检索结果-南通市图书馆

蛋白质组学中色谱保留时间对齐算法的研究进展

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生物工程学报 2022年第3期38卷 961-975页

作者：刘祎常乘朱云平北京工业大学环境与生命学部北京100124 北京蛋白质组研究中心北京102206 国家蛋白质科学中心(北京) 北京102206

色谱是目前蛋白质组学流程中的一个基本环节,而色谱的保留时间对齐是有效提高鉴定和定量准确性的重要步骤之一。经过多年的发展,目前已经产生了一系列保留时间对齐算法。文中主要从可用性角度对蛋白质组学分析中色谱保留时间对齐算法及... 详细信息

色谱是目前蛋白质组学流程中的一个基本环节,而色谱的保留时间对齐是有效提高鉴定和定量准确性的重要步骤之一。经过多年的发展,目前已经产生了一系列保留时间对齐算法。文中主要从可用性角度对蛋白质组学分析中色谱保留时间对齐算法及工具进行了系统总结,并对其发展趋势及应用方向进行了展望。

关键词：蛋白质组学色谱保留时间对齐算法软件

高敏感格拉斯哥评分与射血分数保留型心力衰竭患者长期预后的关联性分析

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临床心血管病杂志 2024年第1期40卷 64-68页

作者：于炎武蒲博轩赫广达李京阔雷璐碧王薇张丽华中国医学科学院北京协和医学院、国家心血管病中心、阜外医院、国家心血管疾病临床医学研究中心北京100037

目的:探索高敏感格拉斯哥评分(high-sensitivity modified Glasgow prognostic score, hs-mGPS)与急性射血分数保留型心力衰竭(heart failure with preserved ejection fraction, HFpEF)住院患者长期预后的关联性。方法:从重大慢病国家注册登记研究心力衰竭前瞻队列中选取HFpEF住院患者,纳入有基线白蛋白和高敏C反应蛋白(high-sensitivity C-reactive protein, hs-CRP)检测结果的患者,计算其hs-mGPS评分。依据hs-mGPS评分,将所纳入患者分为3组:0分组(hs-CRP≤3 mg/L)、1分组(hs-CRP>3 mg/L且白蛋白≥35 g/L)、2分组(hs-CRP>3 mg/L且白蛋白<35 g/L),探索HFpEF患者的hs-mGPS评分与长期全因死亡及心血管死亡的关联性。结果:共纳入1 575例急性HFpEF患者,中位年龄71(63,79)岁,女性占比50.7%;0分组656例(41.6%),1分组680例(43.2%),2分组239例(15.2%)。出院后患者的中位随访时间为4.54(4.09,4.39)年,642例(40.8%)患者发生全因死亡,其中400例(25.4%)发生心血管死亡。多因素Cox分析显示,1分组与2分组患者发生全因死亡风险分别是0分组患者的1.28倍(HR=1.28,95%CI:1.07~1.53,P<0.01)和2.21倍(HR=2.21,95%CI:1.77~2.76,P<0.01);此外,2分组患者发生心血管死亡风险是0分组患者的2.32倍(HR=2.32,95%CI:1.75~3.07,P<0.01)。结论:hs-mGPS与急性HFpEF住院患者的长期预后密切相关,其评分越高,出院后全因死亡与心血管死亡风险也越高。

关键词：射血分数保留型心力衰竭高敏感格拉斯哥评分死亡长期预后

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线粒体质量控制与肿瘤研究进展

中国医学前沿杂志（电子版） 2024年第2期16卷 78-87页

作者：吴昀紫郗博洲马亮亮杨鑫解亦斌国家癌症中心国家肿瘤临床医学研究中心、中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院胰胃外科北京100021 山西医科大学第二临床学院山西太原030001 国家癌症中心国家肿瘤临床医学研究中心、中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院分子肿瘤学国家重点实验室北京100021

线粒体作为细胞的动力工厂,对细胞能量代谢、细胞死亡等生物学过程具有极其重要的作用。不同于其他细胞器,线粒体含有独特的DNA,并且极易受到多种因素刺激导致DNA损伤。损伤的线粒体DNA会进一步导致线粒体蛋白复合体改变,并通过生成氧... 详细信息

线粒体作为细胞的动力工厂,对细胞能量代谢、细胞死亡等生物学过程具有极其重要的作用。不同于其他细胞器,线粒体含有独特的DNA,并且极易受到多种因素刺激导致DNA损伤。损伤的线粒体DNA会进一步导致线粒体蛋白复合体改变,并通过生成氧自由基等多种机制导致肿瘤的发生。为了维持稳定的线粒体功能,线粒体存在多种机制修复损伤,其依据不同受损程度启动不同修复机制,这一过程称为“线粒体质量控制”。线粒体质量控制机制主要包括线粒体衍生囊泡、线粒体融合/裂变、线粒体自噬等。本文综述了不同的线粒体质量控制机制及其在肿瘤中的作用,并且列举了线粒体质量控制过程中发挥重要功能的蛋白质的相关功能和肿瘤研究进展。此外,线粒体在药物靶点及肿瘤液体活检标志物的开发方面具有极其重要的转化医学前景。相信对于线粒体功能及相关机制的深入探索,能够有助于解决目前肿瘤研究存在的问题。

关键词：线粒体质量控制肿瘤线粒体融合线粒体裂变线粒体自噬

高效液相色谱联合2,2′-二硫二吡啶衍生反应测定人血清不同类型游离巯基及其与冠心病的关系分析

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色谱 2024年第4期42卷 352-359页

作者：邵芷钰曾洁董军李红霞杨睿悦陈文祥王思明北京医院国家老年医学中心国家卫生健康委北京老年医学研究所国家卫生健康委老年医学重点实验室中国医学科学院老年医学研究院北京100730

游离巯基对于心血管疾病的诊断和治疗具有潜在的临床预示价值,本研究建立了一种基于2,2′-二硫二吡啶衍生反应的高效液相色谱测定人血清游离巯基的分析方法,能够同时获得人血清中总游离巯基(Total-SH)、小分子化合物形态游离巯基(LMM-SH... 详细信息

游离巯基对于心血管疾病的诊断和治疗具有潜在的临床预示价值,本研究建立了一种基于2,2′-二硫二吡啶衍生反应的高效液相色谱测定人血清游离巯基的分析方法,能够同时获得人血清中总游离巯基(Total-SH)、小分子化合物形态游离巯基(LMM-SH)、蛋白质形态游离巯基(P-SH)三者的含量。选用Agilent Eclipse XDB-C18色谱柱(150 mm×4.6 mm,5μm),以0.1%甲酸水溶液-0.1%甲酸乙腈溶液为流动相,在1 mL/min的流速下进行梯度洗脱,5 min内可实现良好的色谱峰基线分离,其中2-硫代吡啶酮色谱峰代表血清样本中总游离巯基含量,吡啶二硫衍生物色谱峰代表小分子化合物形态游离巯基含量,二者差值为蛋白质形态游离巯基含量。本研究对衍生反应条件进行了优化,并进行了方法学验证,结果表明,该方法线性关系良好,相关系数≥0.9994,线性范围为31.25~1000μmol/L,Total-SH和LMM-SH的检出限分别为2.61μmol/L和0.50μmol/L,定量限分别为8.71μmol/L和1.67μmol/L;加标回收率为91.1%~106.0%,日内精密度和日间精密度为0.4%~9.1%。使用本方法测定了714名志愿者的血清样本,总游离巯基浓度为376.60~781.12μmol/L,平均浓度为555.62μmol/L;小分子化合物形态游离巯基的浓度为36.37~231.65μmol/L,平均浓度为82.34μmol/L;蛋白质游离巯基浓度为288.36~687.74μmol/L,平均浓度为473.27μmol/L。Spearman相关性检验分析发现,血清游离巯基浓度与冠心病严重程度及常见临床生化指标存在密切关联。本研究提供了一种简便可靠的血清游离巯基分析方法,探索了其与冠心病的关系,为冠心病风险相关标志物的研究提供了新的参考指标。

关键词：高效液相色谱衍生反应 2,2′-二硫二吡啶游离巯基血清冠心病

妊娠早期TG/HDL-C与妊娠期糖尿病发生风险:大样本回顾性队列研究

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协和医学杂志 2024年第3期15卷 580-586页

作者：杨萱瑾王亚新李旖旎张素菡马良坤孙崟国家妇产疾病临床医学研究中心、中国医学科学院北京协和医院妇产科北京100730

目的探究妊娠早期甘油三酯(triglyceride, TG)/高密度脂蛋白胆固醇(high density lipoprotein-cholesterol, HDL-C)与妊娠期糖尿病(gestational diabetes mellitus, GDM)发生风险的关系。方法回顾性收集2020年7月—2022年6月北京协和医院规律产检并分娩的单胎妊娠孕妇临床资料,并根据妊娠24~28周75 g口服葡萄糖耐量试验结果将孕妇分为GDM组和正常糖耐量组。采用多因素Logistic回归法评估妊娠早期(8~12^(+6)周)TG/HDL-C与GDM的相关性,并以甘油三酯-葡萄糖(triglyceride-glucose, TyG)指数为参照,评估妊娠早期TG/HDL-C预测GDM的临床价值。结果共入选符合纳入与排除标准的单胎妊娠孕妇1617名,其中GDM组372例(23.01%)、正常糖耐量组1245名(76.99%)。多因素Logistic回归分析校正年龄、民族、孕前体质量指数、GDM史等混杂因素后发现,妊娠早期TG/HDL-C最高四分位数孕妇GDM发生风险是最低四分位数孕妇的2.46倍(OR=2.46,95%CI:1.73~3.51),TyG指数最高四分位数孕妇GDM发生风险是最低四分位数孕妇的2.36倍(OR=2.36,95%CI:1.67~3.37)。妊娠早期TG/HDL-C预测GDM的效能(曲线下面积:0.607比0.608)、对GDM基础风险模型的改善程度(净重新分类指数:0.240比0.270;综合判别改善指数:0.022比0.024)均与TyG指数较为接近。结论妊娠早期TG/HDL-C显著升高与GDM发生风险增加具有一定相关性,且其对GDM的预测价值与TyG指数相当。

关键词：妊娠早期 TG/HDL-C 妊娠期糖尿病甘油三酯-葡萄糖指数

深度学习方法在生物质谱及蛋白质组学中的应用

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生物化学与生物物理进展 2018年第12期45卷 1214-1223页

作者：赵新元秦伟捷钱小红北京工业大学生命科学与生物工程学院北京100022 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心国家蛋白质科学中心(北京)军事医学研究院生命组学研究所北京102206

深度学习是近年来机器学习领域最热门的研究方向,尤其是在图像及语音识别、自然语言处理、自动驾驶等方面取得了突破性进展.生物质谱是当今生命科学领域重要的研究工具,尤其在蛋白质组学、代谢组学、生物制药等领域发挥着关键作用.近年... 详细信息

深度学习是近年来机器学习领域最热门的研究方向,尤其是在图像及语音识别、自然语言处理、自动驾驶等方面取得了突破性进展.生物质谱是当今生命科学领域重要的研究工具,尤其在蛋白质组学、代谢组学、生物制药等领域发挥着关键作用.近年来,基于深度学习方法的发展,以生物质谱为核心的蛋白质组学大数据分析将迎来发展新契机.本文综述了深度学习方法在生物质谱数据解析及蛋白质组学研究方面的最新应用.

关键词：深度学习生物质谱蛋白质组学大数据

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DR患者眼内液细胞因子变化及其意义

中华实验眼科杂志 2024年第8期42卷 750-757页

作者：米雪景(综述) 谷潇雅喻晓兵(审校) 北京医院眼科国家老年医学中心中国医学科学院老年医学研究院北京100730

糖尿病视网膜病变(DR)是与持续高血糖相关的一种慢性、进行性、潜在危害视力的视网膜微血管疾病,若不能得到及时有效治疗,将严重损害视力,给患者生活带来极大不便。DR的发生和发展涉及血-视网膜屏障损害、炎症、神经退行性变等多种机制... 详细信息

糖尿病视网膜病变(DR)是与持续高血糖相关的一种慢性、进行性、潜在危害视力的视网膜微血管疾病,若不能得到及时有效治疗,将严重损害视力,给患者生活带来极大不便。DR的发生和发展涉及血-视网膜屏障损害、炎症、神经退行性变等多种机制。房水和玻璃体液能直接反映眼球内环境的改变,对眼内病变的进展有很好的提示作用。近年来,眼内液中多种细胞因子在DR发病过程中的变化、对病程进展的影响及治疗后的改变已得到广泛关注。本文将针对DR患者眼内液中多种血管生成相关细胞因子,如血管内皮生长因子、胎盘生长因子、半乳糖凝集素1、血管紧张素1(Ang1)、Ang2及炎症相关细胞因子,如肿瘤坏死因子α、细胞间黏附分子1、血管内皮细胞黏附分子1、单核细胞趋化蛋白1、转化生长因子β、白细胞介素(IL)-1β、IL-6、IL-8、IL-10的变化、糖尿病黄斑水肿和增生性DR治疗前后细胞因子的变化及其意义进行综述,为探寻DR新的、个性化的临床治疗方案提供潜在靶点,为改善DR患者的预后提供理论依据。

关键词：糖尿病视网膜病变细胞因子房水玻璃体液个性化治疗综述

同方期刊数据库博看期刊评论

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功能材料在蛋白质组研究中的应用进展

色谱 2019年第11期37卷 1135-1141页

作者：相小超焦丰龙张养军钱小红秦伟捷军事医学研究院生命组学研究所北京蛋白质组研究中心国家蛋白质科学中心(北京)蛋白质组学国家重点实验室

随着对蛋白质组鉴定深度、定量准确性及分析速度越来越高的要求,对蛋白质组学方法的研发提出了新的挑战。为了应对这些挑战,传统的蛋白质组学方法因其灵敏度低、准确性差以及耗时长等不足已经难以满足蛋白质组学研究领域不断提出的新需... 详细信息

随着对蛋白质组鉴定深度、定量准确性及分析速度越来越高的要求,对蛋白质组学方法的研发提出了新的挑战。为了应对这些挑战,传统的蛋白质组学方法因其灵敏度低、准确性差以及耗时长等不足已经难以满足蛋白质组学研究领域不断提出的新需求。而将通过光、电、磁、热、化学、生化等作用合成具有特定功能的材料用于蛋白质组的研究,可以克服传统蛋白质组学分析技术的局限性,为蛋白质组学研究起到促进作用。该文对功能材料在蛋白质组研究中应用的新进展进行综述。

关键词：功能材料蛋白质组学固定化酶蛋白质翻译后修饰转录因子 18O标记综述

肝细胞体外培养去分化过程中转录因子表达谱分析

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生物工程学报 2018年第2期34卷 294-302页

作者：李瑞阳王云之葛蕊石文昊丁琛复旦大学生命科学学院上海200438 国家蛋白质科学中心·北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

原代肝实质细胞被广泛应用到药物代谢和毒性评估中,但其体外培养呈现去分化状态,表现为逐渐失去正常形态和代谢解毒功能,到目前为止对去分化的分子机制并不清楚。在肝实质细胞体外去分化过程中转录因子(Transcription factor,TF)起重要... 详细信息

原代肝实质细胞被广泛应用到药物代谢和毒性评估中,但其体外培养呈现去分化状态,表现为逐渐失去正常形态和代谢解毒功能,到目前为止对去分化的分子机制并不清楚。在肝实质细胞体外去分化过程中转录因子(Transcription factor,TF)起重要作用,而且非实质细胞可以在体外维持肝实质细胞功能。然而目前的技术手段不能有效地鉴定和定量分析大量TFs。本文建立了单层肝实质细胞单独培养以及肝实质细胞与非实质细胞共培养系统,细胞培养到24、48、72 h。利用TF富集技术(Transcription factor response elements on tip,TOT)和质谱技术研究在肝实质细胞体外培养过程中TFs变化。本研究3次重复实验共鉴定到219个TFs,分析发现肝实质细胞培养过程中与细胞增殖、死亡、免疫等通路相关的TFs表达增高,而与代谢通路相关的TFs表达减弱。我们建立的肝细胞培养-TFs鉴定系统对揭示肝实质细胞去分化的分子机制以及肝实质与非实质细胞间相互作用具有重要意义。

关键词：肝细胞培养肝实质细胞去分化 TOT技术质谱