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多重并行中介分析方法的比较研究

中华流行病学杂志 2022年第5期43卷 739-746页

作者：于洋仇沁晓尤东方赵杨南京医科大学公共卫生学院生物统计学系南京211166 南京医科大学生物医学大数据重点实验室/肿瘤个体化医学协同创新中心南京211166

目的介绍4种多重并行中介模型的分析方法,包括纯回归法、逆概率加权法、扩展的自然效应模型和基于权重的填补法,并对其进行探讨和比较。方法针对多重并行中介模型,通过3种情境的模拟试验比较不同方法在不同情境下估计直接效应和间接效... 详细信息

目的介绍4种多重并行中介模型的分析方法,包括纯回归法、逆概率加权法、扩展的自然效应模型和基于权重的填补法,并对其进行探讨和比较。方法针对多重并行中介模型,通过3种情境的模拟试验比较不同方法在不同情境下估计直接效应和间接效应的表现,并应用英国生物样本库的数据集进行实例分析。结果模拟试验和实例分析结果显示纯回归法和逆概率加权法对各效应的估计偏倚较小,扩展的自然效应模型次之,基于权重的填补法与另外3种的估计结果差异较大。结论不同的多重并行中介分析方法有不同的适用情境以及各自的优缺点,纯回归法更适用于连续中介的情形,逆概率加权法更适用于二分类中介的情形,扩展的自然效应模型在用于两个并行中介的残差呈正相关且相关程度较小时更佳,而基于权重的填补法可能并不适用于并行中介的情形,因而实际应用时应根据具体情境选择合适的方法。

关键词：多重并行中介分析并行中介效应逆概率加权法

单效应汇总回归模型在多组学数据共定位分析中的应用

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中华疾病控制杂志 2024年第1期28卷 117-121页

作者：黄婷刘晋成李会琳吴怡雯郁尔季锴唐少文赵杨戴俊程易洪刚南京医科大学公共卫生学院生物统计学系南京211166 南京医科大学公共卫生学院流行病学系南京211166 南京医科大学生物医学大数据重点实验室肿瘤个体化医学协同创新中心南京211166

目的探讨单效应汇总(sum of single effects,SuSiE)回归模型在多组学数据共定位分析中的应用。方法以多组学模拟数据为例,介绍单效应汇总回归模型的基本原理和R软件分析。结果SuSiE回归模型通过利用单核苷酸多态性(single nucleotide po... 详细信息

目的探讨单效应汇总(sum of single effects,SuSiE)回归模型在多组学数据共定位分析中的应用。方法以多组学模拟数据为例,介绍单效应汇总回归模型的基本原理和R软件分析。结果SuSiE回归模型通过利用单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs)位点之间因连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)产生的相关性,允许在有多个因果变异的情况下,正确识别两个组学数据与表型相关的共定位点。结论相对于传统方法,SuSiE回归模型拓展了单一因果变异假设这一适用条件,且计算效率较高,从而有助于利用多组学数据检测多个潜在与疾病相关联位点。

关键词：多组学共定位近似贝叶斯因子因果变异

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存在时依性混杂时的G方法

中华疾病控制杂志 2021年第6期25卷 625-631页

作者：仇沁晓尤东方赵杨南京医科大学公共卫生学院生物统计学系南京211166 南京医科大学生物医学大数据重点实验室肿瘤个体化医学协同创新中心南京211166

目的介绍处理时依性混杂的G方法,并对不同G方法进行探讨和比较。方法通过4个情境的模拟试验验证不同G方法在不同情境下对时依性混杂的处理效果,并应用英国生物样本库(UK Biobank)的数据集进行实例分析。结果模拟试验和实例分析结果均显... 详细信息

目的介绍处理时依性混杂的G方法,并对不同G方法进行探讨和比较。方法通过4个情境的模拟试验验证不同G方法在不同情境下对时依性混杂的处理效果,并应用英国生物样本库(UK Biobank)的数据集进行实例分析。结果模拟试验和实例分析结果均显示G方法能有效处理时依性混杂。模拟试验显示3种方法效果类似,G-computation易受G-null paradox的影响。随着时依性混杂因素数量增加,相比于G-computation和G-estimation,逆概率加权法(inverse probability of treatment weighting,IPTW)的效果波动较大。结论不同G方法都能适当地处理时依性混杂,降低统计分析过程中的偏倚大小。

关键词：时依性混杂碰撞偏倚 G方法

基于fMRI的内源性注意下视听整合的脑网络研究

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听力学及言语疾病杂志 2023年第2期31卷 103-108页

作者：管中天燕明丽林萌王松建张娟王宁宇张旭李春林首都医科大学生物医学工程学院北京100069 首都医科大学大数据精准医疗高精尖创新中心首都医科大学临床生物力学应用基础研究北京市重点实验室北京大学第一医院首都医科大学附属同仁医院首都医科大学附属北京朝阳医院

目的探讨内源性注意调控下视听整合的脑网络有效连接。方法选择25名视觉、听觉正常且认知能力正常的青年人作为受试者(平均年龄24±2岁,均为右利手),基于Posner范式进行视听注意(VA)、视觉注意(Va)及听觉注意(Av)三种不同注意下的认知任... 详细信息

目的探讨内源性注意调控下视听整合的脑网络有效连接。方法选择25名视觉、听觉正常且认知能力正常的青年人作为受试者(平均年龄24±2岁,均为右利手),基于Posner范式进行视听注意(VA)、视觉注意(Va)及听觉注意(Av)三种不同注意下的认知任务,应用功能磁共振(fMRI)成像技术采集脑影像数据,分析三种任务间显著性差异激活脑区;采用格兰杰因果分析确定差异性脑激活区间的有效连接。结果三种任务中基础感觉皮层如枕下回(inferior occipital gyrus,IOG)、枕中回(middle occipital gyrus,MOG)、颞上回(superior temporal gyrus,STG)和舌回(lingual gyrus,LING),背侧额顶网络如中央前回(precentral gyrus,PreCG)、楔前叶(precuneus,PCUN)、辅助运动区(supplementary motor area,SMA)与顶下小叶(inferior parietal lobule,IPL)均被广泛激活,且格兰杰因果分析结果显示视听注意与视觉注意任务间存在六条显著差异连接(SMA.L→IOG.L,PCUN.R→IPL.L,STG.L→PreCG.R,MOG.L→MOG.R,IOG.L→PreCG.L,IOG.R→IPL.L);视听注意与听觉注意任务间存在三条显著差异连接(IPL.L→MOG.L,STG.L→PreCG.R,STG.L→LING.R)。结论内源性注意调控下,额顶网络与基础感觉皮层间存在双向显著差异连接,揭示了视听整合过程依赖于额顶网络与基础感觉皮层间的前馈与反馈信息流的脑网络机制。

关键词：视听整合功能磁共振成像内源性注意格兰杰因果分析

观察性研究中针对未测量混杂干扰的敏感性分析方法

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中华流行病学杂志 2019年第11期40卷 1470-1475页

作者：王丹华尤东方黄丽红赵杨南京医科大学公共卫生学院生物统计学系 211166 南京医科大学现代毒理学教育部重点实验室 211166 复旦大学附属中山医院生物统计室上海200032 江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室南京211166 肿瘤个体化医学协同创新中心南京211166 南京医科大学生物医学大数据重点实验室 211166

目的介绍敏感性分析方法,并对不同方法进行探讨和比较.方法通过模拟试验和实例比较混杂函数敏感性分析法和边界因子敏感性分析方法在观察性研究中校正未测量混杂因素准确性的差异.结果模拟试验与实际例子研究结果均显示,当暴露(X)与... 详细信息

目的介绍敏感性分析方法,并对不同方法进行探讨和比较.方法通过模拟试验和实例比较混杂函数敏感性分析法和边界因子敏感性分析方法在观察性研究中校正未测量混杂因素准确性的差异.结果模拟试验与实际例子研究结果均显示,当暴露(X)与结局(Y)之间存在未测量混杂情况下,混杂函数法和边界因子相比,在分析未测量混杂因素的效应至少达到多大强度才能导致观测效应值大小和方向彻底改变的问题上,混杂函数和边界因子分析结果相似.但混杂函数法在完全解释观测效应值时所需的混杂效应强度小于边界因子做出同样解释所需的混杂效应值.边界因子分析中设置两个参数,而混杂函数中只有一个参数,混杂函数法在分析计算过程中较边界因子法简便灵敏.结论对于真实世界观察性研究数据,分析暴露(X)与结局(Y)之间的因果效应时,敏感性分析过程必不可少,从计算过程和结果解释上,混杂函数敏感性分析方法是一个值得推荐的方法.

关键词：观察性研究因果推断未测量混杂因素敏感性分析

基于医学领域知识和远程监督的医学实体关系抽取研究

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数据分析与知识发现 2022年第6期6卷 105-114页

作者：景慎旗赵又霖南京大学信息管理学院南京210023 南京医科大学生物医学工程与信息学院南京211166 南京医科大学第一附属医院(江苏省人民医院)数据应用管理中心南京210096

【目的】针对当前传统医学关系抽取方法存在数据标注成本高及易产生错误标签的问题,提出引入医学领域知识的远程监督医学实体关系抽取模型。【方法】该模型采用多实例策略降低远程监督标注数据的噪声影响,使用预训练语言模型MedicalBER... 详细信息

【目的】针对当前传统医学关系抽取方法存在数据标注成本高及易产生错误标签的问题,提出引入医学领域知识的远程监督医学实体关系抽取模型。【方法】该模型采用多实例策略降低远程监督标注数据的噪声影响,使用预训练语言模型MedicalBERT对远程监督标注文本进行编码,以实体在医学知识库的描述作为背景知识为医学关系抽取提供监督信号,提升文本中实体语义编码的准确性。【结果】本文模型的抽取效果与现有模型相比,准确率最高提升5.4%,召回率最高提升2.5%,F1值最高提升4.1%。此外,在并发症的抽取结果中,F1值达到93.8%。【局限】模型主要适用于句子级关系抽取,暂未考虑其在更多句子情况下的性能。【结论】引入医学领域知识的远程监督医学实体关系抽取模型具有良好的关系抽取效果,可为医学关系抽取研究提供参考。

关键词：医学关系抽取远程监督医学领域知识预训练语言模型

利用因果森林估计异质性人群下个体的处理效应

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中华流行病学杂志 2019年第6期40卷 707-712页

作者：何文静尤东方张汝阳于浩陈峰胡志斌赵杨南京医科大学公共卫生学院生物统计学系 211166 南京医科大学现代毒理学教育部重点实验室 211166 南京医科大学-哈佛大学公共卫生学院健康与风险评估联合实验室 211166 南京医科大学生物医学大数据重点实验室 211166 南京医科大学公共卫生学院流行病学系 211166 江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室南京211166 肿瘤个体化医学协同创新中心南京211166

目的探讨因果森林在异质性人群中估计个体处理效应的有效性及如何应用于实例数据以挖掘异质性人群特征。方法设计4种模拟方案,通过模拟试验验证因果森林在不同处理效应环境设置下对个体处理效应进行估计的效果,并应用于右心导管插入术... 详细信息

目的探讨因果森林在异质性人群中估计个体处理效应的有效性及如何应用于实例数据以挖掘异质性人群特征。方法设计4种模拟方案,通过模拟试验验证因果森林在不同处理效应环境设置下对个体处理效应进行估计的效果,并应用于右心导管插入术实例数据集进行分析。结果模拟试验结果表明,在4种不同效应值设置下,用因果森林方法所估计的个体处理效应值都能与总体效应相吻合,符合预期分布;实例数据分析结果显示绝大多数患者个体处理效应为正值,使用RHC会导致该样本人群180d死亡率增高,2月生存模型估计概率和白蛋白含量偏低的患者在使用RHC后更倾向于有较低的死亡风险。结论因果森林能够有效地估计个体处理效应,为个体是否接受某种处理提供建议。

关键词：因果森林异质性个体处理效应

利用一维Fung模型探讨长宽比对兔腹部皮肤单轴拉伸力学特性的影响

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医用生物力学 2023年第6期38卷 1235-1240页

作者：王辉陈婉婷孙旭君李林刘志成首都医科大学生物医学工程学院北京100069 首都医科大学临床生物力学应用基础研究北京市重点实验室北京100069 首都医科大学附属北京儿童医院影像中心北京100045

目的从实验方法学角度研究不同的长宽比对皮肤条状试样单轴拉伸力学特性的影响。方法以新西兰大白兔腹部皮肤为研究对象,取其从头到脚(0°)和与之垂直(90°)的两个方向,获取长宽比从2∶1~6∶1的多个条状试样,进行单轴拉伸测试至试样... 详细信息

目的从实验方法学角度研究不同的长宽比对皮肤条状试样单轴拉伸力学特性的影响。方法以新西兰大白兔腹部皮肤为研究对象,取其从头到脚(0°)和与之垂直(90°)的两个方向,获取长宽比从2∶1~6∶1的多个条状试样,进行单轴拉伸测试至试样破坏。经过实验数据处理,得到兔腹部皮肤单轴拉伸的Kirchhoff应力-Green应变数据,利用一维Fung模型S=cEexp(αE~2)对其进行拟合,从而得到相应的材料参数c、α,并对参数进行统计学分析。结果两个方向上c值差异不明显(P=0.151),α值差异比较大(P=0.001)。两个方向上不同长宽比兔腹部试样参数c、α无显著性差异(P>0.05)。结论在2∶1~6∶1长宽比范围内,兔腹部皮肤试样不同长宽比对单轴拉伸力学特性无影响。

关键词：长宽比单轴拉伸软组织皮肤力学特性

卵巢组织冻存与移植生育力保存的应用现状与研究进展

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中国细胞生物学学报 2024年第4期46卷 705-710页

作者：赵飞燕蒋春艳马翔南京医科大学生殖医学与子代健康全国重点实验室南京211166 南京医科大学第一附属医院生殖医学中心南京210029

年龄增长、疾病以及抗肿瘤治疗等均可能会造成女性生育力的下降甚至丧失。随着诊疗技术的发展,癌症死亡率逐渐下降,因此患者的生育力保存需求较前增加。胚胎冻存、卵母细胞冻存和卵巢组织冻存是目前常用的女性生育力保存方式。卵巢组织... 详细信息

年龄增长、疾病以及抗肿瘤治疗等均可能会造成女性生育力的下降甚至丧失。随着诊疗技术的发展,癌症死亡率逐渐下降,因此患者的生育力保存需求较前增加。胚胎冻存、卵母细胞冻存和卵巢组织冻存是目前常用的女性生育力保存方式。卵巢组织冻存与移植至今仅有20余年历史,现已成为临床上具备医学指征的生育力保存方式,有助于重建患者的内分泌和生育功能,已有超200多例患者通过此技术成功完成生育。为提高冻存卵巢组织再移植的安全性,现有研究将卵母细胞体外成熟技术、人工卵巢技术与之相结合,避免携癌风险高的冻存卵巢组织移植后的癌症复发风险。较多的研究均已证实了卵巢组织冻存与移植技术的有效性和安全性。尽管卵巢组织冻存与移植技术得到了快速发展,但是该技术仍面临如何通过减少卵泡储备损失进而延长卵巢组织移植后有效性等挑战,尚需要更多的基础和临床研究促进卵巢组织冻存和移植技术的进步与发展。

关键词：卵巢组织冻存卵巢组织移植卵母细胞体外成熟卵泡储备损失