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二穗短柄草钙依赖型蛋白激酶BdCDPK4基因的克隆及其编码蛋白质的生物信息学分析

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浙江农业学报 2017年第2期29卷 345-352页

作者：韦淑亚赵旭东王会平杨广笑何光源武汉职业技术学院生物工程学院应用生物技术研究所湖北武汉430074 科技部国际科技合作基地(基因工程) 分子生物物理学教育部重点实验室华中科技大学生命科学与技术学院湖北武汉430074

二穗短柄草(Brachypodium distachyon L.)因与小麦、大麦等有很高的同源性,作为新型禾本科模式生物吸引了越来越多的研究者。试验采用基因克隆技术分离了二穗短柄草Bd CDPK4基因的编码区序列,并采用生物信息学方法分析了该基因及其编码... 详细信息

二穗短柄草(Brachypodium distachyon L.)因与小麦、大麦等有很高的同源性,作为新型禾本科模式生物吸引了越来越多的研究者。试验采用基因克隆技术分离了二穗短柄草Bd CDPK4基因的编码区序列,并采用生物信息学方法分析了该基因及其编码的蛋白质的序列特征、结构和功能。结果表明,分离了BdCDPK4基因1 851 bp的cDNA序列(Gen Bank登录号为XM_003559516),编码区长度为1 752 bp,编码583个氨基酸,分子量为64.78 ku,等电点为9.12,含有N端可变区、蛋白激酶区、自抑制区、EF手型结构、类似钙调素等结构域。亚细胞定位预测位于叶绿体和液泡上。进化树分析结果显示,该蛋白与小麦Ta CDPK19蛋白的同源性最近。根据各物种间CDPKs蛋白的高同源性,结合小麦TaCDPK19基因被高盐和小麦白粉病菌Blumeria graministritici(Bgt)诱导,推测Bd CDPK4基因也可能参与逆境胁迫下的信号传导途径,在抗逆等生物学过程中发挥重要功能。

关键词： CDPKs BdCDPK4 多序列比对生物信息学分析

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反硝化调节子的筛选及其在含抗菌药养殖废水中的修复潜力

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反硝化调节子的筛选及其在含抗菌药养殖废水中的修复潜力

中国毒理学会第十次全国毒理学大会

作者：王美周童梁仪神舒晴孙永学华南农业大学兽医学院国家兽药安全评价(环境评估)实验室广东省兽药研制与安全评价重点实验室浙江农林大学动物科技学院.动物医学院浙江省畜禽绿色生态健康养殖应用技术研究重点实验室动物健康互联网检测技术浙江省工程实验室动物医学与健康管理浙江省国际科技合作基地中澳动物健康大数据分析联合实验室

抗菌药的广泛应用导致水污染成为制约水产养殖业可持续发展的关键问题。生物反硝化被视为修复环境污染的低成本手段,部分反硝化菌在高水平抗菌药应激下依然维持优异的脱氮性能,解析反硝化菌的环境适应行为有助于寻找新型生态修复策略。P...

抗菌药的广泛应用导致水污染成为制约水产养殖业可持续发展的关键问题。生物反硝化被视为修复环境污染的低成本手段,部分反硝化菌在高水平抗菌药应激下依然维持优异的脱氮性能,解析反硝化菌的环境适应行为有助于寻找新型生态修复策略。Paracoccus denitrificans能够适应复杂环境变化,近年来发现sRNAs在该过程中至关重要。本研究分别采用转录组与全基因组测序手段,结合微生物共培养技术挖掘P. denitrificans在抗菌药胁迫下的功能调节子及其在污染生境中的修复潜力。结果显示在细菌处于对数期时,氟苯尼考(FF)极大地降低了其生长速度与生物膜形成能力(抑制比例为38.6%),使得硝酸盐还原过程被抑制了82.4%,而亚硝酸盐的积累量达到了控制组的21.9倍。在FF的作用下,反硝化功能基因nirS、norB、nosD、nosZ的表达显著下调(P<0.001),此外,预测到42个差异表达sRNAs。其中,FF使得sRNA Pda200的表达量达到了控制组的10倍左右。序列比对表明,282个假定sRNAs的同源片段可分布于64个菌科,参与调节P. denitrificans的大量代谢途径,有助于促进菌体对抗菌药的压力适应。在多种抗菌药处理下,Pda025、Pda040、Pda200、Pda247和Pdi004均能够稳定转录并参与对特定药物的应答。靶标预测显示,氧化亚氮还原酶编码基因nosZ与Pda200存在紧密的碱基互补配对关系。在FF单独处理下,nosZ与Pda200的表达变化密切相关,均在P. denitrificans的不同生长阶段被显著抑制(P<0.01)。从污染沉积物中分离并鉴定到两株携带完整反硝化酶的高效反硝化菌,分别命名为Pseudomonas sp. SB-1和Thauera sp. WB-2。将它们与P. denitrificans共同组成Alpha-、Beta-与Gamma-Proteobacteria型反硝化聚生体,可有效提高整体的抗菌药耐受性、活性与脱氮性能。通过与工程菌pBBR-Pda200/Top10共培养,验证了在FF处理条件下,Pda200显著升高了菌株Pseudomonas sp. SB-1与Thauera sp. WB-2的反硝化功能基因napB、napA与norB的表达(P<0.05～0.001)。综上所述,Pda200可作为不同类型反硝化菌在抗菌药压力下的功能增强剂,通过强化常见细菌的代谢功能,有助于实现微生物制剂对含抗菌药污水的高效治理。

关键词：

来源： cnki会议评论

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牦牛分子遗传多样性研究进展

遗传 2013年第2期35卷 151-160页

作者：马志杰钟金城韩建林徐惊涛刘仲娜白文林青海大学畜牧兽医科学院青海省放牧家畜营养与生态国家重点实验室培育基地青海高原牦牛研究中心西宁810016 西南民族大学生命科学与技术学院成都610041 中国农业科学研究院北京畜牧兽医研究所中国农业科学院-国际家畜研究所畜禽与牧草遗传资源联合实验室北京100193 沈阳农业大学畜牧兽医学院沈阳110866

遗传多样性研究可有效地揭示牦牛的遗传变异,是牦牛群体遗传学研究的主要内容之一。自20世纪70年代以来,人们已对牦牛的体形外貌特征、染色体核型(带型)、生理生化特性和DNA序列变异等进行了较为深入地研究。随着分子遗传学和DNA测序技... 详细信息

遗传多样性研究可有效地揭示牦牛的遗传变异,是牦牛群体遗传学研究的主要内容之一。自20世纪70年代以来,人们已对牦牛的体形外貌特征、染色体核型(带型)、生理生化特性和DNA序列变异等进行了较为深入地研究。随着分子遗传学和DNA测序技术的迅猛发展,近年来的研究主要集中在牦牛的分子遗传多样性。文章对近15年来牦牛mtDNA和核基因组分子标记及侯选基因多样性的研究现状进行了综述,对前景进行展望,以期为牦牛群体基因组学等研究提供依据。

关键词：牦牛遗传多样性核基因组线粒体DNA 分子标记 Y染色体

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三个牦牛群体激素敏感脂肪酶(HSL)基因外显子Ⅰ的多态性

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中国农业科学 2009年第1期42卷 370-376页

作者：马志杰钟金城字向东陈智华徐惊涛金双常怀普宋海峰刘建磊青海省畜牧兽医科学院西南民族大学动物遗传育种学国家民委-教育部共建重点实验室成都大熊猫繁育研究基地西南大学生物技术学院

【目的】探究激素敏感脂肪酶(HSL)基因在牦牛内的遗传多态性,为进一步揭示牦牛群体间遗传分化、开展牦牛肉质性状的关联分析以及HSL基因在牦牛物种中的定位、表达调控等研究提供依据。【方法】采用PCR-RFLP方法对九龙牦牛、麦洼牦牛和... 详细信息

【目的】探究激素敏感脂肪酶(HSL)基因在牦牛内的遗传多态性,为进一步揭示牦牛群体间遗传分化、开展牦牛肉质性状的关联分析以及HSL基因在牦牛物种中的定位、表达调控等研究提供依据。【方法】采用PCR-RFLP方法对九龙牦牛、麦洼牦牛和巴州牦牛共92头牦牛的HSL基因部分外显子Ⅰ进行SmaⅠ酶切多态性分析;统计基因频率、基因型频率大小,进行卡方(χ2)适合性、独立性检验,并计算纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量等遗传多态参数。【结果】3个牦牛群体在HSL基因外显子Ⅰ具有SmaⅠ酶切多态性,在该酶切位点存在AA、AB和BB3种基因型。3个牦牛群体均检测到AA和AB基因型,而BB基因型只在巴州牦牛中检测到。九龙牦牛和麦洼牦牛的AA基因型频率最高,而巴州牦牛AB基因型频率最高;A等位基因频率在3个牦牛群体中均高于B等位基因频率,为优势等位基因。适合性检验表明3个牦牛群体在该酶切位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态;独立性检验表明九龙牦牛与麦洼牦牛、巴州牦牛之间表现为差异显著(0.010.05)。测序分析表明,HSL基因外显子I第70位(从PCR产物测序片段的5′端计数)发生了单碱基突变(G→A),并导致了编码氨基酸由甘氨酸(G)变为精氨酸(R)。【结论】牦牛在HSL基因外显子Ⅰ内具有SmaI酶切多态性,其多态性是因所分析序列内一单碱基突变(G→A)所致,该碱基转换导致了氨基酸由甘氨酸(G)变为精氨酸(R);在该酶切位点,九龙牦牛、麦洼牦牛和巴州牦牛均处于Hardy-Weinberg平衡状态。九龙牦牛与麦洼牦牛、巴州牦牛之间表现为差异显著(0.010.05)。

关键词：牦牛 HSL基因 PCR-RFLP

我国虫草产业发展现状、问题及展望--虫草产业发展金湖宣言

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菌物学报 2016年第1期35卷 1-15页

作者：董彩虹李文佳李增智闫文娟李泰辉刘杏忠蔡磊曾文波柴美清陈仕江陈自宏代永东戴天机都兴范顾寅钰郭良栋郭晓玲郭英兰韩日畴何沛平贺宗毅黄显智柯传奎孔德勇郎宁李兵李毅李春如李建刚李培荣李玉玲林文飞刘文海刘艳芳刘乙清刘作易陆震鸣罗信昌吕作舟马欣钱正明施新琴史劲松王莹王成树王国强王文风王元兵旺姆温鲁魏江春文戈吴根土肖波谢放辛树权徐娟徐国华徐鸿雁徐泰浩许正宏阳武雄易斯富于兴军虞泓袁峰翟立泰赵丰丽朱景明朱荣才中国科学院微生物研究所真菌学国家重点实验室北京100101 广东东阳光药业有限公司广东东莞523871 浙江泛亚生物医药股份有限公司浙江平湖314200 广东省微生物研究所广东省微生物应用新技术公共实验室广东省菌种保藏及应用新技术重点实验室广东广州510070 云南云百草生物技术有限公司山西省农业科学院试验研究中心重庆市中药研究院保山学院台湾戴养菌园农场辽宁省农业科学院大连生物技术研究所山东省蚕业研究所常德炎帝生物科技有限公司广东省昆虫研究所涟水县百菌康健食品有限公司台湾大葉大學生物产业科技學系杭州柯氏生物科技有限公司佐力药业股份有限公司广西农业科学院微生物研究所农业部草原监理中心山西泓盛农业科技有限公司固源霊生物科技(股)公司青海省畜牧兽医科学院浙江大学生物实验中心扬州市珍稀食用菌工程技术研究中心上海市农业科学院连云港国鑫食用菌成套设备有限公司贵州省农业科学院江南大学华中农业大学诸城市良工机械有限公司吉林市鑫邦科技有限公司中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所江苏神华药业有限公司西藏大学农牧学院淮阴师范学院资源微生物研究所湖州鸿菱农业科技有限公司杭州宝臻生物技术有限公司兰州交通大学生物种苗工程研究所长春师范大学浙江工业大学生物工程研究所青海农林科学院北京首诚航天农业生物科技有限公司杭州雪域生物技术有限公司广西师范大学生命科学学院淮安星宇食用菌研究所河南省蚕业科学研究院

虫草是寄生于昆虫、少数真菌和植物体上的一类真菌,是广义虫草属Cordyceps s.l.真菌的总称,是具有营养、保健和医疗功效的宝贵生物资源。目前我国的虫草产业涉及了冬虫夏草Ophiocordyceps sinensis、蛹虫草Cordyceps militaris、蝉花Isa... 详细信息

虫草是寄生于昆虫、少数真菌和植物体上的一类真菌,是广义虫草属Cordyceps s.l.真菌的总称,是具有营养、保健和医疗功效的宝贵生物资源。目前我国的虫草产业涉及了冬虫夏草Ophiocordyceps sinensis、蛹虫草Cordyceps militaris、蝉花Isaria cicadae及其相关真菌,已经形成了一个巨大的产业,实现了较高的经济价值和社会效益。本文从产业发展历史、产品研发、功效及市场等方面对我国虫草产业发展现状进行了总结,结合最新科学研究进展,分析了虫草产业中存在的一些问题,提出了促进产业健康发展的建议,并对产业前景进行了展望。

关键词：虫草虫草菌产业冬虫夏草蛹虫草广东虫草蝉花

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白藜芦醇相关研究的中外文文献分析

中文科技期刊数据库（全文版）图书情报 2023年第7期 187-193页

作者：孙燕庹芹湖北医药学院图书馆湖北十堰442000 十堰市妇幼保健院药剂科湖北十堰442000

白藜芦醇存在于多种植物中,可从虎杖、桑科类、花生、葡萄和蓝莓的茎叶及果实中提取到。对动物而言,白藜芦醇具有杀菌消炎、抗氧化、抑制肿瘤、降血压以及调节血糖、血脂和免疫功能等作用。对植物而言,能阻止多种外来细菌产生危害。本... 详细信息

白藜芦醇存在于多种植物中,可从虎杖、桑科类、花生、葡萄和蓝莓的茎叶及果实中提取到。对动物而言,白藜芦醇具有杀菌消炎、抗氧化、抑制肿瘤、降血压以及调节血糖、血脂和免疫功能等作用。对植物而言,能阻止多种外来细菌产生危害。本文通过在中国知网数据库平台和WOS平台,检索主题为白藜芦醇的相关中外文文献,并分别从论文发表年代、被引频次、作者、机构、基金、期刊、关键词共现、机构共现、国家合作网络等维度进行分析。关键词:白藜芦醇;计量分析;可视化分析中图分类号:G353.1Metrology analysis of chinese literature on resveratrolSun Yan1 Tuo Qin2 1.Library of Hubei University of Medicine,Hubei shiyan 4420002.Pharmacy Department of Shiyan Maternal and Child Health Hospital, Hubei shiyan 442000Abstract: Resveratrol is found in many plants and can be extracted from the stems, leaves and fruits of Polygonum cuspidatum, mulberry family, peanut, grape and blueberry. For animals, Resveratrol has the functions of sterilization, anti-inflammatory, anti-oxidation, tumor inhibition, blood pressure reduction, and regulation of blood sugar, blood lipid and immune function. For plants, it can prevent various foreign bacteria from causing harm.This article searches for relevant literature on the topic of resveratrol on the CNKI database and WOS, and conducts quantitative analysis from the dimensions of publication data, citation frequency, author, institution, fund, journal, etc.Keywords: resveratrol;Quantitative analysis;Visualization Analysis白藜芦醇存在于多种植物中,可从虎杖、桑科类、花生、葡萄和蓝莓的茎叶及果实中提取到。对动物而言,白藜芦醇具有杀菌消炎、抗氧化、抑制肿瘤、降血压以及调节血糖、血脂和免疫功能等作用。对植物而言,能阻止多种外来细菌产生危害。[1]白藜芦醇最早由日本科学家Michio Takaoka 1939年从植物中发现并提取。近年来白藜芦醇抗机体老化作用逐渐被发现,被用作膳食补充剂,但因白藜芦醇体内代谢迅速,口服吸收少、生物利用度低,极大地影响其口服作用效果。本文通过在中国知网数据库平台和WOS平台,检索主题为白藜芦醇的相关中外文文献,并分别从论文发表年代、被引频次、作者、机构、基金、期刊、关键词共现、机构共现、国家合作网络等维度进行计量分析和可视化分析。1 中文文献分析数据来源:在中国知网CNKI数据库的高级检索界面,选择主题,输入:白藜芦醇,时间截止到2022年,数据来源选择:北大核心、CSSCI、CSCD、AMI,检索得到3040篇核心期刊论文。(1)论文发表年代趋势:最早1993年有3篇(莫国玉2篇,张振涛1篇),相关研究根据年发文量大致可以分为以下几个阶段:1993年-2001年,年发文量2-15篇;2002年-2008年,年发文量27-128篇;2009年-2022年,年发文量146-217篇,且2014年达到高峰217篇。从发文年代趋势看,白藜芦醇的相关研究在近10年左右被关注的比较多。论文发表年代分布如图1。图1 白藜芦醇相关中文文献发表年代分布(2)被引频次分析:有81篇文献被引50次及以上,384篇文献被引20次及以上,1015篇文献被引10次及以上。被引频次100次及以上的论文17篇,见表1。(3)作者分析:发文量最多的作者是西安交通大学的马清涌,发文15篇。根据普耐斯定律,m=0.749 是核心作者的分界点,单个作者最大发文量NMAX=15篇,故m=2.90,即发文量3篇及以上的作者为该领域的核心作者。发文8篇

关键词：白藜芦醇计量分析可视化分析

珍禽贵妃鸡商用配套繁育体系的建立及推广应用

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中国科技成果 2016年第18期17卷 44-47页

作者：杜炳旺李珊珊王光琴李艳青董晶曹宁贤张晓波吴咏梅马驿陶林陈洁波杨芬霞李乃宾张丽申慧芳广东海洋大学家禽育种中心广东湛江524088 湛江市晋盛牧业科技有限公司广东湛江524025

本项目于2015年通过验收和成果鉴定，属畜牧业领域内的品种选育范畴，重点突出珍禽贵妃鸡配套繁育体系的建立及种喷特性研究．实施结果表明：①在纯系选育的基础上，建立起“纯系选育两系配套一繁育基地建立父母代制种配套商品代生产饲... 详细信息

本项目于2015年通过验收和成果鉴定，属畜牧业领域内的品种选育范畴，重点突出珍禽贵妃鸡配套繁育体系的建立及种喷特性研究．实施结果表明：①在纯系选育的基础上，建立起“纯系选育两系配套一繁育基地建立父母代制种配套商品代生产饲养成品肉鸡上市”的全国范围内较完整的贵妃鸡配套繁育体系，形成15个繁育基地，由此推广到全国29个省市自治区，共推广父母代种苗56．8万只，商品代鸡苗3350万只，上市成品肉鸣5085万只，产生了显著的社会经济效益，共新增产值10．6856亿元．新增利税1．68亿元．养殖户户均纯收入415万元，人均纯收入1．45万元；②通过贵妃鸡种质特性的创新性研究，发现EX—FABP基因是鸣种资源鉴定的重要因子，以及贵记鸡肌肉低胆固醇含量的内在机制：⑤对贵妃鸣IFN—γ基因克隆与序列分析进行的抗病育种研究表明，贵记鸡IFN-γ与红色原鸡（家鸣的祖先）IFN-γ生物活性相似。这又从分类学和系统发生树的角度揭示出贵记鸡与红色原鸡更近的亲缘关系；④对贵妃鸡种质特性的较系统研究，使其入选《中国畜禽遗传资源志家禽志》．并发表研究论文32篇，成果国际领先。

关键词：贵妃鸡繁育体系推广应用