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基于COⅠ序列研究南海芋螺遗传多样性

基因组学与应用生物学 2020年第9期39卷 3955-3960页

作者：陈琴彭超赵峰李军高炳淼海南广播电视大学海口570208 深圳华大海洋科技有限公司深圳518083 海南医学院药学院海口571199

采用PCR扩增产物直接测序法获得南海3种芋螺的线粒体COⅠ基因序列,比较分析了其碱基组成、变异位点、遗传距离和系统进化树。研究结果表明,3种芋螺COⅠ部分序列为687 bp,碱基A、T、C、G平均为38.2%、23.0%、22.5%、16.3%,A+T值为62.42%... 详细信息

采用PCR扩增产物直接测序法获得南海3种芋螺的线粒体COⅠ基因序列,比较分析了其碱基组成、变异位点、遗传距离和系统进化树。研究结果表明,3种芋螺COⅠ部分序列为687 bp,碱基A、T、C、G平均为38.2%、23.0%、22.5%、16.3%,A+T值为62.42%,具有明显的碱基组成偏向性;具有种间变异位点数140个,碱基发生转换96次和颠换26次,转换与颠换的比值为3.69;采用的邻位相连法(neighbor-joining,NJ)和最大似然法(maximum likelihood,ML)构建的系统发育树均将10种芋螺主要分为2大支系,GenBank中选取7种芋螺聚类为第一大支,3种南海芋螺聚类为第二大支。因此,南海芋螺种间的遗传多样性具有地域性和独特性。

关键词：芋螺(Cone snail) 线粒体DNA COⅠ基因遗传多样性系统进化树

水产养殖环境中抗生素抗性基因的检测与消除技术研究进展

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分析仪器 2024年第5期 1-7页

作者：薛凯峋朱晨朝李少华刘欣北京市农林科学院生物技术研究所北京100097 上海海洋大学水产与生命学院上海201306 河北先河环保科技股份有限公司石家庄050035

抗生素作为治疗和预防疾病在水产养殖过程中大量使用,导致了水体中抗生素抗性细菌(antibiotic resistantbacteria,ARB)和抗生素抗性基因(antibioticresistancegenes,ARGs)的产生。目前,抗生素抗性基因已经在水产养殖生态系统中广泛存在... 详细信息

抗生素作为治疗和预防疾病在水产养殖过程中大量使用,导致了水体中抗生素抗性细菌(antibiotic resistantbacteria,ARB)和抗生素抗性基因(antibioticresistancegenes,ARGs)的产生。目前,抗生素抗性基因已经在水产养殖生态系统中广泛存在,并且随养殖废水排放至环境中,严重威胁生态环境和人类健康。因此,明确和实施水产养殖中抗生素抗性基因的检测和消除技术十分重要。本文通过综述抗生素抗性基因的检测手段如传统微生物培养和分子生物学(PCR、DNA杂交及微列阵技术和宏基因组技术)以及水体中抗生素抗性基因的常用消除手段,旨在为养殖水体中抗生素抗性基因的快速检测和去除提供理论基础。

关键词：水产养殖抗生素抗性基因检测方法消除方法

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深圳东部海域造礁石珊瑚资源分布及其群落健康评价

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应用海洋学学报 2023年第4期42卷 566-580页

作者：杨小舟缪智渊谢子强杨小东肖宝华廖宝林崔洲平杨波陈伯贵广东海洋大学深圳研究院广东深圳518108 广东海洋大学水产学院广东湛江524025 深圳市碧海蓝天海洋科技有限公司广东深圳518108

采用边界摸查与截线样条法对深圳东部海域的造礁石珊瑚资源分布及其多样性进行全面调查,并对其群落生态系统健康状况进行了分析评价。结果表明,深圳东部海域共有造礁石珊瑚群落密集分布区37片,其中23片为重点分布区,总分布面积为193.73 ... 详细信息

采用边界摸查与截线样条法对深圳东部海域的造礁石珊瑚资源分布及其多样性进行全面调查,并对其群落生态系统健康状况进行了分析评价。结果表明,深圳东部海域共有造礁石珊瑚群落密集分布区37片,其中23片为重点分布区,总分布面积为193.73 hm^(2);共有造礁石珊瑚67种,分隶于13科及1个未定类,25属;优势种前三位为澄黄滨珊瑚(Porites lutea)、肉质扁脑珊瑚(Platygyra carnosus)和翼形蔷薇珊瑚(Montipora peltiformis);造礁石珊瑚覆盖度均值为37.58%,其中站位16的覆盖度最高,为57.33%;站位2最低,为14.89%;丰度(d)、种类多样性指数(H′)、均匀度(J)均值分别为5.32、2.71和0.81;死亡率均值为8.23%,平均补充量均值为3.66 ind/m^(2);深圳东部海域造礁石珊瑚群落生态系统健康状况良好,其中鹅公湾、大鹿湾、西涌—东涌及杨梅坑海域为健康状态,梅沙—溪涌、大澳湾及茅东湾海域为亚健康状态。本研究对深圳东部海域造礁石珊瑚资源进行全面调查和评估,并对资源保护和生态系统健康发展提出做好规划与布局,制定相应保护及修复规划,设立监测站位,加强研究并建立修复示范区,联动公众与社会科普等5条建议,可为区域造礁石珊瑚群落的保护、管理、恢复、重建和可持续发展提供参考。

关键词：海洋生态学造礁石珊瑚分布特征多样性健康评价深圳

运用线粒体COⅠ基因分析深圳海域石珊瑚系统发育关系

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基因组学与应用生物学 2017年第5期36卷 1895-1906页

作者：肖宝华谢子强杨小东张武财廖宝林龚家仪广东海洋大学湛江524025 广东海洋大学深圳研究院深圳518108 深圳市碧海蓝天海洋科技有限公司深圳518108

通过COⅠ基因特异扩增测序,对深圳东部海域45种石珊瑚COⅠ基因片段序列进行了比较分析。结果表明,该片段序列的平均(A+T)含量为61.2%,所有物种的序列碱基(A+T)含量大于(G+C)含量,与其它无脊椎动物线粒体DNA序列基本一致,序列都处于高度... 详细信息

通过COⅠ基因特异扩增测序,对深圳东部海域45种石珊瑚COⅠ基因片段序列进行了比较分析。结果表明,该片段序列的平均(A+T)含量为61.2%,所有物种的序列碱基(A+T)含量大于(G+C)含量,与其它无脊椎动物线粒体DNA序列基本一致,序列都处于高度饱和的状态。45种造礁珊瑚的平均遗传距离为0.126。采用邻位连接(NJ)、最大似然(ML)和最小进化(ME)法对本研究中45种石珊瑚COⅠ基因片段构建了系统发育树。结果显示45个石珊瑚品种分别聚为两个大的分支,木珊瑚科、滨珊瑚科、菌珊瑚科、枇杷珊瑚科、鹿角珊瑚科的18个品种聚为分支Ⅰ,蜂巢珊瑚科、铁星珊瑚科、梳状珊瑚科、裸肋珊瑚科、褶叶珊瑚科的27个品种聚为分支Ⅱ,处于进化树基部。分支Ⅱ的聚类结果与传统形态学分类存在巨大差异,提示石珊瑚表型的变异性可能对传统分类存在影响。

关键词：石珊瑚 COⅠ 分子系统学

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基于3种线粒体基因的珠母贝属系统进化关系

水产学报 2018年第3期42卷 314-321页

作者：肖宝华廖宝林刘楚吾杨小东谢子强张武财广东海洋大学水产学院广东海洋大学深圳研究院

为了研究珠母贝属的分类地位和系统演化情况,通过聚合酶链式反应技术(PCR)扩增并直接测序出雷州半岛珠母贝属中的马氏珠母贝、大珠母贝、珠母贝、斑珠母贝和黑珠母贝的3种线粒体基因(12S r RNA、16S r RNA和COⅠ)部分序列,分析其碱基组... 详细信息

为了研究珠母贝属的分类地位和系统演化情况,通过聚合酶链式反应技术(PCR)扩增并直接测序出雷州半岛珠母贝属中的马氏珠母贝、大珠母贝、珠母贝、斑珠母贝和黑珠母贝的3种线粒体基因(12S r RNA、16S r RNA和COⅠ)部分序列,分析其碱基组成和种间遗传距离。同时结合Gen Bank上发表的白珠母贝序列,构建珠母贝属的分子系统树。结果显示,5种珍珠贝的3种基因部分序列碱基AT含量大于GC含量,与其他无脊椎动物线粒体DNA序列基本一致,序列都处于高度饱和的状态。系统分析显示,构建的分子系统树与传统的形态分类基本一致。在黑珠母贝和白珠母贝亲缘关系上,3种线粒体DNA片段在碱基组成、种间遗传距离和系统进化树上都显示黑珠母贝和白珠母贝非常相近,可以认为是同一种中的2个亚种。在斑珠母贝的亲缘关系上,系统分析显示斑珠母贝与黑珠母贝和白珠母贝更为接近。研究表明,大珠母贝和珠母贝在系统进化中较早的分离出来,是一个比较原始的种类。3种分子标记对马氏珠母贝亲缘关系分析上存在一定差异,根据现有的数据尚不足以得出结论,需进一步做分子系统研究并结合形态特征和解剖结构进行分析。

关键词：珠母贝属线粒体基因 12S rRNA 16S rRNA COⅠ 分子系统学

大亚湾西南海域尖笔帽螺2020年7月暴发期内的分布特征

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海洋与湖沼 2021年第6期52卷 1438-1447页

作者：刘岱应轲臻蔡中华黄洪辉毕洪生清华大学深圳国际研究生院深圳518055 深圳市绿洲光生物技术有限公司深圳518057 中国水产科学研究院南海水产研究所广州510300 马里兰大学环境中心美国马里兰州20688

尖笔帽螺是一种分布广泛的翼足类生物,在食物网与生物地球化学循环中起着重要作用。2020年7月,大亚湾出现高密度尖笔帽螺,给当地生态安全带来潜在风险。文章利用浮游生物成像仪(PlanktonScope),以定点的方式对大亚湾西南海域的环境因子... 详细信息

尖笔帽螺是一种分布广泛的翼足类生物,在食物网与生物地球化学循环中起着重要作用。2020年7月,大亚湾出现高密度尖笔帽螺,给当地生态安全带来潜在风险。文章利用浮游生物成像仪(PlanktonScope),以定点的方式对大亚湾西南海域的环境因子与尖笔帽螺密度进行采样,并对大亚湾高密度尖笔帽螺的分布特征进行研究。结果显示:在水平方向上,尖笔帽螺主要分布于西部湾口及长湾附近海域,其他海域分布相对较少;在垂向上,尖笔帽螺多分布于高温低盐的表层,低温高盐的下层水体分布较少;体长分布方面,湾口西部及其北侧海域尖笔帽螺体长较长,小辣甲西侧、北侧海域尖笔帽螺体长偏短,湾口中部海域体长远小于其他区域。通过分析结果发现,此次大亚湾湾内高密度尖笔帽螺存在随外海海流输入的可能;温盐分布结果表明,尖笔帽螺多出现在海水表层,其垂直分布可能也受海水分层及海流的影响。通过对尖笔帽螺分布特征的归纳与讨论,可以为后续该种生物的进一步溯源提供参考。

关键词：大亚湾尖笔帽螺分布特征浮游生物成像仪水下成像系统近海生物暴发

基于线粒体Cyt b基因的中国南方唇(Hermibarbus labeo)和间(Hermibarbus medius)种群分化及亲缘地理研究

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生态学报 2016年第19期36卷 6091-6102页

作者：蓝昭军范明君黄小林赵俊广东省水产健康安全养殖重点实验室广东省高等学校生态与环境科学重点实验室广州市亚热带生物多样性与环境生物监测重点实验室华南师范大学生命科学学院广州510631 韶关市水产研究所韶关512006 深圳华大水产科技有限公司深圳518083 中国水产科学研究院南海水产研究所广州510300

为了解中国南方唇(Hermibarbus labeo)和间(Hermibarbus medius)的种群分化、亲缘地理格局及物种有效性,作者对唇8个水系及间9个水系共148尾样本的Cyt b基因全序列进行了测定。在所有序列中,共有128个变异位点,共检测出了41个... 详细信息

为了解中国南方唇(Hermibarbus labeo)和间(Hermibarbus medius)的种群分化、亲缘地理格局及物种有效性,作者对唇8个水系及间9个水系共148尾样本的Cyt b基因全序列进行了测定。在所有序列中,共有128个变异位点,共检测出了41个单倍型,单倍型多样性为0.954,核苷酸多样性为0.02153。基于Cyt b基因全序列构建的NJ树显示,中国南方的唇与间合聚为两大支,其中韩江和九龙江的全部唇样本组成了Ⅰ支,而其他水系的唇和间样本则组成了Ⅱ支。两支系间的遗传距离为5.1%,而唇和间之间的遗传距离为3.2%。现有证据不支持间与唇达到种一级的分化。单倍型网络图显示,韩江、九龙江种群和其他水系的种群分化较大;海南岛三大水系种群和漠阳江种群的单倍型分支与代表珠江水系单倍型的分支之间的亲缘关系较近,与其他地理区间种群的亲缘关系则相对较远;西江可能为珠江水系、漠阳江水系和海南岛三大水系间种群的扩散中心,其中一支往东向北江和东江扩散;另一支往南向海南岛扩散,海南岛三大水系种群尔后在冰期海退时向北扩散至漠阳江水系及珠江水系。AMOVA分析表明,唇和间地理区之间变异约占54.50%,地理区内种群间变异约占18.64%,种群内的变异占26.86%,这说明,唇和间种群Cyt b的遗传分化主要是来自地理区之间。错配分析及中性检验显示,全部种群、唇种群、间种群在历史上均没有发生过明显的扩张,两个mt DNA支系亦未发生过扩张,而海南岛的昌化江种群曾发生过种群扩张。

关键词：唇 间 种群分化亲缘地理细胞色素b基因中国南方

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大眼双锯鱼仔、稚、幼鱼的形态发育与生长

南方水产科学 2023年第1期19卷 165-172页

作者：李涛黄小林杨育凯林黑着胡静彭嘉诚黄忠虞为中国水产科学研究院南海水产研究所/农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室/广东省渔业生态环境重点实验室广东广州510300 中国水产科学研究院南海水产研究所深圳试验基地广东深圳518121 中国水产科学研究院南海水产研究所热带水产研究开发中心海南三亚572018 深圳市鼎雄海洋科技有限公司广东深圳518000

为了解大眼双锯鱼(Amphiprion ephippium)早期发育特征,并为其人工繁育提供理论参考依据,对其仔、稚、幼鱼的形态和生长特征进行了连续观察和研究。结果显示,在水温(27.0±0.5)℃下,大眼双锯鱼受精卵经约184 h孵化,0日龄(Days after hat... 详细信息

为了解大眼双锯鱼(Amphiprion ephippium)早期发育特征,并为其人工繁育提供理论参考依据,对其仔、稚、幼鱼的形态和生长特征进行了连续观察和研究。结果显示,在水温(27.0±0.5)℃下,大眼双锯鱼受精卵经约184 h孵化,0日龄(Days after hatching, dah)仔鱼全长4.472~6.152 mm,身体半透明,鳍膜明显,卵黄囊仅小部分残留,并已开口摄食;7 dah全长5.213~12.985 mm,鳍膜消失,各鳍发育基本完成,头部开始出现纹带,进入稚鱼期,身体中部纹带开始出现,头部纹带形成;23 dah全长大于7.652 mm,身体被鳞,身体中部纹带向腹部延伸,各鳍颜色变为黄色,躯干部以红色素和黄色素为主,进入幼鱼期;28 dah幼鱼中部第二纹带完全形成,其后纹带开始从中部逐步消失;130 dah幼鱼中部纹带完全消失;160 dah幼鱼头部纹带完全消失,此时幼鱼外形、体色与成鱼基本相同。大眼双锯鱼仔、稚、幼鱼生长随日龄的增长呈现先慢后快再慢的生长趋势,大眼双锯鱼胚后发育过程中变化最明显的是头部和身体中部白色纹带的形成与消失。

关键词：大眼双锯鱼仔、稚鱼生长发育纹带

基于三种分子标记的外伶仃岛石珊瑚系统进化关系研究

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海洋科学 2017年第9期41卷 1-8页

作者：肖宝华廖宝林杨小东谢子强广东海洋大学广东湛江524025 广东海洋大学深圳研究院广东深圳518108 深圳市碧海蓝天海洋科技有限公司广东深圳518108

以广东省珠海市外伶仃岛地区常见的4属5种石珊瑚为研究对象,对线粒体COI、16S rRNA和ITS三种基因片段数据进行分析,并计算了种间遗传距离。序列分析结果表明5种石珊瑚的COI、16S rRNA基因片段碱基AT含量大于GC含量,而ITS序列碱基AT含量... 详细信息

以广东省珠海市外伶仃岛地区常见的4属5种石珊瑚为研究对象,对线粒体COI、16S rRNA和ITS三种基因片段数据进行分析,并计算了种间遗传距离。序列分析结果表明5种石珊瑚的COI、16S rRNA基因片段碱基AT含量大于GC含量,而ITS序列碱基AT含量小于GC含量;5种石珊瑚种间的三种基因平均遗传距离分别为0.043、0.134和0.763,所得遗传距离结果存在一定差异。将三种基因串联起来并利用邻位连接法(NJ)、最大似然法(ML)和最小进化法(ME)分别构建了分子系统树。在系统发育树中,科一级的系统进化关系与形态学分类一致,但蜂巢珊瑚科内的分子系统分类结果与形态学分类阐述的遗传进化关系略有差别,说明石珊瑚传统分类可能受骨骼可塑性的影响。研究结果为外伶仃岛石珊瑚的亲缘关系研究提供相关基础数据,并为该地区石珊瑚资源保护奠定理论基础。

关键词：石珊瑚 COI 16S rRNA ITS 分子系统进化