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鱼腥草治疗病毒性肺炎作用机制的“成分-靶点-通路”多层次互作网络研究

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药物评价研究 2022年第11期45卷 2188-2199页

作者：张福明石垚韩园园鄂秀辉宋兆辉何毅天士力医药集团股份有限公司研究院现代中药开发中心天津300410 天士力医药集团股份有限公司创新中药关键技术国家重点实验室天津300410

目的基于网络药理学方法分析鱼腥草Houttuynia cordata治疗病毒性肺炎的分子生物学机制,并对其防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可行性进行评估。方法采用在线数据库TCMSP、PubChem Search、Swiss target prediction、Genecards、OMI... 详细信息

目的基于网络药理学方法分析鱼腥草Houttuynia cordata治疗病毒性肺炎的分子生物学机制,并对其防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可行性进行评估。方法采用在线数据库TCMSP、PubChem Search、Swiss target prediction、Genecards、OMIM获得鱼腥草活性成分、成分靶点及疾病靶点信息。借助Cytoscape3.7.1软件构建鱼腥草活性成分-病毒性肺炎作用靶标网络,将靶蛋白运用String10.0数据库进行蛋白质相互作用(PPI)网络分析,通过DAVID 6.8数据库进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果从鱼腥草中共筛选出16个主要活性成分,共涉及到311个靶点,与病毒性肺炎相关的靶点64个。从PPI网络分析中发现关键靶点为IL2、TNF、AKT1、JUN、VEGFA、MAPK8、CXCL8、PTGS2等。GO和KEGG通路富集分析发现,鱼腥草治疗病毒性肺炎可能与细胞因子受体结合、细胞因子活性、受体配体活性、磷酸酶结合、蛋白磷酸酶结合、内肽酶活性、生长因子受体结合、肿瘤坏死因子受体超家族结合、丝氨酸型内肽酶活性等73个GO功能有关,涉及到TNF信号通路、IL-17信号通路、C型凝集素受体信号通路、卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒感染、甲型流感、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路、人巨细胞病毒感染、NOD样受体信号通路等130个信号通路。结论鱼腥草针对病毒性肺炎具有多成分、多靶点、多机制的显著治疗作用,并且推测能够通过调节与抗炎、抗病毒、免疫调节有关的生物通路对COVID-19进行防御和治疗。

关键词：鱼腥草网络药理学病毒性肺炎新型冠状病毒肺炎活性成分分子机制

基于网络药理学探讨痰咳净方防治新型冠状病毒肺炎的可行性

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药物评价研究 2020年第4期43卷 591-600页

作者：谢静田野刘杨罗学军缪兴龙李瑞明陈雅红周水平何毅王成天士力控股集团有限公司研究院现代中药开发中心天津300410 天士力医药集团股份有限公司创新中药关键技术国家重点实验室天津300410 天津天士力医药商业有限公司天津300410 山东省胸科医院山东济南250013

目的采用网络药理学方法探讨痰咳净方治疗呼吸系统的潜在作用机制,并对其防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能性进行评估。方法通过TCMSP、Swiss Target Prediction、OMIM等在线数据库收集痰咳净方有效化学成分、成分作用靶点及相关... 详细信息

目的采用网络药理学方法探讨痰咳净方治疗呼吸系统的潜在作用机制,并对其防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能性进行评估。方法通过TCMSP、Swiss Target Prediction、OMIM等在线数据库收集痰咳净方有效化学成分、成分作用靶点及相关疾病信息。采用Cytoscape 3.7.1构建化合物-靶点网络和靶点-疾病网络。将上述靶点用String 10.0数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的构建并筛选出核心靶点,最后利用DAVID 6.8数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制。结果共筛选出49个主要活性成分,与呼吸系统相关靶点85个,针对疾病19种。PPI网络发现关联度较高的靶点有AKT1、IL-6、MAPK1、PTGS2、VEGFA、TNF、EGFR、STAT3、CCND1、MMP9、JUN、IL-10、ESR1等。基因本体(GO)条目1 793个,其中生物过程相关的条目1 555个,分子功能相关的条目134个,细胞组成相关的条目104个。靶点对应的信号通路为137条,涉及炎症性通路、病毒相关通路、免疫调节性通路、信号转导性通路、肿瘤相关通路及内分泌代谢通路等。结论研究初步证明痰咳净方通过作用于ADCY2、AKT1、CASP8、CCND1、TNF、CASP8、IFNG、IL-4、IL-6等靶点调节人巨细胞病毒感染通路、IL-17信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、人T细胞白血病病毒感染、TNF信号通路等多条信号通路,来发挥对COVID-19的防治作用。

关键词：痰咳净网络药理学呼吸系统疾病分子机制新型冠状病毒肺炎咖啡因木犀草素豆甾醇龙脑香醇酮槲皮素甘草酸

芪苓温肾消囊方化学成分及其治疗多囊卵巢综合征的作用机制分析

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中国实验方剂学杂志 2022年第8期28卷 183-193页

作者：王云丹张依倩郝磊王玉霍志鹏何毅舒畅中国药科大学药学院南京211198 天士力医药集团股份有限公司研究院现代中药开发中心天津300410 天士力医药集团股份有限公司创新中药关键技术国家重点实验室天津300410 天津大学药物科学与技术学院天津300072 天津中医药大学中药学院天津301617

目的:系统分析芪苓温肾消囊方(QLWS)方的化学成分,探讨该方治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的关键活性成分及作用机制。方法:结合对照品比对和文献及数据库,采用超高效液相色谱-四级杆-飞行时间串联质谱法(UPLC-Q-TOF/MSE)对QLWS方化学成分进... 详细信息

目的:系统分析芪苓温肾消囊方(QLWS)方的化学成分,探讨该方治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的关键活性成分及作用机制。方法:结合对照品比对和文献及数据库,采用超高效液相色谱-四级杆-飞行时间串联质谱法(UPLC-Q-TOF/MSE)对QLWS方化学成分进行系统分析与鉴定。采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)及SwissADME平台筛选活性成分并进行网络药理学分析。通过SwissTargetPrediction、GeneCards、疾病相关基因与突变位点数据库(DisGeNET)、DrugBank等数据库获取该方治疗PCOS的潜在成分及靶点。借助STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络筛选核心靶点。利用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用MOE 2019进行分子对接。结果:从QLWS方中鉴定成分90个,经筛选得到32个活性成分和45个核心靶点。GO功能富集分析共得到429个条目,KEGG通路富集分析共得到110个条目,主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、雌激素信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路等。分子对接结果显示QLWS方中的关键活性成分淫羊藿苷、丹酚酸A/B/C、汉黄芩素、木兰花碱等可能通过调节促分裂原活化的蛋白激酶1(MAPK1)、表皮生长因子受体(EGFR)、促分裂原活化的蛋白激酶3(MAPK3)等靶点发挥治疗PCOS的作用。结论:该研究基于液质联用技术及网络药理学技术初步预测了QLWS方中多个活性成分通过作用于多靶点、多通路治疗PCOS,为阐明全方的药效物质基础及作用机制研究提供思路与参考。

关键词： QLWS方多囊卵巢综合征网络药理学超高效液相色谱-四级杆-飞行时间串联质谱分子对接作用机制

温经汤“异病同治”痛经、子宫内膜异位症和月经不调的网络药理学作用机制研究

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天津药学 2022年第2期34卷 22-32页

作者：杨梦雅刘杨田野李瑞明中国药科大学中药学院江苏210009 天士力控股集团有限公司研究院现代中药开发中心天津300410 天士力医药集团股份有限公司创新中药关键技术国家重点实验室天津300410

目的:通过网络药理学探讨温经汤对痛经、子宫内膜异位症和月经不调“异病同治”的作用机制。方法:以中国知网为数据来源,利用可视化知识发现工具VOSviewer对温经汤的临床应用文献进行分析;通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库和相... 详细信息

目的:通过网络药理学探讨温经汤对痛经、子宫内膜异位症和月经不调“异病同治”的作用机制。方法:以中国知网为数据来源,利用可视化知识发现工具VOSviewer对温经汤的临床应用文献进行分析;通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库和相关文献获取温经汤中9味中药相关的活性化合物,运用UniProt数据库进行基因名统一,并用Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点”作用网络图;通过GeneCards、DrugBank以及Disgenet数据库,分别获取痛经、子宫内膜异位症和月经不调的相关靶点,与药物作用靶点取交集,基于String数据库进行共有靶点的PPI网络构建和筛选。利用Cytoscape软件构建温经汤与3种疾病的靶点关联网络确定潜在核心靶点。对潜在核心靶点进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果:统计结果显示温经汤主要治疗妇科疾病并具有温经散寒、养血祛瘀的作用。“异病同治”靶点61个。GO功能富集分析得到条目338个,KEGG通路涉及肿瘤坏死因子信号通路、Toll样受体信号通路、子宫内膜癌信号通路、HIF-1信号通路、雌激素信号通路等98条信号通路,主要和癌症、炎症反应、血管生成等信号通路有关。结论:温经汤“异病同治”痛经、子宫内膜异位症和月经不调的可能机制主要涉及肿瘤坏死因子、炎症反应以及激素应答等相关信号通路,为进一步实验验证和临床应用提供了理论依据。

关键词：温经汤 VOSviewer软件网络药理学痛经子宫内膜异位症月经不调异病同治

新思路·新技术——中药复方新药研发相关重大科学和技术问题

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中国药理学与毒理学杂志 2020年第4期34卷 241-260页

作者：蒋宁杜保民杜冠华段大跃方坚松高兴华高秀梅顾金辉郭彦飞侯悦黄晏李琦林志彬刘建勋陆茵吕圭源聂红庞晓斌齐晓甜秦雪梅任巧任远任周新茹祥斌申竹芳石京山孙建宁孙蓉孙晓波王陈王梅王同兴吴春福谢宗杰徐惠波薛云丽杨宝学杨奎余林中张丹参张兰张林张永鹤张永祥赵勤实周玉枝朱焰周文霞军事科学院军事医学研究院毒物药物研究所北京100850 北京北大维信生物科技有限公司北京100094 中国医学科学院北京协和医学院药物研究所北京100050 西南医科大学附属中医医院中医药表型组学中心四川泸州646000 广州中医药大学科技创新中心广东广州510006 中国药科大学江苏南京210009 天津中医药大学天津301617 国家卫生健康委员会科技教育司重大专项处北京100044 东北大学辽宁沈阳110819 中国中医科学院中药研究所北京100700 北京大学基础医学院北京100191 中国中医科学院西苑医院北京100091 南京中医药大学药学院江苏南京210023 浙江中医药大学现代中药与健康产品研究所浙江杭州310053 广东省药效物质基础和创新药物研究重点实验室广东广州510632 河南大学药学院河南开封475004 山东大学高等医学研究院山东济南250012 山西大学中医药现代研究中心山西太原030006 甘肃中医药大学甘肃兰州730000 河南中医药大学河南郑州450046 遵义医科大学贵州遵义563003 北京中医药大学北京100029 中国医学科学院药用植物研究所北京100193 莱顿大学-欧洲中医药和天然化合物中心荷兰莱顿天士力国际基因网络药物创新中心有限公司天津300410 沈阳药科大学辽宁沈阳110016 吉林省中医药科学院吉林长春130012 山东绿叶制药有限公司山东烟台264003 成都中医药大学四川成都611137 南方医科大学广东广州510515 河北科技大学河北石家庄050018 首都医科大学宣武医院北京100053 中国科学院昆明植物研究所云南昆明650201 复旦大学上海200433

"第十二届全国中药与天然药物药理学术会议"于2019年10月11-13日在天津市社会山国际会议中心酒店举行。会议期间,中国药理学会中药与天然药物药理专业委员会召开了"中药复方新药研发相关重大科学和技术问题"专题研讨会。研讨会分为主题... 详细信息

"第十二届全国中药与天然药物药理学术会议"于2019年10月11-13日在天津市社会山国际会议中心酒店举行。会议期间,中国药理学会中药与天然药物药理专业委员会召开了"中药复方新药研发相关重大科学和技术问题"专题研讨会。研讨会分为主题报告和综合讨论2部分。主题报告由中国药理学会中药与天然药物药理专业委员会副主任委员吴春福教授主持,刘建勋、孙晓波、段大跃和吕圭源教授作主题报告。中国药理学会理事长兼中药与天然药物药理专业委员会主任委员张永祥研究员主持综合讨论,国家卫生健康委员会科技教育司重大专项处顾金辉处长全程参加。与会专家围绕中药复方新药研发相关重大科学和技术问题进行了广泛、深入的讨论。本文整理了专家们的主要观点和建议,希望能为中药复方新药研发提供新思路和新技术,为提高我国中药复方新药的研发水平发挥积极的推动作用。

关键词：中药复方新药研发新思路新技术

基于知识图谱和专利地图的我国抗肝癌药物研发态势研究

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医学信息 2018年第21期31卷 19-23页

作者：许吉上海中医药大学中医健康服务协同创新中心

目的基于知识图谱和专利地图对我国肝癌药物研发态势进行研究。方法数据来源于CNKI和SPOOTAT数据库,通过专利-论文趋势曲线绘制技术与科学互动历程及趋势,通过文献频次分析产业机构和学术机构的竞争格局,通过关键词共现图分析科学与技... 详细信息

目的基于知识图谱和专利地图对我国肝癌药物研发态势进行研究。方法数据来源于CNKI和SPOOTAT数据库,通过专利-论文趋势曲线绘制技术与科学互动历程及趋势,通过文献频次分析产业机构和学术机构的竞争格局,通过关键词共现图分析科学与技术的前沿热点交互演进关系,利用cytospace绘制合作网络关系图,将作者团队关系可视化。结果中国抗肝癌药物研发专利和学术论文的时间分布曲线交替上升,2000年是重要的时间节点;科学研究与技术创新基本同步,围绕细胞实验、化学成分研究、基因治疗等;中国药科大学、中国人民解放军第二军医大学在论文数量和专利数量位居榜首;大连医科大学第二附属医院的张红是领域内的核心作者,鼎泓国际投资(香港)有限公司的赵镭专利占有量最多,杨世林团队是本领域的核心团队。结论我国肝癌药物研发处于稳定上升状态;成分研究、基因治疗是目前的研究热点;高校和科研院所是论文和专利的主要贡献者,高校与企业紧密结合产学研一体化将促进创新成果转化。

关键词：知识图谱专利地图肝癌药物研发竞争态势

基于网络药理学探讨莓茶作用于ACE2防治新型冠状病毒肺炎的潜在机制

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湖南中医杂志 2022年第4期38卷 139-146页

作者：谷佳杜佳毅赵谭军李洪芳刘超王文茂王炜覃丽湖南中医药大学药学院干细胞中药调控与应用实验室湖南长沙410208 张家界莓茶工程技术研究中心/湖南乾坤生物科技有限公司湖南张家界427000 湖南中医药大学药学院中药民族药物创新发展国际实验室湖南长沙410208

目的:应用网络药理学方法探究莓茶作用于新型冠状病毒主要受体-血管紧张素转化酶2(ACE2)防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用与机制。方法:在TCMSP数据库中检索出莓茶活性成分,在NCBI Gene等数据库找到疾病相关靶点,在Cytoscape平台... 详细信息

目的:应用网络药理学方法探究莓茶作用于新型冠状病毒主要受体-血管紧张素转化酶2(ACE2)防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用与机制。方法:在TCMSP数据库中检索出莓茶活性成分,在NCBI Gene等数据库找到疾病相关靶点,在Cytoscape平台筛选出莓茶和疾病的共有靶点,使用STRING和DAVID数据库分析共有靶点的蛋白质相互作用网络、基因本体论(GO)功能和基因组百科全书(KEGG)通路。结果:莓茶-活性成分-靶点-疾病网络含26种活性成分和71个共有靶点。莓茶防治疾病的靶点主要包括白细胞介素6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)和胱天蛋白酶3(CASP3)等。得到1447个GO条目,主要涉及氧化应激反应、活性氧代谢过程等,得到106条KEGG通路富集结果,主要有晚期糖基化终末化产物及其受体(AGE-RAGE)、缺氧诱导因子1(HIF-1)和磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)等信号通路。结论:莓茶可能通过介导AGE-RAGE、HIF-1等多条信号通路,影响ACE2、IL-6、VEGFA等蛋白的表达,调节病毒受体与配体相互作用、氧化应激反应、活性氧代谢等生物功能,故可为防治新型冠状病毒肺炎提供潜在应用价值。

关键词：新型冠状病毒肺炎莓茶血管紧张素转化酶2 网络药理学

基于网络药理学和分子对接探究二氢杨梅素调脂抗肝癌的作用

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中南医学科学杂志 2022年第6期50卷 791-795页

作者：谷佳贺卫和刘乐平刘超王文茂王炜覃丽湖南中医药大学药学院干细胞中药调控与应用实验室湖南省长沙市410208 湖南中医药大学药学院中药民族药物创新发展国际实验室湖南省长沙市410208 张家界莓茶工程技术研究中心湖南乾坤生物科技有限公司湖南省张家界市427000

目的应用网络药理学和分子对接方法探究二氢杨梅素调脂抗肝癌的作用。方法SwissTarget、TargetNet、TCMSP数据库预测二氢杨梅素的潜在靶点,GeneCards、OMIM、TTD数据库获得肝癌和脂质代谢的相关基因。采用Venny 2.1.0得到二氢杨梅素调... 详细信息

目的应用网络药理学和分子对接方法探究二氢杨梅素调脂抗肝癌的作用。方法SwissTarget、TargetNet、TCMSP数据库预测二氢杨梅素的潜在靶点,GeneCards、OMIM、TTD数据库获得肝癌和脂质代谢的相关基因。采用Venny 2.1.0得到二氢杨梅素调脂抗肝癌的相关靶点,STRING数据库、Cytoscape软件对相关靶点相互作用网络进行可视化分析。采用Rstudio软件对相关靶点进行GO和KEGG富集分析,利用PyMol 2.5.1和Autodock Vina软件对核心靶点基因进行分子对接验证。结果共获得二氢杨梅素作用靶点179个,脂质代谢相关基因427个及肝癌相关基因1246个。二氢杨梅素调脂抗肝癌的潜在靶点15个,核心靶点基因9个,主要涉及卵巢类固醇生成、类固醇激素生物合成、化学致癌物-受体激活等通路。核心靶点基因与二氢杨梅素具有较好结合性。结论二氢杨梅素可能通过作用于9个核心靶点影响生物学过程,调节关键通路从而发挥其调脂抗肝癌作用。

关键词：二氢杨梅素脂质代谢肝癌网络药理学分子对接

基于网络药理学的松花粉调节高脂血症机制探讨

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中国现代中药 2022年第5期24卷 845-853页

作者：余泽宇梁士兵高凯石丽花张红刘建平北京中医药大学循证医学中心北京100029 北京中医药大学国际循证中医药研究院北京100029 北京中医药大学中医学院北京100029 烟台新时代健康产业有限公司山东烟台264006 新时代健康产业(集团)有限公司北京102206

目的:基于网络药理学方法研究松花粉对高脂血症治疗的潜在作用机制。方法:检索中药系统药理学数据库与分析平台、中国知网、PubMed数据库,获取中药松花粉化学成分;利用PubChem数据库将成分标准化,并导入SwissTargetPrediction数据库筛... 详细信息

目的:基于网络药理学方法研究松花粉对高脂血症治疗的潜在作用机制。方法:检索中药系统药理学数据库与分析平台、中国知网、PubMed数据库,获取中药松花粉化学成分;利用PubChem数据库将成分标准化,并导入SwissTargetPrediction数据库筛选其潜在作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库获得高脂血症相关潜在靶点;利用Venny软件将所得松花粉相关靶点与高脂血症相关靶点取交集,并使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络模型和成分-靶点网络;通过Metascape平台进行交集靶点的基因本体富集分析及京都基因和基因组百科全书富集分析。结果:松花粉治疗高脂血症关键活性成分为山柰酚、香橙素、β-谷甾醇、花旗松素等,关键靶点蛋白有类视黄醇X受体α(RXRA)、β-淀粉样蛋白前体蛋白(APP)、血管内皮生长因子(VEGFA)、蛋白激酶B1(Akt1)、磷脂酰肌醇3-激酶调节亚基α(PIK3R1)、甲状腺素运载蛋白(TTR)、过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARA)等。松花粉治疗高脂血症的通路主要涉及缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、PPAR信号通路、卵巢类固醇及类固醇生物生成、脂肪细胞脂解调节、胆汁分泌、胰高血糖素信号通路、脂肪消化和吸收等通路,其主要分子和生物功能主要与脂质结合、类固醇代谢、炎症反应、脂质应答、激素调节等相关。结论:研究结果初步说明了松花粉治疗高脂血症可能的作用机制,体现了松花粉多靶点、多通路、联合调控、调节平衡的作用特点,为松花粉相关药物开发和临床应用提供参考。

关键词：松花粉高脂血症网络药理学靶点预测