检索结果-南通市图书馆

初始编码及最大序列号均未知时总体容量的估计

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复旦学报（自然科学版） 2019年第5期58卷 549-559页

作者：李亚男王昱泉陈国蓝胡跃清复旦大学生命科学学院生物统计学与计算生物学系

实际生活中,很多产品的序列号是连续的,估计出最大序列号就知道产品的总产量.例如二战中德军坦克数量的估计就是初始编码为1时最大序列号的估计.但在很多商业活动中,需要估计某产品在某个时间段的产量.本文研究这种初始编码及最大序列... 详细信息

实际生活中,很多产品的序列号是连续的,估计出最大序列号就知道产品的总产量.例如二战中德军坦克数量的估计就是初始编码为1时最大序列号的估计.但在很多商业活动中,需要估计某产品在某个时间段的产量.本文研究这种初始编码及最大序列号均未知时总体容量的估计问题,从不同角度提出6个估计量:有放回抽样时极大似然估计量以及它的Jackknife法、近似法、迭代法及区间长度法得出的相应估计量及无放回抽样时的最小方差无偏估计量,然后通过大量随机模拟来评价这6个估计量的无偏性和均方根误差的相对大小.模拟结果表明:极大似然估计在小样本时表现欠佳,Jackknife法确实可以改进偏倚,后4个估计量的表现不论是有放回还是无放回抽样均相差不大,最小方差无偏估计量在无放回抽样时表现最佳.

关键词：序列号估计极大似然估计迭代估计最小方差无偏估计

调整协变量的多位点关联分析方法及其在酗酒数据中的应用

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复旦学报（自然科学版） 2021年第6期60卷 768-778,788页

作者：邓舒方王昱泉胡跃清复旦大学生命科学学院生物统计学与计算生物学系上海200433

复杂疾病的发生与个体的遗传变异和环境协变量密切相关.在进行遗传位点与性状的关联分析时,环境协变量起着重要作用.如果处理它们的方法不当,可能会带来分析结果的偏差或是检验功效的降低.针对多位点遗传变异信息,我们在整合连锁不平衡... 详细信息

复杂疾病的发生与个体的遗传变异和环境协变量密切相关.在进行遗传位点与性状的关联分析时,环境协变量起着重要作用.如果处理它们的方法不当,可能会带来分析结果的偏差或是检验功效的降低.针对多位点遗传变异信息,我们在整合连锁不平衡信息的检验方法SLIDE的基础上,提出了对基因型用倾向得分进行逆概率加权的调整协变量关联分析方法SLIDE_(a).随机模拟结果表明,当协变量既与基因型相关又与性状相关时,SLIDE_(a)可以有效控制住第一类错误率.同时,当致病位点包含常见变异,多位点对性状效应方向不一致或位点与协变量存在交互作用时,SLIDE_(a)具有优越性.随后我们将SLIDE_(a)应用于COGA酗酒相关数据分析中,找到了OPA3,OXTR等数个与酒精成瘾性相关的基因,这展示了SLIDE_(a)的有效性并为后续的生物学研究提供理论指引.

关键词：多位点关联分析调整协变量倾向得分

基于相关个体拷贝数变异数据的趋势检验及在孤独症数据中的应用

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复旦学报（自然科学版） 2020年第6期59卷 713-724页

作者：吕梦轩王昱泉胡跃清复旦大学生命科学学院生物统计学与计算生物学系上海200433

拷贝数变异是人类基因组遗传多样性的重要组成部分,是当前的研究热点.然而相应的关联研究方法不多,尤其是个体有血缘关系时.本文基于相关个体,在Cochran-Armitage趋势检验的基础上,针对拷贝数变异数据是可基因分型和不可基因分型两种情... 详细信息

拷贝数变异是人类基因组遗传多样性的重要组成部分,是当前的研究热点.然而相应的关联研究方法不多,尤其是个体有血缘关系时.本文基于相关个体,在Cochran-Armitage趋势检验的基础上,针对拷贝数变异数据是可基因分型和不可基因分型两种情形,推导出检验方法MTT.随机模拟结果表明:MTT方法具有良好的功效表现,适用范围更广.同时,本文比较了不同数据采集方案对MTT功效的影响,结果表明相关病例不相关对照具有较高的性价比.运用MTT分析孤独症真实数据,检测出与疾病显著相关的拷贝数变异位点和相关基因,基因功能富集分析和文献检索说明了结果的可靠性,这为后续研究提供了指引.

关键词：拷贝数变异趋势检验相关个体孤独症群体数据

基于GenePANDA算法的精神分裂症药物靶基因预测

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复旦学报（自然科学版） 2018年第4期57卷 401-411页

作者：孙慧田卫东复旦大学生命科学学院生物统计学与计算生物学系上海200438

精神分裂症是常见的精神障碍类疾病.目前,治疗精神分裂症的药物存在疗效差、副作用大和耐药性的问题,迫切需要开发新的药物,而发现新的药物靶基因是开发新药的重要环节.为了预测精神分裂症药物的靶基因,我们首先基于DrugBank中药物已知... 详细信息

精神分裂症是常见的精神障碍类疾病.目前,治疗精神分裂症的药物存在疗效差、副作用大和耐药性的问题,迫切需要开发新的药物,而发现新的药物靶基因是开发新药的重要环节.为了预测精神分裂症药物的靶基因,我们首先基于DrugBank中药物已知的靶基因,使用网络算法GenePANDA预测出候选靶基因;之后,我们对药物已知靶基因进行功能富集分析,使用富集出的生物学通路筛选候选靶基因,最终得到48个候选靶基因.其中,29个基因被报道和精神分裂症直接相关,13个基因被报道为精神分裂症药物的靶基因.此外,在DrugBank中共有54种药物靶向预测出的基因,其中17种药物被研究报道可用于治疗精神分裂症.

关键词：精神分裂症药物靶基因网络算法功能富集分析

基于病例对照组的检验差异甲基化基因功能区域的方法

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复旦学报（自然科学版） 2017年第6期56卷 701-711页

作者：马欣宇王婵胡跃清复旦大学生命科学学院生物统计学与计算生物学系上海200433

DNA甲基化是一种重要的表观遗传学修饰,能够参与基因表达调控从而影响生理活动.在病例-对照组研究中,利用甲基化水平定位与疾病相关联的基因功能区域,有助于了解甲基化调控基因表达的机制,为后续研究提供疾病关联基因的线索.目前检验甲... 详细信息

DNA甲基化是一种重要的表观遗传学修饰,能够参与基因表达调控从而影响生理活动.在病例-对照组研究中,利用甲基化水平定位与疾病相关联的基因功能区域,有助于了解甲基化调控基因表达的机制,为后续研究提供疾病关联基因的线索.目前检验甲基化差异区域的方法存在一定不足:一是缺乏定义差异甲基化区域的统一标准;二是检测结果存在横跨多个基因功能区域的现象,难以进行生物学解释.本文基于得分检验(Zscore test)提出了以基因功能区域为单位的检验差异甲基化水平的方法cZST.该方法的特点是依靠位点物理距离和染色体全局信息修正协方差矩阵.模拟研究表明cZST在亚硫酸氢盐测序数据样本量小、读数低、扰动位点多的情形下具有高功效,且优于现有方法.将cZST运用到乳腺导管癌真实数据中,检测出与疾病显著相关的661个基因功能区和81个单位点.基因注释分析说明了cZST方法的有效性,并发现Dbl、Pleckstrin基因家族及Rho调控基因的甲基化与乳腺导管癌紧密相关,为后续研究提供指引.

关键词：差异甲基化检验亚硫酸氢盐测序功能富集分析

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一种基于基因组甲基化探针的肺腺癌诊断模型

复旦学报（自然科学版） 2017年第6期56卷 671-680页

作者：窦亚光田卫东复旦大学生命科学学院生物统计学与计算生物学系上海200438

由于肺腺癌早期病征不够明显,传统的检测方法难以达到早期临床诊断的要求.目前,基于甲基化分子标记进行癌症的早期诊断则展现出很好的发展前景.本研究在训练集中筛选出在肺腺癌与正常样本中甲基化差异度最大的10个甲基化探针,并基于此... 详细信息

由于肺腺癌早期病征不够明显,传统的检测方法难以达到早期临床诊断的要求.目前,基于甲基化分子标记进行癌症的早期诊断则展现出很好的发展前景.本研究在训练集中筛选出在肺腺癌与正常样本中甲基化差异度最大的10个甲基化探针,并基于此构建广义线性诊断模型,同时引入Lasso方法进行模型的变量选择.最终得到由4个探针(分别对应于基因TRIM58、HOXA9、HOXB4、PRAC)作为变量的诊断模型,并提供了合理的分类阈值区间.在3个测试集使用该模型都表现出很好的诊断效果,ROC曲线的AUC均在0.99以上.

关键词：肺腺癌早期诊断甲基化探针广义线性模型 Lasso

用基因互作网络识别胰腺导管腺癌基因生物标记

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复旦学报（自然科学版） 2016年第5期55卷 642-648页

作者：王新格田卫东复旦大学生命科学学院生物统计学与计算生物学系上海200438

胰腺导管腺癌(PDAC)是全球高致死率癌症中的一种.PDAC基因生物标记的识别可以通过构建基因互作网络完成.利用蛋白质互作网络来分析与研究基因表达芯片数据,构建出PDAC基因互作网络并对其划分基因模块,进而筛选出在模块中的PDAC差异性表... 详细信息

胰腺导管腺癌(PDAC)是全球高致死率癌症中的一种.PDAC基因生物标记的识别可以通过构建基因互作网络完成.利用蛋白质互作网络来分析与研究基因表达芯片数据,构建出PDAC基因互作网络并对其划分基因模块,进而筛选出在模块中的PDAC差异性表达基因.通过筛选在癌症样本和正常组织样本中共表达的基因对,并利用STRING蛋白质互作网络评估基因功能相关性,构建出具有PDAC特异性的基因互作网络.利用iNP算法进行网络模块化分,在每一个模块中,模块内基因都具有强的共表达特性和模块功能相关性.通过筛选,获得了34个基因模块,其中20个在癌症样本中表达明显上调,14个在癌症样本中表达明显下调.从这些模块中又筛选出在PDAC样本中表达上调的10个基因生物标记,如DMBT1、DSC3等和表达下调的10个基因生物标记,如DLG5、NRCAM等.

关键词：胰腺导管腺癌基因生物标记基因互作网络功能富集分析

中国城市人群孕期体重增加及其与新生儿出生体重的关系:一项多中心横断面研究

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复旦学报（医学版） 2016年第3期43卷 291-296页

作者：梁嬛沈婕董欣然李笑天复旦大学附属妇产科医院产科上海200011 复旦大学生命科学学院生物统计学与计算生物学系上海200433

目的根据美国医学研究院(Institute of Medicine,IOM)2009年指南标准,调查中国人群低危孕产妇孕前体质指数(body mass index,BMI)和孕期体重增加(gestational weight gain,GWG)及其与新生儿出生体重的关系。方法本研究采用多中心、大样... 详细信息

目的根据美国医学研究院(Institute of Medicine,IOM)2009年指南标准,调查中国人群低危孕产妇孕前体质指数(body mass index,BMI)和孕期体重增加(gestational weight gain,GWG)及其与新生儿出生体重的关系。方法本研究采用多中心、大样本的横断面调查的方法,在14个省市39家医院连续时间段分娩的孕产妇的112 485例资料中,选择无并发症、单胎、关键数据完整的28周后分娩的低危妊娠女性54 827例。分析产妇身高、孕前BMI、GWG等指标对出生体重的影响,并建立回归模型。结果孕前平均BMI为21.3 kg/m2,孕前BMI在正常范围的女性比例为77.2%,低体重女性比例为12.9%,超重为9.0%,肥胖为0.8%。平均GWG为(14±5)kg,根据IOM的标准,GWG总达标率仅45%,未达标者26%,超标者29%。出生体重与孕产妇身高、孕前BMI和GWG均有明显的正相关。结论中国城市孕产妇的身高、孕前BMI不同于其他国家,GWG控制不理想。建立符合中国人群特点的孕期营养咨询策略对于降低巨大儿和低体重儿具有重要意义。

关键词：出生体重孕期体重增加体质指数

斯氏按蚊肽聚糖识别蛋白S2调节共生菌稳态的功能分析

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2023年第4期41卷 397-403页

作者：王之谦王敬文宋秀梅复旦大学生命科学学院微生物学系上海200433

目的研究斯氏按蚊肽聚糖识别蛋白S2(PGRP‑S2)的功能及其对按蚊体内共生菌稳态的影响。方法将羽化后2~4日龄雌性斯氏按蚊分为对照组(喂食10%蔗糖溶液)、感染血组(叮咬原虫血症为4%~8%的伯氏疟原虫ANKA感染小鼠)和健康血组(叮咬健康小鼠)... 详细信息

目的研究斯氏按蚊肽聚糖识别蛋白S2(PGRP‑S2)的功能及其对按蚊体内共生菌稳态的影响。方法将羽化后2~4日龄雌性斯氏按蚊分为对照组(喂食10%蔗糖溶液)、感染血组(叮咬原虫血症为4%~8%的伯氏疟原虫ANKA感染小鼠)和健康血组(叮咬健康小鼠),每组60只,饱血24 h后分离中肠和其余组织,用Trizol法提取RNA,实时荧光定量PCR(RT‑qPCR)检测pgrp⁃s2基因的相对转录水平。将羽化后0~1日龄雌性斯氏按蚊分为对照组(喂食10%蔗糖溶液)与抗生素处理组(喂食含有青霉素、链霉素和庆大霉素的10%蔗糖溶液),每组30只,喂养5 d后分离中肠和其余组织,RT‑qPCR检测pgrp⁃s2基因的相对转录水平。将雌性斯氏按蚊分为pgrp⁃s2敲低组和绿色荧光蛋白基因(gfp)对照组,每组60只,分别注射pgrp⁃s2的双链RNA(dsRNA)和gfp基因dsRNA(69 nl/只),2 d后每组取蚊虫提取RNA,RT‑qPCR检测pgrp⁃s2的相对转录水平,提取DNA并使用16S rRNA特异性引物PCR检测蚊虫体内共生菌总量。分别取30只pgrp⁃s2敲低组和gfp对照组按蚊,用107个/ml摩氏摩根氏菌液浸湿棉球喂养5 d后,提取RNA,RT‑qPCR检测获得共生菌16S rRNA相对总量和摩氏摩根氏菌的相对数量;提取pgrp⁃s2敲低组和gfp对照组按蚊中肠组织RNA,转录组测序后进行聚类分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能注释和富集分析。使用SMART网站预测分析PGRP‑S2氨基酸序列后利用CLC Main Workbench软件进行比对。克隆按蚊pgrp⁃s2基因,利用昆虫杆状病毒表达系统(pFastbacⅠ)在SF9细胞中表达PGRP‑S2重组蛋白,Western blotting检测蛋白表达情况。取10、20、40μg/ml纯化后的PGRP‑S2重组蛋白溶液(以蛋白缓冲液为对照)分别与40μg赖氨酸(Lys)型肽聚糖和二氨基庚氨酸(DAP)型肽聚糖孵育,每间隔12 h测定相对吸光度(A540值)以判定肽聚糖的降解情况,验证PGRP‑S2的酰胺酶活性。结果RT‑qPCR结果显示,吸血后24 h,感染血组、健康血组和对照组按蚊中肠pgrp⁃s2的相对转录水平分别为1590.0±665.2、126.8±100.4和15.84±6.92,感染血组高于对照组(t=2.38,P统计学意义(t=1.95、0.31、0.11,均P>0.05)。结论斯氏按蚊体内pgrp⁃s2主要在中肠表达,且表达水平受共生菌调控。PGRP‑S2重组蛋白可以降解DAP型肽聚糖,具有酰胺酶活性,可通过负调节免疫反应和调节代谢反应调控按蚊体内共生菌水平。

关键词：斯氏按蚊肽聚糖识别蛋S2 共生菌真核表达酰胺酶活性