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一个含有CMeT新型NR-PKS基因的克隆与鉴定

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分子植物育种 2019年第20期17卷 6661-6667页

作者：原晓龙陈中华李云琴王毅云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室

地衣中含有种类丰富并具有生物活性的聚酮类化合物,目前对地衣聚酮类化合物的生物合成尚不清楚。本研究通过对皮革肾岛衣地衣型真菌转录组数据的分析,获得一个新的含有甲基转移酶结构域的非还原型聚酮合酶(NR-PKS)基因(NpPKS1),利用RT-... 详细信息

地衣中含有种类丰富并具有生物活性的聚酮类化合物,目前对地衣聚酮类化合物的生物合成尚不清楚。本研究通过对皮革肾岛衣地衣型真菌转录组数据的分析,获得一个新的含有甲基转移酶结构域的非还原型聚酮合酶(NR-PKS)基因(NpPKS1),利用RT-PCR技术首次从皮革肾岛衣地衣型真菌中克隆得到该基因全长cDNA,并检测不同培养基对NpPKS1基因表达的影响。结果显示:NpPKS1基因cDNA全长7 857 bp,编码2 618个氨基酸;该蛋白不存在信号肽,在细胞质基质中发挥作用;与含有甲基转移酶结构域的构巢曲霉(Aspergillus nidulans, XP664052)、壳球孢菌(Macrophomina phaseolina, EKG19938)聚为一支;表达分析显示该基因在不同培养基上的表达量差异极其显著,在BMG培养基上的表达量最高,其相对表达量可达39.15。本研究为下一步异源表达皮革肾岛衣地衣型真菌的聚酮合酶、探讨皮革肾岛衣聚酮化合物的生物合成及基因资源的有效利用提供必要的研究材料。

关键词：皮革肾岛衣地衣型真菌非还原型聚酮合酶基因功能鉴定基因表达

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铁核桃叶绿体基因组密码子偏好性分析

分子植物育种 2020年第20期18卷 6671-6677页

作者：原晓龙郝佳波王毅陆斌云南省林业和草原科学院国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南省森林植物培育与开发利用重点实验室昆明650201

为了分析铁核桃基因组密码子使用模式及其主要影响因素,本研究利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对源自铁核桃叶绿体基因组中的52个基因的密码子碱基组成规律进行分析,并作中性绘图、ENC-plot和偏倚性分析,通过计算高、低表达基因库间的... 详细信息

为了分析铁核桃基因组密码子使用模式及其主要影响因素,本研究利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对源自铁核桃叶绿体基因组中的52个基因的密码子碱基组成规律进行分析,并作中性绘图、ENC-plot和偏倚性分析,通过计算高、低表达基因库间的ΔRSCU值来确定最优密码子。结果显示,密码子不同位置的GC含量存在差异,表现为GC1(46.59%)>GC2(39.03%)>GC3(27.47%);ENC值在37.68~58.08之间,且ENC值>45的有36个,占比69.23%;中性绘图分析显示GC12在0.306~0.543之间,GC3在0.300~0.365之间,GC12和GC3的相关系数为0.182,相关性不显著,回归系数为0.261 2;ENC-plot分析显示大部分基因位于标准曲线附近;偏倚性显示位于平面图的右下方位置的基因数量最多;最优密码子分别为UUU、UUA、GUA、AGU、ACU、UAU、CAA、AAA、GAA、UGU、AUU和GCA。以上结果说明铁核桃叶绿体基因组密码子偏好以A/T结尾,影响偏好性的主要因素为选择。本研究为以后通过外源基因密码子改造后以铁核桃叶绿体为载体进行异源表达及种源鉴定提供科学根据。

关键词：铁核桃(Juglans sigillata Dode) 叶绿体基因组密码子偏好性

蒜头果中3-酮酯酰-CoA还原酶基因克隆与功能分析

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分子植物育种 2019年第14期17卷 4580-4585页

作者：李云琴陈中华原晓龙王毅云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室

以蒜头果(Malania oleifera)为实验材料,基于转录组数据分析,采用RT-PCR方法克隆获得蒜头果3-酮酯酰-CoA还原基因,命名为MoKCR1,GenBank登录号为:KX421278。序列分析显示MoKCR1基因cDNA开放阅读框全长为963 bp,编码320个氨基酸,属于KCR... 详细信息

以蒜头果(Malania oleifera)为实验材料,基于转录组数据分析,采用RT-PCR方法克隆获得蒜头果3-酮酯酰-CoA还原基因,命名为MoKCR1,GenBank登录号为:KX421278。序列分析显示MoKCR1基因cDNA开放阅读框全长为963 bp,编码320个氨基酸,属于KCR家族。序列比对分析显示MoKCR1具有KCR蛋白所具有的NADH结合结构域[G(X)3GXG(X)3A(X)3A(X)2G]和裂解有关的关键结构域[Y(X)3K],蒜头果KCR与木薯(Manihot esculenta)KCR的蛋白序列同源性为82.81%。与已知超长链KCR蛋白进行系统进化分析显示MoKCR1与巨尾桉(Eucalyptus grandis)关系较近。荧光定量PCR分析表明MoKCR1在蒜头果果实膨大期的表达量最高。本研究为最终揭示蒜头果神经酸生物合成提供了研究基础。

关键词：蒜头果神经酸 3-酮酯酰-CoA还原酶基因荧光定量PCR 基因功能分析

油橄榄×尖叶木樨榄种间杂交种真实性的SSR鉴定

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分子植物育种 2019年第7期17卷 2279-2284页

作者：潘莉李勇杰马婷吴涛宁德鲁云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育实验室昆明650201

油橄榄种间杂交可拓宽现有油橄榄种质资源的遗传基础,其杂种真实性鉴定可为种间杂交技术改良和种质利用提供技术条件。云南省林业科学院以佛奥(Olea europaea cv. Frantoio)作母本、尖叶木樨榄(***)作父本,成功杂交育得子代。本研究利... 详细信息

油橄榄种间杂交可拓宽现有油橄榄种质资源的遗传基础,其杂种真实性鉴定可为种间杂交技术改良和种质利用提供技术条件。云南省林业科学院以佛奥(Olea europaea cv. Frantoio)作母本、尖叶木樨榄(***)作父本,成功杂交育得子代。本研究利用14个在亲本间存在差异的油橄榄SSR标记,对3个种间杂交子代和1个疑似杂交种"欧莱雅"的杂种真实性进行了鉴定。结果表明,1个SSR标记(EMO90)仅在佛奥和杂交子代中有SSR-PCR扩增产物,而在尖叶木樨榄中无产物,表现为显性标记;其余13个SSR标记(Oli23,Oli26, GAPU01, GAPU59, GAPU71, DCA05, DCA07, DCA08, DCA15, DCA18, EMO2, EMO3, UDO09)为共显性标记,其中3个SSR标记(GAPU71, EMO2和EMO3)能够将子代杂合而亲本纯合的基因型直观进行呈现,明确证实了杂交种的真实性。本研究为今后油橄榄远缘杂交育种时杂种的早期鉴定提供了技术支持。

关键词：油橄榄尖叶木樨榄杂交种种间杂交 SSR

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印度紫檀DXS基因的克隆及表达分析

分子植物育种 2020年第24期18卷 8055-8060页

作者：康洪梅原晓龙李云琴王毅张劲峰云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

为了探讨印度紫檀(Pterocarpus indicus)萜类化合物的生物合成,本研究通过对合成萜类物质的MEP途径的第一个限速酶(1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合酶, DXS)基因进行克隆,获得了印度紫檀DXS的全长cDNA PiDXS基因(NCBI登录号:MK959226),并对其... 详细信息

为了探讨印度紫檀(Pterocarpus indicus)萜类化合物的生物合成,本研究通过对合成萜类物质的MEP途径的第一个限速酶(1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合酶, DXS)基因进行克隆,获得了印度紫檀DXS的全长cDNA PiDXS基因(NCBI登录号:MK959226),并对其进行生物信息学和组织表达特异性分析。结果显示:PiDXS基因cDNA开放阅读框长2 025 bp,编码674个氨基酸,Blast比对发现,PiDXS具有一个二磷酸硫胺结合位点和一个转酮醇酶结构域;系统进化分析显示,PiDXS基因与大豆DXS和狭叶羽扇豆DXS聚为一类;组织表达特异分析结果显示PiDXS在茎、叶、树皮和根中均能表达,主要在幼嫩的组织中表达。研究结果为确定印度紫檀中DXS的基因功能以及揭示印度紫檀萜类化合物的生物合成提供了基础。

关键词：印度紫檀(Pterocarpus indicus) DXS cDNA 荧光定量PCR 基因功能分析

滇牡丹中3个类查尔酮合成酶基因的克隆与表达

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浙江农业学报 2019年第9期31卷 1478-1484页

作者：原晓龙李云琴王毅云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室

从开黄花的滇牡丹转录组中分离了3个CHS基因,利用生物信息学预测其基因功能,并比较不同花发育时期CHS基因的表达量。结果显示:3个CHS基因的cDNA全长分别为1173、1185、1128bp,依次命名为PdCHS1(GenBank登录号MK516264)、PdCHS2(GenBank... 详细信息

从开黄花的滇牡丹转录组中分离了3个CHS基因,利用生物信息学预测其基因功能,并比较不同花发育时期CHS基因的表达量。结果显示:3个CHS基因的cDNA全长分别为1173、1185、1128bp,依次命名为PdCHS1(GenBank登录号MK516264)、PdCHS2(GenBank登录号MK516265)和PdCHS3(GenBank登录号MK516266),分别编码390、394和375个氨基酸;这3个CHS基因编码的蛋白均为无信号肽的非分泌蛋白,均含查尔酮合成酶活性位点基序(G/A)FGPG。聚类结果显示,滇牡丹中的3个CHS蛋白归属于不同分支。基因表达结果显示,PdCHS1基因在花蕾期和花蕊中表达量较高,PdCHS2基因在末花期和初花期表达量较高,PdCHS3基因在末花期和花蕾期表达量较高。这3个CHS基因分别参与不同次生代谢产物的合成,推测PdCHS1参与柚皮素查尔酮,PdCHS2参与芪类化合物,PdCHS3参与聚酮类化合物的生物合成。

关键词：滇牡丹查尔酮合成酶基因生物信息学次生代谢

珍稀濒危植物长蕊木兰种群的年龄结构与空间分布

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生态学报 2012年第12期32卷 3866-3872页

作者：袁春明孟广涛方向京柴勇李贵祥蔺汝涛王骞李品荣国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650204 云南省林业科学院昆明650204 云南高黎贡山国家级自然保护区保山管理局保山678000

珍稀濒危植物长蕊木兰为国家Ⅰ级保护植物。然而,由于受研究尺度和分析方法的限制,对其种群生态特征等方面仍不清楚。以云南高黎贡山原生的中山湿性常绿阔叶林4 hm2样地调查数据为基础,应用Ripley的L函数分析了长蕊木兰种群的年龄结构... 详细信息

珍稀濒危植物长蕊木兰为国家Ⅰ级保护植物。然而,由于受研究尺度和分析方法的限制,对其种群生态特征等方面仍不清楚。以云南高黎贡山原生的中山湿性常绿阔叶林4 hm2样地调查数据为基础,应用Ripley的L函数分析了长蕊木兰种群的年龄结构与空间分布格局。研究发现:(1)长蕊木兰种群的年龄结构为反"J"型,属稳定型种群。(2)长蕊木兰种群个体的空间分布格局与空间尺度关系密切,空间尺度小于75 m时为聚集分布,大于75 m时为随机分布。生境异质性在长蕊木兰种群空间分布格局的形成中可能发挥了重要的作用。(3)不同发育阶段个体的空间分布格局存在明显的差异,中树和小树阶段的分布格局在中、小尺度上呈聚集分布,在较大尺度上呈随机分布;大树阶段在整个空间尺度上均呈现随机分布。(4)长蕊木兰不同发育阶段的空间关联性主要表现为中、小尺度上的负相关,在较大尺度上则趋向于无关联。

关键词：长蕊木兰点格局分析空间关联性高黎贡山中山湿性常绿阔叶林

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思茅松叶绿体基因组密码子偏好性分析

基因组学与应用生物学 2021年第3期40卷 1278-1283页

作者：原晓龙陈伟王毅李江云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

密码子偏好性(codon usage bias)是指同义密码子的使用频率不同的现象,该现象广泛存在于植物中。本研究利用CodonW1.4.2和CUSP软件分析思茅松(Pinus kesiya ***)叶绿体基因组的45条CDS,结果显示思茅松叶绿体基因组密码子第三位碱基的GC... 详细信息

密码子偏好性(codon usage bias)是指同义密码子的使用频率不同的现象,该现象广泛存在于植物中。本研究利用CodonW1.4.2和CUSP软件分析思茅松(Pinus kesiya ***)叶绿体基因组的45条CDS,结果显示思茅松叶绿体基因组密码子第三位碱基的GC含量为29.63%,偏好以AT碱基结尾;ENC值在37.66~60.30之间,且ENC值>45的CDS有37个,占总参试基因的82.22%;GC_(1)、GC_(2)、GC_(3)与GCall均为极显著相关,GC_(3)与ENC呈显著相关。中性绘图分析显示GC_(12)和GC_(3)的相关系数为-0.1114,回归系数为-0.1111;ENC-plot软件分析显示大部分基因与标准曲线的距离较远;PR2-plot软件分析显示思茅松叶绿体基因组在密码子的碱基使用频率方面,T>A,G>C。这些说明思茅松叶绿体基因密码子偏好性的主要影响因素为选择,突变的作用较小。本研究为思茅松种源选择、系统发育等研究提供科学依据。

关键词：思茅松叶绿体基因组密码子偏好性选择

濒危植物景东翅子树种群的分布、年龄结构及其动态特征

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东北林业大学学报 2011年第5期39卷 15-16,33页

作者：袁春明司马永康耿云芬郝佳波毛云玲魏大坤何琪金国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室(云南省林业科学院) 昆明650204 景东彝族自治县林业局

调查研究了景东翅子树种群的分布、年龄结构及其动态特征,并讨论了濒危的原因。野外调查的4个种群中,3个分布于季风常绿阔叶林,1个分布于次生灌丛。在4个种群中共调查到景东翅子树99株(含幼树)。结果表明,景东翅子树属于衰退型种群,其... 详细信息

调查研究了景东翅子树种群的分布、年龄结构及其动态特征,并讨论了濒危的原因。野外调查的4个种群中,3个分布于季风常绿阔叶林,1个分布于次生灌丛。在4个种群中共调查到景东翅子树99株(含幼树)。结果表明,景东翅子树属于衰退型种群,其中缺乏幼树和胸径≥20 cm的大树。景东翅子树种群的存活曲线为De-evryⅢ型,生活史中存在二次种群数量明显降低的过程,即从幼树到中等大小的树(胸径<9 cm)阶段和大树胸径从12.0～18.0 cm阶段个体数量降低的现象,其中前者属自然稀疏过程,后者则为人为干扰所致。

关键词：景东翅子树年龄结构静态生命表存活曲线濒危原因