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利用CRISPR/Cas9技术创制高番茄红素番茄新材料

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园艺学报 2024年第2期51卷 253-265页

作者：杨亮刘欢马燕勤李菊王海娥周玉洁龙海成苗明军李志常伟四川省农业科学院园艺研究所成都610066 四川省蔬菜工程技术研究中心四川彭州611934 蔬菜种质与品种创新四川省重点实验室成都610066 农业农村部西南地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室成都610066 四川省食用菌研究所成都610066

以大果型栽培番茄资源“T048”为材料,利用CRISPR/Cas9技术对滞绿基因SlSGR1进行定向编辑。对19株转基因阳性株系进行靶位点序列分析发现,共有10株发生了编辑事件,编辑效率为52.6%。通过测序分析发现,编辑类型涉及碱基的缺失、插入及替... 详细信息

以大果型栽培番茄资源“T048”为材料,利用CRISPR/Cas9技术对滞绿基因SlSGR1进行定向编辑。对19株转基因阳性株系进行靶位点序列分析发现,共有10株发生了编辑事件,编辑效率为52.6%。通过测序分析发现,编辑类型涉及碱基的缺失、插入及替换,多数发生在PAM序列上游3~4 bp碱基处,同时也发现了两个编辑位点间共565 bp的序列倒位。表型分析发现,T1代纯合编辑株系叶片衰老减缓,果实表现为铁锈色,且番茄红素、叶绿素及β–胡萝卜素含量显著提高。对类胡萝卜素合成关键基因进行分析发现,纯合编辑株系果实中的SGR1表达量显著降低,而PSY1表达量显著提高。结果表明,通过CRISPR/Cas9技术对滞绿基因SlSGR1进行定向编辑可有效提升番茄果实中番茄红素、β–胡萝卜素等类胡萝卜素含量,进而为番茄营养品质育种提供新种质。

关键词：番茄基因编辑番茄红素类胡萝卜素 SlSGR1

釜溪河浮游植物生物完整性指数构建与生态系统健康评价

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水生态学杂志 2024年

作者：廖瑞雪鲍林林陈杰佟洪金史鸿乐四川省生态环境科学研究院

对釜溪河生态系统健康状况进行评价，识别制约生态系统健康的主要因素，为针对性开展水生态环境保护修复提供科学支撑。分别于2020年11月（秋季）、2021年3月（春季）和2021年8月（夏季）在沱江典型支流釜溪河流域主要水系上下游的7个... 详细信息

对釜溪河生态系统健康状况进行评价，识别制约生态系统健康的主要因素，为针对性开展水生态环境保护修复提供科学支撑。分别于2020年11月（秋季）、2021年3月（春季）和2021年8月（夏季）在沱江典型支流釜溪河流域主要水系上下游的7个代表性河段13个点位进行浮游植物群落和水质、栖息地质量监测，采用浮游植物生物完整性指数（P-IBI）进行河流生态系统健康评价。从釜溪河共鉴定出浮游植物7门103种，包括绿藻门40种、硅藻门28种、蓝藻门16种、裸藻门12种、甲藻门3种、隐藻门2种、金藻门2种。根据水质状况及栖息地质量划分参照点与受损点，对物种组成、相对丰富度、群落多样性和生产力方面的18个浮游植物生物参数进行分布范围分析、判别能力分析及相关性分析，筛选出硅藻总分类单元数、硅藻比例和硅藻GI指数3个核心生物参数构建釜溪河P-IBI，通过比值法计算P-IBI分值并基于4分制法明确健康评价标准。结果表明：由于从上游至下游人类活动影响增强导致河流生态系统健康受损程度逐渐加剧，釜溪河生态系统健康整体为亚健康状态；其中，釜溪河支流上游河段为非常健康，中下游河段为亚健康—不健康，釜溪河下游干流为不健康—―病态；河流健康程度秋季>春季>夏季。Pearson相关性分析显示P-IBI与总磷、高锰酸盐指数呈负相关（P0.05），表明P-IBI对釜溪河水质污染和栖息地人为破坏具有一定指示作用。因此，应进一步削减流域污染源、优化水动力条件和河流生态系统结构，以改善釜溪河健康状况。

关键词：浮游植物生物完整性指数河流健康评价栖息地质量釜溪河

基于InDel标记的藜麦种质遗传多样性分析

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分子植物育种 2024年

作者：蒋云唐力为陈冬明刘长清王得力肖俊陈谦王颖张洁四川省农业科学院生物技术核技术研究所攀枝花市农林科学研究院四川省甘孜州畜牧业科学研究所甘孜藏族自治州草业技术研究推广中心四川农业大学小麦研究所

为了研究藜麦种质资源的遗传多样性，揭示其遗传背景差异。本研究采用InDel分子标记，利用27对引物对94份藜麦资源进行了多态性和亲缘关系分析。结果表明，遗传多样性平均为0.362 9，杂合度平均为0.154 0，多态性信息含量平均为0.285 8... 详细信息

为了研究藜麦种质资源的遗传多样性，揭示其遗传背景差异。本研究采用InDel分子标记，利用27对引物对94份藜麦资源进行了多态性和亲缘关系分析。结果表明，遗传多样性平均为0.362 9，杂合度平均为0.154 0，多态性信息含量平均为0.285 8。群体结构分析和主成分分析将藜麦群体划分为2个亚群，亚群间有一定的遗传混合。根据遗传距离，用邻位相连法(neighbor-joining， NJ)可将参试材料聚为2个类群，聚类和群体结构分析结果基本一致。来自西藏、云南和北京的种质或品系，其来源地和亲缘关系表现出一定的关联，而来自青海、山西的种质分布没有明显的地理来源关联。研究结果可为藜麦种质资源的分类保存和育种利用提供理论依据。

关键词：藜麦(Chenopodium quinoa Willd.) InDel标记聚类分析群体结构遗传多样性

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雅安茶神吴理真来处的神话母题变异

中华文化论坛 2024年第3期 137-148页

作者：邱硕四川省社会科学院文学研究所四川成都610071

四川雅安茶神吴理真的神话中,其来处母题经历了三种不同表述,因应着各个时代的社会文化语境。在古代佛教文化和茶业经济影响下,吴理真的岭表外来说源自原型人物外来以及宋代以降蒙茶衰落和建茶兴盛的事实。明末到民国时期,经由四川民间... 详细信息

四川雅安茶神吴理真的神话中,其来处母题经历了三种不同表述,因应着各个时代的社会文化语境。在古代佛教文化和茶业经济影响下,吴理真的岭表外来说源自原型人物外来以及宋代以降蒙茶衰落和建茶兴盛的事实。明末到民国时期,经由四川民间“唐僧西天取经与神物诞生”类型歌谣的渗透,吴理真的来处变为“西域”“天竺”“印度”。在当代商品经济的支配下,吴理真籍贯问题凸显,为了赢取市场和社会更深的认同,雅安人将其表述为雅安本地人。此个案研究说明,神话学的神话主义研究,需贯通历史和当下,认识到人们对神话的改造和传衍贯穿于人类社会始终,神话主义只是其中一个激烈阶段。

关键词：茶神吴理真蒙顶茶神话主义神话母题

机器学习在传统发酵食品微生物结构及品质控制中的应用研究进展

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食品工业科技 2024年第13期45卷 360-367页

作者：王宁晓璇李欣黄玉立王雅利赖海梅杨梦露汤臣薇葛黎红赵楠四川师范大学生命科学学院四川成都610101 四川省农业科学院农产品加工研究所四川成都610066 成都大学食品与生物工程学院四川成都610106 四川大学计算机学院四川成都610065

传统发酵食品独特的风味属性、丰富的营养成分与其复杂多变的微生物结构密切相关,这也使得发酵终产品的品质难以控制。为了探讨食品发酵过程中微生物结构、感官与营养品质变化规律及二者之间的内在联系,数据分析过程是关键步骤。因此,... 详细信息

传统发酵食品独特的风味属性、丰富的营养成分与其复杂多变的微生物结构密切相关,这也使得发酵终产品的品质难以控制。为了探讨食品发酵过程中微生物结构、感官与营养品质变化规律及二者之间的内在联系,数据分析过程是关键步骤。因此,建立发酵食品品质控制的快速、准确数据分析方法非常必要。机器学习具有维度简化率高、数据通量大、预测精度高等优势,在发酵食品品质控制领域展现出巨大的应用潜力,已成为研究热点之一。本文综述了机器学习在发酵食品品质控制中的应用,在概述常用机器学习分类模型的基础上,系统阐述了机器学习在食品发酵过程中菌群结构演变预测、风味化合物组成分析以及个性化消费定制等方面的应用,并对机器学习应用于传统发酵食品品质控制中存在的问题及发展趋势进行了总结和展望。尽管目前机器学习在发酵食品中的应用仍受限于模型普适应不足、预测指标单一、个性化消费场景有限等问题,但随着技术模型的迭代更新、面向工艺全流程多因素的适应性改进以及在个性化消费背景下的应用拓展,机器学习在发酵食品领域将发挥出更大的实际应用价值。本研究旨在为机器学习在传统发酵食品的标准化、可控化生产中的进一步应用提供参考。

关键词：机器学习传统发酵食品数据处理微生物结构风味个性化消费

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青稞特征营养成分含量快速检测模型的建立及优化

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食品工业科技 2024年第18期45卷 228-238页

作者：杨焰婷江谧詹瑞玲夏虎曹亚楠万燕任远航彭镰心成都大学农业农村部杂粮加工重点实验室四川成都610106 四川省杂粮产业化工程技术研究中心四川成都610106 甘孜藏族自治州农业科学研究所四川康定626000

本文以76份青稞为研究对象,利用近红外光谱仪采集青稞4000~10000 cm-1波段光谱,并联合其水分、β-葡聚糖、直链淀粉、蛋白质实测含量数值,构建了基于近红外光谱技术的青稞特征营养成分含量快速检测模型。结果显示,SG卷积平滑(Savitzky G... 详细信息

本文以76份青稞为研究对象,利用近红外光谱仪采集青稞4000~10000 cm-1波段光谱,并联合其水分、β-葡聚糖、直链淀粉、蛋白质实测含量数值,构建了基于近红外光谱技术的青稞特征营养成分含量快速检测模型。结果显示,SG卷积平滑(Savitzky Golay,SG)是水分、直链淀粉、β-葡聚糖含量的偏最小二乘法(Partial Least Squares,PLS)预测模型的最优光谱预处理方法,而SG卷积平滑+多元散射校正(Multiplicative Scatter Correction,MSC)是蛋白质含量的偏最小二乘法(PLS)预测模型的最优光谱预处理方法。为进一步提高青稞各成分含量预测模型的准确性,考察了竞争性自适应重加权法(Competitive Adaptive Reweighted Sampling,CARS)、连续投影算法(Successive Projections Algorithm,SPA)和变量组合集群分析混合迭代保留信息变量法(Variables Combination Population Analysis and Iterative Retained Information Variable,VCPA-IRIV)特征波长选择算法对模型预测结果的影响。结果表明,VCPA-IRIV处理可有效提高水分、直链淀粉、蛋白质含量预测模型的预测决定系数,降低预测均方根误差;CARS对β-葡聚糖含量预测模型优化效果显著。基于上述最优方法建立的青稞水分、β-葡聚糖、直链淀粉、蛋白质实测含量预测模型,其预测相关系数分别为0.9868、0.9808、0.9701、0.9879;预测均方根误差分别为0.2042、0.1846、0.8135、0.2095。综上,本研究建立的基于近红外光谱的青稞特征营养成分含量快速检测模型具有较高的准确性,对加工企业快速了解原料品质及高效筛选合格原料有一定指导意义。

关键词：傅里叶近红外光谱青稞水分 β-葡聚糖直链淀粉蛋白质

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不同品种李子品质特性及其酿酒适宜性评价

食品工业科技 2024年

作者：周艳陈雅廖茂雯李可李华佳刘佳刘达玉朱永清成都大学食品与生物工程学院四川省农业科学院园艺研究所四川省农业科学院农产品加工研究所(四川省农业科学院食物与营养健康研究所) 新疆农业科学院吐鲁番农业科学研究所

为筛选适宜于李子果酒发酵的适宜品种，本研究以四川省主栽和新选育的7个李子品种为研究对象，采用理化分析、顶空固相萃取-气相色谱-质谱（HS-SPME-GC-MS）技术结合差异显著性分析和偏最小二乘判别分析（Orthogonal PartialleastSquare... 详细信息

为筛选适宜于李子果酒发酵的适宜品种，本研究以四川省主栽和新选育的7个李子品种为研究对象，采用理化分析、顶空固相萃取-气相色谱-质谱（HS-SPME-GC-MS）技术结合差异显著性分析和偏最小二乘判别分析（Orthogonal PartialleastSquares-DiscriminantAnalysis，OPLS-DA）分析了7个品种的基本理化特性，全面分析比较7个品种发酵李子酒的品质。结果表明：7个品种李果实的品质表现出丰富的多样性，其中紫皇（ZH）和大石早生（DS）具有SSC，多酚和黄酮含量高等优点，是酿造高品质李子酒的原料佳选。通过对7个品种李子发酵果酒品质比较可知，ZH和DS发酵果酒抗氧化能力、干浸出物（＞52.08g/L）和酒精度（＞14.03%vol）均显著高于其它五个品种（P＜0.05）、且挥发性风味物质丰富，其中ZH酒体中酯类、醇类和萜烯类化合物含量丰富，赋予其显著的果香和花香特征，DS酒体中特征香气物质为庚酸乙酯、叔丁基丙二酸酯、1-庚醇和橙花醇等，李子典型香气好。此外，在感官评价中ZH和DS这2个品种，在香气、滋味和口感方面评分较高，表明ZH和DS两个品种适宜于李子果酒发酵，该研究为李子酒适酿品种的选择和栽培提供理论依据。

关键词：李子品种发酵酒挥发性风味品质特性

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鼻咽癌患者放疗后皮肤毒性的多模态超声研究

中华超声影像学杂志 2024年第4期33卷 315-319页

作者：梁莹兰美鲜欣欣庄敏李佳密卢漫成都中医药大学医学与生命科学学院成都611137 四川省肿瘤医院超声医学中心、四川省肿瘤临床医学研究中心、四川省肿瘤医院·研究所、四川省癌症防治中心、电子科技大学附属肿瘤医院成都610042 四川省肿瘤医院头颈放疗科、四川省肿瘤临床医学研究中心、四川省肿瘤医院·研究所、四川省癌症防治中心、电子科技大学附属肿瘤医院成都610042

目的探讨多模态超声在鼻咽癌患者放疗后皮肤毒性评估中的应用价值。方法纳入2022年1月至2023年6月四川省肿瘤医院收治的45位鼻咽癌患者,在放疗前、中、后均行高频超声、彩色多普勒血流显像(CDFI)、微细血流成像(MFI)及弹性成像检查。将... 详细信息

目的探讨多模态超声在鼻咽癌患者放疗后皮肤毒性评估中的应用价值。方法纳入2022年1月至2023年6月四川省肿瘤医院收治的45位鼻咽癌患者,在放疗前、中、后均行高频超声、彩色多普勒血流显像(CDFI)、微细血流成像(MFI)及弹性成像检查。将放疗前、中、后多模态超声结果与临床评估的皮肤毒性进行比较。结果临床评估放疗1年后皮肤的远期毒性0级23例,1级11例,2级11例,3级0例。放疗期间[(1.88±0.17)mm]、放疗结束后[(1.73±0.13)mm]与放疗前[(1.56±0.17)mm]颈部皮肤相比差异有统计学意义(均P<0.001)。CDFI和MFI均提示放疗期间皮肤真皮层血流信号增多。临床评估的毒性等级和超声定量测量的放疗期间皮肤厚度变化(r_(s)=0.612,P<0.001)、放疗后皮肤厚度变化(r_(s)=0.817,P<0.001)以及皮肤弹性成像之间有较强的相关性(r_(s)=0.866,P<0.001)。放疗后MFI较放疗前减少(P<0.001)。结论多模态超声作为无创的检查方法,可以通过鼻咽癌患者颈部皮肤的厚度、回声、血流及弹性成像评估放疗术中及远期的皮肤毒性,为鼻咽癌患者的皮肤毒性评估提供了一种新的方法。

关键词：鼻咽癌皮肤毒性多模态超声微细血流成像弹性成像

转移性黑色素瘤患者早期死亡风险的预测模型构建及验证

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四川大学学报（医学版） 2024年第2期55卷 367-374页

作者：李思儒李静杨栖尹存俐柳斌电子科技大学医学院成都610054 四川省肿瘤临床医学研究中心四川省肿瘤医院四川省肿瘤研究所四川省癌症防治中心电子科技大学附属肿瘤医院普通内科成都610042 成都中医药大学医学与生命科学院成都610032 四川省肿瘤临床医学研究中心四川省肿瘤医院四川省肿瘤研究所四川省癌症防治中心电子科技大学附属肿瘤医院肿瘤内科成都610042

目的构建预测转移性黑色素瘤(metastatic melanoma, MM)患者早期死亡风险的列线图模型。方法本研究纳入监测、流行病学和最终结果(Surveillance, Epidemiology, and End Results Program, SEER)数据库中(2010–2015年)2 138例被诊断... 详细信息

目的构建预测转移性黑色素瘤(metastatic melanoma, MM)患者早期死亡风险的列线图模型。方法本研究纳入监测、流行病学和最终结果(Surveillance, Epidemiology, and End Results Program, SEER)数据库中(2010–2015年)2 138例被诊断为MM的患者。使用logistic回归分析确定影响MM患者早期死亡的独立风险因素。并利用这些因素构建全因早死和癌症特异性早期死亡的列线图。通过受试者操作特征(receiver operating characteristic, ROC)曲线、校准曲线和决策曲线分析(decision curve analysis, DCA)评估该模型的效能,并使用四川省肿瘤医院2015年1月–2020年1月被诊断为MM的105例患者的临床病理资料进行外部验证。结果 logistic回归分析显示,婚姻状况、原发部位、N分期、手术、化疗、骨转移、肝转移、肺转移和脑转移可以被确定为早期死亡的独立预测因素。基于这些因素开发了两个列线图分别预测全因早死和癌症特异性早死风险。在全因和癌症特异性早期死亡模型中,训练组的曲线下面积(the area under the curve, AUC)分别为0.751[95%置信区间(confidence interval, CI):0.726~0.776]和0.740(95%CI:0.714~0.765))。内部验证组的AUC分别为0.759(95%CI:0.722~0.797)和0.757(95%CI:0.718~0.780),外部验证组的AUC分别为0.750(95%CI:0.649~0.850)和0.741(95%CI:0.644~0.838)。校准曲线表明预测概率与观察概率的一致性高,DCA分析表明该模型的临床应用价值较高。结论列线图模型预测MM患者的早期死亡表现出良好的预测能力,能够帮助临床医师制定更个性化的治疗策略。

关键词：黑色素瘤肿瘤转移列线图模型统计学早期死亡 SEER数据库