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SDAEC算法在单细胞测序数据批次校正中的应用

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中国卫生统计 2024年第4期41卷 501-506页

作者：王文杰李康谢宏宇哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081 浙江大学医学院附属妇产科医院临床研究中心

目的提出深度堆叠降噪自编码嵌套聚类(stacked denoising auto encoder embedded cluster, SDAEC)算法并用于单细胞mRNA测序(single cell mRNA sequence, scRNA-seq)数据的批次效应移除,对其移除批次效应性能进行评估。方法基于单细... 详细信息

目的提出深度堆叠降噪自编码嵌套聚类(stacked denoising auto encoder embedded cluster, SDAEC)算法并用于单细胞mRNA测序(single cell mRNA sequence, scRNA-seq)数据的批次效应移除,对其移除批次效应性能进行评估。方法基于单细胞数据具有高维度、高稀疏性及高度非线性误差特点,通过将单细胞Louvain聚类算法嵌入堆叠降噪自动编码器(stacked denoising auto encoder, SDAE)算法中,形成SDAEC算法,用于单细胞测序数据的批次效应移除。结合实际卵巢癌组织scRNA-seq数据,利用分布邻域嵌入(t-distributed stochastic neighbor embedding, tSNE)、 k最近邻批次效应检测(k-nearest-neighbor batch-effect test, kBET)、调整兰德系数(adjusted rand index, ARI)、标准化互信息(normalized mutual information, NMI)、平均轮廓宽度(average silhouette width, ASW)评价其移除批次效应性能。结果利用SDAEC方法对scRNA-seq数据批次效应移除性能高于Combat、相互最近邻(mutual nearest neighbors, MNN)、分布匹配残差网络(maximum mean discrepancy distribution-matching residual networks, MMD-ResNet)和基于零膨胀负二项的方差提取法(zero-inflated negative binomial-based wanted variation extraction, ZINB-WaVE)。结论 SDAEC算法能够移除scRNA-seq数据的批次效应,提高scRNA-seq数据下游分析的有效性,具有实际应用价值。

关键词：深度堆叠降噪自编码嵌套聚类单细胞测序批次效应卵巢癌

基于COSMIN指南对癌症患者心理弹性评估工具的系统评价

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中国全科医学 2024年第29期27卷 3664-3671页

作者：张雅思张静徐晨孙玉静白银洁哈尔滨医科大学附属第四医院哈尔滨医科大学护理学院

背景心理弹性的评估能协助了解患者面临逆境、创伤等生活重大压力及疾病治疗等问题时，运用内外资源调试适应的过程。国内外目前可用来评估癌症心理弹性的量表多为自我报告形式且类别繁多，但暂无测量癌症心理弹性的金标准，且缺乏量... 详细信息

背景心理弹性的评估能协助了解患者面临逆境、创伤等生活重大压力及疾病治疗等问题时，运用内外资源调试适应的过程。国内外目前可用来评估癌症心理弹性的量表多为自我报告形式且类别繁多，但暂无测量癌症心理弹性的金标准，且缺乏量表测量属性的整合及标准化评价，评估工具的选择缺乏循证依据。目的系统评价癌症患者心理弹性评估工具的测量学属性及研究的方法学质量，为医护人员选择高质量的评估工具提供参考。方法系统检索PubMed、Embase、Web of Science、Cochrane Library、CINAHL、中国知网、维普网、中国生物医学文献数据库、万方数据知识服务平台中与癌症心理弹性量表测量学属性评价有关的中英文文献，检索时限从建库至2023-02-14。2名研究者分别独立筛选文献、提取资料。依据健康测量工具选择的共识标准（COSMIN）系统评价指南，采用偏倚风险清单及质量标准评定量表评价测量学特性并形成最终的推荐意见。结果共纳入13项研究，包含9个癌症心理弹性工具，分别为10项Connor-Davidson心理弹性量表（CD-RISC-10）、癌症心理弹性量表（RS-SC）、10项简短癌症心理弹性量表（RS-SC-10）、14项心理弹性量表（RS-14）、简明弹性应对量表（BRCS）、SV-RES心理弹性量表（SV-RES）、修订自我复原力量表（ER89-R12）、疼痛心理韧性量表（PRS）、转变和坚持问卷（SPQ），研究均未报告评估工具的反应度及测量误差。由于内容效度皆为不确定，证据质量等级为高等或以下，8个量表均为B级推荐；因跨文化效度为不充分且证据质量为高等，RS-SC-10为C级推荐。结论本研究纳入的心理弹性评估工具的测量学特性均不完善，与其他8个量表相比，RS-SC的测量学属性评价较为全面，信效度较好，可暂时被推荐使用，但有待进一步深入验证。

关键词：癌症心理弹性测量学属性评估工具系统评价 COSMIN指南

来源：博看期刊

外周血白细胞SLC45A4和AHSP基因甲基化与乳腺癌关系的病例对照研究

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中华疾病控制杂志 2024年第1期28卷 56-63页

作者：付庆臻李大鹏符金铭刘宇鹏孙鸿儒张磊张显玉庞达赵亚双哈尔滨医科大学公共卫生学院流行病学教研室哈尔滨150081 哈尔滨医科大学附属肿瘤医院乳腺外科哈尔滨150081

目的探究外周血白细胞溶质载体家族45成员4(solute carrier family 45 member 4,SLC45A4)和α血红蛋白稳定蛋白(αhemoglobin stabilizing protein,AHSP)基因甲基化与乳腺癌发病的关系。方法通过差异甲基化分析等方法在GSE51032、GSE104942和GSE89093数据集中筛选与乳腺癌发病潜在相关的基因。采用病例对照研究,纳入545例乳腺癌患者和524例非乳腺癌对照作为研究对象。使用MethylTarget靶向测序检测目标基因甲基化并分析其与乳腺癌的关系。结果本研究共筛选出4个基因,控制混杂因素后,SLC45A4和AHSP高甲基化与乳腺癌关系的ORadj分别为0.218(95%CI:0.158~0.299)和0.535(95%CI:0.384~0.741)。在不同亚组中SLC45A4高甲基化与乳腺癌的关联仍有统计学意义,ORadj最高为0.427(95%CI:0.270~0.679),最低为0.153(95%CI:0.085~0.274),而AHSP高甲基化仅在管腔A型(Luminal A)、管腔B型(Luminal B)、雌激素受体阳性(estrogen receptor+,ER+)和≤60岁年龄组中与乳腺癌的关联有统计学意义。异质核糖核酸蛋白C(heterogeneous nuclear ribonucleoproteins C,HNRNPC)甲基化与乳腺癌的关系与公共数据结果相反,ORadj为0.747(95%CI:0.569~0.980),锌指蛋白425(zinc finger protein 425,ZNF425)甲基化与乳腺癌的关联无统计学意义(P=0.158)。结论外周血白细胞SLC45A4和AHSP基因高甲基化可能是乳腺癌发病的保护因素。

关键词：乳腺癌甲基化溶质载体家族45成员4 α血红蛋白稳定蛋白

多序列MRI影像组学联合KRAS突变列线图模型预测直肠癌患者新辅助放化疗敏感性的价值

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中华放射学杂志 2024年第10期58卷 1069-1074页

作者：胡鸿博张莹赵升姜昊蔺雪姜慧杰哈尔滨医科大学附属第二医院影像科哈尔滨哈尔滨医科大学药学院药理教研室哈尔滨

目的构建多序列MRI影像组学联合KRAS突变列线图模型预测直肠癌患者新辅助放化疗后病理完全缓解(pCR)的效能。方法该研究为病例对照研究, 回顾性收集2020年6月至2023年12月哈尔滨医科大学附属第二医院经新辅助放化疗治疗的126例直肠癌患... 详细信息

目的构建多序列MRI影像组学联合KRAS突变列线图模型预测直肠癌患者新辅助放化疗后病理完全缓解(pCR)的效能。方法该研究为病例对照研究, 回顾性收集2020年6月至2023年12月哈尔滨医科大学附属第二医院经新辅助放化疗治疗的126例直肠癌患者, 对术后标本的病理反应进行分级, pCR 64例、非pCR 62例。对新辅助放化疗前病理组织进行KRAS基因检测, 患者中KRAS突变型34例, KRAS野生型92例。采用随机数法将126例患者按8∶2的比例分为训练集和验证集, 例数分别为101、25例。采用χ2检验比较pCR组与非pCR组间KRAS突变状态的差异。对患者基线T2WI、扩散加权成像、表观扩散系数图像提取影像组学特征, 筛选出最优影像组学特征建立影像组学模型, 采用logistic回归构建影像组学-KRAS联合模型, 并绘制列线图。通过受试者操作特征曲线、校准曲线评价模型的应用效能。结果在训练集中pCR组与非pCR组间KRAS突变差异有统计学意义(χ2=4.69, P=0.032)。在MRI图像中筛选出10个影像组学特征建立影像组学模型。在训练集和验证集中, KRAS突变、影像组学模型和影像组学-KRAS列线图模型评估新辅助放化疗后pCR的曲线下面积(AUC)分别是0.665(95%CI 0.592～0.757)、0.746(95%CI 0.651～0.895)和0.818(95%CI 0.742～0.934), 验证集的AUC分别是0.613(95%CI 0.582～0.755)、0.738(95%CI 0.627～0.839)和0.833(95%CI 0.768～0.961)。DeLong检验结果显示影像组学-KRAS列线图模型的AUC高于KRAS突变、影像组学模型的AUC, 差异有统计学意义(训练集:Z=0.58、0.63, P=0.024、0.022;验证集:Z=0.54、0.61, P=0.018、0.035)。校准曲线显示影像组学-KRAS列线图模型的预测概率与实际概率一致性良好。结论多序列MRI影像组学联合KRAS突变的列线图模型预测直肠癌患者新辅助放化疗后pCR的效能最佳, 且实际应用价值良好。

关键词：直肠肿瘤磁共振成像影像组学 KRAS基因

电针对慢性疲劳综合征大鼠行为学及海马炎性因子的影响

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针刺研究 2024年第3期49卷 274-282页

作者：屈媛媛冯楚文孙忠人孙维伯鲁菁邵玉莹郭述豪李彬彬陈涛杨添淞黑龙江中医药大学第二临床医学院哈尔滨150040 黑龙江中医药大学第一临床医学院哈尔滨150040 广州医科大学附属中医医院广州510130 哈尔滨医科大学第一临床医学院哈尔滨150076

目的:观察电针对慢性疲劳综合征(CFS)大鼠行为学及海马炎性因子变化的影响,探讨电针治疗CFS的作用机制。方法:SD大鼠随机分为对照组、模型组和电针组,每组9只。采用改良慢性多因素复合应激刺激法复制CFS模型。电针组大鼠电针“神庭”透... 详细信息

目的:观察电针对慢性疲劳综合征(CFS)大鼠行为学及海马炎性因子变化的影响,探讨电针治疗CFS的作用机制。方法:SD大鼠随机分为对照组、模型组和电针组,每组9只。采用改良慢性多因素复合应激刺激法复制CFS模型。电针组大鼠电针“神庭”透刺“百会”和“大椎”,15 min/次,每日2次,治疗14 d。用实验大鼠一般情况半定量评分评估大鼠一般状态,Morris水迷宫实验评价大鼠学习记忆能力,旷场实验评价大鼠焦虑抑郁状态,力竭跑台时间评估大鼠疲劳情况,HE染色法观察大鼠海马CA1区神经元形态结构,ELISA法检测大鼠海马和血清中白细胞介素(IL)-10、IL-17、转化生长因子(TGF)-β1含量,免疫荧光染色法检测海马CA1区IL-10、IL-17、TGF-β1表达。结果:与对照组比较,模型组大鼠一般情况半定量评分升高(P<0.05),逃避潜伏期延长(P<0.05),穿越原平台次数减少(P<0.05),穿格次数及进入中央区次数增加(P<0.05),力竭跑台时间缩短(P<0.05);模型组海马区神经元数量减少,排列紊乱,结构疏松,少量神经元细胞核缺失;模型组海马和血清中的IL-10含量降低(P<0.05),IL-17、TGF-β1含量升高(P<0.05);模型组海马中的IL-10免疫荧光强度降低(P<0.05),IL-17、TGF-β1免疫荧光强度升高(P<0.05)。与模型组比较,电针组大鼠一般情况半定量评分降低(P<0.05),逃避潜伏期缩短(P<0.05),穿越原平台次数增多(P<0.05),穿格次数及进入中央区次数减少(P<0.05),力竭跑台时间延长(P<0.05);电针组海马神经元数量增加,排列整齐,结构较紧密,坏死神经元减少;电针组海马和血清中的IL-10含量升高(P<0.05),IL-17、TGF-β1含量降低(P<0.05);电针组海马IL-10免疫荧光强度升高(P<0.05),IL-17、TGF-β1免疫荧光强度降低(P<0.05)。结论:电针可缓解CFS大鼠疲劳程度,提高空间学习、记忆能力,可能与调节外周及中枢炎性因子有关。

关键词：慢性疲劳综合征电针炎性因子

基于STARD2015对2017—2022年国内诊断准确性研究的质量评价

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中华检验医学杂志 2024年第3期47卷 308-313页

作者：张静杨文旭逯优美吉旭瑶刘禹哈尔滨医科大学附属第四医院检验科哈尔滨150001

目的基于诊断准确性研究报告规范2015(STARD2015)评价国内诊断准确性研究质量。方法检索中国知网、万方数据知识服务平台的中文核心期刊,收集2017—2022年发表的诊断准确性研究文献,主要检索词为诊断试验、敏感度、特异度、受试者工作特... 详细信息

目的基于诊断准确性研究报告规范2015(STARD2015)评价国内诊断准确性研究质量。方法检索中国知网、万方数据知识服务平台的中文核心期刊,收集2017—2022年发表的诊断准确性研究文献,主要检索词为诊断试验、敏感度、特异度、受试者工作特征(ROC)曲线等。根据纳排标准筛选文献,2位评价者独立评价纳入文献的质量,计算各篇文献STARD2015报告符合率及STARD2015各条目符合率,根据文献STARD2015报告符合率将文献报告质量分为低中高3个水平,统计各水平文献比例及各年份处于中、高水平文献比例。根据所报告条目的内容是否完善将其分为规范和未规范报告,统计未规范报告条目文献比例。采用组内相关系数(ICC)分析2名评价者评估文献一致性;趋势卡方检验分析各年份中、高水平文献比例变化趋势;各年份文献STARD2015报告符合率多组间比较采用单因素方差分析。结果共纳入2017—2022年诊断准确性研究文献6771篇,STARD2015报告符合率为39.56%±4.90%,最低为17.65%,最高为64.71%(报告项目数范围6~22项),93.53%(6333/6771)文献处于中水平。不同年份文献的STARD2015报告符合率差异有统计学意义(F=25.023,P<0.01),2021年文献报告符合率高于其他年份(P均<0.01);各年份报告处于STARD2015中、高水平文献比例呈上升趋势(χ^(2)=14.099,P<0.01)。STARD2015中各条目报告情况差异较大,条目符合率0~100%。在报告条目的文献中,10.34%(569/5503)的文献对条目6、4.15%(277/6677)的文献对条目8、21.84%(1447/6626)的文献对条目20、66.67%(24/36)的文献对条目22、26.03%(877/3369)的文献对条目26未规范报告。结论国内2017—2022年发表的诊断准确性研究文献对STARD2015的总体报告质量呈中等水平,各条目符合率差异较大,国内研究人员对STARD2015认识不足,需加强STARD2015推广。

关键词：文献工作敏感度特异度诊断试验

GLI1介导的巨噬细胞极化调控缺氧性肺动脉高压的作用及机制

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中国免疫学杂志 2024年第5期40卷 1016-1022页

作者：朱祥瑞梅健王朝思欧琅琳张立新王晓颖和思燏白君娥管晓宇袁昊马翠哈尔滨医科大学大庆校区医学检验与技术学院免疫教研室大庆163319 哈尔滨医科大学药学院哈尔滨150081

目的:探讨神经胶质瘤相关癌基因家族锌指1(GLI1)对缺氧诱导大鼠肺泡巨噬细胞(NR8383)发生M1表型转化的作用机制及对肺动脉高压(PH)进展的影响。方法:将15只成年雄性Wistar大鼠随机分为对照组、缺氧PH模型组和缺氧PH加GANT61给药处理组,... 详细信息

目的:探讨神经胶质瘤相关癌基因家族锌指1(GLI1)对缺氧诱导大鼠肺泡巨噬细胞(NR8383)发生M1表型转化的作用机制及对肺动脉高压(PH)进展的影响。方法:将15只成年雄性Wistar大鼠随机分为对照组、缺氧PH模型组和缺氧PH加GANT61给药处理组,每组5只。小动物超声、右心导管实验检测大鼠PH相关指标,确定GLI1特异性抑制剂GANT61对PH进程的影响。HE染色检测肺动脉壁厚度。免疫组化检测α-SMA及M1型极化标志物TNF-α和IL-1β蛋白表达。免疫荧光检测M1型极化标志物CD86及TNF-α表达。Western blot检测GLI1及NF-κB蛋白表达。qRT-PCR检测M1型极化标志物iNOS、CD86、TNF-α、IL-1β及IL-12 mRNA表达。CHIP-PCR验证GLI1调控NF-κB启动子活性。ELISA检测IL-12含量。CCK-8检测大鼠肺动脉平滑肌细胞增殖。结果:GLI1抑制剂GANT61可缓解缺氧大鼠PH(P<0.05)。与缺氧组相比,抑制GLI1可降低大鼠肺组织TNF-α和IL-1β表达(P<0.05)。细胞实验中,缺氧通过上调GLI1激活NF-κB通路诱导NR8383 M1型极化,GLI1过表达促进M1型巨噬细胞相关标志物iNOS、CD86、TNF-α、IL-1β及IL-12表达(P<0.05)。NR8383培养上清可刺激肺动脉平滑肌细胞增殖(P<0.05),参与PH。结论:缺氧通过上调GLI1激活NF-κB通路诱导巨噬细胞发生M1型极化参与PH发生。

关键词：神经胶质瘤相关癌基因家族锌指1 缺氧巨噬细胞 M1型极化肺动脉高压

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基于获益-风险感知的精神分裂症患者用药体验影响因素的混合研究

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中华护理杂志 2024年第14期59卷 1739-1745页

作者：孙玉静宇虹张静周郁秋王正君姜文龙哈尔滨医科大学护理学院哈尔滨市150081 哈尔滨医科大学附属第四医院大庆市第三医院

目的探讨基于获益-风险感知的精神分裂症患者用药体验的影响因素。方法采用便利抽样法,选取2023年9月—12月黑龙江省某2所三级甲等精神专科医院住院的400例稳定期精神分裂症患者作为研究对象。采用聚敛式混合研究设计,定量研究采用一般... 详细信息

目的探讨基于获益-风险感知的精神分裂症患者用药体验的影响因素。方法采用便利抽样法,选取2023年9月—12月黑龙江省某2所三级甲等精神专科医院住院的400例稳定期精神分裂症患者作为研究对象。采用聚敛式混合研究设计,定量研究采用一般情况调查表、抗精神病药治疗中主观舒适度量表、药物生活问卷、服药信念量表、阳性和阴性症状量表进行调查,采用二元Logistic回归分析探究精神分裂症患者用药体验的影响因素。选择定量研究中存在不良用药体验的15例患者进行定性研究,并按照主题框架分析法对访谈资料进行整理与分析。结果定量研究结果:精神分裂症患者的用药负担、用药信念、精神症状是用药体验的影响因素(P<0.05)。定性研究结果:精神分裂症患者用药体验包括4个主题,即药物治疗必要性感知、药物治疗获益感知、药物治疗风险感知和改善用药体验需多方合作。混合研究结果:精神分裂症患者用药体验影响因素在感知获益方面表现为互补性,在感知风险方面表现为一致性,在感知价值方面表现为扩展性。结论精神科护士可通过降低患者用药感知风险,增强用药感知获益,进而改善患者不良用药体验,促进精神康复。

关键词：精神分裂症用药体验用药负担用药信念混合方法护理

轻度认知障碍相关脑区影像学异常改变的研究进展

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中华神经医学杂志 2024年第6期23卷 644-648页

作者：吕书愿张喜同郭朝晖曹绍东李永男哈尔滨医科大学附属第四医院神经内科哈尔滨150001 哈尔滨医科大学附属第四医院影像科哈尔滨150001

轻度认知障碍(MCI)是健康老龄化与痴呆之间的过渡阶段,并且存在进展为阿尔茨海默病(AD)的高风险性,因此MCI阶段成为AD早期识别、诊断和防治最为重要的节点。目前MCI的临床诊断尚缺乏一种具有非侵入性、及时性和经济优势的神经影像标志... 详细信息

轻度认知障碍(MCI)是健康老龄化与痴呆之间的过渡阶段,并且存在进展为阿尔茨海默病(AD)的高风险性,因此MCI阶段成为AD早期识别、诊断和防治最为重要的节点。目前MCI的临床诊断尚缺乏一种具有非侵入性、及时性和经济优势的神经影像标志物。近期研究发现,MCI阶段时海马、杏仁核、扣带回、丘脑、壳核、尾状核和胼胝体等脑区可能发生微观结构和(或)功能的改变,而这些异常改变的影像学表现或可成为MCI早期诊断的神经影像标志物。本文现围绕上述MCI相关脑区在影像学检测中的异常改变的研究进展进行综述。

关键词：轻度认知障碍脑区神经影像标志物