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腐食酪螨转录组测序及生物信息学分析

中国血吸虫病防治杂志 2020年第6期32卷 618-622页

作者：贾浩源周颖崔玉宝王婷婷南京医科大学附属无锡人民医院检验科无锡214023

目的获得腐食酪螨转录组数据,为后续基因功能研究奠定基础。方法基于Illumina HiSeqTM 2000高通量测序平台,对腐食酪螨雌雄混合螨体进行测序,采用Trinity软件组装转录本获得单基因簇(Unigenes)。将单基因簇与非冗余蛋白质序列(RefSeq no... 详细信息

目的获得腐食酪螨转录组数据,为后续基因功能研究奠定基础。方法基于Illumina HiSeqTM 2000高通量测序平台,对腐食酪螨雌雄混合螨体进行测序,采用Trinity软件组装转录本获得单基因簇(Unigenes)。将单基因簇与非冗余蛋白质序列(RefSeq non⁃redundant protein sequence,NR)数据库、核苷酸序列(nucleotide sequence database,NT)数据库、Swiss⁃Prot数据库、京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)数据库、直系同源簇(clus⁃ters of orthologous groups,COG)数据库中的蛋白质序列进行比对,对其进行功能注释。将单基因簇按照NR、Swiss⁃Prot蛋白库优先级顺序进行编码序列(coding sequence,CDS)比对、预测。利用MISA软件对腐食酪螨Unigenes进行简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点分析。使用SOAPsnp技术检测螨虫单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)。结果转录组测序数据质控后获得4.67 Gb高质量数据,组装后获得51271个单基因簇,总长度为41848995个核苷酸(nucleotide,nt)、平均长度为816 nt。将单基因簇与公共数据库进行比对和功能注释后,得到29053个有功能注释的Unigenes。预测发现27443条CDS,检测到23092个SSR位点信息和148027个SNP位点信息。结论通过测序技术建立了腐食酪螨转录组数据库,获得了大量腐食酪螨转录本信息,为后续过敏相关基因功能学研究奠定了基础。

关键词：腐食酪螨转录组测序生物信息学分析

基于扩散峰度成像多参数回归模型预测雌激素受体阳性、人表皮生长因子受体2阴性乳腺癌的复发风险

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中华放射学杂志 2024年第2期58卷 201-208页

作者：周卫平昝星有刘晓杨树东方向明南京医科大学无锡医学中心无锡市人民医院南京医科大学附属无锡人民医院影像科无锡214023 南京医科大学无锡医学中心无锡市人民医院南京医科大学附属无锡人民医院超声医学科无锡214023 南京医科大学无锡医学中心无锡市人民医院南京医科大学附属无锡人民医院甲状腺乳腺外科无锡214023 南京医科大学无锡医学中心无锡市人民医院南京医科大学附属无锡人民医院病理科无锡214023

目的探讨基于扩散峰度成像(DKI)参数的回归模型预测雌激素受体(ER)阳性、人表皮生长因子受体2(HER-2)阴性早期浸润性乳腺癌患者的复发风险。方法该研究为横断面研究。回顾性分析2016年1月至2018年12月在无锡市人民医院接受诊治的ER阳性... 详细信息

目的探讨基于扩散峰度成像(DKI)参数的回归模型预测雌激素受体(ER)阳性、人表皮生长因子受体2(HER-2)阴性早期浸润性乳腺癌患者的复发风险。方法该研究为横断面研究。回顾性分析2016年1月至2018年12月在无锡市人民医院接受诊治的ER阳性、HER-2阴性早期浸润性乳腺癌患者50例(50个病灶)的临床病理(年龄、组织学分级、Ki-67水平等)及影像资料。所有患者均为女性, 年龄29~81岁, 术前均接受常规MRI及DKI检查, 评估记录乳腺纤维腺体组织量(FGT)、背景实质强化(BPE)、内部强化特征等, 测量并计算强化峰值(PH)、峰值强化率、达峰时间、平均峰度(MK)、平均扩散率(MD)等指标。根据患者21基因复发评分将50例患者分为低复发风险组和中高复发风险组。采用独立样本t检验、Mann-WhitneyU检验、χ^(2)检验比较2组间各指标的差异。将年龄、PH、MD、MK为自变量构建的logistic模型为Pre1, 以Ki-67、年龄、PH、MD、MK为自变量构建logistic模型为Pre2, 采用受试者操作特征曲线及曲线下面积(AUC)评估模型预测患者低复发风险的效能。结果低复发风险组25例、中高复发风险组25例。低复发风险组与中高复发风险组间年龄、FGT、PH、MD、MK、Ki-67差异具有统计学意义(P均0.05)。Pre1预测ER阳性、HER-2阴性早期浸润性乳腺癌低复发风险的AUC为0.87, 灵敏度为0.76, 特异度为0.88。Pre2预测ER阳性、HER-2阴性早期浸润性乳腺癌低复发风险的AUC为0.92, 灵敏度为0.84, 特异度为0.92。结论基于DKI的多参数模型预测可有效预测ER阳性、HER-2阴性乳腺癌复发风险, 联合Ki-67可进一步提高预测效能, 有效识别低复发风险患者。

关键词：乳腺肿瘤扩散峰度成像磁共振成像 21基因

粉尘螨诱导结膜上皮细胞损伤促进中性粒细胞迁移与中性粒细胞胞外陷阱形成

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中国血吸虫病防治杂志 2023年第3期35卷 271-278页

作者：吴美丽闫茹赵文君南京医科大学附属无锡人民医院临床研究中心江苏无锡214023 江南大学附属儿童医院儿科实验室南京医科大学附属无锡人民医院检验科江苏无锡214023

目的探讨粉尘螨粗提浸液刺激人结膜上皮细胞损伤及诱导中性粒细胞迁移和中性粒细胞胞外陷阱(neutro⁃phil extracellular traps,NETs)形成,从而引起过敏性结膜炎的发病机制。方法采用500、1000、2000、4000 ng/mL粉尘螨粗提浸液刺激人结... 详细信息

目的探讨粉尘螨粗提浸液刺激人结膜上皮细胞损伤及诱导中性粒细胞迁移和中性粒细胞胞外陷阱(neutro⁃phil extracellular traps,NETs)形成,从而引起过敏性结膜炎的发病机制。方法采用500、1000、2000、4000 ng/mL粉尘螨粗提浸液刺激人结膜上皮细胞,采用实时荧光定量PCR(quantitative real⁃time PCR,qPCR)和酶联免疫吸附试验(en⁃zyme⁃linked immunosorbent assay,ELISA)检测人结膜上皮细胞中白细胞介素6(interleukin⁃6,IL⁃6)、肿瘤坏死因子α(tu⁃mor necrosis factor⁃α,TNF⁃α)、γ干扰素(interferon⁃γ,IFN⁃γ)和IL⁃8表达水平。收集人结膜上皮细胞培养上清液,与中性粒细胞共培养,采用Transwell细胞迁移实验检测中性粒细胞迁移数量,采用免疫荧光染色检测NETs标志物髓过氧化物酶(myeloperoxidase,MPO)和瓜氨酸化组蛋白H3(citrullinated histone H3,CitH3)表达。采用佛波酯(phorbol 12⁃myristate 13⁃acetate,PMA)刺激中性粒细胞并收集NETs,应用NETs处理人结膜上皮细胞,采用流式细胞术检测细胞凋亡,采用ELISA法检测细胞培养上清中IL⁃6、TNF⁃α、IFN⁃γ和IL⁃8水平。结果2000、4000 ng/mL粉尘螨粗提浸液处理上调人结膜上皮细胞中IL⁃6、TNF⁃α、IFN⁃γ和IL⁃8表达水平;经2000、4000 ng/mL粉尘螨粗提浸液处理后,人结膜上皮细胞培养上清可促进中性粒细胞迁移,诱导MPO和CitH3染色丝状物增加;增加的NETs进一步诱导人结膜上皮细胞凋亡和IL⁃6、TNF⁃α、IFN⁃γ和IL⁃8释放。结论粉尘螨粗提浸液诱导人结膜上皮细胞损伤,从而促进中性粒细胞迁移与NETs形成,而NETs释放进一步加剧人结膜上皮细胞损伤。

关键词：粉尘螨过敏性结膜炎人结膜上皮细胞中性粒细胞中性粒细胞胞外陷阱

尘螨过敏原Der p 1、Der p 2特异性IgE化学发光免疫检测方法的建立及其性能评估

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中华核医学与分子影像杂志 2022年第3期42卷 160-164页

作者：韩菲菲周鹰张建殷皓吴美丽陈茜崔玉宝南京医科大学附属无锡人民医院医学检验科无锡214023 南京医科大学附属无锡儿童医院儿科实验室无锡214023 南京医科大学附属无锡儿童医院医学检验科无锡214023

目的采用纳米磁微粒化学发光免疫技术建立尘螨过敏原第1、2组分(Der p 1、Der p 2)特异性免疫球蛋白E(sIgE)的定量检测方法。方法通过优化试剂组份和反应模式,评估纳米磁微粒化学发光免疫技术检测Der p 1、Der p 2 sIgE的各项性能指标... 详细信息

目的采用纳米磁微粒化学发光免疫技术建立尘螨过敏原第1、2组分(Der p 1、Der p 2)特异性免疫球蛋白E(sIgE)的定量检测方法。方法通过优化试剂组份和反应模式,评估纳米磁微粒化学发光免疫技术检测Der p 1、Der p 2 sIgE的各项性能指标。同时检测50例疑似尘螨过敏患者血清Der p 1、Der p 2 sIgE水平,与Phadia系统测定结果为标准进行比较,其一致性的比较采用Kappa检验。结果最佳实验体系为:磁微粒用量25μg,反应缓冲液(pH值7.4)含0.1 mol/L Tris-HCl、质量分数0.25%酪蛋白,包被液含20 mmol/L磷酸缓冲液(PB)、质量分数1%牛血清白蛋白(BSA),发光增强液含体积分数0.05%Triton X-100,采用两步法免疫反应,样本量为20μl,反应温度为37℃。检测体系最低检出限小于0.01 kU/L,线性范围0.2~100.0 kU/L,批内、批间精密度分别小于5%、7%,Der p 1和Der p 2交叉污染率分别为0.19%、0.21%。与Phadia系统测定结果比较,Der p 1阳性、阴性符合率分别为78.0%(32/41)、9/9,一致性较好(Kappa=0.65,P=0.008);Der p 2阳性、阴性符合率分别为93.3%(28/30)、85.0%(17/20),一致性也较好(Kappa=0.79,P=0.003)。结论成功建立了尘螨过敏原Der p 1、Der p 2 sIgE纳米磁微粒化学发光免疫检测方法,其各项性能指标良好,与Phadia系统有较好的一致性。

关键词：免疫球蛋白E 抗原,尘螨属欧洲屋尘螨化学发光测定法纳米粒子

脑灰质体积及结构协变网络在脑小血管病伴认知障碍患者中变化特征

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中华放射学杂志 2024年第5期58卷 496-502页

作者：马琳曾思元毛海霞师亚晨王枫方向明南京医科大学无锡医学中心南京医科大学附属无锡人民医院放射科无锡214023

目的探讨脑小血管病(CSVD)伴认知障碍患者灰质体积(GMV)的变化特点及其结构协变网络(SCN)的改变模式。方法该研究为横断面研究。前瞻性纳入2021年10月至2022年12月于南京医科大学附属无锡人民医院就诊的CSVD患者98例。采用认知状态评估... 详细信息

目的探讨脑小血管病(CSVD)伴认知障碍患者灰质体积(GMV)的变化特点及其结构协变网络(SCN)的改变模式。方法该研究为横断面研究。前瞻性纳入2021年10月至2022年12月于南京医科大学附属无锡人民医院就诊的CSVD患者98例。采用认知状态评估量表对患者进行评估,根据有无认知障碍将患者分为CSVD伴认知障碍组57例和CSVD不伴认知障碍组41例。所有患者均接受MRI检查,采集三维T 1WI结构像数据,通过SPM12工具箱及CAT12工具包比较2组受试者GMV的差异,同时对2组差异的GMV与认知状态评估量表评分进行Pearson相关性分析。基于MATLAB平台的BCT软件包构建GMV相关的结构协变网络(SCN),利用图论分析法进行SCN分析,在设定的稀疏度范围内计算全局参数及局部参数的曲线下面积(AUC),采用置换检验比较2组AUC的差异。结果CSVD伴认知障碍组患者在双侧海马、海马旁回、梭状回及左侧杏仁核GMV明显低于CSVD不伴认知障碍组(FWE校正P<0.05),并且这些区域的GMV与认知状态评估量表有相关性(P<0.05)。在SCN的全局网络水平,CSVD伴认知障碍组最短路径长度的AUC显著高于CSVD不伴认知障碍组(P=0.023),而全局效率的AUC显著低于CSVD不伴认知障碍组(P=0.005)。在局部网络水平,CSVD伴认知障碍组左侧豆状壳核节点度及节点效率较CSVD不伴认知障碍组显著下降(FDR校正P<0.05)。结论CSVD伴认知障碍患者双侧海马、海马旁回、梭状回及左侧杏仁核的GMV减少;在SCN中,最短路径长度增加而全局效率减低,左侧豆状壳核的节点度及节点效率减低。

关键词：认知障碍磁共振成像脑小血管病灰质体积图论分析

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受者体质量指数对肺移植术后早期预后的影响

器官移植 2023年第5期14卷 669-675页

作者：王大鹏李小杉徐忠平梁城龙胡春晓许红阳南京医科大学附属无锡人民医院重症医学科江苏无锡214023 南京医科大学附属无锡人民医院麻醉科江苏无锡214023

目的探讨受者体质量指数(BMI)对肺移植术后早期预后的影响。方法回顾性分析307例肺移植受者的临床资料,根据受者术前BMI水平分为低BMI组(BMI<18.5 kg/m^(2),114例)、正常BMI组(18.5 kg/m^(2)≤BMI<24 kg/m^(2),145例)和高BMI组(BMI≥24.... 详细信息

目的探讨受者体质量指数(BMI)对肺移植术后早期预后的影响。方法回顾性分析307例肺移植受者的临床资料,根据受者术前BMI水平分为低BMI组(BMI检验比较生存率差异。使用多因素Cox回归分析不同BMI组受者肺移植术后30 d、90 d和180 d死亡风险。结果各组受者年龄、性别差异均有统计学意义(均为P<0.05)。在肺移植术后180 d生存分析中,不同BMI组受者的生存率差异有统计学意义(P<0.05)。多因素Cox回归分析结果显示,高BMI组受者肺移植术后90 d的死亡风险是正常BMI组的2.295倍[风险比(HR)2.295,95%可信区间(CI)1.064~4.947,P=0.034];高BMI组受者肺移植术后180 d的死亡风险是正常BMI组的2.783倍(HR 2.783,95%CI 1.333~5.810,P=0.006),低BMI组的死亡风险是正常BMI组的2.181倍(HR2.181,95%CI 1.124~4.232,P=0.021)。结论相对于正常BMI的受者,术前受者高BMI与低BMI均增加肺移植术后早期死亡风险,术前尽量将受者BMI调整至正常范围有助于改善肺移植受者早期预后。

关键词：体质量指数肺移植受者早期预后生存率原发性移植物失功肥胖营养不良

microRNA let-7在COPD稳定期男性患者血清中的表达及临床意义

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南京医科大学学报（自然科学版） 2023年第2期43卷 230-235页

作者：张哲明吴艳邸婷婷范晓东郁震吴霞王春新邵耀明杨玥卞涛南京医科大学附属无锡人民医院呼吸与危重症医学科江苏无锡214023 南京医科大学附属无锡人民医院医学检验科江苏无锡214023

目的:探讨microRNA let-7在慢性阻塞性肺疾病(COPD)稳定期男性患者血清中的表达及其临床意义。方法:选取160例COPD稳定期患者和100例健康志愿者,收集一般临床资料,采集血浆样本并4℃离心提取血清;qPCR检测各组血清中let-7a、let-7c、let... 详细信息

目的:探讨microRNA let-7在慢性阻塞性肺疾病(COPD)稳定期男性患者血清中的表达及其临床意义。方法:选取160例COPD稳定期患者和100例健康志愿者,收集一般临床资料,采集血浆样本并4℃离心提取血清;qPCR检测各组血清中let-7a、let-7c、let-7d相对表达水平;对let-7与肺通气功能进行相关性分析;ROC曲线分析let-7对COPD的诊断价值。结果:COPD患者血清let-7a、let-7c、let-7d表达量明显低于不吸烟对照组和吸烟对照组(P0.05);吸烟对照组血清let-7的表达量低于不吸烟对照组,但差异无统计学意义(P>0.05)。经Pearson分析,血清let-7表达量与FEV1/FVC、MEF_(75)%pred、MEF_(50)%pred、MEF25%pred、MMEF_(75/25)%pred均呈正相关(P0.05)。ROC曲线分析结果显示,let-7a、let-7c、let-7d、联合指标的ROC曲线下面积分别为0.808、0.708、0.761、0.828;联合指标的诊断效能较好,灵敏度、特异度分别为83.51%、70.51%。结论:血清let-7表达水平的降低与COPD的发病有关,let-7对轻度COPD患者有诊断价值,可为临床及时诊断和规范治疗提供参考。

关键词：慢性阻塞性肺疾病 let-7 肺通气功能

血液科患者临床分离病原菌分布及药物敏感性分析

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中国实验血液学杂志 2023年第2期31卷 568-574页

作者：钱莉夏文颖倪芳张晓慧南京医科大学第四附属医院检验科江苏南京210031 南京医科大学第一附属医院(江苏省人民医院)检验学部江苏南京210029

目的:探讨血液科患者临床分离病原菌分布及药敏特征,为临床合理使用抗生素提供依据。方法:回顾性分析2015-2020年南京医科大学第一附属医院血液科患者的病原菌种类分布和药物敏感性数据,并对不同标本类型分离的病原菌进行对比分析。结果... 详细信息

目的:探讨血液科患者临床分离病原菌分布及药敏特征,为临床合理使用抗生素提供依据。方法:回顾性分析2015-2020年南京医科大学第一附属医院血液科患者的病原菌种类分布和药物敏感性数据,并对不同标本类型分离的病原菌进行对比分析。结果:2015-2020年血液科1501例患者共分离出病原菌2029株,其中62.2%为革兰阴性杆菌,主要为大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、嗜麦芽窄食单胞菌和鲍曼不动杆菌;革兰阳性球菌占18.8%,主要为凝固酶阴性葡萄球菌(CoNS)和金黄色葡萄球菌;真菌(17.4%)以念珠菌属为主。2029株病原菌主要分离自呼吸道(35.1%)、血液(31.8%)和尿液(19.2%)标本。不同标本类型的病原菌均以革兰阴性杆菌为主(>60%),呼吸道标本最多见者依次为肺炎克雷伯菌、嗜麦芽窄食单胞菌和鲍曼不动杆菌,血液标本以大肠埃希菌、CoNS、肺炎克雷伯菌和铜绿假单胞菌多见,尿液标本以大肠埃希菌和肠球菌最为常见。肠杆菌目细菌对阿米卡星、碳青霉烯类药物的敏感率最高(>90.0%),其次是哌拉西林/他唑巴坦;铜绿假单胞菌对除氨曲南(科患者临床分离病原菌以革兰阴性杆菌为主,不同标本类型的病原菌分布有所不同,且各菌株对抗菌药物敏感性差异较大。临床应根据不同感染部位合理使用抗菌药物,预防病原菌耐药的发生。

关键词：血液病病原菌耐药性感染

胎盘生长因子荧光免疫层析法检测的临床性能评估

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南京医科大学学报（自然科学版） 2021年第1期41卷 54-58,64页

作者：马锦琪李鹰黄建荣薛一峰许亚丰王春新南京医科大学附属无锡人民医院产科江苏无锡214023 南京医科大学附属无锡人民医院医学检验科江苏无锡214023

目的:建立胎盘生长因子(placental growth factor,PlGF)荧光免疫层析的检测方法,在此基础上进行分析性能与临床性能评价。方法:鼠抗人PlGF单抗荧光标记、羊抗人PlGF多抗包被硝酸纤维素膜,建立PlGF的荧光免疫层析检测方法,并对其线性范... 详细信息

目的:建立胎盘生长因子(placental growth factor,PlGF)荧光免疫层析的检测方法,在此基础上进行分析性能与临床性能评价。方法:鼠抗人PlGF单抗荧光标记、羊抗人PlGF多抗包被硝酸纤维素膜,建立PlGF的荧光免疫层析检测方法,并对其线性范围、准确度、重复性等分析性能进行评价;以电化学发光法为对照,采用136例孕妇血清进行临床性能评价。结果:荧光免疫层析检测方法的线性范围为20.0~9 000.0 pg/mL,准确度为97.98%,重复性、变异系数CV为3.14%(500.0 pg/mL)和2.98%(5 000.0 pg/mL);与电化学发光法具有良好的线性相关性:y=1.032x-5.002(r=0.991);Bland-Altman统计分析显示,荧光免疫层析法检测结果的平均值略高于电化学发光法,但差异无统计学意义(P>0.05)。结论:PlGF荧光免疫层析检测方法的分析性能与临床性能较佳,适合临床应用。

关键词：胎盘生长因子荧光免疫层析子痫前期