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从完全基因组出发建立原核生物亲缘关系和分类系统时遇到的数学问题

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中国科学：物理学、力学、天文学 2014年第12期44卷 1301-1310页

作者：李强左光宏郝柏林复旦大学物理系和理论生命科学研究中心上海200433 科学院和马普学会计算生物学伙伴研究所上海200031

我们课题组近10年所发展的组分矢量(CVTree)方法,已经成为从完全基因组出发而不使用序列联配来构建细菌亲缘关系的有效手段.在整个生物分类学日益后继乏人的背景下,组分矢量(CVTree)方法伴随着基因组时代的发展,成为人人可以方便使用的... 详细信息

我们课题组近10年所发展的组分矢量(CVTree)方法,已经成为从完全基因组出发而不使用序列联配来构建细菌亲缘关系的有效手段.在整个生物分类学日益后继乏人的背景下,组分矢量(CVTree)方法伴随着基因组时代的发展,成为人人可以方便使用的微生物分类的定义性工具.本综述不讨论CVTree的生物学结果,而着重从非线性科学的角度,介绍我们在研究过程中所提出和解决的数学问题.这将涉及组合学、图论、形式语言学等离散数学的篇章.我们特别希望,本文所列举的一些尚未解决的数学问题能引发新的研究工作,使CVTree方法的理论基础更为坚实.

关键词：无序列比对全基因组亲缘关系原核生物组合学欧拉圈可因式化语言

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家鸭分子遗传学的研究进展

黑龙江畜牧兽医 2017年第4期 54-58页

作者：谭佳丽叶繁翔何锦艳叶丹晏学明江西科技师范大学生命科学学院江西省生物加工过程重点实验室南昌330013

家鸭不仅是一种重要的模式生物,而且是重要的经济动物,目前以家鸭为研究对象开展了许多卓有成效的研究,包括家鸭种质资源、流行病学、生理生化和遗传育种等方面的研究。在鸭基因组未公布前,家鸭的研究主要集中在功能候选基因的研究上。... 详细信息

家鸭不仅是一种重要的模式生物,而且是重要的经济动物,目前以家鸭为研究对象开展了许多卓有成效的研究,包括家鸭种质资源、流行病学、生理生化和遗传育种等方面的研究。在鸭基因组未公布前,家鸭的研究主要集中在功能候选基因的研究上。随着高通量测序技术的飞速发展和测序成本的急剧下降,基因组及转录组等测序技术越来越多地被应用到家鸭分子遗传学研究中来,为家鸭研究提供了新思路和新方法,并取得了良好的成果。因此,文章就近年来针对家鸭开展的分子遗传学主要研究作一概述。

关键词：家鸭分子遗传遗传图谱 QTL定位基因组转录组

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大豆GmNF-YC2基因的克隆与功能分析

作物学报 2012年第9期38卷 1607-1616页

作者：曹岩张晓玫陈新建傅永福河南农业大学生命科学学院河南郑州450002 农业部北京大豆生物学重点实验室农作物基因资源与遗传改良国家重大科学工程/中国农业科学院作物科学研究所北京100081

NF-Y(nuclear factor-y)是真核生物中普遍存在的一种转录因子复合物,由3个不同的亚基(NF-YA、NF-YB和NF-YC)组成,并通过作用于其他调控因子的启动子来调节目的基因的表达。本文从大豆垦农18中克隆大豆NF-YC基因GmNF-YC2,并且利用实时荧... 详细信息

NF-Y(nuclear factor-y)是真核生物中普遍存在的一种转录因子复合物,由3个不同的亚基(NF-YA、NF-YB和NF-YC)组成,并通过作用于其他调控因子的启动子来调节目的基因的表达。本文从大豆垦农18中克隆大豆NF-YC基因GmNF-YC2,并且利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析其表达模式,发现GmNF-YC2的表达受光调控,并在开花期第3复叶中表达量最高。结果表明,GmNF-YC2在大豆光周期开花调节中起重要作用。拟南芥原生质体瞬时表达实验证实,GmNF-YC2蛋白定位在细胞核中。这为大豆NF-YC家族基因的功能研究提供重要依据。

关键词： NF—Y转录因子开花 CONSTANS 光周期大豆

套索RNA作为分子海绵抑制植物miRNA产生

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套索RNA作为分子海绵抑制植物miRNA产生

油菜素内酯对盐碱胁迫下平邑甜茶幼苗生长的影响及调控机理研究

2016年全国植物生物学大会

作者：李紫威王声鹏程晋萍苏传斌钟嵩潇郑云郑丙莲遗传工程国家重点实验室复旦大学植物所复旦大学生科院昆明理工大学生命科学与技术系

植物miRNA的产生主要通过以DCL1(Dicer Like 1)为核心的复合物介导。已知mi RNA的产生受到了RNA拼接过程的调控。套索RNA(lariat RNA)是RNA拼接过程中内含子形成的副产物,其在去分支酶DBR1(RNA debranching enzyme 1)的作用下被解套索... 详细信息

植物miRNA的产生主要通过以DCL1(Dicer Like 1)为核心的复合物介导。已知mi RNA的产生受到了RNA拼接过程的调控。套索RNA(lariat RNA)是RNA拼接过程中内含子形成的副产物,其在去分支酶DBR1(RNA debranching enzyme 1)的作用下被解套索后快速降解。动植物中DBR1的缺失突变体胚胎致死,表明套索RNA的累积是有毒害的,但其分子机制并不清楚。我们通过正向遗传学的手段分离到一株具有多效发育表型但纯合可育的DBR1的弱突变体,我们将其命名为dbr1-2。该突变体中套索RNA累积的同时伴随全基因组水平上的miRNA的下降。RIP实验结果表明dbr1-2突变体中DCL1加工复合物与初级mi RNA(pri-mi RNA)的结合效率显著降低。体外竞争性结合实验(RNA-EMSA)表明套索RNA可以抑制DCL1复合物与pri-miRNA的结合。利用MS2 RNA活细胞定位系统发现套索RNA与DCL1复合物共定位于dicing body,与此结果一致的是,dbr1-2突变体中DCL1加工复合物在dicing body中的定位发生改变,可能影响了其组装和切割效率。因此,我们推测套索RNA可能作为分子海绵通过抑制DCL1复合物的结合而抑制miRNA的产生。套索RNA通过全局性地参与miRNA的调节一定程度上可以解释dbr1无义突变导致的胚胎致死的表型。此外,我们在野生型植物中大量套索RNA的存在,并证明DCL1复合物结合这些套索RNA,暗示套索RNA对miRNA的稳态水平起到了平衡作用。

关键词：套索RNA DBR1 miRNA RNA拼接 DCL1复合物

来源： cnki会议评论

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园艺学报 2022年第7期49卷 1401-1414页

作者：郑晓东袭祥利李玉琪孙志娟马长青韩明三李少旋田义轲王彩虹青岛农业大学园艺学院青岛农业大学果树遗传改良与生物技术实验室山东青岛266109 青岛农业大学生命科学学院山东青岛266109 青岛市农业科学研究院山东青岛266000

为探究油菜素内酯对盐碱胁迫下苹果植株生长的影响,以具有无融合生殖特性的苹果砧木平邑甜茶(Malus hupehensis)为试材,研究外源2,4–表油菜素内酯(EBL,油菜素内酯类似物)对盐碱胁迫下植株体内离子稳态、渗透调节、抗氧化系统以及p H平... 详细信息

为探究油菜素内酯对盐碱胁迫下苹果植株生长的影响,以具有无融合生殖特性的苹果砧木平邑甜茶(Malus hupehensis)为试材,研究外源2,4–表油菜素内酯(EBL,油菜素内酯类似物)对盐碱胁迫下植株体内离子稳态、渗透调节、抗氧化系统以及p H平衡的影响。结果表明:外源EBL具有显著增强平邑甜茶植株对盐碱胁迫抗性的效应。其主要作用机制为:通过调节钠钾离子转运基因的表达,提高细胞中的钾钠比例以维持离子稳态;通过积累脯氨酸和可溶性糖调节渗透胁迫,并通过提高POD和CAT活性减少盐碱胁迫下的氧化损伤。另外,外源EBL可通过增强根系分泌有机酸和提高Mh AHA2、Mh AHA8基因的表达,降低根系p H。外源EBL还可以通过与生长素、赤霉素和二氢玉米素协同作用共同应答盐碱胁迫。

关键词：苹果平邑甜茶砧木盐碱胁迫油菜素内酯离子稳态氧化损伤

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一例原发性恶性心脏肿瘤的整合基因组分析

一例原发性恶性心脏肿瘤的整合基因组分析

濒危植物华东黄杉种群遗传多样性ISSR分析

2015中国遗传学会大会

作者：许梦佳周翔宇郑煜芳王红艳复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室-现代人类学教育部重点实验室

原发性心脏肿瘤是一种极为罕见的肿瘤类型,本研究运用微阵列比较基因组杂交技术(aCGH)、外显子组测序(Exome sequencing)和转录组测序(RNA-seq)三种技术手段,对一例原发性心脏多形性恶性纤维组织细胞瘤(Cardiac MFH)患者的右心室肿瘤组...

原发性心脏肿瘤是一种极为罕见的肿瘤类型,本研究运用微阵列比较基因组杂交技术(aCGH)、外显子组测序(Exome sequencing)和转录组测序(RNA-seq)三种技术手段,对一例原发性心脏多形性恶性纤维组织细胞瘤(Cardiac MFH)患者的右心室肿瘤组织、右心房正常组织和血液进行整合基因组分析。对aCGH结果分析后,我们筛选到7个肿瘤组织特有的CNV(Copynumbervariation),其中抑癌基因CDKN2A出现拷贝数缺失,而HIF-1A则出现拷贝重复。接下来我们对患者的肿瘤组织、正常组织、血液基因组进行Whole exome sequencing,在靶区域共测到34987个点突变(SNV)和120个插入缺失(Indel),经过Sanger测序验证后,与RNA-seq获得的mRNA表达数据进行比对,筛选出12个肿瘤组织特有的突变(Somatic mutations),其中包括PIK3CA上的高频致癌位点,该位点可以上调P K3/Akt信号通路;此外我们还对检测出的所有生殖细胞突变(Germline mutations,即在所有组织中共有的突变)进行了功能富集分析,筛选出9个可能与癌症发生密切相关的基因突变,其中包括TCA代谢通路中的错义突变。同时,RNA-seq数据分析也显示肿瘤组织的脂肪酸代谢和葡萄糖有氧氧化受阻而糖酵解通路活跃,为Warburg效应的典型特征。结合比较aCGH,外显子测序和RNA-seq获得的三组数据结果后,我们认为TCA循环中延胡索酸酶的gennline mutation与HIF-1a somatic CNV之间的协同效应很可能是导致心脏肿瘤发生的原因,同时Western结果显示PIK3/Akt和ERK信号通路在肿瘤组织中明显上调,这是肿瘤细胞的抗凋亡和快速增殖所必须的。之后的功能实验将进一步验证FH mutation和HIF-1a CNV之间是否存在Double-hit的效应来诱导心脏肿瘤的发生。我们的研究从基因水平,转录水平和蛋白水平揭示导致心脏肿瘤发生的致病因子,并力图阐述心脏不容易发生肿瘤的原因,为肿瘤的普遍预防提供理论支持。

关键词：

来源： cnki会议评论

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武汉植物学研究 2010年第1期28卷 38-42页

作者：李艳鲁顺保刘晓燕江玉梅李思光朱笃江西师范大学生命科学学院江西省亚热带植物资源保护与利用重点实验室南昌330022 江西省宜春学院江西宜春336000 新建二中南昌330100 南昌大学生命科学学院南昌330031

采用ISSR分子标记技术分析了5个华东黄杉居群的遗传多样性水平和居群遗传结构。用10个引物对5个居群共76个样品进行扩增,共得到76条清晰的扩增带,其中69个位点为多态性位点。在物种水平上,多态性百分率(PPB)为90.79%,Nei’s基因多样性指... 详细信息

采用ISSR分子标记技术分析了5个华东黄杉居群的遗传多样性水平和居群遗传结构。用10个引物对5个居群共76个样品进行扩增,共得到76条清晰的扩增带,其中69个位点为多态性位点。在物种水平上,多态性百分率(PPB)为90.79%,Nei’s基因多样性指数(H)为0.3361,Shannon’s信息多样性指数(I)为0.4974。在居群水平上,多态性位点百分率在56.58%～85.53%之间,Nei’s基因多样性指数为0.2084～0.2675,Shannon’s信息多样性指数为0.2695～0.4076。物种和居群遗传多样性水平都较高,居群间产生了一定的遗传分化(Gst=0.2366,Φst=26.88%)。由UPGMA聚类分析可知,在5个居群中,湖南阳明山两支与浙江临安先聚为一支,再与安徽休宁聚为一支,最后与江西三清山聚合。鉴于华东黄杉生境的特殊性和人为大量的砍伐,华东黄杉的数量逐渐减少,建议在华东黄杉分布区建立自然保护区,对其生存空间进行长期、有效的保护。

关键词：华东黄杉 ISSR 遗传多样性遗传结构保护策略

逆转录PCR方法扩增人表皮细胞生长因子基因

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第二军医大学学报 1996年第S1期17卷 5-7页

作者：应康范青源谢毅戴方平林卿潘耀良方之扬陈玉林第二军医大学长海医院烧伤科复旦大学遗传学研究所遗传工程国家重点实验室

目的：为开展烧伤创面的转表皮细胞生长因子基因治疗做准备。方法：采用逆转录ＰＣＲ技术，从人胎儿肾组织中扩增出编码成熟人表皮细胞生长因子的ｃＤＮＡ。该ｃＤＮＡ全长１８３ｂｐ，在其两端略加修饰以使其适合克隆和表达。结果：Ｄ... 详细信息

目的：为开展烧伤创面的转表皮细胞生长因子基因治疗做准备。方法：采用逆转录ＰＣＲ技术，从人胎儿肾组织中扩增出编码成熟人表皮细胞生长因子的ｃＤＮＡ。该ｃＤＮＡ全长１８３ｂｐ，在其两端略加修饰以使其适合克隆和表达。结果：ＤＮＡ序列测定表明，所获得的人表皮细胞生长因子ｃＤＮＡ的序列与设计完全一致。结论：逆转录ＰＣＲ技术是获得目的基因的有效方法。

关键词：聚合酶链反应,逆转录表皮细胞生长因子基因治疗创面愈合

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高校遗传学基础实验教学的改革与创新

生物学杂志 2022年第6期39卷 114-116页

作者：郭燕王乃宁朱东丽杨铁林西安交通大学生命科学与技术学院陕西省生命科学实验教学中心西安710049

在当前培养创新型、综合型和复合型人才大背景下,生物学专业课程中分子遗传学实验基础验证型实验的比重越来越少。对生物技术专业遗传学实验课程中的分子遗传学基因型验证实验部分进行教学改革和创新,旨在从基础验证型课程中融入培养学... 详细信息

在当前培养创新型、综合型和复合型人才大背景下,生物学专业课程中分子遗传学实验基础验证型实验的比重越来越少。对生物技术专业遗传学实验课程中的分子遗传学基因型验证实验部分进行教学改革和创新,旨在从基础验证型课程中融入培养学生科学思维和创新能力的元素,同时增加课程思政元素,以增强学生学习兴趣、调动积极性,提高学生创新思维能力和动手能力,为“强基计划”基础学科拔尖创新人才选拔培养打下基础。

关键词：遗传学基础验证型实验分子遗传学教学改革和创新课程思政强基计划