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群体感应调控子AphA对河弧菌Ⅵ型分泌系统VflT6SS2的调控研究

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中华流行病学杂志 2024年第4期45卷 566-573页

作者：程倩韩雨黄元铭冀赛森李杰刁保卫梁未丽传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206

目的研究河弧菌群体感应调控子AphA对Ⅵ型分泌系统VflT6SS2功能活性的调控机制。方法采用Western Blot检测河弧菌野生株、aphA缺失株(ΔaphA)和aphA回补株中VflT6SS2标志性组件溶血素共调节蛋白(Hcp)的表达和分泌。采用实时荧光定量PCR... 详细信息

目的研究河弧菌群体感应调控子AphA对Ⅵ型分泌系统VflT6SS2功能活性的调控机制。方法采用Western Blot检测河弧菌野生株、aphA缺失株(ΔaphA)和aphA回补株中VflT6SS2标志性组件溶血素共调节蛋白(Hcp)的表达和分泌。采用实时荧光定量PCR和启动子-lux融合冷光系统检测野生株和ΔaphA中VflT6SS2核心基因簇和附属基因簇代表基因tssB2、hcp(tssD2)和vgrG(tssI2)以及群体感应调控子HapR的mRNA相对表达量和启动子活性。采用定点突变实验结合启动子活性测定确定AphA在tssD2b启动子区的调控结合位点;采用电泳迁移率位移测定(EMSA)确定AphA与hapR启动子的结合。结果ΔaphA中tssB2、hcp(tssD2)、vgrG(tssI2)和hapR的mRNA相对表达量及Hcp蛋白的表达分泌明显高于野生株。VflT6SS2核心基因簇、tssD2a、tssI2a和hapR的启动子活性在ΔaphA中均高于野生株,而tssD2b启动子活性则低于野生株。tssD2a和tssD2b的启动子序列分析显示-335 bp~-229 bp区差异较大,在tssD2b中该区域存在2个潜在AphA结合位点,将其中的保守位点ATG替换为CGA,tssD2b启动子活性明显降低。EMSA结果显示,AphA与hapR启动子直接结合。结论AphA在转录水平直接抑制hapR的表达,间接参与对VflT6SS2核心基因簇和附属基因簇的调控。AphA对tssD2a和tssD2b呈现相反的调控模式,AphA可直接与tssD2b启动子区(-335 bp~-229 bp)结合正向调控tssD2b的表达。

关键词：河弧菌群体感应调控子 Ⅵ型分泌系统转录调控

中国炭疽芽胞杆菌多位点可变数目串联重复序列分析基因型多态性

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中华流行病学杂志 2024年第7期45卷 990-996页

作者：张慧娟张恩民贺金荣李伟魏建春传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206

目的分析中国炭疽芽胞杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)基因型多态性,建立中国炭疽芽胞杆菌MLVA基因型数据库。方法收集1947年以来中国不同来源的炭疽芽胞杆菌分离菌株,采用MLVA15分型策略进行基因型鉴定,对基因型进行统一编... 详细信息

目的分析中国炭疽芽胞杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)基因型多态性,建立中国炭疽芽胞杆菌MLVA基因型数据库。方法收集1947年以来中国不同来源的炭疽芽胞杆菌分离菌株,采用MLVA15分型策略进行基因型鉴定,对基因型进行统一编号和命名,分析不同来源菌株MLVA基因型的分布特征,同时通过Bionumerics软件绘制聚类图,分析不同基因型间的遗传关系。结果MLVA15分型可将533株中国炭疽芽胞杆菌分为4群91个基因型,其中54个基因型为中国独有的基因型。新命名的基因型MLVA15-CHN1~MLVA15-CHN6广泛分布于中国不同地区、不同年代和宿主,其余基因型具有地区和年代特征性。结论本研究建立了中国炭疽芽胞杆菌MLVA基因型数据库,掌握了MLVA基因型分布特征及其遗传多态性,为中国炭疽疫情防控及分子溯源技术提供了参考依据。

关键词：炭疽芽胞杆菌基因分型多位点可变数目串联重复序列分析遗传多态性

A族链球菌基因组数据库建设及前噬菌体分布分析

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中华实用儿科临床杂志 2024年第1期39卷 49-53页

作者：孟凡亮向才鑫张建中尤元海传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206

目的通过对已报道的A族链球菌(GAS)全基因组数据进行梳理和生物信息学分析, 从基因组大数据中提取前噬菌体信息, 并对其在基因组中的存在状态及部分前噬菌体的基因组成进行分析, 了解GAS种群内前噬菌体分布特点。方法回顾性研究。收集下... 详细信息

目的通过对已报道的A族链球菌(GAS)全基因组数据进行梳理和生物信息学分析, 从基因组大数据中提取前噬菌体信息, 并对其在基因组中的存在状态及部分前噬菌体的基因组成进行分析, 了解GAS种群内前噬菌体分布特点。方法回顾性研究。收集下载GenBank数据库中截至2020年5月发布的GAS基因组组装序列, 整理菌株重要背景信息建立本地化基因组数据库。利用生物信息学软件构建GAS全基因组系统发生树, 进行核心基因组分析, 并对基因组中潜在的前噬菌体及其完整性进行预测, 获得前噬菌体分布特征。统计数据库中基因型种类、核心基因数量及前噬菌体的数量、长度和携带率。结果建立了包含2 529株GAS基因组序列的数据库, 涵盖140种血清型(emm基因型)。分离地点主要包括东亚、欧洲、美洲、大洋洲19个国家和地区。分离菌株疾病背景主要分为侵袭性感染、非侵袭性感染和免疫继发症3类;共鉴定出1 005个核心基因, 这些基因在95%以上菌株中均存在;对其中1 798条序列分析发现, 有1 366条序列存在1个或以上完整的前噬菌体, 携带率为76.0%。每株菌携带完整前噬菌体的数量范围为0~6个, 长度范围为32.8~62.6 kb, 主要分布在30~40 kb。中国菌株近些年优势克隆中存在的前噬菌体主要为phiHKUssa、phiHKUvir和phiHKU488, 主要携带speC、spd1和ssa 3种毒力基因。结论前噬菌体在GAS基因组中分布广泛, 可能在其种群优势克隆演变和扩张过程中发挥重要作用, 进而重塑特定emm基因型内部种群结构。GAS基因组数据库的建立为GAS病原监测提供了重要数据支撑。

关键词：基因组 A族链球菌种群结构数据库噬菌体

2023年河南省外环境H7N9禽流感病毒的基因组序列分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第5期44卷 377-381页

作者：毋碧聪罗雪卢世栋宋云张白帆卫海燕聂轶飞夏晖万思嘉叶莹黄学勇郭万申马红霞河南省疾病预防控制中心传染病预防控制所河南省传染病病原生物重点实验室郑州450016 许昌市疾病预防控制中心检验检测中心许昌461000

目的分析活禽市场相关环境中检出的H7N9禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)的遗传进化和分子特征。方法采集禽类粪便、污水,以及脱毛机和案板擦拭拭子等标本,实时荧光定量PCR鉴定甲型流感病毒和H7N9亚型。对于H7N9阳性标本以甲型流... 详细信息

目的分析活禽市场相关环境中检出的H7N9禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)的遗传进化和分子特征。方法采集禽类粪便、污水,以及脱毛机和案板擦拭拭子等标本,实时荧光定量PCR鉴定甲型流感病毒和H7N9亚型。对于H7N9阳性标本以甲型流感病毒通用引物扩增病毒全基因组并测序,利用BLAST和MEGA X软件进行序列比对、系统进化和分子特征分析。结果2023年2月采集于许昌市活禽市场的7份外环境标本中检出4份H7N9 AIV阳性,3份H7N9 AIV阳性标本测序成功,其各基因核苷酸一致性较高(98.37%~100.00%)。BLAST分析显示主要与我国2020—2021年国内禽中分离的H7N9毒株一致性最高。遗传进化分析显示3株病毒株聚在同一分支,与最近环境分离株相聚较近,而与最近人/禽感染病毒株关系较远。通过与各时期的代表性病毒株序列比对发现,本研究检出的病毒株呈禽高致病性,裂解位点处插入了4个氨基酸KRAA,病毒株血凝素受体结合位点为QSG,属于禽结合受体,血凝素出现G186I位点突变。聚合酶碱性蛋白2未出现哺乳动物适应性E627K突变。未检测到与神经氨酸酶抑制剂(奥司他韦)和聚合酶酸性蛋白抑制剂(巴洛沙韦)耐药相关的R292K和I38T位点突变,提示病毒对上述药物敏感性未降低。M2蛋白出现S31N突变,提示对烷胺类药物耐药。结论从活禽市场检出的3株H7N9病毒株呈禽高致病性,与既往感染人/禽代表株相比,未明显增加人受体结合力、哺乳动物致病性、病毒传播力和耐药相关分子位点。

关键词：禽流感病毒 H7N9 活禽市场遗传进化突变

2017-2022年全国斑疹伤寒流行特征分析

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疾病监测 2024年第5期39卷 565-570页

作者：张云飞韩玲师悦田雪莹徐红耿梦杰滕中秋阚飙秦天中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病溯源预警与智能决策国家重点实验室北京102206 中国疾病预防控制中心传染病溯源预警与智能决策国家重点实验室北京102206 山东省疾病预防控制中心山东济南250014 南宁市疾病预防控制中心广西南宁530023

目的分析我国2017—2022年斑疹伤寒流行特征,为制定斑疹伤寒防控策略提供科学依据。方法通过中国疾病预防控制信息系统传染病报告信息管理系统收集全国各省(自治区、直辖市)2017—2022年斑疹伤寒监测个案数据,运用描述流行病学方法进行... 详细信息

目的分析我国2017—2022年斑疹伤寒流行特征,为制定斑疹伤寒防控策略提供科学依据。方法通过中国疾病预防控制信息系统传染病报告信息管理系统收集全国各省(自治区、直辖市)2017—2022年斑疹伤寒监测个案数据,运用描述流行病学方法进行分析。结果2017—2022年全国每年报告病例数(发病率)分别为929例(0.07/10万)、971例(0.07/10万)、1173例(0.08/10万)、1069例(0.08/10万)、1310例(0.09/10万)、1291例(0.09/10万),报告病例数及发病率呈波动增加趋势。2017—2022年每年有22~24个省份[309~342个县(区)]报告病例,主要分布于云南、广东、四川、安徽、湖北、山东、广西、湖南、河北9个省份(自治区),9个省份(自治区)每年合计报告病例数占全国病例数比例波动于85.56%~91.14%,其中云南、安徽、湖北省每年报告病例数及占全国报告病例数比例均呈增加趋势,山东省呈下降趋势。全国每年报告病例居前10位县(区)合计报告病例数(占全国病例数比例)分别为293例(31.53%)、284例(29.25%)、332例(28.30%)、400例(37.42%)、579例(44.20%)、636例(49.26%)。职业分布主要为农民、学生、散居儿童及幼托儿童,每年占报告病例数的比例分别波动于61.04%~65.60%、10.71%~15.43%、7.67%~9.80%。男女性别比波动于0.86∶1~1.02∶1之间。每年报告病例均以40~64岁年龄组病例占比最高,波动于38.54%~43.69%。结论2017—2022年每年报告斑疹伤寒病例数居前的省份均为云南、安徽、广东、广西、四川、湖北、湖南、河北、山东9省份(自治区),每年合计报告病例数占全国病例数均在85.00%以上,云南、湖北、安徽省每年报告病例数呈增加趋势。病例高度散发与局部高发并存。应动态开展疫情分析、风险评估及预警,加强重点地区、重点人群综合防控措施,进一步降低居民感染风险。

关键词：斑疹伤寒流行特征风险评估防控策略

一种基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法的建立

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中华预防医学杂志 2024年第4期58卷 489-496页

作者：苏文哲李岩陆维智谢华萍李魁彪狄飚聂凯王环宇张周斌许松涛广州市疾病预防控制中心病毒免疫部广州510440 山东省疾病预防控制中心传染病防制所济南250000 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206 广州市疾病预防控制中心主任室广州510440

目的:建立基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法。方法:通过NCBI网站检索和下载CHIKV的各基因型序列,经序列比对筛选出备选参考序列,使用Primalscheme和Geneious Prime等软件进行引物方案的设计、筛选和人工优化,并使用7份C... 详细信息

目的:建立基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法。方法:通过NCBI网站检索和下载CHIKV的各基因型序列,经序列比对筛选出备选参考序列,使用Primalscheme和Geneious Prime等软件进行引物方案的设计、筛选和人工优化,并使用7份CHIKV阳性样品对实验流程进行评估。结果:本研究所设计的引物方案可对各阳性样品进行成功扩增;在样品Ct值小于33时,可获得完整编码区序列;样品Ct值达到35时,可获得99.38%的编码区序列;使用多次迭代,逐步校正的拼接策略可将拼接成功率提高5.70%~25.43%。结论:建立的基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法操作简单,对多个浓度的基孔肯雅病毒阳性临床样品均表现良好。

关键词：基孔肯雅病毒全基因组测序多重PCR 高通量测序

2010—2022年我国钩端螺旋体病流行病学特征

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中国血吸虫病防治杂志 2024年第2期36卷 130-136页

作者：师悦耿梦杰周升陈曦孙军玲田雪莹徐红李昱郑灿军传染病溯源预警与智能决策国家重点实验室、中国疾病预防控制中心北京102206 山东省疾病预防控制中心广西壮族自治区南宁市疾病预防控制中心

目的分析2010—2022年我国钩端螺旋体病流行病学特征,为制订钩端螺旋体病防控策略提供参考依据。方法在中国疾病预防控制信息系统中,收集2010年1月1日至2022年12月31日报告的钩端螺旋体病临床诊断病例和确诊病例信息,采用描述性流行病... 详细信息

目的分析2010—2022年我国钩端螺旋体病流行病学特征,为制订钩端螺旋体病防控策略提供参考依据。方法在中国疾病预防控制信息系统中,收集2010年1月1日至2022年12月31日报告的钩端螺旋体病临床诊断病例和确诊病例信息,采用描述性流行病学方法对病例地区、时间、人群分布及报告和诊断机构进行分析。结果 2010—2022年全国累计报告钩端螺旋体病病例4 559例,年均报告351例;报告病例数从2010年的679例下降至2018年的158例。四川省、云南省、广东省、湖南省、福建省、浙江省、广西壮族自治区、安徽省、江西省和贵州省累计报告钩端螺旋体病病例4 276例,占全国病例总数的93.79%;其中云南省近年病例数大幅下降,浙江省、广东省报告病例数明显增加。2010—2020年河南省无钩端螺旋体病病例报告,但2021、2022年分别报告5例和2例;2010—2017年陕西省仅报告1例病例,但自2018年起连续5年有病例报告。全国全年均有钩端螺旋体病病例报告,以8—10月为发病高峰,各省发病高峰存在差异;男性病例多于女性,男女性别比为2.3∶1;病例中位年龄50岁(四分位间距:23岁),以51~60岁组报告病例数占比最高(23.21%)。2010—2022年我国钩端螺旋体病报告病例中,确诊病例占53.28%,确诊病例占比从2010年的35.05%上升至2022年的61.66%。综合医院、疾病预防控制机构、基层卫生机构和其他卫生机构钩端螺旋体病报告病例数占比分别为67.22%(2 937例)、20.44%(893例)、7.23%(316例)、5.10%(223例)。2010—2022年全国钩端螺旋体病报告病例病死率为1.07%,男性病死率高于女性(1.39%vs.0.36%;χ^(2)=9.52,P=0.002)。结论2010—2022年我国钩端螺旋体病处于低水平流行状态,南方地区为主要流行区,各流行省份病例流行病学特征存在差异。陕西省、河南省等省份近年持续有病例报告,需加强关注。建议各地加强钩端螺旋体病监测,提升病例诊治能力,因地制宜开展防控工作。

关键词：钩端螺旋体病流行病学特征地区分布时间分布人群分布诊断监测中国

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朊病毒感染的仓鼠脑组织中NLRP3介导的炎症反应机制的初步探索

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病毒学报 2024年第1期40卷 38-44页

作者：周冬花武月章王远梁冬林肖康董小平石琦中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206

神经炎症主要由活化的胶质细胞介导,是大多数神经退行性疾病的共同特征。为了探究朊病毒感染后的大脑神经炎症反应与核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(NOD-like receptor protein 3, NLRP3)炎症小体形成是否相关,本研究以朊病毒感染... 详细信息

神经炎症主要由活化的胶质细胞介导,是大多数神经退行性疾病的共同特征。为了探究朊病毒感染后的大脑神经炎症反应与核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(NOD-like receptor protein 3, NLRP3)炎症小体形成是否相关,本研究以朊病毒感染的仓鼠脑组织为研究对象,通过Western blot、免疫组织荧光方法检测了脑组织中NLRP3的生成和分布;同时借助免疫共沉淀方法检测了NLRP3炎症小体的形成情况。结果显示:朊病毒感染后,仓鼠脑组织中大脑皮层和海马区NLRP3的合成均明显增加,海马区的含量明显高于大脑皮层;NLRP3与星形胶质细胞存在明显共定位的现象,与小胶质细胞及神经元细胞几乎不存在共定位;感染后的仓鼠脑组织中炎症小体的另外两种组成成分半胱氨酸蛋白酶前体(Procaspase1,proCas1)和凋亡相关颗粒样蛋白(Apoptosis-associated granuloid proteins, ASC)也明显高于正常仓鼠。这些结果表明:朊病毒感染后,仓鼠脑组织中NLRP3及炎症小体合成明显增多,NLRP3炎症小体的组装主要发生在星形胶质细胞中。

关键词：朊病毒 NLRP3炎症小体星形胶质细胞神经炎症脑组织

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1例输入性类鼻疽的病原学诊断及溯源分析

中国人兽共患病学报 2024年第1期40卷 76-81页

作者：杨红霞王春雨王洋郝瑞娥赵启玉郑霄山西省疾病预防控制中心重点传染性疾病预防与诊治山西省重点实验室太原030012 山西省人民医院太原030012 太原市疾病预防控制中心太原030032 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206

目的对1例输入性类鼻疽患者进行病原学诊断及溯源分析,为山西省类鼻疽防控提供科学依据。方法患者血培养阳性,分离菌株鉴定为泰国伯克霍尔德菌。采用生化试验及微生物质谱仪进行菌株鉴定,核酸提取后进行全基因组测序,分析MLST型和耐药... 详细信息

目的对1例输入性类鼻疽患者进行病原学诊断及溯源分析,为山西省类鼻疽防控提供科学依据。方法患者血培养阳性,分离菌株鉴定为泰国伯克霍尔德菌。采用生化试验及微生物质谱仪进行菌株鉴定,核酸提取后进行全基因组测序,分析MLST型和耐药基因携带情况,同时构建系统进化树。结果此次分离株经生化试验及微生物质谱仪检测均鉴定为类鼻疽伯克霍尔德菌,MLST型为ST366,全基因测序分析与海南省3个分离株进化亲缘关系较近,同源性较高。结论此例类鼻疽病例经分子溯源分析及流行病学调查确定为海南省输入,提示医疗机构及疾控部门应加强对类鼻疽的认识,提高诊疗能力。

关键词：类鼻疽类鼻疽伯克霍尔德菌 MLST分型全基因测序分子溯源