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嵌合RNA检测和验证技术

生物化学与生物物理进展 2024年第4期51卷 797-808页

作者：王广富丁咏伟唐悦秦付军郑州大学基础医学院微生物学与免疫学系郑州450001 郑州大学医学科学院医学表观遗传学中心郑州450052 郑州大学医学科学院分子病理中心郑州450052 郑州大学医学科学院转化医学平台郑州450052 郑州大学省部共建食管癌防治国家重点实验室郑州450052 郑州大学基础医学院病理与病理生理学系郑州450001

嵌合RNA(chimeric RNA)是由来自不同基因的外显子片段组成的融合转录本。传统的嵌合RNA检测方法有染色体核型分析、荧光原位杂交(FISH)等,但这些技术的特异性、灵敏性和准确性较差。随着测序技术的发展,二代测序技术展现出强大的数据处... 详细信息

嵌合RNA(chimeric RNA)是由来自不同基因的外显子片段组成的融合转录本。传统的嵌合RNA检测方法有染色体核型分析、荧光原位杂交(FISH)等,但这些技术的特异性、灵敏性和准确性较差。随着测序技术的发展,二代测序技术展现出强大的数据处理能力,可以通过高通量序列分析来检测嵌合RNA,目前基于高通量测序的检测方法有FusionCatcher、SOAPfuse、EricScript等。目前较为常用的对检测到的嵌合RNA的验证方法有聚合酶链反应(PCR)、核糖核酸酶保护实验(RPA)、琼脂糖凝胶电泳、Sanger测序等。多种检测技术的开发使得越来越多的嵌合RNA被发现,但现有的检测技术各有优劣,主要体现于检测成本、假阳性率、检测时间等方面的差异。本文对嵌合RNA的检测方法、验证方法及各方法的优劣性进行阐述。

关键词：嵌合RNA 检测技术验证技术 RNA-Seq 生物信息学

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人参皂苷治疗心肌缺血/再灌注损伤研究进展

心脏杂志 2024年 79-85页

作者：李阳王一石马恒陕西中医药大学基础医学院第四军医大学基础医学院生理与病理生理学教研室

缺血性心脏病（ischemic heart disease,IHD）的最佳治疗策略是尽早恢复心肌血流灌注，但是再灌注会导致缺血心肌的损伤，即心肌缺血/再灌注（myocardial ischemia-reperfusion, MI/R）损伤。MI/R损伤会扩大心肌梗死面积，影响血运重建... 详细信息

缺血性心脏病（ischemic heart disease,IHD）的最佳治疗策略是尽早恢复心肌血流灌注，但是再灌注会导致缺血心肌的损伤，即心肌缺血/再灌注（myocardial ischemia-reperfusion, MI/R）损伤。MI/R损伤会扩大心肌梗死面积，影响血运重建，严重影响患者预后。因此，采用药物干预以防治MI/R损伤是IHD临床救治的重大需求和目标。传统中药的有效成分为防治MI/R损伤提供了新的用药策略和途径，其中含有人参的制剂被广泛应用于心血管疾病的治疗。人参皂苷是人参的有效成分，研究表明其对MI/R损伤有一定的防治作用。本文对人参皂苷防治MI/R损伤的作用和相关机制进行综述，以期为人参皂苷的临床应用提供理论依据和转化的可能。

关键词：心肌缺血/再灌注损伤人参皂苷缺血性心脏病心脏保护

lncRNA SNHG1调控铁死亡减轻HIV-1 gp120 V3环所致小胶质细胞炎症的分子机制研究

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中国病理生理杂志 2024年第5期40卷 806-814页

作者：王琳琳左勤李心怡颜学勤潘锐付咏梅董军暨南大学基础医学与公共卫生学院病理生理学系国家中医药管理局病理生理实验室粤港澳中枢神经再生研究院广东广州510632 暨南大学附属第一医院骨科广东广州510630

目的:探究长链非编码RNA(lncRNA)SNHG1调控铁死亡改善HIV-1 gp120 V3环致CHME-5人源小胶质细胞炎症的分子机制。方法:体外培养CHME-5人源小胶质细胞,设立空白组、随机肽段组、HIV-1 gp120V3环组(HIV-1 gp120组)、HIV-1 gp120+shCon组、H... 详细信息

目的:探究长链非编码RNA(lncRNA)SNHG1调控铁死亡改善HIV-1 gp120 V3环致CHME-5人源小胶质细胞炎症的分子机制。方法:体外培养CHME-5人源小胶质细胞,设立空白组、随机肽段组、HIV-1 gp120V3环组(HIV-1 gp120组)、HIV-1 gp120+shCon组、HIV-1 gp120+SNHG1 sh2组、HIV-1 gp120+SNHG1 sh2+ferrostatin-1(Fer-1;铁死亡抑制剂)组和HIV-1 gp120+SNHG1 sh2+EX527(Sirt1抑制剂)组。随机肽段和gp120 V3环分别处理正常CHME-5细胞24 h;抑制剂预处理SNHG1 sh2细胞2 h后,gp120 V3环处理24 h。ELISA法检测细胞上清中炎症因子水平;Western blot法检测铁死亡相关蛋白[溶质载体家族7成员11(SLC7A11)和谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)]、Sirt1和p53蛋白表达水平;酶标仪检测细胞内亚铁离子(Fe^(2+))和丙二醛(MDA)含量。结果:(1)ELISA结果显示:较空白组,HIV-1 gp120组炎症因子肿瘤坏死因子α(TNF-α)、白细胞介素6(IL-6)和IL-1β表达水平显著提高(P<0.05);较HIV-1 gp120组,HIV-1 gp120+SNHG1 sh2组炎症因子表达水平显著降低(P<0.05);较HIV-1 gp120+SNHG1 sh2组,HIV-1 gp120+SNHG1 sh2+Fer-1组炎症因子表达水平显著降低(P<0.05),HIV-1 gp120+SNHG1 sh2+EX527组炎症因子表达水平显著升高(P<0.01)。(2)Western blot结果显示:较空白组,HIV-1 gp120组铁死亡相关蛋白SLC7A11和GPX4表达水平显著下调(P<0.01);较HIV-1 gp120组,HIV-1 gp120+SNHG1 sh2组SLC7A11和GPX4表达水平显著上调(P<0.01);较HIV-1 gp120+SNHG1 sh2组,HIV-1 gp120+SNHG1 sh2+Fer-1组SLC7A11和GPX4表达水平明显上调(P<0.05),HIV-1 gp120+SNHG1 sh2+EX527组SLC7A11和GPX4表达水平显著下调(P<0.01),p53表达水平显著上调(P<0.05)。(3)较空白组,HIV-1 gp120组Fe^(2+)和MDA含量显著提高(P<0.05);较HIV-1 HIV-1 gp120组,HIV-1 gp120+SNHG1 sh2组Fe^(2+)和MDA含量显著降低(P<0.01);较HIV-1 gp120+SNHG1 sh2组,HIV-1gp120+SNHG1 sh2+Fer-1组Fe^(2+)和MDA含量显著降低(P<0.05),HIV-1 gp120+SNHG1 sh2+EX527组Fe^(2+)和MDA含量显著提高(P<0.05)。结论:敲减SNHG1可减轻HIV-1 gp120 V3环介导的小胶质细胞炎症反应,其机制可能是通过Sirt1/p53信号通路调控铁死亡相关信号分子实现的。

关键词： HIV相关神经认知障碍神经炎症铁死亡长链非编码RNA SNHG1 Sirt1/p53信号通路

新医科背景下病理生理学课程教学改革的探索与实践

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中国继续医学教育 2024年第3期16卷 17-20页

作者：于文燕马小娟凌灿巩雪俐孙湛新疆医科大学基础医学院病理生理学教研室新疆乌鲁木齐830011

新医科背景下的医学人才培养要求是全面的、多元化的,不仅需要扎实的医学知识,更需要跨学科的知识整合、临床实践能力、科技创新精神、全球视野与交流能力等多方面的综合素养。病理生理学是临床医学、麻醉医学、医学影像学等专业必修课... 详细信息

新医科背景下的医学人才培养要求是全面的、多元化的,不仅需要扎实的医学知识,更需要跨学科的知识整合、临床实践能力、科技创新精神、全球视野与交流能力等多方面的综合素养。病理生理学是临床医学、麻醉医学、医学影像学等专业必修课,着力阐明疾病本质的课程,是临床医学学生的专业必修课,在传统教学中存在思政教育不足;学生临床思维能力弱,岗位胜任力不足;学生学习动力不足等方面的“痛点”问题。鉴于此,基于立德树人、以学为中心、成果导向、持续改进的理念,充分发挥课程思政的感染力、价值力和吸引力,探索了教学创新路径。在教学全过程中将思政育人与知识传授相融合,重塑多维一体的教学价值目标;以学生医学逻辑思维培养为主线,重构课程体系,实现对疾病的认识从整体到局部的转变;向临床拓展教学内容的广度和深度;优化教学资源,构建以疾病为基础的全方位整合实验,进行多元化过程性考核评价,旨在为新医科背景下培养高素质综合型医学人才提供有益参考。

关键词：新医科病理生理学教学改革课程内容思政评价体系

橘红桔梗植物饮品对小鼠急性肺损伤和支气管哮喘的预防作用研究

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中国病理生理杂志 2024年第4期40卷 653-661页

作者：刘岩唐冬梅段蕊肖素军林润黄锦容赵明南方医科大学基础医学院病理生理学系广东省休克与微循环研究重点实验室广东广州510515 南华大学衡阳医学院附属南华医院心血管内科湖南衡阳421001

目的:观察橘红桔梗植物饮品(TPC)对脂多糖诱导的小鼠急性肺损伤(ALI)和卵清蛋白诱导的小鼠支气管哮喘的影响,并分析其作用机制。方法:(1)将48只雄性C57BL/6小鼠随机分成空白对照组、ALI组及低、中、高剂量(0.8、1.6和3.2 mL/d)TPC组,灌... 详细信息

目的:观察橘红桔梗植物饮品(TPC)对脂多糖诱导的小鼠急性肺损伤(ALI)和卵清蛋白诱导的小鼠支气管哮喘的影响,并分析其作用机制。方法:(1)将48只雄性C57BL/6小鼠随机分成空白对照组、ALI组及低、中、高剂量(0.8、1.6和3.2 mL/d)TPC组,灌胃给药,每日1次,持续1周及地塞米松阳性对照组。采用脂多糖气管内滴注建立小鼠ALI模型。采用HE染色法观察肺组织病理变化;流式细胞分析仪检测支气管肺泡灌洗液(BALF)中性粒细胞比例;ELISA检测BALF中肿瘤坏死因子α(TNF-α)、白细胞介素1β(IL-1β)、IL-6和IL-10含量;同时检测肺组织匀浆中的髓过氧化物酶(MPO)活性及肺组织中I-κBα和NF-κB的蛋白含量。(2)将48只雌性C57BL/6小鼠随机分成空白对照组、支气管哮喘组及低、中、高剂量(0.8、1.6和3.2 mL/d)TPC组,灌胃给药,每日1次,持续1周及地塞米松组。采用卵清蛋白腹腔注射致敏和鼻内刺激建立支气管哮喘小鼠模型。采用HE染色和甲苯胺蓝染色法观察肺组织病理变化;ELISA检测小鼠血清中IgE、IL-5和IL-13含量。结果:与空白对照组相比,ALI组小鼠肺组织病理学显示明显炎症细胞浸润;BALF中的中性粒细胞比例、MPO活性及TNF-α、IL-1β和IL-6含量显著升高(P病理炎症明显减轻;BALF中的中性粒细胞比例、髓过氧化物酶活性及TNF-α、IL-1β和IL-6含量明显降低(P病理有明显的炎症细胞及肥大细胞浸润;小鼠血清中的IgE和IL-13含量升高(P病理炎症细胞及肥大细胞减少;小鼠血清中的IgE含量下降(P<0.05)。地塞米松组小鼠IL-13含量下降(P<0.05)。结论:TPC能在一定程度上预防脂多糖诱导的小鼠ALI,减轻支气管哮喘模型小鼠的过敏反应,其机制与抑制炎症反应、减少肥大细胞浸润和IgE生成有关。

关键词：橘红桔梗植物饮品急性肺损伤支气管哮喘炎症过敏反应

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Aβ_(1-42)诱导的阿尔茨海默病细胞模型中神经损伤及凋亡的机制

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山西医科大学学报 2024年第2期55卷 175-183页

作者：王昱驰马宏玉王振宇张少轩张育泰高宇航孙嘉伟石河子大学医学院基础医学系病理生理学教研室石河子832002

目的使用Aβ_(1-42)诱导HT22细胞建立阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease, AD)细胞模型,并探讨该模型中Aβ导致的神经损伤及细胞凋亡的靶向信号通路。方法分别使用不同浓度的Aβ_(1-42)(0,0.625,1.25,2.5,5,10,20,40μmol/L)干预HT22... 详细信息

目的使用Aβ_(1-42)诱导HT22细胞建立阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease, AD)细胞模型,并探讨该模型中Aβ导致的神经损伤及细胞凋亡的靶向信号通路。方法分别使用不同浓度的Aβ_(1-42)(0,0.625,1.25,2.5,5,10,20,40μmol/L)干预HT22细胞,确定建立AD细胞模型的最适浓度;随后在最适浓度干预后6,12,24,48 h观察细胞形态,检测细胞存活率,确定建立AD细胞模型的最适时间。将细胞分为AD组(20μmol/L Aβ_(1-42)+PBS)和NC组(PBS),生长对数期的HT22细胞分别干预24 h,进行后续实验。Western blot检测细胞凋亡指标(cleaved-Caspase-3)、神经营养因子(NRN1)、神经突触指标(SYP、MAP-2)的表达情况;免疫荧光检测MAP-2的表达及分布情况。生物信息学的方法预测AD相关信号通路,并通过Western blot验证ERK信号通路的磷酸化水平。结果 Aβ_(1-42)诱导HT22细胞建立AD细胞模型的最适浓度为20μmol/L,最适时间为24 h。与NC组相比,AD组cleaved-Caspase-3表达升高(P<0.01),NRN1表达降低(P<0.000 1),SYP、MAP-2表达降低(P<0.01)。生物信息学的分析显示,ERK1(MAPK3)与APP和CASP9基因表达呈正相关(r=0.634,P<0.01;r=0.513,P<0.05)。Western blot显示,与NC组相比,AD组ERK磷酸化水平较高(P<0.01)。结论 Aβ_(1-42)诱导HT22细胞建立的AD细胞模型中,引起神经损伤及细胞凋亡的机制可能通过激活ERK信号通路来实现。

关键词：阿尔茨海默病 Aβ_(1-42) 细胞凋亡 ERK HT22细胞生物信息学

高糖环境下肝细胞外泌体对胰腺癌细胞迁移与侵袭能力的影响

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中国普通外科杂志 2024年第3期33卷 376-385页

作者：杨昊长许永宁廖嘉华杨馨玥秦雯广西医科大学基础医学院病理生理学教研室广西南宁530021 广西医科大学附属武鸣医院病理科广西南宁530199 广西医科大学第二附属医院病理科广西南宁530005

背景与目的:在肿瘤微环境的影响和调控下,一些非肿瘤细胞通过外泌体在肿瘤的转移中起着关键作用。研究表明在胰腺癌中,高糖微环境可以促进其侵袭和转移。肝脏既是糖代谢的重要器官,也是胰腺癌转移的高发器官,胰腺癌肝转移的机制尚不清... 详细信息

背景与目的:在肿瘤微环境的影响和调控下,一些非肿瘤细胞通过外泌体在肿瘤的转移中起着关键作用。研究表明在胰腺癌中,高糖微环境可以促进其侵袭和转移。肝脏既是糖代谢的重要器官,也是胰腺癌转移的高发器官,胰腺癌肝转移的机制尚不清楚。因此,本研究探讨在高糖微环境下肝细胞分泌的外泌体对胰腺癌细胞侵袭、迁移的影响及机制。方法:将永生化肝细胞MIHA分别在高糖与正常糖培养基中培养后,从上清液中提取外泌体,并通过透射电镜、粒径分析和Western blot对两种培养基来源的外泌体进行鉴定;用荧光染料PKH67标记两种培养基来源的外泌体后,分别与荧光染料DAPI标记的胰腺癌细胞PANC-1共培养,通过实时激光扫描共聚焦显微镜观察PANC-1细胞对外泌体的吞噬情况。将PANC-1细胞分别与高糖培养基来源的外泌体(高糖组)及正常糖培养基来源的外泌体(正常糖组)共培养,以未加外泌体培养的PANC-1细胞为阴性对照组,随后分别用划痕试验、Transwell实验检测各组PANC-1细胞的迁移与侵袭能力,用Western blot检测各组PANC-1细胞中上皮-间充质转化(EMT)相关蛋白E-cadherin和N-cadherin的表达。结果:透射电镜显示,从MIHA细胞的两种培养基上清液中均提取出较多具有脂质双层膜结构的球形囊泡,直径为40~150 nm;Western blot显示提取物的外泌体标志蛋白CD9和CD63均为阳性;实时激光扫描共聚焦显微镜观察到两种培养基来源的外泌体均可被PANC-1细胞摄取。划痕试验与Transwell实验结果显示,高糖组PANC-1细胞的迁移率、迁移细胞数、侵袭细胞数均明显高于阴性对照组(均P0.05)结论:高糖环境下肝细胞来源的外泌体能够促进胰腺癌细胞的侵袭、迁移,其作用机制可能与调控胰腺癌细胞EMT相关蛋白的表达有关。

关键词：胰腺肿瘤肿瘤微环境高血糖症外泌体肿瘤浸润上皮-间质转化

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构建乳腺癌G-四链体相关基因的预后模型

武汉大学学报(医学版) 2024年

作者：李俊魏蕾张京伟武汉大学中南医院甲乳外科武汉大学泰康医学院(基础医学院)病理生理学教研室

目的：利用生物信息学方法，基于G-四链体(G-quadruplex)相关基因探讨乳腺癌新的分子分型和预后作用，并构建预测乳腺癌患者预后的G-四链体相关基因的风险模型。方法：利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的乳腺癌转录组数据及临床信息，... 详细信息

目的：利用生物信息学方法，基于G-四链体(G-quadruplex)相关基因探讨乳腺癌新的分子分型和预后作用，并构建预测乳腺癌患者预后的G-四链体相关基因的风险模型。方法：利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的乳腺癌转录组数据及临床信息，在PubMed上系统检索G-quadruplex相关研究，筛选纳入G-四链体相关基因数据，利用共识聚类鉴定G-四链体相关基因调控亚型，通过基因集富集分析(GESA)、Cox回归分析和LASSO回归分析等生物信息学方法，构建预测乳腺患者预后的G-四链体相关基因风险评分模型，并进一步检测其预测效能。结果：鉴定出基于G-四链体相关基因调控亚型，并且不同亚型总生存期、基因集通路富集分析和药物IC50上存在显著差异，筛选出8个G-四链体相关基因(RPS9、YBX1、FOS、VIM、RPL10、MYC、TAF15、HNRNPA1)用于构建G-四链体相关基因调控亚群的预测模型。Kaplan-Meier分析结果提示低评分组的结局较高评分组更差(P=0.02)，风险模型在预测1年、3年和5年总体生存率的ROC曲线下面积(AUC)，训练集中为0.80、0.77和0.78，验证集中为0.81、0.74和0.75。多因素Cox回归分析表明风险评分是乳腺癌患者预后的独立预测因子(P<0.001)。结论：基于G-四链体相关基因鉴定出乳腺癌亚型并构建的风险评分预后模型对乳腺癌有独立预后作用，对乳腺癌的预后预测提供新的见解。

关键词：乳腺癌 G-四链体预后模型分子分型 TCGA数据库

鞣花酸对纳米二氧化钛颗粒诱导肝损伤的保护作用及其机制

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遵义医科大学学报 2024年第6期47卷 577-586页

作者：郝志清谢婧李丽华台州学院医学院基础教研室浙江台州318000 沈阳医学院病理生理学教研室辽宁沈阳110034

目的探讨鞣花酸(EA)对纳米二氧化钛颗粒(TiO_(2)NPs)诱导的肝损伤发挥保护作用的机制。方法小鼠随机分为对照组、EA组、TiO_(2)NPs组和TiO_(2)NPs+EA组,对照组不做任何处理,TiO_(2)NPs组接受TiO_(2)NPs 150 mg/(kg·d)灌胃处理,EA组接受... 详细信息

目的探讨鞣花酸(EA)对纳米二氧化钛颗粒(TiO_(2)NPs)诱导的肝损伤发挥保护作用的机制。方法小鼠随机分为对照组、EA组、TiO_(2)NPs组和TiO_(2)NPs+EA组,对照组不做任何处理,TiO_(2)NPs组接受TiO_(2)NPs 150 mg/(kg·d)灌胃处理,EA组接受EA 50 mg/(kg·d)灌胃处理,TiO_(2)NPs+EA组在TiO_(2)NPs 150 mg/(kg·d)给药基础上灌胃给予EA 50 mg/(kg·d)。8周后取材,检测各组肝损伤指标,并观察肝组织病理学形态改变。Western blot检测各组氧化应激相关Ogg1、脂质合成相关Srebp-1c、内质网应激相关Bip、Pdi、ATF6-p50、ATF6-p90、p-Ire1α、Xbp1s、Xbp1u、p-eIf2α、ATF4和肝纤维化相关α-SMA表达。qPCR检测各组维持脂质代谢稳态相关Acox2、Ces1g、Acot7、Pparα、Cpt1a、Scad、Srebf1、Mlxipl、Lxrα、Xbp1s、内质网应激相关Atf4、Chop和肝纤维化相关Tgfb、Col 1α1、α-Sma的mRNA水平。结果与对照组相比,TiO_(2)NPs组小鼠肝指数增加,肝脏结构紊乱。Ogg1、Srebp-1c、Bip、ATF6-p50、ATF6-p90、p-Ire1α、Xbp1s、Xbp1u、p-eIf2α、ATF4及α-SMA的表达显著增多。Acox 2、Ces 1 g、Acot 7、Cpt1a及Scad的mRNA水平显著下降,而Pparα、Srebf 1、Mlxipl、Lxrα、Xbp 1 s、Atf 4、Chop、Tgfb、Col 1α1及α-Sma的mRNA水平显著升高。与TiO_(2)NPs组相比,TiO_(2)NPs+EA组小鼠以上指标呈现相反趋势。结论EA通过减轻氧化应激、内质网应激和脂质代谢紊乱缓解TiO_(2)NPs诱导的肝损伤。

关键词：纳米二氧化钛颗粒鞣花酸内质网应激脂质代谢