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基于注意力及可学习阈值的全景切片图构建

计算机工程 2024年

作者：陈德品赵珅焦一平王向学吕泓徐军复旦大学附属肿瘤医院乳腺外科复旦大学上海医学院肿瘤学系南京信息工程大学人工智能学院智慧医疗研究院复旦大学附属肿瘤医院病理科复旦大学上海医学院肿瘤学系

计算组织病理学为解析肿瘤微环境提供独特视角，具有重要价值。图网络能够刻画病理图像中非结构化连接关系，这极大地加速了计算病理学的发展。但由于计算开销巨大，使用基于图的方法处理数十亿像素的全景切片图像（Whole Slide Image，... 详细信息

计算组织病理学为解析肿瘤微环境提供独特视角，具有重要价值。图网络能够刻画病理图像中非结构化连接关系，这极大地加速了计算病理学的发展。但由于计算开销巨大，使用基于图的方法处理数十亿像素的全景切片图像（Whole Slide Image，WSI）一直以来都极具挑战。不同于常规阈值法或边与节点的合并等图采样方法减少图的规模，该工作提出了一种具备创新性的基于Transformer架构的图神经网络模块AdaptConv，该模块能够在图结构中进行信息聚合的同时动态学习去除冗余的边，从而构建出新的图，称之为重构图。重构图保留了原本图结构的有效信息，也为计算病理提供了新的可视化角度和分析角度。为了评估AdaptConv及重构图的有效性，该工作将AdaptConv模块集成在CLAM框架中，并在乳腺癌的激素受体（Hormone Receptor，HR）和人表皮生长因子受体 2（Human Epidermal Growth Factor Receptor 2，HER2）两种分子分型的计算病理诊断预测任务上验证了模型准确性。与原生CLAM模型相比，改进模型的AUC指标在HR分型上取得了4.1%的提升，在HER2分型上取得了0.9%的提升。此外，AdaptConv优化模型生成的注意力分布图更合理可靠，呈现出与诊断标准免疫组织化学染色一致的分布模式。最后，该模型生成的创新性的重构图与特定组织区域和注意力图都表现出了关联，具备进一步研究的价值。

关键词：全景切片图像多实例学习图神经网络图构建可视化

基于磁共振胆胰管成像图像测量的改良型经皮肝穿刺胆管引流用胆管引流管设计研究

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中华内科杂志 2024年第3期63卷 291-294页

作者：耿翔黎海亮胡鸿涛郭晨阳张宏凯李靖姚全军夏威利袁航郑州大学附属肿瘤医院(河南省肿瘤医院)微创介入科郑州450008 郑州大学附属肿瘤医院(河南省肿瘤医院)放射科郑州450008

目的利用磁共振胆胰管成像(MRCP)图像的测量信息为设计制备改良型经皮肝穿刺胆管引流术(PTCD)用胆管引流管提供数据参考。方法描述性研究。收集郑州大学附属肿瘤医院放射科自2015年7月至2020年7月2300例患者3.0 T上腹部MRI及MRCP的影像... 详细信息

目的利用磁共振胆胰管成像(MRCP)图像的测量信息为设计制备改良型经皮肝穿刺胆管引流术(PTCD)用胆管引流管提供数据参考。方法描述性研究。收集郑州大学附属肿瘤医院放射科自2015年7月至2020年7月2300例患者3.0 T上腹部MRI及MRCP的影像资料,筛选出肝门部胆管结构显示清晰,且为胰头癌、胆总管癌或壶腹部癌所致的胆管梗阻且合并肝内外胆管扩张的患者381例,对这些患者MRCP图像中的左右肝管、肝总管的长度进行测量,根据测量结果对PTCD用胆管引流管进行改良设计。结果测量出恶性肿瘤致胆管梗阻状态下左肝管自起始部至左右肝管汇合部中心点的距离为(15.9±3.8)mm,右肝管自起始部至左右肝管汇合部中心点的距离为(12.4±3.2)mm,自胆囊管汇入部至左右肝管汇合部中心点的长度为(34.0±8.1)mm,根据测量结果完成了PTCD用胆管引流管的引流侧孔分布位置及长度的改良设计,并完成实物化制作。结论MRCP图像胆管测量是获取扩张状态下胆管长度数据的有效方法,根据胆管测量结果制备的改良用PTCD用胆管引流管贴合BismuthⅡ、Ⅲ型高位胆管癌所致的胆管梗阻的引流需求。

关键词：胰胆管造影术,磁共振引流术经皮肝穿刺胆管引流术

免疫治疗在儿童及青少年软组织肉瘤中的应用进展

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中华小儿外科杂志 2024年第6期45卷 548-558页

作者：王舜莹刘百慧董瑞董岿然复旦大学附属儿科医院肿瘤外科上海201102

儿童与青少年软组织肉瘤分类复杂且相对少见,高危及复发/转移性软组织肉瘤的预后较差,而传统的手术与化疗的综合治疗在改善预后方面已遇到瓶颈。免疫治疗通过激活或放大机体对肿瘤的免疫反应以控制肿瘤进展,具体方法包括免疫检查点抑制... 详细信息

儿童与青少年软组织肉瘤分类复杂且相对少见,高危及复发/转移性软组织肉瘤的预后较差,而传统的手术与化疗的综合治疗在改善预后方面已遇到瓶颈。免疫治疗通过激活或放大机体对肿瘤的免疫反应以控制肿瘤进展,具体方法包括免疫检查点抑制剂、单克隆抗体、肿瘤疫苗、过继细胞治疗等,有望成为软组织肉瘤治疗的新路线。本文基于历年来的临床研究结果,就免疫治疗在软组织肉瘤治疗中的研究进展进行综述。

关键词：软组织肉瘤免疫治疗横纹肌肉瘤

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梅奥医学中心科技成果转化构架、模式及启示

中华医学科研管理杂志 2024年第3期37卷 167-172页

作者：王彦欢罗惠文庄建辉复旦大学附属肿瘤医院科研部、复旦大学上海医学院肿瘤学系上海200032

目的本文通过介绍梅奥医学中心(以下简称"梅奥")的成果转化机制,以期对我国公立医院的成果转化工作带来启示。方法通过典型案例分析,梳理梅奥的成果转化理念、管理机制和运行模式。结果梅奥秉持"患者需求至上"的核心价值观,并以此作为... 详细信息

目的本文通过介绍梅奥医学中心(以下简称"梅奥")的成果转化机制,以期对我国公立医院的成果转化工作带来启示。方法通过典型案例分析,梳理梅奥的成果转化理念、管理机制和运行模式。结果梅奥秉持"患者需求至上"的核心价值观,并以此作为组织开展业务的基础,践行医、教、研合力发展的运营管理模式,通过构建完善的组织架构、高质量的人才储备以及完整的资源支持体系,助力高质量可转化成果的诞生。结论我国公立医院可从成果转化意识、基础研究的临床导向、全产业链的转化医学体系、专业化成果转化管理团队和人才激励机制等方面优化成果转化工作。

关键词：梅奥成果转化启示

以大型单中心医院登记为基础的6737例接受手术切除的胃癌患者的生存报告

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中国癌症杂志 2024年第3期34卷 268-277页

作者：沈洁王江立王泽洲莫淼周昌明袁晶徐大志郑莹复旦大学附属肿瘤医院肿瘤预防部复旦大学上海医学院肿瘤学系上海200032 复旦大学附属肿瘤医院胃外1科复旦大学上海医学院肿瘤学系上海200032 上海肿瘤疾病人工智能工程技术研究中心上海200032

背景与目的:收集以医院登记为基础的6737例接受手术切除的胃癌患者的随访资料,分析其1、3和5年观察总生存(overall survival,OS)率和无病生存(disease-free survival,DFS)率,为中国的胃癌防控和政策制定提供真实世界研究证据。方法:纳入... 详细信息

背景与目的:收集以医院登记为基础的6737例接受手术切除的胃癌患者的随访资料,分析其1、3和5年观察总生存(overall survival,OS)率和无病生存(disease-free survival,DFS)率,为中国的胃癌防控和政策制定提供真实世界研究证据。方法:纳入2015年1月1日—2020年12月31日在复旦大学附属肿瘤医院接受手术治疗的胃癌患者共6737例,通过查阅患者病史了解患者的临床信息,并通过复诊病史、电话随访和死因数据链接等方式收集患者的生存随访资料,随访统计时间截至2023年11月30日。采用Kaplan-Meier法估计患者1、3和5年OS率和DFS率,并在不同年龄组、性别、治疗时期、肿瘤分期及病理学特征等亚组中分别描述。结果:接受手术切除的胃癌患者经中位50.99个月随访后,5年OS率和Ⅰ~Ⅲ期患者5年DFS率分别为70.37%和69.46%。Ⅰ期、Ⅱ期、Ⅲ期和Ⅳ期胃癌患者的5年OS率分别为94.32%、82.56%、51.01%和23.97%。不同年龄、部位、大体分型、Borrmann分型和Lauren分型的患者生存有显著差异。结论:肿瘤分期是影响胃癌患者生存的重要因素,应加强人群(尤其是高危人群)胃癌的筛查和早诊早治,进一步改善患者的生存。

关键词：胃癌总生存率无病生存率医院登记

锥形束CT测量不同上颌第二磨牙萌出阶段的青少年颧牙槽嵴区骨厚度

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复旦学报（医学版） 2024年第4期51卷 580-587页

作者：潘颖丹郑章龙毕玮复旦大学附属中山医院厦门医院口腔科厦门361015 复旦大学附属中山医院口腔科上海200032

目的探究不同上颌第二磨牙萌出阶段的青少年颧牙槽嵴区(infrazygomatic crest,IZC)骨厚度分布规律与差异,为微种植支抗植入提供参考。方法回顾性分析110名正常颌青少年颌面部锥形束CT影像资料,根据上颌第二磨牙萌出阶段由早至晚分为S1(4... 详细信息

目的探究不同上颌第二磨牙萌出阶段的青少年颧牙槽嵴区(infrazygomatic crest,IZC)骨厚度分布规律与差异,为微种植支抗植入提供参考。方法回顾性分析110名正常颌青少年颌面部锥形束CT影像资料,根据上颌第二磨牙萌出阶段由早至晚分为S1(44例)、S2(30例)、S3(36例)3组。将过左侧上颌第一磨牙近中颊尖的水平横断面定义为水平基准面(horizontal base plane,HB)。选取左侧上颌第一磨牙近中颊根与远中颊根两个冠状截面,分别在HB上方13(HB13)、15(HB15)、17(HB17)mm高度,呈龈向60°角测量颊侧牙槽骨骨厚度。分别比较近、远中根与不同高度下的骨厚度,并比较3组在各植入路径的骨厚度差异。使用色彩映射图展示3组骨厚度分布。结果3组骨厚度测量结果在HB13与HB15高度上均表现为远中颊根骨厚度大于近中颊根。随着高度的增加,骨厚度逐渐减小(PS2>S3。骨厚度最大值在S1组的远中颊根HB13高度上(5.20 mm),最小值在S2组远中颊根HB17高度上(1.90 mm)。结论3组青少年的IZC骨厚度均表现为在上颌第一磨牙远中颊根的HB13高度处最大,随着高度增加,骨厚度减少。上颌第二磨牙处于的萌出阶段越晚,IZC骨厚度越少,微种植支抗植入难度增加。

关键词：锥形束CT 颧牙槽嵴区(IZC) 上颌第二磨牙萌出阶段骨厚度

乳腺癌患者化疗相关不良反应可视化评估管理程序的研发及可用性评价

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护理学杂志 2024年第5期39卷 10-14页

作者：张昊黄青梅吴傅蕾杨瑒蔡婷婷宗旭倩袁长蓉复旦大学护理学院上海200032 复旦大学附属肿瘤医院

目的研发基于知识和数据可视化的乳腺癌患者化疗相关不良反应评估管理程序,并评价其可用性。方法组建多学科研发团队,采用专家工作组法构建乳腺癌患者化疗相关不良反应可视化评估管理程序研发框架,基于敏捷软件开发原则研发可视化评... 详细信息

目的研发基于知识和数据可视化的乳腺癌患者化疗相关不良反应评估管理程序,并评价其可用性。方法组建多学科研发团队,采用专家工作组法构建乳腺癌患者化疗相关不良反应可视化评估管理程序研发框架,基于敏捷软件开发原则研发可视化评估管理程序,选取13例乳腺癌患者基于眼动追踪技术进行可用性评价。结果基于研发框架研发了乳腺癌患者化疗相关不良反应可视化评估管理程序,基于眼动追踪技术发现可用性问题5项并进行了程序优化,系统可用性量表平均得分为(76.35±13.17)分。结论研发的乳腺癌化疗患者不良反应可视化评估及管理程序可用性良好,适用于乳腺癌患者不良反应的评估及管理。

关键词：乳腺癌化疗不良反应症状管理可视化评估管理程序可用性评价眼动追踪技术

伴肠母细胞分化的结直肠腺癌8例临床病理学分析

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中华病理学杂志 2024年第4期53卷 370-376页

作者：汪琪张岩谭聪倪淑娟黄丹常彬盛伟琪王磊复旦大学附属肿瘤医院病理科复旦大学上海医学院肿瘤学系上海200032 上海中医药大学附属曙光医院病理科上海201203

目的探讨伴肠母细胞分化的结直肠腺癌(colorectal adenocarcinoma with enteroblastic differentiation,CAED)临床病理学特征。方法收集复旦大学附属肿瘤医院2017年1月至2023年8月8例CAED,对其组织病理学、免疫组织化学及分子特征和预... 详细信息

目的探讨伴肠母细胞分化的结直肠腺癌(colorectal adenocarcinoma with enteroblastic differentiation,CAED)临床病理学特征。方法收集复旦大学附属肿瘤医院2017年1月至2023年8月8例CAED,对其组织病理学、免疫组织化学及分子特征和预后进行分析,并进行文献复习。结果8例CAED中,男性6例,女性2例,平均年龄为58岁(29~77岁,中位年龄61.5岁),其中5例术前血清甲胎蛋白升高(14.0~286.6μg/L)。4例发生于结肠,4例发生于直肠。2例临床分期为Ⅳ期,初诊时已发生远处转移(1例初诊时发现肝脏转移,1例初诊时发现肺、骨和全身多发淋巴结转移),其余6例为局部进展期(Ⅱ~Ⅲ期),3例术后发生远处转移(肝脏1例、肺1例、腹膜1例),2例患者分别于术后9、24个月死亡。肿瘤由不同比例的肠母细胞分化的腺癌成分(30%~100%)和经典管状腺癌成分构成,前者形态类似胚胎发育时期肠黏膜上皮:立方状或柱状肿瘤细胞排列成管状、乳头状、筛状或实性巢状,胞质透亮。免疫组织化学染色结果显示,肿瘤细胞至少表达一种癌胚蛋白(SALL4、Glypican-3、甲胎蛋白)。3例肿瘤细胞伴鳞状分化。与原发灶相比,转移灶中CAED成分及鳞状分化成分所占比例均增高。原发灶和/或转移灶行KRAS、NRAS、BRAF基因突变检测示:5例为野生型,2例显示KRAS基因第2号外显子(G13D)突变。结论CAED是一种罕见的结直肠恶性肿瘤,恶性程度较高,准确的病理诊断具有预后预测价值。肠母细胞分化的组织学特征,血清甲胎蛋白的增高及癌胚蛋白的表达对于该肿瘤的诊断具有重要的价值。

关键词：结直肠肿瘤腺癌甲胎蛋白肠母细胞分化

ALK重排Spitz黑色素细胞瘤2例临床病理及分子遗传学分析

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中华病理学杂志 2024年第08期53卷 816-821页

作者：涂媛卢婉平王坚复旦大学附属肿瘤医院病理科复旦大学上海医学院肿瘤学系上海上海阿克曼医学检验所上海

目的探讨间变性淋巴瘤激酶(ALK)重排Spitz黑色素细胞瘤(ALK rearranged Spitz melanocytoma)临床病理、免疫组织化学及分子病理学特征。方法收集复旦大学附属肿瘤医院病理科2020年8月院外会诊病例及上海阿克曼医学检验所2022年6月会诊病... 详细信息

目的探讨间变性淋巴瘤激酶(ALK)重排Spitz黑色素细胞瘤(ALK rearranged Spitz melanocytoma)临床病理、免疫组织化学及分子病理学特征。方法收集复旦大学附属肿瘤医院病理科2020年8月院外会诊病例及上海阿克曼医学检验所2022年6月会诊病例, 共2例皮肤ALK重排Spitz黑色素细胞瘤。回顾性分析其临床病理学资料, 分别进行光镜观察、免疫组织化学标记和分子检测, 并复习相关文献。结果 2例病例, 男性和女性各1例, 年龄分别为8岁和11岁。表现为右大腿和左耳廓皮肤息肉样新生物, 最大径分别为1.0 cm和1.2 cm。镜下观察, 肿瘤由中等偏大的上皮样至胖梭形细胞组成, 在皮肤真皮浅层内呈巢状、丛状或束状排列。瘤细胞胞质丰富, 嗜伊红色, 核呈圆形或卵圆形, 可见小核仁。例2瘤细胞显示轻至中度多形性, 并可见核分裂象(平均2个/mm2)。免疫组织化学标记显示, 瘤细胞弥漫表达S-100蛋白、SOX10和ALK(1A4和D5F3), 不表达HMB45、PNL2和MiTF。荧光原位杂交检测显示均有ALK基因重排。二代测序分别检测出KANK1::ALK融合和TPM3::ALK融合基因。2例病例分别随访34和14个月, 均无复发或转移。结论 ALK重排Spitz黑色素细胞瘤是Spitz黑色素细胞瘤的一种少见分子亚型, 好发于儿童和青少年, 以具有Spitz样形态、丛状生长方式、弥漫表达ALK和ALK融合基因为特征。部分病例显示多形性和核分裂活性, 需注意与Spitz黑色素瘤相鉴别。

关键词：软组织肿瘤诊断, 鉴别 Spitz黑色素细胞瘤