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细胞外囊泡在口腔鳞状细胞癌诊疗中的作用

中国组织工程研究 2025年第7期29卷 1523-1530页

作者：曹玥叶鑫健李碧瑶张苡宁冯剑颖浙江中医药大学口腔医学院浙江省杭州市310053 浙江大学医学院附属口腔医院·浙江大学口腔医学院·浙江省口腔疾病临床医学研究中心·浙江省口腔生物医学研究重点实验室·浙江大学癌症研究院浙江省杭州市310006

背景:细胞外囊泡在不同的生理和病理生理条件下由多种细胞类型(包括肿瘤细胞)分泌到细胞外环境中,存在着广泛的生物学信号及细胞之间的信号传导。肿瘤衍生的细胞外囊泡可能会加剧癌症的进展、存活、侵袭和促进血管生成。目的:综述细胞... 详细信息

背景:细胞外囊泡在不同的生理和病理生理条件下由多种细胞类型(包括肿瘤细胞)分泌到细胞外环境中,存在着广泛的生物学信号及细胞之间的信号传导。肿瘤衍生的细胞外囊泡可能会加剧癌症的进展、存活、侵袭和促进血管生成。目的:综述细胞外囊泡在口腔鳞状细胞癌诊疗中的研究进展。方法:由第一作者在Pub Med、万方和中国知网数据库中进行文献检索,关键词为“EVs,Oral squamous cell carcinoma,Diagnosis and treatment,Biopsy,Tissue engineering”及“细胞外囊泡,口腔鳞状细胞癌,诊疗,活检,组织工程”,最终纳入63篇文献进行分析。结果与结论:(1)在口腔鳞状细胞癌唾液活检中,细胞外囊泡作为肿瘤细胞与周围微环境间的信息传递工具,携带包括可溶性蛋白、脂质、DNA和RNA在内的多种生物分子,对口腔鳞状细胞癌的进展起着至关重要的作用,这些微小囊泡不仅在肿瘤的生长和扩散中扮演着关键角色,还提供了有关肿瘤生物学特性的重要信息。(2)唾液活检作为一种非侵入性诊断方法,通过分析其中的细胞外囊泡,可以为口腔鳞状细胞癌的早期诊断和靶向治疗开辟新的可能性。(3)研究发现,细胞外囊泡内含的生物活性分子,如micro RNAs(mi RNAs)和特定蛋白质,能作为口腔鳞状细胞癌的生物标志物,提高早期诊断的准确性。细胞外囊泡中的特定蛋白质如EHD2,CAVIN1,PF4V1和CXCL7等显示了作为新型预测性生物标志物的潜力。(4)此外,文章还强调了细胞外囊泡在口腔鳞状细胞癌治疗中的应用潜力,通过工程化改造,细胞外囊泡可以作为新一代纳米级药物输送系统,增强肿瘤靶向治疗的效率和特异性。(5)未来的研究将进一步深入探索细胞外囊泡在口腔鳞状细胞癌治疗中的作用及其机制,有望改善患者的生存率和生活质量。

关键词：细胞外囊泡口腔鳞状细胞癌诊疗活检组织工程药物载体 miRNA 外泌体唾液检测顺铂耐药

生物素标记法分析MCF-10A细胞质膜蛋白质

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复旦学报（医学版） 2010年第6期37卷 710-714页

作者：路静施前复旦大学生物医学研究院蛋白质组学和系统生物学研究所上海200032

目的优化细胞膜蛋白分离纯化技术,以期实现快速、高效分析细胞膜蛋白质。方法本文以乳腺细胞系MCF-10A为模型,用sulfo-NHS-LC-biotin标记完整的活细胞,使细胞表面蛋白生物素化,细胞裂解后利用链亲和素对膜蛋白进行分离富集,再洗脱膜蛋白... 详细信息

目的优化细胞膜蛋白分离纯化技术,以期实现快速、高效分析细胞膜蛋白质。方法本文以乳腺细胞系MCF-10A为模型,用sulfo-NHS-LC-biotin标记完整的活细胞,使细胞表面蛋白生物素化,细胞裂解后利用链亲和素对膜蛋白进行分离富集,再洗脱膜蛋白,达到分离纯化的目的。利用液相层析偶合串联质谱技术(liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)鉴定提取得到MCF-10A膜蛋白。结果 sulfo-NHS-LC-biotin浓度为0.2 mg/mL时得到的标记纯化膜蛋白最多,可作为标记最适浓度。利用这种方法鉴定出256个蛋白质,生物信息学分析表明其中膜蛋白占63%,比传统膜蛋白分离纯化方法得到的结果好。结论这种方法省去常规分离膜蛋白时所需的超速离心,具有操作简单、可行性高、平行性高的特点,有望用于规模化肿瘤膜蛋白的差异比较,为肿瘤早期诊断及治疗提供新的靶标。

关键词：蛋白质组生物素化亲和纯化

标志物研究中常用蛋白组学质谱方法的定量准确性评估

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高等学校化学学报 2024年第11期45卷 191-199页

作者：张磊申华莉复旦大学生物医学研究院上海200032

在疾病发生过程中,蛋白质的表达水平、修饰状态或相互作用模式的变化有可能反映病理状态或疾病进展,因此蛋白质常被用作疾病标志物.基于质谱的蛋白质组学发现了大量的潜在疾病标志物,这些标志物及其质谱检测方法能否进一步推广至临床检... 详细信息

在疾病发生过程中,蛋白质的表达水平、修饰状态或相互作用模式的变化有可能反映病理状态或疾病进展,因此蛋白质常被用作疾病标志物.基于质谱的蛋白质组学发现了大量的潜在疾病标志物,这些标志物及其质谱检测方法能否进一步推广至临床检测,定量准确性和稳定性是关键.本文合成了32条标准肽段,对数据非依赖性采集(DIA)、多反应监测(MRM)及平行反应监测(PRM) 3种有潜力在临床质谱方面大规模应用的定量方法进行了比较和评估.将肽段稀释成4个不同的浓度来模拟不同丰度的实际样本,用以上3种质谱方法采集数据后,比较了肽段发现率、标准曲线线性、日间和日内精密度及保留时间(RT)漂移等情况,总结了3种定量方法各自的优缺点和潜在应用方向.结果表明,MRM定量方法最适合临床应用,在于其优异的日间日内稳定性、灵敏度和定量精度;PRM适合科研方向靶向定量,因其拥有最高灵敏度和较高稳定性定量精度;而DIA由于高通量而依赖于软件和算法解析,定量数目多的同时,对于特定肽段定量准确性比PRM/MRM差.

关键词：临床质谱蛋白质组学平行反应监测多反应监测数据非依赖性采集

基于TMT10-plex等量标记结合SMOAC富集磷酸肽的定量磷酸化蛋白质组性能评价

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高等学校化学学报 2021年第12期42卷 3624-3631页

作者：赵欢欢李存玉金红复旦大学生物医学研究院上海200032

探索并建立了一种快速、简便且高通量定量磷酸化蛋白质组的策略,即采用连续互补的磷酸化富集方法SMOAC(Sequential enrichment of metal oxide affinity chromatography)结合TMT(Tandem mass tag)标记技术定量磷酸化蛋白质组学.以3例经... 详细信息

探索并建立了一种快速、简便且高通量定量磷酸化蛋白质组的策略,即采用连续互补的磷酸化富集方法SMOAC(Sequential enrichment of metal oxide affinity chromatography)结合TMT(Tandem mass tag)标记技术定量磷酸化蛋白质组学.以3例经紫草素处理的及3例正常的人肝癌HepG2细胞为实验材料,经Trypsin酶解后的肽段用TMT10-plex试剂进行等量标记,标记肽段先经TiO_(2)富集,收集包含磷酸化肽段的洗脱液,接着用次氮基三醋酸铁(Fe-NTA)对TiO_(2)的流穿液和清洗液进行二次富集,再次收集包含磷酸化肽段的洗脱液.整个实验流程做2组,对其中一组的2次洗脱液分别分析,另一组的2次洗脱液合并分析.在SMOAC的2次洗脱液合并分析中鉴定到4263个磷酸化蛋白上超过13000条磷酸化肽,富集特异性>97%,其中被定量的磷酸化蛋白为3848个,占总鉴定量的90%以上.研究结果表明,SMOAC能够有效提高磷酸化肽段的鉴定效率,且能与TMT等量标记试剂结合,实现对少量蛋白样品的磷酸化蛋白定量分析.

关键词：磷酸化蛋白质组学金属氧化物亲和色谱连续富集 Tandem mass tag技术质谱

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化学裂解结合生物质谱对多肽二硫键的定位

高等学校化学学报 2020年第7期41卷 1505-1512页

作者：王晓宇晏国全周新文杨芃原复旦大学生物医学研究院上海200032

二硫键是一种与多肽及蛋白质结构和功能密切相关的化学键.当多肽中存在多个半胱氨酸时,形成的二硫键可能会存在多种配对方式.快速且精准地定位多肽中多对二硫键对研究多肽的结构与功能间的关系十分重要.本文开发了一种基于化学裂解和生... 详细信息

二硫键是一种与多肽及蛋白质结构和功能密切相关的化学键.当多肽中存在多个半胱氨酸时,形成的二硫键可能会存在多种配对方式.快速且精准地定位多肽中多对二硫键对研究多肽的结构与功能间的关系十分重要.本文开发了一种基于化学裂解和生物质谱的新方法,对利那洛肽中3对二硫键进行了精准定位.通过解析裂解后特异肽段的二级质谱图,确定利那洛肽中3对二硫键的配对方式分别为Cys1-Cys6,Cys2-Cys10和Cys5-Cys13.该方法为二硫键的定位研究提供了新思路.

关键词：二硫键定位化学裂解生物质谱利那洛肽

应用8标iTRAQ技术结合2D LC-MS/MS分析大鼠再生肝的差异蛋白质组

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分析测试学报 2010年第5期29卷 421-429页

作者：张一甫秦兆宇刘晓慧林成招贺福初复旦大学生物医学研究院系统生物学实验室上海200032 复旦大学生物医学研究院蛋白质组研究中心上海200032 北京放射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

首次应用8标iTRAQ(Isobaric tags for relative and absolute quantitation)技术结合2D LC-MS/MS(Two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry),以部分肝切除的大鼠为模型,全面分析了再生早期(6、12 h)、中期(24、48 h)和晚期(72、120 h)肝脏蛋白质的表达差异。共鉴定357种蛋白质,6个时间点共有60种蛋白质的表达量与对照组(手术切下的正常肝组织)有显著差异。其中,ADH1(Alcohol dehy-drogenase 1)和PRDX1(Peroxiredoxin 1)等的表达变化趋势与已有报道相同,GO(Gene ontology)的蛋白质功能注释提示ADH1、CAT(Catalase)、ENO1(Enolase 1)和APOA1(Apolipoprotein A-Ⅰ)等可能通过影响细胞凋亡和能量供给等方式参与肝再生调控。聚类分析表明,术后12 h和24 h蛋白质的整体表达模式相似,6 h与此二者相近,48 h和72 h相似,而120 h与这些时间点相差最远。该研究验证了8标iTRAQ是并行处理多组样本的有效技术,适合于生理和病理过程多时间点蛋白质组的定量差异分析,可以监控关键分子的动态变化,更易发掘重要的调控靶点分子。该文为进一步探讨肝再生机理提供了有价值的线索。

关键词： iTRAQ 2D LC-MS/MS 肝脏再生差异蛋白质组

肝细胞癌门静脉癌栓形成相关的血清蛋白质分子标记物研究

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中华医学杂志 2005年第11期85卷 781-785页

作者：黄成樊嘉周俭刘银坤崔杰峰康晓楠杨芃原汤钊猷复旦大学肝癌研究所复旦大学蛋白质组学研究中心

目的筛选肝细胞癌门静脉癌栓形成相关的血清蛋白质分子标记物并建立预测模型。方法收集135例肝细胞癌患者血清,95例(其中33例为肝细胞癌伴门静脉癌栓,62例为肝细胞癌不伴门静脉癌栓)为建模型组,40例(其中18例为肝细胞癌伴门静脉癌栓,22... 详细信息

目的筛选肝细胞癌门静脉癌栓形成相关的血清蛋白质分子标记物并建立预测模型。方法收集135例肝细胞癌患者血清,95例(其中33例为肝细胞癌伴门静脉癌栓,62例为肝细胞癌不伴门静脉癌栓)为建模型组,40例(其中18例为肝细胞癌伴门静脉癌栓,22例为肝细胞癌不伴门静脉癌栓)为盲法验证组,采用弱阳离子交换蛋白质芯片(WCX2)为检测介质,经表面加强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDITOFMS)测定得到蛋白质谱,通过BioMarkerWizardSoftware比较两组患者血清蛋白质谱,利用BiomarkerPatternsSoftware建立决策树模型并进行盲法验证。结果在m/z1100～30000范围内,检测出的100个蛋白峰中16个蛋白峰有显著差异(P蛋白峰在肝细胞癌伴门静脉癌栓组中上调,而m/z为8901、9353、9415、8773、2766、2745、8697、7773、8569和1373的蛋白峰在肝细胞癌伴门静脉癌栓组中下调;选择m/z为3478、2022、8901、9415、8773、2766、和2745的7个蛋白峰建立的决策树模型其敏感性为75.8%(25/33),特异性为82.3%(51/62);盲法验证该模型准确率87.5%(35/40),灵敏性100%(18/18),特异性77.3%(17/22),阳性预测值78.3%(18/23),阴性预测值100%(17/17)。结论筛选出的16个蛋白分子标记物可能与肝细胞癌门静脉癌栓形成有关;决策树模型可能对预测肝细胞癌门静脉癌栓的发生有重要的临床意义。

关键词：肝细胞癌门静脉癌栓分子标记物盲法血清蛋白质患者特异性树模型决策树验证

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基于质谱的蛋白质绝对定量研究策略和建议

质谱学报 2021年第2期42卷 101-117页

作者：沈枫林熊悦婷刘晓慧杨芃原复旦大学生物医学研究院上海200032

科学家已经研究获得了大量的蛋白质/多肽潜在生物标志物,这些生物标志物需要经过验证和确证才能进一步转化到临床应用。针对蛋白质/多肽的绝对定量研究在标志物验证和确证过程中起到关键作用。传统的蛋白质定量方法,如酶联免疫吸附试验(... 详细信息

科学家已经研究获得了大量的蛋白质/多肽潜在生物标志物,这些生物标志物需要经过验证和确证才能进一步转化到临床应用。针对蛋白质/多肽的绝对定量研究在标志物验证和确证过程中起到关键作用。传统的蛋白质定量方法,如酶联免疫吸附试验(ELISA)技术存在蛋白质抗体难以获得、不同抗体批次之间存在差异、基于抗体的检测存在交叉反应等问题。近年来,随着质谱仪器性能的提升,质谱法已经广泛应用于蛋白质大分子以及代谢物小分子定量研究领域,基于质谱法的蛋白质/多肽定量方法也得到发展,其中靶向蛋白质组学技术,如SRM/MRM、PRM和MRM 3技术结合标准品可对目标蛋白质/多肽进行精确多重定量。因此,基于靶向质谱法的蛋白质/肽段绝对定量的策略应运而生。根据标准品不同,质谱绝对定量方法包括基于合成肽段、基于合成完整蛋白以及基于标记试剂。本文详细介绍了基于质谱法的蛋白质/多肽绝对定量策略的研究进展,对比各种策略的优势和限制,总结其在生物医学研究领域的应用。同时,还总结了目前蛋白质绝对定量面临的挑战,并根据已有研究报道对提高定量的精确度,促进蛋白质/多肽定量技术向临床转化提出建议,包括对标准品肽段的选择、处理、储存,标准曲线的建立,以及对整个流程严格的质控方法。

关键词：蛋白质标志物靶向蛋白质组学绝对定量液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)

植物同源结构域(PHD结构域)——组蛋白密码的解读器

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生物化学与生物物理进展 2008年第6期35卷 625-630页

作者：马红辉方存磊曾平耀复旦大学生物医学研究院上海200032

植物同源结构域(plant homeodomain,PHD结构域),是真核生物中一种进化保守的锌指结构域.多种调控基因转录、细胞周期、凋亡的蛋白质含有PHD结构域.研究表明,PHD结构域涉及多种功能,包括蛋白质相互作用,特别是同核小体组蛋白的作用.目前... 详细信息

植物同源结构域(plant homeodomain,PHD结构域),是真核生物中一种进化保守的锌指结构域.多种调控基因转录、细胞周期、凋亡的蛋白质含有PHD结构域.研究表明,PHD结构域涉及多种功能,包括蛋白质相互作用,特别是同核小体组蛋白的作用.目前认为,各种组蛋白修饰(包括甲基化、乙酰化、磷酸化、泛素化等)的模式和组合,调节染色质状态和基因转录活性,并提出了组蛋白密码理论.PHD指结构域能特异性识别组蛋白的甲基化(修饰)密码,可能是组蛋白密码的一种重要解读器.

关键词： PHD结构域组蛋白密码解读器组蛋白甲基化