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珠母贝线粒体全基因组密码子偏好性分析

广东海洋大学学报 2023年第2期43卷 127-134页

作者：谭传港喻达辉任童童徐志雄何积翠李素萍白丽蓉北部湾大学海洋学院广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室广西钦州535011

【目的】探究珠母贝(Pinctada margaritifera)线粒体全基因组密码子的使用偏好性,明确密码子偏好性的影响因素,为提高珠母贝外源基因表达效率及种质资源保护与遗传育种的研究提供理论依据。【方法】选取珠母贝线粒体基因组中大于300 bp... 详细信息

【目的】探究珠母贝(Pinctada margaritifera)线粒体全基因组密码子的使用偏好性,明确密码子偏好性的影响因素,为提高珠母贝外源基因表达效率及种质资源保护与遗传育种的研究提供理论依据。【方法】选取珠母贝线粒体基因组中大于300 bp的10条非重复编码序列,利用CodonW 1.4.2、Excel、SPSS 22.0等软件分析序列的密码子偏好性参数,以同义密码子相对使用度差值(△RSCU)> 0.08以及在高表达基因库中RSCU值>1.00为标准筛选最优密码子。【结果】珠母贝线粒体基因组密码子第1位GC(GC1)比例为35.2%~51.8%,平均值为45.6%;第2位GC(GC2)比例为35.8%~46.8%,平均值为40.0%;第3位GC(GC3)比例为37.7%~51.8%,平均值为44.1%;总GC比例为41.1%~47.5%,平均值为34.9%。密码子的适应指数(CAI)为0.119~0.181,平均值为0.151。密码子的偏好性指数(CBI)为-0.184~-0.04,平均值为-0.1048。最优密码子使用频率(FOP)为0.259~0.359,平均值为0.322。有效密码子数(ENC)为39.72~54.35,平均值为47.46。总平均亲水性Gravy)为0.216 6~1.038 5,平均值为0.7412。相对密码子使用度(RSCU)> 1.00的密码子数目为26个,主要以U(T)/G结尾。中性绘图、ENC-plot绘图和对应性分析均表明,珠母贝线粒体基因组密码子偏好更多受选择压力的影响。AGG、AUU、CCU、GAG、GCU、UGA等6个密码子为最优密码子。【结论】珠母贝线粒体基因组密码子偏好以U(T)/G结尾,筛选的6个最优密码子主要以U(T)/G结尾。珠母贝线粒体全基因组密码子的偏好性为弱偏好性,自然选择是偏好性形成的主要影响因素。

关键词：珠母贝密码子偏好性最优密码子线粒体基因组

温度和盐度对织锦巴非蛤耗氧率和排氨率的影响

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四川农业大学学报 2023年第2期41卷 360-364页

作者：陆莉莉喻达辉覃绥杰陈健赵森白丽蓉北部湾大学海洋学院/广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室广西钦州535011

【目的】探究温度和盐度对织锦巴非蛤(Paphia textile)耗氧率和排氨率的影响,为该贝的繁育和养殖提供依据。【方法】采用实验生态学方法研究温度(10、15、20、25、30℃)和盐度(15、20、25、30)对织锦巴非蛤耗氧率和排氨率的影响。【结... 详细信息

【目的】探究温度和盐度对织锦巴非蛤(Paphia textile)耗氧率和排氨率的影响,为该贝的繁育和养殖提供依据。【方法】采用实验生态学方法研究温度(10、15、20、25、30℃)和盐度(15、20、25、30)对织锦巴非蛤耗氧率和排氨率的影响。【结果】温度在10~30℃时,随着水温的升高,织锦巴非蛤的耗氧率逐渐增大,而排氨率先增加后下降,20℃时达到最大值;盐度在15~30时,随盐度的升高,织锦巴非蛤的耗氧率逐渐增大,排氨率也逐渐增大,当盐度为25时,排氨率略有下降。在盐度29,水温10~30℃范围内,织锦巴非蛤的O∶N值为16.320~71.046,平均值为31.692。在水温24℃,盐度为15~30时,O∶N值为10.459~32.974,平均值为19.060。在本实验条件下,根据数据得出耗氧率与温度的拟合方程:y=0.027 7x+0.130 1,R2=0.985 2;排氨率与温度:y=-0.000 2x^(2)+0.007 8x-0.045 4,R^(2)=0.808 4;耗氧率与盐度:y=0.047 2x-0.637 4,R2=0.922;排氨率与盐度:y=-0.000 2x^(2)+0.010 2x-0.117 9,R2=0.767 3;O∶N与温度:y=0.296 5x^(2)-9.898x+96.218,R2=0.874 1;O∶N与盐度:y=0.233 4x^(2)-11.58 1x+154.21,R^(2)=1。【结论】织锦巴非蛤生存的最适温度为25℃,最适盐度为25。

关键词：织锦巴非蛤耗氧率排氨率温度盐度

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织锦巴非蛤形态性状对体质量的影响

广东农业科学 2022年第7期49卷 113-119页

作者：翟子钦喻达辉白丽蓉北部湾大学海洋学院/广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室广西钦州535011

【目的】研究织锦巴非蛤(Paphia textile)野生群体形态性状对体质量性状的影响,为该贝类的人工选育提供参考。【方法】以广西北海铁山港海区采集的121只织锦巴非蛤为研究对象,分别测定其壳长(SL)、壳高(SH)、壳宽(SW)及体质量(BM)性状... 详细信息

【目的】研究织锦巴非蛤(Paphia textile)野生群体形态性状对体质量性状的影响,为该贝类的人工选育提供参考。【方法】以广西北海铁山港海区采集的121只织锦巴非蛤为研究对象,分别测定其壳长(SL)、壳高(SH)、壳宽(SW)及体质量(BM)性状。以壳形态性状(SL、SH、SW)为自变量、体质量性状(BM)为因变量进行相关性分析、通径分析、决定程度分析和多元回归分析。【结果】参数统计分析结果表明,体质量变异系数最高。相关性分析结果表明,各性状间的相关性均达到极显著水平,体质量与壳宽的相关系数最大(0.882),壳长与壳宽的相关系数最小(0.596)。通径分析结果表明,壳宽对体质量的直接影响最大、通径系数为0.573,壳高通过壳宽对体质量的间接影响最大、通径系数为0.423;决定程度分析与通径分析结果变化趋势基本一致。运用多元回归分析方法建立了估计体质量的最优回归方程:BM=-32.258+0.309SL+0.356SH+1.456SW(R~2=0.874)。【结论】以体质量为选育目标开展织锦巴非蛤人工选育时,在形态性状上应首先考虑壳宽性状,同时加强壳高的协同选择。

关键词：织锦巴非蛤形态性状体质量通径分析多元回归

饥饿对尼罗罗非鱼体质量、静止代谢率和血液学指标的影响

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重庆师范大学学报（自然科学版） 2022年第6期39卷 39-45页

作者：李健覃悦蒋美君廖永岩吴海萍贾久满叶秀荣杨绍宇北部湾大学海洋学院广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室广西钦州535011

【目的】探讨在饥饿胁迫条件下不同体质量尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)的耐饥性和静止代谢率变化。【方法】在(25±0.5)℃条件下,对初始体质量分别为(202.50±5.24)、(62.89±3.82) g的大、小两种规格尼罗罗非鱼进行56 d饥饿耐受... 详细信息

【目的】探讨在饥饿胁迫条件下不同体质量尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)的耐饥性和静止代谢率变化。【方法】在(25±0.5)℃条件下,对初始体质量分别为(202.50±5.24)、(62.89±3.82) g的大、小两种规格尼罗罗非鱼进行56 d饥饿耐受处理,定时测定它们的体质量、静止代谢率、主要血液学指标和肝体比。【结果】1)当饥饿时间大于或等于14 d,大规格尼罗罗非鱼的体质量与饥饿处理开始时相比有统计学意义上的减少(p性较强,且大规格尼罗罗非鱼比小规格尼罗罗非鱼有更强的饥饿耐受能力。

关键词：饥饿尼罗罗非鱼体质量静止代谢率血液学指标

长毛明对虾核转录因子NF-κB家族基因的克隆及在细菌侵染过程中的表达变化

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中国水产科学 2022年第11期29卷 1551-1563页

作者：梁芳梅朱鹏邱春桃王艳梅刘丽丽蔡双虎王鹏良张虹陈俭清许尤厚北部湾大学广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室广东海洋大学水产学院

核转录因子NF-κB家族在无脊椎动物抵抗病原刺激中起着重要作用。本研究通过RACE技术克隆了长毛明对虾(Fenneropenaeuspenicillatus)NF-κB家族基因,分别命名为FpRelish和FpDorsal。FpRelishcDNA全长为5373 bp,其中5’UTR 88 bp, 3’UTR 1667 bp,编码区3618 bp,编码1205个氨基酸; FpDorsal cDNA全长为4816 bp,其中5’UTR 611 bp, 3’UTR 2147 bp,编码区2058 bp,编码685个氨基酸,两者均具有RHD结构域。同源性和系统进化分析表明, FpRelish和FpDorsal都分别与甲壳动物首先聚为一支。qPCR分析表明,两基因在检测的血液、心脏、肝胰脏、鳃、肠道、性腺、肌肉、神经和胃组织中均有表达,且均在肝胰脏中最低,在血细胞中最高,相差8～10.7倍。嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)刺激后, FpRelish和FpDorsal基因在鳃和肝胰脏中均有先上升再下降的表达变化模式,鳃中FpRelish基因6 h表达最高,为对照组2.7倍, FpDorsal基因9 h表达最高,为对照组2.1倍;肝胰脏中FpRelish基因在9 h高表达,最高表达量在48 h,为对照组的4.5倍, FpDorsal基因9 h表达最高,为对照组22倍。溶藻弧菌(Vibrio aliginolyticus)刺激后,鳃中FpRelish基因24 h表达最高,为对照组1.9倍, FpDorsal基因24 h表达最高,为对照组1.5倍;肝胰脏中FpRelish基因3 h达最高表达量, FpDorsal基因6 h表达最高,均为对照组的1.5倍。本研究表明FpRelish和FpDorsal在长毛明对虾免疫调控中发挥了重要作用。

关键词：长毛明对虾 NF-κB家族基因细菌侵染克隆与表达

合浦珠母贝PfCLEC17A基因的克隆及表达分析

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华北农学报 2022年第5期37卷 230-238页

作者：郑玉斯王培郭颖白丽蓉喻达辉赵森北部湾大学广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室广西钦州535011

为了探究C型凝集素(C-type lectin)家族成员在合浦珠母贝机体内的作用及表达模式,为进一步解析合浦珠母贝PfCLEC17A的免疫应答机制,通过RACE技术克隆获得合浦珠母贝C型凝集素基因PfCLEC17A;利用生物信息学方法分析了PfCLEC17A的分子特征... 详细信息

为了探究C型凝集素(C-type lectin)家族成员在合浦珠母贝机体内的作用及表达模式,为进一步解析合浦珠母贝PfCLEC17A的免疫应答机制,通过RACE技术克隆获得合浦珠母贝C型凝集素基因PfCLEC17A;利用生物信息学方法分析了PfCLEC17A的分子特征,并通过荧光定量PCR检测PfCLEC17A基因在合浦珠母贝的鳃、外套膜、闭壳肌、性腺、血液、足和肝胰腺等组织及溶藻弧菌感染后在肝胰腺中的表达情况。结果显示,从合浦珠母贝中克隆获得新的C型凝集素基因PfCLEC17A,cDNA全长为699 bp,其中开放阅读框(ORF)长534 bp,编码178个氨基酸残基,含有一个CTL结构域。系统进化树分析表明,合浦珠母贝与其他贝类的PfCLEC17A基因聚集在一个分支。实时荧光定量PCR结果显示,PfCLEC17A在合浦珠母贝的鳃、外套膜、闭壳肌、性腺、血液、足和肝胰腺等各个组织中均有表达,其中在肝胰腺中的相对表达量最高且显著高于在其他组织中的相对表达量。肝胰腺作为软体动物重要的免疫器官,暗示PfCLEC17A基因可能参与机体免疫过程。藻弧菌感染1 h后,合浦珠母贝PfCLEC17A基因表达水平显著升高并达到最大值,说明该基因参与弧菌等微生物刺激的早期反应。综上所述,PfCLEC17A基因参与合浦珠母贝的免疫应激反应,具有一定的免疫功能。

关键词：合浦珠母贝 C型凝集素 PfCLEC17A 基因克隆基因表达

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瓜螺线粒体全基因组密码子偏好性分析

南方农业学报 2022年第1期53卷 191-199页

作者：何积翠喻达辉白丽蓉北部湾大学/广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室广西钦州535011

【目的】探究瓜螺(Melo melo)线粒体全基因组密码子使用偏好性,明确影响密码子偏好性的因素,为提高基因表达效率及了解瓜螺线粒体基因组的特性和进化方向提供科学依据。【方法】以瓜螺线粒体全基因组序列为研究对象,从中筛选出11条长度... 详细信息

【目的】探究瓜螺(Melo melo)线粒体全基因组密码子使用偏好性,明确影响密码子偏好性的因素,为提高基因表达效率及了解瓜螺线粒体基因组的特性和进化方向提供科学依据。【方法】以瓜螺线粒体全基因组序列为研究对象,从中筛选出11条长度大于300 bp且以ATG为起始密码子的非重复基因序列,利用CodonW 1.4.2、Excel 2017及SPSS 22.0等软件进行瓜螺线粒体全基因组密码子偏好性分析。【结果】不同基因序列密码子位置所对应的G+C含量不同,其中,GC_(1)(密码子第1位所代表的G+C含量)、GC_(2)(密码子第2位所代表的G+C含量)、GC_(3)(密码子第3位所代表的G+C含量)的变化范围分别为35.20%~51.90%、16.40%~40.60%和13.10%~34.90%,对应平均值为41.15%、32.29%和23.71%,GC_(1)和GC_(2)明显高于GC_(3);密码子适应指数(CAI)在0.110~0.180,平均为0.137;密码子偏好性指数(CBI)在-0.272~-0.090,平均为-0.175;最优密码子使用频率(FOP)在0.216~0.339,平均为0.277;有效密码子数(ENC)在36.84~53.75,平均为45.59;总平均亲水性(GRAVY)在0.480~1.394,平均为0.968。有30个同义密码子的相对使用度(RSCU)大于1.00,且主要以A/U结尾。中性绘图分析发现,GC_(1)和GC_(2)平均值(GC_(1)2)与GC_(3)的相关系数为-0.438,相关性不显著(P>0.05,下同);ENC-plot绘图分析结果显示,各散点(基因)均位于标准曲线附近,其中,NAD4、COX2和NAD3基因位于标准曲线上方,COX1、ATP6、NAD1、NAD6、COB、NAD5、COX3及NAD2等8个基因位于标准曲线下方;在对应性分析中,第一、第二、第三、第四向量轴的贡献率分别23.12%、15.19%、13.17%和9.63%,前4轴累计差异为61.12%。综合高频密码子与高表达密码子,最终筛选出4个最优密码子(UUU、GUU、ACU和CAU),且均以U结尾。【结论】瓜螺线粒体全基因组密码子偏好以A/U结尾的形式,筛选出的4个最优密码子(UUU、GUU、ACU和CAU)均以U结尾。除了自然选择在瓜螺线粒体全基因组密码子偏好性形成中占主导地位外,突变压力和碱基组成也影响其密码子偏好。因此,可通过瓜螺目的基因密码子优化,有效提高外源基因表达且优化性状决定基因,从而加速瓜螺优良亲本培育的进程。

关键词：瓜螺线粒体基因组密码子偏好性自然选择

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合浦绒螯蟹性腺和肌肉营养成分分析

南方农业学报 2022年第10期53卷 2837-2845页

作者：马世新方怀义代展鹏王玉军李燕张艳秋北部湾大学海洋学院/广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室广西钦州535011 北部湾海洋发展研究中心广西钦州535011

【目的】探究合浦绒螯蟹的营养品质,对其性腺和肌肉营养成分进行分析,为其营养价值评价提供科学依据。【方法】选取体质健康的合浦绒螯蟹雌雄各30只,测定其形体指数,性腺和肌肉常规营养成分、氨基酸及脂肪酸含量。【结果】合浦绒螯蟹雌... 详细信息

【目的】探究合浦绒螯蟹的营养品质,对其性腺和肌肉营养成分进行分析,为其营养价值评价提供科学依据。【方法】选取体质健康的合浦绒螯蟹雌雄各30只,测定其形体指数,性腺和肌肉常规营养成分、氨基酸及脂肪酸含量。【结果】合浦绒螯蟹雌蟹的总可食率和性腺指数显著高于雄蟹(P0.05,下同)。雌蟹性腺的粗蛋白和粗脂肪含量较雄蟹分别显著增加57.60%和1546.30%,肌肉的粗蛋白和粗脂肪较雄蟹分别显著增加3.90%和22.81%。雌蟹性腺必需氨基酸(EAA)、非必需氨基酸(NEAA)、总氨基酸(TAA)和鲜味氨基酸(DAA)含量均显著高于雄蟹,分别增加85.99%、21.61%、41.24%和13.74%;雄蟹肌肉必需氨基酸含量(62.09 mg/g)显著高于雌蟹(60.27 mg/g),增加3.02%,而总氨基酸和鲜味氨基酸含量无显著差异。依据氨基酸评分(AAS)标准和化学评分(CS)标准分值,以AAS进行评价时,合浦绒螯蟹肌肉和性腺的第一限制性氨基酸为缬氨酸,第二限制性氨基酸为蛋氨酸+半胱氨酸;以CS进行评价时,肌肉和性腺的第一限制性氨基酸为蛋氨酸+半胱氨酸,第二限制性氨基酸为缬氨酸。雄蟹肌肉必需氨基酸指数(85.12)高于雌蟹(79.13),而雌蟹性腺必需氨基酸指数(89.35)高于雄蟹(77.01)。雄蟹性腺的饱和脂肪酸(SFA)和多不饱和脂肪酸(PUFA)总量显著高于雌蟹,分别增加26.25%和11.93%,而肌肉中二者无显著差异;雌蟹性腺和肌肉的单不饱和脂肪酸(MUFA)总量显著高于雄蟹,分别增加23.01%和9.38%;雄蟹性腺和肌肉的二十碳五烯酸+二十二碳六烯酸(EPA+DHA)含量(15.15%和13.08%)均显著高于雌蟹(13.18%和10.97%),雄蟹肌肉不饱和脂肪酸∑n-3/∑n-6比值(1.06)显著高于雌蟹(0.86)。【结论】合浦绒螯蟹雌蟹的总可食率、肌肉和性腺的蛋白质与脂肪含量及性腺氨基酸营养价值优于雄蟹,而雄蟹肌肉的必需脂肪酸营养价值优于雌蟹。因此,合浦绒螯蟹是富含优质脂肪酸和均衡氨基酸的大型食用蟹类。

关键词：合浦绒螯蟹雌雄性腺肌肉营养成分

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阔苞菊内生放线菌的分离鉴定和抗菌活性研究

基因组学与应用生物学 2019年第9期38卷 4077-4085页

作者：宋静静江保秀龚斌北部湾大学海洋学院广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室

为了分离鉴定阔苞菊内生放线菌并研究其抑菌活性,通过与高氏一号培养基和1/10ATCCCL-173培养基的对比试验,选用改进的HV培养基从阔苞菊中分离纯化出48株内生放线菌;对其16SrDNA进行PCR扩增及基因测序,结果显示其中79.17%为链霉菌属菌株... 详细信息

为了分离鉴定阔苞菊内生放线菌并研究其抑菌活性,通过与高氏一号培养基和1/10ATCCCL-173培养基的对比试验,选用改进的HV培养基从阔苞菊中分离纯化出48株内生放线菌;对其16SrDNA进行PCR扩增及基因测序,结果显示其中79.17%为链霉菌属菌株;对所提取放线菌基因组DNA进行BOX-PCR多样性指纹分析,结果与16SrDNA序列分析的结果一致;利用滤纸片法测量其抑菌活性,其中菌株KBJ37、KBJ52、KBJ114对诺氏布丘氏菌、气单胞菌、乡间布丘氏菌、小牛葡萄球菌有抑制效果,仅有KBJ114对酿酒酵母有抑制效果;通过检测编码非核糖体多肽合成酶(NRPS)和聚酮化合物合酶基因Ⅰ、Ⅱ(PKS-Ⅰ和PKS-Ⅱ)的序列,来判断阔苞菊内生放线菌合成生物活性物质的潜力,结果显示97.92%的放线菌拥有合成生物活性物质的潜力。以上研究表明阔苞菊内生放线菌具有较为广谱的抑菌活性,且绝大多数都具有合成生物活性物质的潜力,为进一步探明阔苞菊内生放线菌资源多样性及药用价值提供了理论依据。

关键词：阔苞菊内生放线菌抑菌活性生物活性物质