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济宁市城区生活污水中沙门菌分布、耐药特征及全基因组测序分析

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现代预防医学 2024年第5期51卷 930-936页

作者：王胜男祝园园杜照中聂天艳尹强济宁市疾病预防控制中心微生物检验科任城区疾病预防控制中心微生物检验科

目的了解济宁市城区生活污水中沙门菌分布、血清型、耐药特征，并进行全基因组测序分析，为沙门菌的防控提供科学依据。方法 2023年2—3月，每周采集城区3个污水厂进水口污水各2份，每份500 ml，连续采集7周，合计42份污水样本，对污... 详细信息

目的了解济宁市城区生活污水中沙门菌分布、血清型、耐药特征，并进行全基因组测序分析，为沙门菌的防控提供科学依据。方法 2023年2—3月，每周采集城区3个污水厂进水口污水各2份，每份500 ml，连续采集7周，合计42份污水样本，对污水样本进行沙门菌的培养、分离、鉴定，分离出的沙门菌进行血清凝集试验和荧光定量PCR血清分型，利用微量肉汤稀释法对41株沙门菌进行9类17种药物的最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)检测，进行全基因组测序及系统进化分析。结果济宁市城区生活污水沙门菌分离率较高，42份样本中阳性样本24份，共分离出41株沙门菌，属9种血清型，以阿贡纳和肯塔基为主，李营和济东污水厂有其独有的血清型。只有1株吉韦沙门菌不耐药，其余40株沙门菌均为多重耐药菌，对复方新诺明、四环素、氨苄西林、链霉素耐药率达90%以上，对氨苄西林/舒巴坦耐药率达80%以上，共19种耐药谱，SXT-TET-STR-AMP-AMS占首位，不同血清型沙门菌的耐药谱不同，肯塔基沙门菌、黄金海岸沙门菌、婴儿沙门菌的多重耐药非常严重，同种血清型在不同污水厂中的耐药谱也不一致，李营污水厂的沙门菌耐药现象最严重。利用CARD数据库进行耐药基因预测，主要预测出8类耐药家族的18个耐药基因，耐药表型与耐药基因几乎全部一致。不同血清型沙门菌的ST分型不同，以ST13的阿贡纳沙门菌为主，进化树分为6个簇，不同污水厂的沙门菌在不同分支，提示基因组有差异，不同源。结论济宁市城区生活污水中沙门菌血清型多样，提示可能已在人群中存在并传播，耐药严重，携带耐药基因广泛，有些型别菌株持续存在且跨区域分布，有致病风险，需持续监测，并制定对科学的防控措施以控制沙门菌的流行及耐药的加重。

关键词：血清型耐药谱耐药基因多位点序列分型系统进化树

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2023年浙江省钩端螺旋体病监测分析

中华地方病学杂志 2024年第7期43卷 559-563页

作者：郭颂姚文武刘营施旭光任江萍张蓉罗明宇杨章女孙继民浙江省疾病预防控制中心传染病预防控制所杭州310051 浙江省疾病预防控制中心微生物检验所杭州310051

目的分析浙江省人群钩端螺旋体病(钩体病)流行病学和宿主动物病原学资料,为制定钩体病防控策略提供科学依据。方法2023年浙江省人群钩体病监测数据来源于中国疾病预防控制信息系统,采用描述性流行病学方法进行分析。自浙江省疾病预防控... 详细信息

目的分析浙江省人群钩端螺旋体病(钩体病)流行病学和宿主动物病原学资料,为制定钩体病防控策略提供科学依据。方法2023年浙江省人群钩体病监测数据来源于中国疾病预防控制信息系统,采用描述性流行病学方法进行分析。自浙江省疾病预防控制中心《浙江省钩端螺旋体病监测项目》收集鼠肾、蛙肾、猪肾和鸭肾钩端螺旋体病原体分离培养、核酸和鸭血清抗体检测结果,分析人群和宿主动物钩端螺旋体流行菌群携带和变动情况。结果2023年浙江省共报告钩体病病例83例,发病率为0.1262/10万,年龄为(62.66±11.31)岁,其中男性68例、女性15例。浙江省11个地市均有钩体病病例报告,主要集中在浙江省南部的温州市、丽水市和台州市(共68例),占总病例数的81.93%。8-10月为钩体病高发月份(共70例),占总病例数的84.34%。病例的男女比例为4.53∶1.00,且年龄均≥20岁,45~79岁中老年为高发人群(共77例),占总病例数的92.77%。病例职业以农民为主(54例),占总病例数的65.06%。钩体病病例发病至首诊时间最短为0 d,最长为13 d;首诊至确诊时间最短为0 d,最长为16 d。72.29%的钩体病病例(60例)发病前1个月内有田间劳动或可疑疫水接触史,18.07%的钩体病病例(15例)发病前1个月内有鼠、青蛙、猪、牛、狗、鱼、鸭等动物及其排泄物接触史。宿主动物钩端螺旋体平均核酸阳性率:鼠肾为5.92%(31/524)、蛙肾为6.74%(36/534)、猪肾为0.66%(1/151);鸭肾钩端螺旋体分离培养,核酸检测和鸭血抗体检测均为阴性。人群携带钩端螺旋体菌群为黄疸出血群(3份)和七日热群(4份)等,宿主动物携带钩端螺旋体菌群为黄疸出血群(3份)。结论浙江省钩体病疫情主要发生在夏、秋季,发病区域主要集中在浙江省南部地区,发病人群以中老年男性为主。人群携带钩端螺旋体菌群仍以黄疸出血群和七日热群为主,宿主动物携带菌群为黄疸出血群。

关键词：钩端螺旋体病流行特征血清群

2020-2023年大连地区诺如病毒胃肠炎疫情分子流行特征分析

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病毒学报 2024年第4期40卷 857-861页

作者：王越郎兴莹于蕾薄志坚栾明春大连市疾病预防控制中心微生物检验科大连116021

本研究分析了2020-2023年大连市16起急性胃肠炎疫情中诺如病毒的基因型特征。收集2020-2023年大连市16起急性胃肠炎病例的粪便标本154份。采用实时荧光定量反转录PCR方法检测诺如病毒GⅠ/GⅡ分型,并对阳性样本进行RNA依赖的RNA聚合酶区... 详细信息

本研究分析了2020-2023年大连市16起急性胃肠炎疫情中诺如病毒的基因型特征。收集2020-2023年大连市16起急性胃肠炎病例的粪便标本154份。采用实时荧光定量反转录PCR方法检测诺如病毒GⅠ/GⅡ分型,并对阳性样本进行RNA依赖的RNA聚合酶区和衣壳蛋白VP1区部分序列进行RT-PCR扩增和测序,通过诺如病毒在线分型工具和人类杯状病毒分型工具进行比对确定诺如病毒分型,利用MEGA软件构建系统进化树。结果显示全部154份样品中,检测诺如病毒阳性106份,其中诺如病毒GⅠ组检出率3.77%(4/106),GⅡ组检出率96.23%(102/106)。16起疫情中15起由GⅡ型引起,1起由GⅠ型引起,无GⅠGⅡ混合感染,疫情以GⅡ型为主。2020/2021流行季和2022/2023流行季的主要流行株是GⅡ.2[P16],并且该基因型在不同年份变异不大。2021/2022流行季存在多种型别共存,无优势流行株。2020-2023年大连市诺如病毒胃肠炎疫情主要发生在11月至次年4月,场所主要是幼儿园和中小学。

关键词：诺如病毒基因分型分子进化

昆明市一起聚集性发热疫情中腺病毒3型Penton base、Hexon和Fiber基因遗传进化分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第3期44卷 241-248页

作者：刘艳艳古文鹏段忠文王钰龚娇茶琦雁吴林蔚侯敏昆明市疾病预防控制中心微生物检验科昆明650228 云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所昆明650022 昆明市呈贡区疾病预防控制中心检验科昆明650500 玉溪市疾病预防控制中心卫生监测检验科玉溪678400

目的对昆明市一起聚集性发热疫情样本进行腺病毒检测和遗传进化分析。方法采集典型发热患者咽拭子标本,使用微流体芯片技术进行30种常见呼吸道传染病病原体核酸检测。对腺病毒核酸阳性标本使用Nanopore三代高通量测序技术进行Penton bas... 详细信息

目的对昆明市一起聚集性发热疫情样本进行腺病毒检测和遗传进化分析。方法采集典型发热患者咽拭子标本,使用微流体芯片技术进行30种常见呼吸道传染病病原体核酸检测。对腺病毒核酸阳性标本使用Nanopore三代高通量测序技术进行Penton base、Hexon和Fiber三个重要基因全长序列扩增、测定和分型鉴定,构建系统进化树,开展分子变异、遗传进化等分析。结果共采集5份标本,均检出呼吸道腺病毒及流感嗜血杆菌。对腺病毒进行Nanopore三代基因测序最终均获得Penton base、Hexon和Fiber基因全长编码区核苷酸序列,5份标本之间3个基因核苷酸相似性依次为100.0%、99.9%~100.0%和100.0%,氨基酸同源性均为100.0%;与HAdV3原型株(AY599834)核苷酸相似性最高,分别为98.6%、98.7%和98.9%。系统发育分析表明,3个基因系统进化树分析结果基本一致,人腺病毒3型(HAdV3)原型株单独一支,本研究中HAdV3序列均划分在同一进化分支上,与较早年份国外及中国台湾毒株亲缘关系较远,与近年国内外毒株亲缘关系较近,与2019年日本株(LC703523)和中国广州株(MZ540961)高度同源。与原型株比较分析昆明HAdV3氨基酸突变位点,Penton base有5处变异;Hexon有10处变异;Fiber有11处变异。结论本起疫情中的腺病毒在Penton base、Hexon和Fiber基因全长序列中型别分型结果一致,为P3H3F3型,与包括原型株在内的国内外HAdV3毒株显示出非常小的遗传变异。与原型株相比发生了多处氨基酸位点突变,并且多数氨基酸位点变异发生在蛋白质的高变区或功能区,其中Hexon蛋白中M7L为昆明序列独有氨基酸突变位点。

关键词：人腺病毒3型五邻体基座蛋白六邻体蛋白纤维蛋白遗传进化

腹泻患者粪便分离出厄班纳沙门菌ST512型1例

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中华检验医学杂志 2024年第6期47卷 698-700页

作者：曹健刘玥王熙庄海武肖建伟许学斌上海市杨浦区疾病预防控制中心微生物检验科上海200090 上海市疾病预防控制中心病原生物检定所上海200336

患者男,19岁,2023年9月因连续腹泻3 d就诊上海市杨浦区某社区医院,发病前1天夜晚有烧烤店就餐史,病例符合腹泻病监测定义、采集患者粪便拭子运送公共卫生实验室分离病原为“非A~F群沙门菌”,菌株经参比实验室血清分型、耐药表型、全基... 详细信息

患者男,19岁,2023年9月因连续腹泻3 d就诊上海市杨浦区某社区医院,发病前1天夜晚有烧烤店就餐史,病例符合腹泻病监测定义、采集患者粪便拭子运送公共卫生实验室分离病原为“非A~F群沙门菌”,菌株经参比实验室血清分型、耐药表型、全基因组测序和中国沙门菌区域血清型数据库比对鉴定为厄班纳沙门菌ST512型。患者口服左氧氟沙星3 d后康复。

关键词：腹泻沙门菌属血清分型基因组

钩端螺旋体磷酸二酯酶基因LARS06960的鉴定及其相关生物学功能初探

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第8期44卷 672-679页

作者：姚文武杨章女王凌波吴卓颖胡玮琳浙江省疾病预防控制中心微生物检验所杭州310051 浙江省微生物生化与代谢工程重点实验室杭州310058

目的确定钩端螺旋体LARS06960基因产物蛋白具有磷酸二酯酶(PDE)活性,确定该酶降解的底物细菌二核苷酸可激活巨噬细胞固有免疫因子。方法PCR扩增钩端螺旋体56601株LARS06960基因并构建原核表达系统。通过Ni-NTA亲和层析法提纯表达的目的... 详细信息

目的确定钩端螺旋体LARS06960基因产物蛋白具有磷酸二酯酶(PDE)活性,确定该酶降解的底物细菌二核苷酸可激活巨噬细胞固有免疫因子。方法PCR扩增钩端螺旋体56601株LARS06960基因并构建原核表达系统。通过Ni-NTA亲和层析法提纯表达的目的重组蛋白rPDE。高效液相色谱法(HPLC)检测rPDE降解细菌二核苷酸c-di-AMP或5′-pApA底物为AMP的活性。荧光定量RT-PCR法检测钩端螺旋体感染巨噬细胞过程中钩体LARS06960基因和细胞固有免疫相关因子基因mRNA水平变化。采用荧光定量RT-PCR法和ELISA法检测细菌二核苷酸影响细胞固有免疫相关因子表达及分泌水平变化。结果成功构建钩端螺旋体LARS06960基因原核表达系统,纯化的rPDE具有体外降解5′-pApA和c-di-AMP为AMP的功能。钩端螺旋体感染巨噬细胞过程中,钩体LARS06960基因表达水平显著下降,巨噬细胞IFN-β、TNF-α、IL-6以及IL-1β编码基因表达水平均显著升高。LARS06960编码的PDE酶降解底物细菌二核苷酸可诱导IFN-β和IL-6基因mRNA表达水平或蛋白分泌水平的升高。结论LARS06960基因产物PDE具有PDE活性,其水解底物细菌二核苷酸激活巨噬细胞固有免疫应答。

关键词：钩端螺旋体磷酸二酯酶固有免疫

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四川省首例猴痘病例病毒基因组特征分析

疾病监测 2024年第8期39卷 989-994页

作者：曹冉冉刘晨霞罗灿徐朝花刘李潘明四川省疾病预防控制中心微生物检验所四川成都610041

目的分析四川省首例猴痘病例感染病毒全基因组特征,为猴痘防控工作提供基础资料。方法采集病例咽拭子和疱疹液拭子提取核酸,用实时荧光聚合酶链式反应(PCR)进行初筛,确认阳性后用纳米孔测序进行全基因组测序。测序数据用Minimap2 v2.1... 详细信息

目的分析四川省首例猴痘病例感染病毒全基因组特征,为猴痘防控工作提供基础资料。方法采集病例咽拭子和疱疹液拭子提取核酸,用实时荧光聚合酶链式反应(PCR)进行初筛,确认阳性后用纳米孔测序进行全基因组测序。测序数据用Minimap2 v2.18-r1015、Medaka v1.8.0、Snpeff v4.3.1软件进行组装、核苷酸突变位点识别和功能注释,通过在线分析平台Nextclade(https://***/)进行型别鉴定,以IQ-TREE v2.1.2软件构建全基因组进化树。结果 3种实时荧光PCR试剂盒检测咽拭子和疱疹液拭子均显示猴痘病毒核酸阳性,且疱疹液拭子每个反应管内荧光信号达到设阈值时所经历的循环数(Ct值)均低于咽拭子。全基因组测序分析显示,该病例感染的猴痘病毒(SC001)属于IIb分支B.1.3基因型,与美国、日本、中国浙江省等地流行的毒株同源(核苷酸相似性99.98%~99.99%),其中与浙江省流行的毒株最为相近(核苷酸相似性99.99%)。与参考基因组(NC_063383.1)相比,SC001株含有70个单核苷酸突变位点。结论四川省首例猴痘病例感染的病毒与我国其他地区流行株的基因型一致,后续应持续关注病毒遗传进化情况,警惕新变异株出现。

关键词：猴痘猴痘病毒全基因组测序纳米孔测序

苏州市沙门氏菌血清型、耐药及多位点序列分型分析

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微生物学通报 2024年第10期 4245-4256页

作者：王小龙邹文燕朱莉勤张梦寒沈强苏州市疾病预防控制中心病原微生物与生物检验科

【背景】沙门氏菌(Salmonella)是一种人兽共患病病原菌，是引起人类感染性腹泻最常见的病原菌之一。【目的】分析苏州市2023年分离的176株沙门氏菌的血清型、耐药情况和分子分型。【方法】血清型鉴定采用玻片凝集法；药敏试验采用微量... 详细信息

【背景】沙门氏菌(Salmonella)是一种人兽共患病病原菌，是引起人类感染性腹泻最常见的病原菌之一。【目的】分析苏州市2023年分离的176株沙门氏菌的血清型、耐药情况和分子分型。【方法】血清型鉴定采用玻片凝集法；药敏试验采用微量肉汤法；多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)采用全基因组测序，测序结果与PubMLST数据库进行比对得出菌株的ST型别。【结果】176株沙门氏菌共鉴定出了42种血清型分属于9个血清群。血清型以肠炎沙门氏菌(Salmonella enteritidis, 26.70%)和鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium, 18.75%)为优势血清型。176株菌对氨苄西林的耐药率最高(60.23%)，其次是链霉素(47.16%)。所有菌株均对头孢他啶/阿维巴坦、美罗培南、厄他培南和阿米卡星敏感。多重耐药率达到57.39%，多重耐药模式达到51种，其中包含青霉素类+β-内酰胺/β-内酰胺抑制剂复合物+头孢类的多重耐药模式有18种。176株菌共检出43种ST型别，检出率前三的ST型别分别为ST11、ST34和ST19，检出率分别为27.27%、10.80%和7.95%。【结论】苏州市沙门氏菌的血清型和ST型别种类多，血清型以肠炎沙门氏菌和鼠伤寒沙门氏菌为优势型别，ST型以ST11为优势型别。多重耐药现象严重，应加强监测。

关键词：沙门氏菌血清型耐药 ST型别

2019-2022年北京市通州区严重急性呼吸道感染住院病例病原谱分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第7期44卷 596-600页

作者：邹林张冲佟玲张建明王建国王芳高翔崔淑娟张代涛北京市通州区疾病预防控制中心微生物检验科北京101100 北京市疾病预防控制中心传染病地方病控制所北京100013

目的分析2019—2022年北京市通州区哨点医院严重急性呼吸道感染(severe acute respiratory infection,SARI)住院病例的病原谱及流行特征,为科学防控提供参考。方法纳入2019年1月—2022年12月北京市通州区潞河医院SARI患者,采集患者鼻咽... 详细信息

目的分析2019—2022年北京市通州区哨点医院严重急性呼吸道感染(severe acute respiratory infection,SARI)住院病例的病原谱及流行特征,为科学防控提供参考。方法纳入2019年1月—2022年12月北京市通州区潞河医院SARI患者,采集患者鼻咽拭子或呼吸道分泌物,荧光定量法检测病原及其种类,分析其流行病学特征。结果共纳入SARI病例1124例,其中379例呼吸道病原体阳性,检出率为33.72%。细菌的检出率较高,以肺炎支原体、肺炎链球菌和嗜麦芽窄食单胞菌为主,检出率较高的病毒为甲型流感病毒、副流感病毒和呼吸道合胞病毒。不同年龄段病例数及病原检出率差异有统计学意义(χ^(2)=555,P=0.0001)。不同年份优势检出病原体不同,2019年肺炎支原体和甲型流感病毒的检出率较高,分别为27.27%(51/187)和17.65%(33/187);2020年副流感病毒、肺炎支原体和流感嗜血杆菌的检出率较高,分别为16.67%(10/60)、11.67%(7/60)和11.67%(7/60);2021年嗜麦芽窄食单胞菌和呼吸道合胞病毒的检出率较高,分别为24.39%(20/82)和19.51%(16/82);2022年嗜麦芽窄食单胞菌和副流感病毒的检出率较高,分别为20.00%(10/50)和12.00%(6/50)。结论北京市通州区SARI病例中细菌性病原体检出率较高,需要关注嗜麦芽窄食单胞菌和肺炎支原体的流行。此外,呼吸道合胞病毒、副流感病毒、甲型流感病毒的流行也不容忽视。不同年份检出的主要病原体不同,需要针对本区的实际情况制定防控措施。本研究为国家呼吸道多病原监测方案的实施提供了基础数据。

关键词：严重急性呼吸道感染甲型流感病毒呼吸道合胞病毒肺炎支原体嗜麦芽窄食单胞菌