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网络增强核融合方法的改进及其在乳头状肾细胞癌多组学数据整合分子分型中的应用

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中国卫生统计 2024年第3期41卷 376-381页

作者：师国京李灵梅魏亿芳赵鑫房瑞玲杨海涛余红梅张岩波曹红艳山西医科大学卫生统计教研室 030001 重大疾病风险评估山西省重点实验室河北医科大学流行病与卫生统计学教研室

目的针对网络增强的相似网络融合(network enhancement fusion,ne-SNF)方法先融合不同组学网络,再对融合后的网络降噪,忽略了不同组学相似网络噪声对融合网络影响的问题,本文提出了改进的网络增强融合(improved network enhancement fus... 详细信息

目的针对网络增强的相似网络融合(network enhancement fusion,ne-SNF)方法先融合不同组学网络,再对融合后的网络降噪,忽略了不同组学相似网络噪声对融合网络影响的问题,本文提出了改进的网络增强融合(improved network enhancement fusion,improved ne-SNF)方法,并探讨其在乳头状肾细胞癌(papillary renal cell carcinoma,PRCC)分子分型中的应用,识别PRCC高危患者,筛选重要通路及免疫浸润细胞。方法通过模拟研究评估improved ne-SNF分型性能,并将其用于PRCC多组学数据的整合分型,利用Cox回归模型分析不同分型患者的预后风险;筛选不同分型的差异表达mRNA(DEmRNAs)、miRNA(DEmiRNAs)及差异甲基化基因(DMGs),并对其重合基因进行KEGG通路分析;最后对不同分型患者进行免疫细胞浸润分析。结果模拟研究结果表明improved ne-SNF在不同信号比例和噪声强度下的分型准确性均优于SNF和ne-SNF。improved ne-SNF方法将PRCC患者分为高危组和低危组,高危组患者的死亡风险是低危组的7.727倍;筛选出3511个DEmRNAs,96个DEmiRNAs及3426个DMGs,其联合分析的649个重合基因得到42条有统计学差异的KEGG通路。此外,筛选出3种在不同分型中存在统计学差异的免疫浸润细胞。结论improved ne-SNF分型性能优于SNF和ne-SNF,且能够有效识别PRCC预后高风险患者,并筛选出PRCC重要通路及相关免疫浸润细胞,为PRCC的治疗及预后提供新的思路和参考依据。

关键词：改进的网络增强融合乳头状肾细胞癌多组学数据整合分子亚型

NLRP3炎症小体在感染性疾病中的作用研究进展

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中国病原生物学杂志 2024年第11期19卷 1371-1376页

作者：高雪涵卫麟娜董品志陈晋柯源张浪浪王海燕覃明罗军敏遵义医科大学基础医学院免疫学教研室贵州遵义563000 遵义医科大学流行病学与卫生统计学教研室

核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(Nucleotide-bindingoligomerization domain-like receptor protein 3,NLRP3)是一类存在于胞浆中的大分子蛋白复合物,作为炎症反应的核心,能够感知外源性病原体和内源性危险信号,在多种感染性疾病的... 详细信息

核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(Nucleotide-bindingoligomerization domain-like receptor protein 3,NLRP3)是一类存在于胞浆中的大分子蛋白复合物,作为炎症反应的核心,能够感知外源性病原体和内源性危险信号,在多种感染性疾病的发生发展中发挥重要作用。因此,本文对NLRP3炎症小体的激活机制以及NLRP3炎症小体在感染性疾病中的研究进展予以综述,旨在为感染性疾病的治疗提供新的靶点。

关键词：固有免疫模式识别受体 NLRP3炎症小体感染性疾病综述

MTB Hsp60重组蛋白对巨噬细胞趋化功能的影响

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中国病原生物学杂志 2024年第2期19卷 157-161,171页

作者：卫麟娜高雪涵董品志吴荧浓王海燕罗军敏覃明遵义医科大学基础医学院免疫学教研室贵州遵义563000 遵义医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室

目的研究结核分枝杆菌H37Rv重组热休克蛋白60(Heat shock protein 60 of Mycobacterium tuberculosis,MTB Hsp60)对巨噬细胞(RAW264.7)趋化功能的影响。方法MTB Hsp60重组蛋白(100 ng/mL)刺激巨噬细胞24 h后,采用实时荧光定量PCR检测下列趋化因子如单核细胞趋化蛋白1(Monocyte chemotactic protein-1,MCP-1,CCL2)、巨噬细胞炎症蛋白1α(Macrophage inflammatory protein-1α,MIP-1α,CCL3)、巨噬细胞炎症蛋白1β(Macrophage inflammatory protein-1β,MIP-1β,CCL4)、调节活化正常T细胞表达与分泌的趋化因子(Regulation of Activation,Expression and Secretion by Normal T Cells,RANTES,CCL5)和单核细胞趋化蛋白5(Monocyte chemotactic protein-5,MCP-5,CCL12)的mRNA表达;ELISA法检测细胞培养上清液中趋化因子CCL2、CCL3、CCL4、CCL5和CCL12的分泌水平;Western bolt检测巨噬细胞表面趋化因子受体CC基序趋化因子受体1(C-C motif chemokine receptor 1,CCR1)、CCR2和CCR5的蛋白表达;流式细胞术检测表达趋化因子受体CCR1、CCR2、CCR5的巨噬细胞;Transwell实验检测巨噬细胞的趋化功能。结果100 ng/mL MTB Hsp60重组蛋白刺激巨噬细胞24 h后,其趋化因子CCL2、CCL3、CCL4及CCL12的mRNA表达水平无明显差异,但CCL5的mRNA水平显著上调(P<0.05);巨噬细胞表面主要的趋化因子受体CCR1、CCR2蛋白表达水平显著增高(P<0.05),而其表面CCR5蛋白的变化不明显;流式细胞术检测结果显示,与未处理组相比,处理组中CCR1^(+)、CCR2^(+)巨噬细胞数量明显增加(P<0.05),而CCR5^(+)巨噬细胞数量无明显差异;Transwell实验表明,经过MTB Hsp60重组蛋白处理后的巨噬细胞有更明显的被募集的趋势(P<0.05);而上清液中趋化因子CCL2、CCL3、CCL4、CCL5及CCL12的释放水平无明显变化。结论MTB Hsp60重组蛋白能上调巨噬细胞中趋化因子CCL5的mRNA表达水平,能增加巨噬细胞表面趋化因子受体CCR1和CCR2的表达,并且能增强巨噬细胞的趋化功能。

关键词： MTB Hsp60重组蛋白巨噬细胞趋化因子趋化因子受体

中国中老年人群甘油三酯和高密度脂蛋白胆固醇比值与认知障碍发病关系

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中国公共卫生 2024年第3期40卷 290-295页

作者：罗丽丽田雪赵宇晗刘露露赵泽濛罗会王肖南罗艳侠首都医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系、北京市临床流行病学重点实验室北京100069

目的探讨中国中老年人群甘油三酯(TG)和高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)比值与认知障碍发病的关系,为制定认知障碍的干预措施提供参考依据。方法收集2011、2013、2015和2018年中国健康与养老追踪调查(CHARLS)中2011年基线调查时无认知障碍... 详细信息

目的探讨中国中老年人群甘油三酯(TG)和高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)比值与认知障碍发病的关系,为制定认知障碍的干预措施提供参考依据。方法收集2011、2013、2015和2018年中国健康与养老追踪调查(CHARLS)中2011年基线调查时无认知障碍的6 883名≥45岁中老年人群的相关数据,将2011年基线调查中TG/HDL-C比值按四分位数分组,采用多因素非条件logistic回归模型分析中国中老年人群TG/HDL-C比值与认知障碍发病的关系,并采用限制立方样条(RCS)曲线拟合TG/HDL-C比值与中老年人群认知障碍发生风险的剂量反应关系。结果随访至2018年,基线调查时6 883名无认知障碍的≥45岁中国中老年人群中发生认知障碍者2 532例,累积发病率为36.79%;认知障碍组和非认知障碍组中老年人群TG/HDL-C比值分别为(3.08±4.69)和(3.64±6.28),认知障碍组中老年人群TG/HDL-C比值低于认知障碍正常组,差异有统计学意义(t=-3.875,P 病、是否血脂异常、是否心脏病、体质指数、空腹血糖、尿酸、肌酐、总胆固醇(TC)和低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)后,多因素非条件logistic回归分析结果显示,TG/HDL-C比值最高四分位数组中老年人群发生认知障碍的风险为TG/HDL-C比值最低四分位数组中老年人群的1.257倍(OR=1.257,95%CI=1.045~1.513);趋势性检验结果显示,中国中老年人群TG/HDL-C比值与认知障碍发病风险存在剂量反应关系(χ^(2)=2.636,P=0.008),RCS曲线近似“J”形(χ^(2)=11.810,P=0.019)。结论 TG/HDL-C比值升高是中国中老年人群认知障碍发病的危险因素。

关键词：认知障碍甘油三酯和高密度脂蛋白胆固醇比值(TG/HDL-C比值) 发病关系中老年人群中国

基于WGCNA和机器学习筛选帕金森病免疫相关关键基因

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中南大学学报（医学版） 2024年第2期49卷 207-219页

作者：黄一铭王爱民王凤琳徐雅琪张文婧石福艳王素珍山东第二医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室山东潍坊261053

目的:在帕金森病的发病过程中,免疫系统的异常激活和炎症反应起着重要作用。然而,目前对于免疫相关关键基因在帕金森病发生和发展中的具体作用和作用机制的了解仍然有限。本研究旨在通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expres... 详细信息

目的:在帕金森病的发病过程中,免疫系统的异常激活和炎症反应起着重要作用。然而,目前对于免疫相关关键基因在帕金森病发生和发展中的具体作用和作用机制的了解仍然有限。本研究旨在通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和机器学习筛选帕金森病免疫相关关键基因。方法:从基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载基因芯片数据,采用WGCNA筛选出与帕金森病相关的重要基因模块;将重要模块中的基因导出,绘制帕金森病重要相关基因与免疫相关基因的韦恩图,从而筛选出帕金森病免疫相关基因。采用基因本体(gene ontology,GO)分析和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)深入分析免疫相关基因的功能及参与的信号通路。通过R语言的CIBERSORT包进行免疫细胞浸润分析。采用生物信息学方法和3种机器学习方法[最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归、随机森林(random forest,RF)和支持向量机(support vector machine,SVM)]对筛选出的帕金森病免疫相关基因进行进一步筛选研究,绘制4种方法筛选的差异表达基因的韦恩图,筛选交集基因即中心节点(hub node,hub)基因。通过STRING数据库搜索帕金森病hub基因的下游蛋白质,绘制蛋白质互作网络图。结果:筛选出帕金森病重要模块基因中与免疫相关的基因218个,其中45个为上调基因,50个为下调基因。富集分析结果显示218个基因主要在免疫系统对外来物反应和病毒感染通路富集。免疫浸润分析结果表明,CD4^(+)T细胞、NK细胞、CD8^(+)T细胞、B细胞在帕金森病患者样本中的浸润百分率较高,静息NK细胞、静息CD4^(+)T细胞在帕金森病患者样本中显著浸润。4种方法筛选出的hub基因为ANK1基因。交集基因蛋白质互作网络分析结果显示,ANK1基因翻译表达的11个蛋白质主要参与信号转导、铁稳态调节及免疫系统激活等功能。结论:通过WGCNA和机器学习方法,筛选出帕金森病免疫相关关键基因ANK1,该基因可能成为帕金森病诊断和治疗的候选靶点。

关键词：加权基因共表达网络分析机器学习帕金森病免疫 ANK1基因

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睡眠质量低下与创伤患者创伤后应激障碍的发生相关

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南方医科大学学报 2024年第6期44卷 1166-1172页

作者：袁萍胡秀莉漆国佳代秀褚相远陈卫航石修权遵义医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室贵州遵义563006 习水县人民医院公共卫生科贵州遵义564600

目的阐明创伤患者睡眠质量及创伤后应激障碍(PTSD)临床流行病学特征,系统分析睡眠质量对创伤住院患者PTSD发生的作用,为PTSD患者的临床早期识别提供参考。方法收集256例于2021年10月~2022年11月在遵义市4所综合医院招募创伤住院患者,... 详细信息

目的阐明创伤患者睡眠质量及创伤后应激障碍(PTSD)临床流行病学特征,系统分析睡眠质量对创伤住院患者PTSD发生的作用,为PTSD患者的临床早期识别提供参考。方法收集256例于2021年10月~2022年11月在遵义市4所综合医院招募创伤住院患者,226例完成PTSD调查评估。采用PSQI量表结合智能手环睡眠监测评估患者创伤前后睡眠质量;采用PCL-C量表随访测评PTSD发生情况。结果创伤患者1个月后PTSD检出率为19.47%,3个月后PTSD检出率为17.61%。在睡眠质量方面,PTSD患者创伤前PSQI量表评分显著增高(P<0.001),其中患者PTSD发生前睡眠异常检出率为72.73%。在创伤后(入院7 d内)睡眠质量监测方面,PTSD患者评分降低,夜间清醒次数增多(P<0.05)。在创伤1个月与3个月后睡眠质量方面,PTSD患者PSQI量表评分均高于非PTSD人群(P<0.05)。结论创伤患者中创伤前睡眠质量差者更容易发生PTSD。

关键词：创伤创伤后应激障碍睡眠障碍影响因素

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我国中老年人血清脂质水平与认知下降的关联研究

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现代预防医学 2024年第4期51卷 583-588页

作者：罗丽丽田雪赵泽濛罗会王肖南罗艳侠首都医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系北京市临床流行病学重点实验室

目的本研究旨在探索中老年人血清脂质水平对认知下降发生风险的影响。方法数据来源于中国养老与追踪调查队列(CHARLS)队列2011—2018年的数据，选取年龄≥45岁的中老年人群，采用中文版简易精神量表(MMSE)对2018年随访的中老年人认知... 详细信息

目的本研究旨在探索中老年人血清脂质水平对认知下降发生风险的影响。方法数据来源于中国养老与追踪调查队列(CHARLS)队列2011—2018年的数据，选取年龄≥45岁的中老年人群，采用中文版简易精神量表(MMSE)对2018年随访的中老年人认知评估，利用多因素logistic回归分析中老年人群的血清总胆固醇(TC),甘油三酯(TG),高密度脂蛋白胆固醇(HDL),低密度脂蛋白胆固醇(LDL)及血脂综合指数(LCI)与认知下降的关系。结果共纳入6 556名参与者，平均年龄为57.03±8.03岁。在调整多个混杂因素后，与最低四分位数组(Q1)相比，最高四分位数组(Q4)的TG (OR=1.229,95%CI:1.036～1.456),LDL (OR=1.221,95%CI:1.034～1.443),LCI (OR=1.282,95%CI:1.081～1.522)与认知下降发生风险呈正相关，是认知下降的危险因素，HDL (OR=0.765,95%CI:0.646～0.906)与认知下降发生风险呈负相关，TC (OR=1.010,95%CI:0.855～1.193)与认知下降发生风险无关，差异无统计学意义。结论 TG,LDL及LCI是中老年人认知下降发生风险的危险因素，HDL中老年人发生认知下降风险的保护因素。

关键词：血脂指标认知下降中老年人血脂综合指数队列研究

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基于分组的轨迹模型及其SAS实现

中国卫生统计 2024年第3期41卷 462-467页

作者：宋福曼王思婷乔亲群刘媛媛陈佳庚马骏天津医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室、天津市环境营养与人群健康重点实验室 300070

目的对基于分组的轨迹模型(group-based trajectory modeling,GBTM)的基本原理、适用性及SAS软件程序进行介绍。方法使用SAS软件中的PROC TRAJ过程步,构建不同数据类型的GBTM模型。结果选取多项前瞻性数据,根据数据类型构建了CNORM、ZI... 详细信息

目的对基于分组的轨迹模型(group-based trajectory modeling,GBTM)的基本原理、适用性及SAS软件程序进行介绍。方法使用SAS软件中的PROC TRAJ过程步,构建不同数据类型的GBTM模型。结果选取多项前瞻性数据,根据数据类型构建了CNORM、ZIP等单轨迹及双轨迹模型,在此基础上将协变量纳入模型,观察影响发展轨迹的因素。结论GBTM为解决纵向数据复杂性和结果可解释性之间的平衡问题提供了有价值的工具,同时SAS软件可以很好地实现轨迹模型的构建,并为模型的不断拓展提供了较为方便的实现形式。

关键词：基于分组的轨迹模型轨迹分析纵向数据

终末期肾脏病患者血清FGF23与心衰及死亡发生风险的前瞻性队列研究

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安徽医科大学学报 2024年第5期59卷 874-880页

作者：王晓霞周昕源杨相杰周润哲孟雨晴张定欣张瑾王盈安徽医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系合肥230032 安徽医科大学第一附属医院心脏影像中心合肥230022 安徽医科大学第一附属医院肾脏内科合肥230022

目的探讨终末期肾脏病(ESRD)患者成纤维细胞生长因子-23(FGF23)血清浓度与心力衰竭及全因死亡的相关性。方法采用前瞻性队列研究,纳入医院肾脏内科收治的无心衰症状的ESRD患者,采用基线问卷和体格检查、超声心动图检查、实验室检查收集... 详细信息

目的探讨终末期肾脏病(ESRD)患者成纤维细胞生长因子-23(FGF23)血清浓度与心力衰竭及全因死亡的相关性。方法采用前瞻性队列研究,纳入医院肾脏内科收治的无心衰症状的ESRD患者,采用基线问卷和体格检查、超声心动图检查、实验室检查收集患者数据,采用酶联免疫吸附法(ELISA)检测患者血清FGF23浓度。随访时间2年,以随访发生新发的心力衰竭(ACC/AHA stage C-D)和全因死亡为复合终点结局事件,采用Cox比例风险模型分析患者发生结局事件的危险因素,通过亚组分析和交互作用分析,进一步探讨FGF23与结局事件的关联在不同亚组中是否存在异质性。结果该研究最终纳入ESRD患者107例,平均年龄(52.00±12.51)岁,男性39(36.45%)例,中位随访时间为23个月(21,25个月),出现结局事件32(29.9%)例,其中新发心衰22(20.6%)例,全因死亡10(9.3%)例。该研究结果显示结局事件组患者血清FGF23浓度显著高于非事件组[(4.40±1.16)pmol/ml vs(3.85±0.82)pmol/ml,P<0.05]。Cox比例风险模型结果显示升高的FGF23可以增加ESRD患者发生结局事件的风险(HR=1.730,95%CI:1.164~2.570,P=0.007)。亚组分析显示FGF23水平与性别对于结局事件发生风险存在交互作用,尤其在男性ESRD患者中升高的FGF23风险更高(P_(-交互作用)<0.05)。结论升高的血清FGF23是ESRD患者发生心衰和全因死亡的独立危险因素,尤其在男性患者中风险更高。

关键词：终末期肾脏病血清成纤维细胞生长因子-23 心力衰竭全因死亡前瞻性队列研究

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