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原发性骨质疏松潜在生物标志物的生物信息学分析

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中国组织工程研究 2025年第8期29卷 1741-1750页

作者：赵嘉诚任诗齐祝秦刘佳佳朱翔杨洋南通大学附属医院创伤中心江苏省南通市226001 南通大学医学院江苏省南通市226001 南通大学附属医院手外中心江苏省南通市226001

背景:原发性骨质疏松症的发病率高,但发病机制尚不完全清楚,目前尚缺乏有效的早期筛查指标和治疗方案。目的:通过综合生物信息学分析,进一步探索原发性骨质疏松症的发生机制。方法:原发性骨质疏松症数据来自公共基因表达数据库,筛选差... 详细信息

背景:原发性骨质疏松症的发病率高,但发病机制尚不完全清楚,目前尚缺乏有效的早期筛查指标和治疗方案。目的:通过综合生物信息学分析,进一步探索原发性骨质疏松症的发生机制。方法:原发性骨质疏松症数据来自公共基因表达数据库,筛选差异基因分别进行GO功能和KEGG通路富集分析。此外,将差异基因进行蛋白质-蛋白质相互作用网络确定原发性骨质疏松症相关核心基因,并通过最小绝对收缩和选择运算算法来识别并验证原发性骨质疏松症相关的生物标志物,并分别进行免疫细胞相关分析、基因富集分析以及药物标靶网络分析。最后将生物标志物行qPCR实验验证。结果与结论:①该研究中共获得126个差异基因以及前列腺素、表皮生长因子受体、丝裂原活化蛋白激酶3、转化生长因子B1和视网膜母细胞瘤基因1等5个生物标志物。②GO分析表明差异基因主要富集在细胞对氧化应激的反应以及自噬的调节等方面;KEGG分析显示主要集中在自噬以及细胞衰老等通路当中。③生物标志物的免疫分析发现,前列腺素,视网膜母细胞瘤基因1、丝裂原活化蛋白激酶3与免疫细胞密切相关。④基因富集分析表明,生物标志物与免疫相关途径有关。⑤药物标靶网络分析显示5个生物标志物与原发性骨质疏松症药物相关。⑥qPCR结果表明,前列腺素、表皮生长因子受体、丝裂原活化蛋白激酶3和转化生长因子B1在原发性骨质疏松症样本中,与对照样本相比表达显著上升(P<0.001),而视网膜母细胞瘤基因1在原发性骨质疏松症样本中,与对照样本相比表达显著下降(P<0.001)。⑦总之,该研究筛选并验证了5个原发性骨质疏松潜在生物标志物,为进一步深入探究原发性骨质疏松症的发病机制、早期筛查诊断及靶向治疗提供了参考依据。

关键词：原发性骨质疏松生物标志物生物信息学药物标靶网络蛋白质-蛋白质相互作用网络

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我爱我们的通医——庆祝南通医学院90华诞

交通医学 2002年第5期16卷 446-447页

作者：叶干全南通医学院

值此南通医学院90华诞庆典之际,我心情十分喜悦和激动.作为来到南通医学院工作46年的一位老教师、老干部,曾亲历了这些年南通医学院在艰苦奋斗中发生的深刻变化,以及自己在这变化中与大家一起不断礳砺和成长的历程,从内心发出欢呼:我爱... 详细信息

值此南通医学院90华诞庆典之际,我心情十分喜悦和激动.作为来到南通医学院工作46年的一位老教师、老干部,曾亲历了这些年南通医学院在艰苦奋斗中发生的深刻变化,以及自己在这变化中与大家一起不断礳砺和成长的历程,从内心发出欢呼:我爱我们的通医!表示我的衷心祝贺、衷心感谢、衷心希望.

关键词：南通医学院南通大学医学院南通学院院系调整

九秩风华桃李芬芳满天下四化伟业同心协力铸辉煌——庆祝南通医学院建校九十周年

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南通大学学报(医学版) 2002年第4期22卷 355-356页

作者：顾晓松南通医学院院长

基于SHOX2和RASSF1A甲基化水平的机器学习算法预测早期肺腺癌病理类型

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中国胸心血管外科临床杂志 2025年第1期32卷 67-72页

作者：黄润棋强光亮刘益飞史加海南通大学附属医院临床研究中心南通大学医学院北京大学第三医院胸外科南通大学附属医院病理科南通大学附属医院胸心外科

目的探讨基于SHOX2和RASSF1A甲基化水平的机器学习算法预测早期肺腺癌病理类型的准确性。方法回顾性分析2021年1月—2023年1月在南通大学附属医院接受肺部肿瘤切除手术患者的石蜡包埋（formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE）标本... 详细信息

目的探讨基于SHOX2和RASSF1A甲基化水平的机器学习算法预测早期肺腺癌病理类型的准确性。方法回顾性分析2021年1月—2023年1月在南通大学附属医院接受肺部肿瘤切除手术患者的石蜡包埋（formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE）标本。根据肿瘤的病理学分类，将患者分为3组：良性肿瘤/原位腺癌（benign tumor/adenocarcinoma in situ,BT/AIS）组、微浸润腺癌（minimally invasive adenocarcinoma,MIA）组和浸润性腺癌（invasive adenocarcinoma,IA）组。使用LungMe试剂盒通过甲基化特异性PCR(MS-PCR)测量FFPE标本的SHOX2和RASSF1A甲基化水平。以SHOX2和RASSF1A的甲基化水平为预测变量，采用机器学习算法（包括逻辑回归、XGBoost、随机森林、朴素贝叶斯）预测不同的肺腺癌病理类型，并构建网络服务器供临床使用。结果共纳入272例患者，BT/AIS组、MIA组和IA组患者的平均年龄分别为57.97岁、61.31岁和63.84岁；女性患者占比分别为55.38%、61.11%和61.36%。基于SHOX2和RASSF1A甲基化水平建立的早期肺腺癌预测模型中，随机森林与XGBoost模型在预测各病理类型时表现良好。随机森林模型的C统计量在BT/AIS组、MIA组和IA组分别为0.71、0.72和0.78。XGBoost模型的C统计量在BT/AIS组、MIA组和IA组分别为0.70、0.75和0.77。朴素贝叶斯模型仅在IA组表现较为稳健，C统计量为0.73，具有一定的预测能力。逻辑回归模型在各组中的表现最差，对各组均无预测能力。通过决策曲线分析，随机森林模型在BT/AIS和MIA病理类型的预测中展示了较高的净收益，表明其在临床应用中具有潜在价值。结论基于SHOX2和RASSF1A甲基化水平的机器学习算法预测早期肺腺癌病理类型具有较高的准确性。

关键词：肺腺癌 SHOX2 RASSF1A 甲基化侵袭性

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1988～1992年《南通医学院学报》引文分析

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南通大学学报(医学版) 1993年第1期 81-82页

作者：陆际平南通医学院学报编辑部

本文对《南通医学院学报》1988～1992年的论文作了调查分析。在498篇论文中有引文的论文458篇,共有引文2909条,每篇论文平均引文5.84条;引文种语以英文为主(55.95%);引文类型以期刊为主(85.22%);中文文献以发表5年内的引用率最高,外文... 详细信息

本文对《南通医学院学报》1988～1992年的论文作了调查分析。在498篇论文中有引文的论文458篇,共有引文2909条,每篇论文平均引文5.84条;引文种语以英文为主(55.95%);引文类型以期刊为主(85.22%);中文文献以发表5年内的引用率最高,外文文献以发表10年内的引用率最高。调查结果表明:我院学报发表的论文具有一定的学术质量,但与国内主要医学杂志相比仍有距离。本文另就进一步提高学报质量进行了讨论。

关键词：引文分析南通医学院学报

1981～2000年《南通医学院学报》学术质量指标综合评价

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南通医学院学报 2001年第1期21卷 34-36页

作者：徐鸿飞缪宏建赵丽华南通医学院学报编辑部南通226001

采用文献计量学方法对《南通医学院学报》2 0卷 78期 4713篇论文的多项学术质量指标进行统计分析。结果 :(1)信息量指数 0 .5 5篇 /页 ;(2 )单元作者系数 2 .33人 /篇 ;(3)论文合著率 6 4.5 2 % ;(4 )出版时滞 8.5个月 ;(5 )国家自然科... 详细信息

采用文献计量学方法对《南通医学院学报》2 0卷 78期 4713篇论文的多项学术质量指标进行统计分析。结果 :(1)信息量指数 0 .5 5篇 /页 ;(2 )单元作者系数 2 .33人 /篇 ;(3)论文合著率 6 4.5 2 % ;(4 )出版时滞 8.5个月 ;(5 )国家自然科学基金资助等省部级以上课题论文 86篇 ;(6 )平均引文量 4.81条 /篇 ;(7)衰减系数 41.6 % ,其中中文衰减系数 5 4.6 % ,外文衰减系数 33.4%。统计结果表明 :信息量指数呈上升趋势 ,单元作者系数和论文合著率偏低 ,出版时滞改善显著 ,基金资助论文数所占比例小 ,平均引文量偏少 ,衰减系数增长明显。

关键词：《南通医学院学报》学术质量指标综合评价文献计量学

1981～2001年《南通医学院学报》论文各学科分布概况

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南通医学院学报 2002年第1期22卷 47-49页

作者：徐鸿飞王海燕缪宏建赵丽华南通医学院学报编辑部南通226001

《南通医学院学报》共出版发行 2 1卷 ,82期 ,发表论文 5 0 4 6篇 ,作者总数 11791人次 ,论文发表科研机构和医疗单位 4 17家。论著 114 5篇 ( 2 2 .7% ) ,经验交流论文 2 94 3篇 ( 5 8.3 % ) ,短篇报道 5 70篇 ( 11.3 % ) ,调查报告等3... 详细信息

《南通医学院学报》共出版发行 2 1卷 ,82期 ,发表论文 5 0 4 6篇 ,作者总数 11791人次 ,论文发表科研机构和医疗单位 4 17家。论著 114 5篇 ( 2 2 .7% ) ,经验交流论文 2 94 3篇 ( 5 8.3 % ) ,短篇报道 5 70篇 ( 11.3 % ) ,调查报告等3 88篇 ( 7.7% )。基础医学论文 4 81篇 ( 9.5 3 % ) ,临床医学论文 4 3 2 6篇 ( 85 .73 % ) ,预防医学论文 14 7篇 ( 2 .9% ) ,航海医学论文 2 5篇 ( 0 .5 % )。论文产出量按年份排序 :1996年 4 2 4篇 ( 9.8% ) ,1999年 4 15篇 ( 9.6% ) ,1997年 3 98篇( 9.2 % )。按学科分类 ,基础医学论文排序 :病理解剖学 67篇 ( 13 .9% ) ,药理学 5 4篇 ( 11.2 % ) ,解剖学 5 1篇 ( 10 .6% )。临床医学论文排序 :普外科 4 2 9篇 ( 9.9% ) ,妇产科 3 4 2篇 ( 7.9% ) ,儿科 2 99篇 ( 6.9% ) ,消化内科 2 88篇 ( 6.6% )。

关键词：《南通医学院学报》医学论文学科分布学报研究 81-2001年

《南通医学院学报》引文与专业期刊馆藏情况分析

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南通大学学报(医学版) 1995年第4期15卷 638-639页

作者：葛晓凡南通医学院图书馆期刊部226001

分析《南通医学院学报》１９９０～１９９４年所发表论文的引文情况及其与我馆馆藏专业期刊的吻合情况，结果表明：本刊作者论文的平均引文数偏低（４．５条／篇）；院外作者对文献的利用能力低于院内作者，以外文尤为突出；中华系列杂... 详细信息

分析《南通医学院学报》１９９０～１９９４年所发表论文的引文情况及其与我馆馆藏专业期刊的吻合情况，结果表明：本刊作者论文的平均引文数偏低（４．５条／篇）；院外作者对文献的利用能力低于院内作者，以外文尤为突出；中华系列杂志和主要学科的英文期刊是《学报》作者引用的主要情报资料来源；目前馆藏的专业期刊，尤其是英文期刊远不能满足读者的需求，缺藏期刊中、外文分别达４６种和３６８种。建议加强情报利用方法的宣教，扩大院外读者服务范围，优先增订引用频次较高的英文期刊。

关键词：文献引用情报资料利用率医学期刊馆藏期刊

1981～1993年《南通医学院学报》6项客观指标的评估

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南通大学学报(医学版) 1994年第3期14卷 411-414页

作者：徐鸿飞南通医学院学报编辑部226001

本文对南通医学院学报１３卷５０期１８１８篇论文的６项客观指标进行计量统计分析。结果：（１）平均引文量５．０９条／篇；（２）平均载文量３５．７篇／期；（３）卷出版时滞６．４～１２．４个月；（４）论文作者类型以同单位的同... 详细信息

本文对南通医学院学报１３卷５０期１８１８篇论文的６项客观指标进行计量统计分析。结果：（１）平均引文量５．０９条／篇；（２）平均载文量３５．７篇／期；（３）卷出版时滞６．４～１２．４个月；（４）论文作者类型以同单位的同部门或不同部门为主，占６０％以上；（５）单元作者系数２．２９～３．７２人／篇，１３年平均２．５８人／篇；（６）论文合著率６１．１１％～８６．１１％。统计表明：平均引文量呈下降趋势，平均载文量呈上升趋势，微机排版后出版周期缩短，同单位同部门或不同部门合作是最普遍的合作方式，合著率和单元作者系数偏低。为了提高学报学术质量，需要加大科研力度。

关键词：平均引文量平均载文量出版时滞论文作者类型单元作者系数论文合著率