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DNA条形码分析方法研究进展

应用生态学报 2018年第3期29卷 1006-1014页

作者：杨倩倩刘苏汶俞晓平中国计量大学生命科学学院浙江省生物计量及检验检疫技术重点实验室杭州310018

DNA条形码是一段短的、标准化的DNA序列,DNA条形码技术通过对DNA条形码序列分析实现物种的有效鉴定.随着生物DNA条形码序列的大量测定,DNA条形码分析方法得到迅速发展,推动了其在生物分子鉴定中的应用.2003年以来,DNA条形码技术已广泛... 详细信息

DNA条形码是一段短的、标准化的DNA序列,DNA条形码技术通过对DNA条形码序列分析实现物种的有效鉴定.随着生物DNA条形码序列的大量测定,DNA条形码分析方法得到迅速发展,推动了其在生物分子鉴定中的应用.2003年以来,DNA条形码技术已广泛应用于动物、植物和真菌等物种的鉴定,并有力地推动了生物分类学、生物多样性和生态学等学科的发展.本文在综述DNA条形码技术的基础上,总结了5类主要的DNA条形码分析方法,即基于遗传距离的分析、基于遗传相似度的分析、基于系统发育树的分析、基于序列特征的分析和基于统计分类法的分析,并进一步展望了DNA条形码技术的发展与应用.

关键词： DNA条形码分子鉴定遗传距离遗传相似度系统发育树序列特征统计分类

河蚬在我国沉积物毒性评价与鉴定中的应用研究

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生态毒理学报 2016年第2期11卷 89-100页

作者：郭晓宇李茹枫冯成洪北京师范大学环境学院水环境模拟国家重点实验室北京100875 北京师范大学环境学院水沙科学教育部重点实验室北京100875

河蚬作为原产并广泛分布于我国及东南亚的双壳类淡水软体动物,是我国众多水域的底栖优势种。河蚬对水体污染物具有较强累积能力,已成功用于水体沉积物生物富集及生物毒性效应研究。但应用于沉积物毒性鉴别评估(TIE)研究整体上仍处于起... 详细信息

河蚬作为原产并广泛分布于我国及东南亚的双壳类淡水软体动物,是我国众多水域的底栖优势种。河蚬对水体污染物具有较强累积能力,已成功用于水体沉积物生物富集及生物毒性效应研究。但应用于沉积物毒性鉴别评估(TIE)研究整体上仍处于起步阶段,尚未形成一套标准指标测定方法和技术体系。为此,本研究在调查底栖生物在我国沉积物毒性研究的基础上,以河蚬为主要研究对象,探讨其在我国生态分布等生物学背景,系统分析其对重金属和有机污染物的生物富集特征以及相关生物毒性效应方面的研究进展,以期为河蚬作为我国特色的沉积物毒性鉴别评估(TIE)受试生物提供参考依据。

关键词：河蚬底栖生物生物累积毒性效应沉积物

基于大型底栖动物的桑沟湾不同养殖区底栖生境健康评价

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中国水产科学 2020年第12期27卷 1393-1401页

作者：丁敬坤薛素燕李加琦张雯雯霍恩泽于文涵马占飞蒋增杰毛玉泽农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室山东省渔业资源与生态环境重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室上海海洋大学水产与生命学院

为了解桑沟湾养殖区大型底栖动物的动态变化以及底栖生境的健康状况,于2019年5—9月采集了中国北方典型养殖海湾桑沟湾不同养殖区(藻类、贝类和网箱养殖区)大型底栖动物样品,分析了不同养殖区大型底栖动物的种类、组成、数量分布、群落... 详细信息

为了解桑沟湾养殖区大型底栖动物的动态变化以及底栖生境的健康状况,于2019年5—9月采集了中国北方典型养殖海湾桑沟湾不同养殖区(藻类、贝类和网箱养殖区)大型底栖动物样品,分析了不同养殖区大型底栖动物的种类、组成、数量分布、群落结构及生物多样性等群落特征,运用多样性指数、AMBI和M-AMBI指数法评价了不同养殖区底栖生境健康状况的时空变化。调查共鉴定出大型底栖动物56种,其中多毛类31种,甲壳类10种,软体动物9种,棘皮动物4种,其他类2种,大型底栖动物的优势种主要为多毛类,以污染耐受种为主;调查期间,贝类养殖区和网箱养殖区的群落多样性指数H′呈现下降趋势,表明贝类养殖活动和网箱养殖活动已经造成沉积物中有机物颗粒过度积累。ABC曲线显示,7月桑沟湾养殖区开始受到干扰,8月和9月受到中等程度的干扰。AMBI和M-AMBI指数评价显示桑沟湾养殖区域底栖生态系统处于轻度或中度干扰状态,底栖生境健康状况处于高等或者良好的状态。

关键词：桑沟湾大型底栖动物底栖生境健康评价

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西江大型底栖动物群落特征研究

水生生物学报 2011年第5期35卷 851-856页

作者：潘保柱王兆印何雪宝清华大学水沙科学与水利水电工程国家重点实验室北京100084 中国科学院水生生物研究所淡水生态与生物技术国家重点实验室武汉430072

河流担负着水源供给、食物生产、旅游、航运等功能。近年来,人类活动的加剧导致河流生态系统受到威胁。底栖动物常被作为环境指示生物,研究其群落特征为河流保护及管理有着重要意义。为了航运需求,西江开展了航道整治工程,由此引起河道... 详细信息

河流担负着水源供给、食物生产、旅游、航运等功能。近年来,人类活动的加剧导致河流生态系统受到威胁。底栖动物常被作为环境指示生物,研究其群落特征为河流保护及管理有着重要意义。为了航运需求,西江开展了航道整治工程,由此引起河道生物栖息生境条件的改变,从而影响河流的生态健康。为了西江的保护和管理,研究于2009年枯水期和2010年丰水期对西江的底栖动物开展了系统调查。调查期间共鉴定底栖动物70种,隶属于30科59属。其中环节动物7科12属16种,软体动物11科14属21种,节肢动物11科32属32种,其他动物1科1属1种。底栖动物的密度和生物量分别为140 ind/m2、0.23 g dry weight/m2。统计分析表明河床底质在底栖动物丰度和分布上起着尤为重要的作用。稳定性越高的底质越有利于底栖动物生存。软泥底质以直接收集者(主要包括颤蚓科寡毛类和摇蚊亚科昆虫)占优,而各类石质底质则以刮食者(主要是短沟蜷Semisulcospira spp.)或过滤收集者(主要是淡水壳菜Limnoperna lacustris)占优。西江航道整治工程的开展降低了生境条件质量甚至使得原有生物栖息地丧失,由此会对底栖动物的生存产生不利影响。

关键词：底栖动物种类现存量底质西江

一种基于Ⅱ型鲤疱疹病毒衣壳蛋白72的免疫学检测方法

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中国水产科学 2016年第2期23卷 328-335页

作者：孔善云姜有声许丹谢骏吕利群国家水生动物病原库农业部淡水种质资源重点实验室上海海洋大学水产与生命学院中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业部淡水渔业和种质资源利用重点实验室

Ⅱ型鲤疱疹病毒(cyprinid herpesvirus 2,Cy HV-2)是引起养殖异育银鲫(Carassius auratus gibelio)造血器官坏死症的致病病原。在临床筛查中基于病毒核酸的PCR和real time PCR技术已经建立,但是稳定性更强的免疫学诊断技术国内外尚无报... 详细信息

Ⅱ型鲤疱疹病毒(cyprinid herpesvirus 2,Cy HV-2)是引起养殖异育银鲫(Carassius auratus gibelio)造血器官坏死症的致病病原。在临床筛查中基于病毒核酸的PCR和real time PCR技术已经建立,但是稳定性更强的免疫学诊断技术国内外尚无报道。本研究目的是利用Cy HV-2编码的ORF72基因(Gen Bank登录号:AFJ20502.1)所编码的衣壳蛋白作为捕获抗原,通过识别感染病毒的鱼体中的相应抗体,从而对样本进行临床免疫学检测。首先采用PCR方法从纯化的Cy HV-2基因组中扩增ORF72基因,并把该基因克隆至原核表达载体PGEX-4T-3,并转化到大肠杆菌中诱导表达,诱导表达的产物通过SDS-PAGE进行鉴定,对表达的重组蛋白进行纯化。用已纯化的72重组蛋白对小鼠进行免疫,制得72重组蛋白的抗体。Western blot检测表明所制备的多克隆抗体既能识别原核表达的重组蛋白,也可以识别Cy HV-2病毒粒子上的衣壳蛋白72。在上述基础上建立了基于Western blot技术的Cy HV-2抗体检测技术:用纯化的72重组蛋白作为检测抗原,鲫鱼血清用作一抗,兔抗鲫Ig M多克隆抗体作为二抗,酶标羊抗兔作为三抗鉴定鲫鱼是否存在Cy HV-2特异性抗体。在对急性感染期的临床样本检测中,本方法能在所有样本中检测出ORF72特异性抗体存在,表明72重组蛋白作为相应抗体捕获原可以用于确诊鲫鱼是否感染Cy HV-2。本研究建立的实验室免疫学检测方法为商品化免疫学检测技术的开发奠定了基础,对Cy HV-2的检验检疫具有一定的临床应用价值。

关键词： Ⅱ型鲤疱疹病毒 ORF72 原核表达多克隆抗体临床检测异育银鲫

三亚蜈支洲岛海洋牧场近岛区底表大型底栖动物群落结构及评价

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热带海洋学报 2022年第3期41卷 135-146页

作者：马文刚夏景全魏一凡尹洪洋覃乐政刘相波胡雪晴许强李秀保王爱民海南大学海洋学院南海海洋资源利用国家重点实验室海南海口570228

三亚蜈支洲岛海洋牧场拥有丰富的岛礁生物资源。为掌握海洋牧场近岛区的底表大型底栖动物群落组成和分布特征及其影响因子、评估海洋牧场底栖生态系统健康状况,本研究于2020—2021年进行了底表大型无脊椎动物群落季节变动的调查。结果表... 详细信息

三亚蜈支洲岛海洋牧场拥有丰富的岛礁生物资源。为掌握海洋牧场近岛区的底表大型底栖动物群落组成和分布特征及其影响因子、评估海洋牧场底栖生态系统健康状况,本研究于2020—2021年进行了底表大型无脊椎动物群落季节变动的调查。结果表明:近岛珊瑚礁区共鉴定出棘皮动物、软体动物、节肢动物3大门类90种,其中秋季种类数最多为55种,夏季种类数最少为16种;底表大型底栖动物的年平均丰度为0.87±0.26ind.·m^(-2),年平均生物量为76.99±34.32g·m^(-2)。群落聚类分析(cluster)与多维排序尺度分析(multidimensional Scaling, MDS)表明,该区域群落结构季节性差异不显著,各站位间群落结构受沉积物性质以及人类活动的频繁程度的影响,形成北部与南部区域2个聚类组。全年的物种丰富度指数d为2.7±1.16,多样性指数H′为3.14±0.88,均匀度指数J为0.76±0.11。基于多样性指数H’及多变量海洋生物指数(Multivariate-AZTI′s marine biotic index, M-AMBI)评价指标,海洋牧场近岛区环境除夏季为轻度污染外,其他季节均为无污染状态。采用动物丰度与生物量比较曲线(abundance-biomass curves, ABC曲线)法评价底栖动物群落稳定性状况得出,除冬季以外,其他季节底表大型底栖动物群落受到一定程度干扰,尤其是夏季群落结构稳定性较低。建议应持续关注底表大型底栖动物群落变动,调整、优化涉海休闲旅游活动,以保证蜈支洲岛海洋牧场生态系统的长期健康与稳定。

关键词：海洋牧场珊瑚礁底表大型底栖动物群落结构环境因子

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大黄鱼源气单胞菌的分离鉴定及致腐表型

水产学报 2017年第6期41卷 861-869页

作者：葛阳杨朱军莉刘丽任奕婧浙江工商大学食品与生物工程学院浙江省食品安全重点实验室

为鉴别大黄鱼腐败菌气单胞菌的致腐能力,采用生理生化和分子方法(16S r RNA)鉴定冷藏大黄鱼货架期终点不产H2S的菌株。分析菌株在体外培养条件下的生长、胞外酶活性、三甲胺(TMA)和生物胺形成的腐败表型,将菌株接种在灭菌鱼汁中测定其... 详细信息

为鉴别大黄鱼腐败菌气单胞菌的致腐能力,采用生理生化和分子方法(16S r RNA)鉴定冷藏大黄鱼货架期终点不产H2S的菌株。分析菌株在体外培养条件下的生长、胞外酶活性、三甲胺(TMA)和生物胺形成的腐败表型,将菌株接种在灭菌鱼汁中测定其致腐能力。结果显示,分离株AE03和AE04在0~37°C及0~60的盐度下生长良好,在4和25°C条件下AE03菌株的生长速率显著高于AE04菌株。2株细菌不产H2S,能还原氧化三甲胺(TMAO),分解尿素和液化明胶,氧化酶、赖氨酸、鸟氨酸脱羧酶、精氨酸水解酶等都呈阳性,能利用葡萄糖。结合16S r RNA鉴定发现分离株AE03为杀鲑气单胞菌,AE04为软体动物气单胞菌。在体外培养中,2种气单胞菌均能产生蛋白酶、形成TMA和生物被膜,其中AE03菌株生成各指标的能力高于AE04菌株,同时AE03菌株还具有脂酶活性,产生生物胺,其中尸胺含量较高。气单胞菌AE03在灭菌鱼汁中产生的挥发性盐基氮(TVB-N)显著高于AE04。通过紫色杆菌CV026和根癌农杆菌A136 2种报告菌检测发现,2株气单胞菌是高丝氨酸内酯(AHLs)产生菌,其中AE03菌株产生的AHLs含量显著高于AE04菌株。研究表明,杀鲑气单胞菌AE03为冷藏大黄鱼的强致腐菌,且能分泌高含量的AHLs,研究为从群体感应角度阐明气单胞菌的致腐机理奠定了良好的基础。

关键词：大黄鱼气单胞菌鉴定致腐胞外酶群体感应

尼帕病毒F糖蛋白在重组牛痘病毒中的表达及鉴定

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病毒学报 2006年第3期22卷 220-224页

作者：胡森王清华王喜军程小文步志高中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室哈尔滨150001 农业部检疫所国家外来动物疫病诊断中心青岛266032 南京农业大学南京210095

尼帕病毒(NiV)F蛋白在病毒侵入细胞和诱导中和抗体等方面具有重要作用。通过over-lapping PCR合成密码子优化的F蛋白基因构建了表达NiV F蛋白的重组牛痘病毒(WR株)rWR-NiV-F。利用兔抗NiV血清为检测抗体,通过间接免疫荧光(IFA)检测到了... 详细信息

尼帕病毒(NiV)F蛋白在病毒侵入细胞和诱导中和抗体等方面具有重要作用。通过over-lapping PCR合成密码子优化的F蛋白基因构建了表达NiV F蛋白的重组牛痘病毒(WR株)rWR-NiV-F。利用兔抗NiV血清为检测抗体,通过间接免疫荧光(IFA)检测到了F蛋白在重组病毒感染细胞中的表达。SDS-PAGE和Western blot检测证明重组蛋白F0被裂解为F1和F2。以rWR-NiV-F感染瞬时转染共表达NiV受体结合囊膜糖蛋白G的BHK细胞,可诱导细胞膜融合及合包体形成,证明该重组病毒表达F蛋白保持良好的抗原性及生物学活性,为NiV诊断及重组活载体疫苗研究奠定了重要基础。

关键词：副粘病毒科尼帕病毒 F蛋白重组牛痘病毒细胞融合

洞庭湖典型断面底栖动物组成及其与环境因子的相关分析

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中国环境科学 2012年第12期32卷 2237-2244页

作者：汪星郑丙辉刘录三王丽婧李利强黄代中中国环境科学研究院环境基准与风险评估国家重点实验室北京100012 中国环境科学研究院国家环境保护饮用水水源地保护重点实验室北京100012 洞庭湖生态环境监测中心湖南岳阳414000

2010年1、5、9月对洞庭湖6个典型断面进行了底栖动物调查,共鉴定出3门40属（种）,底栖动物的密度范围在16~320 ind/m2;各典型断面间底栖动物组成以软体动物占优势,底栖动物群落结构存在着明显差异.底栖动物Shannon-Wienner指数及Margale... 详细信息

2010年1、5、9月对洞庭湖6个典型断面进行了底栖动物调查,共鉴定出3门40属（种）,底栖动物的密度范围在16~320 ind/m2;各典型断面间底栖动物组成以软体动物占优势,底栖动物群落结构存在着明显差异.底栖动物Shannon-Wienner指数及Margalef指数范围分别为0.95~2.22和0.75~1.99.对获得的底栖动物数据和环境因子数据进行典范相关分析（CCA）.结果显示,典型断面底栖动物群落分布受水环境因子影响较为明显,整体上,pH值和DO是影响洞庭湖典型断面底栖动物种类分布格局的主要因素.

关键词：洞庭湖底栖动物组成环境因子典范对应分析