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小分子物质与适配体的相互作用规律

生物技术通报 2020年第8期36卷 201-209页

作者：彭媛媛肖星凝朱龙佼陶晓奇许文涛西南大学食品科学学院重庆400715 中国农业大学食品科学与营养工程学院北京食品营养与人类健康高精尖创新中心农业部农业转基因生物安全评价(食用)重点实验室北京100083

经过近30年的发展,核酸适配体已逐渐成为生物、医药、材料、物理等众多学科领域关注的热点之一。小分子物质的痕量检测也在各个领域中意义重大,故有必要了解小分子与适配体的作用方式及规律。从小分子物质的分类出发,归纳整理小分子物... 详细信息

经过近30年的发展,核酸适配体已逐渐成为生物、医药、材料、物理等众多学科领域关注的热点之一。小分子物质的痕量检测也在各个领域中意义重大,故有必要了解小分子与适配体的作用方式及规律。从小分子物质的分类出发,归纳整理小分子物质与适配体的作用规律,阐述现有小分子与核酸相互作用的研究方法,并探讨不同靶标分子与适配体相互作用的类型。研究发现适配体链段倾向于“缠绕”靶标小分子,使其“镶嵌”于核酸结构中。小分子化合物往往利用氢键结合适配体,两者间还存在疏水和静电相互作用。金属类靶标分子则与适配体的嘧啶基团上带负电的部分结合。分类整合小分子与适配体的作用方式及结合位点,以期为小分子适配体的发展起到一定的借鉴意义和指导作用。

关键词：小分子化合物适配体相互作用

硝酸盐还原菌Bacillus licheniformis对X80钢在中性无氧环境中腐蚀行为的影响

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硝酸盐还原菌Bacillus licheniformis对X80钢在中性无氧环境中腐...

月季中R2R3-MYB基因RhMYB113c调控花青素苷合成

第十届全国腐蚀大会

作者：李军刘智勇杜翠薇李晓刚北京科技大学新材料技术研究院教育部国家重点实验室北京材料基因工程高精尖创新中心

本文采用电化学测试方法以及基于聚焦离子束切样的扫描与透射表征技术研究了硝酸盐还原菌B. licheniformis对X80钢在中性无氧环境中腐蚀行为的影响。电化学测试的结果表明,B. licheniformis能够阻碍X80钢在实验介质中的表面钝化,从而引... 详细信息

本文采用电化学测试方法以及基于聚焦离子束切样的扫描与透射表征技术研究了硝酸盐还原菌B. licheniformis对X80钢在中性无氧环境中腐蚀行为的影响。电化学测试的结果表明,B. licheniformis能够阻碍X80钢在实验介质中的表面钝化,从而引发严重的不均匀腐蚀。形貌与能谱表征的结果显示其原因主要来自两个方面:一、B. licheniformis的阴极去极化作用;二、生物膜下的酸化自催化效应。另外,细胞/钢基底的界面分析表明B. licheniformis外包裹了一层非晶磷酸铁盐的鞘壳,该鞘壳具有电子导电性,有助于细菌进行胞外电子转移。这也揭示了腐蚀产物在微生物腐蚀过程中的作用。

关键词：微生物腐蚀硝酸盐还原菌 X80管线钢中性无氧环境聚焦离子束技术

来源： cnki会议评论

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cnki会议

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园艺学报 2022年第9期49卷 1957-1966页

作者：李茂福杨媛王华范又维孙佩金万梅北京市农林科学院林业果树研究所北京100093 农业农村部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室北京100093 北京市功能花卉工程技术研究中心北京100093 北京市落叶果树工程技术研究中心北京100093

以月季红色花品种‘卡罗拉’(Rosahybrida‘Carola’)为材料,从其花瓣cDNA中克隆到1个R2R3-MYB基因,命名为RhMYB113c。其开放阅读框为699 bp,编码233个氨基酸。蛋白多重序列比对分析发现RhMYB113c含有R2和R3结构域。系统进化树分析表明,... 详细信息

以月季红色花品种‘卡罗拉’(Rosahybrida‘Carola’)为材料,从其花瓣cDNA中克隆到1个R2R3-MYB基因,命名为RhMYB113c。其开放阅读框为699 bp,编码233个氨基酸。蛋白多重序列比对分析发现RhMYB113c含有R2和R3结构域。系统进化树分析表明,RhMYB113c与花青素苷合成激活因子AtMYB114、AtMYB113、At MYB75、AtMYB90亲缘关系最近。组织特异性表达检测发现,RhMYB113c主要在‘卡罗拉’花瓣和花柱中表达,在白色花品种‘白缎’所有组织中均不表达。不同花发育时期的基因表达显示,RhMYB113c在‘卡罗拉’未着色花瓣中不表达,在盛花期花瓣中高表达,而在白色品种的每个时期均不表达。酵母双杂交和烟草瞬时表达试验证实RhMYB113c调控花青素苷的合成,从而影响月季红色花瓣着色。

关键词：月季花瓣 RhMYB113c基因花青素苷合成

梅花PmMYB21在花丝伸长过程中的功能与表达调控分析

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园艺学报 2023年第5期50卷 1048-1062页

作者：袁茜张曼马开峰王佳张启翔北京林业大学园林学院花卉种质创新与分子育种北京市重点实验室国家花卉工程技术研究中心城乡生态环境北京实验室园林环境教育部工程研究中心林木花卉遗传育种教育部重点实验室北京100083

MYB21是调控雄蕊花丝伸长的关键转录因子。以梅花(Prunusmume)早花品种‘粉红朱砂’与晚花品种‘早绿萼’的花芽为材料,分别克隆得到两个序列完全一致的PmMYB21。序列分析表明PmMYB21蛋白含有MYB转录因子的R2R3保守结构域,系统进化分析... 详细信息

MYB21是调控雄蕊花丝伸长的关键转录因子。以梅花(Prunusmume)早花品种‘粉红朱砂’与晚花品种‘早绿萼’的花芽为材料,分别克隆得到两个序列完全一致的PmMYB21。序列分析表明PmMYB21蛋白含有MYB转录因子的R2R3保守结构域,系统进化分析表明PmMYB21与其他物种的MYB21有较高的同源性,亚细胞定位结果显示其位于细胞核内。PmMYB21的表达水平在两个梅花品种开花过程中随花丝伸长而升高;相对于晚花品种,早花品种表达上调时间显著提前。在两个梅花品种的PmMYB21启动子–1529~–1243 bp区域中均检测到CG序列型的甲基化水平下调,该区域甲基化水平与PmMYB21的表达量呈负相关;并在此区域检测到脱落酸、赤霉素和光响应元件,推测这些调控过程可能受到甲基化修饰的影响。加权基因共表达网络分析(WGCNA)结果显示,5296个差异表达基因与Pm MYB21具有连通性,显著富集于激素响应等生物过程。结合WGCNA筛选结果和表达趋势分析,预测Pm MYB21介导生长素(IAA)、赤霉素(GA)和茉莉酸(JA)等激素的信号转导,进而参与梅花花丝的伸长。

关键词：梅花花丝伸长 PmMYB21 甲基化修饰 WGCNA 激素响应

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基于转录组测序的香水月季花香代谢基因研究

园艺学报 2021年第11期48卷 2262-2274页

作者：庄玥莹周利君程璧瑄于超罗乐潘会堂张启翔北京林业大学园林学院花卉种质创新与分子育种北京市重点实验室国家花卉工程技术研究中心城乡生态环境北京实验室园林环境教育部工程研究中心林木花卉遗传育种教育部重点实验室北京100083

通过转录组测序技术,探究大花香水月季及单瓣香水月季两个变种的花香代谢通路及花香差异形成的相关基因。在两个材料花蕾期、初开期及盛开期对比组中分别检测出8339、8849、7572个差异表达基因,其中3个阶段共有的差异基因3762个。GO和K... 详细信息

通过转录组测序技术,探究大花香水月季及单瓣香水月季两个变种的花香代谢通路及花香差异形成的相关基因。在两个材料花蕾期、初开期及盛开期对比组中分别检测出8339、8849、7572个差异表达基因,其中3个阶段共有的差异基因3762个。GO和KEGG聚类分析显示,差异基因主要参与代谢过程、细胞过程、单一有机体过程、催化活性等生物学过程;主要富集于代谢途径、次生代谢物的生物合成、碳代谢等途径。在3组共有差异基因中共发现富集于6条重要花香物质合成通路(萜类骨架生物合成、苯丙素生物合成、脂肪酸生物合成、单萜类生物合成、双萜类生物合成及倍半萜和三萜类生物合成)中的差异基因27个。认为这27个基因对两个变种花香释放过程中的差异形成有较大影响。分析特征花香物质合成酶基因Rc_0128091及Rc_0119291在转录组数据中的表达,发现其表达量与相应的花香物质3,5–二甲氧基苯及1,3,5–三甲氧基苯释放量趋势基本一致,推测对特征花香物质的合成有决定性作用。随机选取10个差异表达基因进行qRT-PCR和RNA-seq的相关性验证,结果显示二者相关性较高,认为RNA-seq测序结果具有较高的准确性。

关键词：月季花香转录组分析差异表达基因代谢通路

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核酸切割酶在病原微生物检测中的研究进展

生物技术通报 2020年第1期36卷 182-192页

作者：王昕朱龙佼许文涛翟晨王书雅黄蔚霞中国农业大学食品科学与营养工程学院北京100083 中国农业大学食品营养与人类健康高精尖创新中心北京100083 农业部农业转基因生物安全评价(食用)重点实验室北京100083 中粮营养健康研究院有限公司营养健康与食品安全北京市重点实验室老年营养食品研究北京市工程实验室北京市畜产品质量安全源头控制工程技术研究中心 102209

DNA是遗传信息的重要载体,其空间构象折叠性质使其具有很多的功能。利用核酸切割酶(cleaving DNAzyme)识别特定单链DNA分子并能够切割其中某条单链的性质来构建传感器,将特异性识别过程转化为凝胶电泳表征、释放荧光、比色现象的信号输... 详细信息

DNA是遗传信息的重要载体,其空间构象折叠性质使其具有很多的功能。利用核酸切割酶(cleaving DNAzyme)识别特定单链DNA分子并能够切割其中某条单链的性质来构建传感器,将特异性识别过程转化为凝胶电泳表征、释放荧光、比色现象的信号输出,同时能很好的和扩增反应结合来实现信号放大。核酸切割酶通过体外筛选技术获得,可以与靶物质(小分子、蛋白质,甚至整个细胞)特异性结合。由于具有制备简单,易于修饰和良好稳定性等优点,核酸切割酶被用于构建生物传感器以检测病原微生物,已应用到现场检测甚至医疗中的体内检测,结合已经成熟的检测设备血糖仪、横流层析试纸条带进行微生物检测,并广泛地应用到生物传感、食品安全、医疗在内的重要领域中。综述了近年来核酸切割酶在微生物检测中的应用,讨论了核酸切割酶在微生物检测中的切割机理和产物、靶标以及表征手段,探索核酸切割酶在微生物实际检测中的意义。对该技术的发展前景及其面临的问题进行展望,以期核酸切割酶在微生物检测领域能够更好的发展。

关键词：核酸切割酶微生物生物传感信号放大检测

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一种现场快速型HBV基因分型方法及装置

中国生物医学工程学报 2017年第6期36卷 764-768页

作者：牛亚男阳勇良宋浏伟袁权葛胜祥闵小平唐章宏俞度立邱宪波北京化工大学信息科学与技术学院北京100029 厦门大学公共卫生学院国家传染病诊断试剂与疫苗工程技术研究中心福建厦门361002 北京工业大学材料科学与工程学院北京100124 北京化工大学北京软物质科学与工程高精尖创新中心北京100029

介绍一种现场快速型HBV(乙型肝炎病毒)基因分型方法及装置,包括生物传感器与手持式荧光检测仪。为了提高检测灵敏度与准确性,采用荧光标记法。荧光检测仪采用简化方法来快速读取侧向流试纸上各测试线及质控线的信号幅值,基于预先建立的... 详细信息

介绍一种现场快速型HBV(乙型肝炎病毒)基因分型方法及装置,包括生物传感器与手持式荧光检测仪。为了提高检测灵敏度与准确性,采用荧光标记法。荧光检测仪采用简化方法来快速读取侧向流试纸上各测试线及质控线的信号幅值,基于预先建立的HBV基因分型模式匹配模型,实现快速分型。对48份HBV血清样本进行检测,实验结果表明,基于荧光检测仪及侧向流试纸的分型检测结果与传统核酸分析方法的分型检测结果一致,分型准确率达100%。与传统方法相比,现场快速型基因分型方法及装置可降低HBV分型检测的复杂度,缩短检测时间,降低检测成本,对乙肝个体化用药与个性化治疗具有重要意义。

关键词： HBV基因分型侧向流试纸荧光检测仪现场快速检测

月季bHLH基因的克隆、表达及其与MYB和WD40的互作分析

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园艺学报 2017年第10期44卷 1949-1958页

作者：李茂福杨媛王华刘佳棽金万梅北京市林业果树科学研究院农业部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室北京100093 北京市落叶果树工程技术研究中心北京100093

以月季‘月月红’(Rosa chinensis‘Slater’s Crimson China’)花瓣为材料,利用同源克隆法鉴定到1个Rcb HLH基因的c DNA全长序列,并研究了其生物信息学特征、组织特异性表达及其与MYB和WD40的互作关系。序列分析表明,Rcb HLH的开放阅... 详细信息

以月季‘月月红’(Rosa chinensis‘Slater’s Crimson China’)花瓣为材料,利用同源克隆法鉴定到1个Rcb HLH基因的c DNA全长序列,并研究了其生物信息学特征、组织特异性表达及其与MYB和WD40的互作关系。序列分析表明,Rcb HLH的开放阅读框长2 112 bp,编码703个氨基酸,基因登录号为KY783912。结构域序列分析显示,Rcb HLH为一个保守的N端含有碱性氨基酸的DNA结合区、C端含有α螺旋–环–α螺旋的b HLH蛋白。对Rcb HLH进行系统进化分析发现,Rcb HLH与草莓及其他蔷薇科植物的b HLH蛋白具有较高的同源性。组织特异性实时定量RT-PCR分析揭示Rcb HLH基因主要在花瓣中表达。酵母双杂交结果显示,Rcb HLH能与Pav MYB和Pav WD40相互作用形成MYB-b HLH-WD40复合物。以上结果为进一步研究Rcb HLH的功能鉴定奠定了基础。

关键词：月季 RcbHLH 基因克隆基因表达酵母双杂交

赤霉素对露地栽培月季‘卡罗拉’生长发育的影响

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园艺学报 2019年第4期46卷 749-760页

通过喷施不同浓度的GA_3(以喷水为对照),记录初花和谢花日期,于盛花期时调查花枝长、花柄长、株高及叶片长宽比等生长指标,研究赤霉素处理对露地栽培切花月季‘卡罗拉’生长发育的影响。结果表明,不同浓度GA_3处理对其株高、花枝长、花... 详细信息

通过喷施不同浓度的GA_3(以喷水为对照),记录初花和谢花日期,于盛花期时调查花枝长、花柄长、株高及叶片长宽比等生长指标,研究赤霉素处理对露地栽培切花月季‘卡罗拉’生长发育的影响。结果表明,不同浓度GA_3处理对其株高、花枝长、花柄长均具有不同程度的促进作用。300 mg·L^(-1) GA_3处理,平均花枝最长,叶片长宽比值最大;300和400 mg·L^(-1) GA_3处理,平均花柄最长;500 mg·L^(-1) GA_3处理,平均株高最高。对300 mg·L^(-1) GA_3处理的植株材料进行扫描电镜观察及RT-PCR分析结果发现,RhGA2ox、RhGA20ox、RhGA_3ox及RhGID1基因表达上调,表明促进了体内GA_3的积累,诱导了生长素合成相关基因的表达,导致植物细胞伸长、细胞体积增大,因而促进植株增高、叶片变长;开花相关基因RhAP1、RhKSN和RhSOC1的表达先上升后下降;RhAP1、RhFT和RhSOC1的表达,尤其是开花素基因RhFT在21 d时的高水平表达可能造成比对照提早开花;而RhKSN基因高水平表达抑制了开花基因表达导致开花期延长。

关键词：月季赤霉素生长发育