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大孔吸附树脂分离纯化红松松塔水提物

哈尔滨医科大学学报 2009年第1期43卷 73-75页

作者：屈东香陈秀杰朱文良刘永胜刘磊哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院药代动力学教研室黑龙江哈尔滨150081

目的研究大孔吸附树脂分离纯化松塔水提物的工艺。方法使用大孔吸附树脂,采用动态吸附-解吸模式进行纯化,通过动态吸附曲线观察吸附量及洗脱能力;利用HPLC法检测纯化后松塔水提物的含量。结果最佳条件为大孔吸附树脂柱柱床体积(BV)的一... 详细信息

目的研究大孔吸附树脂分离纯化松塔水提物的工艺。方法使用大孔吸附树脂,采用动态吸附-解吸模式进行纯化,通过动态吸附曲线观察吸附量及洗脱能力;利用HPLC法检测纯化后松塔水提物的含量。结果最佳条件为大孔吸附树脂柱柱床体积(BV)的一半;蒸馏水洗脱的体积为5 BV;所用洗脱剂为体积分数40%的乙醇,用量为8 BV。结论弱极性树脂AB-8适合用于松塔水提物的纯化。

关键词：红松松塔水提物大孔吸附树脂

基于功能模块组织癌细胞系基因表达谱的关联规则

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第三军医大学学报 2006年第13期28卷 1370-1373页

作者：王晨光郭政李霞王健哈尔滨医科大学医用物理学教研室哈尔滨150086 哈尔滨医科大学生物信息系哈尔滨150086

目的提出一种在功能模块化水平上组织大量基因表达谱关联规则的新方法。方法以高频出现在关联规则后件中的基因为基础分类关联规则,再选择显著聚集前件基因的GO基因功能类作为功能模块关联规则的前件,获得功能模块表达关联规则。结果根... 详细信息

目的提出一种在功能模块化水平上组织大量基因表达谱关联规则的新方法。方法以高频出现在关联规则后件中的基因为基础分类关联规则,再选择显著聚集前件基因的GO基因功能类作为功能模块关联规则的前件,获得功能模块表达关联规则。结果根据NC I60数据,发现了一些与癌症相关的基因及相应的基因功能模块表达关联规则。结论利用功能模块表达关联规则可以有效地挖掘疾病基因表达谱。

关键词：基因芯片关联规则 gene ontology 癌症

应用新的基于知识编码方法及双层SVM识别人类PolⅡ启动子

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哈尔滨医科大学学报 2012年第1期46卷 23-26页

作者：智慧李通化哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院生物信息教研室黑龙江哈尔滨150081 同济大学化学系上海200092

目的优选对人类RNA聚合酶(Pol)Ⅱ启动子数据识别分类并提高识别准确率的方法。方法采用基于知识的统计编码方法、CpG编码、五联体(Pentamers)编码、模式字典(Pattern Dictionary)编码,最后建立共识模型,使用支持向量机(SVM)方法对启动... 详细信息

目的优选对人类RNA聚合酶(Pol)Ⅱ启动子数据识别分类并提高识别准确率的方法。方法采用基于知识的统计编码方法、CpG编码、五联体(Pentamers)编码、模式字典(Pattern Dictionary)编码,最后建立共识模型,使用支持向量机(SVM)方法对启动子数据进行分类。结果启动子数据编码后在SVM中识别,与其他利用SVM工具相比,得到了较高的识别准确率、特异性及灵敏度。将新编码方法应用到人类22号染色体启动子数据的识别中,其中模式字典编码识别准确率达到了90.98%。结论共识模型考虑了各子模型的独立性和模型之间的差异性,发挥了各模型之间的互补优势,从而提高了最终的识别准确率。

关键词：启动子识别支持向量机共识模型双层SVM 生物统计学

利用癌旁组织中基因表达的秩序关系识别肝癌的早期诊断特征

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生物物理学报 2013年第8期29卷 614-623页

作者：章琳郝春香陈蓓蓓廖之君郭政电子科技大学生命学院生物信息中心成都610054 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院哈尔滨150086 福建医科大学基础医学院生物信息学实验室福州350004

目前,对于肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)早期检测中放射成像技术无法确定的结节,通常需要通过活检取样来进行组织病理学鉴定。然而,一些早期肝癌组织中所呈现的病理改变微小难辨,活检取样时也经常会出现未取到癌组织而漏检的情况... 详细信息

目前,对于肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)早期检测中放射成像技术无法确定的结节,通常需要通过活检取样来进行组织病理学鉴定。然而,一些早期肝癌组织中所呈现的病理改变微小难辨,活检取样时也经常会出现未取到癌组织而漏检的情况。针对这些临床上肝癌早期诊断的困难,同时为了应对基因表达谱检测批次效应等对分类结果的影响,作者提出了利用癌旁组织中基因表达的秩序关系来鉴别早期肝癌及癌前病变的方法。首先找出在肝癌患者的肝硬化组织(cirrhosis tissue in patients with HCC,wHCC)和非肝癌患者的肝硬化组织(cirrhosis tissue in patients without HCC,woHCC)间基因表达值的相对秩序发生逆转的基因对,然后,借用大样本的肝癌组织表达谱数据筛选出HCC及wHCC中表达相对秩序一致的基因对,再基于这些基因对发展能将HCC、wHCC与woHCC进行鉴别的分类器。结果显示,该分类器对来自不同平台、不同实验室的验证集都有稳健的分类能力,可以用于早期肝癌的辅助鉴别诊断。

关键词：肝癌癌旁组织肝硬化诊断基因表达

利用基因芯片观察抑郁症大鼠模型基因表达的变化

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中国临床康复 2006年第22期10卷 73-76页

作者：王栋李强杨达郝晓峰李崇前吕莹丽钟国才王海敏郭政哈尔滨医科大学生物信息学系系统生物学教研室成都康弘集团研发部生物信息筛选中心同济大学生命科学与技术学院上海市200092

目的:采用高通量基因芯片观察大鼠抑郁症模型基因表达的变化,结合基因功能分类体系探讨抑郁症的发病机制。方法:实验于2004-04/2005-10在成都康弘集团实验动物中心和哈尔滨医科大学完成。采用Willner法对32只雄性SD大鼠构造大鼠抑郁症模... 详细信息

目的:采用高通量基因芯片观察大鼠抑郁症模型基因表达的变化,结合基因功能分类体系探讨抑郁症的发病机制。方法:实验于2004-04/2005-10在成都康弘集团实验动物中心和哈尔滨医科大学完成。采用Willner法对32只雄性SD大鼠构造大鼠抑郁症模型,应激刺激造模结束后将大鼠分为模型组和正常组,每组各8只。由基因芯片检测8只模型组和8只正常组大鼠的基因表达谱,识别差异表达基因并注释于GO基因功能分类体系,分析差异表达基因与疾病的相关性。结果:实验纳入大鼠数量为16只,实验中无意外死亡、丢失及补充,进入结果分析大鼠数量为16只。对模型组和正常组,通过t检验筛选得到207个差异表达基因,涉及神经肽激素活性、信号传导通路、核糖体生成以及蛋白质转运与降解。具有钙调蛋白依赖的蛋白激酶活性基因钙调蛋白依赖的蛋白激酶1、钙调蛋白依赖的蛋白激酶2G、钙调蛋白依赖的蛋白激酶2抑制物α、具有囊泡介导转运功能的基因突触蛋白表达下调也表明这些通路在大鼠抑郁症模型中可能被抑制;有神经肽激素活性的精氨酸加压素表达下调,验证了情感性精神障碍的精氨酸加压素的假说,即抑郁症患者精氨酸加压素功能降低,在躁狂症患者则升高。进一步验证了抑郁症的病理机制所涉及的可能是神经传递功能的多个环节。结论:单胺递质的释放、信号传导以及神经肽调节的表达变化涉及抑郁症的发病机制,提示多种功能通路与抑郁症的发病机制相关。

关键词：抑郁症基因表达基因

构建编码基因-非编码RNA调控网络挖掘前列腺癌潜在致病因子

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国际遗传学杂志 2016年第4期39卷 181-185页

作者：朱银领刘琳段斌李坤许艳哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院生物物理教研室

目的基于前列腺癌的编码基因-非编码RNA调控网络识别潜在的生物标记物。方法利用前列腺癌的lncRNA、miRNA和mRNA表达谱数据及它们与转录因子之间的靶向关系,构建编码基因-非编码RNA三维调控网络,挖掘ceRNA子网,识别潜在竞争性的lncRNA... 详细信息

目的基于前列腺癌的编码基因-非编码RNA调控网络识别潜在的生物标记物。方法利用前列腺癌的lncRNA、miRNA和mRNA表达谱数据及它们与转录因子之间的靶向关系,构建编码基因-非编码RNA三维调控网络,挖掘ceRNA子网,识别潜在竞争性的lncRNA并筛选前列腺癌潜在的致病因子。结果从ceRNA子网中识别出4个lncRNA竞争性的结合了5个miRNA间接调控了63个基因的表达,功能预测这些lncRNA参与了激素调节;基于网络拓扑属性,挖掘出一个包含了16个lncRNAs、2个miRNAs、4个mRNAs的生物标记物。结论多种调控因子如TF、lncRNA、miRNA、mRNA共同作用影响前列腺癌的发生发展,其中有些lncRNA作为ceRNA来发挥基因表达调控的作用。

关键词：前列腺癌调控网络竞争性内源RNA 长非编码RNA

基于人类信号转导网络与Toll样受体信号通路挖掘心血管疾病风险基因

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国际免疫学杂志 2014年第1期37卷 69-73页

作者：侯敏徐松杜悠雯黄昊李琬陈丽娜哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院生物物理教研室 150081

目的挖掘潜在的心血管疾病风险基因，为疾病的预防、诊断和治疗提供一定的参考。方法根据人类信号转导网络、心血管疾病相关的Toll样受体信号通路以及相关的表达谱信息，以网络motif及其包含的基因为研究对象，采用基因芯片显著性分析... 详细信息

目的挖掘潜在的心血管疾病风险基因，为疾病的预防、诊断和治疗提供一定的参考。方法根据人类信号转导网络、心血管疾病相关的Toll样受体信号通路以及相关的表达谱信息，以网络motif及其包含的基因为研究对象，采用基因芯片显著性分析、网络motif筛选以及基因功能富集分析等方法对候选基因进行分析。结果经分析得到21个潜在的心血管疾病风险基因，有12个为已知心血管疾病风险基因。结论对所发现的潜在心血管疾病风险基因进行研究，以阐明心血管疾病发病机制有重要的生物学意义。

关键词：心血管疾病 Toll样受体信号转导网络风险基因

黑龙江省4例HIV-1感染者病毒包膜变异特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2007年第1期27卷 18-23页

作者：张唯哲周海舟李妍王福祥马英骥凌虹哈尔滨医科大学寄生虫学教研室 150086 哈尔滨医科大学微生物学教研室 150086 哈尔滨医科大学第一临床医学院

目的调查HIV-1从供体到受体中病毒包膜序列变异情况，预测结构及其抗原性的变异趋势，为进一步的表型特征和抗HIV免疫研究奠定基础。方法从4例HIV-1感染者外周血单个核细胞中提取DNA，设计跨病毒包膜的保守引物，进行PCR扩增，将扩增产... 详细信息

目的调查HIV-1从供体到受体中病毒包膜序列变异情况，预测结构及其抗原性的变异趋势，为进一步的表型特征和抗HIV免疫研究奠定基础。方法从4例HIV-1感染者外周血单个核细胞中提取DNA，设计跨病毒包膜的保守引物，进行PCR扩增，将扩增产物克隆至表达质粒载体，筛选阳性克隆进行序列测定。采用生物信息学方法对其进行编码氨基酸的变异性、系统发育以及包膜抗原特征进行分析和预测。结果共获得4个病人的8个有完整开放读码框的包膜表达载体。在8个克隆中，包膜糖蛋白gp120内变异程度大的区域分别为信号肽区、可变区V1／V2区、恒定区C2区内近V3区部分、V4和V5区。变异包括点突变、氨基酸插入或缺失等。系统树分析发现所获得病毒克隆为B′型并与云南分离株LTG0218距离最近。抗原性分析结果表明，除CD4结合区相对保守外，4株病毒在多处抗原表位中呈现较大变异性。结论构建并鉴定了4例HIV-1 B′亚型感染者的8个包膜克隆的包膜表达载体。表型预测其均为R5亲嗜性毒株。生物信息学技术分析预测结果表明从供者到受者发生了包膜蛋白变异。

关键词：人类免疫缺陷病毒包膜变异性抗原性

卵巢癌发生过程中microRNA作用机制的研究进展

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国际遗传学杂志 2013年第3期36卷 128-132页

作者：王乐天宁尚伟李亦学哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院生物信息学教研室

MicroRNA(miRNA)是一类进化上高度保守的内源性非编码RNA,具有重要的转录后调控功能,参与生物体发育、生理代谢等重要的生物学过程,并在肿瘤等复杂疾病的发生发展过程中起关键性作用。作为严重威胁女性健康的恶性肿瘤,卵巢癌的发病率逐... 详细信息

MicroRNA(miRNA)是一类进化上高度保守的内源性非编码RNA,具有重要的转录后调控功能,参与生物体发育、生理代谢等重要的生物学过程,并在肿瘤等复杂疾病的发生发展过程中起关键性作用。作为严重威胁女性健康的恶性肿瘤,卵巢癌的发病率逐年递增。研究表明,miRNA在卵巢癌的发生发展过程中往往呈现异常表达状态,这提示miRNA可能与卵巢癌的发病机制密切相关。探索miRNA在卵巢癌中的作用方式,对于阐明卵巢癌的发病机制具有重要的意义,也将对卵巢癌的早期筛查及诊疗方法提供重要的理论依据。该文就miRNA在卵巢癌中的研究进展作一综述,从转录后调控层面阐释卵巢癌的发病机制。

关键词： MicroRNA 卵巢癌转录后调控表达抑制