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存在时依性混杂时的G方法

中华疾病控制杂志 2021年第6期25卷 625-631页

作者：仇沁晓尤东方赵杨南京医科大学公共卫生学院生物统计学系南京211166 南京医科大学生物医学大数据重点实验室肿瘤个体化医学协同创新中心南京211166

目的介绍处理时依性混杂的G方法,并对不同G方法进行探讨和比较。方法通过4个情境的模拟试验验证不同G方法在不同情境下对时依性混杂的处理效果,并应用英国生物样本库(UK Biobank)的数据集进行实例分析。结果模拟试验和实例分析结果均显... 详细信息

目的介绍处理时依性混杂的G方法,并对不同G方法进行探讨和比较。方法通过4个情境的模拟试验验证不同G方法在不同情境下对时依性混杂的处理效果,并应用英国生物样本库(UK Biobank)的数据集进行实例分析。结果模拟试验和实例分析结果均显示G方法能有效处理时依性混杂。模拟试验显示3种方法效果类似,G-computation易受G-null paradox的影响。随着时依性混杂因素数量增加,相比于G-computation和G-estimation,逆概率加权法(inverse probability of treatment weighting,IPTW)的效果波动较大。结论不同G方法都能适当地处理时依性混杂,降低统计分析过程中的偏倚大小。

关键词：时依性混杂碰撞偏倚 G方法

单效应汇总回归模型在多组学数据共定位分析中的应用

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中华疾病控制杂志 2024年第1期28卷 117-121页

作者：黄婷刘晋成李会琳吴怡雯郁尔季锴唐少文赵杨戴俊程易洪刚南京医科大学公共卫生学院生物统计学系南京211166 南京医科大学公共卫生学院流行病学系南京211166 南京医科大学生物医学大数据重点实验室肿瘤个体化医学协同创新中心南京211166

目的探讨单效应汇总(sum of single effects,SuSiE)回归模型在多组学数据共定位分析中的应用。方法以多组学模拟数据为例,介绍单效应汇总回归模型的基本原理和R软件分析。结果SuSiE回归模型通过利用单核苷酸多态性(single nucleotide po... 详细信息

目的探讨单效应汇总(sum of single effects,SuSiE)回归模型在多组学数据共定位分析中的应用。方法以多组学模拟数据为例,介绍单效应汇总回归模型的基本原理和R软件分析。结果SuSiE回归模型通过利用单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs)位点之间因连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)产生的相关性,允许在有多个因果变异的情况下,正确识别两个组学数据与表型相关的共定位点。结论相对于传统方法,SuSiE回归模型拓展了单一因果变异假设这一适用条件,且计算效率较高,从而有助于利用多组学数据检测多个潜在与疾病相关联位点。

关键词：多组学共定位近似贝叶斯因子因果变异

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第6版日本《胃癌治疗指南》更新要点解读

中国实用外科杂志 2022年第1期42卷 35-40页

作者：葛晗张殿彩徐泽宽南京医科大学第一附属医院胃肠外科中心江苏省肿瘤生物标志物及防治重点实验室南京医科大学肿瘤个体化医学协同创新中心江苏南京210029

日本《胃癌治疗指南》是日本乃至全球胃癌治疗领域的重要指导性文件,其临床意义重大。2021年3月"第93届日本胃癌学会年会"于线上召开,对2018年以来胃癌治疗的新方法、新思路、新探索进行了总结,并以此为基础对第5版《胃癌治疗指南》进... 详细信息

日本《胃癌治疗指南》是日本乃至全球胃癌治疗领域的重要指导性文件,其临床意义重大。2021年3月"第93届日本胃癌学会年会"于线上召开,对2018年以来胃癌治疗的新方法、新思路、新探索进行了总结,并以此为基础对第5版《胃癌治疗指南》进行更新,于2021年7月出版。新版指南在胃癌内镜治疗、手术治疗、化疗的适应证、推荐方案等方面均有不同程度的更新。

关键词：胃癌指南腹腔镜手术胃食管结合部癌化疗

1项初诊中国慢性淋巴细胞白血病患者的IGHV基因使用特征的单中心回顾性研究

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南京医科大学学报（自然科学版） 2022年第3期42卷 382-386页

作者：陈睿泽夏奕南京医科大学第一附属医院血液科南京医科大学血液研究重点实验室江苏省肿瘤个体化医学协同创新中心江苏南京210029

目的:探索不同免疫球蛋白重链可变区基因(immunoglobulin heavy-chain variable region gene,IGHV)片段在中国慢性淋巴细胞白血病(chronic lymphocytic leukemia,CLL)患者中的分布及其预后价值。方法:本研究回顾性分析了291例于南京医... 详细信息

目的:探索不同免疫球蛋白重链可变区基因(immunoglobulin heavy-chain variable region gene,IGHV)片段在中国慢性淋巴细胞白血病(chronic lymphocytic leukemia,CLL)患者中的分布及其预后价值。方法:本研究回顾性分析了291例于南京医科大学第一附属医院血液科就诊的初诊CLL患者的IGHV基因特征,利用IMGT数据库和IMGT/V-QUEST工具进行序列分析比对。结果:本研究发现中国CLL患者在IGHV基因片段的使用上与西方CLL患者显著不同:中国CLL患者IGHV3-7、IGHV4-39使用率更高,IGHV1-69使用率更低。在使用率更高的2个基因片段中,IGHV4-39与较短的至首次治疗时间相关,并与晚期疾病、细胞遗传学12号染色体三体、NOTCH1基因突变和黏附因子CD49d高表达等预后不良因素相关。结论:IGHV基因使用对判断CLL预后具有重要价值,中国CLL患者中IGHV4-39的高频使用可能导致预后不良,值得进一步研究和关注。

关键词：慢性淋巴细胞白血病 IGHV基因使用 IGHV4-39 预后

观察性研究中针对未测量混杂干扰的敏感性分析方法

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中华流行病学杂志 2019年第11期40卷 1470-1475页

作者：王丹华尤东方黄丽红赵杨南京医科大学公共卫生学院生物统计学系 211166 南京医科大学现代毒理学教育部重点实验室 211166 复旦大学附属中山医院生物统计室上海200032 江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室南京211166 肿瘤个体化医学协同创新中心南京211166 南京医科大学生物医学大数据重点实验室 211166

目的介绍敏感性分析方法,并对不同方法进行探讨和比较.方法通过模拟试验和实例比较混杂函数敏感性分析法和边界因子敏感性分析方法在观察性研究中校正未测量混杂因素准确性的差异.结果模拟试验与实际例子研究结果均显示,当暴露(X)与... 详细信息

目的介绍敏感性分析方法,并对不同方法进行探讨和比较.方法通过模拟试验和实例比较混杂函数敏感性分析法和边界因子敏感性分析方法在观察性研究中校正未测量混杂因素准确性的差异.结果模拟试验与实际例子研究结果均显示,当暴露(X)与结局(Y)之间存在未测量混杂情况下,混杂函数法和边界因子相比,在分析未测量混杂因素的效应至少达到多大强度才能导致观测效应值大小和方向彻底改变的问题上,混杂函数和边界因子分析结果相似.但混杂函数法在完全解释观测效应值时所需的混杂效应强度小于边界因子做出同样解释所需的混杂效应值.边界因子分析中设置两个参数,而混杂函数中只有一个参数,混杂函数法在分析计算过程中较边界因子法简便灵敏.结论对于真实世界观察性研究数据,分析暴露(X)与结局(Y)之间的因果效应时,敏感性分析过程必不可少,从计算过程和结果解释上,混杂函数敏感性分析方法是一个值得推荐的方法.

关键词：观察性研究因果推断未测量混杂因素敏感性分析

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肺癌流行病学研究年度进展2022

中华医学杂志 2023年第14期103卷 1068-1073页

作者：秦娜马红霞靳光付沈洪兵胡志斌南京医科大学公共卫生学院流行病学系江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室部省共建肿瘤个体化医学协同创新中心南京211166

肺癌是全球发病率和死亡率最高的恶性肿瘤之一,严重危害人类的健康。本文对2022年1月1日至12月10日国内外肺癌流行病学领域的研究进展进行综述。研究发现,随着肺癌病因学研究的深入和精准医学的开展,全球肺癌的发病率和死亡率得到了一... 详细信息

肺癌是全球发病率和死亡率最高的恶性肿瘤之一,严重危害人类的健康。本文对2022年1月1日至12月10日国内外肺癌流行病学领域的研究进展进行综述。研究发现,随着肺癌病因学研究的深入和精准医学的开展,全球肺癌的发病率和死亡率得到了一定程度的控制;大规模人群队列和生物银行的建设推动了肺癌的病因学研究,阐明肺癌发病与吸烟、空气污染、慢性病共病、饮食和生活习惯等因素的关联对肺癌一级预防策略的制定具有积极意义;高通量组学检测技术的发展推动了罕见胚系变异、嵌合基因组变异、“表观时钟”、循环细胞游离DNA(cfDNA)甲基化和血浆代谢物等新型生物标志物的发现,有助于优化肺癌个体化风险评估模型和提高肺癌早期筛查效果;深度学习等人工智能算法可揭示影像组学特征与临床诊疗数据之间的深层关系,提升肺癌的筛查效能。上述研究发现为肺癌精准防治工作的有效开展提供了技术支撑和理论依据。

关键词：肺肿瘤发病率死亡率危险因素分子标志物人工智能流行病学

利用因果森林估计异质性人群下个体的处理效应

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中华流行病学杂志 2019年第6期40卷 707-712页

作者：何文静尤东方张汝阳于浩陈峰胡志斌赵杨南京医科大学公共卫生学院生物统计学系 211166 南京医科大学现代毒理学教育部重点实验室 211166 南京医科大学-哈佛大学公共卫生学院健康与风险评估联合实验室 211166 南京医科大学生物医学大数据重点实验室 211166 南京医科大学公共卫生学院流行病学系 211166 江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室南京211166 肿瘤个体化医学协同创新中心南京211166

目的探讨因果森林在异质性人群中估计个体处理效应的有效性及如何应用于实例数据以挖掘异质性人群特征。方法设计4种模拟方案,通过模拟试验验证因果森林在不同处理效应环境设置下对个体处理效应进行估计的效果,并应用于右心导管插入术... 详细信息

目的探讨因果森林在异质性人群中估计个体处理效应的有效性及如何应用于实例数据以挖掘异质性人群特征。方法设计4种模拟方案,通过模拟试验验证因果森林在不同处理效应环境设置下对个体处理效应进行估计的效果,并应用于右心导管插入术实例数据集进行分析。结果模拟试验结果表明,在4种不同效应值设置下,用因果森林方法所估计的个体处理效应值都能与总体效应相吻合,符合预期分布;实例数据分析结果显示绝大多数患者个体处理效应为正值,使用RHC会导致该样本人群180d死亡率增高,2月生存模型估计概率和白蛋白含量偏低的患者在使用RHC后更倾向于有较低的死亡风险。结论因果森林能够有效地估计个体处理效应,为个体是否接受某种处理提供建议。

关键词：因果森林异质性个体处理效应

M6A修饰EGLN3、FOSL2参与鼻咽癌辐射抗拒

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中华放射肿瘤学杂志 2024年第2期33卷 158-167页

作者：王天翔章平川陈坤何侠尹丽南京医科大学附属肿瘤医院、江苏省肿瘤医院、江苏省肿瘤防治研究所放疗科南京210009不详南京医科大学第四临床医学院南京211166 南京医科大学肿瘤个体化医学协同创新中心南京211166

目的基于芯片数据并通过细胞实验验证鼻咽癌受m6A甲基化调控的关键放射抗拒基因。方法从GEO数据库分别下载鼻咽癌放射抗拒基因与鼻咽癌m6A调控基因以及鼻咽癌基因mRNA表达谱芯片数据,使用R软件进行差异基因的筛选与统计学分析,采用生物... 详细信息

目的基于芯片数据并通过细胞实验验证鼻咽癌受m6A甲基化调控的关键放射抗拒基因。方法从GEO数据库分别下载鼻咽癌放射抗拒基因与鼻咽癌m6A调控基因以及鼻咽癌基因mRNA表达谱芯片数据,使用R软件进行差异基因的筛选与统计学分析,采用生物信息学方法对这些基因进行生物学过程、信号通路及互作网络分析。分别通过敲低m6A调控因子、放射抵抗株构建,以实时反转录PCR(qRT-PCR)和蛋白质印迹法对上述鼻咽癌m6A差异放射抗拒基因进行筛选验证。甲基化RNA免疫共沉淀后实时定量PCR(MeRIP-qPCR)验证筛选基因的m6A修饰及与甲基转移酶3(METTL3)直接结合的能力。在鼻咽癌细胞中转染筛选基因的siRNA,电离辐射处理后,用CCK-8、EdU法检测细胞增殖,流式细胞术检测细胞凋亡和细胞周期,克隆形成实验检测放射敏感性。通过配对t检验,比较电离辐射处理后对照组与EGLN3敲减组Fe^(2+)丰度及脂质过氧化程度的差异趋势。结果芯片数据GSE48501与GSE200792、GSE53819交集得到6个差异基因,分别是EGLN3、FOSL2、ADM、JUN、VEGFA、PRDM1。经TNMplot、KMplot等生信数据平台进一步筛选得到目标基因EGLN3、FOSL2。目标基因mRNA直接与METTL3结合并受到其介导的m6A修饰。目标基因在电离辐射后的亲代细胞中呈现剂量、时间梯度上调;在放射抵抗细胞中也显著上调。沉默EGLN3/FOSL2后的鼻咽癌细胞经照射处理后,细胞增殖活性下降更多,与未下调者的放射增敏比的差异有统计学意义。沉默EGLN3后的鼻咽癌细胞经照射处理后,显著下调谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)表达,并进一步增加Fe^(2+)丰度及脂质过氧化程度,通过诱发铁死亡发挥放疗增敏作用。结论EGLN3、FOSL2在鼻咽癌中通过METTL3介导的m6A甲基化修饰发挥放射抵抗作用;下调EGLN3并联合电离辐射可以增加鼻咽癌细胞内Fe^(2+)丰度、脂质过氧化程度并降低GPX4表达,以铁死亡途径增鼻咽癌放射敏感性。

关键词：鼻咽肿瘤放射敏感性 m6A甲基化铁死亡

microRNA合成通路基因SNP与头颈鳞癌发病风险的关联研究

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中华流行病学杂志 2016年第8期37卷 1069-1073页

作者：袁雯雯杭栋王礼华陈苏虹丁中兴胡志斌马红霞南京医科大学公共卫生学院流行病学系 211166 江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室、肿瘤个体化医学协同创新中心南京211166

目的探讨microRNA合成通路基因单核苷酸多态性（SNP）与头颈鳞癌发病风险的关联。方法采用病例对照研究设计，纳入年龄（±5岁）、性别频数匹配的576例头颈鳞癌患者和1 552名健康对照。应用Illumina Infinium BeadChip平台检测microRN... 详细信息

目的探讨microRNA合成通路基因单核苷酸多态性（SNP）与头颈鳞癌发病风险的关联。方法采用病例对照研究设计，纳入年龄（±5岁）、性别频数匹配的576例头颈鳞癌患者和1 552名健康对照。应用Illumina Infinium BeadChip平台检测microRNA合成通路上DICER1、GEMIN3、PIWIL1的8个潜在功能性SNP位点。通过单因素和多因素logistic回归模型分析不同基因型与头颈鳞癌间的关联。结果 PIWIL1 rs1106042（G〉A）的等位基因频率在病例组和对照组中的差异有统计学意义（P=0.011）；在调整年龄、性别、吸烟和饮酒等因素后，携带rs1106042 A等位基因的基因型个体发生头颈鳞癌的风险降低（相加模型：aOR=0.73，95% CI：0.57～0.93， P=0.011）；分层分析显示，rs1106042 A等位基因在年龄≥60岁、女性、非吸烟、非饮酒、口腔癌亚组中具有降低肿瘤发病风险的效应（P〈0.05）。结论 PIWIL1基因的潜在功能SNP位点可能与中国人群头颈鳞癌的发病风险相关。

关键词：头颈鳞癌微小RNA 单核苷酸多态性 PIWIL1 病例对照研究