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基于GEO数据库筛选胃癌差异表达基因及其功能和通路富集分析

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南方医科大学学报 2024年第3期44卷 605-616页

作者：梁一豪赖颖君袁燕文袁炜张锡波张拔山卢志锋南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)检验科广东东莞523059 南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)消化内科广东东莞523059 南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)病理科广东东莞523059

目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学方法挖掘胃癌诊断和预后相关的核心基因,筛选参与胃癌发生发展的分子靶标。方法从GEO数据库中下载胃癌基因芯片数据GSE118916、GSE54129和GSE79973,筛选差异表达基因(DEGs)并进行分子功能和... 详细信息

目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学方法挖掘胃癌诊断和预后相关的核心基因,筛选参与胃癌发生发展的分子靶标。方法从GEO数据库中下载胃癌基因芯片数据GSE118916、GSE54129和GSE79973,筛选差异表达基因(DEGs)并进行分子功能和信号通路的富集分析,构建蛋白质互作网络(PPI),根据网络节点和位置筛选出核心基因,利用癌症基因图谱(TCGA)中胃腺癌(STAD)的全基因组测序数据对核心基因进行表达水平和诊断预后的验证分析,最后通过qRT-PCR检测核心基因在不同胃癌细胞株中的表达水平。结果共筛选出77个DEGs,主要位于细胞外基质(ECM)与基底膜,具有氧化还原酶和ECM受体配体活性,参与机体消化和激素代谢等生物学过程,与胃酸分泌、视黄醇和激素代谢等信号通路相关。共获得9个核心基因,其中SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3和THY1在胃癌中表达上调(P<0.05);而TFF1、GKN1、TFF2、PGC在胃癌中下调(P<0.05)。生存预后分析显示,SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3、TFF2、THY1的异常表达与胃癌患者的生存时间显著相关;ROC曲线显示,TIMP1、SPARC、THY1、THBS2对胃癌有较高的诊断价值;在胃癌患者的病理组织中SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3的高表达得到验证;qRT-PCR检测发现,核心基因在不同的胃癌细胞株中不尽相同,但表达趋势基本符合。结论SPARC、TIMP1、THBS2等DEGs可能与胃癌的发生发展有关,可能作为潜在的候选分子标志物,用于胃癌的早期诊断和预后判断。

关键词：胃癌基因芯片生物信息学分析差异表达基因分子标志物

体素内不相干运动联合表观扩散系数对前列腺癌诊断价值的研究

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磁共振成像 2024年第7期15卷 118-123,142页

作者：陈炤庭邹玉坚袁灼彬王朝阳黄小兰张坤林陈祐君梁桂锋南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)放射科东莞523059 南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)泌尿外科东莞523059

目的探讨体素内不相干运动(intravoxel incoherent motion, IVIM)定量参数联合表观扩散系数(apparent diffusion coefficient, ADC)对前列腺癌(prostatecancer,PCa)的诊断价值。材料与方法收集本院行前列腺多参数磁共振成像(multiparametric MRI, mpMRI)检查患者74例,其中PCa 41例(外周带PCa 28例,移行带PCa 13例),良性前列腺增生(benign prostatic hyperplasia, BPH)33例。采用双指数模型拟合算法获得真实扩散系数(true diffusion coefficient, D)、伪扩散系数(pseudo-diffusion coefficient, D^(*))、灌注分数(perfusion fraction, f)、ADC值等定量参数。比较PCa与前列腺T2WI低信号、高信号增生结节的D值、D^(*)值、f值、ADC值差异。采用受试者工作特征(receiver operating characteristic, ROC)曲线及曲线下面积(area under the curve, AUC)评价IVIM定量参数联合ADC对PCa的诊断效能。分析IVIM各定量参数、ADC与Gleason评分的相关性。结果 PCa的ADC值、D值及f值低于T2WI低信号、高信号增生结节,差异有统计学意义(P<0.05)。D值在鉴别PCa与前列腺T2WI低信号增生结节中的AUC最大,特异度最高,差异具有统计学意义(P<0.05)。联合ADC值、D值、f值在鉴别PCa与T2WI低信号增生结节中的AUC、敏感度显著提高(分别为0.948、90.24%)。ADC值在鉴别PCa与T2WI高信号增生结节中的AUC、敏感度、特异度均非常高(分别为0.997、97.65%、100.00%)。ADC值、IVIM各定量参数与Gleason评分无显著相关性(P=0.068、0.455、0.822、0.297)。结论 IVIM定量参数联合ADC可显著提高对PCa与BPH的鉴别诊断效能。

关键词：前列腺癌前列腺增生磁共振成像体素内不相干运动表观扩散系数鉴别诊断

CaMKⅡγ和CaMKⅡδ通过PI3K/Akt/Erk信号通路减轻小鼠神经元缺血再灌注损伤

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南方医科大学学报 2024年第3期44卷 563-570页

作者：刘昊铭林子诗叶靖南方医科大学南方医院麻醉科广东广州510515 佛山市第一人民医院麻醉科广东佛山528000 南方医科大学珠江医院麻醉科广东广州510260

目的观察钙/钙调蛋白依赖性激酶Ⅱ(CaMKⅡ)的同工型CaMKⅡγ和CaMKⅡδ对鼠神经元细胞缺血缺氧再灌注损伤的影响,并探究其作用机制。方法分离胚胎期第18天胎鼠大脑用于提取原代神经元,在5%CO_(2)、37℃条件下培养,分为常规培养的对照组... 详细信息

目的观察钙/钙调蛋白依赖性激酶Ⅱ(CaMKⅡ)的同工型CaMKⅡγ和CaMKⅡδ对鼠神经元细胞缺血缺氧再灌注损伤的影响,并探究其作用机制。方法分离胚胎期第18天胎鼠大脑用于提取原代神经元,在5%CO_(2)、37℃条件下培养,分为常规培养的对照组、空白对照组(si-NT)、CaMKⅡγ敲除组(si-CAMK2G)和CaMKⅡδ敲除组(si-CAMK2D)。研究组神经元转染处理后,更换为无糖培养基,并将其置于缺氧环境中模拟氧糖剥夺(OGD/R)条件,持续1 h,随后复原标准培养环境。通过对神经元裂解物行免疫蛋白印迹检测磷脂酰肌醇-3-激酶/细胞外信号调节激酶(PI3K/Akt/Erk)信号通路构件的表达量,并建立小鼠大脑中动脉闭塞(MCAO)模型,通过对比假手术组(Sham)(n=25)和MCAO组(n=25)PI3K/Akt/Erk信号通路表达来进行验证。结果si-CAMK2G组的胎鼠神经元细胞在OGD/R 12、24、48、72 h的生存率明显低于si-NT组(P<0.01或0.001),并可逆转OGD/R介导的胎鼠神经元细胞CaMKⅡγ表达上调。si-CAMK2G组和si-CAMK2D组与si-NT组相比,PI3K/Akt/Erk信号通路表达受到明显抑制(P<0.01)。在MCAO模型中,MCAO组小鼠脑CaMKⅡδ和CaMKⅡγ的表达显著增加并激活了PI3K/Akt/Erk信号通路,CaMKⅡδ和CaMKⅡγ,Erk、磷酸化Erk、Akt和磷酸化Akt在MCAO造模成功再灌注后24、48、72和96 h的表达显著高于Sham组再灌注24 h(P<0.05,0.01或0.0001)。结论CaMKⅡγ和CaMKⅡδ在神经元细胞发生缺血缺氧损伤时的神经保护作用可能是通过PI3K/Akt/Erk信号通路介导的。

关键词：脑缺血再灌注损伤钙/钙调蛋白依赖性激酶Ⅱ 神经保护磷脂酰肌醇-3-激酶细胞外信号调节激酶信号通路

腹膜透析患者血红蛋白变异性与全因死亡及心血管疾病死亡风险的相关性

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中华肾脏病杂志 2024年第8期40卷 611-618页

作者：黄淑婷艾军霍志濠朱露龚妮容钟晓红孔耀中刘德慧窦献蕊张广清南方医科大学南方医院肾内科广州510515 南方医科大学护理学院广州510515 广州中医药大学第一附属医院肾病科广州510405 佛山市第一人民医院肾内科佛山528000 赣州市人民医院肾内科赣州341000 南方医科大学顺德医院肾内科佛山528308 南方医科大学南方医院医院办公室广州510515

目的探讨腹膜透析(peritoneal dialysis,PD)患者血红蛋白变异性(hemoglobin variability,Hbvar)与全因死亡及心血管疾病死亡风险的关系,以期为降低PD人群死亡风险提供依据。方法该研究为多中心、回顾性队列研究,收集2008年7月1日至2019... 详细信息

目的探讨腹膜透析(peritoneal dialysis,PD)患者血红蛋白变异性(hemoglobin variability,Hbvar)与全因死亡及心血管疾病死亡风险的关系,以期为降低PD人群死亡风险提供依据。方法该研究为多中心、回顾性队列研究,收集2008年7月1日至2019年12月31日在南方医科大学南方医院、南方医科大学顺德医院、佛山市第一人民医院及赣州市人民医院规律PD患者的临床资料。以PD前基线及PD后第1年内血红蛋白计算Hbvar,根据第1年Hbvar三分位数将患者分为低变异性组、中变异性组和高变异性组,比较3组基线临床资料的差异。随访终点为患者死亡、转血液透析、转肾移植、转其他中心、失访或截至2021年12月31日。采用Cox回归分析模型分析第1年Hbvar与全因死亡及心血管疾病死亡的相关性,并使用FineGray竞争风险回归模型评估竞争事件对死亡风险的影响。结果该研究纳入1562例PD患者,年龄(47.6±13.8)岁,男性821例(52.6%),基线血红蛋白为81(69,94)g/L,PD第1年Hbvar为26.6(16.7,40.3)g/L。低变异性组(<20.0 g/L)、中变异性组(20.0~35.5 g/L)、高变异性组(≥35.5 g/L)患者年龄、体重指数、血清白蛋白、血红蛋白、血清肌酐、血清钙、血清磷、全段甲状旁腺素及肾素血管紧张素系统抑制剂使用比例的差异均有统计学意义(均P<0.05)。随访时间为33(19,51)个月,患者死亡208例(13.3%),其中心血管疾病死亡111例(53.4%)。多因素Cox回归分析结果显示,第1年高Hbvar是PD患者全因死亡(HR=0.98,95%CI 0.97~0.99,P=0.018)和心血管疾病死亡(HR=0.98,95%CI 0.97~0.99,P=0.041)风险低的独立影响因素。以低变异性组为参照,高变异性组全因死亡(HR=0.56,95%CI 0.37~0.82,P=0.003)及心血管疾病死亡(HR=0.54,95%CI 0.31~0.95,P=0.032)风险最低。竞争风险回归模型分析结果显示,第1年Hbvar与全因死亡(HR=0.98,95%CI 0.97~0.99,P=0.041)和心血管疾病死亡(HR=0.98,95%CI 0.97~0.99,P=0.039)风险仍呈负相关。结论对于基线贫血严重PD患者,第1年高Hbvar与低全因死亡及心血管疾病死亡风险相关。

关键词：腹膜透析血红蛋白类死亡率血红蛋白变异性

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增生性外毛根鞘瘤的临床及超声表现

中国超声医学杂志 2024年第7期40卷 831-833页

作者：陈桂武冷晓玲刘文芹余苏孟加新廖晓敏李建杭南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)超声科南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)病理科南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)骨科

目的探讨增生性外毛根鞘瘤(PTT)的临床及超声表现。方法收集经病理证实的PTT共18例，分析并总结其临床及超声表现。结果在临床表现方面，PTT患者多为女性(61.1%),平均年龄(49.8±17.1)岁，好发于头部(77.8%),平均大小为(19.8±10.7)m... 详细信息

目的探讨增生性外毛根鞘瘤(PTT)的临床及超声表现。方法收集经病理证实的PTT共18例，分析并总结其临床及超声表现。结果在临床表现方面，PTT患者多为女性(61.1%),平均年龄(49.8±17.1)岁，好发于头部(77.8%),平均大小为(19.8±10.7)mm。在超声表现方面，PTT多为实性(66.7%)或囊实性(22.2%),边界清晰(100.0%),形态规则(88.9%),内部回声不均(83.3%),可见散点样(44.4%)或团块样强回声(33.3%),伴有后方回声增强(38.9%),部分病灶内可见点状血流信号(27.8%)。结论 PTT的临床及超声表现具有一定的特征性，需注意与其他皮肤良恶性肿瘤相鉴别。

关键词：皮肤肿瘤增生性外毛根鞘瘤临床表现超声检查

等离子双极前列腺剜除术与红激光前列腺剜除术在BPH患者日间手术中的疗效对比

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中华泌尿外科杂志 2024年第1期45卷 12-17页

作者：许鹏陈春晓刘存荣刘喆徐啊白陈玢屾刘春晓南方医科大学珠江医院泌尿外科广州510282

目的对比经尿道等离子双极前列腺剜除术与红激光前列腺剜除术在良性前列腺增生(BPH)患者日间手术中的有效性和安全性。方法回顾性分析2019年8月至2021年8月于南方医科大学珠江医院行日间手术的99例BPH患者的临床资料。其中47例采用等离... 详细信息

目的对比经尿道等离子双极前列腺剜除术与红激光前列腺剜除术在良性前列腺增生(BPH)患者日间手术中的有效性和安全性。方法回顾性分析2019年8月至2021年8月于南方医科大学珠江医院行日间手术的99例BPH患者的临床资料。其中47例采用等离子双极前列腺剜除术,为双极组;52例采用红激光前列腺剜除术,为红激光组。两组患者年龄[57.0(56.0,61.0)岁与59.0(57.0,62.0)岁]、前列腺体积[(60.0±8.2)ml与(57.4±9.4)ml]及术前总前列腺特异性抗原(tPSA)[(1.8±0.9)ng/ml与(2.2±0.9)ng/ml]、残余尿量(PVR)[20.0(0,40.0)ml与20.0(1.3,41.5)ml]、最大尿流率(Q_(max))[(9.4±2.6)ml/s与(9.6±1.9)ml/s]、国际前列腺症状评分(IPSS)[19.0(16.0,21.0)分与19.0(18.0,21.0)分]、生活质量评分(Q0L)[5.0(4.0,5.0)分与5.0(4.0,5.0)分]、国际勃起功能指数(IIEF-5)评分[(18.8±1.0)分与(19.2±0.9)分]差异无统计学意义(均P>0.05)。比较两组的手术时间,以及术后血红蛋白下降值、血钠下降值、膀胱冲洗时间、尿管留置时间。术后1个月门诊复查。比较两组术后1个月Q_(max)、IPSS、QOL、IIEF-5评分等指标。结果所有患者均顺利完成手术,无严重术中并发症发生。双极组手术时间低于红激光组[(57.3±4.2)min与(64.4±6.3)min,P0.05)。双极组和红激光组分别有8例和7例患者因术中发现前列腺炎性改变而留置尿管至术后48~60h,其余患者均在术后24 h内拔除尿管。双极组和红激光组术后1个月的Q_(max)分别为(20.4±1.8)、(21.1±1.7)ml/s,IPSS评分分别为7.0(7.0,8.0)7.0(7.0,8.0)分,Q0L评分分别为3.0(3.0,3.0)3.0(2.0,3.0)分,两组上述指标差异均无统计学意义(P>0.05)。结论等离子双极前列腺剜除术与红激光前列腺剜除术用于BPH患者的日间手术,术后短期Q_(max)、IPSS、血红蛋白降低值等指标无明显差异,二者有相同的疗效和安全性。

关键词：前列腺增生剜除术双极深激光日间手术疗效

基于自噬相关的基因及CT影像特点构建肾细胞癌患者预后模型

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分子影像学杂志 2024年第10期 1081-1090页

作者：李亚县吴伟宙王琼仁詹雄宇郑明星谭万龙南方医科大学南方医院泌尿外科南方医科大学附属茂名医院(茂名市人民医院)泌尿外科

目的探究自噬相关基因在肾细胞癌发展中的作用，基于自噬相关的基因及CT影像特点构建肾细胞癌患者预后模型。方法从TCGA数据库下载肾透明细胞癌患者相关资料，结合自噬相关基因集，探索基于自噬相关基因的肾癌分子亚型及构建个体化自... 详细信息

目的探究自噬相关基因在肾细胞癌发展中的作用，基于自噬相关的基因及CT影像特点构建肾细胞癌患者预后模型。方法从TCGA数据库下载肾透明细胞癌患者相关资料，结合自噬相关基因集，探索基于自噬相关基因的肾癌分子亚型及构建个体化自噬评分系统；通过分析TCIA数据库中肾细胞癌患者CT资料，构建自噬相关基因风险模型及影像组学模型预测肾癌患者预后。结果将肾透明细胞癌分为两种新的分子亚型，预后较差的亚型患者伴有大量免疫细胞浸润（P<0.05），且临床分级更高、分期更晚（P<0.05）。高自噬评分患者的肿瘤基因突变频率明显增加、肿瘤体积更大、更晚期、预后更差（P<0.05）。影像组学联合自噬相关基因模型可较准确预测肾癌患者预后（曲线下面积0.922,95%CI:0.852～0.993)。结论自噬评分高的肾癌患者预后较差，影像组学联合自噬相关基因模型在预测肾癌患者预后中有较好前景。

关键词：肾细胞癌自噬影像组学预后模型

蒙特利尔认知量表评分在ICU机械通气患者脱机中的预测价值

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中国康复医学杂志 2024年第6期39卷 804-812,827页

作者：谭金泽张雷庞文君梁桂英叶金群陈尚杰南方医科大学第二临床医学院广州市510080 南方医科大学附属广东省人民医院(广东省医学科学院)康复医学科南方医科大学附属深圳市宝安医院康复医学科

目的:探讨MoCA评分在ICU机械通气患者脱机中的预测价值。方法:选取2022年10月—2023年8月期间收治于广东省人民医院重症监护室的符合纳入标准与排除标准的机械通气患者127例,其中男性85例,女性42例。所有患者在入科后24h内均评估一般资... 详细信息

目的:探讨MoCA评分在ICU机械通气患者脱机中的预测价值。方法:选取2022年10月—2023年8月期间收治于广东省人民医院重症监护室的符合纳入标准与排除标准的机械通气患者127例,其中男性85例,女性42例。所有患者在入科后24h内均评估一般资料以及MoCA评分、每分通气量(MV)、Apache-II评分、潮气量(VT)、浅快呼吸指数(RSBI)、氧合指数(OI)、血气分析等临床资料,评估患者自主呼吸试验前的机械通气时长,最后评估患者的脱机结局。根据患者的脱机结局分成两组并进行病例对照分析,其中脱机成功组92例,脱机失败组35例,采用单因素分析筛查与脱机失败相关的因素;采用二元logistic多因素回归分析判断影响机械通气患者脱机过程的危险因素与保护因素,计算优势比(OR)、95%置信区间(95%CI)以及准确度(Acc),绘制MoCA评分的受试者工作曲线(ROC曲线),计算曲线下面积(AUC)、约尔登指数(YI)、截断值(Cutoff),以分析MoCA评分在机械通气患者脱机中的预测价值。结果:一般资料比较结果显示,两组患者除BMI外差异均无显著性意义(P>0.05);两组患者临床资料比较结果显示,两组患者的Apache-II、MoCA评分、PaO_(2)、VT、MV、机械通气时长差异有显著性意义(P<0.05);多因素分析结果显示,MoCA评分高(OR=0.824,95%CI:0.720—0.944,P=0.005)是影响脱机结局的独立保护因素。每分通气量高(OR=0.600,95%CI:0.416—0.865,P=0.006)是影响脱机结局的独立保护因素。ROC曲线分析结果显示:MoCA评分的ROC曲线下面积(AUC)为0.746,95%CI为0.661—0.819,P=0.001。最佳截断值为20分,对应的敏感度(Se)和特异度(Sp)分别是77.14%、68.48%,预测准确度(Acc)为74.02%。结论:MoCA评分高是影响脱机结局的独立保护因素,当患者MoCA评分≤20分时,患者发生脱机失败的风险增大。MoCA评分高的患者,其脱机成功率高,MoCA评分每提高1分,脱机成功率增加17.6%。

关键词：重症康复脱机机械通气蒙特利尔认知量表评分预测价值

应用经食管三维超声心动图研究卵圆孔未闭大小及形态

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中国超声医学杂志 2024年第2期40卷 175-177页

作者：于超罗维远余苏陈巧琼彭悦谢玉环冷晓玲南方医科大学第十附属医院(东莞市人民医院)超声科

目的应用经食管三维超声心动图(3D-TEE)观测卵圆孔未闭的解剖结构形态及大小。方法收集卵圆孔未闭(PFO)患者56例，其中偏头痛14例，不明原因脑卒中42例，留存该人群3D-TEE全容积图像，获取PFO形态结构数据，包括PFO隧道长度，PFO入口... 详细信息

目的应用经食管三维超声心动图(3D-TEE)观测卵圆孔未闭的解剖结构形态及大小。方法收集卵圆孔未闭(PFO)患者56例，其中偏头痛14例，不明原因脑卒中42例，留存该人群3D-TEE全容积图像，获取PFO形态结构数据，包括PFO隧道长度，PFO入口、中部及出口3处的高度、宽度及面积，根据PFO隧道长度分组，比较两组间的差异，并分析面积与长度的相关性。结果 3D-TEE与经食管二维超声心动图(2D-TEE)测量PFO隧道长度、PFO入口、中部及出口的高度比较均无统计学意义(P>0.05);PFO的3D-TEE测值除入口高度及出口面积外，其余参数长隧道组均大于非长隧道组(P<0.05)。PFO入口及中部的面积与隧道长度均呈正相关，出口面积与隧道长度无显著相关。结论 3D-TEE可以获取PFO更多的解剖形态信息，尤其是PFO的宽度及面积，对于只应用二维经食管超声测量PFO长度和高度来评估PFO大小进行了有效的信息补充。

关键词：三维经食管超声心动图卵圆孔未闭