物中62个脂质浓度变化差异有统计学意义(t=-4.91~4.74,P<0.05),包括鞘磷脂(SM)、胆固醇酯(CE)、神经酰胺(Cer)、磷脂酰肌醇(PI)、己糖神经酰胺(HexCer)、溶血磷脂酰胆碱(LysoPC)、醚磷脂酰胆碱(PCO)、磷脂酰乙醇胺(PE)、溶血磷脂酰乙醇胺(LysoPE)这9大类。在0~12 Gy的剂量范围内,筛选出20种具有良好剂量反应的脂质代谢物,包括11个SM,7个CE,1个Cer和1个PI。决策树(DT)、支持向量机(SVM)、轻量梯度增强机(Light GBM)、随机森林(RF)、K最邻近(KNN)这5种机器学习训练模型拟合均较好(F1=0.69~1.00),灵敏度较高。通过评价验证指标,辐射分类判定效果最好的模型为随机森林(灵敏度1.00、准确率0.72、F1值0.80)。结论通过靶向脂质组学分析,发现人类样本中辐射响应的脂质代谢物和辐射剂量响应的脂质。机器学习方法中的RF模型可以为探索人类辐射脂质代谢物模型提供新的思路。

关键词：电离辐射脂质组学机器学习随机森林

2004-2021年杭州市人间布鲁氏菌病流行特征变化趋势分析

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中华地方病学杂志 2024年第5期43卷 370-375页

作者：朱素娟金行一霍亮亮孙昼赵婷婷徐卫民杭州市疾病预防控制中心传染病防制所杭州310021 杭州市疾病预防控制中心健康监测所杭州310021

目的分析杭州市人间布鲁氏菌病(简称布病)疫情流行特征变化趋势,为进一步制定防治措施提供依据。方法2004-2021年杭州市布病疫情资料收集自"中国疾病预防控制信息系统"及杭州市历年布病年报表、汇编和防治工作总结,对比分析2004-2009、2... 详细信息

目的分析杭州市人间布鲁氏菌病(简称布病)疫情流行特征变化趋势,为进一步制定防治措施提供依据。方法2004-2021年杭州市布病疫情资料收集自"中国疾病预防控制信息系统"及杭州市历年布病年报表、汇编和防治工作总结,对比分析2004-2009、2010-2015、2016-2021年3个阶段杭州市布病病例的流行病学特征及其变化趋势。结果2004-2021年杭州市共确诊布病病例186例,年均发病率为0.151/10万,范围为0.016/10万~0.289/10万,2004-2009、2010-2015、2016-2021年发病率呈阶段性上升趋势(Z=3.15,P=0.002)。布病病例发病年龄以18~60岁为主,占78.49%(146/186);男女性别比为2.10∶1.00(126∶60);职业人群、非职业人群分别占62.90%(117/186)和37.10%(69/186),其中非职业人群病例3个阶段占比分别为28.57%、23.29%、51.76%,呈上升趋势(χ^(2)_(趋势)=9.85,P=0.002)。地区分布以余杭区为主,占55.91%(104/186),其次为江干区(9.14%,17/186)和富阳区(7.53%,14/186),布病流行县(市、区)数由6个增加至9个;季节性分析显示,1-6月发病数占比由2004-2009年的84.93%(23/28)下降至2016-2021年的54.12%(46/85)。省外感染例数3个阶段占比分别为0、10.96%和27.38%,呈上升趋势(χ^(2)_(趋势)=18.16,P市人间布病发病率呈上升趋势,非职业人群发病数近年有所增加,羊养殖场所聚集地逐渐成为杭州市布病高发区。建议加强普通民众布病防护知识宣传教育,重点开展高发区人间布病主动监测工作。

关键词：布鲁氏菌病流行特征趋势分析

2013—2022年温州市手足口病流行特征及时空聚集性分析

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现代预防医学 2024年第11期51卷 1944-1949页

作者：黄洁茹李玲王黎荔杨君崎温州市疾病预防控制中心传染病防制所温州市疾病预防控制中心信息科

目的分析2013—2022年温州市手足口病流行病学特征、变化趋势和时空聚集性,科学指导防控决策。方法收集2013—2022年中国疾病预防控制信息系统中温州市手足口病传染病报卡进行描述分析。Satscan软件用于时空扫描分析，Arc Map 10.2软... 详细信息

目的分析2013—2022年温州市手足口病流行病学特征、变化趋势和时空聚集性,科学指导防控决策。方法收集2013—2022年中国疾病预防控制信息系统中温州市手足口病传染病报卡进行描述分析。Satscan软件用于时空扫描分析，Arc Map 10.2软件进行空间自相关分析。结果 2013—2022年温州市共报告手足口病260 401例，年均发病率为276.93/10万，重症率13.82/10万，发病呈降低趋势(χ趋势2=26 402.606,P市手足口病发病在2017年存在空间聚集性，Moran I值为0.433 514（Z=2.427 75,P=0.015 193）,发病率呈现空间正相关，热点集中在文成县和平阳县。时空扫描结果显示一级聚集区覆盖瑞安市、苍南县、平阳县、文成县4个区县，聚集时间为2014年1月1日—2018年12月31日，辐射半径为44.67km（LLR=12 534.45,RR=1.98,P市手足口病发病水平较高，发病率、重症率有所下降，包括柯萨奇病毒A组6型（coxsackievirus group A type 6,CV-A6）在内的其他肠道病毒已成为优势病原体，教师、6岁以上人群发病占比升高。主要聚集区域在瑞安市、苍南县、平阳县、文成县。

关键词：手足口病发病率空间聚集时空聚集病原学

2013—2020年江苏省南通市初治结核病患者成功治疗后复发情况及其影响因素分析

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疾病监测 2024年

作者：孙晴王小平符剑杨小梅陈骥张荣荣南通市疾病预防控制中心慢性传染病防制科

目的分析2013—2020年江苏省南通市肺结核复发率及影响肺结核复发的可能影响因素，弥补南通市相关研究的空白，为进一步调整和完善南通市肺结核防控策略提供参考依据。方法采用回顾性队列研究的方法，从中国疾病预防控制信息系统子系... 详细信息

目的分析2013—2020年江苏省南通市肺结核复发率及影响肺结核复发的可能影响因素，弥补南通市相关研究的空白，为进一步调整和完善南通市肺结核防控策略提供参考依据。方法采用回顾性队列研究的方法，从中国疾病预防控制信息系统子系统结核病管理信息系统中导出2013—2020年南通市定点医院登记的成功治疗的初治活动性肺结核患者病案信息，匹配2013—2021年登记的复发病例，采用寿命表法计算各观察年度复发率和n年的累积复发率。采用Cox比例风险回归模型进行肺结核复发有关影响因素分析。结果纳入研究的19176例成功治疗的患者中，截至观察终点共有906例（占比4.72%）患者复发，复发率为0.99/100人年，中位复发时间为1.25（0.58，2.58）年，其中42.49%的复发发生在成功治疗后1年内，80.79%的复发发生在成功治疗后3年内，93.27%的复发发生在成功治疗后5年内。多因素Cox回归分析结果显示，男性[风险比（HR）=1.53，95%置信区间(CI)：1.30～1.80，P＜0.001]、农民（HR=3.04，95%CI：2.30～4.01，P＜0.001）、病原学阳性（HR=1.53，95%CI：1.23～1.89，P＜0.001）、2月末痰涂片阳性（HR=1.52，95%CI：1.02～2.27，P=0.039）、糖尿病患者（HR=3.54，95%CI:2.48～5.06，P＜0.001）是肺结核复发的独立危险因素。20～39岁（HR=0.60，95%CI：0.36～1.00，P=0.048）、因症就诊（HR=0.68，95%CI：0.57～0.80，P＜0.001）、全程管理（HR=0.68，95%CI：0.55～0.84，P＜0.001）是肺结核复发的保护因素。结论南通市肺结核患者绝大部分的复发出现在成功治疗后5年内，应加强对初治结核病患者停药后，特别是成功治疗后5年内的定期随访工作；治疗过程中要加强对合并糖尿病的初治肺结核患者、病原学阳性及2月末痰检阳性患者的血糖、痰菌及耐药监测，结合患者意愿和临床病情及时调整治疗方案，以减少高危人群中肺结核的复发风险。

关键词：复发结核分枝杆菌寿命表 Cox比例风险模型

一起由艾伯特埃希菌引起的学校聚集性疫情流行病学及病原学特征分析

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疾病监测 2024年

作者：黄世旺刘倩倪志敏俞骅王毅意田瑞高艺潇熊衍文方叶珍中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室杭州市上城区疾病预防控制中心杭州市疾病预防控制中心

目的了解2023年2月浙江杭州某学校发生的一起聚集性腹泻疫情的流行病学及病原学特征。方法对该起聚集性疫情开展流行病学调查，并采集腹泻患者肛拭子、食品留样及环境样品进行病原体快速筛查和分离鉴定，对分离的病原菌进行药敏试验... 详细信息

目的了解2023年2月浙江杭州某学校发生的一起聚集性腹泻疫情的流行病学及病原学特征。方法对该起聚集性疫情开展流行病学调查，并采集腹泻患者肛拭子、食品留样及环境样品进行病原体快速筛查和分离鉴定，对分离的病原菌进行药敏试验和全基因组测序分析。结果本次聚集性疫情共造成22人出现腹泻、腹痛、呕吐等胃肠道症状。从6例腹泻患者肛拭子中分离到eae基因阳性菌株，经进一步鉴定确证为艾伯特埃希菌。6株菌对26种抗生素均敏感，核心基因组的多位点序列分型（cgMLST）进化分析显示6株菌单独聚为一簇，且菌株间cgSNP差异仅在0～1之间。结论这起学校聚集性腹泻疫情是由艾伯特埃希菌引起，为中国首次报道由艾伯特埃希菌引起的聚集性疫情。

关键词：艾伯特埃希菌肠致病性大肠埃希菌聚集性疫情 eae基因全基因组测序