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交河故城古车师人的线粒体DNA分析

高等学校化学学报 2002年第8期23卷 1510-1514页

作者：崔银秋段然慧季朝能朱泓李惟毛裕民周慧复旦大学遗传工程国家重点实验室吉林大学生命科学学院考古DNA实验室长春130023 吉林大学生命科学学院考古DNA实验室

从距今 2 0 0 0～ 2 5 0 0年左右的交河故城古代人骨中提取古 DNA,用 4对重叠引物对线粒体基因组的调控区 (3 63 bp)进行了扩增及测序 .线粒体基因组编码区的扩增片段用于限制性片段多样性分析 .结果显示4个个体中具有 3个 DNA序列 ,其... 详细信息

从距今 2 0 0 0～ 2 5 0 0年左右的交河故城古代人骨中提取古 DNA,用 4对重叠引物对线粒体基因组的调控区 (3 63 bp)进行了扩增及测序 .线粒体基因组编码区的扩增片段用于限制性片段多样性分析 .结果显示4个个体中具有 3个 DNA序列 ,其中来自不同墓穴的两个个体的序列相同 ,说明这两者间有密切的母系遗传关系 .系统发育分析表明古车师的这 4个个体分散分布在现代新疆维吾尔人的序列之中 .从这些结果可以初步得出结论 ,即古车师人群并不是一个同源群体 ,在早期铁器时代。

关键词：交河矿城古车师人线粒体 DNA 测序限制性片段多样性分析系统发育分析古人类学

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分枝杆菌噬菌体整合及裂解的分子机理

微生物学报 2005年第5期45卷 808-811页

作者：申严杰胡昌华王洪海谢建平西南大学生命科学学院现代生物医药研究所复旦大学生命科学学院遗传研究所遗传工程国家重点实验室复旦大学生命科学学院遗传研究所遗传工程国家重点实验室上海200433

结核病仍旧威胁着全球人类健康,中国是结核病高发国家之一,寻求新的药物和疫苗势在必行。随着对噬菌体研究的深入,分枝杆菌噬菌体成为结核病新型药物发现和药敏实验的研究热点之一。噬菌体进入宿主菌体内,以裂解和溶源两种途径进入循环... 详细信息

结核病仍旧威胁着全球人类健康,中国是结核病高发国家之一,寻求新的药物和疫苗势在必行。随着对噬菌体研究的深入,分枝杆菌噬菌体成为结核病新型药物发现和药敏实验的研究热点之一。噬菌体进入宿主菌体内,以裂解和溶源两种途径进入循环。以分枝杆菌的溶源性噬菌体为例,综述了分枝杆菌噬菌体整合和裂解分子机理。分枝杆菌溶源性噬菌体的整合需噬菌体基因组的附着位点attachment site(attP),宿主菌分枝杆菌基因组的附着位点attachment site(attB),整合酶integrase(Int)和整合宿主因子integration host factor(mIHF)。部分溶源性噬菌体如Ms6进入裂解循环,复制转录组装成新的子代噬菌体,在裂解素(Lysin)和穿孔素(Holin)的协同作用下裂解宿主菌,释放子代噬菌体。目前国内未见对分枝杆菌噬菌体的研究报道。研究分枝杆菌噬菌体整合及裂解机理对结核病治疗新药开发有一定的启示。

关键词：分枝杆菌噬菌体整合裂解

MSX1通过与GRP78相互作用促进前列腺癌细胞PC-3增殖

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基因组学与应用生物学 2017年第9期36卷 3476-3481页

作者：刘祎旸贾祥杨宇王敬强复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室上海200438

同源异型框蛋白在发育中具有非常重要的作用,而同源异型框蛋白的异常表达和很多人类疾病相关,其中就包括前列腺癌的发生发展。我们通过分析TCGA数据库中前列腺癌病人样本MSX1的表达量发现,在肿瘤样本中MSX1表达量显著高于非肿瘤样本。... 详细信息

同源异型框蛋白在发育中具有非常重要的作用,而同源异型框蛋白的异常表达和很多人类疾病相关,其中就包括前列腺癌的发生发展。我们通过分析TCGA数据库中前列腺癌病人样本MSX1的表达量发现,在肿瘤样本中MSX1表达量显著高于非肿瘤样本。因此我们检测正常永生化前列腺基底细胞系WPMY-1、雄激素依赖的前列腺癌细胞系LNCa P、雄激素非依赖的前列腺癌细胞系PC-3中MSX1的表达量,发现在雄激素依赖的前列腺癌细胞系LNCa P中MSX1表达量最高。为了探究MSX1在前列腺癌细胞中的作用,我们选取MSX1表达量较低且不受雄激素调控的PC-3细胞作为研究对象。研究表明过表达MSX1可以显著促进PC-3细胞的增殖。我们通过免疫沉淀技术确定了MSX1与GRP78蛋白相互作用,而GRP78蛋白可以调控AKT、ERK1/2等细胞周期相关蛋白从而调控细胞周期等细胞进程。因此推测MSX1通过和GRP78相互作用从而促进前列腺癌细胞增殖。我们的研究为阐明MSX1在前列腺癌发生发展中作用机理提供了一定的理论参考依据。

关键词：前列腺癌 MSX1 GRP78 PC-3 细胞增殖

玉米株高和穗位高遗传基础的QTL剖析（英文）

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复旦学报（自然科学版） 2016年第5期55卷 605-613页

作者：张宁张强张玉娜李鑫黄雪清复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室上海200438

玉米是世界范围内具有经济重要性的作物之一.株高和穗位高是玉米育种过程中需考虑的2个重要农艺性状,对玉米产量、抗倒伏性及株型等都有较大影响.为进一步明确玉米株高和穗位高的遗传机制,本研究以B73×Zheng58的含有165个株系的F3：4... 详细信息

玉米是世界范围内具有经济重要性的作物之一.株高和穗位高是玉米育种过程中需考虑的2个重要农艺性状,对玉米产量、抗倒伏性及株型等都有较大影响.为进一步明确玉米株高和穗位高的遗传机制,本研究以B73×Zheng58的含有165个株系的F3：4重组自交系群体为作图群体,利用覆盖玉米10条染色体189个SSR标记对株高和穗位高进行QTL定位分析.总共定位到5个株高QTL和6个穗位高QTL;这11个QTL分布在除2号和6号之外的其他8条染色体上.单个QTL表型变异贡献率的变幅为4.3%～14.2%.其中10个QTL与以前报道过的QTL的位置相近或重叠,而株高QTL（qPH04-01）是新发现的群体专一性的QTL,最靠近标记umc0371,表型变异贡献率为8.8%,是值得进一步研究和利用的位点.

关键词：玉米株高穗位高数量性状位点遗传基础

人类SEPT6蛋白对胰腺导管癌细胞系PANC-1迁移和侵袭能力的影响

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复旦学报（自然科学版） 2015年第6期54卷 795-801页

作者：徐成栋余龙余文博复旦大学生命科学学院上海200438 复旦大学遗传工程国家重点实验室上海200438

Septin家族是在大部分真核生物中都存在的一类蛋白质,研究表明它们除了和细胞中的胞浆移动相关之外还与胞膜运动、胞吞胞吐等过程联系密切.本文旨在通过对该家族中SEPT6的探究,了解它与癌症之间的某些联系.我们通过Western blot和病理... 详细信息

Septin家族是在大部分真核生物中都存在的一类蛋白质,研究表明它们除了和细胞中的胞浆移动相关之外还与胞膜运动、胞吞胞吐等过程联系密切.本文旨在通过对该家族中SEPT6的探究,了解它与癌症之间的某些联系.我们通过Western blot和病理组织免疫组化的实验证实了SEPT6在胰腺导管癌中高表达,因此选择胰腺导管癌来源的PANC-1细胞作为研究对象.通过细胞划痕实验,我们发现过量表达SEPT6有助于加速细胞迁移,相反,消减SEPT6会明显遏制划痕的愈合.同样,在Transwell实验中,我们也证实了SEPT6和PANC-1的侵袭能力紧密相关,这些实验证据都提示该蛋白和胰腺导管癌的恶性程度成正相关.

关键词： SEPT6 PANC-1 细胞迁移侵袭能力

利用CRISPR/Cas系统快速高效构建血友病乙小鼠模型

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遗传 2015年第11期37卷 1143-1148页

作者：汪启翰怀聪孙瑞林庄华陈红岩费俭卢大儒复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室上海200433 上海南方模式生物研究中心上海201203

血友病乙是由凝血因子Ⅸ(FactorⅨ,FⅨ)缺乏或功能缺陷导致的出血性疾病,为伴X染色体隐性遗传病。小鼠模型对于血友病乙的研究具有十分重要的意义,而基因组编辑技术又为小鼠模型的构建提供了一种快捷而且高效的途径。本文利用CRISPR/Ca... 详细信息

血友病乙是由凝血因子Ⅸ(FactorⅨ,FⅨ)缺乏或功能缺陷导致的出血性疾病,为伴X染色体隐性遗传病。小鼠模型对于血友病乙的研究具有十分重要的意义,而基因组编辑技术又为小鼠模型的构建提供了一种快捷而且高效的途径。本文利用CRISPR/Cas系统,在小鼠FⅨ基因第8外显子上选择靶位点,将Cas9 m RNA和带有靶位点的sg RNA显微注射到C57BL/6品系小鼠的受精卵中,获得基因修饰的小鼠。利用高分辨率熔解曲线分析(High resolution melting,HRM)技术进行精确基因分型,并通过测序验证,在60只小鼠中,总共有51只小鼠的靶位点发生了突变,突变率高达85%,其中雄鼠的突变率为79.5%,雌鼠的突变率为95.2%;未检测到非目标位置的基因编辑脱靶。凝血活性实验显示,突变小鼠的FⅨ活性值(FactorⅨcoagulant activity,FⅨ:C)是非突变小鼠的6.82%,大大低于非突变小鼠,表明突变小鼠的凝血活性缺失。本研究表明,利用CRISPR/Cas系统成功构建了人类血友病乙遗传病小鼠模型。

关键词：血友病乙 CRISPR/Cas系统基因组编辑小鼠模型

实时荧光定量PCR检测原发性肝癌中hNTKL-BP1基因的表达

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复旦学报（自然科学版） 2007年第3期46卷 411-416,420页

作者：严昕王均永吴小末施慧莉霍克克复旦大学生命科学学院遗传学研究所遗传工程国家重点实验室上海200433

分别提取手术切除人原发性HCC肝癌和癌旁肝组织总RNA并逆转录为cDNA,在hNTKL-BP1基因的高保守区设计相应引物和Taqman荧光探针,实时检测PCR产物的荧光强度,采用2-△△Ct方法分析比较该基因在人类肝癌组织和癌旁肝组织中的表达差异.结果... 详细信息

分别提取手术切除人原发性HCC肝癌和癌旁肝组织总RNA并逆转录为cDNA,在hNTKL-BP1基因的高保守区设计相应引物和Taqman荧光探针,实时检测PCR产物的荧光强度,采用2-△△Ct方法分析比较该基因在人类肝癌组织和癌旁肝组织中的表达差异.结果是44例原发性HCC肝癌组织中hNTKL-BP1基因表达水平显著高于癌旁肝组织(t=2.69,P组织与癌旁肝组织hNTKL-BP1基因表达差异和肿瘤大小有一定的相关性(P=0.028),hNTKL-BP1基因可能与肝癌的发生、发展有一定相关性.

关键词： N端激酶结构样蛋白结合蛋白原发性肝细胞癌实时荧光定量PCR

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HD2基因调控拟南芥下胚轴发育的功能研究

四川大学学报（自然科学版） 2024年第1期61卷 174-185页

作者：吴羚阁陈功春林娟复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室上海200438

为探究组蛋白去乙酰化酶HD2基因在拟南芥下胚轴发育中的调控作用,本研究采用野生型(Col-0)、HD2突变体以及过表达植株为材料,研究其在1/2MS以及1/2MS+100 mmol/L甘露醇培养中下胚轴的表型特征,并结合转录组测序数据进一步分析.实验结果... 详细信息

为探究组蛋白去乙酰化酶HD2基因在拟南芥下胚轴发育中的调控作用,本研究采用野生型(Col-0)、HD2突变体以及过表达植株为材料,研究其在1/2MS以及1/2MS+100 mmol/L甘露醇培养中下胚轴的表型特征,并结合转录组测序数据进一步分析.实验结果显示,四种过表达株系下胚轴长度较Col-0长,伸长百分比为7.1%~19.5%,差异显著;甘露醇处理后,过表达植株下胚轴较Col-0更长,伸长百分比为14.6%~32.8%,差异更加显著,缩短幅度也更小.hd2a/hd2b和hd2a/hd2c双基因突变体植株在有无甘露醇时,下胚轴长度均显著短于Col-0,但干旱胁迫后变短幅度无明显增加.转录组数据揭示,HD2基因调控光合系统响应基因影响植株暗形态建成反应,从而影响下胚轴发育.甘露醇处理后,HD2基因诱导产生非生物刺激响应因子,帮助下胚轴抵抗不良环境.综上所述,HD2基因在拟南芥下胚轴发育中承担重要调控作用.

关键词：拟南芥下胚轴转录组干旱胁迫 HD2去乙酰化酶基因

RELT基因移码突变导致遗传性釉质发育不全

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北京大学学报(医学版) 2025年第1期57卷 13-18页

作者：张真伟徐欣然高学军董艳梅田华北京大学口腔医学院·口腔医院牙体牙髓科国家口腔医学中心国家口腔疾病临床医学研究中心口腔生物材料和数字诊疗装备国家工程研究中心北京100081 复旦大学附属上海市口腔医院牙体牙髓二科上海市颅颌面发育与疾病重点实验室上海200001 北京大学口腔医学院·口腔医院国际门诊部北京100081

目的:纳入1例临床特征和遗传方式符合遗传性釉质发育不全的患者家系,在中国人群中发现RELT基因突变与遗传性釉质发育不全相关,分析其突变效应,探究基因型与表型的关系。方法:收集患者及家系成员的临床资料,分析其临床表型;采集家系成员... 详细信息

目的:纳入1例临床特征和遗传方式符合遗传性釉质发育不全的患者家系,在中国人群中发现RELT基因突变与遗传性釉质发育不全相关,分析其突变效应,探究基因型与表型的关系。方法:收集患者及家系成员的临床资料,分析其临床表型;采集家系成员的外周静脉血等生物样本,提取基因组DNA,进行全外显子组测序(whole-exome sequencing,WES),分析其致病基因,采用Sanger测序验证。利用SIFT、PolyPhen-2等网站预测突变的致病性;利用Uniprot网站对比不同物种的蛋白序列,分析蛋白保守性;利用Alphafold 2等生物信息学软件分析突变蛋白在三维结构等方面的改变。结果:先证者表现为典型的钙化不全型遗传性釉质发育不全,磨耗重,釉质较软,表面粗糙着色,部分釉质丧失,其他家系成员不具有类似的口腔表现。WES和Sanger测序结果表明该先证者携带RELT基因的纯合移码突变,即NM_032871.3:c.1169_1170del,其父母均为携带者,该突变被预测为能致病。生物信息学分析结果显示,该突变位点在不同物种间高度保守。蛋白三维结构预测显示,与野生型RELT蛋白相比,突变蛋白***390fs35构象提前终止,影响该蛋白正常功能。结论:通过对一个遗传性釉质发育不全家系进行表型分析、基因测序及功能预测等,发现RELT基因的纯合移码突变可造成蛋白结构异常,导致钙化不全型遗传性釉质发育不全。

关键词：遗传性釉质发育不全 RELT基因移码突变釉质矿化

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