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四川麻兔背最长肌DNA甲基化和转录组联合分析

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中国畜牧杂志 2024年

作者：李钰莹邝良德郑洁李丛艳郭志强雷岷谢晓红四川省畜牧科学研究院动物遗传育种四川省重点实验室

本试验旨在研究四川麻兔肌肉组织不同发育阶段的甲基化水平和基因表达差异，筛选调控肌肉发育的甲基化差异基因，选取胚胎期24 d、出生0 d、35 d和84 d的四川麻兔背最长肌，开展MethyRad甲基化测序和转录组测序筛选差异甲基化区域和差... 详细信息

本试验旨在研究四川麻兔肌肉组织不同发育阶段的甲基化水平和基因表达差异，筛选调控肌肉发育的甲基化差异基因，选取胚胎期24 d、出生0 d、35 d和84 d的四川麻兔背最长肌，开展MethyRad甲基化测序和转录组测序筛选差异甲基化区域和差异表达基因。结果表明：四川麻兔从胚胎期24 d至出生后84 d，共有85个基因表达量显著变化，其中29个基因表达量持续下调，16个基因持续上调，19个基因先上调35 d后下调。四川麻兔背最长肌DNA甲基化主要发生在CG序列上，在CG序列环境下，启动子和第1外显子区域的甲基化水平低于基因其他区域，胚胎期24 d至出生0 d、0 d 至35 d、35 d至84 d在CG序列环境下的共有差异甲基化区域（DMRs）为954个，CWG序列环境下的共有DMRs为209个，胚胎期24 d至出生后84 d DMRs逐渐减少；35 d和0 d阶段，筛选到高甲基化低表达基因有5个，低甲基化高表达基因有9个，其中ACADL、ACSM5和TMEM209等基因可能为影响四川麻兔肌肉发育的重要基因。

关键词：四川麻兔转录组背最长肌甲基化

饲粮中添加不同比例甘蔗梢对肉兔生长性能、血清生化指标和肉品质的影响

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动物营养学报 2024年第1期36卷 528-536页

作者：秦娜娜章澳邝良德李丛艳谢晓红雷岷李明晖郭志强西南大学动物科学技术学院重庆400715 四川省畜牧科学研究院动物遗传育种四川省重点实验室成都610066

本试验旨在研究饲粮中添加不同比例甘蔗梢对肉兔生长性能、血清生化指标和肉品质的影响。试验选择240只断奶新西兰白兔,随机分为4组,每组6个重复,每个重复10只,分别饲喂添加0(A组)、33%(B组)、66%(C组)、100%(D组)甘蔗梢等比例替代苜蓿... 详细信息

本试验旨在研究饲粮中添加不同比例甘蔗梢对肉兔生长性能、血清生化指标和肉品质的影响。试验选择240只断奶新西兰白兔,随机分为4组,每组6个重复,每个重复10只,分别饲喂添加0(A组)、33%(B组)、66%(C组)、100%(D组)甘蔗梢等比例替代苜蓿的试验饲粮。试验期49 d,其中预试期7 d,正试期42 d。结果表明:1)与A组相比,肉兔饲粮中添加不同比例甘蔗梢对肉兔平均日采食量和成活率无显著影响(P>0.05),显著影响平均日增重和料重比(P0.05),但随着甘蔗梢添加比例的增加,平均日增重显著降低(P0.05),对葡萄糖和甘油三酯含量有显著影响(P0.05);随着甘蔗梢添加比例的增加,肉兔半净膛重、全净膛重显著下降(P0.05)。综上所述,在肉兔饲粮中以33%的甘蔗梢等比例替代苜蓿对肉兔的生长性能、血清生化指标、屠宰性能以及肉品质无不良影响。

关键词：甘蔗梢肉兔生长性能血清生化指标肉品质

清远麻鸡miR-142-3p分析及其关键靶基因的筛选

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中国农业大学学报 2024年第7期29卷 12-22页

作者：朱师良余春林邱莫寒张增荣熊霞胡陈明杨礼彭涵陈家磊宋小燕夏波杨朝武四川省畜牧科学研究院动物遗传育种重点实验室成都610066

为分析清远麻鸡不同组织中miR-142-3p的表达情况,并筛选其在脾脏中的关键靶基因,本研究利用在线数据库预测鸡miR-142-3p靶基因,并对靶基因进行GO和KEGG富集分析以及构建蛋白-蛋白互作网络。利用在线公共数据库,分析脾脏相对于其他组织的... 详细信息

为分析清远麻鸡不同组织中miR-142-3p的表达情况,并筛选其在脾脏中的关键靶基因,本研究利用在线数据库预测鸡miR-142-3p靶基因,并对靶基因进行GO和KEGG富集分析以及构建蛋白-蛋白互作网络。利用在线公共数据库,分析脾脏相对于其他组织的miR-142-3p表达量;再根据miRNA表达量与其靶基因表达量负相关机制,对miR-142-3p靶基因与脾脏中相对其他组织显著下调基因取交集,筛选潜在靶基因。结果表明:1)预测获得85个靶基因,GO富集分析显示,靶基因参与多种高分子化合物的合成与转运过程。2)KEGG结果显示富集到MAPK、Notch、Wnt等多条与抗肿瘤免疫相关的信号通路。3)PPI网络共筛选到4个Hub基因。4)miR-142-3p在脾脏中的表达量极显著高于肝脏、肺脏、胸肌、心脏和肾脏(P研究为解析鸡miR-142-3p的功能及其分子机制提供了参考和依据。

关键词：清远麻鸡 miR-142-3p 生物信息学组织表达脾脏

大肠杆菌多酚氧化酶的分子克隆及异源高效表达

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中国饲料 2024年第5期 26-31页

作者：邓卉余丹邹成义范景胜李斌屈东倪青松郑钰嘉陈瑾四川省畜牧科学研究院动物遗传育种四川省重点实验室四川成都610066

菜籽粕、棉籽粕等非粮饲料资源存在的酚类化合物芥子碱、棉酚等抗营养因子,严重影响了其饲喂价值。本课题组筛选出的一株大肠杆菌属芥子碱降解菌SDB2已被证实能通过分泌多酚氧化酶来降解芥子碱和棉酚,本试验旨在运用基因工程技术克隆SDB... 详细信息

菜籽粕、棉籽粕等非粮饲料资源存在的酚类化合物芥子碱、棉酚等抗营养因子,严重影响了其饲喂价值。本课题组筛选出的一株大肠杆菌属芥子碱降解菌SDB2已被证实能通过分泌多酚氧化酶来降解芥子碱和棉酚,本试验旨在运用基因工程技术克隆SDB2多酚氧化酶基因,实现其高效表达,为SDB2多酚氧化酶在饲料工业上的规模化应用奠定基础。从大肠杆菌SDB2中克隆出多酚氧化酶基因,将其与质粒pET28a连接后转化至大肠杆菌BL21感受态细胞中培养,通过PCR鉴定及质粒酶切验证方法构建重组菌株,同时对重组克隆基因进行生物信息学分析。采用“2×2”交叉试验设计,以温度和诱导剂IPTG浓度两个影响因素诱导SDB2多酚氧化酶基因在重组菌株中高效表达,经SDS-PAGE和WB双重验证后,确立最佳诱导条件,最终纯化出目标酶蛋白。结果表明:(1)成功克隆SDB2多酚氧化酶基因,构建出异源表达重组菌株。(2)克隆出的SDB2重组多酚氧化酶基因含目标核苷酸741个,总编码氨基酸263个(含标签氨基酸20个),氨基酸组成的蛋白相对分子质量为28499.0,理论等电点为6.94,据此预测出SDB2重组多酚氧化酶三维结构模型。(3)确立SDB2多酚氧化酶异源高效表达的最佳诱导条件为温度37℃,IPTG浓度1 mmol,该条件下表达出大量可溶性酶蛋白,有利于工业化生产。本试验条件下,大肠杆菌SDB2多酚氧化酶成功实现了分子克隆及异源高效表达,为我国非粮饲料资源实现高效利用提供了技术参考。

关键词：大肠杆菌多酚氧化酶克隆高效表达

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猪链球菌3型的分离鉴定及耐药性分析

黑龙江畜牧兽医 2024年第14期 74-80,126页

作者：毛从剑曹冶于吉锋吴学婧谢晶肖璐叶勇刚叶健强林毅潘梦魏勇李兴玉张先慧曾凯康润敏四川省畜牧科学研究院动物遗传育种四川省重点实验室成都610066

为查明四川地区某规模化猪场猪发病死亡原因并进行有效防控,试验采集病死猪肺脏组织样本4份进行细菌的分离,并对分离菌株进行菌落形态观察、革兰氏染色和镜检、猪链球菌的PCR鉴定、血清型鉴定、主要毒力基因检测、药敏试验和耐药基因检... 详细信息

为查明四川地区某规模化猪场猪发病死亡原因并进行有效防控,试验采集病死猪肺脏组织样本4份进行细菌的分离,并对分离菌株进行菌落形态观察、革兰氏染色和镜检、猪链球菌的PCR鉴定、血清型鉴定、主要毒力基因检测、药敏试验和耐药基因检测。结果表明:从病料中共分离到4株菌,4株分离菌株在胰酪大豆胨琼脂培养基(TSA)中均呈灰白色、针尖状、圆形的菌落,革兰氏染色后镜检可见呈蓝紫色、圆形或卵圆形、链状排列的革兰氏阳性菌,符合猪链球菌的形态特征,分别命名为SYS9、SYS14、SYS15和SYS16。经猪链球菌的PCR鉴定和血清型鉴定确定4株分离菌株均为猪链球菌3型。4株猪链球菌分为2种毒力基因型,SYS9株的毒力基因型为mrp+epf+sly+fbps+cps-orf2+,SYS14、SYS15和SYS16的毒力基因型为mrp+epf+sly+fbps+cps+orf2+;4株猪链球菌均对四环素和泰乐菌素耐药,且均对阿莫西林(青霉素类药物),氟苯尼考和氯霉素(酰胺醇类药物),利奈唑胺(口恶唑烷酮类药物),头孢匹罗、头孢氨苄和头孢拉定(头孢菌素类药物),环丙沙星和左氟沙星(喹诺酮类药物)敏感。除SYS9株仅对四环素和泰乐菌素耐药外,其余3株菌均为3重或3重以上耐药菌株,其中SYS15株为6重耐药菌株。4株猪链球菌均未检出耐药基因ermA、mefA、msrD、fexA、fexB、aph(3′)-Ⅲa、ant(6′)-Ⅰa、aph(2′)-Ⅰb;SYS9株检出耐药基因tetO和ermB,SYS14株检出耐药基因tetM、tetO、ermB、aac(6′)-aph(2″)和optrA,SYS15株检出耐药基因tetM、tetO、tetL、ermB、aac(6′)-aph(2″)和optrA,SYS16株检出耐药基因tetM、tetO、tetL、ermB、aac(6′)-aph(2″)、optrA和Lsa(E)。说明该规模化猪场猪发病死亡原因为猪链球菌3型感染,可使用青霉素类、酰胺醇类、口恶唑烷酮类、头孢菌素类、喹诺酮类药物进行治疗。

关键词：猪链球菌3型细菌分离鉴定耐药性耐药基因

丫杈猪生长发育、胴体及肉质性状全基因组关联分析

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中国畜牧杂志 2024年第8期60卷 239-243页

作者：王言顾以韧梁艳杨雪梅杨跃奎吕学斌龚建军陈晓晖应三成曾凯雷云峰陶璇何志平四川省畜牧科学研究院动物遗传育种四川省重点实验室

本研究旨在通过对丫杈猪生长发育、胴体及肉质性状的全基因组关联分析（Genome Wide Association Study,GWAS），挖掘与丫杈猪生长发育、胴体和肉质性状相关的遗传标记和功能基因。以166头丫杈猪为试验材料，通过提取耳组织DNA并采用中... 详细信息

本研究旨在通过对丫杈猪生长发育、胴体及肉质性状的全基因组关联分析（Genome Wide Association Study,GWAS），挖掘与丫杈猪生长发育、胴体和肉质性状相关的遗传标记和功能基因。以166头丫杈猪为试验材料，通过提取耳组织DNA并采用中芯一号芯片进行单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）检测，采用Plink(V1.90)对获得的基因型数据进行质控，利用GEMMA软件的混合线性模型对质控结果进行生长发育、胴体和肉质性状相关的GWAS分析。结果表明，有1个SNP与日增重在全基因组范围内显著相关，1个SNP与肌内脂肪含量在全基因组范围内显著相关，3个SNPs与瘦肉率在全基因组范围内显著相关，TOX3、DLG5和FAM180A、KIF2B分别是影响丫杈猪日增重、肌内脂肪含量和瘦肉率性状的候选基因。本研究结果为丫杈猪的分子育种提供了一定的理论参考价值。

关键词：丫杈猪全基因组关联分析生长发育性状候选基因

来源：博看期刊

藏猪、川乡黑猪妊娠期子宫体繁殖功能相关lncRNA鉴定和功能预测

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中国畜牧兽医 2024年第8期51卷 3417-3427页

作者：王秋实李江凌赵素君刘锐四川省畜牧科学研究院成都610066 动物遗传育种四川省重点实验室成都610066

[目的]探讨长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在藏猪、川乡黑猪繁殖过程中的调控机理,筛选相关lncRNA。[方法]采集具有不同产仔数的藏猪和川乡黑猪妊娠期的子宫体组织作为样本,建立特异性猪子宫mRNA文库,利用Illumina PE150 Hi... 详细信息

[目的]探讨长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在藏猪、川乡黑猪繁殖过程中的调控机理,筛选相关lncRNA。[方法]采集具有不同产仔数的藏猪和川乡黑猪妊娠期的子宫体组织作为样本,建立特异性猪子宫mRNA文库,利用Illumina PE150 HiSeq平台进行测序,测序结果经过质控、比对与拼接后,筛选出差异表达lncRNA并预测其靶基因,对靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。随机选取7个差异表达lncRNAs进行实时荧光定量PCR验证。[结果]在藏猪和川乡黑猪子宫体中存在32个共同差异表达lncRNAs,共得到168个靶基因。GO功能分析显示,不同繁殖能力的样本共同差异表达lncRNA的靶基因主要富集于分子代谢、转录活性调节、细胞增殖调节、子宫体修饰、微量元素代谢等条目中;KEGG通路分析显示,共同差异表达lncRNA的靶基因主要富集在糖酵解过程、卵母细胞分裂、细胞寿命调节、Ras信号通路、RIG-Ⅰ信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、调控稳态过程等。实时荧光定量PCR结果显示,7个差异表达lncRNAs的表达与转录组测序结果一致。[结论]本研究在藏猪和川乡黑猪子宫体中发现了32个可能通过调控潜在靶基因参与母猪妊娠过程的lncRNAs,为进一步研究lncRNA在母猪繁殖过程中的调节机制提供了参考依据。这些lncRNA可作为新的繁殖性状生物标记用于猪的育种过程中。

关键词：藏猪川乡黑猪子宫体妊娠期长链非编码RNA(lncRNA)

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基于转录组测序分析猪子宫内膜妊娠中的关键非编码RNA及其调控通路

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西南农业学报 2024年第5期37卷 955-964页

作者：王秋实李江凌赵素君张金灵刘锐四川省畜牧科学研究院成都610066 动物遗传育种四川省重点实验室成都610066

【目的】探究调控具有不同产仔数的川乡黑猪和藏猪的猪子宫内膜妊娠过程的相关miRNA、lncRNA及靶基因,进一步揭示影响不同品种猪子宫内膜妊娠相关非编码RNA富集的信号通路。【方法】对平均产仔数为11.35和6.70的川乡黑猪和藏猪第2、5胎... 详细信息

【目的】探究调控具有不同产仔数的川乡黑猪和藏猪的猪子宫内膜妊娠过程的相关miRNA、lncRNA及靶基因,进一步揭示影响不同品种猪子宫内膜妊娠相关非编码RNA富集的信号通路。【方法】对平均产仔数为11.35和6.70的川乡黑猪和藏猪第2、5胎次的子宫内膜进行分离,提取RNA,质检合格后进行转录组测序,测序数据经过拼接、比对到miRNA和lncRNA并预测其靶基因,进行GO和KEGG富集分析筛选到调控川乡黑猪和藏猪不同产仔数的候选基因以及信号富集通路。【结果】不同胎次的川乡黑猪和藏猪之间存在多个miRNA、lncRNA及靶基因的差异表达,其中第2胎次具有1571个miRNA和2042个lncRNA差异表达,第5胎次具有1042个miRNA和2096个lncRNA差异表达。进一步根据靶基因的GO和KEGG富集分析发现川乡黑猪在促性腺激素释放激素(GnRH)分泌、ECM受体互作以及Wnt信号通路等的富集程度高于藏猪。同时发现川乡黑猪相比藏猪有醛固酮调节钠重吸收、谷胱甘肽代谢、果糖和甘露糖代谢等过程的富集。此外,已鉴定的关键候选调控基因包括FSHR(Follicle stimulating hormone receptor)、DBX1(Developing brain homeobox 1)、ARID2(AT-rich interaction domain 2)、TNC(Tenascin C)、NT5C2(Neuropilin 2)、LAMC3(Laminin subunit gamma 3)、MADD(MAP kinase activating death domain)等。【结论】高产仔数的川乡黑猪相比低产仔数的藏猪在子宫内膜妊娠过程中有更高的促性腺激素释放激素(GnRH)分泌、ECM受体互作以及Wnt信号通路富集(GO分析结果),同时也有代谢途径的参与(KEGG分析结果)。涉及到的关键调控基因主要有FSHR、DBX1等。本研究为探究非编码RNA在猪子宫内膜妊娠过程中的功能及其分子调控机制提供了新的思路。

关键词：猪子宫产仔数转录组测序调控通路

川乡黑猪重要经济性状SNP位点分型及分子系谱构建

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中国畜牧杂志 2024年第6期60卷 133-137页

作者：杨坤安瑞杨雪梅顾以韧陈晓晖吕学斌四川省畜牧科学研究院动物遗传育种四川省重点实验室四川成都610066

本研究旨在分析川乡黑猪重要经济性状因果突变和紧密关联SNP位点基因型分布情况,构建川乡黑猪分子系谱。利用全基因组SNP芯片技术对样本进行扫描分析,通过主成分分析、计算遗传距离、ROH分析等对公猪亲缘关系和血统进行划分,解析川乡黑... 详细信息

本研究旨在分析川乡黑猪重要经济性状因果突变和紧密关联SNP位点基因型分布情况,构建川乡黑猪分子系谱。利用全基因组SNP芯片技术对样本进行扫描分析,通过主成分分析、计算遗传距离、ROH分析等对公猪亲缘关系和血统进行划分,解析川乡黑猪的群体结构和遗传多样性。结果显示:川乡黑猪群体中采食量、氟烷(Hal)基因和酸肉基因2(RN2)已完全剔除非优势基因q;体长基因无QQ基因型和Qq杂合基因型,qq非优势基因型频率达100%;抗仔猪腹泻和多胸椎数基因Qq、qq基因型总比例分别为18.07%和26.10%,其中qq基因型比例为3.21%和2.01%;公猪精液品质和酸肉基因1(RN1)的Qq、qq基因型总比例较高,分别为45.78%和34.54%,并且Qq基因型比例均超过30%;多肋骨数和耗料增重比基因中优势基因型QQ比例只有18.47%和47.79%,低于50%。公猪群体主成分分析和聚类分析结果显示,该群体可被划分为16个不同的家系。以上结果表明,川乡黑猪的选育可着重于提高抗仔猪腹泻、多胸椎数、多肋骨数、公猪精液品质、酸肉和耗料增重比等基因的优势基因型频率,并结合亲缘关系和家系划分结果,通过分子标记辅助选择技术进一步优化种群结构。

关键词：川乡黑猪经济性状 SNP 分子系谱