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基于全基因组重测序的罗坑鸡遗传结构分析及特征位点挖掘

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中国畜牧杂志 2024年第10期60卷 100-105页

作者：严霞莫玙孔少芬罗威王春兰陈细浩钟澜罗成龙蔡柏林聂庆华广东省农业科学院动物科学研究所广东省畜禽育种与营养研究重点实验室广东广州510000 猪禽种业全国重点实验室广东广州510000 华南农业大学动物科学学院广东广州510000 广东省农业动物基因组学和分子育种重点实验室农业农村部鸡遗传育种与繁殖重点实验室广东广州510000 韶关市畜牧研究所广东韶关512000

本文旨在研究新资源罗坑鸡与其他著名广东地方品种鸡的遗传关系和挖掘罗坑鸡的特征性位点。对20个罗坑鸡血样进行DNA提取和30×全基因组重测序。同时,将这些数据与本课题组已有的5个广东鸡种(共77只)样本的数据相结合,采用系统进化树、... 详细信息

本文旨在研究新资源罗坑鸡与其他著名广东地方品种鸡的遗传关系和挖掘罗坑鸡的特征性位点。对20个罗坑鸡血样进行DNA提取和30×全基因组重测序。同时,将这些数据与本课题组已有的5个广东鸡种(共77只)样本的数据相结合,采用系统进化树、主成分分析和祖先血缘成分分析等方法分析群体结构,采用群体分化指数分析方法挖掘罗坑鸡的特征位点。结果表明:系统进化树显示所有罗坑鸡在进化上明显聚为一类,与其他广东鸡种有明显分群;主成分分析发现罗坑鸡的遗传成分与其他广东鸡种有明显区分,但群体内的均一性较差;祖先血缘成分分析揭示罗坑鸡存在血缘混杂现象,纯血个体占比较少;群体分化指数分析发现罗坑鸡具有特异性的分化位点,可用于品种鉴定和提纯。本研究结果表明,罗坑鸡与其他5个品种在核基因组水平上有明显差异;存在血缘混杂现象;有独特的特异性位点。本研究结果将填补目前对于罗坑鸡研究的空白,并为未来罗坑鸡种质资源创新利用做了理论支撑。

关键词：罗坑鸡全基因组重测序系统进化树主成分分析血缘成分分析群体分化指数

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柯乐猪BMP7基因SNP位点与繁殖性能的关联分析

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南方农业学报 2024年第8期55卷 2495-2503页

作者：向进吴燕王春源赵永付红梅丁义杰张依裕贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室/贵州大学香猪研究所贵州贵阳550025

【目的】明确骨形态发生蛋白7基因(BMP7)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性能的关联性,挖掘柯乐猪繁殖性状的分子辅助标记,为加速柯乐猪繁殖性能提升及推进其品种改良进程提供技术支撑。【方法】选取150头健康经产柯乐母猪为研究对... 详细信息

【目的】明确骨形态发生蛋白7基因(BMP7)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性能的关联性,挖掘柯乐猪繁殖性状的分子辅助标记,为加速柯乐猪繁殖性能提升及推进其品种改良进程提供技术支撑。【方法】选取150头健康经产柯乐母猪为研究对象,采用Sanger测序法筛查鉴定BMP7基因SNP位点,计算各SNP位点的群体遗传参数,并通过SPSS 22.0中的一般线性模型(GLM)分析SNP位点与柯乐猪总产仔数、初生窝重、平均初生重、断奶仔猪数、断奶窝重及平均断奶重等6个繁殖性状指标的关联性。【结果】在柯乐猪BMP7基因上共发现5个SNPs位点:g.57602289C>T(第2外显子)、g.57602334C>T(第2外显子)、g.57602404C>T(第2内含子)、g.57602418C>T(第2内含子)和g.57602561G>T(第2内含子),均存在3种基因型;5个SNPs位点的优势基因型分别为CT、CT、CT、CT和GT,对应的多态信息含量(PIC)介于0.358~0.375,均表现为中度多态(0.250.05),且各SNP位点间均存在强连锁不平衡关系[LD系数(Dʼ)>0.800,相关系数(R^(2))>0.330]。关联分析结果显示,g.57602289C>T、g.57602334C>T和g.57602418C>T等3个位点TT基因型个体的初生窝重均显著高于CC基因型个体(PT位点TT基因型个体的总产仔猪数极显著高于CC基因型个体;g.57602561G>T位点TT基因型个体的总产仔猪数极显著高于GG基因型个体。此外,双倍型H2H2和H3H3个体的总产仔数、初生窝重、断奶仔猪数和断奶窝重均高于其他双倍型个体,尤其是H2H2个体在断奶仔猪数和初生窝重方面表现出明显优势。【结论】在柯乐猪BMP7基因上发现的5个SNPs位点均与其繁殖性能存在较强的关联性,BMP7基因可作为柯乐猪繁殖性状的候选基因,而双倍型H2H2可作为繁殖性状分子标记辅助选择的参考。

关键词：柯乐猪 BMP7基因 SNP位点繁殖性能关联分析

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我国2021-2023年鸡传染性支气管炎病毒流行趋势研究

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病毒学报 2024年第5期40卷 1099-1104页

作者：张明伟赵君孙璐黄英张国中赵烨中国农业大学动物医学院北京100193 四川省蓬溪县宝梵镇畜牧兽医站蓬溪629100

传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)是造成临床鸡群出现呼吸系统和泌尿生殖系统疾病的重要病原,病毒本身易发生突变和重组,造成新型变异毒株的不断出现,且与常规疫苗毒株之间的抗原性存在很大差异,给临床免疫防控造... 详细信息

传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)是造成临床鸡群出现呼吸系统和泌尿生殖系统疾病的重要病原,病毒本身易发生突变和重组,造成新型变异毒株的不断出现,且与常规疫苗毒株之间的抗原性存在很大差异,给临床免疫防控造成了巨大困难。因此对当前我国流行的IBV毒株进行持续性的分子流行病学监测,对于有针对性的研发新型IBV疫苗具有重要的指导意义和参考价值。本研究对2021-2023年我国临床分离到的32株IBV毒株进行了S1蛋白编码基因的序列测定和分析,并对其共同变异位点进行了蛋白功能性预测。研究结果发现,在32株IBV毒株中有22株位于GI-19分支,且进一步独立形成两个小的分支,分支内毒株的同源性均大于98.08%,分支之间的同源性在96.35%~98.02%,而与本实验室分离到的早期经典GI-19分支毒株-强毒株SD同源性低于95.33%,与自然致弱疫苗株SZ之间的同源性在95.99%~98.04%。2株毒株位于GI-22分支,与LDT3毒株的遗传距离较近。另外有3株分离株为GI-1和GI-13类疫苗毒株。需要注意的是,GVI-1基因型分离株逐渐增多(4/32),与常规疫苗株同源性约为68%;另有1株分离株与其余基因型毒株同源性均<78%,需要对其致病性和免疫原性进一步分析。综上所述,我国当前IBV流行毒株仍然以GI-19分支为主,但与此同时新分离株与经典毒株之间出现了较大变化,呈现出独立小分支的演变趋势,需要引起关注和重视。

关键词：传染性支气管炎病毒分离株流行趋势

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中国小麦抗条锈病基因育种利用现状与策略

中国农业科学 2024年第1期57卷 34-51页

作者：刘志勇张怀志白斌李俊黄林徐智斌陈永兴刘旭曹廷杰李淼淼陆平吴秋红董玲丽韩玉林殷贵鸿胡卫国王西成赵虹闫素红杨兆生畅志坚王涛杨武云刘登才李洪杰杜久元中国科学院遗传与发育生物学研究所/植物细胞与染色体工程国家重点实验室/种子创新研究院中国科学院大学现代农业科学学院海南崖州湾种子实验室甘肃省农业科学院小麦研究所四川省农业科学院作物研究所四川农业大学小麦研究所中国科学院成都生物研究所中国农业科学院棉花研究所河南省农业科学院小麦研究所周口市农业科学院河南农业大学农学院山西农业大学农学院/作物科学研究所中国农业科学院作物科学研究所

小麦条锈病是中国重要的流行性真菌病害，严重威胁国家粮食安全。通过持续应用抗病品种和植保措施，小麦条锈病在中国得到了较好的控制。然而，随着全球气候变化、栽培制度的变革、育种方法技术的改进、产量水平的提高及条锈菌群体结构... 详细信息

小麦条锈病是中国重要的流行性真菌病害，严重威胁国家粮食安全。通过持续应用抗病品种和植保措施，小麦条锈病在中国得到了较好的控制。然而，随着全球气候变化、栽培制度的变革、育种方法技术的改进、产量水平的提高及条锈菌群体结构和毒性频率的不断变异，有必要对新时期小麦抗条锈病基因育种利用现状进行科学评估，以期为广谱持久多抗小麦品种的培育提供依据。本文通过对近年来中国西南、西北和黄淮主产区小麦品种（系）的条锈病抗性进行系统的抗病鉴定、遗传分析和抗条锈病基因分子标记的定位和检测，总结了中国小麦育种中主要抗条锈病基因的利用情况，对中国小麦抗条锈病基因发掘与种质创新、小麦育种中利用的主要抗条锈病基因、新时期抗条锈病基因利用的策略、小麦育种中抗条锈病基因选择和鉴定等进行了论述，并对新时期小麦抗条锈病育种发展方向进行了展望。

关键词：小麦条锈菌兴衰循环持久抗性基因聚合种质创新

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槟榔提取物及其生物碱脲酶抑制活性评价

饲料研究 2024年

作者：颜倩刘荣荣束道燕曾敏曾建国湖南九安禾生物科技有限公司湖南农业大学动物医学院中兽药湖南省重点实验室

本研究选用乙酰氧肟酸(AHA)作为对照，旨在评价槟榔提取物(ANE)及其四种主要生物碱(槟榔碱、槟榔次碱、去甲槟榔碱和去甲槟榔次碱)对洋刀豆脲酶(JBU)的抑制效果，并深入探究其抑制作用位点。结果显示：(1)半数抑制浓度测定结果显示，去... 详细信息

本研究选用乙酰氧肟酸(AHA)作为对照，旨在评价槟榔提取物(ANE)及其四种主要生物碱(槟榔碱、槟榔次碱、去甲槟榔碱和去甲槟榔次碱)对洋刀豆脲酶(JBU)的抑制效果，并深入探究其抑制作用位点。结果显示：(1)半数抑制浓度测定结果显示，去甲槟榔碱(Guv)表现出最为显著的JBU抑制效果，其IC50值为31.06 μg/mL。(2)酶动力学评价结果显示，ANE和Guv均为JBU的混合型抑制剂。(3)硫醇试剂存在时，ANE和Guv对JBU的抑制效果显著降低(P＜0.05)，Ni2+竞争性抑制剂存在时，Guv对JBU的抑制效果显著升高(P＜0.05)。(4)分子对接结果显示，Guv与氨基酸残基Asp494、Ala440、His519、His593、Arg609、Gly550、His492、Ala636、Asp633和His409形成相互作用。综上所述，Guv能够有效减少JBU对尿素的分解，槟榔具备新型脲酶抑制剂功能产品开发的潜能。

关键词：槟榔洋刀豆脲酶生物碱脲酶抑制剂分子对接

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泰山黑猪基因组选择信号分析

中国畜牧杂志 2024年

作者：郭宝港王明凯张文娟申小冉于世浩曾勇庆陈伟山东农业大学动物科技学院山东省家畜种质创新与利用重点实验室泰安巴夫巴夫农业科技有限公司宁阳县农业高新技术产业发展服务中心

本文旨在检测泰山黑猪基因组选择信号，挖掘泰山黑猪的优良种质特性基因，为泰山黑猪的选育提供理论依据。以泰山黑猪为研究对象，利用中芯一号SNP芯片对泰山黑猪进行基因分型，结合莱芜猪、里岔黑猪的芯片数据，利用群体遗传分化指数（... 详细信息

本文旨在检测泰山黑猪基因组选择信号，挖掘泰山黑猪的优良种质特性基因，为泰山黑猪的选育提供理论依据。以泰山黑猪为研究对象，利用中芯一号SNP芯片对泰山黑猪进行基因分型，结合莱芜猪、里岔黑猪的芯片数据，利用群体遗传分化指数（Fst）和核苷酸多态性比值（θπ）进行基因组选择信号分析，设置滑动窗口50 kb、步长20 kb，取Fst和θπ前5%窗口的交集为基因组受选择区域，并对候选基因进行GO和KEGG富集分析。分别以莱芜猪和里岔黑猪作为参考群体，对泰山黑猪进行选择信号分析，分别检测出685个和340个受选择区域，分别注释到417和215个基因；并筛选到与泰山黑猪繁殖性能（CCDC87、HIPK4、THRB、CAPN11、EPHB2、SRD5A1、TLE6）、生长发育（AKIRIN2、HSD17B4、MIR27B、TGIF1、RPS20、PLAG1）、脂肪沉积（NDUFS4、COL21A1、DNAJC1、DNMT3A、FN1、GNPDA2）、猪肉品质（ITGA11、PNKD）等重要经济性状相关的候选基因。在富集分析中发现，显著通路多与代谢、MAPK通路、脂肪沉积等有关；通路中HSD17B4、SCD基因均与脂质代谢相关。综上所述，利用基因组信号扫描分析不仅可以挖掘出泰山黑猪重要经济性状相关的候选基因，而且为泰山黑猪的分子选育提供了科学依据。

关键词：泰山黑猪选择信号分析功能富集候选基因

放牧补饲对草地藏系绵羊的生长性能、瘤胃发酵参数及血清生化、免疫和抗氧化指标的影响

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畜牧与兽医 2024年第6期56卷 42-48页

作者：付建陈志远陈勇吴毅鹏董彦强罗巧慧易宗容邓培华王娟张永安杨发龙阿坝职业学院四川茂县623200 阿坝州畜牧科学技术研究所四川汶川623099 若尔盖县科学技术和农业畜牧局四川若尔盖624599 宜宾职业技术学院四川宜宾644003 西南民族大学青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部重点实验室四川成都610041

为研究放牧补饲对草地藏系绵羊生长性能、瘤胃发酵参数及血清生化、免疫和抗氧化指标的影响,试验选取7月龄体重(23.74±2.16)kg、体尺相近、健康的藏系绵羊60只,随机分为2组,每组3个重复,每个重复10只。其中自然放牧组全天草场放牧,不补... 详细信息

为研究放牧补饲对草地藏系绵羊生长性能、瘤胃发酵参数及血清生化、免疫和抗氧化指标的影响,试验选取7月龄体重(23.74±2.16)kg、体尺相近、健康的藏系绵羊60只,随机分为2组,每组3个重复,每个重复10只。其中自然放牧组全天草场放牧,不补饲;放牧+补饲组全天草场放牧,归牧后补饲精料补充料,试验期间2组实行同等条件下放牧管理,9:00出牧,17:30归牧,试验期为70 d(预试期10 d,正试期60 d)。结果表明:放牧+补饲组的体高极显著高于自然放牧组(P<0.01),放牧+补饲组的体重、平均日增重和体长显著高于自然放牧组(P<0.05)。放牧+补饲组的瘤胃pH值和乙酸/丙酸值极显著低于自然放牧组(P<0.01),放牧+补饲组的总挥发性脂肪酸、乙酸、丁酸、异丁酸和异戊酸极显著高于自然放牧组(P<0.01),放牧+补饲组的氨态氮、丙酸、戊酸显著高于自然放牧组(P<0.05)。放牧+补饲组血清中萄萄糖的含量极显著高于自然放牧组(P<0.01),放牧+补饲组血清中免疫球蛋白G的含量显著高于自然放牧组(P<0.05)。放牧+补饲组血清中谷胱甘肽过氧化物酶和超氧化物歧化酶的含量极显著高于自然放牧组(P<0.01),放牧+补饲组血清中总抗氧化能力的含量显著高于自然放牧组(P<0.05)。而自然放牧组血清中丙二醛的含量显著高于放牧+补饲组(P<0.05)。综上,补饲精料补充料可提高放牧条件下草地藏系绵羊的生长性能、瘤胃发酵水平、血清抗氧化能力和免疫功能,能改善血清生化指标。

关键词：放牧补饲藏系绵羊生长性能血清生化免疫抗氧化

南方红豆杉转录组SSR位点分析及其分子标记开发

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中草药 2024年第3期55卷 928-936页

作者：蒋路园吴文丽张恺恺张林凤邵芬娟陈段芬邱德有杨艳芳中国林业科学研究院林业研究所林木遗传育种全国重点实验室国家林业局林木培育重点实验室北京100091 河北农业大学园艺学院河北保定071001

目的基于赤霉素(gibberellin A3,GA3)处理下的南方红豆杉Taxus chinensis ***转录组数据鉴定和分析SSR位点,开发可用于南方红豆杉种质资源鉴定和遗传多样性分析的SSR标记。方法使用MISA软件对南方红豆杉转录组数据进行SSR分析,搜索SSR... 详细信息

目的基于赤霉素(gibberellin A3,GA3)处理下的南方红豆杉Taxus chinensis ***转录组数据鉴定和分析SSR位点,开发可用于南方红豆杉种质资源鉴定和遗传多样性分析的SSR标记。方法使用MISA软件对南方红豆杉转录组数据进行SSR分析,搜索SSR位点。可搜索单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸,最小重复数分别设置为10、6、5、5、5、5次。采用Primer 3(2.3.5版,默认参数)进行SSR引物设计。通过毛细管荧光电泳检测,最终选定多态性好,扩增成功率高的SSR引物用于后续数据分析;通过MEGA进行UPGMA聚类分析,构建聚类树。结果转录组测序共获得202361条Unigene,采用MISA软件搜索出12008个SSR位点,分布在10894条Unigenes上,发生频率为5.38%,平均距离为1/7.64 kb。单核苷酸重复类型最丰富,占总SSR位点的51.74%,其次为三核苷酸(20.92%)和二核苷酸重复类型(20.88%)。A/T、AG/CT是优势重复基序,分别占总SSR重复类型的49.60%和10.93%。随机抽选96对SSR引物,以4个地区12份南方红豆杉种质进行引物有效性和多态性验证,筛选出13对具多态性的SSR引物,多态性引物比率为13.54%。13对引物在东北红豆杉Taxus cuspidata扩增效率高达100%,但在曼地亚红豆杉Taxus×media扩增效率仅为23.08%。聚类分析表明太行山地区南方红豆杉聚为一类,浙江、福建和湖南等南方来源的南方红豆杉聚为一类,后三者彼此之间遗传距离更近。结论南方红豆杉转录组测序产生的Unigene信息可以用来开发SSR分子标记,开发的13个标记将有助于南方红豆杉物种遗传多样性、分子育种、资源保护等方面的研究。

关键词：南方红豆杉转录组 SSR 东北红豆杉曼地亚红豆杉

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哺乳动物初级性别决定机制研究进展

中国畜牧兽医 2024年第2期51卷 614-623页

作者：江博文刘国世张鲁中国农业大学动物科学技术学院北京100193 中国农业大学分子设计育种前沿科学中心北京100193

哺乳动物的性别决定是发生在胚胎发育早期的一个重要事件,是动物繁殖潜力形成的关键环节。近年来,随着高通量测序技术的发展,单细胞水平转录组、蛋白组和空间转录组等检测方法快速更新迭代,细胞谱系追踪和基因精准操控等技术取得突破,... 详细信息

哺乳动物的性别决定是发生在胚胎发育早期的一个重要事件,是动物繁殖潜力形成的关键环节。近年来,随着高通量测序技术的发展,单细胞水平转录组、蛋白组和空间转录组等检测方法快速更新迭代,细胞谱系追踪和基因精准操控等技术取得突破,对哺乳动物性别决定和性腺发育的机制研究取得了显著进展。伴随畜禽养殖对特定性别动物需求的持续增加,基于性别决定机制开发新型性别控制技术的研究也取得了一系列的突破。随着动物福利要求升高,出生后的性别控制技术应用受限增加,性别决定阶段进行性别控制的技术在畜禽生产领域展现了巨大的应用潜力。作者通过分析性别决定相关的经典实验,结合遗传缺陷病例,总结了哺乳动物性别决定的调控网络,并通过对性别决定相关基因表达操纵试验中出现的性别逆转现象和性别特异性分化过程的研究,串联起整个哺乳动物初级性别决定的调控网络;追踪了基于性别决定机制、利用基因编辑技术而开发的性别控制技术的进展和发展趋势,力求通过总结近年来对哺乳动物性别决定机制的研究进展,为创新家畜性别控制技术提供理论参考。

关键词：哺乳动物性别决定分子调控网络性别控制

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